NA ----> NA

Intron 1 GTAACGCATC ... TATAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.85	15.3	21	12.7
A2	63.12	10	25	9
A3	53.85	12	19	9
A4	46.55	21	21.7	14
A5	34.09	6	6	0
A6	50.71	10	9	10
A7	24.6	52.7	22	10.7
A8	14.31	59	16	3.3
A9	21.18	44	16	6.7
A10	20.93	45.7	20	3.7

>TRINITY_DN48466_c2_g1_i23 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTTGTGTGTGTTGTGTACAATGTGTATATATGAAACACATACTCATGTAATATATTATATTTGAAAATGGTTGGATATTACAAAAAATTAGTGATTTTTTTTGTCAATTATTTTATTTATTTTACAAATTATATTTATTGATAATGTCATTTTTACATATAATCAATTTTGTATTTATATTCAGTGTATTTATATTATT
GAATATAGTATGATTAATAACACATGATAAAATAAAATAGTAAATATGAATTGGCCAAAGCCGCGCCAGAAGAGACAGTTAGGGTTTGGCCACGCCGAGCCATGCTGAGCCGAGCCGACAAGGGAAGAAAGAGCCGGGCCGAGAAGGGACTGAGCAGAGAGTTTAGCAGAGAGTTTAGCATTTGGGAGTCATTTGAAAGT
TTGTTGTTGAGCATCCATCCCAAAGACCGTAAGAGGCAAAGCTGCTTCAGATGCCGTTGAATTTCAAGATTTCAGGTGGATGAAAA

>TRINITY_DN48466_c2_g1_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTTGTGTGTGTTGTGTACAATGTGTATATATGAAACACATACTCATGTAATATATTATATTTGAAAATGGTTGGATATTACAAAAAATTAGTGATTTTTTTTGTCAATTATTTTATTTATTTTACAAATTATATTTATTGATAATGTCATTTTTACATATAATCAATTTTGTATTTATATTCAGTGTATTTATATTATT
GAATATAGTATGATTAATAACACATGATAAAATAAAATAGTAAATATGAATTGGCCAAAGCCGCGCCAGAAGAGACAGTTAGGGTTTGGCCACGCCGAGCCATGCTGAGCCGAGCCGACAAGGGAAGAAAGAGCCGGGCCGAGAAGGGACTGAGCAGAGAGTTTAGCAGAGAGTTTAGCATTTGGGAGTCATTTGAAAGT
TTGTTGTTGAGCATCCATCCCAAAGACCGTAAGgtaacgcatctgattttgtattttggtaatgtgatcatgtgatgtattatttagtggtattttgtacgattaatttcttttggtttattctatagtgcagAGGCAAAGCTGCTTCAGATGCCGTTGAATTTCAAGATTTCAGGTGGATGAAAA

Intron 2 GTGGATGAAA ... GATTATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	6	1
A2	100	0	6	5
A3	100	0	3	3
A4	60	1	3	0
A5	100	0	3	4
A6	80	2	9	7
A7	30.91	38	19	15
A8	85.59	8	58	37
A9	96.67	1	31	27
A10	44.68	13	9	12

>TRINITY_DN48466_c2_g1_i22 from sample A7 / Example spliced isoform

CCGGGCTTGAGCCGAGCCGAGAGAGTTGGTTTACATTTTATTGAAGCATGGCCATGCTTTTATTTGTTTGAGTTTTCCTTGGTTTTTTAATTTTAATTTTATTTTGGTTATGTTTGTATTCGGATTGTGGAGGTGGGTCTGTATTTGGATTGTGAGGGTGGAGTGATAAGGTGAGGCAGTAAATAACAGCAGATCAGATT
CCGAAATACCGTAAAGAGTCAAAGCTTCTTCAGATGCCGTTGAATTTCAACACCATACACGCTGATTCAGATGCCCTTAAATTTCAAGATTTCAGGTGAAGAAGAGGATGTTTTTG

>TRINITY_DN48466_c2_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCGGGCTTGAGCCGAGCCGAGAGAGTTGGTTTACATTTTATTGAAGCATGGCCATGCTTTTATTTGTTTGAGTTTTCCTTGGTTTTTTAATTTTAATTTTATTTTGGTTATGTTTGTATTCGGATTGTGGAGGTGGGTCTGTATTTGGATTGTGAGGGTGGAGTGATAAGGTGAGGCAGTAAATAACAGCAGATCAGATT
CCGAAATACCGTAAAGGTAATGCATCTGTTTTTAATTTTTGGTAATGTGTTCACGCGATGATGTATTATCTAGTGGCATTTTGTATCCAGTTAATTTGTTTTGGTTTATTCTATAGTGCAGAGTCAAAGCTTCTTCAGATGCCGTTGAATTTCAACACCATACATGCTGCTTCAGATGCCCTTGAATTTCAAGATTTCAG


gtggatgaaaacatggctattgcatggaaaggtgtacatgaaaatatggttatttcatgaaactagttgttgaagagcatgattattaagGTGAAGAAGAGGATGTTTTTGCAAAAAGTGACACCTGAAAATAATATAGAGAATTTTATTGGAGTATGTGAATAAAACGTATGGAGAATAATTAAGATGGAGAATACTTG
GAGGTATTTATGAGAATTAAATCTCATTTATTAATTTGTAAATAATAATATTATTTTTTATGTAAC

Intron 3 GTAACGCATC ... TATTCTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53	15.7	21	12.7
A2	60.85	11	25	9
A3	54.44	12	19	9
A4	52.85	17	21.7	14
A5	38.57	5	6	0
A6	51.22	9.7	9	10
A7	22.26	60	22	10.7
A8	12.68	68.3	16	3.3
A9	17.57	52.7	16	6
A10	21.54	44.3	20	3.7

>TRINITY_DN48466_c2_g1_i19 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTTGTGTGTGTTGTGTACAATGTGTATATATGAAACACATACTCATGTAATATATTATATTTGAAAATGGTTGGATATTACAAAAAATTAGTGATTTTTTTTGTCAATTATTTTATTTATTTTACAAATTATATTTATTGATAATGTCATTTTTACATATAATCAATTTTGTATTTATATTCAGTGTATTTATATTATT
GAATATAGTATGATTAATAACACATGATAAAATAAAATAGTAAATATGAATTGGCCAAAGCCGCGCCAGAAGAGACAGTTAGGGTTTGGCCACGCCGAGCCATGCTGAGCCGAGCCGACAAGGGAAGAAAGAGCCGGGCCGAGAAGGGACTGAGCAGAGAGTTTAGCATTTGGGAGTCATTTGAAAGTTTGTTGTTGAGC
ATCCATCCCAAAGACCGTAAGTGCAGAGGCAAAGCTGCTTCAGATGCCGTTGAATTTCAAGATTTCAGGTGGATGAAAATATGGCTATTGCATGAAAAGGTGCACATGAAAATATGGTTATTTCATGAA

>TRINITY_DN48466_c2_g1_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTTGTGTGTGTTGTGTACAATGTGTATATATGAAACACATACTCATGTAATATATTATATTTGAAAATGGTTGGATATTACAAAAAATTAGTGATTTTTTTTGTCAATTATTTTATTTATTTTACAAATTATATTTATTGATAATGTCATTTTTACATATAATCAATTTTGTATTTATATTCAGTGTATTTATATTATT
GAATATAGTATGATTAATAACACATGATAAAATAAAATAGTAAATATGAATTGGCCAAAGCCGCGCCAGAAGAGACAGTTAGGGTTTGGCCACGCCGAGCCATGCTGAGCCGAGCCGACAAGGGAAGAAAGAGCCGGGCCGAGAAGGGACTGAGCAGAGAGTTTAGCAGAGAGTTTAGCATTTGGGAGTCATTTGAAAGT
TTGTTGTTGAGCATCCATCCCAAAGACCGTAAGgtaacgcatctgattttgtattttggtaatgtgatcatgtgatgtattatttagtggtattttgtacgattaatttcttttggtttattctatagTGCAGAGGCAAAGCTGCTTCAGATGCCGTTGAATTTCAAGATTTCAGGTGGATGAAAA

Intron 4 GTAATGCATC ... TATAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.08	2.5	38	18.5
A2	85.95	2.5	15	14
A3	78.94	3	16	6.5
A4	92.81	1.5	22	16.5
A5	94.02	1	18	11.5
A6	80.51	2.5	9	11.5
A7	24.98	74.5	33	16.5
A8	39.62	21	12	15.5
A9	57.27	8	10	11.5
A10	39.7	21	19	8.5

>TRINITY_DN48466_c2_g1_i17 from sample A7 / Example spliced isoform

CCGGGCTTGAGCCGAGCCGAGAGAGTTGGTTTACATTTTATTGAAGCATGGCCATGCTTTTATTTGTTTGAGTTTTCCTTGGTTTTTTAATTTTAATTTTATTTTGGTTATGTTTGTATTCGGATTGTGGAGGTGGGTCTGTATTTGGATTGTGAGGGTGGAGTGATAAGGTGAGGCAGTAAATAACAGCAGATCAGATT
CCGAAATACCGTAAAGAGTCAAAGCTTCTTCAGATGCCGTTGAATTTCAACACCATACACGCTGATTCAGATGCCCTTAAATTTCAAGATTTCAGGTGAGTGTTAATTTGCGTTGGTGTAAACTTAAATTCACATAATGTTGCAGCCGGTTGAGATGGTTTAAGTTTTTATTCTTTTCCGTCTTATTCGTATTCTAATTT
CATGGAGG

>TRINITY_DN48466_c2_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCGGGCTTGAGCCGAGCCGAGAGAGTTGGTTTACATTTTATTGAAGCATGGCCATGCTTTTATTTGTTTGAGTTTTCCTTGGTTTTTTAATTTTAATTTTATTTTGGTTATGTTTGTATTCGGATTGTGGAGGTGGGTCTGTATTTGGATTGTGAGGGTGGAGTGATAAGGTGAGGCAGTAAATAACAGCAGATCAGATT
CCGAAATACCGTAAAGgtaatgcatctgtttttaatttttggtaatgtgttcacgcgatgatgtattatctagtggcattttgtatccagttaatttgttttggtttattctatagtgcagAGTCAAAGCTTCTTCAGATGCCGTTGAATTTCAACACCATACATGCTGCTTCAGATGCCCTTGAATTTCAAGATTTCAG
GTGGATGAAAACATGGCTATTGCATGGAAAGGTGTACATGAAAATATGGTTATTTCATGAAACTAGTTGTTGAAGAGCATGATTATTAAGGTGAAGAAGAGGATGTTTTTGCAAAAAGTGACACCTGAAAATAATATAGAGAATTTTATTGGAGTATGTGAATAAAACGTATGGAGAATAATTAAGATGGAGAATACTTG
GAGGTATTTATGAGAATTAAATCTCATTTATTAATTTGTAAATAATAATATTATTTTTTATGTAAC