sp|Q7Y211|PP285_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic

Intron 1 GTAAGTGTTC ... GGGAGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.52	5	10	9
A2	58.62	6	12	5
A3	66.67	3	7	5
A4	55.56	4	8	2
A5	100	0	1	0
A6	50	1	1	1
A7	38.46	4	2	3
A8	77.78	1	4	3
A9	81.82	1	4	5
A10	60	8	12	12

>TRINITY_DN43363_c7_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTCTATCGCCAAATGCGGGAGCATGGCATCGAGCCTGACAGTTTCATTTTCAGCTCTGTAGTCAAGGCATGTGCTGATTTATCAGCTCTTCAGGAGGGTTTGGATGTTCACGATGATATATTTAGACTTGGACTTGAGTCGGATATTGTTGTAAGTACTGCCCTTGTTGCCATGTATGCTAAGTGTGGAGTTTTAGAGC
TCGCACGTGAAGTGTTTGACAAAATGTCTGAACGAAACGTTGTTTCATGGAGTGCGATGATCGCTGGTTATGCTCAGAAGGGTTATGCTGGTGAAGCTTTGAGGCTTTTTAACGGAATGAGAGTGCGAGGGTTCGAGCCTGACTTGGTTATCATGGTTTTGCACGGCAACTGTTTAACAACATGTGTAAAGGGAACGTGG
GGTTGTGGAATGCCATGATCGTTGGTTATACACAGAATGGATATGCCAATGAAGCCTTGGAACTCTTCAATGAAATGCAAATGGAGTGTGTGGAACCTGATTTGGTTACCATAGTGAGCATTGTCCCAGCTTGCGCCAATTTATCAGGTCTGCAGCTAAGTAGGTGGATTCACAGTTACATAATTGTAAGTGGATTTGAG
TTGGATATTATGGTGGGTACTGCACTTATAGATATGTATGCAAAATGCGGAAGTGTAGGCAGTGCATGGCAATTGTTTGATAGAATGTCTCAGAGAAATGTGGTGTCATGGAATACTATGATCGCTGGCTATGCCCAGAATGGGCATGCCGATGAAGCCTTGGCACTCTTTAATGAAATGAAACTGCGAAACTTAAAACC
TGATTCAATTACCATGCTGAGCACTCTCCCTGCATGTGCCTTTTTGTCTGCTCTGCAACAAGGTAAGCGAATGCATGGTTACATAATTAGAAGTAATTTTGAGTCAGACGTTGTTGTATGCAATTCCTTAATAGACATGTATGCCAAGTGCGGGACCTTGGAGTTTGCACGCCAGTTATTTGACATCATGTCTCAGAGAA
CTGTGGTTTCATGGAACACGATGATTGGTGGGTATGGGATGCATGGACATGGTGAGGACGCTCTTGCACTTTTTGCAAAAATGGAACAGGAAGGTATGAAGCCCGACCATGTAACCTTTATTTGTGTTTTGTCGGCGTGCAGCCATGCGGGTTTGGTGGATGATGGCTGGCAGTGCTTCGTTCATATGGTTGAAGATTGT
TTCATCACACCCGGTATGGAACACTATGCATGCATGGTTGACCTTCTTGGGCGCTCTGGGCTTCTCCATGAAGCTTATAACTTTATTCAAAAGATGCCATTTAAACCCAATGCTGTTGTGTGGGGTAGCTTGCTTGGTGCCTGTAGGATTCATGGCGATATTTTGCTTGGAGAATATGCAATGAATTGTATTTTTGAATT
GGTACCAGAAAATGCTGCACATTATGTACTGCTGTCAAACATCTATGCTGAGGCTGGCAGGTGGGATGTTGTTGCAAAATTGAGAAA

>TRINITY_DN43363_c7_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTCTATCGCCAAATGCGGGAGCATGGCATCGAGCCTGACAGTTTCATTTTCAGCTCTGTAGTCAAGGCATGTGCTGATTTATCAGCTCTTCAGGAGGGTTTGGATGTTCACGATGATATATTTAGACTTGGACTTGAGTCGGATATTGTTGTAAGTACTGCCCTTGTTGCCATGTATGCTAAGTGTGGAGTTTTAGAGC
TCGCACGTGAAGTGTTTGACAAAATGTCTGAACGAAACGTTGTTTCATGGAGTGCGATGATCGCTGGTTATGCTCAGAAGGGTTATGCTGGTGAAGCTTTGAGGCTTTTTAACGGAATGAGAGTGCGAGGGTTCGAGCCTGACTTGGTTATCATGgtaagtgttctgcctgctttttcatctctatcaaatctgcaacat
ggaaaatgtatccatggttatgttataagaagtgggtttgagtctgattttgctgtgagtactgccctcatagatatgtatgctaaatgcgggagtgtagGTTTTGCACGGCAACTGTTTAACAACATGTGTAAAGGGAACGTGGGGTTGTGGAATGCCATGATCGTTGGTTATACACAGAATGGATATGCCAATGAAGC
CTTGGAACTCTTCAATGAAATGCAAATGGAGTGTGTGGAACCTGATTTGGTTACCATAGTGAGCATTGTCCCAGCTTGCGCCAATTTATCAGGTCTGCAGCTAAGTAGGTGGATTCACAGTTACATAATTGTAAGTGGATTTGAGTTGGATATTATGGTGGGTACTGCACTTATAGATATGTATGCAAAATGCGGAAGTG
TAGGCAGTGCATGGCAATTGTTTGATAGAATGTCTCAGAGAAATGTGGTGTCATGGAATACTATGATCGCTGGCTATGCCCAGAATGGGCATGCCGATGAAGCCTTGGCACTCTTTAATGAAATGAAACTGCGAAACTTAAAACCTGATTCAATTACCATGCTGAGCACTCTCCCTGCATGTGCCTTTTTGTCTGCTCTG
CAACAAGGTAAGCGAATGCATGGTTACATAATTAGAAGTAATTTTGAGTCAGACGTTGTTGTATGCAATTCCTTAATAGACATGTATGCCAAGTGCGGGACCTTGGAGTTTGCACGCCAGTTATTTGACATCATGTCTCAGAGAACTGTGGTTTCATGGAACACGATGATTGGTGGGTATGGGATGCATGGACATGGTGA
GGACGCTCTTGCACTTTTTGCAAAAATGGAACAGGAAGGTATGAAGCCCGACCATGTAACCTTTATTTGTGTTTTGTCGGCGTGCAGCCATGCGGGTTTGGTGGATGATGGCTGGCAGTGCTTCGTTCATATGGTTGAAGATTGTTTCATCACACCCGGTATGGAACACTATGCATGCATGGTTGACCTTCTTGGGCGCT
CTGGGCTTCTCCATGAAGCTTATAACTTTATTCAAAAGATGCCATTTAAACCCAATGCTGTTGTGTGGGGTAGCTTGCTTGGTGCCTGTAGGATTCATGGCGATATTTTGCTTGGAGAATATGCAATGAATTGTATTTTTGAATTGGTACCAGAAAATGCTGCACATTATGTACTGCTGTCAAACATCTATGCTGAGGCT
GGCAGGTGGGATGTTGTTGCAAAATTGAGAAA

Intron 2 GTGAGTGCTC ... GTCATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.15	15	10	19
A2	41.67	21	20	10
A3	39.39	10	9	4
A4	20.75	21	9	2
A5	33.33	8	5	3
A6	38.46	4	3	2
A7	32.65	33	18	14
A8	24	19	6	6
A9	30.23	30	14	12
A10	35	26	13	15

>TRINITY_DN45435_c4_g3_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAAGAATGTAGCATTTACTTTCCGGGAGAAGAAGATATCTGCACTACTTGCACTACTGATAAAATCTGTATTCACTGCAAAGAATGTAGCATTTACTTTTCGGTAGAAGAAGATCCTCTGCCTGTGACACTCCTGTGTAAGGGTAGATGGATTGCGCAGTTAATATAAAACATCTCCATTTTCATTGTCCACCATCAAC
ATACTTTACAGAATGGCAACTAAGTTGGTTTCGTCATTCCAGAGAATTAAATCCCCCAAATTTAATGATACTAATAATGAACAGTTGTTCTCGACTGTTACTGCTCTTAAAAGGCAGTCCATCGAAAATCCAGGATGGGAATTGCCTTTGGACTGCAATGTTCGTGCGTCTCTCTTGCCATTGCCCTTCACAGATATACG
ATCTCTGAAGCAATCCCATACCCACATAATCATCAGCGGACTTGAGCAAGACGTTTTCATAGGAACCAAACTGGTAAATGGATATGCCAAATATGGTAGTATAGTATATGCGCGCCAAGTGTTTGACAAAATGCCAACGAGAGATCTGGTCTTGTGGACTGCAATGATTTCAGGGTACGCGCAGAATAGTCATCCCACCG
AGGCCTTGTCACTGTTTCATCAGATGCAATTGGCAGGCATCATGCCTGATCAAGTCACCGTGGGACTGCGTTAATAGACATGTATGCAAAATGCGGGAGCGTGGAGGTTGCACGACAACTGTTTGACAAAATGCCTGAGAGAAATATAGTCTCATGGAATGCGATGATTGCTGGGTATGCAGAGAGTGAACAATTCAAAG
ATACTCTGGAAATTTTCAATCTAATGCAGCTGGCAGGGGTGAAGCCGAACTCAATCACTATGCTTGGCATGCTCTCAGTGTGCAGCCGGTTGCGAACTCCAAAACAAGGTAAGAGTATCCATCGGTTCATCATTAGAGAGGGATATGAGTCGGACATTGCTATGGGAACTTCACTTATAGATATGTATGCAAAATGTGGG
TGTTTAGATACTGCTCGCCAAGTGTTTGACAAGATGTATAAGCGAAATGTGGTTTCTTGGAGTGCAATGATTGCTGGGTATGTGCAGAATGGGCATGCCAATGAGGCCTTAACCCTCTTTGATCAAATGCAACTTACT

>TRINITY_DN45435_c4_g3_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAAAGAATGTAGCATTTACTTTCCGGGAGAAGAAGATATCTGCACTACTTGCACTACTGATAAAATCTGTATTCACTGCAAAGAATGTAGCATTTACTTTTCGGTAGAAGAAGATCTCTGCCTGTGACACTCCTGTGTAAGGGTAGATGGATTGCGCAGTTAATATAAAACATCTCCATTTTCATTGTCCACCATCAACA
TACTTTACAGAATGGCAACTAAGTTGGTTTCGTCATTCCAGAGAATTAAATCCCCCAAATTTAATGATACTAATAATGAACAGTTGTTCTCGACTGTTACTGCTCTTAAAAGGCAGTCCATCGAAAATCCAGGATGGGAATTGCCTTTGGACTGCAATGTTCGTGCGTCTCTCTTGCCATTGCCCTTCACAGATATACGA
TCTCTGAAGCAATCCCATACCCACATAATCATCAGCGGACTTGAGCAAGACGTTTTCATAGGAACCAAACTGGTAAATGGATATGCCAAATATGGTAGTATAGTATATGCGCGCCAAGTGTTTGACAAAATGCCAACGAGAGATCTGGTCTTGTGGACTGCAATGATTTCAGGGTACGCGCAGAATAGTCATCCCACCGA
GGCCTTGTCACTGTTTCATCAGATGCAATTGGCAGGCATCATGCCTGATCAAGTCACCGTGgtgagtgctctctctgcttgtgccaatttagggcttctgccacaaggcaagtggattcatacctatataatgagacgtggatttgaattgggtgtcattgtagGGACTGCGTTAATAGACATGTATGCAAAATGCGGGA
GCGTGGAGGTTGCACGACAACTGTTTGACAAAATGCCTGAGAGAAATATAGTCTCATGGAATGCGATGATTGCTGGGTATGCAGAGAGTGAACAATTCAAAGATACTCTGGAAATTTTCAATCTAATGCAGCTGGCAGGGGTGAAGCCGAACTCAATCACTATGCTTGGCATGCTCTCAGTGTGCAGCCGGTTGCGAACT
CCAAAACAAGGTAAGAGTATCCATCGGTTCATCATTAGAGAGGGATATGAGTCGGACATTGCTATGGGAACTTCACTTATAGATATGTATGCAAAATGTGGGTGTTTAGATACTGCTCGCCAAGTGTTTGACAAGATGTATAAGCGAAATGTGGTTTCTTGGAGTGCAATGATTGCTGGGTATGTGCAGAATGGGCATGC
CAATGAGGCCTTAACCCTCTTTGATCAAATGCAACTTACT

Intron 3 GTAAATAATA ... GCCTCTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	19	7
A2	52.38	5	5	6
A3	100	0	7	1
A4	83.33	1	5	5
A5	100	0	4	0
A6	77.78	2	6	8
A7	78.95	4	19	11
A8	80.49	4	17	16
A9	90	2	18	18
A10	81.25	3	18	8

>TRINITY_DN45435_c4_g3_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CTCCAGGATGCAGCTGGATTGAGACAATTAAAGAAAAGGGAAGCTTTCTCAGATTCCTCTCTCAATCTAAGAAAATATATGCAAGGGGAGCAACATTGCTGGGCAACTGGAGCAAGCAGATTATTTTCCTAGCACAAGGGTTGCTCCATATAATGTGAGGAGATTGTCAAGGAAACTGTGCTGTGAGCAAATAGCCATTG
GTTTGGGTTTTCAGCACAAGACTGGAACATCTATTTCTATTTCGAAGAACACTGTTGTATTTTAAGGCAGAACAACAGACGCTAATTGAATTAAGTGAAGCATAGTTTGAATACCAATCAAATTAATCATATTGATATTACCTATATCTGGTTAATAGAAAGGTAGATATTTTGGTTACGGAAGAGCTAATGCATTCTGG
TCCAGGCTAGATGAATCACTCCATTATATGATTCGATTGCTTGAGTCAAACTTGCAGATCCATATTGACGTCTCAACATTCTTTTAGAACATCCAGTGGGATGGGTTTGGAAATAAGGAAAAAACATTCTTTGTTTATAATTGGGCAGAGTGCTTATATCTTGTTGCTGTCACAAACTGATTGCAGCCGATCACTTGAAA
AGCTTTATGTATATTTGTTGAGCTGAAAATGTAACCTGCTATGCTTGTAATCACTCTGTTTGCAGTTCATAGTTCACATAAATCAAATGTCAGAGTTTATA

>TRINITY_DN45435_c4_g3_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGACTCTGCGAGCAGGCTCTTGCATTCTATCGCCAAATGCGGGAGCATGGCATCGAGCCTGACAGTTTCATTTTCAGCTCTGTAGTCAAGGCATGTGCTGATTTATCAGCTCTTCAGGAGGGTTTGGATGTTCACGATGATATATTTAGACTTGGACTTGAGTCGGATATTGTTGTAAGTACTGCCCTTGTTGCCATGTA
TGCTAAGTGTGGAGTTTTAGAGCTCGCACGTGAAGTGTTTGACAAAATGTCTGAACGAAACGTTGTTTCATGGAGTGCGATGATCGCTGGTTATGCTCAGAAGGGTTATGCTGGTGAAGCTTTGAGGCTTTTTAACGGAATGAGAGTGCGAGGGTTCGAGCCTGACTTGGTTATCATGGTAAGTGTTCTGCCTGCTTTTT
CATCTCTATCAAATCTGCAACATGGAAAATGTATCCATGGTTATGTTATAAGAAGTGGGTTTGAGTCTGATTTTGCTGTGAGTACTGCCCTCATAGATATGTATGCTAAATGCGGGAGTGTAGGTTTTGCACGGCAACTGTTTAACAACATGTGTAAAGGGAACGTGGGGTTGTGGAATGCCATGATCGTTGGTTATACA
CAGAATGGATATGCCAATGAAGCCTTGGAACTCTTCAATGAAATGCAAATGGAGTGTGTGGAACCTGATTTGGTTACCATAGTGAGCATTGTCCCAGCGTGCGCCAATTTATCAGGTCTGCAGCTAAGTAAGTGGATTCACAGTTACATAATTGTAAGTGGATTTGAGTTGGATATTATGGTGGGTACTGCACTTATAGA
TATGTATGCAAAATGCGGAAGTGTAGGCAGTGCATGGCAATTGTTTGATAGAATGTCTCAGAGAAATGTGGTGTCATGGAATACTATGATCGCTGGCTATGCCCAGAATGGGCATGCCGATGAAGCCTTGGCACTCTTTAATGAAATGAAACTGCGAAACTTAAAACCTGATTCAATTACCATGCTGAGCACTCTCCCTG
CATGTGCCTTTTTGTCTGCTCTGCAACAAGGTAAGCGAATGCATGGTTACATAATTAGAAGTAATTTTGAGTCAGACGTTGTTGTATGCAATTCCTTAATAGACATGTATGCCAAGTGCGGGACCTTGGAGTTTGCACGCCAGTTATTTGACATCATGTCTCAGAGAACTGTGGTTTCATGGAACACGATGATTGGTGGG
TATGGGATGCATGGACATGGTGAGGACGCTCTTGCACTTTTTGCAAAAATGGAACAGGAAGGTATGAAGCCCGACCATGTAACCTTTATTTGTGTTTTGTCGGCGTGCAGCCATGCGGGTTTGGTGGATGATGGCTGGCAGTGCTTCGTTCATATGGTTGAAGATTGTTTCATCACACCCGGTATGGAACACTATGCATG
CATGGTTGACCTTCTTGGGCGCTCTGGGCTTCTCCATGAAGCTTATAACTTTATTCAAAAGATGCCATTTAAACCCAATGCTGTTGTGTGGGGTAGCTTGCTTGGTGCCTGTAGGATTCATGGCGATATTTTGCTTGGAGAATATGCAATGAATTGTATTTTTGAATTGGTACCAGAAAATGCTGCACATTATGTACTGC
TGTCAAACATCTATGCTGAGGCTGGCAGGTGGGATGTTGTTGCAAAATTGAGAAATATTATGAAAGTCAAGGGACTGAAGAAGACTCCAGGATGCAGCTGGATTGAGgtaaataataaggttcattccttctttgcaacagaaggtgaaagtgaaagtattttgttgttttagtgcacaaaaatacaacgattataaaac
ttttcagcaggatatcgattcaaattgaaatgaggaacaataactataggtattgcctctccagACAATTAAAGAAAAGGGAAGCTTTCTCAGATTCCTCTCTCAATCTAAGAAAATATATGCAAGGGGAGCAACATTGCTGGGCAACTGGAGCAAGCAGATTATTTTCCTAGCACAAGGGTTGCTCCATATAATGTGAG
GAGATTGTCAAGGAAACTGTGCTGTGAGCAAATAGCCATTGGTTTGGGTTTTCAGCACAAGACTGGAACATCTATTTCTATTTCGAAGAACACTGTTGTATTTTAAGGCAGAACAACAGACGCTAATTGAATTAAGTGAAGCATAGTTTGAATACCAATCAAATTAATCATATTGATATTACCTATATCTGGTTAATAGA
AAGGTAGATATTTTGGTTACGGAAGAGCTAATGCATTCTGGTCCAGGCTAGATGAATCACTCCATTATATGATTCGATTGCTTGAGTCAAACTTGCAGATCCATATTGACGTCTCAACATTCTTTTAGAACATCCAGTGGGATGGGTTTGGAAATAAGGAAAAAACATTCTTTGTTTATAATTGGGCAGAGTGCTTATAT
CTTGTTGCTGTCACAAACTGATTGCAGCCGATCACTTGAAAAGCTTTATGTATATTTGTTGAGCTGAAAATGTAACCTGCTATGCTTGTAATCACTCTGTTTGCAGTTCATAGTTCACATAAATCAAATGTCAGAGTTTATA