sp|Q5YDB6|CPL1_ARATH ----> RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1

Intron 1 GTGGGTAATT ... TTTTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.91	164.7	45	3
A2	20.93	108.6	28	8
A3	28.25	132.4	51	3
A4	25.41	77.2	26	9
A5	24.95	66.8	22	6
A6	14.26	63.2	10	0
A7	18.92	150.8	34	0
A8	16.97	137.3	27	0
A9	22.52	147.9	42	0
A10	20.58	166	42	0

>TRINITY_DN108141_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GTGAGATTAAGCTCCGTCTGTTGCCGGAAACCAAGACCGTCCTTTTAACTACGTCAAACTCAACCTAAACCTCAGTACGAACGCACCGTTACATCACAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAA
GGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCTAAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATT
TTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGCCCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGGAAGCCTGTAATCACTTGGTTTTGTATTCTGCACATTGGAAGCCCTGAGGAGGAGGAA
GCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTTAAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTT
ATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTGAAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAAC
ATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGCTTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTG
GGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAAGCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAG
TGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCCAGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGA
ACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAAAGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTAC
AACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAGGCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAAC
ACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGCGTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAAT
CTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACCCGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATC
TGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCTTGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTG
GGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTCCGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAA
AAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATGATGATCTCAATGTGAATAGAGATTTACCTTTGCCAGAGGGCATGGCTGATTCAGAGGTGGAAAGGAGGCTTAATCCACAAGAATCGAATGCAGCTGTCCACCCTGACACTGCCTCTAATGGTGTAGACAATCAAGATATAAAAATGACGACA
CATCCAGTTGATCAGATGCAGCCAGCTATTGTACCTTCATCTAACATTCAGGCACAACCATCTCGTATGGATCCTGCAATTGAGCAGAATCAAGGATATCCTCAGGGGATTCCAGCAGTTAAACCTTTTGTTCCTCAAACCCATAATGCTATAGAATCTGGTGTTCAAGGCTCACCAAGTAGAGAAGAAGGTGAAGTCCA
GGATACTGAATTGGATCCAGATACAAGAAGGCGGCTTCTTATATTACAGCATGGTCAAGACACTGGGAAACATAACTCTGTTGATCCTCCTTTTTCAGTTAGGCCATTGAAAATTACGTTACCCCCAAATCAAGCTCCTGGTGGGTGGCTTGGAGCAGAGGAGGAGATGAGTCCTAGGCAAATTACAAGACCATCTCAAG
GACCTTCTCTTCAACCTGATTCTGTATCTTTTGATAAGCAACGGCTCCCGCAGCCTTCTTTTTATCATGGTCTAGAGAATTCTCTTGCCAATGATAGGTGTTTTGATGAATCTAAAAGACGGCTACCTGAAGAGGGATATTATGGAGATGACAAAGTAAAAAACAATCACATGATTCCAGATTCTTTTTCCCATTCAGAA
GATGAAGATTCCTCTATGAACAAAACTTCATCTAACCTCAAACCTGGACGAGTGAATGCACTAATTGCTTCCAATACTGTTGGTGTTCTGCAAGAAATTGCCACAAAGTGTGGTGCAAAGGTGGAATTTATTTCACTGCTGAATACAACAATGGAGCTTGAGTTTTCTGTTGAGGTCCTGTTTAGTGGTGAAAAAGTGGG
TGCAGGCATAGGTAGAACCAAGAAGGAGGCACAACATCGAGCATCTGAAGATGCTCTTAAATACATGGCAAGCCAATATATGTCGCAACCTGGAACAGTAGGAGCAGCACTTGGGCGTGGGATCACAGATTCAAGTCTTCAGTCTTGGGGTGATGATGAAGGTTTAAGAGAAACTTCGAGCTCTATAGGGTTTGCTGGTG
CACCTAAGGAAGATGACATGCCCATTGCAAGTACTTCAGGGCAGTCAAAAAGTGGTGAACAGAGGTTGCCTGAGGATGCTAAAAAATCGTTGAACGCTATTGATAATCTCAAAGAAATGTGCACTGTGGAAGGTCTTAGTCTTCTTTTCCAAGAACCATCCGTTGGAAACGTGAACAGGAGGGAATGTTGGGCACAGGTA
AGTTCTTAGTCCATGCAAAATTTTGCCTCTGTTTTATTTATTGCACTGGAGGTAATTTTCAGAGAGTTCTGTTTGCTGCATTGAGCCAAGTAATGTCCTGCTTAATATATCAATCAAATAACTTCTATATCACTGGTAAATTCTTTCACATACTTTTATCGTATACTTATTGAATTTAAAGAGGGTTTGTTAGGCTATTC
ACACAGCTGTAAAATTGAAATTTTTTCCATAGTGCTGTATGCAATGAAACTGAGCAGTGAGCTTGGCTGAATGGGTGGTTATTGTACTAGGTTGAAGTAGCTGGACAAATCTTGGGGAAAGGAAGTGGTCCAACTTGGGAGGCAGCGAAGCTACAGGTTTTCATTTATCCCTGTTGATAAGTCTCTAGATAACTTTATAA
AACATAAAGCAAATTTACAATGATTTGAGAGGCTGTATAATCTTTGCCTAGACTGCTGGTTGTGCT

>TRINITY_DN108141_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTGAGATTAAGCTCCGTCTGTTGCCGGAAACCAAGACCGTCCTTTTAACTACGTCAAACTCAACCTAAACCTCAGTACGAACGCACCGTTACATCACAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAA
GGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCTAAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATT
TTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGCCCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGGAAGCCTGTAATCACTTGGTTTTGTATTCTGCACATTGGAAGCCCTGAGGAGGAGGAA
GCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTTAAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTT
ATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTGAAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAAC
ATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGCTTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTG
GGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAAGCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAG
TGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCCAGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGA
ACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAAAGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTAC
AACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAGGCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAAC
ACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGCGTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAAT
CTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACCCGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATC
TGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCTTGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTG
GGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTCCGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAA
AAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATGATGATCTCAATGTGAATAGAGATTTACCTTTGCCAGAGGGCATGGCTGATTCAGAGGTGGAAAGGAGGCTTAATCCACAAGAATCGAATGCAGCTGTCCACCCTGACACTGCCTCTAATGGTGTAGACAATCAAGATATAAAAATGACGACA
CATCCAGTTGATCAGATGCAGCCAGCTATTGTACCTTCATCTAACATTCAGGCACAACCATCTCGTATGGATCCTGCAATTGAGCAGAATCAAGGATATCCTCAGGGGATTCCAGCAGTTAAACCTTTTGTTCCTCAAACCCATAATGCTATAGAATCTGGTGTTCAAGGCTCACCAAGTAGAGAAGAAGGTGAAGTCCA
GGATACTGAATTGGATCCAGATACAAGAAGGCGGCTTCTTATATTACAGCATGGTCAAGACACTGGGAAACATAACTCTGTTGATCCTCCTTTTTCAGTTAGGCCATTGAAAATTACGTTACCCCCAAATCAAGCTCCTGGTGGGTGGCTTGGAGCAGAGGAGGAGATGAGTCCTAGGCAAATTACAAGACCATCTCAAG
GACCTTCTCTTCAACCTGATTCTGTATCTTTTGATAAGCAACGGCTCCCGCAGCCTTCTTTTTATCATGGTCTAGAGAATTCTCTTGCCAATGATAGGTGTTTTGATGAATCTAAAAGACGGCTACCTGAAGAGgtgggtaattcactttttattcatttcaatgccttacgtaataaattgttgatgatttctctaaga
ctgagcatgcttttaatgtgattcctgcttgagtttgttttttctgcagGGATATTATGGAGATGACAAAGTAAAAAACAATCACATGATTCCAGATTCTTTTTCCCATTCAGGTAATTCTTTCTGGAAGAAAATATAAAATAGATACAAGGCTGGTCCCACCGAGCAGAAATCATATCATTTCTCTCTTAGCTGTTCAG
TTTCTGTAGCTTTTTACTTATATATTTTGTCTTCATTGTTCCTGTAGCATGCACTGCGTATAGTTTGTCTAACATGTACCTTTTATCTTTAGTTCTCTCTAAACATCATGCATCAGTTTGTTACAGGATGTTTTCCATGTGAATGAACTCAGTAGCCTTTCTCTCTTCATGCTTGATACAAGTTTTTCAAATATTAGAGG
CCTTTGACAACAACCCTTTCAGTGATTATATATGTATTTGTTCAAGCTCGTACAGTCCGGTTGTACTTCATCTCCTAGAAATAACTGCTATGTATGTTTGATGGGTCTGAATTCTGGAATCTGAACATGTCATGGTTACTTCATTACCTGGGAAGGCTATATAAAAAGGAGCTTCACTTTGATCCAACTTGCAAATTAAT
CCTAAGACATATCCTCCCTTGGCCTCTGAAGAGTGTATTCTTTCTTTTATTTTGTAGTGAATGAGCTTGATGCACTCCCTTGTCTGTCACCCATTATGATTACAGGCCTATTAATTGTTGGTGGTTAGTAGCAGAAAGTAATAAATATTTCATTTCATTTTCAAGAGTGCTCCTGCTGAACATGGATGAGAAAATATCCT
GTCTCAGAATCAAAACCTGGGTTTGATTTATTATCCATCAGTTCCAGGGTGGGCAAACTCTTGAGGTGCTCATATTTCTAGATAGGTCATTTTTCTGTGCAATTGTAGTGCGTAGAAGATGATAATAACCAGAGATATAAGAAGTCTTTAAATTGTGGGAGATTTGAGGGTTGCCCCCTTTCACATGTAGTTGCTTTGAT
ACCAAAGGATGCACAATAAATGTGAACAGTGACACAAACTTTGAATCCATGTCTGGAGCAGACATCCAAGTTCCGTAAATTGTGCATTTAAAATGCTGCTGTGAAATACATAATGCTGTAGTTGTTGCTTCTTAGTGCCATCCATTTTTGGTTTTATTTCTTTGTTGTTGCTTTTTATAGATGTTTTGCAAAAGAAGAAT
GCTTTCTTGTGGGAAACGACTTTGGGAGTTGAGGCACTGAAGTGAAACATGGTTTGACCTCGGCAAAATTGAGATAAATTCCCACAAAACACGCATCTCAACAATATCTTGGTTGCG

Intron 2 GTAATTCTTT ... GTTTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.94	177	28	20
A2	18.31	116	17	35
A3	10.2	132	16	14
A4	14.93	94	17	16
A5	21.93	73	17	24
A6	12.36	78	8	14
A7	14.35	200	16	51
A8	11.53	165	10	33
A9	12.81	160	21	26
A10	12.68	179	20	32

>TRINITY_DN118009_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CGTTACATCATAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAAGGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCT
AAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATTTTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGC
CCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGAGAGCCTGTAATCACTTGGTTTTATATTCTGCACATTGGAAGTCCTGAGGAGGAGGAAGCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTT
AAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTTATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTG
AAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAACATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGC
TTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTGGGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAA
GCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAGTGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCC
AGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGAACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAA
AGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTACAACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAG
GCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAACACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGC
GTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAATCTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACC
CGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATCTGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCT
TGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTGGGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTC
CGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAAAAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATGAATCGAATGCAGCTGTCCACCCTGACACTGCCTCTAAT
GGTGTAGACAATCAAGATATAAAAATGACGACACATCCAGTTGATCAGATGCAGCCAGCTATTGTACCTTCATCTAACATTCAGGCACAACCATCTCGTATGGATCCTGCAATTGAGCAGAATCAAGGATATCCTCAGGGGATTCCAGCAGTTAAACCTTTTGTTCCTCAAACCCATAATGCTATAGAATCTGGTGTTCA
AGGCTCACCAAGTAGAGAAGAAGGTGAAGTCCAGGATACTGAATTGGATCCAGATACAAGAAGGCGGCTTCTTATATTACAGCATGGTCAAGACACTGGGAAACATAACTCTGTTGATCCTCCTTTTTCAGTTAGGCCATTGAAAATTACGTTACCCCCAAATCAAGCTCCTGGTGGGTGGCTTGGAGCAGAGGAGGAGA
TGAGTCCTAGGCAAATTACAAGACCATCTCAAGGACCTTCTCTTCAACCTGATTCTGTATCTTTTGATAAGCAACGGCTCCCGCAGCCTTCTTTTTATCATGGTCTAGAGAATTCTCTTGCCAATGATAGGTGTTTTGATGAATCTAAAAGACGGCTACCTGAAGAGGGATATTATGGAGATGACAAAGTAAAAAACAAT
CACATGATTCCAGATTCTTTTTCCCATTCAGAAGATGAAGATTCCTCTATGAACAAAACTTCATCTAACCTCAAACCTGGACGAGTGAATGCACTAATTGCTTCCAATACTGTTGGTGTTCTGCAAGAAATTGCCACAAAGTGTGGTGCAAAGGTGGAATTTATTTCACTGCTGAATACAACAATGGAGCTTGAGTTTTC
TGTTGAGGTCCTGTTTAGTGGTGAAAAAGTGGGTGCAGGCATAGGTAGAACCAAGAAGGAGGCACAACATCGAGCATCTGAAGATGCTCTTAAATACATGGCAAGCCAATATATGTCGCAACCTGGAACAGTAGGAGCAGCACTTGGGCGTGGGATCACAGATTCAAGTCTTCAGTCTTGGGGTGATGATGAAGGTTTAA
GAGAAACTTCGAGCTCTATAGGGTTTGCTGGTGCACCTAAGGAAGATGACATGCCCATTGCAAGTACTTCAGGGCAGTCAAAAAGTGGTGAACAGAGGTTGCCTGAGGATGCTAAAAAATCGTTGAACGCTATTGATAATCTCAAAGAAATGTGCACTGTGGAAGGTCTTAGTCTTCTTTTCCAAGAACCATCCGTTGGA
AACGTGAACAGGAGGGAATGTTGGGCACAGGTTGAAGTAGCTGGACAAATCTTGGGGAAAGGAAGTGGTCCAACTTGGGAGGCAGCGAAGCTACAGGCTGCAGAGGAGGCTCTTCGTAATTTTAAGTCCACAGTCAGTCAACGGACACAAAAGCGCTTGAGCTCTCCAAGGTCAGTGTCAGTTCAGCCAAATAAAAGGAT
TAAGCCTGCAGATTTGTCACGTGGTGCATCTCGGATTCTACCTTCTCCAAGAAGATATCCTAAGAATGGACCACCTATTCCTTGACATCTAGCAGAAGAAGATGAATCTGTCTTTCAGGTTAAATTTTCTTGTACAATAGTGGCTCGAGAAGCTTCTTCCAAGGCAGTTTTGGTATTGAATGTCTCATATAAGACATTTT
CATAAATGTCTTGTGATTCTTTCAGCATAGTGCCTTCGTATGTTCATGTCTCAAAATAAGCTGAAAGGTCCAGTGCTCAAATTGAGCTGACTGAAAAATTAAGACCTATTGTGCCAATTTATGAAGAAATAGAGACAAAAGGAGGGGCTCGCTAAATGACTTGATAAATCTTCTTTTTGTACACTTGCCAGTTTTAAGAA
ATGGAGATCGTGCTCTGGAAGATTGTATTCAGAGTTTAGACTTCATTTACGAGGAAGTATTTTCTTTTTTCTTAGCATTGTAATGTTATAGAGAACGAAGGTCATTTTCATGTTTTCCTAAAAGATCAGACAGGTAATTTATTGTCTCTGTTACTTGATGATGTGATCTATTGAAGCAGAACACATTTTAATAGATTATC
AATTAATCATATGAAGAAAACCTACGGTAGAATTAATAGTCAAACAGTGAACTTTTTTCTTTCTTTCTTATTATCACCAAGATTTGATATTGATTATATAAACTACAGGGAGCACACTTCTCAGTTTAACAAAGTCTAGAATTTTGGTAAATTGCGTTGTTTACATGGTTGGTTGATTGTTAGATCTGCCCCTGGATCTC
AAGTTGAAATTAAATCATGGGATATCTAGGTTCTTGTCTGAGATTACATCATATTCTGCTCCCTTGCATGTTATAAAACA

>TRINITY_DN118009_c2_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGTTACATCATAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAAGGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCT
AAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATTTTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGC
CCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGAGAGCCTGTAATCACTTGGTTTTATATTCTGCACATTGGAAGTCCTGAGGAGGAGGAAGCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTT
AAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTTATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTG
AAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAACATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGC
TTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTGGGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAA
GCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAGTGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCC
AGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGAACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAA
AGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTACAACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAG
GCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAACACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGC
GTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAATCTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACC
CGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATCTGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCT
TGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTGGGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTC
CGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAAAAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATGATGATCTCAATGTGAATAGAGATTTACCTTTGCCAGAG
GGCATGGCTGATTCAGAGGTGGAAAGGAGGCTTAATCCACAAGAATCGAATGCAGCTGTCCACCCTGACACTGCCTCTAATGGTGTAGACAATCAAGATATAAAAATGACGACACATCCAGTTGATCAGATGCAGCCAGCTATTGTACCTTCATCTAACATTCAGGCACAACCATCTCGTATGGATCCTGCAATTGAGCA
GAATCAAGGATATCCTCAGGGGATTCCAGCAGTTAAACCTTTTGTTCCTCAAACCCATAATGCTATAGAATCTGGTGTTCAAGGCTCACCAAGTAGAGAAGAAGGTGAAGTCCAGGATACTGAATTGGATCCAGATACAAGAAGGCGGCTTCTTATATTACAGCATGGTCAAGACACTGGGAAACATAACTCTGTTGATC
CTCCTTTTTCAGTTAGGCCATTGAAAATTACGTTACCCCCAAATCAAGCTCCTGGTGGGTGGCTTGGAGCAGAGGAGGAGATGAGTCCTAGGCAAATTACAAGACCATCTCAAGGACCTTCTCTTCAACCTGATTCTGTATCTTTTGATAAGCAACGGCTCCCGCAGCCTTCTTTTTATCATGGTCTAGAGAATTCTCTT
GCCAATGATAGGTGTTTTGATGAATCTAAAAGACGGCTACCTGAAGAGGGATATTATGGAGATGACAAAGTAAAAAACAATCACATGATTCCAGATTCTTTTTCCCATTCAGgtaattctttctggaagaaaatataaaatagatacaaggctggtcccaccgagcagaaatcatatcatttctctcttagctgttcagt
ttctgtagctttttacttatatattttgtcttcattgttcctgtagcatgcactgcgtatagtttgtctaacatgtaccttttatctttagttctctctaaacatcatgcatcagtttgttacaggatgttttccatgtgaatgaactcagtagcctttctctcttcatgcttgatacaagtttttcaaatattagaggc
ctttgacaacaaccctttcagtgattatatatgtatttgttcaagctcgtacagtccggttgtacttcatctcctagaaataactgctatgtatgtttgatgggtctgaattctggaatctgaacatgtcatggttacttcattacctgggaaggctatataaaaaggagcttcactttgatccaacttgcaaattaatc
ctaagacatatcctcccttggcctctgaagagtgtattctttcttttattttgtagtgaatgagcttgatgcactcccttgtctgtcacccattatgattacaggcctattaattgttggtggttagtagcagaaagtaataaatatttcatttcattttcaagagtgctcctgctgaacatggatgagaaaatatcctg
tctcagaatcaaaacctgggtttgatttattatccatcagttccagggtgggcaaactcttgaggtgctcatatttctagataggtcatttttctgtgcaattgtagtgcgtagaagatgataataaccagagatataagaagtctttaaattgtgggagatttgagggttgccccctttcacatgtagttgctttgata
ccaaaggatgcacaataaatgtgaacagtgacacaaactttgaatccatgtctggagcagacatccaagttccgtaaattgtgcatttaaaatgctgctgtgaaatacataatgctgtagttgttgcttcttagtgccatccatttttggttttatttctttgttgttgctttttatagatgttttgcaaaagaagaatg
ctttcttgtgggaaacgactttgggagttgaggcactgaagtgaaacatggtttgacctcggcaaaattgagataaattcccacaaaacacgcatctcaacaatatcttggttgcagtgaatcatagtggttattttgaattttctttaaattttaatcacttggcctttcactaatgccaaccgtttggttttattgct
cttagcttgtccttttttctttgtgtcatactcacttgaatattccatccaaaatttataaaagatatatacccagttgttccaacttccaacaattgggtcagatggagtctcttagtttcattgattgattttggtctgttcagggcattgatgaaacctcatttcatatataactgatatctgaaactattttactt
tcattggtatgagtttgaacagAAGATGAAGATTCCTCTATGAACAAAACTTCATCTAACCTCAAACCTGGACGAGTGAATGCACTAATTGCTTCCAATACTGTTGGTGTTCTGCAAGAAATTGCCACAAAGTGTGGTGCAAAGGTGGAATTTATTTCACTGCTGAATACAACAATGGAGCTTGAGTTTTCTGTTGAGGT
GAGTTTGTTGTGCACTTCAGGAGCATTAAACTGTGAACAGTTGAATAGTAGAATACAAATGCTTAATTAATGCTGTAATCCTTGACTGTAATTTCTATGAAAACCTAAGATTCTGTTTATTCTAGTACCTTTAGAATCTTTTATTGATGTTAGTTTGTTGTGTGCTTGAACAGTAAAAATTCAGTGCATAATCACTGAAT
CTATTTTCAAAATTTCCATGTGCATTAAATATTGCAGTTATTCTAATATTGTCTCAATCCAGGTCCTGTTTAGTGGTGAAAAAGTGGGTGCAGGCATAGGTAGAACCAAGAAGGAGGCACAACATCGAGCATCTGAAGATGCTCTTAAATACATGGCAAGTAAGTGCTACTTATTTTTACAGTATCCCTGCCTTTAAACC
TCATCGTTTTTTGTTTGCATTAGTCATGCATATTCTATTTGTTTCCCTTGGAGTTTGTCAATCTTGATATATGGCAGTAGCAAAGTATTATTCACAGGATACTTAATTATCTCGAGTGTATTCCACGCTCTTATTGAGATTGATATTTCACTTATGTATTCGTTTCATTTTTATGTGTGTCCCTTTTTATCTTGGACTTT
TTTTTTAGTTTTCTGTGGCTTTGTTCCTAGATCTTTTGTTGTTGTGGTAAGCTTAGATATAGGAGCTGCTTTTGCACTACCACTTTGAATTACATTAATTTTACTCATTTAGTCCAATTGACCTAGTTTTTTGTTGTCATTAGGTGGACATTAAATATAATAATCTCATCTTATCTTATCTATGGAACAAATTGAACTTG
AGTATGT

Intron 3 GTGAGTTTGT ... CTCAATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.36	221	24	3
A2	4.5	164	8	11
A3	6.67	202	15	3
A4	5.03	140	7.5	1
A5	9.58	84	9.5	3
A6	4.53	191	9.5	0
A7	5.1	414	23.5	7
A8	4.93	484	26.5	2
A9	4.96	363	20	15
A10	7.86	338	31.5	7

>TRINITY_DN118009_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CGTTACATCATAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAAGGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCT
AAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATTTTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGC
CCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGAGAGCCTGTAATCACTTGGTTTTATATTCTGCACATTGGAAGTCCTGAGGAGGAGGAAGCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTT
AAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTTATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTG
AAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAACATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGC
TTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTGGGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAA
GCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAGTGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCC
AGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGAACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAA
AGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTACAACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAG
GCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAACACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGC
GTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAATCTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACC
CGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATCTGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCT
TGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTGGGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTC
CGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAAAAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATGAATCGAATGCAGCTGTCCACCCTGACACTGCCTCTAAT
GGTGTAGACAATCAAGATATAAAAATGACGACACATCCAGTTGATCAGATGCAGCCAGCTATTGTACCTTCATCTAACATTCAGGCACAACCATCTCGTATGGATCCTGCAATTGAGCAGAATCAAGGATATCCTCAGGGGATTCCAGCAGTTAAACCTTTTGTTCCTCAAACCCATAATGCTATAGAATCTGGTGTTCA
AGGCTCACCAAGTAGAGAAGAAGGTGAAGTCCAGGATACTGAATTGGATCCAGATACAAGAAGGCGGCTTCTTATATTACAGCATGGTCAAGACACTGGGAAACATAACTCTGTTGATCCTCCTTTTTCAGTTAGGCCATTGAAAATTACGTTACCCCCAAATCAAGCTCCTGGTGGGTGGCTTGGAGCAGAGGAGGAGA
TGAGTCCTAGGCAAATTACAAGACCATCTCAAGGACCTTCTCTTCAACCTGATTCTGTATCTTTTGATAAGCAACGGCTCCCGCAGCCTTCTTTTTATCATGGTCTAGAGAATTCTCTTGCCAATGATAGGTGTTTTGATGAATCTAAAAGACGGCTACCTGAAGAGGGATATTATGGAGATGACAAAGTAAAAAACAAT
CACATGATTCCAGATTCTTTTTCCCATTCAGAAGATGAAGATTCCTCTATGAACAAAACTTCATCTAACCTCAAACCTGGACGAGTGAATGCACTAATTGCTTCCAATACTGTTGGTGTTCTGCAAGAAATTGCCACAAAGTGTGGTGCAAAGGTGGAATTTATTTCACTGCTGAATACAACAATGGAGCTTGAGTTTTC
TGTTGAGGTCCTGTTTAGTGGTGAAAAAGTGGGTGCAGGCATAGGTAGAACCAAGAAGGAGGCACAACATCGAGCATCTGAAGATGCTCTTAAATACATGGCAAGCCAATATATGTCGCAACCTGGAACAGTAGGAGCAGCACTTGGGCGTGGGATCACAGATTCAAGTCTTCAGTCTTGGGGTGATGATGAAGGTTTAA
GAGAAACTTCGAGCTCTATAGGGTTTGCTGGTGCACCTAAGGAAGATGACATGCCCATTGCAAGTACTTCAGGGCAGTCAAAAAGTGGTGAACAGAGGTTGCCTGAGGATGCTAAAAAATCGTTGAACGCTATTGATAATCTCAAAGAAATGTGCACTGTGGAAGGTCTTAGTCTTCTTTTCCAAGAACCATCCGTTGGA
AACGTGAACAGGAGGGAATGTTGGGCACAGGTTGAAGTAGCTGGACAAATCTTGGGGAAAGGAAGTGGTCCAACTTGGGAGGCAGCGAAGCTACAGGCTGCAGAGGAGGCTCTTCGTAATTTTAAGTCCACAGTCAGTCAACGGACACAAAAGCGCTTGAGCTCTCCAAGGTCAGTGTCAGTTCAGCCAAATAAAAGGAT
TAAGCCTGCAGATTTGTCACGTGGTGCATCTCGGATTCTACCTTCTCCAAGAAGATATCCTAAGAATGGACCACCTATTCCTTGACATCTAGCAGAAGAAGATGAATCTGTCTTTCAGGTTAAATTTTCTTGTACAATAGTGGCTCGAGAAGCTTCTTCCAAGGCAGTTTTGGTATTGAATGTCTCATATAAGACATTTT
CATAAATGTCTTGTGATTCTTTCAGCATAGTGCCTTCGTATGTTCATGTCTCAAAATAAGCTGAAAGGTCCAGTGCTCAAATTGAGCTGACTGAAAAATTAAGACCTATTGTGCCAATTTATGAAGAAATAGAGACAAAAGGAGGGGCTCGCTAAATGACTTGATAAATCTTCTTTTTGTACACTTGCCAGTTTTAAGAA
ATGGAGATCGTGCTCTGGAAGATTGTATTCAGAGTTTAGACTTCATTTACGAGGAAGTATTTTCTTTTTTCTTAGCATTGTAATGTTATAGAGAACGAAGGTCATTTTCATGTTTTCCTAAAAGATCAGACAGGTAATTTATTGTCTCTGTTACTTGATGATGTGATCTATTGAAGCAGAACACATTTTAATAGATTATC
AATTAATCATATGAAGAAAACCTACGGTAGAATTAATAGTCAAACAGTGAACTTTTTTCTTTCTTTCTTATTATCACCAAGATTTGATATTGATTATATAAACTACAGGGAGCACACTTCTCAGTTTAACAAAGTCTAGAATTTTGGTAAATTGCGTTGTTTACATGGTTGGTTGATTGTTAGATCTGCCCCTGGATCTC
AAGTTGAAATTAAATCATGGGATATCTAGGTTCTTGTCTGAGATTACATCATATTCTGCTCCCTTGCATGTTATAAAACA

>TRINITY_DN118009_c2_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGTTACATCATAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAAGGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCT
AAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATTTTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGC
CCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGAGAGCCTGTAATCACTTGGTTTTATATTCTGCACATTGGAAGTCCTGAGGAGGAGGAAGCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTT
AAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTTATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTG
AAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAACATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGC
TTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTGGGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAA
GCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAGTGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCC
AGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGAACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAA
AGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTACAACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAG
GCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAACACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGC
GTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAATCTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACC
CGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATCTGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCT
TGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTGGGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTC
CGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAAAAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATGATGATCTCAATGTGAATAGAGATTTACCTTTGCCAGAG
GGCATGGCTGATTCAGAGGTGGAAAGGAGGCTTAATCCACAAGAATCGAATGCAGCTGTCCACCCTGACACTGCCTCTAATGGTGTAGACAATCAAGATATAAAAATGACGACACATCCAGTTGATCAGATGCAGCCAGCTATTGTACCTTCATCTAACATTCAGGCACAACCATCTCGTATGGATCCTGCAATTGAGCA
GAATCAAGGATATCCTCAGGGGATTCCAGCAGTTAAACCTTTTGTTCCTCAAACCCATAATGCTATAGAATCTGGTGTTCAAGGCTCACCAAGTAGAGAAGAAGGTGAAGTCCAGGATACTGAATTGGATCCAGATACAAGAAGGCGGCTTCTTATATTACAGCATGGTCAAGACACTGGGAAACATAACTCTGTTGATC
CTCCTTTTTCAGTTAGGCCATTGAAAATTACGTTACCCCCAAATCAAGCTCCTGGTGGGTGGCTTGGAGCAGAGGAGGAGATGAGTCCTAGGCAAATTACAAGACCATCTCAAGGACCTTCTCTTCAACCTGATTCTGTATCTTTTGATAAGCAACGGCTCCCGCAGCCTTCTTTTTATCATGGTCTAGAGAATTCTCTT
GCCAATGATAGGTGTTTTGATGAATCTAAAAGACGGCTACCTGAAGAGGGATATTATGGAGATGACAAAGTAAAAAACAATCACATGATTCCAGATTCTTTTTCCCATTCAGGTAATTCTTTCTGGAAGAAAATATAAAATAGATACAAGGCTGGTCCCACCGAGCAGAAATCATATCATTTCTCTCTTAGCTGTTCAGT
TTCTGTAGCTTTTTACTTATATATTTTGTCTTCATTGTTCCTGTAGCATGCACTGCGTATAGTTTGTCTAACATGTACCTTTTATCTTTAGTTCTCTCTAAACATCATGCATCAGTTTGTTACAGGATGTTTTCCATGTGAATGAACTCAGTAGCCTTTCTCTCTTCATGCTTGATACAAGTTTTTCAAATATTAGAGGC
CTTTGACAACAACCCTTTCAGTGATTATATATGTATTTGTTCAAGCTCGTACAGTCCGGTTGTACTTCATCTCCTAGAAATAACTGCTATGTATGTTTGATGGGTCTGAATTCTGGAATCTGAACATGTCATGGTTACTTCATTACCTGGGAAGGCTATATAAAAAGGAGCTTCACTTTGATCCAACTTGCAAATTAATC
CTAAGACATATCCTCCCTTGGCCTCTGAAGAGTGTATTCTTTCTTTTATTTTGTAGTGAATGAGCTTGATGCACTCCCTTGTCTGTCACCCATTATGATTACAGGCCTATTAATTGTTGGTGGTTAGTAGCAGAAAGTAATAAATATTTCATTTCATTTTCAAGAGTGCTCCTGCTGAACATGGATGAGAAAATATCCTG
TCTCAGAATCAAAACCTGGGTTTGATTTATTATCCATCAGTTCCAGGGTGGGCAAACTCTTGAGGTGCTCATATTTCTAGATAGGTCATTTTTCTGTGCAATTGTAGTGCGTAGAAGATGATAATAACCAGAGATATAAGAAGTCTTTAAATTGTGGGAGATTTGAGGGTTGCCCCCTTTCACATGTAGTTGCTTTGATA
CCAAAGGATGCACAATAAATGTGAACAGTGACACAAACTTTGAATCCATGTCTGGAGCAGACATCCAAGTTCCGTAAATTGTGCATTTAAAATGCTGCTGTGAAATACATAATGCTGTAGTTGTTGCTTCTTAGTGCCATCCATTTTTGGTTTTATTTCTTTGTTGTTGCTTTTTATAGATGTTTTGCAAAAGAAGAATG
CTTTCTTGTGGGAAACGACTTTGGGAGTTGAGGCACTGAAGTGAAACATGGTTTGACCTCGGCAAAATTGAGATAAATTCCCACAAAACACGCATCTCAACAATATCTTGGTTGCAGTGAATCATAGTGGTTATTTTGAATTTTCTTTAAATTTTAATCACTTGGCCTTTCACTAATGCCAACCGTTTGGTTTTATTGCT
CTTAGCTTGTCCTTTTTTCTTTGTGTCATACTCACTTGAATATTCCATCCAAAATTTATAAAAGATATATACCCAGTTGTTCCAACTTCCAACAATTGGGTCAGATGGAGTCTCTTAGTTTCATTGATTGATTTTGGTCTGTTCAGGGCATTGATGAAACCTCATTTCATATATAACTGATATCTGAAACTATTTTACTT
TCATTGGTATGAGTTTGAACAGAAGATGAAGATTCCTCTATGAACAAAACTTCATCTAACCTCAAACCTGGACGAGTGAATGCACTAATTGCTTCCAATACTGTTGGTGTTCTGCAAGAAATTGCCACAAAGTGTGGTGCAAAGGTATATAATGATGTATCATTCACAAGTTACAACTTATAATCTGCAGGTTTTATGCT
ATTCTATAGGTTTTTCTTTGTTTGGTTAAAACTTATATATATTCTGTTGAATTGTTTTTCAGGTGGAATTTATTTCACTGCTGAATACAACAATGGAGCTTGAGTTTTCTGTTGAGgtgagtttgttgtgcacttcaggagcattaaactgtgaacagttgaatagtagaatacaaatgcttaattaatgctgtaatcct
tgactgtaatttctatgaaaacctaagattctgtttattctagtacctttagaatcttttattgatgttagtttgttgtgtgcttgaacagtaaaaattcagtgcataatcactgaatctattttcaaaatttccatgtgcattaaatattgcagttattctaatattgtctcaatccagGTCCTGTTTAGTGGTGAAAA
AGTGGGTGCAGGCATAGGTAGAACCAAGAAGGAGGCACAACATCGAGCATCTGAAGATGCTCTTAAATACATGGCAAGTAAGTGCTACTTATTTTTACAGTATCCCTGCCTTTAAACCTCATCGTTTTTTGTTTGCATTAGTCATGCATATTCTATTTGTTTCCCTTGGAGTTTGTCAATCTTGATATATGGCAGTAGCA
AAGTATTATTCACAGGATACTTAATTATCTCGAGTGTATTCCACGCTCTTATTGAGATTGATATTTCACTTATGTATTCGTTTCATTTTTATGTGTGTCCCTTTTTATCTTGGACTTTTTTTTTAGTTTTCTGTGGCTTTGTTCCTAGATCTTTTGTTGTTGTGGTAAGCTTAGATATAGGAGCTGCTTTTGCACTACCA
CTTTGAATTACATTAATTTTACTCATTTAGTCCAATTGACCTAGTTTTTTGTTGTCATTAGGTGGACATTAAATATAATAATCTCATCTTATCTTATCTATGGAACAAATTGAACTTGAGTATGT

Intron 4 GTAAGTTCTT ... ATTGTACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.42	261.3	79	2
A2	26.97	191.4	70	6
A3	22.29	181	51	2
A4	23.85	151.4	47	6
A5	29.35	53.6	22	6
A6	25.39	294	98	1
A7	24.81	592.4	191	0
A8	25.58	689	233	1
A9	21.84	416.3	114	1
A10	20.06	384	93	0

>TRINITY_DN108141_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GTGAGATTAAGCTCCGTCTGTTGCCGGAAACCAAGACCGTCCTTTTAACTACGTCAAACTCAACCTAAACCTCAGTACGAACGCACCGTTACATCACAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAA
GGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCTAAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATT
TTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGCCCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGGAAGCCTGTAATCACTTGGTTTTGTATTCTGCACATTGGAAGCCCTGAGGAGGAGGAA
GCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTTAAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTT
ATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTGAAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAAC
ATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGCTTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTG
GGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAAGCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAG
TGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCCAGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGA
ACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAAAGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTAC
AACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAGGCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAAC
ACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGCGTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAAT
CTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACCCGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATC
TGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCTTGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTG
GGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTCCGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAA
AAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATGATGATCTCAATGTGAATAGAGATTTACCTTTGCCAGAGGGCATGGCTGATTCAGAGGTGGAAAGGAGGCTTAATCCACAAGAATCGAATGCAGCTGTCCACCCTGACACTGCCTCTAATGGTGTAGACAATCAAGATATAAAAATGACGACA
CATCCAGTTGATCAGATGCAGCCAGCTATTGTACCTTCATCTAACATTCAGGCACAACCATCTCGTATGGATCCTGCAATTGAGCAGAATCAAGGATATCCTCAGGGGATTCCAGCAGTTAAACCTTTTGTTCCTCAAACCCATAATGCTATAGAATCTGGTGTTCAAGGCTCACCAAGTAGAGAAGAAGGTGAAGTCCA
GGATACTGAATTGGATCCAGATACAAGAAGGCGGCTTCTTATATTACAGCATGGTCAAGACACTGGGAAACATAACTCTGTTGATCCTCCTTTTTCAGTTAGGCCATTGAAAATTACGTTACCCCCAAATCAAGCTCCTGGTGGGTGGCTTGGAGCAGAGGAGGAGATGAGTCCTAGGCAAATTACAAGACCATCTCAAG
GACCTTCTCTTCAACCTGATTCTGTATCTTTTGATAAGCAACGGCTCCCGCAGCCTTCTTTTTATCATGGTCTAGAGAATTCTCTTGCCAATGATAGGTGTTTTGATGAATCTAAAAGACGGCTACCTGAAGAGGGATATTATGGAGATGACAAAGTAAAAAACAATCACATGATTCCAGATTCTTTTTCCCATTCAGAA
GATGAAGATTCCTCTATGAACAAAACTTCATCTAACCTCAAACCTGGACGAGTGAATGCACTAATTGCTTCCAATACTGTTGGTGTTCTGCAAGAAATTGCCACAAAGTGTGGTGCAAAGGTGGAATTTATTTCACTGCTGAATACAACAATGGAGCTTGAGTTTTCTGTTGAGGTCCTGTTTAGTGGTGAAAAAGTGGG
TGCAGGCATAGGTAGAACCAAGAAGGAGGCACAACATCGAGCATCTGAAGATGCTCTTAAATACATGGCAAGCCAATATATGTCGCAACCTGGAACAGTAGGAGCAGCACTTGGGCGTGGGATCACAGATTCAAGTCTTCAGTCTTGGGGTGATGATGAAGGTTTAAGAGAAACTTCGAGCTCTATAGGGTTTGCTGGTG
CACCTAAGGAAGATGACATGCCCATTGCAAGTACTTCAGGGCAGTCAAAAAGTGGTGAACAGAGGTTGCCTGAGGATGCTAAAAAATCGTTGAACGCTATTGATAATCTCAAAGAAATGTGCACTGTGGAAGGTCTTAGTCTTCTTTTCCAAGAACCATCCGTTGGAAACGTGAACAGGAGGGAATGTTGGGCACAGGTT
GAAGTAGCTGGACAAATCTTGGGGAAAGGAAGTGGTCCAACTTGGGAGGCAGCGAAGCTACAGGCTGCAGAGGAGGCTCTTCGTAATTTTAAGTCCACAGTCAGTCAACGGACACAAAAGCGCTTGAGCTCTCCAAGGTCAGTGTCAGTTCAGCCAAATAAAAGGATTAAGCCTGCAGATTTGTCACGTGGTGCATCTCG
GATTCTACCTTCTCCAAGAAGATATCCTAAGAATGGACCACCTATTCCTTGACATCTAGCAGAAGAAGATGAATCTGTCTTTCAGGTTAAATTTTCTTGTACAATAGTGGCTCGAGAAGCTTCTTCCAAGGCAGTTTTGGTATTGAATGTCTCATATAAGACATTTTCATAAATGTCTTGTGATTCTTTCAGCATAGTGC
CTTCGTATGTTCATGTCTCAAAATAAGCTGAAAGGTCCAGTGCTCAAATTGAGCTGACTGAAAAATTAAGACCTATTGTGCCAATTTATGAAGAAATAGAGACAAAAGGAGGGGCTCGCTAAATGACTTGATAAATCTTCTTTTTGTACACTTGCCAGTTTTAAGAAATGGAGATCGTGCTCTGGAAGATTGTATTCAGA
GTTTAGACTTCATTTACGAGGAAGTATTTTCTTTTTTCTTAGCATTGTAATGTTATAGAGAACGAAGGTCATTTTCATGTTTTCCTAAAAGATCAGACAGGTAATTTATTGTCTCTGTTACTTGATGATGTGATCTATTGAAGCAGAACACATTTTAATAGATTATCAATTAATCATATGAAGAAAACCTACGGTAGAAT
TAATAGTCAAACAGTGAACTTTTTTC

>TRINITY_DN108141_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTGAGATTAAGCTCCGTCTGTTGCCGGAAACCAAGACCGTCCTTTTAACTACGTCAAACTCAACCTAAACCTCAGTACGAACGCACCGTTACATCACAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAA
GGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCTAAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATT
TTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGCCCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGGAAGCCTGTAATCACTTGGTTTTGTATTCTGCACATTGGAAGCCCTGAGGAGGAGGAA
GCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTTAAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTT
ATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTGAAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAAC
ATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGCTTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTG
GGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAAGCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAG
TGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCCAGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGA
ACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAAAGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTAC
AACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAGGCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAAC
ACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGCGTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAAT
CTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACCCGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATC
TGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCTTGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTG
GGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTCCGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAA
AAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATGATGATCTCAATGTGAATAGAGATTTACCTTTGCCAGAGGGCATGGCTGATTCAGAGGTGGAAAGGAGGCTTAATCCACAAGAATCGAATGCAGCTGTCCACCCTGACACTGCCTCTAATGGTGTAGACAATCAAGATATAAAAATGACGACA
CATCCAGTTGATCAGATGCAGCCAGCTATTGTACCTTCATCTAACATTCAGGCACAACCATCTCGTATGGATCCTGCAATTGAGCAGAATCAAGGATATCCTCAGGGGATTCCAGCAGTTAAACCTTTTGTTCCTCAAACCCATAATGCTATAGAATCTGGTGTTCAAGGCTCACCAAGTAGAGAAGAAGGTGAAGTCCA
GGATACTGAATTGGATCCAGATACAAGAAGGCGGCTTCTTATATTACAGCATGGTCAAGACACTGGGAAACATAACTCTGTTGATCCTCCTTTTTCAGTTAGGCCATTGAAAATTACGTTACCCCCAAATCAAGCTCCTGGTGGGTGGCTTGGAGCAGAGGAGGAGATGAGTCCTAGGCAAATTACAAGACCATCTCAAG
GACCTTCTCTTCAACCTGATTCTGTATCTTTTGATAAGCAACGGCTCCCGCAGCCTTCTTTTTATCATGGTCTAGAGAATTCTCTTGCCAATGATAGGTGTTTTGATGAATCTAAAAGACGGCTACCTGAAGAGGGATATTATGGAGATGACAAAGTAAAAAACAATCACATGATTCCAGATTCTTTTTCCCATTCAGAA
GATGAAGATTCCTCTATGAACAAAACTTCATCTAACCTCAAACCTGGACGAGTGAATGCACTAATTGCTTCCAATACTGTTGGTGTTCTGCAAGAAATTGCCACAAAGTGTGGTGCAAAGGTGGAATTTATTTCACTGCTGAATACAACAATGGAGCTTGAGTTTTCTGTTGAGGTCCTGTTTAGTGGTGAAAAAGTGGG
TGCAGGCATAGGTAGAACCAAGAAGGAGGCACAACATCGAGCATCTGAAGATGCTCTTAAATACATGGCAAGCCAATATATGTCGCAACCTGGAACAGTAGGAGCAGCACTTGGGCGTGGGATCACAGATTCAAGTCTTCAGTCTTGGGGTGATGATGAAGGTTTAAGAGAAACTTCGAGCTCTATAGGGTTTGCTGGTG
CACCTAAGGAAGATGACATGCCCATTGCAAGTACTTCAGGGCAGTCAAAAAGTGGTGAACAGAGGTTGCCTGAGGATGCTAAAAAATCGTTGAACGCTATTGATAATCTCAAAGAAATGTGCACTGTGGAAGGTCTTAGTCTTCTTTTCCAAGAACCATCCGTTGGAAACGTGAACAGGAGGGAATGTTGGGCACAGgta
agttcttagtccatgcaaaattttgcctctgttttatttattgcactggaggtaattttcagagagttctgtttgctgcattgagccaagtaatgtcctgcttaatatatcaatcaaataacttctatatcactggtaaattctttcacatacttttatcgtatacttattgaatttaaagagggtttgttaggctattc
acacagctgtaaaattgaaattttttccatagtgctgtatgcaatgaaactgagcagtgagcttggctgaatgggtggttattgtactagGTTGAAGTAGCTGGACAAATCTTGGGGAAAGGAAGTGGTCCAACTTGGGAGGCAGCGAAGCTACAGGTTTTCATTTATCCCTGTTGATAAGTCTCTAGATAACTTTATAA
AACATAAAGCAAATTTACAATGATTTGAGAGGCTGTATAATCTTTGCCTAGACTGCTGGTTGTGCT

Intron 5 GTAATTTCTC ... TTCACATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.31	195	38	3
A2	15.89	217	41	2
A3	13.56	204	32	3
A4	11.74	203	27	0
A5	15.6	119	22	3
A6	13.98	80	13	0
A7	18.06	304	67	0
A8	17.39	133	28	0
A9	13.04	220	33	0
A10	15.65	194	36	0

>TRINITY_DN118009_c2_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

CGTTACATCATAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAAGGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCT
AAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATTTTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGC
CCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGAGAGCCTGTAATCACTTGGTTTTATATTCTGCACATTGGAAGTCCTGAGGAGGAGGAAGCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTT
AAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTTATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTG
AAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAACATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGC
TTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTGGGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAA
GCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAGTGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCC
AGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGAACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAA
AGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTACAACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAG
GCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAACACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGC
GTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAATCTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACC
CGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATCTGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCT
TGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTGGGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTC
CGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAAAAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATGATGATCTCAATGTGAATAGAGATTTACCTTTGCCAGAG
GGCATGGCTGATTCAGAGGTGGAAAGGAGGCTTAATCCACAAGAATCGAATGCAGCTGTCCACCCTGACACTGCCTCTAATGGTGTAGACAATCAAGATATAAAAATGACGACACATCCAGTTGATCAGATGCAGCCAGCTATTGTACCTTCATCTAACATTCAGGCACAACCATCTCGTATGGATCCTGCAATTGAGCA
GAATCAAGGATATCCTCAGGGGATTCCAGCAGTTAAACCTTTTGTTCCTCAAACCCATAATGCTATAGAATCTGGTGTTCAAGGCTCACCAAGTAGAGAAGAAGGTGAAGTCCAGGATACTGAATTGGATCCAGATACAAGAAGGCGGCTTCTTATATTACAGCATGGTCAAGACACTGGGAAACATAACTCTGTTGATC
CTCCTTTTTCAGTTAGGCCATTGAAAATTACGTTACCCCCAAATCAAGCTCCTGGTGGGTGGCTTGGAGCAGAGGAGGAGATGAGTCCTAGGCAAATTACAAGACCATCTCAAGGACCTTCTCTTCAACCTGATTCTGTATCTTTTGATAAGCAACGGCTCCCGCAGCCTTCTTTTTATCATGGTCTAGAGAATTCTCTT
GCCAATGATAGGTGTTTTGATGAATCTAAAAGACGGCTACCTGAAGAGGGATATTATGGAGATGACAAAGTAAAAAACAATCACATGATTCCAGATTCTTTTTCCCATTCAGGTAATTCTTTCTGGAAGAAAATATAAAATAGATACAAGGCTGGTCCCACCGAGCAGAAATCATATCATTTCTCTCTTAGCTGTTCAGT
TTCTGTAGCTTTTTACTTATATATTTTGTCTTCATTGTTCCTGTAGCATGCACTGCGTATAGTTTGTCTAACATGTACCTTTTATCTTTAGTTCTCTCTAAACATCATGCATCAGTTTGTTACAGGATGTTTTCCATGTGAATGAACTCAGTAGCCTTTCTCTCTTCATGCTTGATACAAGTTTTTCAAATATTAGAGGC
CTTTGACAACAACCCTTTCAGTGATTATATATGTATTTGTTCAAGCTCGTACAGTCCGGTTGTACTTCATCTCCTAGAAATAACTGCTATGTATGTTTGATGGGTCTGAATTCTGGAATCTGAACATGTCATGGTTACTTCATTACCTGGGAAGGCTATATAAAAAGGAGCTTCACTTTGATCCAACTTGCAAATTAATC
CTAAGACATATCCTCCCTTGGCCTCTGAAGAGTGTATTCTTTCTTTTATTTTGTAGTGAATGAGCTTGATGCACTCCCTTGTCTGTCACCCATTATGATTACAGGCCTATTAATTGTTGGTGGTTAGTAGCAGAAAGTAATAAATATTTCATTTCATTTTCAAGAGTGCTCCTGCTGAACATGGATGAGAAAATATCCTG
TCTCAGAATCAAAACCTGGGTTTGATTTATTATCCATCAGTTCCAGGGTGGGCAAACTCTTGAGGTGCTCATATTTCTAGATAGGTCATTTTTCTGTGCAATTGTAGTGCGTAGAAGATGATAATAACCAGAGATATAAGAAGTCTTTAAATTGTGGGAGATTTGAGGGTTGCCCCCTTTCACATGTAGTTGCTTTGATA
CCAAAGGATGCACAATAAATGTGAACAGTGACACAAACTTTGAATCCATGTCTGGAGCAGACATCCAAGTTCCGTAAATTGTGCATTTAAAATGCTGCTGTGAAATACATAATGCTGTAGTTGTTGCTTCTTAGTGCCATCCATTTTTGGTTTTATTTCTTTGTTGTTGCTTTTTATAGATGTTTTGCAAAAGAAGAATG
CTTTCTTGTGGGAAACGACTTTGGGAGTTGAGGCACTGAAGTGAAACATGGTTTGACCTCGGCAAAATTGAGATAAATTCCCACAAAACACGCATCTCAACAATATCTTGGTTGCAGTGAATCATAGTGGTTATTTTGAATTTTCTTTAAATTTTAATCACTTGGCCTTTCACTAATGCCAACCGTTTGGTTTTATTGCT
CTTAGCTTGTCCTTTTTTCTTTGTGTCATACTCACTTGAATATTCCATCCAAAATTTATAAAAGATATATACCCAGTTGTTCCAACTTCCAACAATTGGGTCAGATGGAGTCTCTTAGTTTCATTGATTGATTTTGGTCTGTTCAGGGCATTGATGAAACCTCATTTCATATATAACTGATATCTGAAACTATTTTACTT
TCATTGGTATGAGTTTGAACAGAAGATGAAGATTCCTCTATGAACAAAACTTCATCTAACCTCAAACCTGGACGAGTGAATGCACTAATTGCTTCCAATACTGTTGGTGTTCTGCAAGAAATTGCCACAAAGTGTGGTGCAAAGGTATATAATGATGTATCATTCACAAGTTACAACTTATAATCTGCAGGTTTTATGCT
ATTCTATAGGTTTTTCTTTGTTTGGTTAAAACTTATATATATTCTGTTGAATTGTTTTTCAGGTGGAATTTATTTCACTGCTGAATACAACAATGGAGCTTGAGTTTTCTGTTGAGGTGAGTTTGTTGTGCACTTCAGGAGCATTAAACTGTGAACAGTTGAATAGTAGAATACAAATGCTTAATTAATGCTGTAATCCT
TGACTGTAATTTCTATGAAAACCTAAGATTCTGTTTATTCTAGTACCTTTAGAATCTTTTATTGATGTTAGTTTGTTGTGTGCTTGAACAGTAAAAATTCAGTGCATAATCACTGAATCTATTTTCAAAATTTCCATGTGCATTAAATATTGCAGTTATTCTAATATTGTCTCAATCCAGGTCCTGTTTAGTGGTGAAAA
AGTGGGTGCAGGCATAGGTAGAACCAAGAAGGAGGCACAACATCGAGCATCTGAAGATGCTCTTAAATACATGGCAAGTAAGTGCTACTTATTTTTACAGTATCCCTGCCTTTAAACCTCATCGTTTTTTGTTTGCATTAGTCATGCATATTCTATTTGTTTCCCTTGGAGTTTGTCAATCTTGATATATGGCAGTAGCA
AAGTATTATTCACAGGATACTTAATTATCTCGAGTGTATTCCACGCTCTTATTGAGATTGATATTTCACTTATGTATTCGTTTCATTTTTATGTGTGTCCCTTTTTATCTTGGACTTTTTTTTTAGTTTTCTGTGGCTTTGTTCCTAGATCTTTTGTTGTTGTGGTAAGCTTAGATATAGGAGCTGCTTTTGCACTACCA
CTTTGAATTACATTAATTTTACTCATTTAGTCCAATTGACCTAGTTTTTTGTTGTCATTAGGTGGACATTAAATATAATAATCTCATCTTATCTTATCTATGGAACAAATTGAACTTGAGTATGT

>TRINITY_DN118009_c2_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGTTACATCATAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAAGGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCT
AAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATTTTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGC
CCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGAGAGCCTGTAATCACTTGGTTTTATATTCTGCACATTGGAAGTCCTGAGGAGGAGGAAGCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTT
AAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTTATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTG
AAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAACATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGC
TTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTGGGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAA
GCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAGTGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCC
AGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGAACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAA
AGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTACAACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAG
GCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAACACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGC
GTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAATCTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACC
CGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATCTGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCT
TGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTGGGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTC
CGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAAAAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATgtaatttctctggcccattcttgcctgacttggcttgtt
ttattgagaatattgcattggtatagttattttaacttttgaattgttgaataaaatgtggggtgattcacatcagGATGATCTCAATGTGAATAGAGATTTACCTTTGCCAGAGGGCATGGCTGATTCAGAGGTGGAAAGGAGGCTTAATCCACAAGTATATTTTTGTACTCTTTGCTCTGTAAATGTCAGCTTGGAAA
AATATTTTCATCATGAAAATAAGGAGCTT

Intron 6 GTATATAATG ... TGTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.76	100.5	18	5
A2	13.53	71.5	10	1
A3	13.59	92.8	13	1
A4	17.78	65	13	5
A5	19.16	61.2	14	1
A6	17.92	82.8	17	0
A7	18.72	203	44	0
A8	14.13	190	28.5	0
A9	17.28	153.5	30	0
A10	14.92	206.3	34	0

>TRINITY_DN118009_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CGTTACATCATAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAAGGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCT
AAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATTTTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGC
CCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGAGAGCCTGTAATCACTTGGTTTTATATTCTGCACATTGGAAGTCCTGAGGAGGAGGAAGCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTT
AAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTTATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTG
AAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAACATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGC
TTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTGGGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAA
GCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAGTGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCC
AGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGAACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAA
AGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTACAACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAG
GCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAACACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGC
GTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAATCTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACC
CGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATCTGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCT
TGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTGGGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTC
CGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAAAAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATGAATCGAATGCAGCTGTCCACCCTGACACTGCCTCTAAT
GGTGTAGACAATCAAGATATAAAAATGACGACACATCCAGTTGATCAGATGCAGCCAGCTATTGTACCTTCATCTAACATTCAGGCACAACCATCTCGTATGGATCCTGCAATTGAGCAGAATCAAGGATATCCTCAGGGGATTCCAGCAGTTAAACCTTTTGTTCCTCAAACCCATAATGCTATAGAATCTGGTGTTCA
AGGCTCACCAAGTAGAGAAGAAGGTGAAGTCCAGGATACTGAATTGGATCCAGATACAAGAAGGCGGCTTCTTATATTACAGCATGGTCAAGACACTGGGAAACATAACTCTGTTGATCCTCCTTTTTCAGTTAGGCCATTGAAAATTACGTTACCCCCAAATCAAGCTCCTGGTGGGTGGCTTGGAGCAGAGGAGGAGA
TGAGTCCTAGGCAAATTACAAGACCATCTCAAGGACCTTCTCTTCAACCTGATTCTGTATCTTTTGATAAGCAACGGCTCCCGCAGCCTTCTTTTTATCATGGTCTAGAGAATTCTCTTGCCAATGATAGGTGTTTTGATGAATCTAAAAGACGGCTACCTGAAGAGGGATATTATGGAGATGACAAAGTAAAAAACAAT
CACATGATTCCAGATTCTTTTTCCCATTCAGAAGATGAAGATTCCTCTATGAACAAAACTTCATCTAACCTCAAACCTGGACGAGTGAATGCACTAATTGCTTCCAATACTGTTGGTGTTCTGCAAGAAATTGCCACAAAGTGTGGTGCAAAGGTGGAATTTATTTCACTGCTGAATACAACAATGGAGCTTGAGTTTTC
TGTTGAGGTCCTGTTTAGTGGTGAAAAAGTGGGTGCAGGCATAGGTAGAACCAAGAAGGAGGCACAACATCGAGCATCTGAAGATGCTCTTAAATACATGGCAAGCCAATATATGTCGCAACCTGGAACAGTAGGAGCAGCACTTGGGCGTGGGATCACAGATTCAAGTCTTCAGTCTTGGGGTGATGATGAAGGTTTAA
GAGAAACTTCGAGCTCTATAGGGTTTGCTGGTGCACCTAAGGAAGATGACATGCCCATTGCAAGTACTTCAGGGCAGTCAAAAAGTGGTGAACAGAGGTTGCCTGAGGATGCTAAAAAATCGTTGAACGCTATTGATAATCTCAAAGAAATGTGCACTGTGGAAGGTCTTAGTCTTCTTTTCCAAGAACCATCCGTTGGA
AACGTGAACAGGAGGGAATGTTGGGCACAGGTTGAAGTAGCTGGACAAATCTTGGGGAAAGGAAGTGGTCCAACTTGGGAGGCAGCGAAGCTACAGGCTGCAGAGGAGGCTCTTCGTAATTTTAAGTCCACAGTCAGTCAACGGACACAAAAGCGCTTGAGCTCTCCAAGGTCAGTGTCAGTTCAGCCAAATAAAAGGAT
TAAGCCTGCAGATTTGTCACGTGGTGCATCTCGGATTCTACCTTCTCCAAGAAGATATCCTAAGAATGGACCACCTATTCCTTGACATCTAGCAGAAGAAGATGAATCTGTCTTTCAGGTTAAATTTTCTTGTACAATAGTGGCTCGAGAAGCTTCTTCCAAGGCAGTTTTGGTATTGAATGTCTCATATAAGACATTTT
CATAAATGTCTTGTGATTCTTTCAGCATAGTGCCTTCGTATGTTCATGTCTCAAAATAAGCTGAAAGGTCCAGTGCTCAAATTGAGCTGACTGAAAAATTAAGACCTATTGTGCCAATTTATGAAGAAATAGAGACAAAAGGAGGGGCTCGCTAAATGACTTGATAAATCTTCTTTTTGTACACTTGCCAGTTTTAAGAA
ATGGAGATCGTGCTCTGGAAGATTGTATTCAGAGTTTAGACTTCATTTACGAGGAAGTATTTTCTTTTTTCTTAGCATTGTAATGTTATAGAGAACGAAGGTCATTTTCATGTTTTCCTAAAAGATCAGACAGGTAATTTATTGTCTCTGTTACTTGATGATGTGATCTATTGAAGCAGAACACATTTTAATAGATTATC
AATTAATCATATGAAGAAAACCTACGGTAGAATTAATAGTCAAACAGTGAACTTTTTTCTTTCTTTCTTATTATCACCAAGATTTGATATTGATTATATAAACTACAGGGAGCACACTTCTCAGTTTAACAAAGTCTAGAATTTTGGTAAATTGCGTTGTTTACATGGTTGGTTGATTGTTAGATCTGCCCCTGGATCTC
AAGTTGAAATTAAATCATGGGATATCTAGGTTCTTGTCTGAGATTACATCATATTCTGCTCCCTTGCATGTTATAAAACA

>TRINITY_DN118009_c2_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGTTACATCATAGTACCCGTCAGATGACGGCAATAGAGATACCATATACATGAGCAGGTCATAATTTCTGAGAAGAGTTTGGATTTTTTCAGGAGGGTTTACAGATGGGTAAAAGGATTTCAACTTTTGAAATTAAAATAAGATAAATTCCGTTGTTTCAGGGAATTTATTTTATTATTTATTGGCGGGGGTGAAGGGCT
AAAGCAACGACAAATATTTATTAGATATAGGCATGTATGAAGTTGAATATTATCTTGCACTGGGAGTTTGAGTGCGTTTTTAGCCCTCCCTCCTTTTCGCAGATTTCTGCAATTTTCTTGGGCGTTGCATTTTTAACTCGTGGAAAGTACCCTCCCCAACGTCCTTTAAATTTCCTCGTATGGATGATTTCCCGGCTTGC
CCTTAAATTTGTAGAGTTCTAAATTTGGGGGCGACCCAGTGGGGGATTTGAGTGTGAGAGCCTGTAATCACTTGGTTTTATATTCTGCACATTGGAAGTCCTGAGGAGGAGGAAGCCCACTGGAAACACAAAATTTCAGTACATAAATGAATTGCACCCTCAACAGTATATAATAAATGCATGATACAGAGGGTTTTGTT
AAATCGAGGGTTTCTGGCCCTTGACCTAAACTCCGTATGCCTAAGTTTGTGTTATATGGGTCATAGGGATTCTCCTTTGGCAGCAACAGCGGCTTGATATATATGCAACCATTTATAGAATAACCCGAACACACTGATACTTGTGAGGGCAATAAATTAGGGTTAACCAGGGTTATGCTTATGTGGGAAAAAATCTGCTG
AAGTAACTCAAATTGCTGGTAAATAGGTTTAAGTCGAGGGCAGAAGTGTTTTGGGGGTCTACCAGGCAGGAAATCTACTATTAGGGCTGGGTAGGTTATTTCAACCAGCAGAACATCTGGGCTGGTCACTGGAAAACAAAAGTGGTCTCATTCAAAGTGGTTTATTTCCATCTGGTTATTTTCACAGTCCGACTATCTGC
TTCTGAGACTATCACAAGAACTTTGTTGTCTCCAAAAAAGGGAAAGTGGCTCAGTTCTGCCAGGCAGGAAACTGGGTCAAGGAAATTTATTCGTTTCTCTTGAACAAAGTGGTGGGTTCCATTACCCCAATTATTGCCACTTTTCAACTTAAATAAACCTAAGGAAGAGGACTTATCAGGTGTTCGTTCAGAGTGAGCAA
GCTTGGTTTCCAGTGCCAATTTGATTGAGCTACATAGAAAGCATTGGAAGATGGTTTTGGGAGACTAGCTTGGAAGCCATTTATAATGTTGTAGTAAAAAACACAATGCTAGAGTGGTCTGGCAGGCTTTGGGAACTGAAACTGTACTGGTGGTTTCTGTACACCACAACCATTGGAGTATATCCAAATCGTTGCATCCC
AGATCTGTAAAGGATCTTATAGGGACATTGGGTAACTTTGGGTTTCTGCTAAAATGGCTGTGGAGATTTTTAACTCTACTATTTACCATGGAGACACCCGTTTGGGAGAGGTGAACATCTGCCCTCTGTATGAGGATTCAAACTTGTTGAATGCAGTTAAGGAGGTGATTAAGATATCTCATTTGTCACCCGCAAGTGAA
AGATGCCCTCCTTTGGCAGTGCTTCACACGATTACGTCCAGTCCTGTCTTTATCAAAGTGGAGTTTAAGGAACAACAGCCCCAATCCGAGCAATCTCCTCTAAAGCAACTGTACAACACATGCCTCAAAGAAGCAAAGACTGCTATCATACCAATCGCAGGAAAGGAGCTGCATCTAGTGGCCATGTTATCAAGAAATAG
GCGTGATCAAATGCCGTGTTTTTGGGGTTATAATGTATCTTCAGGAATGTACAATTCCTGTCTGGCAATGCTCAATCTTAGATGCTTATCAATTGTCTTTGACTTGGATGAAACACTTATTGTTGCTAATACATTGCGGTCTTTTGAGGACCGCATTGATGCCCTCCAGCGCAAGATTGTAGCTGAAGTGGATTCTCAGC
GTGTTTCTGGAATGGCAGCCGAGTTAAAACGATACCAGGAAGATAAGGCAATTTTGAAGCAATATGCTGACAATGATCAAATCTTTGACAATGGGAAGGTGATCAAAGCTGAATCTGAAGTTGTTCGGTCACAGTCAGACAAGAGCCATCCTATTATTCGACCACTTATAAGATTGCAGGATAGAAACATGATTTTGACC
CGAATCAATCCTAATATTCGAGATACCAGTGTCCTTGTTAGATTGCGGCCTGCTTGGGAAGAACTCAGGACCTATTTAACTTTAAAGGGACGTAAACGCTTTGAAGTTTATATCTGCACTATGTCTGAAAGGGATTATGCATTAGAGATGTGGAGGCTCCTTGATAGTGAGGCACGCTTAATCAATCCTGGGGAGTTGCT
TGATCGTGTACTTTGTGTGAAGCCAGGCTTTAAAAAGTCCTTGCTGAATGTCTTTCATGATGGCTTCTGCCATCCTAAGATGGCAATGGTAATTGATGATCGACTGAAGGTTTGGGAGGATAAAGATCAACCTCGTGTCCATGTTGTTCCAGCATTTGCACCATATTATGCTCCACAGGCAGAGACCAGTTGCCCTGTTC
CGGTATTGTGTGTTGCAAGGAACGTTGCTTGTAATGTACGAGGTGGTTTTTTCAAGGATTTTGACGAGGGTCTTTTGCAAAAGATGGCTGATGTATTTTATGAAGCTGATGTAAAAAGCCTTCCTCCTGCACCTGATGTCAGCAATTATTTGATTTCAGATGATGATCTCAATGTGAATAGAGATTTACCTTTGCCAGAG
GGCATGGCTGATTCAGAGGTGGAAAGGAGGCTTAATCCACAAGAATCGAATGCAGCTGTCCACCCTGACACTGCCTCTAATGGTGTAGACAATCAAGATATAAAAATGACGACACATCCAGTTGATCAGATGCAGCCAGCTATTGTACCTTCATCTAACATTCAGGCACAACCATCTCGTATGGATCCTGCAATTGAGCA
GAATCAAGGATATCCTCAGGGGATTCCAGCAGTTAAACCTTTTGTTCCTCAAACCCATAATGCTATAGAATCTGGTGTTCAAGGCTCACCAAGTAGAGAAGAAGGTGAAGTCCAGGATACTGAATTGGATCCAGATACAAGAAGGCGGCTTCTTATATTACAGCATGGTCAAGACACTGGGAAACATAACTCTGTTGATC
CTCCTTTTTCAGTTAGGCCATTGAAAATTACGTTACCCCCAAATCAAGCTCCTGGTGGGTGGCTTGGAGCAGAGGAGGAGATGAGTCCTAGGCAAATTACAAGACCATCTCAAGGACCTTCTCTTCAACCTGATTCTGTATCTTTTGATAAGCAACGGCTCCCGCAGCCTTCTTTTTATCATGGTCTAGAGAATTCTCTT
GCCAATGATAGGTGTTTTGATGAATCTAAAAGACGGCTACCTGAAGAGGGATATTATGGAGATGACAAAGTAAAAAACAATCACATGATTCCAGATTCTTTTTCCCATTCAGGTAATTCTTTCTGGAAGAAAATATAAAATAGATACAAGGCTGGTCCCACCGAGCAGAAATCATATCATTTCTCTCTTAGCTGTTCAGT
TTCTGTAGCTTTTTACTTATATATTTTGTCTTCATTGTTCCTGTAGCATGCACTGCGTATAGTTTGTCTAACATGTACCTTTTATCTTTAGTTCTCTCTAAACATCATGCATCAGTTTGTTACAGGATGTTTTCCATGTGAATGAACTCAGTAGCCTTTCTCTCTTCATGCTTGATACAAGTTTTTCAAATATTAGAGGC
CTTTGACAACAACCCTTTCAGTGATTATATATGTATTTGTTCAAGCTCGTACAGTCCGGTTGTACTTCATCTCCTAGAAATAACTGCTATGTATGTTTGATGGGTCTGAATTCTGGAATCTGAACATGTCATGGTTACTTCATTACCTGGGAAGGCTATATAAAAAGGAGCTTCACTTTGATCCAACTTGCAAATTAATC
CTAAGACATATCCTCCCTTGGCCTCTGAAGAGTGTATTCTTTCTTTTATTTTGTAGTGAATGAGCTTGATGCACTCCCTTGTCTGTCACCCATTATGATTACAGGCCTATTAATTGTTGGTGGTTAGTAGCAGAAAGTAATAAATATTTCATTTCATTTTCAAGAGTGCTCCTGCTGAACATGGATGAGAAAATATCCTG
TCTCAGAATCAAAACCTGGGTTTGATTTATTATCCATCAGTTCCAGGGTGGGCAAACTCTTGAGGTGCTCATATTTCTAGATAGGTCATTTTTCTGTGCAATTGTAGTGCGTAGAAGATGATAATAACCAGAGATATAAGAAGTCTTTAAATTGTGGGAGATTTGAGGGTTGCCCCCTTTCACATGTAGTTGCTTTGATA
CCAAAGGATGCACAATAAATGTGAACAGTGACACAAACTTTGAATCCATGTCTGGAGCAGACATCCAAGTTCCGTAAATTGTGCATTTAAAATGCTGCTGTGAAATACATAATGCTGTAGTTGTTGCTTCTTAGTGCCATCCATTTTTGGTTTTATTTCTTTGTTGTTGCTTTTTATAGATGTTTTGCAAAAGAAGAATG
CTTTCTTGTGGGAAACGACTTTGGGAGTTGAGGCACTGAAGTGAAACATGGTTTGACCTCGGCAAAATTGAGATAAATTCCCACAAAACACGCATCTCAACAATATCTTGGTTGCAGTGAATCATAGTGGTTATTTTGAATTTTCTTTAAATTTTAATCACTTGGCCTTTCACTAATGCCAACCGTTTGGTTTTATTGCT
CTTAGCTTGTCCTTTTTTCTTTGTGTCATACTCACTTGAATATTCCATCCAAAATTTATAAAAGATATATACCCAGTTGTTCCAACTTCCAACAATTGGGTCAGATGGAGTCTCTTAGTTTCATTGATTGATTTTGGTCTGTTCAGGGCATTGATGAAACCTCATTTCATATATAACTGATATCTGAAACTATTTTACTT
TCATTGGTATGAGTTTGAACAGAAGATGAAGATTCCTCTATGAACAAAACTTCATCTAACCTCAAACCTGGACGAGTGAATGCACTAATTGCTTCCAATACTGTTGGTGTTCTGCAAGAAATTGCCACAAAGTGTGGTGCAAAGgtatataatgatgtatcattcacaagttacaacttataatctgcaggttttatgct
attctataggtttttctttgtttggttaaaacttatatatattctgttgaattgtttttcagGTGGAATTTATTTCACTGCTGAATACAACAATGGAGCTTGAGTTTTCTGTTGAGGTGAGTTTGTTGTGCACTTCAGGAGCATTAAACTGTGAACAGTTGAATAGTAGAATACAAATGCTTAATTAATGCTGTAATCCT
TGACTGTAATTTCTATGAAAACCTAAGATTCTGTTTATTCTAGTACCTTTAGAATCTTTTATTGATGTTAGTTTGTTGTGTGCTTGAACAGTAAAAATTCAGTGCATAATCACTGAATCTATTTTCAAAATTTCCATGTGCATTAAATATTGCAGTTATTCTAATATTGTCTCAATCCAGGTCCTGTTTAGTGGTGAAAA
AGTGGGTGCAGGCATAGGTAGAACCAAGAAGGAGGCACAACATCGAGCATCTGAAGATGCTCTTAAATACATGGCAAGTAAGTGCTACTTATTTTTACAGTATCCCTGCCTTTAAACCTCATCGTTTTTTGTTTGCATTAGTCATGCATATTCTATTTGTTTCCCTTGGAGTTTGTCAATCTTGATATATGGCAGTAGCA
AAGTATTATTCACAGGATACTTAATTATCTCGAGTGTATTCCACGCTCTTATTGAGATTGATATTTCACTTATGTATTCGTTTCATTTTTATGTGTGTCCCTTTTTATCTTGGACTTTTTTTTTAGTTTTCTGTGGCTTTGTTCCTAGATCTTTTGTTGTTGTGGTAAGCTTAGATATAGGAGCTGCTTTTGCACTACCA
CTTTGAATTACATTAATTTTACTCATTTAGTCCAATTGACCTAGTTTTTTGTTGTCATTAGGTGGACATTAAATATAATAATCTCATCTTATCTTATCTATGGAACAAATTGAACTTGAGTATGT