sp|Q9LU46|RH35_ARATH ----> DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 35

Intron 1 GTAATGCCAT ... CAATGTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.37	5	8	1
A2	50	3	3	3
A3	33.33	1	0	1
A4	100	0	5	2
A5	100	0	2	1
A6	57.14	3	4	4
A7	35.8	26	19	10
A8	50	11	15	7
A9	50	3	3	3
A10	55	9	13	9

>TRINITY_DN46323_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

TTCTCATTTTACAATTATCCATTGGACAAGCTACAAACTATGGATGCTGCTGCTATGTGGAATTAGGACTTGGGTGTTGTTTTAGCATGGTTGCAATGGAGCTTTTGAAGAATGAAGGGCCCAGTACTTATGGAATTTTAGGGATCTTGAATGGCAGCTGCACAATCCTTCTGACTAAAATCAGGACTAATCAGAGCAGG
ACAGAACTCAAGGTCAAACATAGTTGGACATTTAGAAGTTTGTATTGGATCTTCACATTTATGCTAAAAGGAACTTCTGGACTAATTTGGCAGGAAGAACATGATACATGGATTCTTATGCTGAAATTCAGGACTGAGTGAGATTACAACTGCTGGAAAATTATCTAGATATAACTGCCTTTTAGCTTCTGGTCAAGGGG
TTCAGCTGATCCATGTTTATAATATTGACAGGTCAGTTACTACAGTTCCCATTTTGAAGAATCGCTGGATGTATGATT

>TRINITY_DN46323_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTCTCATTTTACAATTATCCATTGGACAAGCTACAAACTATGGATGCTGCTGCTATGTGGAATTAGGACTTGGGTGTTGTTTTAGCATGGTTGCAATGGAGCTTTTGAAGAATGAAGGGCCCAGTACTTATGGAATTTTAGGGATCTTGAATGGCAGCTGCACAATCCTTCTGACTAAAATCAGGACTAATCAGAGCAGG
ACAGAACTCAAGGTCAAACATAGTTGGACATTTAGAAGTTTGTATTGGATCTTCACATTTATGCTAAAAGgtaatgccatgggtttcatcacagaaaaattagaaatattcactttctttgagatttgtgtggatgctatgtatgttctccacttatggcaccatttgagaggtaagtcacaatgtccagGAACTTCTGG
ACTAATTTGGCAGGAAGAACATGATACATGGATTCTTATGCTGAAATTCAGGACTGAGTGAGATTACAACTGCTGGAAAATTATCTAGATATAACTGCCTTTTAGCTTCTGGTCAAGGGGTTCAGCTGATCCATGTTTATAATATTGACAGGTCAGTTACTACAGTTCCCATTTTGAAGAATCGCTGGATGTATGATT

Intron 2 GTGAGTGGAC ... CTTTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.59	11	9	8
A2	16.67	15	4	2
A3	50	2	4	0
A4	60	2	3	3
A5	31.03	10	9	0
A6	26.09	17	3	9
A7	24.22	61	21	18
A8	25	39	18	8
A9	23.53	26	7	9
A10	25.81	23	9	7

>TRINITY_DN46323_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TTCTCATTTTACAATTATCCATTGGACAAGCTACAAACTATGGATGCTGCTGCTATGTGGAATTAGGACTTGGGTGTTGTTTTAGCATGGTTGCAATGGAGCTTTTGAAGAATGAAGGGCCCAGTACTTATGGAATTTTAGGGATCTTGAATGGCAGCTGCACAATCCTTCTGACTAAAATCAGGACTAATCAGAGCAGG
ACAGAACTCAAGGTCAAACATAGTTGGACATTTAGAAGTTTGTATTGGATCTTCACATTTATGCTAAAAGGACTGAGTGAGATTACAACTGCTGGAAAATTATCTAGATATAACTGCCTTTTAGCTTCTGGTCAAGGGGTTCAGCTGATCCATGTTTATAATATTGACAGGGAGTTTGATGTGATAGAAACACGTGCTCT
ACTTTTGTCTTGGAGGTATGCCTAATTGAACAATTTGTATAGCGGGGAGTTTGATATGATAGAAACTTTGGATGATCGTTCAGCATCTATCTTCACTGCCAAATTTGCTTGTAATAGTTCAAAACTGTTGAGCTGCAGTGCTGAAAAATTTGTAGTTGCTTGTAAATATTACAATACTAGATTCTGATTGCAAGAGTACA
TGCAATCACCAAGAAGTTGCATCTACGCATGCCCTGCCAGAAAGCTTGCTTTTTCTGTGGGACAGTAATTGTAGGTTCAATTGGATCAAATTGGAAGCCAGCTCACCTGTTCCCGTGTAGTCAAATGCATGTGTATTTGTGACTTTACAAGTGGGGAGTCTGTAGCCCATGTTTCACTGGAGCAATCTCTGTCTGAGTGC
AAACCTGTGTCTCTGTAAGTTTGTATCATGAGAGTACCGTATTGGTAAAAAATGACTAATTGCTGTGTTTGCATTTGGTCCTTGAATTAGTTTGTCTAGAATGCTTACATGCTCTCTACCTTTTCCGTTTACGTTACCAGTGGAGTGAATGGATGGCTGGTCAGTCGGCTTTTTAAGGAATTTGCCATGGATGGTAATGT
TGTGTACCTTACCACAATATCTTTGTTAAAGTATTAGACTCTAGGTACATGGACTATTTTATATGCATGATTATGCTTGCCGCTTTTATGTGATGAGGGCTTAATCACTTTTATCAGTTATTAGTGACTTAAGTTTTAAGTTACAGCTTTTCCTCTCTAATTTGTAGCTCCTATTATTGCACAAAGCTAGTGAGGTACTC
TACAGCCCAATACGGGGGAGATGTAACATTTGTTATGTTACATAACGTATCGTGACCAAAAAGAAAAAAATAATTAAAAAAATCATGCAAGCTCATAAAATAAAAAAAATTAAAAC

>TRINITY_DN46323_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCTGGATGTATGATTATAAATGTGCTGTACTTTTGTCTTGGAGTTATGCCTAATTGAACAATTTGTTTCGCAGGGAGTTTGATGTGATAGAAACACGTGCTCTACTTTTGTCTTGGAGGTATGCCTAATTGAACAATTTGTATAGCGGGGAGTTTGATATGATAGAAACTTTGGATGATCGTTCAGCATCTATCTTCACT
GCCAAATTTGCTTGTAATAGTTCAAAACTGTTGAGCTGCAGTGCTGAAAAgtgagtggactgttattctatttgcaaaattactcttgattacagttttttcaaaattctcttggctatgaattagtgatttacgtttgactattcctctgtgtttgctcatgttgctttctgcagATTTGTAGTTGCTTGTAAATATTA
CAATACTAGATTCTGATTGCAAGAGTACATGCAATCACCAAGAAGTTGCATCTACGCATGCCCTGCCAGAAAGCTTGCTTTTTCTGTGGGACAGGTTATTTCTGAAAATTTGTGTATCAAATGTTTTATTGGCTGTTTACTATATTACCACAACGAATATGTATTTAAATCTATCCTTTTTAGGATTGAAAGAATGTGTT
AAGCCCCAAGTACTGGTAAAACTGTAAGATCTCAATCAAACAAGATAGGGTACTGGTTCACTTTTATATTTTTGTCTTTTAATCCAATCTGCGTTCTTACCTGACTGAAGGTAAAGCTTATTGCTCACCTCCTATTTTTGCAGTAATTGTAGGTTCAATTGGATCAAATTGGAAGCCAGCTCACCTGTTCCCGTGTAGTC
AAATGCATGTGTATTTGTGACTTTACAAGTGGGGAGTCTGTAGCCCATGTTTCACTGGAGCAATCTCTGTCTGAGTGCAAACCTGTGTCTCTGTAAGTTTGTATCATGAGAGTACCGTATTGGTAAAAAATGACTAATTGCTGTGTTTGCATTTGGTCCTTGAATTAGTTTGTCTAGAATGCTTACATGCTCTCTACCTT
TTCCGTTTACGTTACCAGTGGAGTGAATGGATGGCTGGTCAGTCGGCTTTTTAAGGAATTTGCCATGGATGGTAATGTTGTGTACCTTACCACAATATCTTTGTTAAAGTATTAGACTCTAGGTACATGGACTATTTTATATGCATGATTATGCTTGCCGCTTTTATGTGATGAGGGCTTAATCACTTTTATCAGTTATT
AGTGACTTAAGTTTTAAGTTACAGCTTTTCCTCTCTAATTTGTAGCTCCTATTATTGCACAAAGCTAGTGAGGTACTCTACAGCCCAATACGGGGGAGATGTAACATTTGTTATGTTACATAACGTATCGTGACCAAAAAGAAAAAAATAATTAAAAAAATCATGCAAGCTCATAAAATAAAAAAAATTAAAAC

Intron 3 GTTATTTCTG ... ATTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.19	12	11	8
A2	35.71	9	7	3
A3	100	0	8	0
A4	50	1	1	1
A5	33.33	2	1	1
A6	52.94	12	17	10
A7	52.38	25	40	15
A8	55.75	25	33	30
A9	40	24	17	15
A10	60	9	18	9

>TRINITY_DN46323_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TTCTCATTTTACAATTATCCATTGGACAAGCTACAAACTATGGATGCTGCTGCTATGTGGAATTAGGACTTGGGTGTTGTTTTAGCATGGTTGCAATGGAGCTTTTGAAGAATGAAGGGCCCAGTACTTATGGAATTTTAGGGATCTTGAATGGCAGCTGCACAATCCTTCTGACTAAAATCAGGACTAATCAGAGCAGG
ACAGAACTCAAGGTCAAACATAGTTGGACATTTAGAAGTTTGTATTGGATCTTCACATTTATGCTAAAAGGACTGAGTGAGATTACAACTGCTGGAAAATTATCTAGATATAACTGCCTTTTAGCTTCTGGTCAAGGGGTTCAGCTGATCCATGTTTATAATATTGACAGGGAGTTTGATGTGATAGAAACACGTGCTCT
ACTTTTGTCTTGGAGGTATGCCTAATTGAACAATTTGTATAGCGGGGAGTTTGATATGATAGAAACTTTGGATGATCGTTCAGCATCTATCTTCACTGCCAAATTTGCTTGTAATAGTTCAAAACTGTTGAGCTGCAGTGCTGAAAAATTTGTAGTTGCTTGTAAATATTACAATACTAGATTCTGATTGCAAGAGTACA
TGCAATCACCAAGAAGTTGCATCTACGCATGCCCTGCCAGAAAGCTTGCTTTTTCTGTGGGACAGTAATTGTAGGTTCAATTGGATCAAATTGGAAGCCAGCTCACCTGTTCCCGTGTAGTCAAATGCATGTGTATTTGTGACTTTACAAGTGGGGAGTCTGTAGCCCATGTTTCACTGGAGCAATCTCTGTCTGAGTGC
AAACCTGTGTCTCTGTAAGTTTGTATCATGAGAGTACCGTATTGGTAAAAAATGACTAATTGCTGTGTTTGCATTTGGTCCTTGAATTAGTTTGTCTAGAATGCTTACATGCTCTCTACCTTTTCCGTTTACGTTACCAGTGGAGTGAATGGATGGCTGGTCAGTCGGCTTTTTAAGGAATTTGCCATGGATGGTAATGT
TGTGTACCTTACCACAATATCTTTGTTAAAGTATTAGACTCTAGGTACATGGACTATTTTATATGCATGATTATGCTTGCCGCTTTTATGTGATGAGGGCTTAATCACTTTTATCAGTTATTAGTGACTTAAGTTTTAAGTTACAGCTTTTCCTCTCTAATTTGTAGCTCCTATTATTGCACAAAGCTAGTGAGGTACTC
TACAGCCCAATACGGGGGAGATGTAACATTTGTTATGTTACATAACGTATCGTGACCAAAAAGAAAAAAATAATTAAAAAAATCATGCAAGCTCATAAAATAAAAAAAATTAAAAC

>TRINITY_DN46323_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCTGGATGTATGATTATAAATGTGCTGTACTTTTGTCTTGGAGTTATGCCTAATTGAACAATTTGTTTCGCAGGGAGTTTGATGTGATAGAAACACGTGCTCTACTTTTGTCTTGGAGGTATGCCTAATTGAACAATTTGTATAGCGGGGAGTTTGATATGATAGAAACTTTGGATGATCGTTCAGCATCTATCTTCACT
GCCAAATTTGCTTGTAATAGTTCAAAACTGTTGAGCTGCAGTGCTGAAAAGTGAGTGGACTGTTATTCTATTTGCAAAATTACTCTTGATTACAGTTTTTTCAAAATTCTCTTGGCTATGAATTAGTGATTTACGTTTGACTATTCCTCTGTGTTTGCTCATGTTGCTTTCTGCAGATTTGTAGTTGCTTGTAAATATTA
CAATACTAGATTCTGATTGCAAGAGTACATGCAATCACCAAGAAGTTGCATCTACGCATGCCCTGCCAGAAAGCTTGCTTTTTCTGTGGGACAGgttatttctgaaaatttgtgtatcaaatgttttattggctgtttactatattaccacaacgaatatgtatttaaatctatcctttttaggattgaaagaatgtgtt
aagccccaagtactggtaaaactgtaagatctcaatcaaacaagatagggtactggttcacttttatatttttgtcttttaatccaatctgcgttcttacctgactgaaggtaaagcttattgctcacctcctatttttgcagTAATTGTAGGTTCAATTGGATCAAATTGGAAGCCAGCTCACCTGTTCCCGTGTAGTC
AAATGCATGTGTATTTGTGACTTTACAAGTGGGGAGTCTGTAGCCCATGTTTCACTGGAGCAATCTCTGTCTGAGTGCAAACCTGTGTCTCTGTAAGTTTGTATCATGAGAGTACCGTATTGGTAAAAAATGACTAATTGCTGTGTTTGCATTTGGTCCTTGAATTAGTTTGTCTAGAATGCTTACATGCTCTCTACCTT
TTCCGTTTACGTTACCAGTGGAGTGAATGGATGGCTGGTCAGTCGGCTTTTTAAGGAATTTGCCATGGATGGTAATGTTGTGTACCTTACCACAATATCTTTGTTAAAGTATTAGACTCTAGGTACATGGACTATTTTATATGCATGATTATGCTTGCCGCTTTTATGTGATGAGGGCTTAATCACTTTTATCAGTTATT
AGTGACTTAAGTTTTAAGTTACAGCTTTTCCTCTCTAATTTGTAGCTCCTATTATTGCACAAAGCTAGTGAGGTACTCTACAGCCCAATACGGGGGAGATGTAACATTTGTTATGTTACATAACGTATCGTGACCAAAAAGAAAAAAATAATTAAAAAAATCATGCAAGCTCATAAAATAAAAAAAATTAAAAC

Intron 4 GTAATGCCAT ... TGAAATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.16	6	8	1.5
A2	55.56	2	3	2
A3	100	0	0	1
A4	38.46	4	5	0
A5	100	0	2	3
A6	33.18	7	4	3
A7	28.51	38	19	11.5
A8	55.56	10	15	10
A9	26.25	9	3	3.5
A10	35.49	24	13	13.5

>TRINITY_DN46323_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TTCTCATTTTACAATTATCCATTGGACAAGCTACAAACTATGGATGCTGCTGCTATGTGGAATTAGGACTTGGGTGTTGTTTTAGCATGGTTGCAATGGAGCTTTTGAAGAATGAAGGGCCCAGTACTTATGGAATTTTAGGGATCTTGAATGGCAGCTGCACAATCCTTCTGACTAAAATCAGGACTAATCAGAGCAGG
ACAGAACTCAAGGTCAAACATAGTTGGACATTTAGAAGTTTGTATTGGATCTTCACATTTATGCTAAAAGGACTGAGTGAGATTACAACTGCTGGAAAATTATCTAGATATAACTGCCTTTTAGCTTCTGGTCAAGGGGTTCAGCTGATCCATGTTTATAATATTGACAGGGAGTTTGATGTGATAGAAACACGTGCTCT
ACTTTTGTCTTGGAGGTATGCCTAATTGAACAATTTGTATAGCGGGGAGTTTGATATGATAGAAACTTTGGATGATCGTTCAGCATCTATCTTCACTGCCAAATTTGCTTGTAATAGTTCAAAACTGTTGAGCTGCAGTGCTGAAAAATTTGTAGTTGCTTGTAAATATTACAATACTAGATTCTGATTGCAAGAGTACA
TGCAATCACCAAGAAGTTGCATCTACGCATGCCCTGCCAGAAAGCTTGCTTTTTCTGTGGGACAGTAATTGTAGGTTCAATTGGATCAAATTGGAAGCCAGCTCACCTGTTCCCGTGTAGTCAAATGCATGTGTATTTGTGACTTTACAAGTGGGGAGTCTGTAGCCCATGTTTCACTGGAGCAATCTCTGTCTGAGTGC
AAACCTGTGTCTCTGTAAGTTTGTATCATGAGAGTACCGTATTGGTAAAAAATGACTAATTGCTGTGTTTGCATTTGGTCCTTGAATTAGTTTGTCTAGAATGCTTACATGCTCTCTACCTTTTCCGTTTACGTTACCAGTGGAGTGAATGGATGGCTGGTCAGTCGGCTTTTTAAGGAATTTGCCATGGATGGTAATGT
TGTGTACCTTACCACAATATCTTTGTTAAAGTATTAGACTCTAGGTACATGGACTATTTTATATGCATGATTATGCTTGCCGCTTTTATGTGATGAGGGCTTAATCACTTTTATCAGTTATTAGTGACTTAAGTTTTAAGTTACAGCTTTTCCTCTCTAATTTGTAGCTCCTATTATTGCACAAAGCTAGTGAGGTACTC
TACAGCCCAATACGGGGGAGATGTAACATTTGTTATGTTACATAACGTATCGTGACCAAAAAGAAAAAAATAATTAAAAAAATCATGCAAGCTCATAAAATAAAAAAAATTAAAAC

>TRINITY_DN46323_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTCTCATTTTACAATTATCCATTGGACAAGCTACAAACTATGGATGCTGCTGCTATGTGGAATTAGGACTTGGGTGTTGTTTTAGCATGGTTGCAATGGAGCTTTTGAAGAATGAAGGGCCCAGTACTTATGGAATTTTAGGGATCTTGAATGGCAGCTGCACAATCCTTCTGACTAAAATCAGGACTAATCAGAGCAGG
ACAGAACTCAAGGTCAAACATAGTTGGACATTTAGAAGTTTGTATTGGATCTTCACATTTATGCTAAAAGgtaatgccatgggtttcatcacagaaaaattagaaatattcactttctttgagatttgtgtggatgctatgtatgttctccacttatggcaccatttgagaggtaagtcacaatgtccaggaacttctgg
actaatttggcaggaagaacatgatacatggattcttatgctgaaattcagGACTGAGTGAGATTACAACTGCTGGAAAATTATCTAGATATAACTGCCTTTTAGCTTCTGGTCAAGGGGTTCAGCTGATCCATGTTTATAATATTGACAGGTCAGTTACTACAGTTCCCATTTTGAAGAATCGCTGGATGTATGATT