NA ----> NA

Intron 1 GTGAATAAAT ... TTGTAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.8	52	15	14
A2	31.62	40	21	16
A3	17.48	68.5	19	10
A4	22.28	71.5	29	12
A5	18.99	32	13	2
A6	15.33	248.5	68	22
A7	16.2	398.5	102	52
A8	14.34	403.5	109	26
A9	16.36	381	107	42
A10	16.92	331.5	95	40

>TRINITY_DN113440_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCAAATGGCTGGAAAACGCTTAGTAAGTTTAGTGAGCCTCTGTCCATATTTTGAATTTCTATTTTGTTAAACTGGAATGAGAGAAAGAAAAAGAAGCTGATTACTTTGTCTTGACTATCTGATTGTTGAGTTATGTTTTGAATCCCACAGACAGACCCTGCAAAAAGTAGTGTGCCTTTGGATGCAGTCACGATCCTGG
GAAATTCAGTATGCAATGAATGCTCAAAATATGGAGATTTTGAGAAGGGGAGCTTCTATCAGGGCATGCAGGACTTTTTGGCAAAATCAAGAATGACAAAAGATCACTATGACAGAGAGTCAGTTGTCCATGATGTTTATTATGCAGTATTAATTGCGGCTGAGGAATTTGGAACAGAGGGACAGGCATTAGAGCAAACA
TTCAAGGATGCTGCCTCTCGTATAATTGGAAGTGCAATGCATATAACAGATGCCAACATTGACCCCAGGACCAAAGCAGCAAAAGCCATCTATCTATTTGCAGCAGAAATTAGCGTTTGTGCACGTGATGCTGAATTGAAAAGGCAGAAGGCACTGGAGGATGCAACAGATTTGTTGAGAAAAGAAAAAGAAAAACAACA
AAAGTTTGGTCGGAGTGCTAGTGTGCTGCAGTCAAGTTTTGCTCATCATTCGTCATAAATTCAGGGAGGAGTTGTCTAACTTTTTGGAGCTATTTCAGTAGTATATTGGCCGTTTTTTGTTGTGATTTGACAGTTTCTGGTTGTATTTGGGTCCAAAAGGCTTAATTGTTAGACAACTCCATTTAGGGAAACCTAGAAGG
CAACAATGATATTTGATTATTTTATTTCTTTTCATTCTTTAAATGGGTTGTTATTCATTATCTCCTTACAATCTCATATCAATTTGTTATATTGAATGTTCAACGAATATGCTGCAGTGAGTTTGTCTTGTTTTCAAAGATGACCGAGCAAGTTTATTAAGATCGGCTGTGTTCGAGAACTTCTTTAG

>TRINITY_DN113440_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCAAATGGCTGGAAAACGCTTAGTAAGTTTAGTGAGCCTCTGTCCATATTTTGAATTTCTATTTTGTTAAACTGGAATGAGAGAAAGAAAAAGAAGCTGATTACTTTGTCTTGACTATCTGATTGTTGAGTTATGTTTTGAATCCCACAGACAGACCCTGCAAAAAGTAGTGTGCCTTTGGATGCAGTCACGATCCTGG
GAAATTCAGTATGCAATGAATGCTCAAAATATGGAGATTTTGAGAAGGGGAGCTTCTATCAGGGCATGCAGGACTTTTTGGCAAAATCAAGAATGACAAAAGATCACTATGACAGAGAGTCAGTTGTCCATGATGTTTATTATGCAGTATTAATTGCGGCTGAGgtgaataaatttgacaatgaccaagtctgtcaacta
tattatagaaacacttcttaccttctagcatatgcaaacaacatattccattcatggttcttacttctattgaaatccactgcctattgacaagaaatgccagagcatatgtgggtattttaagaagatagggaaaaggataattcatagacttcagtgactgttaaaatttgatgattattatgtaccatctagtaaag
ctataagctgtgtaatgtgatttagtaatgttatcttgtttgtaatcagGAATTTGGAACAGAGGGACAGGCATTAGAGCAAACATTCAAGGATGCTGCCTCTCGTATAATTGGAAGTGCAATGCATATAACAGATGCCAACATTGACCCCAGGTAATTCTCATTTCAAATGCCTGTACAACACCCTGAATGAATTGAAT
ATAAGTTGTAGTATTGCAGTCTCCTATAGAAATTTAATTTATATATCTATGCTGTCTTATTATTTATATTTGGGCGAGGTTTCAATTTTGTTGCTTTTTTCTTGCAAACTTGTGCTTTCAGAAAAGCAGCCTGGGATATGATTTTAGAGTTGTAGGTTGTAATCATTCCTTTTCTTTCCAGCTTAAGAAGATAGAAGCAT
ATAGGGCC

Intron 2 GTAAGTTTAG ... AATCCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.19	70.1	0.6	27
A2	22.51	82.9	3	24
A3	19.67	66.7	3	16
A4	19.26	51	1	12
A5	20.17	23.9	0.9	6
A6	13.42	196.6	1.1	30
A7	12.5	375.3	0	53
A8	15.72	281.3	0.6	52
A9	13.33	363.7	0.3	55
A10	15.95	274.1	0	51

>TRINITY_DN113440_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GTAGAATATGTTCAGTGATGATGAAGCAGCTCATCCGCCGATGTTTATATTTATATATCAAGTATGTTGTTTAGAAATTAGAAAGCGACCATGGGCATCGCTATTCCCCAAATTGCAAGGTGGACGAATCGACGATCCTCAAGAGAGGAATGCTATATTCCGAAGTGCAAGGTGGACGATTGACAGAGGATTATCAGGGA
AAGTATTCCTCCTTTATTCTGTAACTGTTGGTCTTCCATGATTTGGTAATTACAGGCGAGGAAATCAGAGGAACATAGAAAAACAAATCACAATGAATACAGCTGCTGCAAAGAAGGGAGTTGGATTACTCTTCAATGCCACCAAGAGTGGATTATCCAGCCTTTCTAGTGGCTTAAACAAAACAAGGAAGGCCTATGTT
AACAAGCACGAGGCTGATGTGCTGGCAGAGTTGAAGAAGAGTGGTGTAAGCCCTTCAGAGCTTATATTTAAAGTATTCCAGCGTTTATACTTTTTGTACATGGCTGAATACAAGCATGAGTTGGTAGCCGCAGCTCAAATGGCTGGAAAACGCTTAACAGACCCTGCAAAAAGTAGTGTGCCTTTGGATGCAGTCACGAT
CCTGGGAAATTCAGTATGCAATGAATGCTCAAAATATGGAGATTTTGAGAAGGGGAGCTTCTATCAGGGCATGCAGGACTTTTTGGCAAAATCAAGAATGACAAAAGATCACTATGACAGAGAGTCAGTTGTCCATGATGTTTATTATGCAGTATTAATTGCGGCTGAGGAATTTGGAACAGAGGGACAGGCATTAGAGC
AAACATTCAAGGATGCTGCCTCTCGTATAATTGGAAGTGCAATGCATATAACAGATGCCAACATTGACCCCAGGACCAAAGCAGCAAAAGCCATCTATCTATTTGCAGCAGAAATTAGCGTTTGTGCACGTGATGCTGAATTGAAAAGGCAGAAGGCACTGGAGGATGCAACAGATTTGTTGAGAAAAGAAAAAGAAAAA
CAACAAAAGTTTGGTCGGAGTGCTAGTGTGCTGCAGTCAAGTTTTGCTCATCATTCGTCATAAATTCAGGGAGGAGTTGTCTAACTTTTTGGAGCTATTTCAGTAGTATATTGGCCGTTTTTTGTTGTGATTTGACAGTTTCTGGTTGTATTTGGGTCCAAAAGGCTTAATTGTTAGACAACTCCATTTAGGGAAACCTA
GAAGGCAACAATGATATTTGATTATTTTATTTCTTTTCATTCTTTAAATGGGTTGTTATTCATTATCTCCTTACAATCTCATATCAATTTGTTATATTGAATGTTCAACGAATATGCTGCAGTGAGTTTGTCTTGTTTTCAAAGATGACCGAGCAAGTTTATTAAGATCGGCTGTGTTCGAGAACTTCTTTAG

>TRINITY_DN113440_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCAAATGGCTGGAAAACGCTTAgtaagtttagtgagcctctgtccatattttgaatttctattttgttaaactggaatgagagaaagaaaaagaagctgattactttgtcttgactatctgattgttgagttatgttttgaatcccacagACAGACCCTGCAAAAAGTAGTGTGCCTTTGGATGCAGTCACGATCCTGG
GAAATTCAGTATGCAATGAATGCTCAAAATATGGAGATTTTGAGAAGGGGAGCTTCTATCAGGGCATGCAGGACTTTTTGGCAAAATCAAGAATGACAAAAGATCACTATGACAGAGAGTCAGTTGTCCATGATGTTTATTATGCAGTATTAATTGCGGCTGAGGTGAATAAATTTGACAATGACCAAGTCTGTCAACTA
TATTATAGAAACACTTCTTACCTTCTAGCATATGCAAACAACATATTCCATTCATGGTTCTTACTTCTATTGAAATCCACTGCCTATTGACAAGAAATGCCAGAGCATATGTGGGTATTTTAAGAAGATAGGGAAAAGGATAATTCATAGACTTCAGTGACTGTTAAAATTTGATGATTATTATGTACCATCTAGTAAAG
CTATAAGCTGTGTAATGTGATTTAGTAATGTTATCTTGTTTGTAATCAGGAATTTGGAACAGAGGGACAGGCATTAGAGCAAACATTCAAGGATGCTGCCTCTCGTATAATTGGAAGTGCAATGCATATAACAGATGCCAACATTGACCCCAGGTAATTCTCATTTCAAATGCCTGTACAACACCCTGAATGAATTGAAT
ATAAGTTGTAGTATTGCAGTCTCCTATAGAAATTTAATTTATATATCTATGCTGTCTTATTATTTATATTTGGGCGAGGTTTCAATTTTGTTGCTTTTTTCTTGCAAACTTGTGCTTTCAGAAAAGCAGCCTGGGATATGATTTTAGAGTTGTAGGTTGTAATCATTCCTTTTCTTTCCAGCTTAAGAAGATAGAAGCAT
ATAGGGCC