NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTGTTT ... TTGGGTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.44	657	484	485
A2	33.41	583	286	299
A3	35	664	333	382
A4	40.67	617	432	414
A5	29.59	282	105	132
A6	29.95	69	30	29
A7	14.57	346	77	41
A8	22.08	210	59	60
A9	17.67	177	40	36
A10	16.52	230	37	54

>TRINITY_DN135653_c2_g3_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TGCTACATAATTTTATAATTTTAGGGTTCCATGTTTTCATTTAACTCATTTGCTGCTTTTTAATTTTATGCTTCTTAATTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGCGGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCGACACATAAACAAGACTTGCCTGCAGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGCGACTTTTGGT
CTTTGCAATTGCATAAGATGTACTTAATTTTGCTGGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAATATTGAGGTGGTAAACAAATGTGGTGGTTCC

>TRINITY_DN135653_c2_g3_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGCTACATAATTTTATAATTTTAGGGTTCCATGTTTTCATTTAACTCATTTGCTGCTTTTTAATTTTATGCTTCTTAATTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGCGGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCGACACATAAACAAGACTTGCCTGCAGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGCGACTTTTGGT
CTTTGCAATTGCATAAGATGTACTTAATTTTGCgtaagtgtttcgggctttgctgaatatttcttgtaatatatatcaagtatttgtttaatgataattatgagattttttgttctgtatttaatattttatagtttggttttttgttgggttaagTGGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACAACCCATATCGTGGA
TATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAATATTGAGGTGGTATGTATGGTTCCATGCATTTTTGTTAAATTATAG

Intron 2 GTAAGTGTTT ... TTGGGTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.86	924	558	828
A2	35.94	804	329	573
A3	36.73	863	386	616
A4	42.45	844	536	709
A5	32.57	381	116	252
A6	35	78	35	49
A7	23.68	448	99	179
A8	33.18	285	81	202
A9	29.51	209	51	124
A10	23.97	276	47	127

>TRINITY_DN42066_c4_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

GTTGCTACATAATTTTATAATTTTAGGGTTCCATGTTTTCGTTTAACTTAGTTGTTGCTTCTTAATTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGTGGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCGACACATAAACAAGACTTGCCTGTAGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGCGACTTTTGGTCTTTGCAATTGCA
TAAGATGTACTTAATTTTGCTGGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGGTAAAGAAATGTGGTGGTTCATTGATAAAAAACTATTGAAATATTTATGTGAGAGAGATTTTAGTATACTATGCAGAAGCGAAGGCATTGGGTGTTC
TTGGTTGGCCATGGATGCTCTTTGGTGTTGTAGAGCACAATTTATGCT

>TRINITY_DN42066_c4_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTTGCTACATAATTTTATAATTTTAGGGTTCCATGTTTTCGTTTAACTTAGTTGTTGCTTCTTAATTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGTGGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATAAACAAGACTTGCCTGTAGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGCGACTTTTGGTCTTTGCAATTGCA
TAAGATGTACTTAATTTTGCgtaagtgtttcgggctttgctgaatatttcttgtaatatatatcaagtatttgtttaatgataattatgagattttttgctctgtatttaatattttatggtttggtttttgttgggttaagTGGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGCA
GTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGGTAAAGAAATGTGGTGGTTCATTGATAAAAAACTATTGAAATATTTATGTGAGAGAGATTTTAGTATACTATGCAGAAGCGAAGGCATTGGGTGTTCTTGGTTGGCCATGGATGCTCTTTGGTGTTGTAGAGCACAATTTATGCT