NA ----> NA

Intron 1 GTGTGCTGAG ... GTAATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.84	76	28	17
A2	15.29	72	11	15
A3	23	82	39	10
A4	25.87	53	23	14
A5	18.18	27	7	5
A6	17.07	119	18	31
A7	18.7	237	41	68
A8	17.17	234	44	53
A9	17.27	230	40	56
A10	17.18	147	25	36

>TRINITY_DN37433_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTCTATTAGGAAAAAAATATGAAGTCGAAGGGAAAAATGCCTGATTGATGGAATAAACCTTTGTTAAAACCTATCGGGCTCGTGGAAGAAGTTTGTCCAAATGTTTCAAGAGTGATGCATGGAGGTCTTGACCTAACTTTGGAGGGGTATAATATATTTTATAGGCAAACGATTATATTAGGTTCCTGCTGCCTCTGAG
CTTCTCTTTTCCTTTCTATGTATTCTATGGTATGGTGCTATGGTCTGCTGAGCTAATAGAACTCTCCTCCTCTTCTACTCCTTGTACTGCGTAAGGTCGAGGCCCAGGCCTGAACGGTGCAGAAATGAGGTAGGGATTATGAAGGAGGGCGGAGTACGAATAAGTTATTGTGGATTTACGGCTTTTTGCAGCACTGCAAC
TACAATCGGAATTGGAACTGGAACCAGCATTAGCATACAAGGTGGCGATGGCATTACCAATAGGGAAGCTTGCGATCGTGGTGGGAGCAGGTATAGCTGGATCAGTACTTGTAAATGAAGGGCGCATTTCAAAAGTTTCAGACTTCTTCTCAGGTGCTTTTAAGGTGGTTCTAAGGCATTTAAAGGAGAATGAATCACAG
TTGAAGGAAGCGTCAGATGACAATTCTTTGATGGCACAGGTCAACAGCCTAAGGCAGGAGCTAAAAATGCTGGCATCGTCAAGGTCAATCACAGTTGTCACAGGGAATTCCCAGTCAGGTACAACGGCATATGCTGTGCCTGTTATTGTGATCGGAGTTGCAGGTTATGGATACATTTGGTGGAAGGGGTGGAAGCTTTC
TGATATGATGTTTGCTACAAGACGTAGCCTGTCAGAGGCATGTGCAAGTGTTGGCAAACAACTTGAACAAGTTTCGACATCTATCACAGCAGCAAAACGTCACCTTTCTTCGAGAATTGACTGTGTTGATAATAGTTTAGATCAATGTGCAGAGTTAAATGCTGCCACTAAAGATGAGGTTTATCGGCTTAGTGGAGACT
TAAAACATGTTGGCTTTGACGTTGAATCTGTTCAACGTGCTGTCCAAGGCTTGGAGTTCAAAATTGGCCGGATAGAAGGAAAGCAGGACCTTACAAACCAAGGTGTATATCACTTATGTCAATTTGTGCATAAGTTGGAGGAAAGGAAACAAGCTGAGCTTATTCAGGTATCCTCCAGGTCTAAGCCAGCTTTAGAGAAT
ACAAAGTCAGTGTCTAACGCTTTTTCAGGTCATCAGGCGTCTTCCTCTAGCTCTCCTCTAGCCATAGAACCAGCAGCATCGGCATTGGGTTCTGGTTCATCTACGAAGGGGTCTTCCTCCAGTCCCAGATCTTCAGAACAGAGAGTGCCGGCAACACGTTCTGGTTCTGGTCTTAAGGAGGTGCAGGGTATATCTGAGGC
AATTGAAGCTTCTAGTCCATGCATTTATGAGAAAACAGAAAGCCAGGATGAAGTTAAAGGGAACTCCTCTAATTCAAATATGTTTGGATGGAAATTTCCAGGTTTAAATGCAACCTTTTTGCAGAGATCTCGCAGTGCCACATATTCCTTTAACAAGGGATTATCACCTCAGCCTCGACACACCTAGCCTTCTCCATATT
ATATCTGTGCAGCCAGTTTTGTAGATTGGTATTTGAGATTCAGCTTATGTAAAGATTCATCATGAGTTGATGGTCCTGTCAGTGTTCACATATAACGTATGGAAATAGGACTCTTCAGTTACCTGTACCTTTTGATTTCAGAGAGGATCACAATACTTGAGAAATGGAAATTCAATATGTAATAAGTTAGTGCTCTCTAA
GAACAGGAAGTAATCTTGAAAGAAAGAAGCACACAGAATAAAAGCCTAACTATTTTGTTTCTGTTCTTTAATGGGATAAATGATTTATTCCTTTGATGATTAAAGTAGATATAATCCAAGTTTGGGATAAATTTATCACATTTCAATTTCATCTGTTATTTTGTAAATACTGGATCTAGTTCAAATGTTCTAGAATATTG
AATTAAGTTAAGATGTTCTCTATTTATGCATTGACATGCTGGTCAATGACCTTGAT

>TRINITY_DN37433_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTCTATTAGGAAAAAAATATGAAGTCGAAGGGAAAAATGCCTGATTGATGGAATAAACCTTTGTTAAAACCTATCGGGCTCGTGGAAGAAGTTTGTCCAAATGTTTCAAGAGTGATGCATGGAGGTCTTGACCTAACTTTGGAGGGGTATAATATATTTTATAGGCAAACGATTATATTAGGTTCCTGCTGCCTCTGAG
CTTCTCTTTTCCTTTCTATGTATTCTATGGTATGGTGCTATGGTCTGCTGAGCTAATAGAACTCTCCTCCTCTTCTACTCCTTGTACTGCGTAAGGTCGAGGCCCAGGCCTGAACGGTGCAGAAATGAGGTAGGGATTATGAAGGAGGGCGGAGTACGAATAAGTTATTGTGGATTTACGGCTTTTTGCAGCACTGCAAC
TACAATCGGAATTGGAACTGGAACCAGCATTAGCATACAAGGTGGCGATGGCATTACCAATAGGGAAGCTTGCGATCGTGGTGGGAGCAGGTATAGCTGGATCAGTACTTGTAAATGAAGGGCGCATTTCAAAAGTTTCAGACTTCTTCTCAGGTGCTTTTAAGGTGGTTCTAAGGCATTTAAAGGAGAATGAATCACAG
TTGAAGGAAGCGTCAGATGACAATTCTTTGATGGCACAGGTCAACAGCCTAAGGCAGGAGCTAAAAATGCTGGCATCGTCAAGGTCAATCACAGTTGTCACAGGGAATTCCCAGTCAGGTACAACGGCATATGCTGTGCCTGTTATTGTGATCGGAGTTGCAGGTTATGGATACATTTGGTGGAAGGGGTGGAAGCTTTC
TGATATGATGTTTGCTACAAGACGTAGCCTGTCAGAGGCATGTGCAAGTGTTGGCAAACAACTTGAACAAGTTTCGACATCTATCACAGCAGCAAAACGTCACCTTTCTTCGAGAATTGACTGTGTTGATAATAGTTTAGATCAATGTGCAGAGTTAAATGCTGCCACTAAAGATGAGGTTTATCGGCTTAGTGGAGACT
TAAAACATGTTGGCTTTGACGTTGAATCTGTTCAACGTGCTGTCCAAGGCTTGGAGTTCAAAATTGGCCGGATAGAAGGAAAGCAGGACCTTACAAACCAAGGTGTATATCACTTATGTCAATTTGTGCATAAGTTGGAGGAAAGGAAACAAGCTGAGCTTATTCAGGTATCCTCCAGGTCTAAGCCAGCTTTAGAGAAT
ACAAAGTCAGTGTCTAACGCTTTTTCAGGTCATCAGGCGTCTTCCTCTAGCTCTCCTCTAGCCATAGAACCAGCAGCATCGGCATTGGGTTCTGGTTCATCTACGAAGGGGTCTTCCTCCAGTCCCAGATCTTCAGAACAGAGAGTGCCGGCAACACGTTCTGGTTCTGGTCTTAAGgtgtgctgaggcagccagtagca
tctcattcaaatgttcaatgattctttttgcttctcaatcagctgctactcattttcttaaaatatgcatttgtaatttcagGAGGTGCAGGGTATATCTGAGGCAATTGAAGCTTCTAGTCCATGCATTTATGAGAAAACAGAAAGCCAGGATGAAGTTAAAGGGAACTCCTCTAATTCAAATATGTTTGGATGGAAAT
TTCCAGG

Intron 2 GTGCAGTTTA ... ATTCTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.03	190	4	98
A2	32	136	0	64
A3	32.84	157.5	0	77
A4	29.65	140	0	59
A5	37.61	68	0	41
A6	31.45	194	0	89
A7	33.22	482.5	0	240
A8	26.27	365	0	130
A9	29.88	403.5	0	172
A10	35.73	367	0	204

>TRINITY_DN121539_c10_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TGAAGTCGAAGGGAAAAATGCCTGATTGATGGAATAAACCTTTGTTAAAACCTATCGGGCTCGTGGAAGAAGTTTGTCCAAATGTTTCAAGAGTGATGCATGGAGGTCTTGACCTAACTTTGGAGGGGTATAATATATTTTATAGGCAAACGATTATATTAGGTTCCTGCTGCCTCTGAGCTTCTCTTTTCCTTTCTATG
TATTCTATGGTATGGTGCTATGGTCTGCTGAGCTAATAGAACTCTCCTCCTCTTCTACTCCTTGTACTGCGTAAGGTCGAGGCCCAGGCCTGAACGGTGCAGAAATGAGGTAGGGATTATGAAGGAGGGCGGAGTACGAATAAGTTATTGTGGATTTACGGCTTTTTGCAGCACTGCAACTACAATCGGAATTGGAACTG
GAACCAGCATTAGCATACAAGGTGGCGATGGCATTACCAATAGGGAAGCTTGCGATCGTGGTGGGAGCAGGTATAGCTGGATCAGTACTTGTAAATGAAGGGCGCATTTCAAAAGTTTCAGACTTCTTCTCAGGTGCTTTTAAGGTGGTTCTAAGGCATTTAAAGGAGAATGAATCACAGTTGAAGGAAGCGTCAGATGA
CAATTCTTTGATGGCACAGGTCAACAGCCTAAGGCAGGAGCTAAAAATGCTGGCATCGTCAAGGTCAATCACAGTTGTCACAGGGAATTCCCAGTCAGGTACAACGGCATATGCTGTGCCTGTTATTGTGATCGGAGTTGCAGGTTATGGATACATTTGGTGGAAGGGGTGGAAGCTTTCTGATATGATGTTTGCTACAA
GACGTAGCCTGTCAGAGGCATGTGCAAGTGTTGGCAAACAACTTGAACAAGTTTCGACATCTATCACAGCAGCAAAACGTCACCTTTCTTCGAGAATTGACTGTGTTGATAATAGTTTAGATCAATGTGCAGAGTTAAATGCTGCCACTAAAGATGAGGTTTATCGGCTTAGTGGAGACTTAAAACATGTTGGCTTTGAC
GTTGAATCTGTTCAACGTGCTGTCCAAGGCTTGGAGTTCAAAATTGGCCGGATAGAAGGAAAGCAGGACCTTACAAACCAAGGTGTATATCACTTATGTCAATTTGTGCATAAGTTGGAGGAAAGGAAACAAGCTGAGCTTATTCAGGTATCCTCCAGGTCTAAGCCAGCTTTAGAGAATACAAAGTCAGTGTCTAACGC
TTTTTCAGGTCATCAGGCGTCTTCCTCTAGCTCTCCTCTAGCCATAGAACCAGCAGCATCGGCATTGGGTTCTGGTTCATCTACGAAGGGGTCTTCCTCCAGTCCCAGATCTTCAGAACAGAGAGTGCCGGCAACACGTTCTGGTTCTGGTCTTAAGGAGGTGCAGGGTATATCTGAGGCAATTGAAGCTTCTAGTCCAT
GCATTTATGAGAAAACAGAAAGCCAGGATGAAGTTAAAGGGAACTCCTCTAATTCAAATATGTTTGGATGGAAATTTCCAGGTTTAAATGCAACCTTTTTGCAGAGATCTCGCAGTGCCACATATTCCTTTAACAAGGGATTATCACCTCAGCCTCGACACACCTAGCCTTCTCCATATTATATCTGTGCAGCCAGTTTT
GTAGATTGGTATTTGAGATTCAGCTTATGTAAAGATTCATCATGAGTTGATGGTCCTGTCAGTGTTCACATATAACGTATGGAAATAGGACTCTTCAGTTACCTGTACCTTTTGATTTCAGAGAGGATCACAATACTTGAGAAATGGAAATTCAATATGTAATAAGTTAGTGCTCTCTAAGAACAGGAAGTAATCTTGAA
AGAAAGAAGCACACAGAATAAAAGCCTAACTATTTTGTTTCTGTTCTTTAATGGGATAAATGATTTATTCCTTTGATGATTAAAGTAGATATAATCCAAGTTTGGGATAAATTTATCACATTTCAATTTCATCTGTTATTTTGTAAATACTGGATCTAGTTCAAATGTTCTAGAATATTGAATTAAGTTAAGATGTTCTC
TATTTATGCATTGACATGCTGGTCAATGACCTTGATGGTTATTGGGGC

>TRINITY_DN121539_c10_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCCGGATAGAAGGAAAGCAGgtgcagtttattattttgctaaagagatgggaaaattcacatttgttttgcaaccagttgtatgatagacacatgtgtgggataacgtaaaatgttatactaagaaatggcaattggaaatattcttacagGACCTTACAAACCAAGGTGTATATCACTTATGTCAATTTGTGCATAAGT
TGGAGGAAAGGAAACAAGCTGAGCTTATTCAGGTATCCTCCAGGTCTAAGCCAGCTTTAGAGAATACAAAGTCAGTGTCTAACGCTTTTTCAGGTCATCAGGCGTCTTCCTCTAGCTCTCCTCTAGCCATAGAACCAGCAGCATCGGCATTGGGTTCTGGTTCATCTACGAAGGTGAATTAAAGTAATGCTTTGTCTCTG
TTGTAGCATTTCATATTCTTCAAGATTGGTTAATGCTTCATAGTTTCTTCTTTCAGGGGTCTTCCTCCAGTCCCAGATCTTCAGAACAGAGAGTGCCGGCAACACGTTCTGGTTCTGGTCTTAAGGAGGTGCAGGGTATATCTGAGGCAATTGAAGCTTCTAGTCCATGCATTTATGAGAAAACAGAAAGCCAGGATGAA
GTTAAAGGGAACTCCTCTAATTCAAATATGTTTGGATGGAAATTTCCAGGTTTAAATGCAACCTTTTTGCAGAGATCTCGCAGTGCCACATATTCCTTTAACAAGGGATTATCACCTCAGCCTCGACACACCTAGCCTTCTCCATATTATATCTGTGCAGCCAGTTTTGTAGATTGGTATTTGAGATTCAGCTTATGTAA
AGATTCATCATGAGTTGATGGTCCTGTCAGTGTTCACATATAACGTATGGAAATAGGACTCTTCAGTTACCTGTACCTTTTGATTTCAGAGAGGATCACAATACTTGAGAAATGGAAATTCAATATGTAATAAGTTAGTGCTCTCTAAGAACAGGAAGTAATCTTGAAAGAAAGAAGCACACAGAATAAAAGCCTAACTA
TTTTGTTTCTGTTCTTTAATGGGATAAATGATTTATTCCTTTGATGATTAAAGTAGATATAATCCAAGTTTGGGATAAATTTATCACATTTCAATTTCATCTGTTATTTTGTAAATACTGGATCTAGTTCAAATGTTCTAGAATATTGAATTAAGTTAAGATGTTCTCTATTTATGCATTGACATGCTGGTCAATGACCT
TGATGGTTATTGGGGC

Intron 3 GTGAATTAAA ... CTTCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.15	83	29	21
A2	24.27	78	28	22
A3	16.83	84	13	21
A4	15.56	57	14	7
A5	22.58	36	12	9
A6	23.53	104	24	40
A7	21.58	218	43	77
A8	22.18	207	46	72
A9	19.77	209	47	56
A10	22.88	150	42	47

>TRINITY_DN121539_c10_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TGAAGTCGAAGGGAAAAATGCCTGATTGATGGAATAAACCTTTGTTAAAACCTATCGGGCTCGTGGAAGAAGTTTGTCCAAATGTTTCAAGAGTGATGCATGGAGGTCTTGACCTAACTTTGGAGGGGTATAATATATTTTATAGGCAAACGATTATATTAGGTTCCTGCTGCCTCTGAGCTTCTCTTTTCCTTTCTATG
TATTCTATGGTATGGTGCTATGGTCTGCTGAGCTAATAGAACTCTCCTCCTCTTCTACTCCTTGTACTGCGTAAGGTCGAGGCCCAGGCCTGAACGGTGCAGAAATGAGGTAGGGATTATGAAGGAGGGCGGAGTACGAATAAGTTATTGTGGATTTACGGCTTTTTGCAGCACTGCAACTACAATCGGAATTGGAACTG
GAACCAGCATTAGCATACAAGGTGGCGATGGCATTACCAATAGGGAAGCTTGCGATCGTGGTGGGAGCAGGTATAGCTGGATCAGTACTTGTAAATGAAGGGCGCATTTCAAAAGTTTCAGACTTCTTCTCAGGTGCTTTTAAGGTGGTTCTAAGGCATTTAAAGGAGAATGAATCACAGTTGAAGGAAGCGTCAGATGA
CAATTCTTTGATGGCACAGGTCAACAGCCTAAGGCAGGAGCTAAAAATGCTGGCATCGTCAAGGTCAATCACAGTTGTCACAGGGAATTCCCAGTCAGGTACAACGGCATATGCTGTGCCTGTTATTGTGATCGGAGTTGCAGGTTATGGATACATTTGGTGGAAGGGGTGGAAGCTTTCTGATATGATGTTTGCTACAA
GACGTAGCCTGTCAGAGGCATGTGCAAGTGTTGGCAAACAACTTGAACAAGTTTCGACATCTATCACAGCAGCAAAACGTCACCTTTCTTCGAGAATTGACTGTGTTGATAATAGTTTAGATCAATGTGCAGAGTTAAATGCTGCCACTAAAGATGAGGTTTATCGGCTTAGTGGAGACTTAAAACATGTTGGCTTTGAC
GTTGAATCTGTTCAACGTGCTGTCCAAGGCTTGGAGTTCAAAATTGGCCGGATAGAAGGAAAGCAGGACCTTACAAACCAAGGTGTATATCACTTATGTCAATTTGTGCATAAGTTGGAGGAAAGGAAACAAGCTGAGCTTATTCAGGTATCCTCCAGGTCTAAGCCAGCTTTAGAGAATACAAAGTCAGTGTCTAACGC
TTTTTCAGGTCATCAGGCGTCTTCCTCTAGCTCTCCTCTAGCCATAGAACCAGCAGCATCGGCATTGGGTTCTGGTTCATCTACGAAGGGGTCTTCCTCCAGTCCCAGATCTTCAGAACAGAGAGTGCCGGCAACACGTTCTGGTTCTGGTCTTAAGGAGGTGCAGGGTATATCTGAGGCAATTGAAGCTTCTAGTCCAT
GCATTTATGAGAAAACAGAAAGCCAGGATGAAGTTAAAGGGAACTCCTCTAATTCAAATATGTTTGGATGGAAATTTCCAGGTTTAAATGCAACCTTTTTGCAGAGATCTCGCAGTGCCACATATTCCTTTAACAAGGGATTATCACCTCAGCCTCGACACACCTAGCCTTCTCCATATTATATCTGTGCAGCCAGTTTT
GTAGATTGGTATTTGAGATTCAGCTTATGTAAAGATTCATCATGAGTTGATGGTCCTGTCAGTGTTCACATATAACGTATGGAAATAGGACTCTTCAGTTACCTGTACCTTTTGATTTCAGAGAGGATCACAATACTTGAGAAATGGAAATTCAATATGTAATAAGTTAGTGCTCTCTAAGAACAGGAAGTAATCTTGAA
AGAAAGAAGCACACAGAATAAAAGCCTAACTATTTTGTTTCTGTTCTTTAATGGGATAAATGATTTATTCCTTTGATGATTAAAGTAGATATAATCCAAGTTTGGGATAAATTTATCACATTTCAATTTCATCTGTTATTTTGTAAATACTGGATCTAGTTCAAATGTTCTAGAATATTGAATTAAGTTAAGATGTTCTC
TATTTATGCATTGACATGCTGGTCAATGACCTTGATGGTTATTGGGGC

>TRINITY_DN121539_c10_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCCGGATAGAAGGAAAGCAGGTGCAGTTTATTATTTTGCTAAAGAGATGGGAAAATTCACATTTGTTTTGCAACCAGTTGTATGATAGACACATGTGTGGGATAACGTAAAATGTTATACTAAGAAATGGCAATTGGAAATATTCTTACAGGACCTTACAAACCAAGGTGTATATCACTTATGTCAATTTGTGCATAAGT
TGGAGGAAAGGAAACAAGCTGAGCTTATTCAGGTATCCTCCAGGTCTAAGCCAGCTTTAGAGAATACAAAGTCAGTGTCTAACGCTTTTTCAGGTCATCAGGCGTCTTCCTCTAGCTCTCCTCTAGCCATAGAACCAGCAGCATCGGCATTGGGTTCTGGTTCATCTACGAAGgtgaattaaagtaatgctttgtctctg
ttgtagcatttcatattcttcaagattggttaatgcttcatagtttcttctttcagGGGTCTTCCTCCAGTCCCAGATCTTCAGAACAGAGAGTGCCGGCAACACGTTCTGGTTCTGGTCTTAAGGAGGTGCAGGGTATATCTGAGGCAATTGAAGCTTCTAGTCCATGCATTTATGAGAAAACAGAAAGCCAGGATGAA
GTTAAAGGGAACTCCTCTAATTCAAATATGTTTGGATGGAAATTTCCAGGTTTAAATGCAACCTTTTTGCAGAGATCTCGCAGTGCCACATATTCCTTTAACAAGGGATTATCACCTCAGCCTCGACACACCTAGCCTTCTCCATATTATATCTGTGCAGCCAGTTTTGTAGATTGGTATTTGAGATTCAGCTTATGTAA
AGATTCATCATGAGTTGATGGTCCTGTCAGTGTTCACATATAACGTATGGAAATAGGACTCTTCAGTTACCTGTACCTTTTGATTTCAGAGAGGATCACAATACTTGAGAAATGGAAATTCAATATGTAATAAGTTAGTGCTCTCTAAGAACAGGAAGTAATCTTGAAAGAAAGAAGCACACAGAATAAAAGCCTAACTA
TTTTGTTTCTGTTCTTTAATGGGATAAATGATTTATTCCTTTGATGATTAAAGTAGATATAATCCAAGTTTGGGATAAATTTATCACATTTCAATTTCATCTGTTATTTTGTAAATACTGGATCTAGTTCAAATGTTCTAGAATATTGAATTAAGTTAAGATGTTCTCTATTTATGCATTGACATGCTGGTCAATGACCT
TGATGGTTATTGGGGC