NA ----> NA

Intron 1 GTAAACCCTG ... TCTATTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	7	10	11
A2	28	18	10	4
A3	36.59	13	10	5
A4	76.92	3	19	1
A5	55.56	4	7	3
A6	21.84	34	11	8
A7	30.67	26	10	13
A8	20.69	23	3	9
A9	20.59	27	5	9
A10	20	10	3	2

>TRINITY_DN95401_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GTGGAAGAAAAAAGTAGGGTATTACCGTCTGTCAACTGTCGTCTCGCAGTTGCTGCAAGGGGGTAGCGCGTAGCCCGCAACAGCGATTGCAGCTGTTTTCCCATAAGTGCGAGAAAGCTCTATTGGGAGTTGCCATCGTATGCCTACGGATCTTCAGATTTGAAATTAAAATCTGTTCGTAGGGCGCCATCTTATTTTTC
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GAATGAACAGTATGAATTAGATAAAAAAACCCTTTATTGATCTAACTAAAAACACAACATGGATTAAAACGCAGGAAATATATTTTTTCAAAATCAAAATTTCCTAGCATTAAGC

>TRINITY_DN95401_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTGGAAGAAAAAAGTAGGGTATTACCGTCTGTCAACTGTCGTCTCGCAGTTGCTGCAAGGGGGTAGCGCGTAGCCCGCAACAGCGATTGCAGCTGTTTTCCCATAAGTGCGAGAAAGCTCTATTGGGAGTTGCCATCGTATGCCTACGGATCTTCAGATTTGAAATTAAAATCTGTTCGTAGGGCGCCATCTTATTTTTC
TGGCTTTTTCCCGAACAATGCTGgtaaaccctgttttatactaatgtttgcttattccttttgaatgttttggtgcgccttatgttttagttttatcgggatggaatcgtgttggttctttgcctgcaggcactttaataggggtttaaagacaaatgggttttgcttgattttttttgtgatttggttgccttttcttg
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TCTGTTTCTGTTGGTTGGATGCAGAGAAATGCACTTTTTTCGAAGCTGATTCACTTTTGCCCGATAAACATTATATTGTTGTAGTGGTCGACTATAACACATTGACATACCAATTGTGTAACGATCTGACACTTCTTTGTAATGAATGAACAGTATGAATTAGATAAAAAAACCCTTTATTGATCTAACTAAAAACACAA
CATGGATTAAAACGCAGGAAATATATTTTTTCAAAATCAAAATTTCCTAGCATTAAGC

Intron 2 GTAAACCCTG ... TCTATTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	7	10	11
A2	28	18	10	4
A3	36.59	13	10	5
A4	76.92	3	19	1
A5	55.56	4	7	3
A6	20.93	34	11	7
A7	30.67	26	10	13
A8	20.69	23	3	9
A9	20.59	27	5	9
A10	20	10	3	2

>TRINITY_DN107482_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GGTTTGTAGGTTCTATAAGGTGGAAGAAAAAAGTAGGGTATTACCGTCTGTCAACTGTCGTCTCGCAGTTGCTGCAAGGGGGTAGCGCGTAGCCCGCAACAGCGATTGCAGCTGTTTTCCCATAAGTGCGAGAAAGCTCTATTGGGAGTTGCCATCGTATGCCTACGGATCTTCAGATTTGAAATTAAAATCTGTTCGTA
GGGCGCCATCTTATTTTTCTGGCTTTTTCCCGAACAATGCTGATGGAGATGACGTACCTCCCACATCACCCAGTCTTCTGTTTCTGTTGGTTGGATGCAGAGAAATGCACTTTTTTCGAAGCTGATTCACTTTTGCCCGATAAACATTATATTGTTGTAGTGGTCGACTATAACACATTGACA

>TRINITY_DN107482_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGTTTGTAGGTTCTATAAGGTGGAAGAAAAAAGTAGGGTATTACCGTCTGTCAACTGTCGTCTCGCAGTTGCTGCAAGGGGGTAGCGCGTAGCCCGCAACAGCGATTGCAGCTGTTTTCCCATAAGTGCGAGAAAGCTCTATTGGGAGTTGCCATCGTATGCCTACGGATCTTCAGATTTGAAATTAAAATCTGTTCGTA
GGGCGCCATCTTATTTTTCTGGCTTTTTCCCGAACAATGCTGgtaaaccctgttttatactaatgtttgcttattccttttgaaagttttggtgcgccttatgttttagttttatcgggatggaattgtgttggttctttgcctgcaggcactttaataggggtttaaagacaaatgggttttgcttgattttttttgtg
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atttttgttttgctttacttttttgattataccattacataattttgatgtcattttctcttaataatttcatatatagaggatgatgctgactattattgtgatcatgggcataatgaggaattatgcatctgagttgtaactttgatgagcgaaaacatatcctcctactcattctgaatgcccattagttttacgag
ttattttcacctctattctacgtgtctggtctgtttttgtatttgtggaatgcttatacagtgttctccccagataacttttgatggtccgttggatggtcgctatagttctgatgtatgatttgtttttgttttggcactgtgaggaatagtgtatattgaggatgaatatcccatgcaacgaaacgaaagtccttttc
attctgagtgccttaagattttattccaacaatttgccttgctggacttgaaattgaacggatgttagtttgagtagatcgataatcgtatgagatgaaatggaacagttggtatgttgagtagatcaagaatctatgtttatagttcccttggattataatttccatccaactaaaagtgtcatgatttatctattata
gATGGAGATGACGTACCTCCCACATCACCCAGTCTTCTGTTTCTGTTGGTTGGATGCAGAGAAATGCACTTTTTTTCGAAGCTGATTCACTTTTGCCCGATAAACATTATATTGTTGTAGTGGTCGACTATAACACATTGACA