sp|Q9LIK5|CML11_ARATH ----> Calmodulin-like protein 11

Intron 1 GTACTCGCTC ... TCTTTGAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	3.62	333	17	8
A2	4.64	226	10	12
A3	4.87	215	8	14
A4	8.07	245	26	17
A5	3.41	99	6	1
A6	1.31	414	9	2
A7	5.4	639	60	13
A8	4.61	435	38	4
A9	4.95	624	50	15
A10	4.89	593	49	12

>TRINITY_DN47317_c2_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoform

GGCAATTTTAACTTTACAGTTCTATGAAGGGCTAGAACCCTTTGGAGGGGCCGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCAGCAGCAGCGCTTGGTCCGGAGGGAAGGCAGCAACGGGCAGGTACTCAATTGCTCAATTTCTCCAGGGGAAACAATACGTTGCATAAATGGGCAATACATCATCTATGCTTACTCAGTATGACAT
CGAGGATGTCCAAGAGCACTGCAATAACATGTTTTCACAGCAGGAAATAGTTTCCCTGTATGAGAGGTTCTGTGCACTTGATCGTAATGGGAAGGGCTTTATTTCAGCTGATGAATTCTTATCTGTTCCAGAGTTTGCAGTGAATCCACTTTCTCAGAGATTGCTGAGAATGTTAGATGGTTTGAACTTCAAAGATTTCC
TAGCTTTTTTATCAGCCTTCAGTTCCAGAGCAAGTATTCGACAAAAGATTGAATTCATTTTCAAGGTTTATGATTCAGATGGCAATGGGAAAGTGACACTTGAAGATATACTTGAAGTGTTGCGGGATTTGACAGGATCTTTTATTTCTGAAGAGCAACGGCAGCAAGTCGTGGGTCAAGTTTTGGAGGAAGCAGGCTAT
TCAAAAGATTGTGGTTTGACGGTTGAAGATTTTGTGAAGATTCTTGGCATGTCTGGATTGAAGATGGAGGTTGAAGTGCCAGTGGATTGAAGCTCAGTGGCCCTGCCCACATTGCTCTATTTATTCTTCATTTTTTATCTCTTTAGCAATTTCTAATCAGAATCTCAACTTTGGCATTTGTGTAAAACTGTAATTCCTTG
CAAAGTTGCTTGTAGGTCAGTGTGATGCCTGCCCAACCCCATTAAAATCTCTTTATTATGTATGGTGGAATTCTAATTGCAGAGCTAGGTTAGATGTTTATCCAAGATGGGTTGCTTACATTTGATGGAGACGGAATTGAATAATATGCATCGAGGAGTATCCATCACAGGTCCTTGTGAACTATCATCCACATACAATA
GTAAATGATGAAGGCTTTGGATGTAAATAATAATATGCATGAAATGGAGGCAGTAAATTGCAATTATGGCATAAAATGCTCATGCTTTCAGATGAAGGGGCTGGTTGCATTACTTATGCTTAACAATTCATTCTATTTCTTGCTTAGATTTTTTATAGCGATCATGATAATTGACATGCCATTCCAAGTTAGTTTGTCAG
CAAATGCTGCACTTGTGTTTGGTTACTTCTGTTATAGTACCTTGATTGCAAATTACATATTTAACTAGAAGATTTGTGTATAATTCTAAAATTGTCC

>TRINITY_DN47317_c2_g1_i6 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GGCAATTTTAACTTTACAGTTCTATGAAGGGCTAGAACCCTTTGGAGGGGCCGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCAGCAGCAGCGCTTGGTCCGGAGGGAAGGCAGCAACGGGCAGGTACTCAATTGCTCAATTTCTCCAGgtactcgctcttcctccaggttggtagagtaagtccccagcgatgctaaccagtcggcg
cctaataccatgtctacttctttgagagGGGAAACAATACGTTGCATAAATGGGCAATACATCATCTATGCTTACTCAGTATGACATCGAGGATGTCCAAGAGCACTGCAATAACATGTTTTCACAGCA

Intron 2 GTAATTCCCT ... TTGACTGGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.12	133	8	105
A2	43.15	83	17	63
A3	47.33	69	11	62
A4	41.03	92	6	64
A5	44.64	31	4	25
A6	43.97	172	2	135
A7	41.91	262	10	189
A8	41.18	180	7	126
A9	41.94	245	5	177
A10	42.54	204	10	151

>TRINITY_DN47317_c2_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoform

GTTTGTTTCTGCACGAGAGGCGCTCTGCTTTTTTCATCGTTGTGCTGCAAATAAAAGCAATTTCGTGCAAGTAAATAAGCCACGTTAATCGCTAAATATCAGAAGAAGAAACGTTGGTATTCGCTAAATATCAGAAGAAGAAACGTTGGTATGGACGCTCAGTGGGAAACAATACGTTGCATAAATGGGCAATACATCAT
CTATGCTTACTCAGTATGACATCGAGGATGTCCAAGAGCACTGCAATAACATGTTTTCACAGCAAGAAACAGTTTCCCTGTATGAGAGGTTCTGTGCACTTGATCGTAATGGGAAGGGCTTTATTTCAGCTGATGAATTCTTATCTGTTCCAGAGTTTGCAGTGAATCCACTTTCTCAGAGATTGCTGAGAATGTTAGAT
GGTTTGAACTTCAAAGATTTCCTAGCTTTTTTATCAGCCTTCAGTTCCAGAGCAAGTATTCGACAAAAGATTGAATTCATTTTCAAGGTTTATGATTCAGATGGCAATGGGAAAGTGACACTTGAAGATATACTTGAAGTGTTGCGGGATTTGACAGGATCTTTTATTTCTGAAGAGCAACGGCAGCAAGTCGTGGGTCA
AGTTTTGGAGGAAGCAGGCTATTCAAAAGATTGTGGTTTGACGGTTGAAGATTTTGTGAAGATTCTTGGCATGTCTGGATTGAAGATGGAGGTTGAAGTGCCAGTGGATTGAAGCTCAGTGGCCCTGCCCACATTGCTCTATTTATTCTTCATTTTTTATCTCTTTAGCAATTTCTAATCAGAATCTCAACTTTGGCATT
TGTGTAAAACTGTAATTCCTTGCAAAGTTGCTTGTAGGTCAGTGTGATGCCTGCCCAACCCCATTAAAATCTCTTTATTATGTATGGTGGAATTCTAATTGCAGAGCTAGGTTAGATGTTTATCCAAGATGGGTTGCTTACATTTGATGGAGACGGAATTGAATAATATGCATCGAGGAGTATCCATCACAGGTCCTTGT
GAACTATCATCCACATACAATAGTAAATGATGAAGGCTTTGGATGTAAATAATAATATGCATGAAATGGAGGCAGTAAATTGCAATTATGGCATAAAATGCTCATGCTTTCAGATGAAGGGGCTGGTTGCATTACTTATGCTTAACAATTCATTCTATTTCTTGCTTAGATTTTTTATAGCGATCATGATAATTGACATG
CCATTCCAAGTTAGTTTGTCAGCAAATGCTGCACTTGTGTTTGGTTACTTCTGTTATAGTACCTTGATTGCAAATTACATATTTAACTAGAAGATTTGTGTATAATTCTAAAATTGTCC

>TRINITY_DN47317_c2_g1_i10 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GGCGGTGAGCGCTGAAGTGTTCAATTATCTTCCATCAACCTCTACTTAACCTAAAATAGTCGATGGACATTGTTACTGAGTGTTCATATATTCTGCACGAGAGGCGCTCTGGTTTTTTCTATCGTTGTGCATAAAAGCAATTTCGTGCAAGTAAATAAGCCACGTTAATCGCTAAATATCAGAAGAAGAAACGTTGGTAT
TCGCTAAATATCAGAAGAAGAAACGTTGGTATGGACGCTCAGTgtaattccctctcaacacattgtttgtgtttgttttttctggtgtaattagtattatgtgggtgttaattccgcgatgttaaattttgggcttcatttatttgaactgccttgaaatttctgccatatgtttttattctaccattgccagcattgag
tttcatcgttatagaattctgagattacggaaagtgggttttgagattttatttcattcaacatgcctgatattttccaatgtttgaaacacatcgaagatcaaagaatcgcttttcgtttgatgcccgtgtgatgcgggtagaagttcttattgtgtctcttgtcatatttgttcacagaactgcagcaacattttcct
tttttgtccattagatctattatcatgtgccctttctccatcctctgtaattccctaaatttcgatgctgacatcattgctgcattagtatataattacttgccccttctccatagtcgaaactttggtttacagtatctcacatgcagtttgctcgaactagcacagacgcatctaaaccgggtccgatatgcattttg
aggttgtatagtttactatggtggcatttttgtgaattcgagatttcctactgtgcgagctttgcaatatcaaggtgcatatagaacattgaacattggtttaaaagggtatcggacatctcacaccctgggctcttcgcttgagaaagccatggtttcctgacagcttcagcgcgcgttttctccacacgaaggtcaat
cacaccggtatttaaccttgaagccgttctgaacgatttctgatcaaaccacttcaaaacgatttccagggcagatcgatcaagcaaccaaggtactgttagcgtcccccatgcacatggtaacggccgcgttatccctggccaagctattccgttgactggagGGGAAACAATACGTTGTATAAATGGGCAATACATCA
TCTATGCTTACTCAGTATGACATCGAGGATGTCCAAGAGCACTGCAATAACATGTTTTCACAGCAAGAAACAGTTTCCCTGTATGAGAGGTTCTGTGCACTTGATCGTAATGGGAAGGGCTTTATTTCAGCTGATGAATTCTTATCTGTTCCAGAGTTTGCAGTGAATCCACTTTCTCAGAGATTGCTGAGAATGTTAGA
TGGTTTGAACTTCAAAGATTTCCTAGCTTTTTTATCAGCCTTCAGTTCCAGAGCAAGTATTCGACAAAAGATTGAATTCATTTTCAAGGTTTATGATTCAGATGGCAATGGGAAAGTGACACTTGAAGATATACTTGAAGTGTTGCGGGATTTGACAGGATCTTTTATTTCTGAAGAGCAACGGCAGCAAGTCGTGGGTC
AAGTTTTGGAGGAAGCAGGCTATTCAAAAGATTGTGGTTTGACGGTTGAAGATTTTGTGAAGATTCTTGGCATGTCTGGATTGAAGATGGAGGTTGAAGTGCCAGTGGATTGAAGCTCAGTGGCCCTGCCCACATTGCTCTATTTATTCTTCATTTTTTATCTCTTTAGCAATTTCTAATCAGAATCTCAACTTTGGCAT
TTGTGTAAAACTGTAATTCCTTGCAAAGTTGCTTGTAGGTCAGTGTGATGCCTGCCCAACCCCATTAAAATCTCTTTATTATGTATGGTGGAATTCTAATTGCAGAGCTAGGTTAGATGTTTATCCAAGATGGGTTGCTTACATTTGATGGAGACGGAATTGAATAATATGCATCGAGGAGTATCCATCACAGGTCCTTG
TGAACTATCATCCACATACAATAGTAAATGATGAAGGCTTTGGATGTAAATAATAATATGCATGAAATGGAGGCAGTAAATTGCAATTATGGCATAAAATGCTCATGCTTTCAGATGAAGGGGCTGGTTGCATTACTTATGCTTAACAATTCATTCTATTTCTTGCTTAGATTTTTTATAGCGATCATGATAATTGACAT
GCCATTCCAAGTTAGTTTGTCAGCAAATGCTGCACTTGTGTTTGGTTACTTCTGTTATAGTACCTTGATTGCAAATTACATATTTAACTAGAAGATTTGTGTATAATTCTAAAATTGTCC

Intron 3 GTTGGTAGAG ... TCTTTGAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	2.71	388.5	13	8
A2	3.67	269.5	8	12
A3	3.65	258	5	14
A4	6.33	285.5	20	17
A5	2.27	112	4	1
A6	1.05	433.5	7	2
A7	3.33	720	35	13
A8	2.77	512	24	4
A9	3.13	696	28	15
A10	3.11	691.5	31	12

>TRINITY_DN47317_c2_g1_i7 from sample A10 / Example spliced isoform

GGCAATTTTAACTTTACAGTTCTATGAAGGGCTAGAACCCTTTGGAGGGGCCGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCAGCAGCAGCGCTTGGTCCGGAGGGAAGGCAGCAACGGGCAGGTACTCGCTCTTTCTCCAGGTACTCAATTGCTCAATTTCTCCAGGTACTCGCTCTTCCTCCAGGGGAAACAATACGTTGCATAA
ATGGGCAATACATCATCTATGCTTACTCAGTATGACATCGAGGATGTCCAAGAGCACTGCAATAACATGTTTTCACAGCAGGAAATAGTTTCCCTGTATGAGAGGTTCTGTGCACTTGATCGTAATGGGAAGGGCTTTATTTCAGCTGATGAATTCTTATCTGTTCCAGAGTTTGCAGTGAATCCACTTTCTCAGAGATT
GCTGAGAATGTTAGATGGTTTGAACTTCAAAGATTTCCTAGCTTTTTTATCAGCCTTCAGTTCCAGAGCAAGTATTCGACAAAAGATTGAATTCATTTTCAAGGTTTATGATTCAGATGGCAATGGGAAAGTGACACTTGAAGATATACTTGAAGTGTTGCGGGATTTGACAGGATCTTTTATTTCTGAAGAGCAACGGC
AGCAAGTCGTGGGTCAAGTTTTGGAGGAAGCAGGCTATTCAAAAGATTGTGGTTTGACGGTTGAAGATTTTGTGAAGATTCTTGGCATGTCTGGATTGAAGATGGAGGTTGAAGTGCCAGTGGATTGAAGCTCAGTGGCCCTGCCCACATTGCTCTATTTATTCTTCATTTTTTATCTCTTTAGCAATTTCTAATCAGAA
TCTCAACTTTGGCATTTGTGTAAAACTGTAATTCCTTGCAAAGTTGCTTGTAGGTCAGTGTGATGCCTGCCCAACCCCATTAAAATCTCTTTATTATGTATGGTGGAATTCTAATTGCAGAGCTAGGTTAGATGTTTATCCAAGATGGGTTGCTTACATTTGATGGAGACGGAATTGAATAATATGCATCGAGGAGTATC
CATCACAGGTCCTTGTGAACTATCATCCACATACAATAGTAAATGATGAAGGCTTTGGATGTAAATAATAATATGCATGAAATGGAGGCAGTAAATTGCAATTATGGCATAAAATGCTCATGCTTTCAGATGAAGGGGCTGGTTGCATTACTTATGCTTAACAATTCATTCTATTTCTTGCTTAGATTTTTTATAGCGAT
CATGATAATTGACATGCCATTCCAAGTTAGTTTGTCAGCAAATGCTGCACTTGTGTTTGGTTACTTCTGTTATAGTACCTTGATTGCAAATTACATATTTAACTAGAAGATTTGTGTATAATTCTAAAATTGTCC

>TRINITY_DN47317_c2_g1_i6 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GGCAATTTTAACTTTACAGTTCTATGAAGGGCTAGAACCCTTTGGAGGGGCCGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCAGCAGCAGCGCTTGGTCCGGAGGGAAGGCAGCAACGGGCAGGTACTCAATTGCTCAATTTCTCCAGGTACTCGCTCTTCCTCCAGgttggtagagtaagtccccagcgatgctaaccagtcggcg
cctaataccatgtctacttctttgagagGGGAAACAATACGTTGCATAAATGGGCAATACATCATCTATGCTTACTCAGTATGACATCGAGGATGTCCAAGAGCACTGCAATAACATGTTTTCACAGCA