NA ----> NA

Intron 1 GTTGGTGCTG ... TACTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.15	329	3	83
A2	22.62	260	6	76
A3	17.63	299	7	64
A4	19.88	258	2	64
A5	21.21	130	2	35
A6	21.59	69	0	19
A7	20	216	0	54
A8	22.31	101	0	29
A9	18.91	193	0	45
A10	19.92	209	0	52

>TRINITY_DN99467_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform

CATCTACCGTCGATTTATGCATTGACGGTGATATAGGGTATTATAAATACACGGCCAACGCGGAGAGTATTTGCTCACCACTTTCAAAGAGCAGGAGCAGGACCAGACGTCCCGTATTTTATTTGACAGCGGGAAGCTTAACGTTTCCGAGGGATTGCAAGCCTCTGGTCGATGTATGGTCATTGTTTGATTCTGCTAGG
CTGTACCCCATTCTTCTAATAAACCCCGGCTATTTCCGTGGAAAGGTGCATTGGACTTTTTGGAATCAGCAAAAGCTCGACTTTGTGTTAATTGGAATTTATGCAAGGAGGATAAGGCATATAGTATCCTGGACCTCTTTTGCACCAGCTTAATGTAAACTGGACCACAATAGCAGCACATGTTTTGAACGAGGATATCT
TAAATAGTCCAGAGTAAGAGAAGTGCATTCAAGAGGAGTGATGGATTGGAGGGCTTCTTTTACTTCTCTTCGTGAGATTTTTCCACAGGTTGATGAACGTATTCTTAAGGCCGTTGCCCTGGAGCACCGCACTGATGTTGATTCAGCTGTGGAATTTATCCTTAGTGAGGTGGTTCCAAACCAGACTGGCCGAATAGCTG
TTGTGGAACTTGATTGTGAGAGTGGAACTTTGGAAGTTCCAAAAAGTGAGCATGACCGTCATCCAGGTTCCGAGCAATCAGCACCAACCTCTTCTCATTTATCTGATTGCTGCTCTATATCTGATGATGATGCATCGGAGGTATCTGATGAAATCATATTGACAGATAGAAGGTCAGAGTATGAACGCATTGTTGCTGAT
CTAAATCAAACTAAAATTAATATTGAACATCCTAGCTCGTCATTGATTAATTCCTTGAGTGACGAGGAAATAATAAATAGCACGAAAAAGAGTTTTTTTCTTGTCTCAAAGCAGTCCTATGATGAAAACACCATCCAAACTTCTTGTTCACCGTATCAGTTTAACTTGAACCAATCTCAAACTGGAATTGAAAACAAAGG
ATTCAGATCTCACTTGGATGATATGGCTGAAATTAAAGGTGATCACCTGCAATGCAGTGAAAAATCTTTAATACAGTTTGAGGATGCCAACACCAATGAAGATGTCAATGCTGATAAATGTAGCACCAATTCAAAAAATACCGAGTTTAACTTGCTGGCAATAAGCTCTGTAGTTTTTGGTATGGTCGATTCCGAGACCG
CAATGGATCAACGTCCTCATGTTGACACTACAAATGTTAGCAGTTATGAAGAAGCAAATCAATGCACCGAAGAAGCAGCAGTGAGGACAAGCGAGTCCAAACTAAACTTTTCAGTTATTGAGCGACCTGCAAAATCTCCTAATGCAGCTGAAACCTTCTATAAAGAAAGTACAGACAGTCTTCCTCTTATTCAGACAACT
CAAGATACTGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAATGACAATATCCTGAATGTGGAATTAGACACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGGTTCACTTTCTTGCAGTCAGGCTTCCAGCTCCGGCAAGATTGTAAATATTGATACCCTGGAAGGTTTTGTTGAAGATGAGTCACTTTCTTGCAGTCGGACATCCTCCTC
CAGCCAGATTGTAAGTGTTGATACCGTGGAAGGTTTTGTTTCCGAGGCTAAGAAAGAGAAGGAAATGCTAATGGAAGCTATGGAATTAATTCGCTCCTTGAGAGCAGAAGCAGACCGTGAAGAGGTTGCAGC

>TRINITY_DN99467_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ATCTGATGAAATCATATTGACAGgttggtgctggttttcagtttttgatgatatggtatattaaatgttttttgattaggtctttattgcaatgtttgcactgattttcattttttatggacttacattcctgatgaacattgatatgtattgtaattgttgctcctgtgctatcccttgttataatacatttaactggt
ttcattttcagtttctattgtttttgcatttagggaatgtttgatgagatcctattgcaaaattgagttttaattcccatagacttgcatgctttattctctcactgaaaatgatgtttgtagggagggttgtacgtggaactctttttaactcttaagaagaaaagattttgtgggaagcttttttgttccaattacaa
cttctttcgatttttactgtgcagATAGAAGGTCAGAGTATGAACGCATTGTTGCTGATCTAAATCAAACTAAAATTAATATTGAACATCCTAGCTCGTCATTGATTAATTCCTTGAGTGACGAGGAAATAATAAATAGCACGAAAAAGAGTTTTTTTCTTGTCTCAAAGCAGTCCTATGATGAAAACACCATCCAAACT
TCTTGTTCACCGTATCAGTTTAACTTGAACCAATCTCAAACTGGAATTGAAAACAAAGGATTCAGATCTCACTTGGATGATATGGCTGAAATTAAAGGTGATCACCTGCAATGCAGTGAAAAATCTTTAATACAGTTTGAGGATGCCAACACCAATGAAGATGTCAATGCTGATAAATGTAGCACCAATTCAAAAAATAC
CGAGTTTAACTTGCTGGCAATAAGCTCTGTAGTTTTTGGTATGGTCGATTCCGAGACCGCAATGGATCAACGTCCTCATGTTGACACTACAAATGTTAGCAGTTATGAAGAAGCAAATCAATGCACCGAAGAAGCAGCAGTGAGGACAAGCGAGTCCAAACTAAACTTTTCAGTTATTGAGCGACCTGCAAAATCTCCTA
ATGCAGCTGAAACCTTCTATAAAGAAAGTACAGACAGTCTTCCTCTTATTCAGACAACTCAAGATACTGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAATGACAATATCCTGAATGTGGAATTAGACACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGGTTCACTTTCTTGCAGTCAGGCTTCCAGCTCCGGCAAGATTGTAAATATT
GATACCCTGGAAGGTTTTGTTGAAGATGAGTCACTTTCTTGCAGTCGGACATCCTCCTCCAGCCAGATTGTAAGTGTTGATACCGTGGAAGGTTTTGTTTCCGAGGCTAAGAAAGAGAAGGAAATGCTAATGGAAGCTATGGAATTAATTCGCTCCTTGAGAGCAGAAGCAGACCGTGAAGAGGTTGCAGC

Intron 2 GTATGAATAT ... TTTCAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.67	20	102.5	8
A2	89.36	15	126	7
A3	87.98	14	102.5	7
A4	88.89	13	104	16
A5	82.14	10	46	10
A6	95.24	1	20	1
A7	88.89	11	88	0
A8	82.35	3	14	0
A9	98.27	1	56.5	2
A10	93.48	6	86	1

>TRINITY_DN99467_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoform

AGGATAAGGCATATAGTATCCTGGACCTCTTTTGCACCAGCTTAATGTAAACTGGACCACAATAGCAGCACATGTTTTGAACGAGGATATCTTAAATAGTCCAGAGGGAATTGCAATATATTGCTAAAAAGTGATAGATTTATATGATATTACAGTAAGAGAAGTGCATTCAAGAGGAGTGATGGATTGGAGGGCTTCTT
TTACTTCTCTTCGTGAGATTTTTCCACAGGT

>TRINITY_DN99467_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CATCTACCGTCGATTTATGCATTGACGGTGATATAGGGTATTATAAATACACGGCCAACGCGGAGAGTATTTGCTCACCACTTTCAAAGAGCAGGAGCAGGACCAGACGTCCCGTATTTTATTTGACAGCGGGAAGCTTAACGTTTCCGAGGGATTGCAAGCCTCTGGTCGATGTATGGTCATTGTTTGATTCTGCTAGG
CTGTACCCCATTCTTCTAATAAACCCCGGCTATTTCCGTGGAAAGGTGCATTGGACTTTTTGGAATCAGCAAGTTCGACAACTTGGTAAATCTTGAAGCTCGACTTTGTGTTAATTGGAATTTATGCAAGGGGAGGATAAGGCATATAGTATCCTGGACCTCTTTTGCACCAGCTTAATGTAAACTGGACCACAATAGCA
GCACATGTTTTGAACGAGGATATCTTAAATAGTCCAGAGgtatgaatatgatttctaaatgattttatcaaccttatttatttgttctaaggatatacaggcatcccatccgaatgcacaaattgtttttccatttcaatcagGGAATTGCAATATATTGCTAAAAAGTGATAGATTTATATGATATTACAGTAAGAGAA
GTGCATTCAAGAGGAGTGATGGATTGGAGGGCTTCTTTTACTTCTCTTCGTGAGATTTTTCCACAGGTAAGTCTAGAACTTTGTAGGTAAAATCAAAGTGCTGGCTTTTTTATTGGTCATTATTTATCGATAATAGCTAGAGAGATTTTTATTAAATACTGTTATTATCATTTAAAACGATTTGGCAATAAACCTCCCTG
TAGAC

Intron 3 GTATGAATAT ... GATATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.35	524.5	102.5	8
A2	23.03	421	126	6
A3	17.31	489.5	102.5	8
A4	20.19	411	104	14
A5	18.93	197	46	13
A6	20.41	78	20	1
A7	20.75	336	88	0
A8	11.48	108	14	0
A9	18.84	243.5	56.5	2
A10	19.86	347	86	1

>TRINITY_DN99467_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform

CATCTACCGTCGATTTATGCATTGACGGTGATATAGGGTATTATAAATACACGGCCAACGCGGAGAGTATTTGCTCACCACTTTCAAAGAGCAGGAGCAGGACCAGACGTCCCGTATTTTATTTGACAGCGGGAAGCTTAACGTTTCCGAGGGATTGCAAGCCTCTGGTCGATGTATGGTCATTGTTTGATTCTGCTAGG
CTGTACCCCATTCTTCTAATAAACCCCGGCTATTTCCGTGGAAAGGTGCATTGGACTTTTTGGAATCAGCAAAAGCTCGACTTTGTGTTAATTGGAATTTATGCAAGGAGGATAAGGCATATAGTATCCTGGACCTCTTTTGCACCAGCTTAATGTAAACTGGACCACAATAGCAGCACATGTTTTGAACGAGGATATCT
TAAATAGTCCAGAGTAAGAGAAGTGCATTCAAGAGGAGTGATGGATTGGAGGGCTTCTTTTACTTCTCTTCGTGAGATTTTTCCACAGGTTGATGAACGTATTCTTAAGGCCGTTGCCCTGGAGCACCGCACTGATGTTGATTCAGCTGTGGAATTTATCCTTAGTGAGGTGGTTCCAAACCAGACTGGCCGAATAGCTG
TTGTGGAACTTGATTGTGAGAGTGGAACTTTGGAAGTTCCAAAAAGTGAGCATGACCGTCATCCAGGTTCCGAGCAATCAGCACCAACCTCTTCTCATTTATCTGATTGCTGCTCTATATCTGATGATGATGCATCGGAGGTATCTGATGAAATCATATTGACAGATAGAAGGTCAGAGTATGAACGCATTGTTGCTGAT
CTAAATCAAACTAAAATTAATATTGAACATCCTAGCTCGTCATTGATTAATTCCTTGAGTGACGAGGAAATAATAAATAGCACGAAAAAGAGTTTTTTTCTTGTCTCAAAGCAGTCCTATGATGAAAACACCATCCAAACTTCTTGTTCACCGTATCAGTTTAACTTGAACCAATCTCAAACTGGAATTGAAAACAAAGG
ATTCAGATCTCACTTGGATGATATGGCTGAAATTAAAGGTGATCACCTGCAATGCAGTGAAAAATCTTTAATACAGTTTGAGGATGCCAACACCAATGAAGATGTCAATGCTGATAAATGTAGCACCAATTCAAAAAATACCGAGTTTAACTTGCTGGCAATAAGCTCTGTAGTTTTTGGTATGGTCGATTCCGAGACCG
CAATGGATCAACGTCCTCATGTTGACACTACAAATGTTAGCAGTTATGAAGAAGCAAATCAATGCACCGAAGAAGCAGCAGTGAGGACAAGCGAGTCCAAACTAAACTTTTCAGTTATTGAGCGACCTGCAAAATCTCCTAATGCAGCTGAAACCTTCTATAAAGAAAGTACAGACAGTCTTCCTCTTATTCAGACAACT
CAAGATACTGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAATGACAATATCCTGAATGTGGAATTAGACACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGGTTCACTTTCTTGCAGTCAGGCTTCCAGCTCCGGCAAGATTGTAAATATTGATACCCTGGAAGGTTTTGTTGAAGATGAGTCACTTTCTTGCAGTCGGACATCCTCCTC
CAGCCAGATTGTAAGTGTTGATACCGTGGAAGGTTTTGTTTCCGAGGCTAAGAAAGAGAAGGAAATGCTAATGGAAGCTATGGAATTAATTCGCTCCTTGAGAGCAGAAGCAGACCGTGAAGAGGTTGCAGC

>TRINITY_DN99467_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CATCTACCGTCGATTTATGCATTGACGGTGATATAGGGTATTATAAATACACGGCCAACGCGGAGAGTATTTGCTCACCACTTTCAAAGAGCAGGAGCAGGACCAGACGTCCCGTATTTTATTTGACAGCGGGAAGCTTAACGTTTCCGAGGGATTGCAAGCCTCTGGTCGATGTATGGTCATTGTTTGATTCTGCTAGG
CTGTACCCCATTCTTCTAATAAACCCCGGCTATTTCCGTGGAAAGGTGCATTGGACTTTTTGGAATCAGCAAGTTCGACAACTTGGTAAATCTTGAAGCTCGACTTTGTGTTAATTGGAATTTATGCAAGGGGAGGATAAGGCATATAGTATCCTGGACCTCTTTTGCACCAGCTTAATGTAAACTGGACCACAATAGCA
GCACATGTTTTGAACGAGGATATCTTAAATAGTCCAGAGgtatgaatatgatttctaaatgattttatcaaccttatttatttgttctaaggatatacaggcatcccatccgaatgcacaaattgtttttccatttcaatcagggaattgcaatatattgctaaaaagtgatagatttatatgatattacagTAAGAGAA
GTGCATTCAAGAGGAGTGATGGATTGGAGGGCTTCTTTTACTTCTCTTCGTGAGATTTTTCCACAGGTAAGTCTAGAACTTTGTAGGTAAAATCAAAGTGCTGGCTTTTTTATTGGTCATTATTTATCGATAATAGCTAGAGAGATTTTTATTAAATACTGTTATTATCATTTAAAACGATTTGGCAATAAACCTCCCTG
TAGAC