NA ----> NA

Intron 1 GTAGCTGGAA ... AACAATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36	8	3	6
A2	100	0	0	2
A3	33.33	1	1	0
A4	33.33	1	0	1
A5	-1	0	0	0
A6	21.43	11	3	3
A7	31.43	12	9	2
A8	30	21	13	5
A9	35.71	9	5	5
A10	45.45	3	2	3

>TRINITY_DN37509_c0_g2_i7 from sample A9 / Example spliced isoform

TGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATTCAATCCGTAATTTCCGCATCTGCTCCTGTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCCTTTGGTGGATGCCATCTGTTCCTCTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATT
CAATCCGTAATTTCCTCTGGTGGATGCCATCTGTTCCGCATATTGAAGTGGGTCCTCTCACCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGACTCTACTCAATCCGTAATTTCCGATTCCAAAATGCAGTGACCAAATGATTGTGGTGGATGCCACCTGTTCCGCATACTGAATTGGGTTCTCTGGTTTCTTGGCCACACGAGTCCAAA
ATGCAGCTTCATTCCATCCAAGAGACAAGACAAGAAACTCAGAATTGGGGCGATGCCATCTGTTCCGCATACTCAATTGGGGCGAAAATTATTCAGCCTTAATGGGGTCCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGAGTCTATTCAATACGTAATTCCTGGTAGGTGGCAAGATTGTGATGGATGCCACCTTTTCGGCATACTCAA
TCCGTAATTTCCGGTAGATGGCAAGATTTGAAAATGCAGTGACCGGATACCACCTGTTCCGCACCTTGAATTGGATACCACCTGTTCTGCACCCTGAATACCACCTGTTCCGCACCCTGAATTGGATCCTCTGGTTTCTTGACCAAGGAGTCTACTCAATCCGTAATATCTGGTGCGTGAAATGATGCCGAACAATTTTT
GGAAAACCTTGCGGACAGTTGTAATATGAACAGGTGATTTTGTTGAACGCCTATTCAACGTTGGACATTTTCGGTACCTTCTATCCAAAATTTAAGAATTATGGAAACAGCCTGCCAACTGCCAAGAAGAGTCTCAGGTAGAAATGTTATCTTTTTGGGATAGAAATGTTGTTTTGTATTTTTTTAATTTGTAAATAATG
TTTGCTGTTATGTTCATTGGATGTAGCTTGGGTGGCTGGGAGGAATGATTGTTACCATTTTCACCTAAATTCAATTCTCTTAAGCTCTGGT

>TRINITY_DN37509_c0_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATTCAATCCGTAATTTCCGCATCTGCTCCTGTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCCTTTGGTGGATGCCATCTGTTCCTCTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATT
CAATCCGTAATTTCCTCTGGTGGATGCCATCTGTTCCGCATATTGAAGTGGGTCCTCTCACCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGACTCTACTCAATCCGTAATTTCCGATTCCAAAATGCAGTGACCAAATGATTGTGGTGGATGCCACCTGTTCCGCATACTGAATTGGGTTCTCTGGTTTCTTGGCCACACGAGTCCAAA
ATGCAGCTTCATTCCATCCAAGAGACAAGACAAGAAACTCAGAATTGGGGCGATGCCATCTGTTCCGCATACTCAATTGGGGCGAAAATTATTCAGCCTTAATGGGGTCCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGAGTCTATTCAATACGTAATTCCTGGTAGGTGGCAAGATTGTGATGGATGCCACCTTTTCGGCATACTCAA
TCCGTAATTTCCGGTAGATGGCAAGATTTGAAAATGCAGTGACCGGATACCACCTGTTCCGCACCTTGAATTGGATACCACCTGTTCTGCACCCTGAATACCACCTGTTCCGCACCCTGAATTGGATCCTCTGGTTTCTTGACCAAGGAGTCTACTCAATCCGTAATATCTGgtagctggaaagattcgaaaatgcagtt
ctgctccttcgaaagttcgatcccttttaaataatttaataataatcataaatttttgaagctttcaatagaattttaaaatagcgtctgttatcaaaattgtctgacaaagttttgaatttcttggaagtatatggaagaatgtcattcttgtttctaacagctccatgtgaacaattcagGTGCGTGAAATGATGCCG
AACAATTTTTGGAAAACCTTGCGGACAGTTGTAATATGAACAGGTGATTTTGTTGAACGCCTATTCAACGTTGGACATTTTCGGTACCTTCTATCCAAAATTTAAGAATTATGGAAACAGCCTGCCAACTGCCAAGAAGAGTCTCAGGTAGAAATGTTATCTTTTTGGGATAGAAATGTTGTTTTGTATTTTTTTAATTT
GTAAATAATGTTTGCTGTTATGTTCATTGGATGTAGCTTGGGTGGCTGGGAGGAATGATTGTTACCATTTTCACCTAAATTCAATTCTCTTAAGCTCTGGT

Intron 2 GTAGGTGGCA ... AACAATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.5	5	0	6
A2	100	0	0	2
A3	-1	0	0	0
A4	33.33	1	0	1
A5	-1	0	0	0
A6	40.54	11	12	3
A7	60	5	13	2
A8	53.33	7	11	5
A9	40.62	19	21	5
A10	50	8	13	3

>TRINITY_DN37509_c0_g2_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

TGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATTCAATCCGTAATTTCCGCATCTGCTCCTGTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCCTTTGGTGGATGCCATCTGTTCCTCTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATT
CAATCCGTAATTTCCTCTGGTGGATGCCATCTGTTCCGCATATTGAAGTGGGTCCTCTCACCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGACTCTACTCAATCCGTAATTTCCGATTCCAAAATGCAGTGACCAAATGATTGTGGTGGATGCCACCTGTTCCGCATACTGAATTGGGTTCTCTGGTTTCTTGGCCACACGAGTCCAAA
ATGCAGCTTCATTCCATCCAAGAGACAAGACAAGAAACTCAGAATTGGGGCGATGCCATCTGTTCCGCATACTCAATTGGGGCGAAAATTATTCAGCCTTAATGGGGTCCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGAGTCTATTCAATACGTAATTCCTGGTGCGTGAAATGATGCCGAACAATTTTTGGAAAACCTTGCGGACAG
TTGTAATATGAACAGGTGATTTTGTTGAACGCCTATTCAACGTTGGACATTTTCGGTACCTTCTATCCAAAATTTAAGAATTATGGAAACAGCCTGCCAACTGCCAAGAAGAGTCTCAGGTAGAAATGTTATCTTTTTGGGATAGAAATGTTGTTTTGTATTTTTTTAATTTGTAAATAATGTTTGCTGTTATGTTCATT
GGATGTAGCTTGGGTGGCTGGGAGGAATGATTGTTACCATTTTCACCTAAATTCAATTCTCTTAAGCTCTGGT

>TRINITY_DN37509_c0_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATTCAATCCGTAATTTCCGCATCTGCTCCTGTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCCTTTGGTGGATGCCATCTGTTCCTCTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATT
CAATCCGTAATTTCCTCTGGTGGATGCCATCTGTTCCGCATATTGAAGTGGGTCCTCTCACCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGACTCTACTCAATCCGTAATTTCCGATTCCAAAATGCAGTGACCAAATGATTGTGGTGGATGCCACCTGTTCCGCATACTGAATTGGGTTCTCTGGTTTCTTGGCCACACGAGTCCAAA
ATGCAGCTTCATTCCATCCAAGAGACAAGACAAGAAACTCAGAATTGGGGCGATGCCATCTGTTCCGCATACTCAATTGGGGCGAAAATTATTCAGCCTTAATGGGGTCCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGAGTCTATTCAATACGTAATTCCTGgtaggtggcaagattgtgatggatgccaccttttcggcatactcaa
tccgtaatttccggtagatggcaagatttgaaaatgcagtgaccggataccacctgttccgcaccttgaattggataccacctgttctgcaccctgaataccacctgttccgcaccctgaattggatcctctggtttcttgaccaaggagtctactcaatccgtaatatctggtagctggaaagattcgaaaatgcagtt
ctgctccttcgaaagttcgatcccttttaaataatttaataataatcataaatttttgaagctttcaatagaattttaaaatagcgtctgttatcaaaattgtctgacaaagttttgaatttcttggaagtatatggaagaatgtcattcttgtttctaacagctccatgtgaacaattcagGTGCGTGAAATGATGCCG
AACAATTTTTGGAAAACCTTGCGGACAGTTGTAATATGAACAGGTGATTTTGTTGAACGCCTATTCAACGTTGGACATTTTCGGTACCTTCTATCCAAAATTTAAGAATTATGGAAACAGCCTGCCAACTGCCAAGAAGAGTCTCAGGTAGAAATGTTATCTTTTTGGGATAGAAATGTTGTTTTGTATTTTTTTAATTT
GTAAATAATGTTTGCTGTTATGTTCATTGGATGTAGCTTGGGTGGCTGGGAGGAATGATTGTTACCATTTTCACCTAAATTCAATTCTCTTAAGCTCTGGT

Intron 3 GTTCGATCCC ... AACAATTCAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.86	4	0	6
A2	100	0	0	2
A3	-1	0	0	0
A4	33.33	1	0	1
A5	-1	0	0	0
A6	29.41	6	2	3
A7	50	2	2	2
A8	55.56	2	0	5
A9	39.13	7	4	5
A10	40	3	1	3

>TRINITY_DN37509_c0_g2_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

TGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATTCAATCCGTAATTTCCGCATCTGCTCCTGTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCCTTTGGTGGATGCCATCTGTTCCTCTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATT
CAATCCGTAATTTCCTCTGGTGGATGCCATCTGTTCCGCATATTGAAGTGGGTCCTCTCACCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGACTCTACTCAATCCGTAATTTCCGATTCCAAAATGCAGTGACCAAATGATTGTGGTGGATGCCACCTGTTCCGCATACTGAATTGGGTTCTCTGGTTTCTTGGCCACACGAGTCCAAA
ATGCAGCTTCATTCCATCCAAGAGACAAGACAAGAAACTCAGAATTGGGGCGATGCCATCTGTTCCGCATACTCAATTGGGGCGAAAATTATTCAGCCTTAATGGGGTCCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGAGTCTATTCAATACGTAATTCCTGGTAGGTGGCAAGATTGTGATGGATGCCACCTTTTCGGCATACTCAA
TCCGTAATTTCCGGTAGATGGCAAGATTTGAAAATGCAGTGACCGGATACCACCTGTTCCGCACCTTGAATTGGATACCACCTGTTCTGCACCCTGAATACCACCTGTTCCGCACCCTGAATTGGATCCTCTGGTTTCTTGACCAAGGAGTCTACTCAATCCGTAATATCTGGTAGCTGGAAAGATTCGAAAATGCAGTT
CTGCTCCTTCGAAAGTGCGTGAAATGATGCCGAACAATTTTTGGAAAACCTTGCGGACAGTTGTAATATGAACAGGTGATTTTGTTGAACGCCTATTCAACGTTGGACATTTTCGGTACCTTCTATCCAAAATTTAAGAATTATGGAAACAGCCTGCCAACTGCCAAGAAGAGTCTCAGGTTGTAGGGTGTCGGCTTGAA
CAGAAATGCTTCGCAGTCGGACGACAATTGGCTTTGCTCCCCCTCTCAGTAGGGCTCCGTTCCTACCAACTTCACTTGCCTATGTTTGTTAAACACACTCATTTGGATGTCTTGGAACGTTGTTTCAAATTGTTGACGATTTATGCTGCAAGTTTGGTCAAGGCGTTCTTGCTCGGTTATGTTGATGGGTTCTCTGTTCA
ATTTATGGGTGCAATAATAGTTCTTTTACATTTTGGTTGATGGGTTCTCTGCACATTTTATGGGTGCTGGAAGGGTTTTGTCATGTTTTTGCTGATGGGTTCTTTGCACAGTTTATGGGTATTGTAAGGGTTCCGCAAGGGTTGGGGCCTCTGTAGATTTTATGGGTGTTGTAAGGGTTTTGTAAGGTTGGGATCTCTGC
ACATTCGATTGCAATGTTGAGTTGAAAGGGTTTATGATGGATTCTCTGCACATTGTAATGTAACATTTCTACCGTGAATTAAAATGGTTTTGGAT

>TRINITY_DN37509_c0_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATTCAATCCGTAATTTCCGCATCTGCTCCTGTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCCTTTGGTGGATGCCATCTGTTCCTCTGGTTTCTTGGTCTATTCAATCCGTAATTTCAACATCTGTTACTGTGGTTTCTTGGTGTATT
CAATCCGTAATTTCCTCTGGTGGATGCCATCTGTTCCGCATATTGAAGTGGGTCCTCTCACCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGACTCTACTCAATCCGTAATTTCCGATTCCAAAATGCAGTGACCAAATGATTGTGGTGGATGCCACCTGTTCCGCATACTGAATTGGGTTCTCTGGTTTCTTGGCCACACGAGTCCAAA
ATGCAGCTTCATTCCATCCAAGAGACAAGACAAGAAACTCAGAATTGGGGCGATGCCATCTGTTCCGCATACTCAATTGGGGCGAAAATTATTCAGCCTTAATGGGGTCCTCTGGTTTCTTGGCCATTGGAGTCTATTCAATACGTAATTCCTGGTAGGTGGCAAGATTGTGATGGATGCCACCTTTTCGGCATACTCAA
TCCGTAATTTCCGGTAGATGGCAAGATTTGAAAATGCAGTGACCGGATACCACCTGTTCCGCACCTTGAATTGGATACCACCTGTTCTGCACCCTGAATACCACCTGTTCCGCACCCTGAATTGGATCCTCTGGTTTCTTGACCAAGGAGTCTACTCAATCCGTAATATCTGGTAGCTGGAAAGATTCGAAAATGCAGTT
CTGCTCCTTCGAAAgttcgatcccttttaaataatttaataataatcataaatttttgaagctttcaatagaattttaaaatagcgtctgttatcaaaattgtctgacaaagttttgaatttcttggaagtatatggaagaatgtcattcttgtttctaacagctccatgtgaacaattcagGTGCGTGAAATGATGCCG
AACAATTTTTGGAAAACCTTGCGGACAGTTGTAATATGAACAGGTGATTTTGTTGAACGCCTATTCAACGTTGGACATTTTCGGTACCTTCTATCCAAAATTTAAGAATTATGGAAACAGCCTGCCAACTGCCAAGAAGAGTCTCAGGTAGAAATGTTATCTTTTTGGGATAGAAATGTTGTTTTGTATTTTTTTAATTT
GTAAATAATGTTTGCTGTTATGTTCATTGGATGTAGCTTGGGTGGCTGGGAGGAATGATTGTTACCATTTTCACCTAAATTCAATTCTCTTAAGCTCTGGT