NA ----> NA

Intron 1 GTAGCCAATT ... TGTGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.5	33.3	18	23.3
A2	46.8	22.7	15.7	19.7
A3	54.53	21.3	25.7	24.7
A4	49.11	24	25	19.7
A5	44.9	15.7	9.3	15.7
A6	11.77	105.3	5	21.7
A7	11.29	298	23.7	46.3
A8	12.1	281	16	53.3
A9	13.51	147.7	14	26.7
A10	7.69	220	8.7	25

>TRINITY_DN118318_c0_g1_i13 from sample A3 / Example spliced isoform

CTATGTAAAATATTGTTTATATTTACTGTGGAGTGTTTGATTTCAATAATAAGTTAAAGAAGGTGAAATGTTAAATTGGAGTTTTTATGTATAACAGGTGGAGAAGAGTGCAACCTATCTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGGTAGATGAAGAGTGCAAATTATTTTATTTCTGAGAGTGCTTTGCACGAGAGTGCT
TTGAAGAAGATTAGTAAAAAATAGAGGTGGAAAAGGGCTTTGCAGGAAGAAAATGGAGGTACATTTTCAATTGTAAATTATATTATTATTTTTCTGTAAACACTCAAAAATTATATCAATAAAATTAAATTCTTTT

>TRINITY_DN118318_c0_g1_i14 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TAATTATAGCCATATTTCTCGTCCTACGGACAGTTGCGTTTCTGCTTCATGGATAGCTCAAACAAAAAGATTTCCTGTGGACAGGCGGTTGTTTGTCTCGTCCCATTGTTTGCTCAAACAAAAAAGTGGGCTATAATAATTCCAGCAATGATTTTCTAACACAATTCGGTGCTGGCGATCTTCTCCCATAATTTGCTCCA
ACAAAAAAATACTATTCTATGTAAAATATTGTTTATATTTACTGTGGAGTGTTTGATTTCAATAATAAGTTAAAGAAGGTGAAATGTTAAATTGGAGTTTTTATGTATAACAGGTGGAGAAGAGTGCAACCTATCTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGgtagccaattatttgaatgatttaaatatattgatagtc
acatatggaaatcttattataaattttacatagttttggtgtgtaacagGTAGATGAAGAGTGCAAATTATTTTATTTCTGAGAGTGCTTTGCACGAGAGTGCTTTGAAGAAGATTAGTAAAAAATAGAGGTGGAAAAGGGCTTTGCAGGAAGAAAATGGAATTACATTTTTAATTGTAAATTATATTATTATTTTTCTG
TAAACACTCAAAAATTATATCAATAAAATTAAATTCTTTTTAGGGGAAGGGGCATGCCCCTTTTCCCAAATCCTTAAGGATAGCCATGGCCAGCTATCTTTAAGGAGTGTTTCCTGTTGTTTTGTTTTGAC

Intron 2 GTAAAATATT ... TGTATAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.31	1	12	5
A2	100	0	11	5
A3	100	0	8	2
A4	82.61	4	19	1
A5	100	0	1	5
A6	83.33	1	5	3
A7	100	0	5	0
A8	100	0	3	1
A9	70.59	5	12	2
A10	80	1	4	2

>TRINITY_DN44672_c1_g1_i23 from sample A6 / Example spliced isoform

GTCGCAACAGGCAACACAGGGACCTTCAGTGTATTTTCTAAAATGTACAAAGATCCTCCCATGGACAATGGACTGCTTAGCTCCTGCAATTTGCTCAAACTCAAACAAAAGGCTAGCCCATTTCAAACTCAAACAGAAAAATTCGGCCATTTCAAAATATGTTTTGATATATCTCTTCTCGGTATTGAAAGAGTGTTAAA
AAGTATCTCTTGATGTATTTCTATATACTCATTATTTAAGTAGGGTTAAAAATTATGCCTTGATATACTTATATTTCCATTACTCATTATTGAAGTGTAGTGGTGTGCCCTAAAATATGCTTTGGAATATAATTACAGCCATATTTCTCGTCCGACGGGCAGTTGCTTTTCTGCTCCATGGATAGCTCAAACAAAAAGAT
TTCCTGTGGACAGCCAGTTGTTTGCTAACATGATAATTCCAGTAATGATTTCCTAACACGATTCGGTTCTGGCGATCTTCTCCACCCATAATTTGCTCAAACAAAACAATACTATGTGGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGTTTTGGTGTAACAGGTAGATGAAGAGTGCAAAT

>TRINITY_DN44672_c1_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTCGCAACAGGCAACACAGGGACCTTCAGTGTATTTTCTAAAATGTACAAAGATCCTCCCATGGACAATGGACTGCTTAGCTCCTGCAATTTGCTCAAACTCAAACAAAAGGCTAGCCCATTTCAAACTCAAACAGAAAAATTCGGCCATTTCAAAATATGTTTTGATATATCTCTTCTCGGTATTGAAAGAGTGTTAAA
AAGTATCTCTTGATGTATTTCTATATACTCATTATTTAAGTAGGGTTAAAAATTATGCCTTGATATACTTATATTTCCATTACTCATTATTGAAGTGTAGTGGTGTGCCCTAAAATATGCTTTGGAATATAATTACAGCCATATTTCTCGTCCGACGGGCAGTTGCTTTTCTGCTCCATGGATAGCTCAAACAAAAAGAT
TTCCTGTGGACAGCCAGTTGTTTGCTAACATGATAATTCCAGTAATGATTTCCTAACACGATTCGGTTCTGGCGATCTTCTCCACCCATAATTTGCTCAAACAAAACAATACTATgtaaaatattgtttatatttactgtggagtgtttgatttcaataataagttaaagaaggtgaaatgttaaattggagttttaagt
acaagtacagcttaattttattaattttttgtagaactaaaattatttttatgtataacagGTGGAGAAGAGTGCAACCTATCTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGTTTTGGTGTAACAGGTAGATGAAGAGTGCAAATGTAGCCAATTATTTGAATGATTTGTATAGATTTACATTTATTGTGAGTTACATATGGA
AATCTTATTATAAATTTTACATAGTTTTGGTGTAACAGGTAGAAATATATTGATAGTCACATATGGAAATCTTATTATAAATTTTACATAGTTTTGGTGTGTAACAGGTAGATGAAGAGTGATGAAGAATTATTATAACGAAAATAGAGGTGGAGAGTGCTTTGGAGAAGATTAGTAAATCATAGAGGTGGAAAAAGGGC
TTTGCATGAAGAAAATGGAATTACATTTTTAATTGTAAATTATATTATTATTTTT

Intron 3 GTAGCCAATT ... TTTTACATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.54	48.8	17.3	22.8
A2	47.59	33	17.8	30
A3	30.82	35.5	18.5	16
A4	35.02	25.5	13.3	13.8
A5	27.06	18.8	8.3	7
A6	14.86	120.3	16	21
A7	4.32	359.8	41	16.3
A8	5.73	452.3	45.5	27.5
A9	9.94	235.5	29	26
A10	7.18	290.5	30.5	22.5

>TRINITY_DN106897_c1_g1_i17 from sample A5 / Example spliced isoform

GCACAGCTATGGAGAAAATATAGGAGAATTAGTGCTCAAAAGTTGTTAAGAGAGTAGCACTGAATAGTATTTTTGGTTCTATGATTGTTTTGTATTTCTTTGTTTTGCTTGGAGCATGGCCATGCTTATTTGATTTTACTTTTCAGTCTGTGGATTTCTTTAATTCGTTTTAATGTTTATTGTTTGTTAATTCGTTCATT
TTTGTTTTGATTTTTGCTGCAATGTTGTGTGTTCGCTTCTTTTGACTCTGGTTTGGTGTGGTCGAGAAGGAAGACGAGGGGTTAAAAATATGGAGAAGTGGGTTAAAAATACAGAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGGAAGGTGGAGAAGAGCCAGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAATCGTAGA
CGCTGCCGAATTTCGGGATCGCAGGTGGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGTTTTGGTGTAACAGGTAGATGAAGAATTATTATAACGAAAATAGAGGTGGAGAGTGCTTTGGAGAAGATTAGTAAATCATAGAGGTGGAAAAAGGGCTTTGCATGAAGAAAATGGAATTACATTTTTA
ATTGTAAATTATATTATTATTTTT

>TRINITY_DN106897_c1_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGGAAGGTGGAGAAGGGCGGGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAATCGTAGACGCTGCCGAATTTCGGGATCGCAGCCATATTTCACGTCCGACGGACAGTTGCATTTCTGCTCCATTGATAGCTCAAACAAAAAGATTTCCTGTGGACAGCCGGTTGTTTGTGT
CGTCCCATAATAATTCCAGCAATGATTTCCTAACACGATTCGGTGCTGGCGATCTTCTCCTCCCATAATTGGCGATCTTCTCCTCTATGTAAAATACTATTCTATGTAAAATACTGTTTATATTTACTGTGGAGTGTTTGATTTAAATAATAAGTTAAAGAAGGTGAAATGTTAAATTGGAGTTTTTATGTATAACAGGT
GGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGgtagccaattatttgaatgatttgtatagatttacatttattgtgagttacatatggaaatcttattataaattttacatagTTTTGGTGTAACAGGTAGATGAAGAATTATTATAACGAAAATAGAGGTGGAGAGTGCTTTGGAGAAGATTAG
TAAATCATAGAGGTGGAAAAAGGGCTTTGCATGAAGAAAATGGAATTACATTTTTATGAAGAGTGCAAATTATTTTATTTCTGAGAGTGCTTTGCACGAGAGTGCTTTGAAGAAGATTAGTAAAAAATAGAGGTGGAAAAGGGCTTTGCAGGAAGAAAATGGAGGTACATTTTCAATTGTAAATTATATTATTATTTTT

Intron 4 GTAATGATTT ... TGTATAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	91.3	2	21	5
A2	100	0	10	5
A3	76.47	4	13	2
A4	100	0	18	1
A5	83.33	1	5	5
A6	62.5	3	5	3
A7	90.91	1	10	0
A8	100	0	4	1
A9	92.31	1	12	2
A10	100	0	4	2

>TRINITY_DN44672_c1_g1_i15 from sample A6 / Example spliced isoform

AGTTGTGTGTTCGCTTCTGTTGACTCTGGTTTGGTTTGGTCGAGAAGGAAGATGAGGGTTTAAAAATATGGAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGGAAGGTGGAGAAGGGCGGGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAATCGTAGACGCTGCCGAATTTCGGGATCGCAGCCATATTTCTCGTCCGACG
GGCAGTTGCTTTTCTGCTCCATGGATAGCTCAAACAAAAAGATTTCCTGTGGACAGCCAGTTGTTTGCTAACATGATAATTCCAGTGGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGGTAGATGAAGA

>TRINITY_DN44672_c1_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTCGCAACAGGCAACACAGGGACCTTCAGTGTATTTTCTAAAATGTACAAAGATCCTCCCATGGACAATGGACTGCTTAGCTCCTGCAATTTGCTCAAACTCAAACAAAAGGCTAGCCCATTTCAAACTCAAACAGAAAAATTCGGCCATTTCAAAATATGTTTTGATATATCTCTTCTCGGTATTGAAAGAGTGTTAAA
AAGTATCTCTTGATGTATTTCTATATACTCATTATTTAAGTAGGGTTAAAAATTATGCCTTGATATACTTATATTTCCATTACTCATTATTGAAGTGTAGTGGTGTGCCCTAAAATATGCTTTGGAATATAATTACAGCCATATTTCTCGTCCGACGGGCAGTTGCTTTTCTGCTCCATGGATAGCTCAAACAAAAAGAT
TTCCTGTGGACAGCCAGTTGTTTGCTAACATGATAATTCCAgtaatgatttcctaacacgattcggttctggcgatcttctccacccataatttgctcaaacaaaacaatactatgtaaaatattgtttatatttactgtggagtgtttgatttcaataataagttaaagaaggtgaaatgttaaattggagttttaagt
acaagtacagcttaattttattaattttttgtagaactaaaattatttttatgtataacagGTGGAGAAGAGTGCAACCTATCTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGTTTTGGTGTAACAGGTAGATGAAGAGTGCAAATGTAGCCAATTATTTGAATGATTTGTATAGATTTACATTTATTGTGAGTTACATATGGA
AATCTTATTATAAATTTTACATAGTTTTGGTGTAACAGGTAGAAATATATTGATAGTCACATATGGAAATCTTATTATAAATTTTACATAGTTTTGGTGTGTAACAGGTAGATGAAGAGTGATGAAGAATTATTATAACGAAAATAGAGGTGGAGAGTGCTTTGGAGAAGATTAGTAAATCATAGAGGTGGAAAAAGGGC
TTTGCATGAAGAAAATGGAATTACATTTTTAATTGTAAATTATATTATTATTTTT

Intron 5 GTTTGTAATG ... CTGAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.53	55.4	33.4	32.1
A2	56.94	26	33.3	34.5
A3	49.09	42.1	40.1	55.6
A4	44.22	29	23.1	18.1
A5	48.55	21.3	19.7	11.7
A6	15.25	100.9	18.4	41.1
A7	12.2	262.5	35.8	99.6
A8	12.28	354.5	50.1	68.3
A9	14.67	162.8	28	57
A10	13.59	237.4	38	67

>TRINITY_DN119045_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

GCGGATTTTAAACCTATCAATAAGGGGATTCCAAAGATCAATAAACATAAAGCAAAATTTGAAATCGTTGATGGCAAATAGAGGAAAGCATTTGTTAGCATCGCTGGGAGAAGGAAATAGGAGGAGCGGAGCAGAGTTTAGGGTTTGTAAACTGCAGAGCTGAGCAGGTGTTTAGGTTTGCAATTTTGGGAGGAAAAAGT
TGAAGATTCACAGCTATGGAGAAAATATAGGAGAATTAGTGCTCAAAAGTTGTTAAGAGAGTAGCACTGAATAATTTTTGTGGTTCTATGATTGTTTTGTATTTCTTTGTTTTGCTTGGAGCATGGCCATGCTTATTTGATTTTACTTTTCAGTCTGTGGATTTCTTTAATTCGTTTTAATGTTTTTTGTTTGTTAATTC
GTTCATTTTTGTTTTGATTTTTGCTGCAATGTTGTGTGTTCGCTTCTTTTGACTCTGGTTTGGTGTGGTCGAGAAGGAAGACGAGGGGTTAAAAATATGGAGAAGTGGGTTAAAAATACAGAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGGAAGGTGGAGAAGAGCCAGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAA
TCGCAGACGCTGCCGAATTTCGGGATCGCAGGTGGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGGTAGCCAATTATTTGAATGATTTGTATAGATTTACATTTATTGTGAGTTACATATGGAAATCTTATTATAAATTTTACATAGTTTTGGTGTAACAGGTAGATGAAGAGTGCAAATTATTTA
TTATTATAACGAAAATAGAGGTGGAGAGTGCTTTGGAGAAGATTAGTAAATCATAGAGGTGGAAAAAGGGCTTTGCATGAAGAAAATGGAATTACATTTTTAATTGTAAATTATATTATTATTTTTCTGTAAACACTCAAAAATTATATCAATAAAATTAAATTCTTTTTAGGGGAAGGGGCATGCCCCTTTTCCCAAAT
CCTTAAGGATAGCCATGGCCAGCTATCTTTAAGGAGGAGTGTTTCCTGTTGTATTGTTATATCAATAAAATTAAATTCTTTTTAGGGGAAGGGGCATGCCCCTTTTCCCAAATCCTTAAGGATAGCCATGGCCAGCTATCTTTAAGGAGGAGTGTTTCCTGTTGTATTGTTATATCAATAAAATTAAATTCT

>TRINITY_DN119045_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCGGATTTTAAACCTATCAATAAGGGGATTCCAAAGATCAATAAACATAAAGCAAAATTTGAAATCGTTGATGGCAAATAGAGGAAAGCATTTGTTAGCATCGCTGGGAGAAGGAAATAGGAGGAGCGGAGCAGAGTTTAGGGTTTGTAAACTGCAGAGCTGAGCAGGTGTTTAGGTTTGCAATTTTGGGAGGAAAAAGT
TGAAGATTCACAGCTATGGAGAAAATATAGGAGAATTAGTGCTCAAAAGTTGTTAAGAGAGTAGCACTGAATAATTTTTGTGGTTCTATGATTGTTTTGTATTTCTTTGTTTTGCTTGGAGCATGGCCATGCTTATTTGATTTTACTTTTCAGTCTGTGGATTTCTTTAATTCGTTTTAATGTTTTTTGTTTGTTAATTC
GTTCATTTTTGTTTTGATTTTTGCTGCAATGTTGTGTGTTCGCTTCTTTTGACTCTGGTTTGGTGTGGTCGAGAAGGAAGACGAGGGGTTAAAAATATGGAGAAGTGGGTTAAAAATACAGAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGGAAGGTGGAGAAGgtttgtactgtcttaattaatatgtaaatttctgta
atccattatcatattgcatttttcactatgttctgtatttgtccccgagtgcagggcgggagctacaagacctatttcataatgttctggtttgtccctgagtgcagAGCCAGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAATCGCAGACGCTGCCGAATTTCGGGATCGCAGGTGGAGAAGAGTGCAACC

Intron 6 GTAGCCAATT ... GGTGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.89	49.5	23	27.5
A2	45.85	41.5	22	35
A3	40.3	35.5	26	24
A4	42.81	26.5	15	19.5
A5	26.34	22	9.5	8
A6	18.99	146.5	31.5	35
A7	9.82	366	91	41
A8	13.38	483	99	76.5
A9	16.36	242.5	50	47.5
A10	10.32	306	64.5	36

>TRINITY_DN119045_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GCGGATTTTAAACCTATCAATAAGGGGATTCCAAAGATCAATAAACATAAAGCAAAATTTGAAATCGTTGATGGCAAATAGAGGAAAGCATTTGTTAGCATCGCTGGGAGAAGGAAATAGGAGGAGCGGAGCAGAGTTTAGGGTTTGTAAACTGCAGAGCTGAGCAGGTGTTTAGGTTTGCAATTTTGGGAGGAAAAAGT
TGAAGATTCACAGCTATGGAGAAAATATAGGAGAATTAGTGCTCAAAAGTTGTTAAGAGAGTAGCACTGAATAATTTTTGTGGTTCTATGATTGTTTTGTATTTCTTTGTTTTGCTTGGAGCATGGCCATGCTTATTTGATTTTACTTTTCAGTCTGTGGATTTCTTTAATTCGTTTTAATGTTTTTTGTTTGTTAATTC
GTTCATTTTTGTTTTGATTTTTGCTGCAATGTTGTGTGTTCGCTTCTTTTGACTCTGGTTTGGTGTGGTCGAGAAGGAAGACGAGGGGTTAAAAATATGGAGAAGTGGGTTAAAAATACAGAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGGAAGGTGGAGAAGAGCCAGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAA
TCGCAGACGCTGCCGAATTTCGGGATCGCAGGTGGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGGTAGATGAAGAGTGCAAATTATTTATTATTATAACGAAAATAGAGGTGGAGAGTGCTTTGGAGAAGATTAGTAAATCATAGAGGTGGAAAAAGGGCTTTGCATGAAGAAAATGGAATTACA
TTTTTAATTGTAAATTATATTATTATTTTTCTGTAAACACTCAAAAATTATATCAATAAAATTAAATTCTTTTTAGGGGAAGGGGCATGCCCCTTTTCCCAAATCCTTAAGGATAGCCATGGCCAGCTATCTTTAAGGAGGAGTGTTTCCTGTTGTATTGTTATATCAATAAAATTAAATTCTTTTTAGGGGAAGGGGCA
TGCCCCTTTTCCCAAATCCTTAAGGATAGCCATGGCCAGCTATCTTTAAGGAGGAGTGTTTCCTGTTGTATTGTTATATCAATAAAATTAAATTCT

>TRINITY_DN119045_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCGGATTTTAAACCTATCAATAAGGGGATTCCAAAGATCAATAAACATAAAGCAAAATTTGAAATCGTTGATGGCAAATAGAGGAAAGCATTTGTTAGCATCGCTGGGAGAAGGAAATAGGAGGAGCGGAGCAGAGTTTAGGGTTTGTAAACTGCAGAGCTGAGCAGGTGTTTAGGTTTGCAATTTTGGGAGGAAAAAGT
TGAAGATTCACAGCTATGGAGAAAATATAGGAGAATTAGTGCTCAAAAGTTGTTAAGAGAGTAGCACTGAATAATTTTTGTGGTTCTATGATTGTTTTGTATTTCTTTGTTTTGCTTGGAGCATGGCCATGCTTATTTGATTTTACTTTTCAGTCTGTGGATTTCTTTAATTCGTTTTAATGTTTTTTGTTTGTTAATTC
GTTCATTTTTGTTTTGATTTTTGCTGCAATGTTGTGTGTTCGCTTCTTTTGACTCTGGTTTGGTGTGGTCGAGAAGGAAGACGAGGGGTTAAAAATATGGAGAAGTGGGTTAAAAATACAGAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGGAAGGTGGAGAAGAGCCAGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAA
TCGCAGACGCTGCCGAATTTCGGGATCGCAGGTGGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGgtagccaattatttgaatgatttgtatagatttacatttattgtgagttacatatggaaatcttattataaattttacatagttttggtgtaacagGTAGATGAAGAGTGCAAATTATTTA
TTATTATAACGAAAATAGAGGTGGAGAGTGCTTTGGAGAAGATTAGTAAATCATAGAGGTGGAAAAAGGGCTTTGCATGAAGAAAATGGAATTACATTTTTAATTGTAAATTATATTATTATTTTTCTGTAAACACTCAAAAATTATATCAATAAAATTAAATTCTTTTTAGGGGAAGGGGCATGCCCCTTTTCCCAAAT
CCTTAAGGATAGCCATGGCCAGCTATCTTTAAGGAGGAGTGTTTCCTGTTGTATTGTTATATCAATAAAATTAAATTCTTTTTAGGGGAAGGGGCATGCCCCTTTTCCCAAATCCTTAAGGATAGCCATGGCCAGCTATCTTTAAGGAGGAGTGTTTCCTGTTGTATTGTTATATCAATAAAATTAAATTCT

Intron 7 GTAGCCAATT ... TAACAGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.29	48	16	0
A2	14.29	33	11	0
A3	13.25	36	9	2
A4	1.96	25	1	0
A5	9.52	19	4	0
A6	7.34	120	9	10
A7	2.71	359	3	17
A8	3.32	451	7	24
A9	4.28	235	3	18
A10	2.89	286	0	17

>TRINITY_DN106897_c1_g1_i17 from sample A5 / Example spliced isoform

GCACAGCTATGGAGAAAATATAGGAGAATTAGTGCTCAAAAGTTGTTAAGAGAGTAGCACTGAATAGTATTTTTGGTTCTATGATTGTTTTGTATTTCTTTGTTTTGCTTGGAGCATGGCCATGCTTATTTGATTTTACTTTTCAGTCTGTGGATTTCTTTAATTCGTTTTAATGTTTATTGTTTGTTAATTCGTTCATT
TTTGTTTTGATTTTTGCTGCAATGTTGTGTGTTCGCTTCTTTTGACTCTGGTTTGGTGTGGTCGAGAAGGAAGACGAGGGGTTAAAAATATGGAGAAGTGGGTTAAAAATACAGAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGGAAGGTGGAGAAGAGCCAGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAATCGTAGA
CGCTGCCGAATTTCGGGATCGCAGGTGGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGTTTTGGTGTAACAGGTAGATGAAGAATTATTATAACGAAAATAGAGGTGGAGAGTGCTTTGGAGAAGATTAGTAAATCATAGAGGTGGAAAAAGGGCTTTGCATGAAGAAAATGGAATTACATTTTTA
ATTGTAAATTATATTATTATTTTT

>TRINITY_DN106897_c1_g1_i10 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GCATTGATTGTAACTCTCTCATTTAAGCATTGATTGTAACTCTCTCATTTAAGCATTGATTGTAACTCTCTCATTAACCAATTCATTGCGAATTAGTGGTTAAGTTTTTGGTCATGTAACCTATTGTGAATGCCAATGGACTGTTGCAATGAATAAGGATACGTGAGACGACGACCTTTAAAGTGCACATATCGTCACAA
CATCCGAGCCCTCAATTTACTTGCAACAATTATTATTATTAATTTGGCATTGGGGCTGCCTTAAAAAGGGCATAAACAATCACAACAATCGACTGCTTACCTCCTGCAGTTTGCTCAAACTCAAACAATCAAACAAAAGACTAGGCCATTTCAAACTCAAACAAAAAGACTCGGCCATTTCAAAAAATGTTTTGATATAT
CTTTTCTCGGTATTGAAAGAGAGATGTATTTCTATATTCATTATTTAAGTAGGGTTAAAAAATATGCCTCGATATACTTATATTTCCATATATTTCCATTACTCATTATTGAAGTGTAGTGGTGTGCCCTAAAATATGCTTTGGAATTATAATTATAGCCATATTTCACGTCCGACGGACAGTTGCATTTCTGCTCCATT
GATAGCTCAAACAAAAAGATTTCCTGTGGACAGCCGGTTGTTTGTGTCGTCCCATAATAATTCCAGCAATGATTTCCTAACACGATTCGGTGCTGGCGATCTTCTCCTCCCATAATTGGCGATCTTCTCCTCTATGTAAAATACTATTCTATGTAAAATACTGTTTATATTTACTGTGGAGTGTTTGATTTAAATAATAA
GTTAAAGAAGGTGAAATGTTAAATTGGAGTTTTAAGTACAAGTACAGCTTAATTTTTATTAATTTTTTGTAGAACTAAAATTATTTTTATGTATAACAGGTGGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGgtagccaattatttgaatgatttgtatagatttacatttattgtgagttacat
atggaaatcttattataaattttacatagaaatatattgatagtcacatatggaaatcttattataaattttacatagttttggtgtgtaacaggtagTTTTGGTGTAACAGGTAGATGAAGAATTATTATAACGAAAATAGAGGTGGAGAGTGCTTTGGAGAAGATTAGTAAATCATAGAGGTGGAAAAAGGGCTTTGC
ATGAAGAAAATGGAATTACATTTTTATGAAGAGTGCAAATTATTTAATTGTAAATTATATTATTATTTTTCTGTAAACACTCAAAAATTATATCAATAAAATTAAATTCTTTTTAGGGGAAGGGGCATGCCCCTTTTCCCAAATCCTTAAGGATAGCCATGGCCAGCTATCTTTGAGGAGTGTTTTTTAGTGTTTTGTTT
TGACAATGTTTTTTATTCAGTTTTTTAAGTTTTTTAAATTGGTTTAATTAGATACCATTATTATTTTTATTTTTCTTTAAATAATATTTAAAAATTTAATAATAATTATATTTTAAATTTAATGGAAG

Intron 8 GTTTGTAATG ... CTGAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.2	58	49.4	36.4
A2	59.49	28.6	32	32.8
A3	57.3	35.8	38.8	45.6
A4	57.03	27.8	30.6	26.4
A5	54.03	20	20.2	14.4
A6	23.69	74.4	14	13.6
A7	27.15	227.4	39.4	38
A8	25.81	252	41	27
A9	27.32	136.4	29.8	26.8
A10	28.44	184.2	36.4	25.4

>TRINITY_DN111290_c2_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

TTTTTTTGGTTCTATGATTGTTTTGTATTTCTTTGTTTTGCTTGGAGCATGGCCATGCTTATTTGATTTTACTTTTCAGTCTGTGGATTTCTTTAATTCGTTTTAATGTTTTTTGTTTGTTAATTCGTTCATTTTTGTTTTGATTTTTGCTGCGATGTTGTGTGTTCGCTTCTGTTGACTCTGGTTTGGTTTGGTCGAGA
AGGAAGATGAGGGTTTAAAAATATGGAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGGAAGGTGGAGAAGGGCGGGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAATCGCAGACGCTGCCGAATTTCGGGATCGCAGGTGGGTTTTCATGTTTAAAGGCTTTGTTATATTGATGAAATACTCTTAAATTTAGTTATTTAGC
ACAATCCTTTTAAGTTTTATTAGTTTTGTGGTTAGAATAGATTCAAATAAGAGGATGAAAGCTCATATGCGTGCATAAAAATACCAGGCTTAACATATATATGTGTTTACAGTTTTTATTTATCCTTTTCAAAATCCAATTCCAATTTCATGCGAG

>TRINITY_DN111290_c2_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTTTTTTGGTTCTATGATTGTTTTGTATTTCTTTGTTTTGCTTGGAGCATGGCCATGCTTATTTGATTTTACTTTTCAGTCTGTGGATTTCTTTAATTCGTTTTAATGTTTTTTGTTTGTTAATTCGTTCATTTTTGTTTTGATTTTTGCTGCGATGTTGTGTGTTCGCTTCTGTTGACTCTGGTTTGGTTTGGTCGAGA
AGGAAGATGAGGGTTTAAAAATATGGAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGGAAGGTGGAGAAGgtttgtactgtcttaattaatatgtaaatttctgtaatccattacatcatattgcatttttcaccatgttctgttttgtcctgagtgcagGGCGGGAGCTACAAGACCTATTTCATAATGTTCTGGTTTGT
CCCTGAGTGCAGAGCCAGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAATCGCAGACGCTGCCGAATTTCGGGATCGCAGGTGGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAGGTAGATGAAGAGTGCAAATTATTTTATTTCTGAGAGTGCTTTGCACGAGAGT

Intron 9 GTTTGTACTG ... CCGAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.02	40.2	29.7	28.3
A2	61.37	31.5	28.8	43.8
A3	69.1	33	36.5	67.9
A4	53.7	26.9	21.3	27.1
A5	57.35	13.8	17.4	16.3
A6	33.13	69	13.4	24.6
A7	32.34	184.8	26.8	50.7
A8	26.05	196	34.3	33.6
A9	36.94	106.6	21.5	43.1
A10	31.74	156.8	27.4	41.8

>TRINITY_DN118318_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoform

GTAGTGTGTAAGCGGATTTTAATTACCACATGGGGTAGCGTGTAAGCGGATTTCAAACCTATCAATAAGGGGATTCCAAAGATCAATAAACATAAAGCGAAATTTGAACTCGTAGATGGCAAATAGAGGAATAGCAGCATTTGTTAGCGTCGCTGAGAAAAGGAAATAGAGGAGCGGAGCATATTTTAGGGTTTGTAAAA
TGTAGAGCTGAGCAGGTGTTTGGGTCTGCAATTTTGGGAGGAACAAGTTGAAGATGCACAGCTATGGAGAAAATATAGGAGAATTAGTGCTCAGAAGTTGTTAAGAGAGTAGCACTGAATGGTTTTTTTGGTTCTATGATTGTTTTGTATTTCTTTGTTTTGCTTGGAGCATGGCCATGCTTATTTGATTTTACTTTTCA
GTCTGTGGATTTCTTTAATTCGTTTTAATGTTTTTTGTTTGTTAATTCGTTCATTTTTGTTTTGATTTTTGCTGCAATGTTGTGTGTTCGCTTCTTTTGACTCTGGTTTGGTGTGGTCGAGAAGGAAGACGAGGGGTTAAAAATATGGAGAAGTGGGTTAAAAATACAGAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGG
AAGGTGGAGAAGGGCGGGAGCTACAAGACCTATTTCATAATGTTCTGGTTTGTCCCTGAGTGCAGAGCCAGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAATCGCAGACGCTGCCGAATTTCGGGATCGCAGGTGGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAG

>TRINITY_DN118318_c0_g1_i18 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTAGTGTGTAAGCGGATTTTAATTACCACATGGGGTAGCGTGTAAGCGGATTTCAAACCTATCAATAAGGGGATTCCAAAGATCAATAAACATAAAGCGAAATTTGAACTCGTAGATGGCAAATAGAGGAATAGCAGCATTTGTTAGCGTCGCTGAGAAAAGGAAATAGAGGAGCGGAGCATATTTTAGGGTTTGTAAAA
TGTAGAGCTGAGCAGGTGTTTGGGTCTGCAATTTTGGGAGGAACAAGTTGAAGATGCACAGCTATGGAGAAAATATAGGAGAATTAGTGCTCAGAAGTTGTTAAGAGAGTAGCACTGAATGGTTTTTTTGGTTCTATGATTGTTTTGTATTTCTTTGTTTTGCTTGGAGCATGGCCATGCTTATTTGATTTTACTTTTCA
GTCTGTGGATTTCTTTAATTCGTTTTAATGTTTTTTGTTTGTTAATTCGTTCATTTTTGTTTTGATTTTTGCTGCAATGTTGTGTGTTCGCTTCTTTTGACTCTGGTTTGGTGTGGTCGAGAAGGAAGACGAGGGGTTAAAAATATGGAGAAGTGGGTTAAAAATACAGAGAAGTGGGCATCATTGGGTGGCTAACTGGG
AAGGTGGAGAAGgtttgtactgtcttaattaatatgtaaatttctgtaatccattatcatattgcatttttcactatgttctgtatttgtccccgagtgcagGGCGGGAGCTACAAGACCTATTTCATAATGTTCTGGTTTGTCCCTGAGTGCAGAGCCAGAGCTACAAGACCAATAATTAGGTGCAGAAATCGCAGACG
CTGCCGAATTTCGGGATCGCAGGTGGAGAAGAGTGCAACCAATTTTTGAAGCCGCGTTGAATAAGAAAAG