NA ----> NA
Intron 1 GTTTGGACTT ... GTTCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.1 | 14 | 13 | 10 |
| A2 | 60 | 6 | 11 | 7 |
| A3 | 54.84 | 7 | 12 | 5 |
| A4 | 47.83 | 6 | 8 | 3 |
| A5 | 50 | 4 | 7 | 1 |
| A6 | 22.22 | 14 | 7 | 1 |
| A7 | 18.75 | 13 | 5 | 1 |
| A8 | 9.09 | 5 | 1 | 0 |
| A9 | 42.86 | 6 | 5 | 4 |
| A10 | 0 | 2 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN114805_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGAAGATTTGAAGCCTAGTATTCCCGATGGCACATTTCAAGATCCACAGCAACAATCAGGTCCTTCTTTAGATGTTGTTTTTGTGCATGGGTTGTGTGGAGGGCCTTTCAAAACCTGGCGAGTGACAGATGATAAGTGTTCCACTACAAGTAAATCAGGGTTAGTTGAGAAGATTGATCAGGAATCCGGAAGAGAAGGAAC
ATGTTGGCCGAGAGAATGGCTTGCAGCTGATCTTCCTCAAACTCGCTTACTCACAGTTAAATATAAGACAAATCTATCTCAGTGGTCGGGAGCTACACTACCACTTGAGGAAGTGAGTTCAATGCTGCTCAATAAACTAGTTGCAGCAGGTGTTGGGGATCGACCTGTTGTGTTTGTGACTCACAGAGTCAGATTATTCA
ATCAGCTACTCAAGCAGCTACACAATTAGCAAGCATTGTTGTCCACAGAGCTGAGAGCCAAGTGGGAGCAACATCTGACAGTACTGAAACCCTACTTATGGATGATCTCCTTCAGCTATATCCTTTTTCTGAACATATTAAGGCTAAAAAGAAAGATCGCTTGGCTAAAGTTGATGCAGCTGATAATGCATTTGCAACCC
TCAAAGGCATCAAAGCACTAACAGAGCTGTGTTCAGAGAATCATGCTTACCAAACAAGAATAATTGAATCTGGTGGTATTTCTTTACTTCGACATTTTATGATCAGTGATGATTATGAGCAACTAGCTGCGATTGAGGCATATGATGCATCTAGGTTGCCCGAGAGACAAGATCAAGTTTCTAGTTCTGTGGATAAAAAT
GCTAATTTAAACGCAAATAGCTTATCCAGTGTGCGCGTGCCTTCAACTGCACATATTCGAAAACATGCTGCCAGGCTCCTGAATATTCTTTCACTTCAATTAGAGGCTTCAGAGGTAATTGCACAAGACAAAGTTTGGTGCAAATGGCTGGAGGACTGTGCAGATGGACAAATCTCGGGGTGTAGTGATTTAAAAATTCG
CAGCTATACACGAGCAACTCTATTAAACATTCCAAATACCAAATCAAATGGAGACAGCACTACCTATGTTGATGGGCAAAGAACAGACATGGATATTCAGGGAAACATGTGCCCACGATACGAAGATATGATTTTTCTTATAAATCCAGAGTCCTCTCACTTTAAATGTAAAACATATGACAGATCAAATATATCCCAAA
GCAGGACATTGGGCATGGATAATATGGATTTAGAATACATGCATGTGCCTCCTCATTCGACAGAAAATGTTCATCAGGTGATTGATTCCTCCAAGGAAGATTTGAAGCCTAGTATTCCCGATGGCACATTTCAAGATCCACAGCAACAATCAGGTCCTTCTTTAGATGTTGTTTTTGTGCATGGGTTGTGTGGAGGGCCT
TTCAAAACCTGGCGAGTGACAGATGATAAGTGTTCCACTC
>TRINITY_DN114805_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAAGATTTGAAGCCTAGTATTCCCGATGGCACATTTCAAGATCCACAGCAACAATCAGGTCCTTCTTTAGATGTTGTTTTTGTGCATGGGTTGTGTGGAGGGCCTTTCAAAACCTGGCGAGTGACAGATGATAAGTGTTCCACTACAAGTAAATCAGGGTTAGTTGAGAAGATTGATCAGGAATCCGGAAGAGAAGGAAC
ATGTTGGCCGAGAGAATGGCTTGCAGCTGATCTTCCTCAAACTCGCTTACTCACAGTTAAATATAAGgtttggactttcctctgatgtgtgcatgctaccccctggttgaatggttcatgcagACAAATCTATCTCAGTGGTCGGGAGCTACACTACCACTTGAGGAAGTGAGTTCAATGCTGCTCAATAAACTAGTTGC
AGCAGGTGTTGGGGATCGACCTGTTGTGTTTGTGACTCACAGAGTCAGATTATTCAATCAGCTACTCAAGCAGCTACACAATTAGCAAGCATTGTTGTCCACAGAGCTGAGAGCCAAGTGGGAGCAACATCTGACAGTACTGAAACCCTACTTATGGATGATCTCCTTCAGCTATATCCTTTTTCTGAACATATTAAGGC
TAAAAAGAAAGATCGCTTGGCTAAAGTTGATGCAGCTGATAATGCATTTGCAACCCTCAAAGGCATCAAAGCACTAACAGAGCTGTGTTCAGAGAATCATGCTTACCAAACAAGAATAATTGAATCTGGTGGTATTTCTTTACTTCGACATTTTATGATCAGTGATGATTATGAGCAACTAGCTGCGATTGAGGCATATG
ATGCATCTAGGTTGCCCGAGAGACAAGATCAAGTTTCTAGTTCTGTGGATAAAAATGCTAATTTAAACGCAAATAGCTTATCCAGTGTGCGCGTGCCTTCAACTGCACATATTCGAAAACATGCTGCCAGGCTCCTGAATATTCTTTCACTTCAATTAGAGGCTTCAGAGGTAATTGCACAAGACAAAGTTTGGTGCAAA
TGGCTGGAGGACTGTGCAGATGGACAAATCTCGGGGTGTAGTGATTTAAAAATTCGCAGCTATACACGAGCAACTCTATTAAACATTCCAAATACCAAATCAAATGGAGACAGCACTACCTATGTTGATGGGCAAAGAACAGACATGGATATTCAGGGAAACATGTGCCCACGATACGAAGATATGATTTTTCTTATAAA
TCCAGAGTCCTCTCACTTTAAATGTAAAACATATGACAGATCAAATATATCCCAAAGCAGGACATTGGGCATGGATAATATGGATTTAGAATACATGCATGTGCCTCCTCATTCGACAGAAAATGTTCATCAGGTGATTGATTCCTCCAAGGAAGATTTGAAGCCTAGTATTCCCGATGGCACATTTCAAGATCCACAGC
AACAATCAGGTCCTTCTTTAGATGTTGTTTTTGTGCATGGGTTGTGTGGAGGGCCTTTCAAAACCTGGCGAGTGACAGATGATAAGTGTTCCACTC