sp|Q9FIB6|PS12A_ARATH ----> 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 homolog A

Intron 1 GTAAGTTTGA ... CTTGCCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.74	659	47.5	183
A2	20.75	481.3	34	126
A3	18.54	549.3	41.5	125
A4	21.76	577.3	54	160.5
A5	23.38	268.8	13.5	82
A6	20.61	1087.3	84	282
A7	20.3	1449.3	114.5	369
A8	21.32	1138.8	82	308.5
A9	19.69	1313.8	93	322
A10	19.44	1164.3	88.5	281

>TRINITY_DN39032_c0_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GACGGTCCACCATGCACCTCATTCTCTCAACTCATAAAAACAAGGCCGAAACCCTAATTCCAGATTTCTCTTTGTTTCCTCTGCATTTCCTGCTGAATTTGCTTGCAGATCCCGCACAAGAAGAACAGGAACTGCTGCTTTTTTCGCATCTTTTAATCCGTACGCCATTTGAACGCCATTACTGTATTTTTTTGAGAGAT
TTCGAGAAACAGAGGGTTTTGAATAGGGTTTCATTTGGCAACCATGAGCGCCATGGAGGAAGAAGCTTCCACGGGAGCTCCCGAAGCCAGTCGACCCTCCTCCAAGCCCGCCGGAGCCGATCTAGATTCTATTGACCGGGAGATTGCTGCGCAGAGGAAAGTAGCCCTCCAGGAAGGAAAATTGGATGCTGCAATAGATG
CTCTTTCAAATATAGAGAAGCAGATGAGGCTTGCTGCTGATGTTTCTGGAACTAGGAAGGTGGTAGTGGCAATAGTGCAGATTTGTTATGAAGCGCGTGCATGGAAGATGCTAAGTGAGCAAATTACTGTTCTATCCAAGAAAAGAGCACAGCTGAAGCAGGCAGTTACTGCAATGGTTCAGCAAGCCATGCCATATATT
GATGAGACACCTGATCTGGATACACGTGTTGAACTGATCAAAACACTAAATAATGTCTCAGCTGGGAAGATTTACGTTGAAATAGAAAGGGCCCGGTTGGTCAGGAAGCTTGCAAAAATCAAAGAGGAGCAGGGTCTTATTGCTGAGGCTGCTGACTTAATGCAAGAAGTTGCTGTGGAGACTTTTGGAGCAATGGCAAA
GACAGAAAAAATTGCATTCATCCTTGAACAAGTTCGACTTTGTTTGGATCGTAAAGATTACATGCGTGCTCAGATTCTTTCTAGGAGGATCAGCCCTAAAGGATTTGAATCTAGTACATCGAAAGAGAAGAAAAAACCAAAAGAGGGGGATAATGTGGTTGAAGAGGCTCCTTCTGATATACCTTCACTTCTGGAGTTGA
AGCGCATATACTATGAACTAATGATAAGGTATTATTCTCACAATAATGATTACCTGGAAATCTGCCGCAGCTACAAGGCAATTTATGATATACCCTCGGTGAAGGAAGACTCGGCACAGTGGATTCCTGTATTGAGAAAAATCTGTTGGTACTTAGTGCTGTCACCACATGACCCTATGCAATCGAGCCTTCTCAATGCT
ACCTTGGAAGATAAGAAGCTCTTAGAGATTCCTAAATTTCGTGCATTGTTGAAGCACTTTGTCACTATGGAAGTGATACAGTGGCTTCCATTTTGGGAGATATACCAGACTGAATTTGGGCAGGAAAGAACTATGCCTGGAGGATTTTTAGGTGATAAAGCTGCTGAGGACCTAAGGCAGCGTGTTATTGAGCATAATAT
TTTAGTTGTTTCAAAATATTATTCAAGAATTAGTTTGGCACGGCTTGCAGAACTACTATGCCTCAGTGTACAGGAAACTGAAAAACACCTCTCAGACATGGTTGTTTTGAAATCTTTGGTGGCAAAGGTGGATAGGCCTGCTGGTATTGTCTGTTTCCGGGCTGCTAAAGACAGCAATGAAATTCTCAATTCATGGGCCG
TCAATATTGAGAAACTACTTGATCTTGTTGAGAAGAGCTGCCATCAAATTCACAAGGAAACAATGGTTCACAAGGCTCCTTTGAAAGTTCAGTAGGTTGAACATTGGAAAGGAATAAAGCAATTAAAACCATTATTTGTTTAGACTGCCAGATTGTACCAGATTGTGCGGACTTCAATTTACATAGCGAGTGCAATTTTG
ATAACCCTAATGAAAATTTAGTATCTGTTTTCCCTCCCATTTAGAACATCTAAAAGTGAGATCATCTGCCATAAATTAAAGCACACTAAAGGTATCTAACTTGGCTTGTAGTTTTATTTCAGAATCCTTGCTATCTCTATTCTTTACATGTTTTAATGGAATCAAATGAATTGACAATGTTTAGGCTTATCTTGTAAAAT
GGTAAAGAAAACATTGCTGGTGTTCCAGTTCATGTTTTTCAGAAGTTGAACTGCTGCTGAACTTGTAGATTGTATATCGTGTTATGAGTTTAGTTAGATTTCACATATAGATTCTTTATTGCGCTGTGCG

>TRINITY_DN39032_c0_g2_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ACTCGGCACAGTGGATTCCTgtaagtttgaagcttaaattcttgataagattgtgttatgctaaagtgagattgatcattttttttgtcacgataacttgcctcagGTATTGAGAAAAATCTGTTGGTACTTAGTGCTGTCACCACATGACCCTATGCAATCGAGCCTTCTCAATGCTACCTTGGAAGATAAGAAGCTCT
TAGAGATTCCTAAATTTCGTGCATTGTTGAAGCACTTTGTCACTATGGAAGTGATACAGTGGCTTCCATTTTGGGAGATATACCAGACTGAATTTGGGCAGGAAAGAACTATGCCTGGAGGATTTTTAGGTGATAAAGCTGCTGAGGACCTAAGGCAGCGTGTTATTGAGCATAATATTTTAGTTGTTTCAAAATATTAT
TCAAGAATTAGTTTGGCACGGCTTGCAGAACTACTATGCCTCAGTGTACAGGAAACTGAAAAACACCTCTCAGACATGGTTGTTTTGAAATCTTTGGTGGCAAAGGTGGATAGGCCTGCTGGTATTGTCTGTTTCCGGGCTGCTAAAGACAGCAATGAAATTCTCAATTCATGGGCCGTCAATATTGAGAAACTACTTGA
TCTTGTTGAGAAGAGCTGCCATCAAATTCACAAGGAAACAATGGTTCACAAGGCTCCTTTGAAAGTTCAGTAGGTTGAACATTGGAAAGGAATAAAGCAATTAAAACCATTATTTGTTTAGACTGCCAGATTGTACCAGATTGTGCGGACTTCAATTTACATAGCGAGTGCAATTTTGATAACCCTAATGAAAATTTAGT
ATCTGTTTTCCCTCCCATTTAGAACATCTAAAAGTGAGATCATCTGCCATAAATTAAAGCACACTAAAGGTATCTAACTTGGCTTGTAGTTTTATTTCAGAATCCTTGCTATCTCTATTCTTTACATGTTTTAATGGAATCAAATGAATTGACAATGTTTAGGCTTATCTTGTAAAATGGTAAAGAAAACATTGCTGGTG
TTCCAGTTCATGTTTTTCAGAAGTTGAACTGCTGCTGAACTTGTAGATTGTATATCGTGTTATGAGTTTAGTTAGATTTCACATATAGATTCTTTATTGCGCTGTGCG

Intron 2 GTTGGTTGAA ... GTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.07	677	2	203
A2	24.54	492	0	160
A3	22.51	537	0	156
A4	25.74	505	0	175
A5	25.66	226	0	78
A6	23.06	2299	0	689
A7	23.32	2357.3	0	717
A8	26.47	2961	0	1066
A9	22.76	2131	0	628
A10	25.3	1585.3	0	537

>TRINITY_DN45596_c0_g2_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

CTCTTTGTTTCCTCTGCATTTCCTGCTGAATTTGCTTGCAGATCCCGCACAAGAAGAACAGGAACTGCTGCTTTTTTCGCATCTTTTAATCCGTACGCCATTTGAACGCCATTACTGTATTTTTTTGAGAGATTTCGAGAAACAGAGGGTTTTGAATAGGGTTTCATTTGGCAACCATGAGCGCCATGGAGGAAGAAGCT
TCCACGGGAGCTCCCGAAGCCAGTCGACCCTCCTCCAAGCCCGCCGGAGCCGATCTAGATTCTATTGACCGGGAGATTGCTGCGCAGAGGAAAGTAGCCCTCCAGGAAGGAAAATTGGATGCTGCAATAGATGCTCTTTCAAATATAGAGAAGCAGATGAGGCTTGCTGCTGATGTTTCTGGAACTAGGAAGGTGGTAGT
GGCAATAGTGCAGATTTGTTATGAAGCGCGTGCATGGAAGATGCTAAGTGAGCAAATTACTGTTCTATCCAAGAAAAGAGCACAGCTGAAGCAGGCAGTTACTGCAATGGTTCAGCAAGCCATGCCATATATTGATGAGACACCTGATCTGGATACACGTGTTGAACTGATCAAAACACTAAATAATGTCTCAGCTGGGA
AGATTTACGTTGAAATAGAAAGGGCCCGGTTGGTCAGGAAGCTTGCAAAAATCAAAGAGGAGCAGGGTCTTATTGCTGAGGCTGCTGACTTAATGCAAGAAGTTGCTGTGGAGACTTTTGGAGCAATGGCAAAGACAGAAAAAATTGCATTCATCCTTGAACAAGTTCGACTTTGTTTGGATCGTAAAGATTACATGCGT
GCTCAGATTCTTTCTAGGAGGATCAGCCCTAAAGGATTTGAATCTAGTACATCGAAAGAGAAGAAAAAACCAAAAGAGGGGGATAATGTGGTTGAAGAGGCTCCTTCTGATATACCTTCACTTCTGGAGTTGAAGCGCATATACTATGAACTAATGATAAGGTATTATTCTCACAATAATGATTACCTGGAAATCTGCCG
CAGCTACAAGGCAATTTATGATATACCCTCGGTGAAGGAAGACTCGGCACAGTGGATTCCTGTAAGTTTGAAGCTTAAATTCTTGATAAGATTGTGTTATGCTAAAGTGAGATTGATCATTTTAGTTGTCACGATAACTTGCCTCAGGTATTGAGAAAAATCTGTTGGTACTTAGTGCTGTCACCACATGACCCTATGCA
ATCGAGCCTTCTCAATGCTACCTTGGAAGATAAGAAGCTCTTAGAGATTCCTAAATTTCGTGCATTGTTGAAGCACTTTGTCACTATGGAAGTGATACAGTGGCTTCCATTTTGGGAGATATACCAGACTGAATTTGGGCAGGAAAGAACTATGCCTGGAGGATTTTTAGGTGATAAAGCTGCTGAGGACCTAAGGCAGC
GTGTTATTGAGCATAATATTTTAGTTGTTTCAAAATATTATTCAAGAATTAGTTTGGCACGGCTTGCAGAACTACTATGCCTCAGTGTACAGGAAACTGAAAAACACCTCTCAGACATGGTTGTTTTGAAATCTTTGGTGGCAAAGGTGGATAGGCCTGCTGGTATTGTCTGTTTCCGGGCTGCTAAAGACAGCAATGAA
ATTCTCAATTCATGGGCCGTCAATATTGAGAAACTACTTGATCTTGTTGAGAAGAGCTGCCATCAAATTCACAAGGAAACAATGGTTCACAAGGCTCCTTTGAAAGTTCAGTAGGTTGAACATTGGAAAGGAATAAAGCAATTAAAACCATTATTTGTTTAGACTGCCAGATTGTACCAGATTGTGCGGACTTCAATTTA
CATAGCGAGTGCAATTTTGATAACCCTAATGAAAATTTAGTATCTGTTTTCCCTCCCATTTAGAACATCTAAAAGTGAGATCATCTGCCATAAATTAAAGCACACTAAAGGTATCTAACTTGGCTTGTAGTTTTATTTCAGAATCCTTGCTATCTCTATTCTTTACATGTTTTAATGGAATCAAATGAATTGACAATGTT
TAGGCTTATCTTGTAAAATGGTAAAGAAAACATTGCTGGTGTTCCAGTTCATGTTTTTCAGAAGTTGAACTGCTGCTGAACTTGTAGATTGTATATCGTGTTATGAGTTTAGTTAGATTTCACATATAGATTCTTTATTGCGCTGTGCATTTTTTTATTTTGCTCATAGATTGTATATTGTGTTGTGCATTTAGTTAAAT
TTCACATCTTTTCCTGCTTATAAGAGGGATATATAGATTTCAATATGGTCAGGGCAAACTGAAAATATTCAAGTATTGTACGTTATGCTGTAAGCCAAGTGCAATTTGTA

>TRINITY_DN45596_c0_g2_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ACTACTATGCCTCAGTGTACAGgttggttgaatctggtctttaagttgtaatatgcttataacatactcgttttccacatatatatgaaataccagtgaagcttatgtttgtggcttatattattgtgtagaacctttgagaaaccctgacccctgttcaaatgtgtggccatttaagcttatttgcctgttgaaactct
ttcctcagcaatatttctattcagttaaaatttataatttgttgttaccgtgtttgcagGAAACTGAAAAACACCTCTCAGACATGGTTGTTTTGAAATCTTTGGTGGCAAAGGTGGATAGGCCTGCTGGTATTGTCTGTTTCCGGGCTGCTAAAGACAGCAATGAAATTCTCAATTCATGGGCCGTCAATATTGAGAAA
CTACTTGATCTTGTTGAGAAGAGCTGCCATCAAATTCACAAGGAAACAATGGTTCACAAGGCTCCTTTGAAAGTTCAGTAGGTTGAACATTGGAAAGGAATAAAGCAATTAAAACCATTATTTGTTTAGACTGCCAGATTGTACCAGATTGTGCGGACTTCAATTTACATAGCGAGTGCAATTTTGATAACCCTAATGAA
AATTTAGTATCTGTTTTCCCTCCCATTTAGAACATCTAAAAGTGAGATCATCTGCCATAAATTAAAGCACACTAAAGGTATCTAACTTGGCTTGTAGTTTTATTTCAGAATCCTTGCTATCTCTATTCTTTACATGTTTTAATGGAATCAAATGAATTGACAATGTTTAGGCTTATCTTGTAAAATGGTAAAGAAAACAT
TGCTGGTGTTCCAGTTCATGTTTTTCAGAAGTTGAACTGCTGCTGAACTTGTAGATTGTATATCGTGTTATGAGTTTAGTTAGATTTCACATATAGATTCTTTATTGCGCTGTGCATTTTTTTATTTTGCTCATAGATTGTATATTGTGTTGTGCATTTAGTTAAATTTCACATCTTTTCCTGCTTATAAGAGGGATATA
TAGATTTCAATATGGTCAGGGCAAACTGAAAATATTCAAGTATTGTACGTTATGCTGTAAGCCAAGTGCAATTTGTA