sp|Q9C5Z2|EIF3H_ARATH ----> Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H

Intron 1 GTATTTTCAC ... ATAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.83	77	17	26
A2	22.89	64	11	27
A3	27.45	74	15	41
A4	20.86	55	8	21
A5	23.29	28	1	16
A6	24.39	186	36	84
A7	24.65	188	32	91
A8	23.43	134	22	60
A9	24.96	221	64	83
A10	24.89	166	42	68

>TRINITY_DN124094_c2_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

AAACCATCGATAAACAAAACAACAATACCACACATACACTCACTCGCAGCTTCTACCAGAAACAGACTGTCTTCGCTTTTCCCCTGCTTTGCGATCCGCCCCTCTTCATTATATCGGTCTGCAACACAGCCATGGCGGAATTCATGGCTCAAACTGGGATGAGGTCGTTTGCACAGGCTGCTGCCTCGGAAGAGGTGGCC
GCTCCACTTAGAACAGTTCAGATTGATGGATTGGTCGTATTGAAAATTATAAAGCACTGCAAAGAATGTTCGACTGCTCTTGTCACCGGGCAACTTTTGGGTTTGGATATTGGAAGCGTTCTGGAGGTCACCAACTGTTTCCCATTCCCGAGCCGCGGAACGGAAGAGGAAGATGAAACCGATGCTGATGGGGCAAATTA
TCAACTTGAAATGATGAGATGCCTGCGAGAAGTGAATGTCGATAACAACACTGTTGGATGGTACCAGTCCACTTTAATGGGTTCTTTTCAAACCGTGGAACTAATTGAGACGTTTATGAATTACCAGG

>TRINITY_DN124094_c2_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAACCATCGATAAACAAAACAACAATACCACACATACACTCACTCGCAGCTTCTACCAGAAACAGACTGTCTTCGCTTTTCCCCTGCTTTGCGATCCGCCCCTCTTCATTATATCGGTCTGCAACACAGCCATGGCGGAATTCATGGCTCAAACTGGGATGAGGTCGTTTGCACAGGCTGCTGCCTCGGAAGAGGTGGCC
GCTCCACTTAGAACAGTTCAGATTGATGGATTGgtattttcacttactttttagaaacatggtttttatttcgctctatatgttgcaatactgatttgacttatggaagtgaacaaataaatgcagGTCGTATTGAAAATTATAAAGCACTGCAAAGAATGTTCGACTGCTCTTGTCACCGGGCAACTTTTGGGTTTGGA
TATTGGAAGCGTTCTGGAGGTCACCAACTGTTTCCCATTCCCGAGCCGCGGAACGGAAGAGGAAGATGAAACCGATGCTGATGGGGCAAATTATCAACTTGAAATGATGAGATGCCTGCGAGAAGTGAATGTCGATAACAACACTGTTGGATGGTACCAGTCCACTTTAATGGGTTCTTTTCAAACCGTGGAACTAATTG
AGACGTTTATGAATTACCAGGAGAATATCAGAAGATGTGTCTGTATTATTTATGACCCAGAACGTTCAGGACAGGGTGTTTTGGCAATGAAGGCACTGAAGCTCCAGGACACTTTCATGGATCTCTACAAGAGTAACGATTTCACTGGAGAAAAGTTGAGGGAGAAGAATTTGACATGGGTGGATATATTTGAGGAGATT
CCTGTTAAAATTTCAAACTCTGCACTTGTTAGTTCAATTATGGCTGAGTTGGAAACTGATTCACCTGTTTCCCAGGGTGACTATGACAGGCTGGTTTTGTCCACAAATCCTTTTATGGAAAAGAATCTTGAGTTTTTAATTGATTGCATGGATGATCTTTCTATGGAACAACAGAAGTTTCAATATTATTATCGTAATCT
TTCACGACAGCAAGCTCAGCAGCAGGCTTGGTTGCAAAAAAGAAGAACAGACAACATGGCACGTAAAGCTGCTGGTGAAGAACCATTACCTGAAGAGGATCCTTCAAACCCTGTCTTCAAGCCAATTGTTGAACCCTCTAGGCTTGAGAGCTATCTCATCACCAATCAAGTTGCCAACTACTGTGACCAAATAAAGGGGT
TCTCTGGCCAGAGTTTTAGCAAACTATATTTGATGGAAGGAGTTCACAAGAGTTAAATATCTTATTGTGGTCATTGATGAAATGGCAATGGAGGATATTTATTTAGTTGTAATTGAAATCGATGAGGGCACAACTTTTTTTAATCTTGCAAATGGAATTCTTACTGAAATCATACCCAGGTGTGGACTTCGGTTCTGGCC
TAGGCAGAGATGTGAATTAGACACACAGTTCACGAGTTCCCAATTTTGAACTGTGGTTCGTAGCAGTTATTTTTGAGATTTGAATTAGATATTTTAATTTTATAATGACATTATTTTTCTTATCCTAGACAGCAGCACTGCG

Intron 2 GTACTCTCTT ... TTTTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.72	73	28	0
A2	33.33	50	25	10
A3	35.37	53	29	6
A4	31.51	50	23	1
A5	24.14	22	7	0
A6	25.37	200	68	0
A7	27.41	196	74	0
A8	22.76	190	56	2
A9	31.72	211	98	6
A10	26.76	156	57	1

>TRINITY_DN124094_c2_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

AAACCATCGATAAACAAAACAACAATACCACACATACACTCACTCGCAGCTTCTACCAGAAACAGACTGTCTTCGCTTTTCCCCTGCTTTGCGATCCGCCCCTCTTCATTATATCGGTCTGCAACACAGCCATGGCGGAATTCATGGCTCAAACTGGGATGAGGTCGTTTGCACAGGCTGCTGCCTCGGAAGAGGTGGCC
GCTCCACTTAGAACAGTTCAGATTGATGGATTGGTATTTTCACTTACTTTTTAGAAACATGGTTTTTATTTCGCTCTATATGTTGCAATACTGATTTGACTTATGGAAGTGAACAAATAAATGCAGGTCGTATTGAAAATTATAAAGCACTGCAAAGAATGTTCGACTGCTCTTGTCACCGGGCAACTTTTGGGTTTGGA
TATTGGAAGCGTTCTGGAGGTCACCAACTGTTTCCCATTCCCGAGCCGCGGAACGGAAGAGGAAGATGAAACCGATGCTGATGGGGCAAATTATCAACTTGAAATGATGAGATGCCTGCGAGAAGTGAATGTCGATAACAACACTGTTGGATGGTACCAGTCCACTTTAATGGGTTCTTTTCAAACCGTGGAACTAATTG
AGACGTTTATGAATTACCAGGAGAATATCAGAAGATGTGTCTGTATTATTTATGACCCAGAACGTTCAGGACAGGGTGTTTTGGCAATGAAGGCACTGAAGCTCCAGGACACTTTCATGGATCTCTACAAGAGTAACGATTTCACTGGAGAAAAGTTGAGGGAGAAGAATTTGACATGGGTGGATATATTTGAGGAGATT
CCTGTTAAAATTTCAAACTCTGCACTTGTTAGTTCAATTATGGCTGAGTTGGAAACTGATTCACCTGTTTCCCAGGGTGACTATGACAGGCTGGTTTTGTCCACAAATCCTTTTATGGAAAAGAATCTTGAGTTTTTAATTGATTGCATGGATGATCTTTCTATGGAACAACAGAAGTTTCAATATTATTATCGTAATCT
TTCACGACAGCAAGCTCAGCAGCAGGCTTGGTTGCAAAAAAGAAGAACAGACAACATGGCACGTAAAGCTGCTGGTGAAGAACCATTACCTGAAGAGGATCCTTCAAACCCTGTCTTCAAGCCAATTGTTGAACCCTCTAGGCTTGAGAGCTATCTCATCACCAATCAAGTTGCCAACTACTGTGACCAAATAAAGGGGT
TCTCTGGCCAGAGTTTTAGCAAACTATATTTGATGGAAGGAGTTCACAAGAGTTAAATATCTTATTGTGGTCATTGATGAAATGGCAATGGAGGATATTTATTTAGTTGTAATTGAAATCGATGAGGGCACAACTTTTTTTAATCTTGCAAATGGAATTCTTACTGAAATCATACCCAGGTGTGGACTTCGGTTCTGGCC
TAGGCAGAGATGTGAATTAGACACACAGTTCACGAGTTCCCAATTTTGAACTGTGGTTCGTAGCAGTTATTTTTGAGATTTGAATTAGATATTTTAATTTTATAATGACATTATTTTTCTTATCCTAGACAGCAGCACTGCG

>TRINITY_DN124094_c2_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTGTTTGAGAGCCTCCTCCGTGCTAGGGTTTTACCGTAAAAAGAGTCACTTTCCCAGCAACAATGGATTCCGCTCAGAGCCTTATTAGTTGCTTTCACCTGTCCCTGTGTTTAACATAGACGATCAAACTGTATAATGTAAAGCAACAATTAACAGCGAGTGTAAAGTTTGACATATCATCAATCTTGTTCTCATTTAAT
GTGGAGAGCATAATCATAAAAACTGAGAGCCGTATTTTGTTTGTTTTCTAAATCTGTTTGAATTTTGTTAGTTTGCATAATGTGATGACTTTATCCTTCTCTTGTTGCAGGAGAATATCAGAAGATGTGTCTGTATTATTTATGACCCAGAACGTTCAGGACAGGGTGTTTTGGCAATGAAGGCACTGAAGCTCCAGGAC
ACTTTCATGGATCTCTACAAGAGTAACGATTTCACTGGAGAAAAgtactctctttttttgtgctagcaattttggtaattatacattgatttgttgatttgagagaatctgaggaatcactttgaatgttgatcttttttacagGTTGAGGGAGAAGAATTTGACATGGGTGGATATATTTGAGGAGATTCCTGTATGTA
ATTGTTATGCTGCTCGATGTCATAAATAAACATTTGTTTGCCATTTCTTTATGAAAATTTAGCACACCAAAAAATATGAAAATAATTAATCTCTTGCATTGATAGCTTGTCTAATTCACTTTTAAACACATGCTTCTCTGGTTACAATTTGTTTCTTTTATGAGGAAGATTGTCTTATTTTCAGTGATATATTTTTAATT
GGAACAATGGACAAGAAGATTATGTTCTGGGGGAACATTCCAAAATAACAAATGTCTGACATTGACCTGCTGGCTGGCAATCTACCGAAACTGCCTTTTAGCAATCATCTAGATTACATGCATAAGAACTACTTAACACATGATATTCTCAAATTCTGAAGCCCTTGTATGTTTATCAATTATATTTGGACAGCATAGAG
AATCCAACAATAATGCATTTATTGGTCCTCGCCTGTATCTTGCTGCAAAATGAAAAAAAAATGTATTTTCTGCTCTTTTCACACTATTTCAAACCAAAAACTGAGTTTCTCATGCTTAACTATCATTTTGTATGAATATCATTGTCTGAATGAAGATTCTTGGAG

Intron 3 GTATGTGGTT ... TGATGATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.47	68	20	15
A2	18.39	71	18	14
A3	21.89	91	32	19
A4	19.42	56	14	13
A5	22	39	11	11
A6	17.51	245	65	39
A7	20.33	286	70	76
A8	16.71	177	44	27
A9	15.48	237.6	56	31
A10	17.01	161	37	29

>TRINITY_DN124094_c2_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

AAACCATCGATAAACAAAACAACAATACCACACATACACTCACTCGCAGCTTCTACCAGAAACAGACTGTCTTCGCTTTTCCCCTGCTTTGCGATCCGCCCCTCTTCATTATATCGGTCTGCAACACAGCCATGGCGGAATTCATGGCTCAAACTGGGATGAGGTCGTTTGCACAGGCTGCTGCCTCGGAAGAGGTGGCC
GCTCCACTTAGAACAGTTCAGATTGATGGATTGGTATTTTCACTTACTTTTTAGAAACATGGTTTTTATTTCGCTCTATATGTTGCAATACTGATTTGACTTATGGAAGTGAACAAATAAATGCAGGTCGTATTGAAAATTATAAAGCACTGCAAAGAATGTTCGACTGCTCTTGTCACCGGGCAACTTTTGGGTTTGGA
TATTGGAAGCGTTCTGGAGGTCACCAACTGTTTCCCATTCCCGAGCCGCGGAACGGAAGAGGAAGATGAAACCGATGCTGATGGGGCAAATTATCAACTTGAAATGATGAGATGCCTGCGAGAAGTGAATGTCGATAACAACACTGTTGGATGGTACCAGTCCACTTTAATGGGTTCTTTTCAAACCGTGGAACTAATTG
AGACGTTTATGAATTACCAGGAGAATATCAGAAGATGTGTCTGTATTATTTATGACCCAGAACGTTCAGGACAGGGTGTTTTGGCAATGAAGGCACTGAAGCTCCAGGACACTTTCATGGATCTCTACAAGAGTAACGATTTCACTGGAGAAAAGTTGAGGGAGAAGAATTTGACATGGGTGGATATATTTGAGGAGATT
CCTGTTAAAATTTCAAACTCTGCACTTGTTAGTTCAATTATGGCTGAGTTGGAAACTGATTCACCTGTTTCCCAGGGTGACTATGACAGGCTGGTTTTGTCCACAAATCCTTTTATGGAAAAGAATCTTGAGTTTTTAATTGATTGCATGGATGATCTTTCTATGGAACAACAGAAGTTTCAATATTATTATCGTAATCT
TTCACGACAGCAAGCTCAGCAGCAGGCTTGGTTGCAAAAAAGAAGAACAGACAACATGGCACGTAAAGCTGCTGGTGAAGAACCATTACCTGAAGAGGATCCTTCAAACCCTGTCTTCAAGCCAATTGTTGAACCCTCTAGGCTTGAGAGCTATCTCATCACCAATCAAGTTGCCAACTACTGTGACCAAATAAAGGGGT
TCTCTGGCCAGAGTTTTAGCAAACTATATTTGATGGAAGGAGTTCACAAGAGTTAAATATCTTATTGTGGTCATTGATGAAATGGCAATGGAGGATATTTATTTAGTTGTAATTGAAATCGATGAGGGCACAACTTTTTTTAATCTTGCAAATGGAATTCTTACTGAAATCATACCCAGGTGTGGACTTCGGTTCTGGCC
TAGGCAGAGATGTGAATTAGACACACAGTTCACGAGTTCCCAATTTTGAACTGTGGTTCGTAGCAGTTATTTTTGAGATTTGAATTAGATATTTTAATTTTATAATGACATTATTTTTCTTATCCTAGACAGCAGCACTGCG

>TRINITY_DN124094_c2_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAACCATCGATAAACAAAACAACAATACCACACATACACTCACTCGCAGCTTCTACCAGAAACAGACTGTCTTCGCTTTTCCCCTGCTTTGCGATCCGCCCCTCTTCATTATATCGGTCTGCAACACAGCCATGGCGGAATTCATGGCTCAAACTGGGATGAGGTCGTTTGCACAGGCTGCTGCCTCGGAAGAGGTGGCC
GCTCCACTTAGAACAGTTCAGATTGATGGATTGGTCGTATTGAAAATTATAAAGCACTGCAAAGAATGTTCGACTGCTCTTGTCACCGGGCAACTTTTGGGTTTGGATATTGGAAGCGTTCTGGAGGTCACCAACTGTTTCCCATTCCCGgtatgtggttatagtcacggtaattttattattgtgttctgtgatccgtg
ttaagtctgtttaatgcgatggttcggtaaggtgggagttttgttgttctgacaatctgtcctgatgattagAGCCGCGGAACGGAAGAGGAAGATGAAACCGATGCTGATGGGGCAAATTATCAACTTGAAATGATGAGATGCCTGCGAGAAGTGAATGTCGATAACAACACTGTTGGATGGTACCAGTCCACTTTAAT
GGGTTCTTTTCAAACCGTGGAACTAATTGAGACGTTTATGAATTACCAGGTATTTATTAAGGACTATCTCATTTATTTTTGCAAATTGTGAGTATTTATGGTGCACCGGCCTCATCTTTTTAACACCTTTTTTTTATATTCAGAAAATAAACACTGTTGCAGACACTTGATGTCTTTTGTTGAACAAAAGGACAAACATT
TAAAGGAAACAAATTTGGTTGCTTGCCTTTATTATACAAGGACAATTCATATAAATTTAAGTGCTCAAAGAACATCAGAGGACATGTATCATGATTCGC

Intron 4 GTACTCTTTA ... AATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.03	44	32	4
A2	37.7	57	44	25
A3	38.16	47	39	19
A4	33.33	34	18	16
A5	31.85	46	31	12
A6	23.93	178	66	46
A7	26.97	195	103	41
A8	24.52	254	92	73
A9	25.7	211	84	62
A10	22.9	133	48	31

>TRINITY_DN124094_c2_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

AAACCATCGATAAACAAAACAACAATACCACACATACACTCACTCGCAGCTTCTACCAGAAACAGACTGTCTTCGCTTTTCCCCTGCTTTGCGATCCGCCCCTCTTCATTATATCGGTCTGCAACACAGCCATGGCGGAATTCATGGCTCAAACTGGGATGAGGTCGTTTGCACAGGCTGCTGCCTCGGAAGAGGTGGCC
GCTCCACTTAGAACAGTTCAGATTGATGGATTGGTATTTTCACTTACTTTTTAGAAACATGGTTTTTATTTCGCTCTATATGTTGCAATACTGATTTGACTTATGGAAGTGAACAAATAAATGCAGGTCGTATTGAAAATTATAAAGCACTGCAAAGAATGTTCGACTGCTCTTGTCACCGGGCAACTTTTGGGTTTGGA
TATTGGAAGCGTTCTGGAGGTCACCAACTGTTTCCCATTCCCGAGCCGCGGAACGGAAGAGGAAGATGAAACCGATGCTGATGGGGCAAATTATCAACTTGAAATGATGAGATGCCTGCGAGAAGTGAATGTCGATAACAACACTGTTGGATGGTACCAGTCCACTTTAATGGGTTCTTTTCAAACCGTGGAACTAATTG
AGACGTTTATGAATTACCAGGAGAATATCAGAAGATGTGTCTGTATTATTTATGACCCAGAACGTTCAGGACAGGGTGTTTTGGCAATGAAGGCACTGAAGCTCCAGGACACTTTCATGGATCTCTACAAGAGTAACGATTTCACTGGAGAAAAGTTGAGGGAGAAGAATTTGACATGGGTGGATATATTTGAGGAGATT
CCTGTTAAAATTTCAAACTCTGCACTTGTTAGTTCAATTATGGCTGAGTTGGAAACTGATTCACCTGTTTCCCAGGGTGACTATGACAGGCTGGTTTTGTCCACAAATCCTTTTATGGAAAAGAATCTTGAGTTTTTAATTGATTGCATGGATGATCTTTCTATGGAACAACAGAAGTTTCAATATTATTATCGTAATCT
TTCACGACAGCAAGCTCAGCAGCAGGCTTGGTTGCAAAAAAGAAGAACAGACAACATGGCACGTAAAGCTGCTGGTGAAGAACCATTACCTGAAGAGGATCCTTCAAACCCTGTCTTCAAGCCAATTGTTGAACCCTCTAGGCTTGAGAGCTATCTCATCACCAATCAAGTTGCCAACTACTGTGACCAAATAAAGGGGT
TCTCTGGCCAGAGTTTTAGCAAACTATATTTGATGGAAGGAGTTCACAAGAGTTAAATATCTTATTGTGGTCATTGATGAAATGGCAATGGAGGATATTTATTTAGTTGTAATTGAAATCGATGAGGGCACAACTTTTTTTAATCTTGCAAATGGAATTCTTACTGAAATCATACCCAGGTGTGGACTTCGGTTCTGGCC
TAGGCAGAGATGTGAATTAGACACACAGTTCACGAGTTCCCAATTTTGAACTGTGGTTCGTAGCAGTTATTTTTGAGATTTGAATTAGATATTTTAATTTTATAATGACATTATTTTTCTTATCCTAGACAGCAGCACTGCG

>TRINITY_DN124094_c2_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAACCATCGATAAACAAAACAACAATACCACACATACACTCACTCGCAGCTTCTACCAGAAACAGACTGTCTTCGCTTTTCCCCTGCTTTGCGATCCGCCCCTCTTCATTATATCGGTCTGCAACACAGCCATGGCGGAATTCATGGCTCAAACTGGGATGAGGTCGTTTGCACAGGCTGCTGCCTCGGAAGAGGTGGCC
GCTCCACTTAGAACAGTTCAGATTGATGGATTGGTATTTTCACTTACTTTTTAGAAACATGGTTTTTATTTCGCTCTATATGTTGCAATACTGATTTGACTTATGGAAGTGAACAAATAAATGCAGGTCGTATTGAAAATTATAAAGCACTGCAAAGAATGTTCGACTGCTCTTGTCACCGGGCAACTTTTGGGTTTGGA
TATTGGAAGCGTTCTGGAGGTCACCAACTGTTTCCCATTCCCGAGCCGCGGAACGGAAGAGGAAGATGAAACCGATGCTGATGGGGCAAATTATCAACTTGAAATGATGAGATGCCTGCGAGAAGTGAATGTCGATAACAACACTGTTGGATGGTACCAGTCCACTTTAATGGGTTCTTTTCAAACCGTGGAACTAATTG
AGACGTTTATGAATTACCAGGAGAATATCAGAAGATGTGTCTGTATTATTTATGACCCAGAACGTTCAGGACAGGGTGTTTTGGCAATGAAGGCACTGAAGCTCCAGGACACTTTCATGGATCTCTACAAGAGTAACGATTTCACTGGAGAAAAGTTGAGGGAGAAGAATTTGACATGGGTGGATATATTTGAGGAGATT
CCTGTTAAAATTTCAAACTCTGCACTTGTTAGTTCAATTATGGCTGAGTTGGAAACTGATTCACCTGTTTCCCAGGGTGACTATGACAGGCTGGTTTTGTCCACAAATCCTTTTATGGAAAAGAATCTTGAGTTTTTAATTGATTGCATGGATGATCTTTCTATGGAACAACAGAAGTTTCAATATTATTATCGTAATCT
TTCACGACAGCAAGCTCAGCAGCAGGCTTGGTTGCAAAAAAGAAGAACAGACAACATGGCACGTAAAGCTGCTGGTGAAGAACCATTACCTGAAGAGGATCCTTCAAACCCTGTCTTCAAGCCAATTGTTGAACCCTCTAGGCTTGAGAGCTATCTCATCACCAATCAAGTTGCCAACTACTGTGACCAAATAAAGGGgt
actctttagcagttttttattattattaatttttcacttatttaaaatttcttaaaactggatacctatgtagaaaaattgttatcagcaatcctgatagtcatctcattagtacttcgttgtcctttgttcaatgaatcaaattaccaattatcagattgataaaggtggatgtaccttttaattataaatgttttatt
tttcgaagacagtattgaatcactgattgatattggcctttagtatactatttagtagagactatccatattttattggtattcctttttttgataaccggtattataatcttttggcaattttgcagGTTCTCTGGCCAGAGTTTTAGCAAACTATATTTGATGGAAGGAGTTCACAAGAGTTAAATATCTTATTGTGG
TCATTGATGAAATGGCAATGGAGGATATTTATTTAGTTGTAATTGAAATCGATGAGGGCACAACTTTTTTTAATCTTGCAAATGGAATTCTTACTGAAATCATACCCAGGTGTGGACTTCGGTTCTGGCCTAGGCAGAGATGTGAATTAGACACACAGTTCACGAGTTCCCAATTTTGAACTGTGGTTCGTAGCAGTTAT
TTTTGAGATTTGAATTAGATATTTTAATTTTATAATGACATTATTTTTCTTATCCTAGACAGCAGCACTGCG