sp|Q93VV9|TM16B_ARATH ----> Mitochondrial import inner membrane translocase subunit PAM16 like 2

Intron 1 GTGAGGGGTC ... TCTCTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	3	5	1
A2	46.15	14	4	12
A3	51.72	14	4	15
A4	50	5	3	5
A5	50	3	6	3
A6	50.37	67	3	68
A7	53.73	62	16	72
A8	49.57	58	6	57
A9	52.11	68	0	74
A10	55.46	53	26	66

>TRINITY_DN41984_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTTTTTCAAAATTAGGAAACGTGTTCCCCACAACATGCGAAGTCCATACCTCCCCATAAAAGAAACACCCGAAAACCCGAAAGAATTCAATGATGCACGTTGAAAAAAAAAACTATTCACCGATACCCATTTATTCGTTTTCTCTTCACACGCAGGGACTGCATTTTATTGATTCCGAGGCTGCCAACGCCGTCAATAC
AGCTCCTACAAATTAATTTGGGGTTTTATCATTAAGATCCATTGAGGTTTTGGGGTTTCTGCCTTAAGGTTTTTTCGTGAGATTGGAAATTGTATGAGGGAGAAGGCCCCATTCGGCTTTTGTGGGCGCTGCACTGCCGGAAACACTTACGGTCACACCCATCATGGCTGGAAAAATACTTGCAAATTTGATTATAATGG
GTTCTGGAGTTTTGGCAAGGGCTTTTGTTCAAGCTTACCGTCAAGCAATTACAAGTTATCCTTGAGAATATGCACGATCTCTAGTGTTAATTGGAATTGATTTGTAACTTCTTGAACTTTGGAGCTACATGGAAAATAGTCCTCTTTCTAGACCAATATCATGGATGCTGAACGCTTCCAAGACAGGTGTAGCTCAAGAA
GCAATGCAGAATGCAGTTCGCAAGACTAGTAAAGCAATGACAGAACATGAAGCCAGACAAATTTTAGGTGTCGGTGAACAAGCATCATGGGAAGAAGTTTTGCAGAAATATGACACACTCTTTGAGAGGAATGCAAAAACAGGAACCTTTTATCTCCAATCGAAGGTTCACAGGGCAAAGGAATGCTTAGAAGCAGCACA
ACAAACTAAAGCATCTAACGGGGGCTAGTACTTGATGCCTAAATTGAGTTCCAAGAATTTGCATTGCAGGAACATTACTATAAATTGGGCAAGGGCACGCTGTTTACATCCATGCACGTTTAAGACACAAATGTGTGTTTTAGTTTAGTAAAGATAAGCTGTATCGATGTTTCGTTGAAAGTAGAGTGCTCTAAATTAAT
TGTATAATTATCTTTCCAAAAATGTCCAAGCTGTTATGTAAGAACTTTGTAAAAAGGGAAAAAATTACCTTTAACGATTTTTTCCCATTAATTGGATTCCCCGAGATTTTGAAACGCTCTGTAGTACAGATTGTGACATTGTAGTGCGCTTGTATTGCATTGAAATCAATGGTTCCTGGGTCAAGGTCAATATTGTGCAT
GGAATGTGTCACTCATATCATAATGCATCTGAATATTGCCTGATTGCTTATATAATATTTTCATTGCCTGCGTTTATTATCGCCTCA

>TRINITY_DN41984_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTTTTTCAAAATTAGGAAACGTGTTCCCCACAACATGCGAAGTCCATACCTCCCCATAAAAGAAACACCCGAAAACCCGAAAGAATTCAATGATGCACGTTGAAAAAAAAAACTATTCACCGATACCCATTTATTCGTTTTCTCTTCACACGCAGGGACTGCATTTTATTGATTCCGAGGCTGCCAACGCCGTCAATAC
AGCTCCTACAAATTAATTTGGGGTTTTATCATTAAGATCCATTGAGGTTTTGGGGTTTCTGCCTTAAGGTTTTTTCGTGAGATTGGAAATTGTATGAGGGAGAAGGCCCCATTCGGCTTTTGTGGGCGCTGCACTGCCGGAAACACTTACGGTCACACCCATCATGGCTGGAAAAATACTTGCAAATTTGATTATAATGG
GTTCTGGAGTTTTGGCAAGGGCTTTTGTTCAAGCTTACCGTCAAGCAATTACAAGTTATCCTTGAGAATATGCACGATCTCTAGTGTTAATTGGAATTGATTTGTAACTTCTTGAACTTTGGAGCTACATGGAAAATAGTCCTCTTTCTAGACCAATATCATGGATGCTGAgtgaggggtccgttcttttattgcatatc
aaatcaacctctcaattcgtatcttctattgtgaagggcacctatttatagagtctaatatttggtggattgatgttggacctgagctgcacttgtctctctcagACGCTTCCAAGACAGGTGTAGCTCAAGAAGCAATGCAGAATGCAGTTCGCAAGACTAGTAAAGCAATGACAGAACATGAAGCCAGACAAATTTTA
GGTGTCGGTGAACAAGCATCATGGGAAGAAGTTTTGCAGAAATATGACACACTCTTTGAGAGGAATGCAAAAACAGGAACCTTTTATCTCCAATCGAAGGTTCACAGGGCAAAGGAATGCTTAGAAGCAGCACAACAAACTAAAGCATCTAACGGGGGCTAGTACTTGATGCCTAAATTGAGTTCCAAGAATTTGCATTG
CAGGAACATTACTATAAATTGGGCAAGGGCACGCTGTTTACATCCATGCACGTTTAAGACACAAATGTGTGTTTTAGTTTAGTAAAGATAAGCTGTATCGATGTTTCGTTGAAAGTAGAGTGCTCTAAATTAATTGTATAATTATCTTTCCAAAAATGTCCAAGCTGTTATGTAAGAACTTTGTAAAAAGGGAAAAAATT
ACCTTTAACGATTTTTTCCCATTAATTGGATTCCCCGAGATTTTGAAACGCTCTGTAGTACAGATTGTGACATTGTAGTGCGCTTGTATTGCATTGAAATCAATGGTTCCTGGGTCAAGGTCAATATTGTGCATGGAATGTGTCACTCATATCATAATGCATCTGAATATTGCCTGATTGCTTATATAATATTTTCATTG
CCTGCGTTTATTATCGCCTCA

Intron 2 GTTATCCTTG ... TCTCTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.67	40	15	1
A2	15.87	53	8	12
A3	18.33	49	7	15
A4	15.79	40	10	5
A5	15.79	16	3	3
A6	17.05	292	52	68
A7	17.88	310	63	72
A8	18.08	256	56	57
A9	18.13	316	66	74
A10	19.81	259	62	66

>TRINITY_DN41614_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

TACCTCCCCATAAAAGAAACACCCGAAAACCCGAAAGAATTCAATGATGCACGTTGAAAAAAAAAACTATTCACCGATACGCATTTATTCGTTTTCTCTTCACACGCAGGGACTGCATTTTATTGATTCCGAGGCTGCCAACGCCGTCAATACAGCTCCTACAAATTAATTTGGGGTTTTATCATTAAGATCCATTGAGG
TTTTGGGGTTTCTGCCTTAAGGTTTTTTCGTGAGATTGGAAATTGTATGAGGGAGAAGGCCCCATTCGGCTTTTGTGGGCGCTGCACTGCCGGAAACACTTACGGTCACACCCATCATGGCTGGAAAAATACTTGCAAATTTGATTATAATGGGTTCTGGAGTTTTGGCAAGGGCTTTTGTTCAAGCTTACCGCCAAGCA
ATTACAAACGCTTCCAAGACAGGTGTAGCTCAAGAAGCAATGCAGAATGCAGTTCGCAAGACTAGTAAAGCAATGACAGAACATGAAGCCAGACAAATTTTAGGTGTCGGTGAACAAGCATCATGGGAAGAAGTTTTGCAGAAATATGACACACTCTTTGAGAGGAATGCAAAAACAGGAACCTTTTATCTCCAATCGAA
GGTTCACAGGGCAAAGGAATGCTTAGAAGCAGCACAACAAACTAAAGCATCTAACGGGGGCTAGTACTTGATGCCTAAATTGAGTTCCAAGAATTTGCATTGCAGGAACATTACTATAAATTGGGCAAGGGCACGCTGTTTACATCCATGCACGTTTAAGACACAAATGTGTGTTTTAGTTTAGTAAAGATAAGCTGTAT
CGATGTTTCGTTGAAAGTAGAGTGCTCTAAATTAATTGTATAATTATCTTTCCAAAAATGTCCAAGCTGTTATGTAAGAACTTTGTAAAAAGGGAAAAAATTACCTTTAACGATTTTTTCCCATTAATTGGATTCCCCGAGATTTTGAAACGCTCTGTAGTACAGATTGTGACATTGTAGTGCGCTTGTATTGCATTGAA
ATCAATGGTTCCTGGGTCAAGGTCAATATTGTGCATGGAATGTGTCACTCATATCATAATGCATCTGAATATTGCCTGATTGCTTATATAATATTTTCATTGCCTGCGTTTATTATCGC

>TRINITY_DN41614_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TACCTCCCCATAAAAGAAACACCCGAAAACCCGAAAGAATTCAATGATGCACGTTGAAAAAAAAAACTATTCACCGATACGCATTTATTCGTTTTCTCTTCACACGCAGGGACTGCATTTTATTGATTCCGAGGCTGCCAACGCCGTCAATACAGCTCCTACAAATTAATTTGGGGTTTTATCATTAAGATCCATTGAGG
TTTTGGGGTTTCTGCCTTAAGGTTTTTTCGTGAGATTGGAAATTGTATGAGGGAGAAGGCCCCATTCGGCTTTTGTGGGCGCTGCACTGCCGGAAACACTTACGGTCACACCCATCATGGCTGGAAAAATACTTGCAAATTTGATTATAATGGGTTCTGGAGTTTTGGCAAGGGCTTTTGTTCAAGCTTACCGCCAAGCA
ATTACAAgttatccttgagaatatgcacgatctctagtgttaattggaattgatttgtaacttcttgaactttggagctacatggaaaatagtcctctttctagaccaatatcatggatgctgagtgaggggtccgttcttttattgcatatcaaatcaacctctcaattcgtatcttctattgtgaagggcacctattt
atagagtctaatatttggtggattgatgttggacctgagctgcacttgtctctctcagACGCTTCCAAGACAGGTGTAGCTCAAGAAGCAATGCAGAATGCAGTTCGCAAGACTAGTAAAGCAATGACAGAACATGAAGCCAGACAAATTTTAGGTGTCGGTGAACAAGCATCATGGGAAGAAGTTTTGCAGAAATATGA
CACACTCTTTGAGAGGAATGCAAAAACAGGAACCTTTTATCTCCAATCGAAGGTTCACAGGGCAAAGGAATGCTTAGAAGCAGCACAACAAACTAAAGCATCTAACGGGGGCTAGTACTTGATGCCTAAATTGAGTTCCAAGAATTTGCATTGCAGGAACATTACTATAAATTGGGCAAGGGCACGCTGTTTACATCCAT
GCACGTTTAAGACACAAATGTGTGTTTTAGTTTAGTAAAGATAAGCTGTATCGATGTTTCGTTGAAAGTAGAGTGCTCTAAATTAATTGTATAATTATCTTTCCAAAAATGTCCAAGCTGTTATGTAAGAACTTTGTAAAAAGGGAAAAAATTACCTTTAACGATTTTTTCCCATTAATTGGATTCCCCGAGATTTTGAA
ACGCTCTGTAGTACAGATTGTGACATTGTAGTGCGCTTGTATTGCATTGAAATCAATGGTTCCTGGGTCAAGGTCAATATTGTGCATGGAATGTGTCACTCATATCATAATGCATCTGAATATTGCCTGATTGCTTATATAATATTTTCATTGCCTGCGTTTATTATCGC

Intron 3 GTTAGTGTCA ... TTGTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.46	49	3.5	10
A2	4.54	60	3	11.5
A3	8.18	46	4.5	11
A4	15.91	30	7	5.5
A5	12.95	13	2	2.5
A6	10.04	271	33.5	58.5
A7	7.94	335.7	31.5	76.5
A8	8.13	319	31	57.5
A9	8.2	309.8	30	65.5
A10	8.01	274.2	26	60

>TRINITY_DN38876_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

CCTCCCCATAAAAGAAACACCCGAAAACCCGAAAGAATTCAATGATGCACGTTGAAAAAAAAAACTATTCACCGATACCCATTTATTCGTTTTCTCTTCACACGCAGGGACTGCATTTTATTGATTCCGAGGCTGCCAACGCCGTCAATACAGCTCCTACAAATTAATTTGGGGTTTTATCATTAAGATCCATTGAGGTT
TTGGGGTTTCTGCCTTAAGGTTTTTTCGTGAGATTGGAAATTGTATGAGGGAGAAGGCCCCATTCGGCTTTTGTGGGCGCTGCACTGCCGGAAACACTTACGGTCACACCCATCATGGCTGGAAAAATACTTGCAAATTTGATTATAATGGGTTCTGGAGTTTTGGCAAGGGCTTTTGTTCAAGCTTACCGTCAAGCAAT
TACAAGTTATCCTTGAGAATATGCACGATCTCTAGTGTTAATTGGAATTGATTTGTAACTTCTTGAACTTTGGAGCTACATGGAAAATAGTCCTCTTTCTAGACCAATATCATGGATGCTGAGTGAGGGGTCCGTTCTTTTATTGCATATCAAATCAACCTCTCAATTCGTATCTTCTATTGTGAAGGGCACCTATTTAT
AGAGTCTAATATTTGGTGGATTGATGTTGGACCTGAGCTGCACTTGTCTCTCTCAGACGCTTCCAAGACAGGTGTAGCGCAAGAAGCAATGCAGAATGCAGTTCGCAAGACTAGTAAAGCAATGACAGAACATGAAGCCAGACAAATTTTAGGTGTCGGTGAACAAGCATCATGGGAAGAAGTTTTGCAGAAATATGACA
CACTCTTTGAGAGGAATGCAAAAACAGGAACCTTTTATCTCCAATCGAAGGTTCACAGGGCAAAGGAATGCTTAGAAGCAGCACAACAAACTAAAGCATCTAACGGGGGCTAGTACTTGATGCCTAAATTGAGTTCCAAGAATTTGCATTGCAGGAACATTACTATAAATTGGGCAAGGGCACGCTGTTTACATCCATGC
ACGTTTAAGACACAAATGTGTGTTTTAGTTTAGTAAAGATAAGCTGTATCGATGTTTCGTTGAAAGTAGAGTGCTCTAAATTAATTGTATAATTATCTTTCCAAAAATGTCCAAGCTGTTATGTAAGAACTTTGTAAAAAGGGAAAAAATTACCTTTAACGATTTTTTCCCATTAATTGGATTCCCCGAGATTTTGAAAC
GCTCTGTAGTACAGATTGTGACATTGTAGTGCGCTTGTATTGCATTGAAATCAATGGTTCCTGGGTCAAGGTCAATATTGTGCATGGAATGTGTCACTCATATCATAATGCATCTGAATATTGCCTGATTGCTTATAGAATATTTTCATTGCCTGCGTTTATTATCGCCTCTATAATTGTTAATGGTGAGCCTTTAGTGA
TCAAAGGACATATGATGACAAACTGATCCAAGCATGATATGTATA

>TRINITY_DN38876_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CATCATGGGAAGAAGTTTTGCAGgttagtgtcaaagttcaagtggccttgtagtgtggaatatatatgctaggagcgaaaaagcagttaagttttgatgtcgactgttataaatttgtcttttgcattcaagctcttccttagctgccttaacaaggacgtgtatcagccatctctggagagggtgtaaaattaaatgaa
actgtgtaatactaatgtctacattttgattcgaattagaatattccatcctaatatggtgctgaatttagctgaatttattacaaattctgaacagtaaatgcattttcatttcacatgtcttttttttaaaaattaagtgcgtctttgtctgcagAAATATGACACACTCTTTGAGAGGAATGCAAAAACAGGAACCT
TTTATCTCCAATCGAAGGTTCACAGGGCAAAGGAATGCTTAGAAGCAGCACAACAAACTAAAGCATCTAACGGGGGCTAGTACTTGATGCCTAAATTGAGTTCCAAGAATTTGCATTGCAGGAACATTACTATAAATTGGGCAAGGGCACGCTGTTTACATCCATGCACGTTTAAGACACAAATGTGTGTTTTAGTTTAG
TAAAGATAAGCTGTATCGATGTTTCGTTGAAAGTAGAGTGCTCTAAATTAATTGTATAATTATCTTTCCAAAAATGTCCAAGCTGTTATGTAAGAACTTTGTAAAAAGGGAAAAAATTACCTTTAACGATTTTTTCCCATTAATTGGATTCCCCGAGATTTTGAAACGCTCTGTAGTACAGATTGTGACATTGTAGTGCG
CTTGTATTGCATTGAAATCAATGGTTCCTGGGTCAAGGTCAATATTGTGCATGGAATGTGTCACTCATATCATAATGCATCTGAATATTGCCTGATTGCTTATAGAATATTTTCATTGCCTGCGTTTATTATCGCCTCTATAATTGTTAATGGTGAGCCTTTAGTGATCAAAGGACATATGATGACAAACTGATCCAAGC
ATGATATGTATA

Intron 4 GCTGGAAAAA ... TCTCTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.87	10	52	1
A2	61.02	23	36	12
A3	51.25	39	41	15
A4	83.78	6	31	5
A5	90.91	3	30	3
A6	63.41	105	182	68
A7	69.25	119	268	72
A8	64.79	94	173	57
A9	65.31	136	256	74
A10	65.26	115	216	66

>TRINITY_DN41984_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTTTTTCAAAATTAGGAAACGTGTTCCCCACAACATGCGAAGTCCATACCTCCCCATAAAAGAAACACCCGAAAACCCGAAAGAATTCAATGATGCACGTTGAAAAAAAAAACTATTCACCGATACCCATTTATTCGTTTTCTCTTCACACGCAGGGACTGCATTTTATTGATTCCGAGGCTGCCAACGCCGTCAATAC
AGCTCCTACAAATTAATTTGGGGTTTTATCATTAAGATCCATTGAGGTTTTGGGGTTTCTGCCTTAAGGTTTTTTCGTGAGATTGGAAATTGTATGAGGGAGAAGGCCCCATTCGGCTTTTGTGGGCGCTGCACTGCCGGAAACACTTACGGTCACACCCATCATGACGCTTCCAAGACAGGTGTAGCTCAAGAAGCAAT
GCAGAATGCAGTTCGCAAGACTAGTAAAGCAATGACAGAACATGAAGCCAGACAAATTTTAGGTGTCGGTGAACAAGCATCATGGGAAGAAGTTTTGCAGAAATATGACACACTCTTTGAGAGGAATGCAAAAACAGGAACCTTTTATCTCCAATCGAAGGTTCACAGGGCAAAGGAATGCTTAGAAGCAGCACAACAAA
CTAAAGCATCTAACGGGGGCTAGTACTTGATGCCTAAATTGAGTTCCAAGAATTTGCATTGCAGGAACATTACTATAAATTGGGCAAGGGCACGCTGTTTACATCCATGCACGTTTAAGACACAAATGTGTGTTTTAGTTTAGTAAAGATAAGCTGTATCGATGTTTCGTTGAAAGTAGAGTGCTCTAAATTAATTGTAT
AATTATCTTTCCAAAAATGTCCAAGCTGTTATGTAAGAACTTTGTAAAAAGGGAAAAAATTACCTTTAACGATTTTTTCCCATTAATTGGATTCCCCGAGATTTTGAAACGCTCTGTAGTACAGATTGTGACATTGTAGTGCGCTTGTATTGCATTGAAATCAATGGTTCCTGGGTCAAGGTCAATATTGTGCATGGAAT
GTGTCACTCATATCATAATGCATCTGAATATTGCCTGATTGCTTATATAATATTTTCATTGCCTGCGTTTATTATCGCCTCA

>TRINITY_DN41984_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTTTTTCAAAATTAGGAAACGTGTTCCCCACAACATGCGAAGTCCATACCTCCCCATAAAAGAAACACCCGAAAACCCGAAAGAATTCAATGATGCACGTTGAAAAAAAAAACTATTCACCGATACCCATTTATTCGTTTTCTCTTCACACGCAGGGACTGCATTTTATTGATTCCGAGGCTGCCAACGCCGTCAATAC
AGCTCCTACAAATTAATTTGGGGTTTTATCATTAAGATCCATTGAGGTTTTGGGGTTTCTGCCTTAAGGTTTTTTCGTGAGATTGGAAATTGTATGAGGGAGAAGGCCCCATTCGGCTTTTGTGGGCGCTGCACTGCCGGAAACACTTACGGTCACACCCATCATGgctggaaaaatacttgcaaatttgattataatgg
gttctggagttttggcaagggcttttgttcaagcttaccgtcaagcaattacaagttatccttgagaatatgcacgatctctagtgttaattggaattgatttgtaacttcttgaactttggagctacatggaaaatagtcctctttctagaccaatatcatggatgctgagtgaggggtccgttcttttattgcatatc
aaatcaacctctcaattcgtatcttctattgtgaagggcacctatttatagagtctaatatttggtggattgatgttggacctgagctgcacttgtctctctcagACGCTTCCAAGACAGGTGTAGCTCAAGAAGCAATGCAGAATGCAGTTCGCAAGACTAGTAAAGCAATGACAGAACATGAAGCCAGACAAATTTTA
GGTGTCGGTGAACAAGCATCATGGGAAGAAGTTTTGCAGAAATATGACACACTCTTTGAGAGGAATGCAAAAACAGGAACCTTTTATCTCCAATCGAAGGTTCACAGGGCAAAGGAATGCTTAGAAGCAGCACAACAAACTAAAGCATCTAACGGGGGCTAGTACTTGATGCCTAAATTGAGTTCCAAGAATTTGCATTG
CAGGAACATTACTATAAATTGGGCAAGGGCACGCTGTTTACATCCATGCACGTTTAAGACACAAATGTGTGTTTTAGTTTAGTAAAGATAAGCTGTATCGATGTTTCGTTGAAAGTAGAGTGCTCTAAATTAATTGTATAATTATCTTTCCAAAAATGTCCAAGCTGTTATGTAAGAACTTTGTAAAAAGGGAAAAAATT
ACCTTTAACGATTTTTTCCCATTAATTGGATTCCCCGAGATTTTGAAACGCTCTGTAGTACAGATTGTGACATTGTAGTGCGCTTGTATTGCATTGAAATCAATGGTTCCTGGGTCAAGGTCAATATTGTGCATGGAATGTGTCACTCATATCATAATGCATCTGAATATTGCCTGATTGCTTATATAATATTTTCATTG
CCTGCGTTTATTATCGCCTCA