sp|Q9LTE3|HIP12_ARATH ----> Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 12

Intron 1 GTATGCTATC ... GATGGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.4	92	3.3	33
A2	23.53	104	7	32
A3	32.77	108	6.7	52.7
A4	32.6	82	4.3	39.7
A5	35.84	37	1.3	20.7
A6	29.96	526	12.7	225
A7	30.43	525	17.7	229.7
A8	31.06	344	8.7	155
A9	31.11	505	15	228
A10	29.39	442	15	184

>TRINITY_DN107127_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTCGCTGCTTCCAGGAAGCTTCTGGATTCGCACCCTCCAGGAAGCTTCCCCGAAGGGTAAAATGGTATTTCGTTTTTGACTGAAAACGTCATCCATCGTACTAGTGTTGACGTCAGCACTAACTACTGTCACCGCCCATATCATCAATTTATAGGGGCAAGGGACCATTGCAGACTTGCAGATCAAGAAGCTTTCCAAG
GATTTTACAGGTCTCCAAGTATTTACATTCCGGCAGCCGAGAAGATGTCCCAGAAAATCGTGTTGAAAGTGCAATTAAATTGCGAAAAATGCAAACAGAGAGCCATGGAGACGGTTGCAGGAGTCGAAGGCGTTGTATCTGTAGCTGCTGACTTGAAAGATCAGAAGATCACTGTAATTGGAGATGCAGATCCTGTGTGC
CTCACGGCTAGTCTCAGAAAATTCGGACATGCTGAATTGGTAAGCGTCGGACCTTCTAAAGAACCACAGGCGCAAAAGGACTCTAAAAAGCCTGATACCCCAAAGCCGAACGATCAGAAGTCTTCCAGCAAGCAGGAGGCGTCGAAAGAGAATATTACTTATGTCGTTCTTCCAACAAGCTGCGCCAATCACTGCAGCGG
CTACACTTATTACTTAAGCGACGAGAATCCCAACGCCTGCTGCATTGTCTGAATTTCTTTATCTACCTTTCAGCTTTACGTCATTTTGTTTCTTGCATTACTGCTACATCCCCGCTTTGCCTTGCCTTTGCTTGCCTTTGTATGGATGGTGTTCACGAACGTTTTCGCCGCTGTCCGCAAGCACCTTTAAAAAGGGGGCC
ATTTCAACATTTACAAATGTTGTTATGAAAGTAGGGTTTATCATTTTAATTTCAGAGTGAAGTGCAGAAGATCAGATAATGCACGGATTTGTGGCCTCCTCAGATGCAGATTTCATTCCTATTTGAACGCATTTCCGAGCATTTCTGGACATGATTAAATAAATAATTAAATTCGAAGTTCAAACTGTTGTACCTGGGTT
TTATTTGGTTCTGATGATTTCTTGTACAAATTCAAGAATATAATGGACGCCAAGGCTTGGAATTTGACGTTTCTCTTAGTTTAAAGAAGTATTTTACAGTTGGATACAAATTTGGCACGCCAAATGTTGTTATGAAAGTACGGTTTATCATTTTAATTTCAGAGTGAAGTGCAGAAGATCAGATAATGCACGGATTTGTG
GCCTCCTCGGACGCAGATTTCAGTCCTATTTGCACGTATTTTCGAGCATTTCTAGACATGATTAAATAAATAAATAAATTCGAAGTTTTAACGGTTGTACCTGTGTTTTATTTGGTTGTGATGATTTCTTGTACAAATTCAAGAATATAATGGACGCCAAGGCTTGGAATTTGACGTTTCTCTTAGTTTAAAGAAGTATT
TTACAGTTGGATACAAATTTGGCACGCCAAATGTTGTTATGAAAGTACGGTTTATCATTTTAATTTCAGAG

>TRINITY_DN107127_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTCGCTGCTTCCAGGAAGCTTCTGGATTCGCACCCTCCAGGAAGCTTCCCCGAAGGGTAAAATGGTATTTCGTTTTTGACTGAAAACGTCATCCATCGTACTAGTGTTGACGTCAGCACTAACTACTGTCACCGCCCATATCATCAATTTATAGGGGCAAGGGACCATTGCAGACTTGCAGATCAAGAAGCTTTCCAAG
GATTTTACAGGTCTCCAAGTATTTACATTCCGGCAGCCGAGAAGATGTCCCAGgtatgctatcggcaattcatttctcgttttattttttatttcaaaagggtttttgacgagaattagaattctgtgtgtgatggtacagAAAATCGTGTTGAAAGTGCAATTAAATTGCGAAAAATGCAAACAGAGAGCCATGGAGAC
GGTTGCAGGAGTCGAAGGCGTTGTATCTGTAGCTGCTGACTTGAAAGATCAGAAGATCACTGTAATTGGAGATGCAGATCCTGTGTGCCTCACGGCTAGTCTCAGAAAATTCGGACATGCTGAATTGGTAAGCGTCGGACCTTCTAAAGAACCACAGGCGCAAAAGGACTCTAAAAAGCCTGATACCCCAAAGCCGAACG
ATCAGAAGTCTTCCAGCAAGCAGGAGGCGTCGAAAGAGAATATTACTTATGTCGTTCTTCCAACAAGCTGCGCCAATCACTGCAGCGGCTACACTTATTACTTAAGCGACGAGAATCCCAACGCCTGCTGCATTGTCTGAATTTCTTTATCTACCTTTCAGCTTTACGTCATTTTGTTTCTTGCATTACTGCTACATCCC
CGCTTTGCCTTGCCTTTGCTTGCCTTTGTATGGATGGTGTTCACGAACGTTTTCGCCGCTGTCCGCAAGCACCTTTAAAAAGGGGGCCATTTCAACATTTACAAATGTTGTTATGAAAGTAGGGTTTATCATTTTAATTTCAGAGTGAAGTGCAGAAGATCAGATAATGCACGGATTTGTGGCCTCCTCAGATGCAGATT
TCATTCCTATTTGAACGCATTTCCGAGCATTTCTGGACATGATTAAATAAATAATTAAATTCGAAGTTCAAACTGTTGTACCTGGGTTTTATTTGGTTCTGATGATTTCTTGTACAAATTCAAGAATATAATGGACGCCAAGGCTTGGAATTTGACGTTTCTCTTAGTTTAAAGAAGTATTTTACAGTTGGATACAAATT
TGGCACGCCAAATGTTGTTATGAAAGTACGGTTTATCATTTTAATTTCAGAGTGAAGTGCAGAAGATCAGATAATGCACGGATTTGTGGCCTCCTCGGACGCAGATTTCAGTCCTATTTGCACGTATTTTCGAGCATTTCTAGACATGATTAAATAAATAAATAAATTCGAAGTTTTAACGGTTGTACCTGTGTTTTATT
TGGTTGTGATGATTTCTTGTACAAATTCAAGAATATAATGGACGCCAAGGCTTGGAATTTGACGTTTCTCTTAGTTTAAAGAAGTATTTTACAGTTGGATACAAATTTGGCACGCCAAATGTTGTTATGAAAGTACGGTTTATCATTTTAATTTCAGAG

Intron 2 GTATAAATCT ... TCCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.9	107.3	1	35
A2	27.01	127.7	0	46
A3	21.31	142	0.7	38
A4	23.29	94	1.7	28
A5	24.36	47.3	0	15
A6	22.27	726.7	0	205
A7	23.35	821.3	1.7	247
A8	24.31	551	1	175
A9	21.95	706.7	1.3	196
A10	23.28	624	2.3	187

>TRINITY_DN38199_c0_g4_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

TTTGTTAATTCTTTACTTCTTGAAAAAAAAATCCAATTCTTTGCATTAATATTTAATATCGGGAAAAGGTATTCCGGTAAAATTGTAAAAAGCTTTATTTTGTCCATGAGATTTTGGGTTGCAAATTTCCGATGCATAAAGTGGAAGCCCTCTGCCGTACATATCGGAATATGATAGGGTTCTATTTCACGATAACTATA
AAATGTCCACGTAACCTTTTTCTTGGCGTTCACGTTGGTTCGCTGCTTCCAGGAAGCTTCTGGATTCGCACCCTCCAGGAAGCTTCCCCGAAGGGTAAAATGGTATTTCGTTTTTGACTGAAAACGTCATCCATCGTACTAGTGTTGACGTCAGCACTAACTACTGTCACCGCCCATATCATCAATTTATAGGGGCAAGG
GACCATTGCAGACTTGCAGATCAAGAAGCTTTCCAAGGATTTTACAGGTCTCCAAGTATTTACATTCCGGCAGCCGAGAAGATGTCCCAGAAAATCGTGTTGAAAGTGCAATTAAATTGCGAAAAATGCAAACAGAGAGCCATGGAGACGGTTGCAGGAGTCGAAGGCGTTGTATCTGTAGCTGCTGACTTGAAAGATCA
GAAGATCACTGTAATTGGAGATGCAGATCCTGTGTGCCTCACGGCTAGTCTCAGAAAATTCGGACATGCTGAATTGGTAAGCGTCGGACCTTCTAAAGAACCACAGGCGCAAAAGGACTCTAAAAAGCCTGATACCCCAAAGCCGAACGATCAGAAGTCTTCCAGCAAGCAGGAGGCGTCGAAAGAGAATATTACTTATG
TCGTTCTTCCAACAAGCTGCGCCAATCACTGCAGCGGCTACACTTATTACTTAAGCGACGAGAATCCCAACGCCTGCTGCATTGTCTGAATTTCTTTATCTACCTTTCAGCTTTACGTCATTTTGTTTCTTGCATTACTGCTACATCCCCGCTTTGCCTTGCCTTTGCTTGCCTTTGTATGGATGGTGTTCACGAACGTT
TTCGCCGCTGTCCGCAAGCACCTTTAAAAAGGGGGCCATTTCAACATTTACAAATGTTGTTATGAAAGTAGGGTTTATCATTTTAATTTCAGAGTGAAGTGCAGAAGATCAGATAATGCACGGATTTGTGGCCTCCTCAGATGCAGATTTCATTCCTATTTGAACGCATTTCCGAGCATTTCTGGACATGATTAAATAAA
TAATTAAATTCGAAGTTCAAACTGTTGTACCTGGGTTTTATTTGGTTCTGATGATTTCTTGTACAAATTCAAGAATATAATGGACGCCAAGGCTTGGAATTTGACGTTTCTCTTAGTTTAAAGAAGTATTTTACAGTTGGATACAAATTTGGCACGCCAAATGTTGTTATGAAAGTACGGTTTATCATTTTAATTTCAGA
GTGAAGTGCAGAAGATCAGATAATGCACGGATTTGTGGCCTCCTCGGACGCAGATTTCAGTCCTATTTGCACGTATTTTCGAGCATTTCTAGACATGATTAAATAAATAAATAAATTCGAAGTTTTAACGGTTGTACCTGTGTTTTATTTGGTTGTGATGATTTCTTGTACAAATTCAAGAATAGAATGGGCGCCAAGGC
CTGGAATTTGAGGTTTTCTTAGTTTAAAGAAGTATTTTACAGTTGGGTAGAAATTTGGCACGTTAAATGTTTTCAAATGTTAAAAATGTTGGTATGAAAGTATGGTTTATCATTTTAATTTCAGAG

>TRINITY_DN38199_c0_g4_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTCCCAGGTATGCTATCGGCAATTCATTTCTCGTTTTTTATTTCAAAAGGGTTTTTGACGAGAATTAGAATTCTGTGTGTGATGGTACAGAAAATCGTGTTGAAAGTGCAATTAAATTGCGAAAAATGCAAACAGAGAGCCATGGAGACGGTTGCAGGAGTCGAAGgtataaatctcagtttatttatttatcaagaagt
ggagttaggcaattgcgctttcaaggatgcgataatttgttcataattttattagcatgtttgtggatcctttgcagGCGTTGTATCTGTAGCTGCTGACTTGAAAGATCAGAAGATCACTGTAATTGGAGATGCAGATCCTGTGTGCCTCACGGCTAGTCTCAGAAAATTCGGACATGCTGAATTGGTAAGCGTCGGAC
CTTCTAAAGAACCACAGGCGCAAAAGGACTCTAAAAAGCCTGATACCCCAAAGCCGAACGATCAGAAGTCTTCCAGCAAGCAGGAGGCGTCGAAAGAGAATATTACTTATGTCGTTCTTCCAACAAGCTGCGCCAATCACTGCAGCGGCTACACTTATTACTTAAGCGACGAGAATCCCAACGCCTGCTGCATTGTCTGA
ATTTCTTTATCTACCTTTCAGCTTTACGTCATTTTGTTTCTTGCATTACTGCTACATCCCCGCTTTGCCTTGCCTTTGCTTGCCTTTGTATGGATGGTGTTCACGAACGTTTTCGCCGCTGTCCGCAAGCACCTTTAAAAAGGGGGCCATTTCAACATTTACAAATGTTGTTATGAAAGTAGGGTTTATCATTTTAATTT
CAGAGTGAAGTGCAGAAGATCAGATAATGCACGGATTTGTGGCCTCCTCAGATGCAGATTTCATTCCTATTTGAACGCATTTCCGAGCATTTCTGGACATGATTAAATAAATAATTAAATTCGAAGTTCAAACTGTTGTACCTGGGTTTTATTTGGTTCTGATGATTTCTTGTACAAATTCAAGAATATAATGGACGCCA
AGGCTTGGAATTTGACGTTTCTCTTAGTTTAAAGAAGTATTTTACAGTTGGATACAAATTTGGCACGCCAAATGTTGTTATGAAAGTACGGTTTATCATTTTAATTTCAGAGTGAAGTGCAGAAGATCAGATAATGCACGGATTTGTGGCCTCCTCGGACGCAGATTTCAGTCCTATTTGCACG