NA ----> NA

Intron 1 GTATTCAGTT ... CGTTATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68	4	15	2
A2	76.47	2	8	5
A3	100	0	4	1
A4	100	0	0	3
A5	60	2	5	1
A6	57.14	21	40	16
A7	65.03	25	71	22
A8	72.27	33	131	41
A9	66.45	26	68	35
A10	66.67	15	47	13

>TRINITY_DN43751_c2_g4_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

TCGTCCTATTCTTGTTGAACGTGGCTAACGAATCCTGGCTTGATGGGCAGTGCCTTAACTGCAAACCATGAACGTGGCAGGCTCTGTGCTTAGTGGGCGTTGGCCTAACTGTAAAGGGCGGTGGACTAACTGATTTTCCAGATTCGCATCCATCTTCCACCTGCATTTACAACATTGCTGGGTCGGTCTCTCTCTCCAGT
TTCATTTTTGCTTCTGCGCGCTGCCCCGGATGGAGAAGCTGCTCTATGCCAGAGATTATCAATCTTATGTCGCTTCGATTCATGGCTTTCCAGAGAACGTAGCGAGAAAGGAAAGAGCGCAGCAGTGTTCAAGTCAGGAAAGAGGGAAGAATTGATGAAGAATGGATATCGTATACGGGGTAATGGTTGAGATCAGTGGA
CGGTAGTGCTCCTTAAGAAACACAGATCAGCTAAGATAAAAAAGAAATACAACAAGGAGCACAGCCCTGCTCGGTCCTTGCATTCTTGCGAATGGCGGTAAAAGTTCTGACTGTGGCCCGCATTGTTCAGCTAAAGTTTTGACACACTTCTGTGGACGTCTGCAACACAGATCTTGAACAGTTTCAGGTTTTAGAGAGCC
ATTAGCCTGGTATGTATTCTAAGGATTCGTTGAATTCTTCTTAGCGGCCCTAAATCTTGAGTACTGCACCGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTGCACAGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTAAACAATTTATTTTATTGTATATGCCAGTTGTGACTCTTATTTGAGCAAAGATATTATATAATTCAGTTGAAT
TTTAAGGTCAGAGGCATTCAGATTGAACGAAGACTATGTCTACAAAGATTATTCGATGATTCTTGAGACTAGAGATTTTTATCGCATTCATTTGCATATGGAGCGTGATTCAAGCTTGAAATCTATGATTCATTTAATGAAGGACGACATTACACATGAAAAAATGAAATTCTTTACTCGCGCTCTGCATTATTTATGGA
GTCGAGTTGAGAAAAGTGCCCGATTTAAAAATGCTTTGAGGTGAGAAGGTAAAATCTTATTTGAAATCGTTCCCATTCCTCAACAATATCTCTGATTTCGGAAGTGTGATTCACTAACATAATATCTCTTCTTAATATAACAATATTTTGACTTCATTAATGTGATTCACTAACAATTTATCTCTTATTAACGTCACGTG
AGACTTTACGAGTTTATCCCGAGTTTTATTGAACTAGCTGAACAAGAGGTTTAGTATTTAGGAGCGTTAATAAAGGTTAATTAAATATAATAACTGAACCAGGATTTTGAATTTCCTAACTTCTACGTGCATGATAATCCA

>TRINITY_DN43751_c2_g4_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TCGTCCTATTCTTGTTGAACGTGGCTAACGAATCCTGGCTTGATGGGCAGTGCCTTAACTGCAAACCATGAACGTGGCAGGCTCTGTGCTTAGTGGGCGTTGGCCTAACTGTAAAGGGCGGTGGACTAACTGATTTTCCAGATTCGCATCCATCTTCCACCTGCATTTACAACATTGCTGGGTCGGTCTCTCTCTCCAGT
TTCATTTTTGCTTCTGCGCGCTGCCCCGGATGGAGAAGCTGCTCTATGCCAGAGATTATCAATCTTATGTCGCTTCGATTCATGGCTTTCCAGAGAACGTAGCGAGAAAGGAAAGAGCGCAGCAGTGTTCAAGTCAGGAAAGAGGGAAGAATTGATGAAGAATGGATATCGTATACGGGGTAATGGTTGAGATCAGTGGA
CGGTAGTGCTCCTTAAGAAACACAGATCAGCTAAGATAAAAAAGAAATACAACAAGGAGCACAGCCCTGCTCGGTCCTTGCATTCTTGCGAATGGCGGTAAAAGTTCTGACTGTGGCCCGCATTGTTCAGCTAAAGTTTTGACACACTTCTGTGGACGTCTGCAACACAGATCTTGAACAGTTTCAGGTTTTAGAGAGCC
ATTAGCCTGGTATGTATTCTAAGGATTCGTTGAATTCTTCTTAGCGGCCCTAAATCTTGAGTACTGCACCGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTGCACAGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTAAACAATTTATTTTATTGTATATGCCAGTTGTGACTCTTATTTGAGCAAAGATATTATATAATTCAGTTGAAT
TTTAAGGTCAGAGGCATTCAGATTGAACGAAGACTATGTCTACAAAGATTATTCGgtattcagttttctcaccagaagtttaagcttcattaaagtctctgcattttaaccaagaatgtttactaggagtcctcgtctaaatctatgttttctgaaggccataattttgtgttggcgttattcagATGATTCTTGAGACT
AGAGATTTTTATCGCATTCATTTGCATATGGAGCGTGATTCAAGCTTGAAATCTATGATTCATTTAATGAAGGACGACATTACACATGAAAAAATGAAATTCTTTACTCGCGCTCTGCATTATTTATGGAGTCGAGTTGAGAAAAGTGCCCGATTTAAAAATGCTTTGAGGTGAGAAGGTAAAATCTTATTTGAAATCGT
TCCCATTCCTCAACAATATCTCTGATTTCGGAAGTGTGATTCACTAACATAATATCTCTTCTTAATATAACAATATTTTGACTTCATTAATGTGATTCACTAACAATTTATCTCTTATTAACGTCACGTGAGACTTTACGAGTTTATCCCGAGTTTTATTGAACTAGCTGAACAAGAGGTTTAGTATTTAGGAGCGTTAA
TAAAGGTTAATTAAATATAATAACTGAACCAGGATTTTGAATTTCCTAACTTCTACGTGCATGATAATCCA

Intron 2 GTCGGTCATC ... ATGAATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.22	31	7	20
A2	38.46	16	10.5	10
A3	44.26	34	3.5	27
A4	29.26	46	8	19
A5	32.88	24.5	14	12
A6	22.45	186.5	26	54
A7	18.03	250	13	55
A8	20.36	219	10	56
A9	18.62	236	8.5	54
A10	17.5	165	7.5	35

>TRINITY_DN124729_c3_g4_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TCGGTCTCTCTCTCCAGTTTCATTTTTGCTTCTGCGCGCTGCCCCGGATGGAGAAGCTGCTCTATGCCAGAGATTATCAATCTTATGTCGCTTCGATTCATGGCTTTCCAGAGAACGTAGCGAGAAAGGAAAGAGCGCAGCAGTGTTCAAGTCAGGAAAGAGGGAAGAATTGATGAAGAATGGATATCGTATACGGGGTA
ATGGTTGAGATCAGTGGACGGTAGTGCTCCTTAAGAAACACAGATCAGCTAAGATAAAAAAGAAATACAACAAGGAGCACAGCCCTGCTCGGTCCTTGCATTCTTGCGAATGGCGGTAAAAGTTCTGACTGTGGCCCGCATTGTTCAGCTAAAGTTTTGACACACTTCTGTGGACGTCTGCAACACAGATCTTGAACAGT
TTCAGGTTTTAGAGAGCCATTAGCCTGGTATGTATTCTAAGGATTCGTTGAATTCTTCTTAGCGGCCCTAAATCTTGAGTACTGCACCGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTGCACAGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTAAACAATTTATTTTATTGTATATGCCAGTTGTGACTCTTATTTGAGCAAAGATAT
TATATAATTCAGTTGAATTTTAAGGTCAGAGGCATTCAGATTGAACGAAGACTATGTCTACAAAGATTATTCGGTATTCAGTTTTCTCACCAGAAGTTTAAGCTTCATTAAAGTCTCTGCATTTTAACCAAGAATGTTTACTAGGAGTCCTCGTCTAAATCTATGTTTTCTGAAGGC

>TRINITY_DN124729_c3_g4_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCGGTCTCTCTCTCCAGTTTCATTTTTGCTTCTGCGCGCTGCCCCGGATGGAGAAGCTGCTCTATGCCAGAGATTATCAATCTTATGTCGCTTCGATTCATGGCTTTCCAGgtcggtcatctttttttattcctttcccttttgctttctttcctttcgtttgtggggagcgactgtaaatctgttgaaatggagatctg
ttttccttcgatgcgtttctgtttcttttcttctttgcttttgtatcgcggattcactgtgtttggttttcgtgaaatgagagtaacgttgtaagcttttcgttgatgatatatgaatgtagAGAACGTAGCGAGAAAGGAAAGAGCGCAGCAGTGTTCAAGTCAGGAAAGAGGGAAGAATTGATGAAGAATGGATATCG
TATACGGGGTAATGGTTGAGATCAGTGGACGGTAGTGCTCCTTAAGGTGAAGCCGGTTACCAGAGCATCATTGATATCTCACATAATTGTGTTAAGACCTCTGTAATTCCAATCATATATTTTTTATGTTTTAAGCTTTCACAGTGCTACATTGAAATTATTTTGGAGTTTTGGATTCACTGTGTTTTGGTTATTGATGT
CAAATTTTTGGACGAGGTTCATCTTAAAGAAACACAGATCAGCTAAGATAAAAAAGAAATACAACAAGGAGCACAGCCCTGCTCGGTCCTTGCATTCTTGCGAATGGCGGTAAAAGTTCTGACTGTGGCCCGCATTGTTCAGCTAAAGTTTTGACACACTTCTGTGGACGTCTGCAACACAGATCTTGAACAGGTGAACC
ATTCTATTCAATAAATTACACAGAACATTTTCTTTTTCTTTTTGCTGTGAAAAGAATAGATTCCAGAGGATGGATATGATTGACGAGCTTCGAATGTTTGCAGTTTCAGGTTTTAGAGAGCCATTAGCCTGGTATGTATTCTAAGGATTCGTTGAATTCTTCTTAGCGGCCCTAAATCTTGAGTACTGCACCGCCCTAAA
CCCTAAAACTTGAATACTGCACAGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTAAACAATTTATTTTATTGTATATGCCAGTTGTGACTCTTATTTGAGCAAAGATATTATATAATTCAGTTGAATTTTAAGGTCAGAGGCATTCAGATTGAACGAAGACTATGTCTACAAAGATTATTCGGTATTCAGTTTTCTCACCAGAAG
TTTAAGCTTCATTAAAGTCTCTGCATTTTAACCAAGAATGTTTACTAGGAGTCCTCGTCTAAATCTATGTTTTCTGAAGGC

Intron 3 GTGAAGCCGG ... CATCTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.1	34	16.9	25
A2	45.97	22.9	32.1	7
A3	32.08	23.9	12.6	10
A4	37.66	24	9	20
A5	41.05	20	17.9	10
A6	22.59	296	72.9	100
A7	26.14	272.8	81.2	112
A8	25.25	313.9	61.1	151
A9	24.68	304.9	65	135
A10	23.05	249	48.2	101

>TRINITY_DN124729_c3_g4_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TCGGTCTCTCTCTCCAGTTTCATTTTTGCTTCTGCGCGCTGCCCCGGATGGAGAAGCTGCTCTATGCCAGAGATTATCAATCTTATGTCGCTTCGATTCATGGCTTTCCAGAGAACGTAGCGAGAAAGGAAAGAGCGCAGCAGTGTTCAAGTCAGGAAAGAGGGAAGAATTGATGAAGAATGGATATCGTATACGGGGTA
ATGGTTGAGATCAGTGGACGGTAGTGCTCCTTAAGAAACACAGATCAGCTAAGATAAAAAAGAAATACAACAAGGAGCACAGCCCTGCTCGGTCCTTGCATTCTTGCGAATGGCGGTAAAAGTTCTGACTGTGGCCCGCATTGTTCAGCTAAAGTTTTGACACACTTCTGTGGACGTCTGCAACACAGATCTTGAACAGT
TTCAGGTTTTAGAGAGCCATTAGCCTGGTATGTATTCTAAGGATTCGTTGAATTCTTCTTAGCGGCCCTAAATCTTGAGTACTGCACCGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTGCACAGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTAAACAATTTATTTTATTGTATATGCCAGTTGTGACTCTTATTTGAGCAAAGATAT
TATATAATTCAGTTGAATTTTAAGGTCAGAGGCATTCAGATTGAACGAAGACTATGTCTACAAAGATTATTCGGTATTCAGTTTTCTCACCAGAAGTTTAAGCTTCATTAAAGTCTCTGCATTTTAACCAAGAATGTTTACTAGGAGTCCTCGTCTAAATCTATGTTTTCTGAAGGC

>TRINITY_DN124729_c3_g4_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCGGTCTCTCTCTCCAGTTTCATTTTTGCTTCTGCGCGCTGCCCCGGATGGAGAAGCTGCTCTATGCCAGAGATTATCAATCTTATGTCGCTTCGATTCATGGCTTTCCAGGTCGGTCATCTTTTTTTATTCCTTTCCCTTTTGCTTTCTTTCCTTTCGTTTGTGGGGAGCGACTGTAAATCTGTTGAAATGGAGATCTG
TTTTCCTTCGATGCGTTTCTGTTTCTTTTCTTCTTTGCTTTTGTATCGCGGATTCACTGTGTTTGGTTTTCGTGAAATGAGAGTAACGTTGTAAGCTTTTCGTTGATGATATATGAATGTAGAGAACGTAGCGAGAAAGGAAAGAGCGCAGCAGTGTTCAAGTCAGGAAAGAGGGAAGAATTGATGAAGAATGGATATCG
TATACGGGGTAATGGTTGAGATCAGTGGACGGTAGTGCTCCTTAAGgtgaagccggttaccagagcatcattgatatctcacataattgtgttaagacctctgtaattccaatcatatattttttatgttttaagctttcacagtgctacattgaaattattttggagttttggattcactgtgttttggttattgatgt
caaatttttggacgaggttcatcttaaagAAACACAGATCAGCTAAGATAAAAAAGAAATACAACAAGGAGCACAGCCCTGCTCGGTCCTTGCATTCTTGCGAATGGCGGTAAAAGTTCTGACTGTGGCCCGCATTGTTCAGCTAAAGTTTTGACACACTTCTGTGGACGTCTGCAACACAGATCTTGAACAGGTGAACC
ATTCTATTCAATAAATTACACAGAACATTTTCTTTTTCTTTTTGCTGTGAAAAGAATAGATTCCAGAGGATGGATATGATTGACGAGCTTCGAATGTTTGCAGTTTCAGGTTTTAGAGAGCCATTAGCCTGGTATGTATTCTAAGGATTCGTTGAATTCTTCTTAGCGGCCCTAAATCTTGAGTACTGCACCGCCCTAAA
CCCTAAAACTTGAATACTGCACAGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTAAACAATTTATTTTATTGTATATGCCAGTTGTGACTCTTATTTGAGCAAAGATATTATATAATTCAGTTGAATTTTAAGGTCAGAGGCATTCAGATTGAACGAAGACTATGTCTACAAAGATTATTCGGTATTCAGTTTTCTCACCAGAAG
TTTAAGCTTCATTAAAGTCTCTGCATTTTAACCAAGAATGTTTACTAGGAGTCCTCGTCTAAATCTATGTTTTCTGAAGGC

Intron 4 GTGAACCATT ... ATGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.29	17	10	12
A2	40.91	13	6	12
A3	31.34	23	14	7
A4	15	17	4	2
A5	37.93	9	9	2
A6	29.25	185	103	50
A7	28.65	183	93	54
A8	26.25	269.3	113.7	78
A9	27.34	186	97	43
A10	28.34	158	76	49

>TRINITY_DN124729_c3_g4_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TCGGTCTCTCTCTCCAGTTTCATTTTTGCTTCTGCGCGCTGCCCCGGATGGAGAAGCTGCTCTATGCCAGAGATTATCAATCTTATGTCGCTTCGATTCATGGCTTTCCAGAGAACGTAGCGAGAAAGGAAAGAGCGCAGCAGTGTTCAAGTCAGGAAAGAGGGAAGAATTGATGAAGAATGGATATCGTATACGGGGTA
ATGGTTGAGATCAGTGGACGGTAGTGCTCCTTAAGAAACACAGATCAGCTAAGATAAAAAAGAAATACAACAAGGAGCACAGCCCTGCTCGGTCCTTGCATTCTTGCGAATGGCGGTAAAAGTTCTGACTGTGGCCCGCATTGTTCAGCTAAAGTTTTGACACACTTCTGTGGACGTCTGCAACACAGATCTTGAACAGT
TTCAGGTTTTAGAGAGCCATTAGCCTGGTATGTATTCTAAGGATTCGTTGAATTCTTCTTAGCGGCCCTAAATCTTGAGTACTGCACCGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTGCACAGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTAAACAATTTATTTTATTGTATATGCCAGTTGTGACTCTTATTTGAGCAAAGATAT
TATATAATTCAGTTGAATTTTAAGGTCAGAGGCATTCAGATTGAACGAAGACTATGTCTACAAAGATTATTCGGTATTCAGTTTTCTCACCAGAAGTTTAAGCTTCATTAAAGTCTCTGCATTTTAACCAAGAATGTTTACTAGGAGTCCTCGTCTAAATCTATGTTTTCTGAAGGC

>TRINITY_DN124729_c3_g4_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCGGTCTCTCTCTCCAGTTTCATTTTTGCTTCTGCGCGCTGCCCCGGATGGAGAAGCTGCTCTATGCCAGAGATTATCAATCTTATGTCGCTTCGATTCATGGCTTTCCAGGTCGGTCATCTTTTTTTATTCCTTTCCCTTTTGCTTTCTTTCCTTTCGTTTGTGGGGAGCGACTGTAAATCTGTTGAAATGGAGATCTG
TTTTCCTTCGATGCGTTTCTGTTTCTTTTCTTCTTTGCTTTTGTATCGCGGATTCACTGTGTTTGGTTTTCGTGAAATGAGAGTAACGTTGTAAGCTTTTCGTTGATGATATATGAATGTAGAGAACGTAGCGAGAAAGGAAAGAGCGCAGCAGTGTTCAAGTCAGGAAAGAGGGAAGAATTGATGAAGAATGGATATCG
TATACGGGGTAATGGTTGAGATCAGTGGACGGTAGTGCTCCTTAAGGTGAAGCCGGTTACCAGAGCATCATTGATATCTCACATAATTGTGTTAAGACCTCTGTAATTCCAATCATATATTTTTTATGTTTTAAGCTTTCACAGTGCTACATTGAAATTATTTTGGAGTTTTGGATTCACTGTGTTTTGGTTATTGATGT
CAAATTTTTGGACGAGGTTCATCTTAAAGAAACACAGATCAGCTAAGATAAAAAAGAAATACAACAAGGAGCACAGCCCTGCTCGGTCCTTGCATTCTTGCGAATGGCGGTAAAAGTTCTGACTGTGGCCCGCATTGTTCAGCTAAAGTTTTGACACACTTCTGTGGACGTCTGCAACACAGATCTTGAACAGgtgaacc
attctattcaataaattacacagaacattttctttttctttttgctgtgaaaagaatagattccagaggatggatatgattgacgagcttcgaatgtttgcagTTTCAGGTTTTAGAGAGCCATTAGCCTGGTATGTATTCTAAGGATTCGTTGAATTCTTCTTAGCGGCCCTAAATCTTGAGTACTGCACCGCCCTAAA
CCCTAAAACTTGAATACTGCACAGCCCTAAACCCTAAAACTTGAATACTAAACAATTTATTTTATTGTATATGCCAGTTGTGACTCTTATTTGAGCAAAGATATTATATAATTCAGTTGAATTTTAAGGTCAGAGGCATTCAGATTGAACGAAGACTATGTCTACAAAGATTATTCGGTATTCAGTTTTCTCACCAGAAG
TTTAAGCTTCATTAAAGTCTCTGCATTTTAACCAAGAATGTTTACTAGGAGTCCTCGTCTAAATCTATGTTTTCTGAAGGC