NA ----> NA

Intron 1 GTGAGTCATT ... CGTGTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.61	38	85.7	42
A2	63.05	29	74	25
A3	65.97	29	71.7	41
A4	76.48	17	67.7	43
A5	64.77	17	44	19
A6	23.93	143	49	42
A7	27.52	106	55.3	26
A8	28.44	118	57	37
A9	23.42	141	52.3	34
A10	28.64	118	65.7	30

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTAT
TTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTGATTCCTGAGGAGACGAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGTAATGCGAAATAATACATCTAGAGCACACTGTAGAGAGCACACTGTAGACGTGTGGGAGCTTCCAATCTTGCCGTA
AGTGCTGGGCAGATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGACAACCGGATTATTTACGAACTCGAGAATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTCTAGACGAAACGTTGAAATTGGGGTATAGTAATTGTAC
GGACAGAGTACAATTTTTTTAATGAAAGAAATTTTATAGGAACTTAGCATTTAATGGAGATATACTGATCATATATTTGGGAGGGAACATATTCTGTATTTAGATGGATCTAGATTAGTTTTTTATTAAATTTTAAGTTAATATTTTAGGTGACATGTGTCACTTGATACATCTACCTTGGCTCTAGAAAATATCTTTTA
GGTGACTTCTCTTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGAATGAATATCATTGATCCATCATTAATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATGATAAATATGACGTTAGCACCCAACGTTCTAATTTGTT
TTCTATTTTTCAAATTTTCAAATTTTGAGGTGGTGTGCGAATTGAATTCCTAATAGAGATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACCAAATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACTAGATAATCTCATAAATTGTAATCTATATCACCACTCTTTTCTATAGTGATGAACATTGTCTCTTCACTTCTACTCTTTGA
GTTTTAGTGTGAAAATGAATTCGAGTATCTTCTACTCGATGGGGTATTGTGTCATTATGGTATCTGTATGTTATGAGCAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTCGGTTCATAAGTAGTGTTAGGTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTG
GAGAATAAGGAGTTTGTGGGTTCA

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGGTATGTGCTTTCTGTGTATTATGCTTGCTTTGGCCTGTTTCTATGGTG
GATTGCTGGTTTCCTTTTTCATTATCTTTCTGTTTTTGAGTTTTGGGTTTTGTTTTTCTGGCTGCCTTCAATGCTGTGTGTTTTGTCTGGTTTTGTATGAAGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTG
ATTCCTGAGGAGACGAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGTAATGCGAAATAATACATCTgtgagtcattttaccaacttatcacttatattcactattattatgaaattatggagcggcattctatgcagcacaaacatagaaatagctatattggatgttttta
gattttgcattttaattagtttacagttttagatgcattacacgatttaaaccctaaatcatttgaaagattttattaccctgtttttagatttaattgcattttaattagttttacagttttagatgcatcatagtgtgtattacacgttttaaaccctaaatcatttgaaagattttattaccctaaatcattcgtat
attaaaaataaaataatttctgctaggaggaaacttaatttattcttatttttacttttatattaagagcgaccagatgagatatctctataatgtatcgcttcatagtaataacaacgaaatgcagaagtagttctctggttctgttttctaggtttactcaaaaggttcccagagcatcgtaagtggaaaaagagaat
cgtacttgcaaattaaacccggagcaaaattattccgtgtatttaatgaaattgtgtatgtattttgactctttttatttaagtgtgcggtgtttatttctccaattctttaaaatgcgtgcctgagctatttatggcatttctgccgtgttgtagAGAGCACACTGTAGAGAGCACACTGTAGACGTGTGGGAGCTTCC
AATCTTGCCGTAAGTGCTGGGCAGATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGACAACCGGATTATTTACGAACTCGAGAATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTCTAGACGAAACGTTGAAATTGGGGTA
TAGTAATTGTACGGACAGAGTACAATTTTTTTAATGAAAGAAATTTTATAGGAACTTAGCATTTAATGGAGATATACTGATCATATATTTGGGAGGGAACATATTCTGTATTTAGATGGATCTAGATTAGTTTTTTATTAAATTTTAAGTTAATATTTTAGGTGACATGTGTCACTTGATACATCTACCTTGGCTCTAGA
AAATATCTTTTAGGTGACTTCTCTTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGAATGAATATCATTGATCCATCATTAATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATGATAAATATGACGTTAGCACCCAACG
TTCTAATTTGTTTTCTATTTTTCAAATTTTCAAATTTTGAGGTGGTGTGCGAATTGAATTCCTAATAGAGATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACCAAATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACTAGATAATCTCATAAATTGTAATCTATATCACCACTCTTTTCTATAGTGATGAACATTGTCTCTTCACT
TCTACTCTTTGAGTTTTAGTGTGAAAATGAATTCGAGTATCTTCTACTCGATGGGGTATTGTGTCATTATGGTATCTGTATGTTATGAGCAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTCGGTTCATAAGTAGTGTTAGGTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAAT
CTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTGGGTTCACAAGTACTGTTAGTTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTGGGATAATTTTTTTTATTAGACCATACATCGTAAATAAAATCAAAATTAAAAAGGTGGCTTTTACACATGTAATATCACTGTAAAATAA
TATCACTTTAATTAAATGTGATTTCCAAGGACTCATCTCTTAGCACAGTCTGAATTGAATAGGTTCCAAACATGAAAATTGCAATGGTGGGCATCACTAGTTTATTACGATGCCCAATATTGCAATGATACCTTATAATTTATTATGCATGTATCTACCAAAATACTAGTGAAGAGCATTCATATGCAACAAATCTTAGT
TGTCTTTCAATCTAGCTCTCATTAGATTTTAATGAAGAGAGATAAACAGAACAAACTTAAAGTTGGCATGAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATATGGTCTACTCAAGGTTTTTATGGAGAGGGAGATAAAAAGTGTAAACTTAAAGTTTGCATTAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATCTTGTCTACTCAAGTGTGGTGGA
CAAGCTATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCATTCAAGACCAATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGCTATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCATTCAAGACC
AATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGCTATAATTGTGGAC

Intron 2 GTAAAAGAAA ... TTTCTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.29	95	80	33
A2	38.02	77	57.5	37
A3	42.24	54	59	20
A4	33.1	94	60	33
A5	25.41	69	37	10
A6	13.52	136	27.5	15
A7	16.07	124	33.5	14
A8	12.69	117	24	10
A9	9.57	104	18	4
A10	13.79	150	31	17

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

ACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCACTCTGGGCACAATTTCAAAAATAGCTGTCCGACTAGCTTTTGTGTGCATTATTTTGCTTTGGCCTTTGCCCTTTTTCACTGGGTATGTGCTTTCTGTATTATCCTTTTCATCGGACTCTGGTTTGTGTT
TGTATGGTGGATTGCCGGTTTCCTTTTTCTTTTTCTTTCTCTTTCTGTTTGTGAGTTTTGGGTTTTGTTTTTCTGGCTGCCTTCAATGCTGTGTTTTTTTGTCTGGTTTTGTATGATGCAAGAGACTAAAACCTGTAGACTAAAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAG
ATCTGCAATCCGGCATGAAGTTTGAGTGAATCTTGAGGAGACGAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACGGCTGACTTGAGATGCCGCCCCAGAGGATTGGTATTGCGAAATAATACATCTGTGAGTCATTTACCAACTCGACACTTATATTCAGTATGAAATTATGGAGCGGCGTTCTATGCAGCACAAACATAGATT
TAATTGGAGATTTTATTACCCTGTTTTTAGATTTAATTGCATTTTAATTAGTTTTACAGTTTTAGATGCATCATAGTGTGTATTACACGTTTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTGTTTTTAGATTTAATTGCATTT

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGTGTTTCTATGGTGCATTGCTGGGTTTTTGTTTTTTCTCTTTGGAATTTCTGTTTGTGAGTTTTGGGTCAATGCTGTGTTTTTTGTCTGGTTTTGTATGATGCAAGAGACTAAAACCTGTAGACTAAAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGCA
TGAAGTTTGAGTGAATCTTGAGGAGACGAGgtaaaagaaactgtttctaaataatataatttttttcttgttaaacgctgcattttaagttgatttccatgcttttattagagatcggggtttatggaattgaagggcttcaaatttgttttgagagacaggtatataacaactccttatatgccgaggactattatctg
atcaaatatataaatgggttgtttctggcagTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACGGCTGACTTGAGATGCCGCCCCAGAGGATTGGTATTGCGAAATAATACATCTGTGAGTCATTTACCAACTCGACACTTATATTCAGTATGAAATTATGGAGCGGCGTTCTATGCAGCACAAACATAGATTTAATTGGAGATTTT
ATTACCCTGTTTTTAGATTTAATTGCATTTTAATTAGTTTTACAGTTTTAGATGCATCATAGTGTGTATTACACGTTTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTGTTTTTAGATTTAATTGCATTT

Intron 3 GTAAAAGAAA ... TGAGAGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.33	76	102	52
A2	49.78	56	78	33
A3	59.71	46.3	86.3	51
A4	52.38	60	88	44
A5	53.85	33	56	21
A6	34.02	64	47	19
A7	30.89	113	82	19
A8	30.5	90	63	16
A9	35.8	78	63	24
A10	31.36	116	81	25

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

ACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGGTATGTGCTTTCTGTGTATTATGCTTGCTTTGGCCTGTTTCTATGGTG
GATTGCTGGTTTCCTTTTTCATTATCTTTCTGTTTTTGAGTTTTGGGTTTTGTTTTTCTGGCTGCCTTCAATGCTGTGTGTTTTGTCTGGTTTTGTATGAAGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTG
ATTCCTGAGGAGACGAGGTATATAACAACTCCTTATATGCCGATGACTATTGTAAATGGGTTGTTTCTGGCAATGACTATATAAATGGGTTGTTCCTGGCAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGTAATGCGAAATAATACATCTGTGAGTCATTTTACCAACTTA
TCACTTATATTCACTATTATTATGAAATTATGGAGCGGCATTCTATGCAGCACAAACATAGAAATAGCTATATTGGATGTTTTTAGATTTTGCATTTTAATTAGTTTACAGTTTTAGATGCATTACACGATTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTGTTTTTAGATTTAATTGCATTTTAATTAGTTTT
ACAGTTTTAGATGCATCATAGTGTGTATTACACGTTTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTAAATCATTCGTATATTAAAAATAAAATAATTTCTGCTAGGAGGAAACTTAATTTATTCTTATTTTTACTTTTATATTAAGAGCGACCAGATGAGATATCTCTATAATGTATCGCTTCATAGTAATAAC
AACGAAATGCAGAAGTAGTTCTCTGGTTCTGTTTTCTAGGTTTACTCAAAAGGTTCCCAGAGCATCGTAAGTGGAAAAAGAGAATCGTACTTGCAAATTAAACCCGGAGCAAAATTATTCCGTGTATTTAATGAAATTGTGTATGTATTTTGACTCTTTTTATTTAAGTGTGCGGTGTTTATTTCTCCAATTCTTTAAAA
TGCGTGCCTGAGCTATTTATGGCATTTCTGCCGTGTTGTAGAGAGCACACTGTAGAGAGCACACTGTAGACGTGTGGGAGCTTCCAATCTTGCCGTAAGTGCTGGGCAGATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGAC
AACCGGATTATTTACGAACTCGAGAATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTCTAGACGAAACGTTGAAATTGGGGTATAGTAATTGTACGGACAGAGTACAATTTTTTTAATGAAAGAAATTTTATAGGAACTTAGCATTTAATGGAGATATACTGATCATATATTTGGGAGGGAACATATTCTGTATTTAG
ATGGATCTAGATTAGTTTTTTATTAAATTTTAAGTTAATATTTTAGGTGACATGTGTCACTTGATACATCTACCTTGGCTCTAGAAAATATCTTTTAGGTGACTTCTCTTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGA
ATGAATATCATTGATCCATCATTAATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATGATAAATATGACGTTAGCACCCAACGTTCTAATTTGTTTTCTATTTTTCAAATTTTCAAATTTTGAGGTGGTGTGCGAATTGAATTCCTAATAGAGATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACCAAATAATCTCATAAA
TTGTAATCTCTATCACTAGATAATCTCATAAATTGTAATCTATATCACCACTCTTTTCTATAGTGATGAACATTGTCTCTTCACTTCTACTCTTTGAGTTTTAGTGTGAAAATGAATTCGAGTATCTTCTACTCGATGGGGTATTGTGTCATTATGGTATCTGTATGTTATGAGCAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAG
AATAAGGAGTTTGTCGGTTCATAAGTAGTGTTAGGTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTGGGTTCACAAGTACTGTTAGTTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTGGGA
TAATTTTTTTTATTAGACCATACATCGTAAATAAAATCAAAATTAAAAAGGTGGCTTTTACACATGTAATATCACTGTAAAATAATATCACTTTAATTAAATGTGATTTCCAAGGACTCATCTCTTAGCACAGTCTGAATTGAATAGGTTCCAAACATGAAAATTGCAATGGTGGGCATCACTAGTTTATTACGATGCCC
AATATTGCAATGATACCTTATAATTTATTATGCATGTATCTACCAAAATACTAGTGAAGAGCATTCATATGCAACAAATCTTAGTTGTCTTTCAATCTAGCTCTCATTAGATTTTAATGAAGAGAGATAAACAGAACAAACTTAAAGTTGGCATGAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATATGGTCTACTCAAGGTTTTTAT
GGAGAGGGAGATAAAAAGTGTAAACTTAAAGTTTGCATTAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATCTTGTCTACTCAAGTGTGGTGGACAAGCTATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCATTCAAGACCAATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGC
TATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCATTCAAGACCAATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGCTATAATTGTGGAC

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGGTATGTGCTTTCTGTGTATTATGCTTGCTTTGGCCTGTTTCTATGGTG
GATTGCTGGTTTCCTTTTTCATTATCTTTCTGTTTTTGAGTTTTGGGTTTTGTTTTTCTGGCTGCCTTCAATGCTGTGTGTTTTGTCTGGTTTTGTATGAAGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTG
ATTCCTGAGGAGACGAGgtaaaagaaactgtttctaaataatttttttcttgttaaaagctgcattaagttgatttccatgcttttattagagataagggtttatggaattgaagggcttcaaatttgttttgagagacagGTATATAACAACTCCTTATATGCCGATGACTATTGTAAATGGGTTGTTTCTGGCAATGA
CTATATAAATGGGTTGTTCCTGGCAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGTAATGCGAAATAATACATCTGTGAGTCATTTTACCAACTTATCACTTATATTCACTATTATTATGAAATTATGGAGCGGCATTCTATGCAGCACAAACATAGAAATAGCTATATTGG
ATGTTTTTAGATTTTGCATTTTAATTAGTTTACAGTTTTAGATGCATTACACGATTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTGTTTTTAGATTTAATTGCATTTTAATTAGTTTTACAGTTTTAGATGCATCATAGTGTGTATTACACGTTTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTAAAT
CATTGTTTTTAGATTTAATTGCATTTAGTATATTAGAAATAAAATAATTTCTATTAGGAGGACACTTAATTTATTCTTATTTTTACTTTTATATCAAGAGCGACGAGATCTGGTTTTAGAGATATCTCTATAATGTATGGCTTCATAGTAATAATAATAACAACGAAATGCAGAAGTAGTTCTCTGGTTCTGTTTTCTAG
GTTTACTCAAAAGGTTCCCAGAGCATCGTAAGTCGAAAAAGAGAACCGTACTTGCAAATTAAACCCAGAGCAAAATTATTTCGTGTATTTAATGACATTGTGTATGTATTTTGACTCTTTTTATTTAAGTGTGCGGTGTTTATTTCTCCAATTCTTTAAAATGCGTGCCTGAGCTATTTATGGCATTTCTGCCGTGTTGT
AACTCTAAGTTTCCAATCGCGACGTAGCTGGAGCTTCCAAACATGAAAATTTCAACTGAATTGAATAGGTTCCAAACATGAAAATTGCAATGGTGGGCATCACTAGTTTATTACGATGCCCAATATTGCAATGATACCTTATAATTTATTATGCATGTATCTACCAAAATACTAGTGAAGAGCATTCATATGCAACAAAT
CTTAGTTGTCTTTCAATCTAGCTCTCATTAGATTTTAATGAAGAGAGATAAACAGAACAAACTTAAAGTTGGCATGAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATATGGTCTACTCAAGGTTTTTATGGAGAGGGAGATAAAAAGTGTAAACTTAAAGTTTGCATTAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATCTTGTCTACTCAAGTGT
GGTGGACAAGCTATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCATTCAAGACCAATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGCTATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCATTC
AAGACCAATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGCTATAATTGTGGAC

Intron 4 GTATATAACA ... TTCCTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.42	97.7	76	54
A2	38.94	94.3	56	62
A3	30.65	72.8	46.7	17
A4	38.05	97.5	60	58
A5	26.66	74.8	33	21
A6	21.32	166.7	64	26
A7	31.39	186.7	113	57.7
A8	31.11	150.8	90	46
A9	26.88	160.5	78	39
A10	31.04	195.7	116	60

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTAT
TTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTGATTCCTGAGGAGACGAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGTAATGCGAAATAATACATCTAGAGCACACTGTAGAGAGCACACTGTAGACGTGTGGGAGCTTCCAATCTTGCCGTA
AGTGCTGGGCAGATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGACAACCGGATTATTTACGAACTCGAGAATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTCTAGACGAAACGTTGAAATTGGGGTATAGTAATTGTAC
GGACAGAGTACAATTTTTTTAATGAAAGAAATTTTATAGGAACTTAGCATTTAATGGAGATATACTGATCATATATTTGGGAGGGAACATATTCTGTATTTAGATGGATCTAGATTAGTTTTTTATTAAATTTTAAGTTAATATTTTAGGTGACATGTGTCACTTGATACATCTACCTTGGCTCTAGAAAATATCTTTTA
GGTGACTTCTCTTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGAATGAATATCATTGATCCATCATTAATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATGATAAATATGACGTTAGCACCCAACGTTCTAATTTGTT
TTCTATTTTTCAAATTTTCAAATTTTGAGGTGGTGTGCGAATTGAATTCCTAATAGAGATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACCAAATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACTAGATAATCTCATAAATTGTAATCTATATCACCACTCTTTTCTATAGTGATGAACATTGTCTCTTCACTTCTACTCTTTGA
GTTTTAGTGTGAAAATGAATTCGAGTATCTTCTACTCGATGGGGTATTGTGTCATTATGGTATCTGTATGTTATGAGCAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTCGGTTCATAAGTAGTGTTAGGTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTG
GAGAATAAGGAGTTTGTGGGTTCA

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGGTATGTGCTTTCTGTGTATTATGCTTGCTTTGGCCTGTTTCTATGGTG
GATTGCTGGTTTCCTTTTTCATTATCTTTCTGTTTTTGAGTTTTGGGTTTTGTTTTTCTGGCTGCCTTCAATGCTGTGTGTTTTGTCTGGTTTTGTATGAAGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTG
ATTCCTGAGGAGACGAGgtatataacaactccttatatgccgatgactattgtaaatgggttgtttctggcaatgactatataaatgggttgttcctggcagTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGTAATGCGAAATAATACATCTGTGAGTCATTTTACCAACTTA
TCACTTATATTCACTATTATTATGAAATTATGGAGCGGCATTCTATGCAGCACAAACATAGAAATAGCTATATTGGATGTTTTTAGATTTTGCATTTTAATTAGTTTACAGTTTTAGATGCATTACACGATTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTGTTTTTAGATTTAATTGCATTTTAATTAGTTTT
ACAGTTTTAGATGCATCATAGTGTGTATTACACGTTTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTAAATCATTCGTATATTAAAAATAAAATAATTTCTGCTAGGAGGAAACTTAATTTATTCTTATTTTTACTTTTATATTAAGAGCGACCAGATGAGATATCTCTATAATGTATCGCTTCATAGTAATAAC
AACGAAATGCAGAAGTAGTTCTCTGGTTCTGTTTTCTAGGTTTACTCAAAAGGTTCCCAGAGCATCGTAAGTGGAAAAAGAGAATCGTACTTGCAAATTAAACCCGGAGCAAAATTATTCCGTGTATTTAATGAAATTGTGTATGTATTTTGACTCTTTTTATTTAAGTGTGCGGTGTTTATTTCTCCAATTCTTTAAAA
TGCGTGCCTGAGCTATTTATGGCATTTCTGCCGTGTTGTAGAGAGCACACTGTAGAGAGCACACTGTAGACGTGTGGGAGCTTCCAATCTTGCCGTAAGTGCTGGGCAGATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGAC
AACCGGATTATTTACGAACTCGAGAATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTCTAGACGAAACGTTGAAATTGGGGTATAGTAATTGTACGGACAGAGTACAATTTTTTTAATGAAAGAAATTTTATAGGAACTTAGCATTTAATGGAGATATACTGATCATATATTTGGGAGGGAACATATTCTGTATTTAG
ATGGATCTAGATTAGTTTTTTATTAAATTTTAAGTTAATATTTTAGGTGACATGTGTCACTTGATACATCTACCTTGGCTCTAGAAAATATCTTTTAGGTGACTTCTCTTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGA
ATGAATATCATTGATCCATCATTAATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATGATAAATATGACGTTAGCACCCAACGTTCTAATTTGTTTTCTATTTTTCAAATTTTCAAATTTTGAGGTGGTGTGCGAATTGAATTCCTAATAGAGATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACCAAATAATCTCATAAA
TTGTAATCTCTATCACTAGATAATCTCATAAATTGTAATCTATATCACCACTCTTTTCTATAGTGATGAACATTGTCTCTTCACTTCTACTCTTTGAGTTTTAGTGTGAAAATGAATTCGAGTATCTTCTACTCGATGGGGTATTGTGTCATTATGGTATCTGTATGTTATGAGCAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAG
AATAAGGAGTTTGTCGGTTCATAAGTAGTGTTAGGTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTGGGTTCACAAGTACTGTTAGTTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTGGGA
TAATTTTTTTTATTAGACCATACATCGTAAATAAAATCAAAATTAAAAAGGTGGCTTTTACACATGTAATATCACTGTAAAATAATATCACTTTAATTAAATGTGATTTCCAAGGACTCATCTCTTAGCACAGTCTGAATTGAATAGGTTCCAAACATGAAAATTGCAATGGTGGGCATCACTAGTTTATTACGATGCCC
AATATTGCAATGATACCTTATAATTTATTATGCATGTATCTACCAAAATACTAGTGAAGAGCATTCATATGCAACAAATCTTAGTTGTCTTTCAATCTAGCTCTCATTAGATTTTAATGAAGAGAGATAAACAGAACAAACTTAAAGTTGGCATGAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATATGGTCTACTCAAGGTTTTTAT
GGAGAGGGAGATAAAAAGTGTAAACTTAAAGTTTGCATTAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATCTTGTCTACTCAAGTGTGGTGGACAAGCTATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCATTCAAGACCAATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGC
TATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCATTCAAGACCAATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGCTATAATTGTGGAC

Intron 5 GTAAAAGAAA ... TTCCTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45	101.4	102	60
A2	42.76	97.2	78	64
A3	41.58	75	86.4	19
A4	42.85	100.4	88	60
A5	33.75	76.2	56	21
A6	17.73	165.4	47	24
A7	26.05	186.1	82	49
A8	25.73	150.4	63	41
A9	23.86	157.6	63	35
A10	25.53	195.7	81	53

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTAT
TTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTGATTCCTGAGGAGACGAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGTAATGCGAAATAATACATCTAGAGCACACTGTAGAGAGCACACTGTAGACGTGTGGGAGCTTCCAATCTTGCCGTA
AGTGCTGGGCAGATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGACAACCGGATTATTTACGAACTCGAGAATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTCTAGACGAAACGTTGAAATTGGGGTATAGTAATTGTAC
GGACAGAGTACAATTTTTTTAATGAAAGAAATTTTATAGGAACTTAGCATTTAATGGAGATATACTGATCATATATTTGGGAGGGAACATATTCTGTATTTAGATGGATCTAGATTAGTTTTTTATTAAATTTTAAGTTAATATTTTAGGTGACATGTGTCACTTGATACATCTACCTTGGCTCTAGAAAATATCTTTTA
GGTGACTTCTCTTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGAATGAATATCATTGATCCATCATTAATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATGATAAATATGACGTTAGCACCCAACGTTCTAATTTGTT
TTCTATTTTTCAAATTTTCAAATTTTGAGGTGGTGTGCGAATTGAATTCCTAATAGAGATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACCAAATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACTAGATAATCTCATAAATTGTAATCTATATCACCACTCTTTTCTATAGTGATGAACATTGTCTCTTCACTTCTACTCTTTGA
GTTTTAGTGTGAAAATGAATTCGAGTATCTTCTACTCGATGGGGTATTGTGTCATTATGGTATCTGTATGTTATGAGCAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTCGGTTCATAAGTAGTGTTAGGTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTG
GAGAATAAGGAGTTTGTGGGTTCA

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGGTATGTGCTTTCTGTGTATTATGCTTGCTTTGGCCTGTTTCTATGGTG
GATTGCTGGTTTCCTTTTTCATTATCTTTCTGTTTTTGAGTTTTGGGTTTTGTTTTTCTGGCTGCCTTCAATGCTGTGTGTTTTGTCTGGTTTTGTATGAAGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTG
ATTCCTGAGGAGACGAGgtaaaagaaactgtttctaaataatttttttcttgttaaaagctgcattaagttgatttccatgcttttattagagataagggtttatggaattgaagggcttcaaatttgttttgagagacaggtatataacaactccttatatgccgatgactattgtaaatgggttgtttctggcaatga
ctatataaatgggttgttcctggcagTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGTAATGCGAAATAATACATCTGTGAGTCATTTTACCAACTTATCACTTATATTCACTATTATTATGAAATTATGGAGCGGCATTCTATGCAGCACAAACATAGAAATAGCTATATTGG
ATGTTTTTAGATTTTGCATTTTAATTAGTTTACAGTTTTAGATGCATTACACGATTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTGTTTTTAGATTTAATTGCATTTTAATTAGTTTTACAGTTTTAGATGCATCATAGTGTGTATTACACGTTTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTAAAT
CATTCGTATATTAAAAATAAAATAATTTCTGCTAGGAGGAAACTTAATTTATTCTTATTTTTACTTTTATATTAAGAGCGACCAGATGAGATATCTCTATAATGTATCGCTTCATAGTAATAACAACGAAATGCAGAAGTAGTTCTCTGGTTCTGTTTTCTAGGTTTACTCAAAAGGTTCCCAGAGCATCGTAAGTGGAA
AAAGAGAATCGTACTTGCAAATTAAACCCGGAGCAAAATTATTCCGTGTATTTAATGAAATTGTGTATGTATTTTGACTCTTTTTATTTAAGTGTGCGGTGTTTATTTCTCCAATTCTTTAAAATGCGTGCCTGAGCTATTTATGGCATTTCTGCCGTGTTGTAGAGAGCACACTGTAGAGAGCACACTGTAGACGTGTG
GGAGCTTCCAATCTTGCCGTAAGTGCTGGGCAGATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGACAACCGGATTATTTACGAACTCGAGAATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTCTAGACGAAACGTTGAA
ATTGGGGTATAGTAATTGTACGGACAGAGTACAATTTTTTTAATGAAAGAAATTTTATAGGAACTTAGCATTTAATGGAGATATACTGATCATATATTTGGGAGGGAACATATTCTGTATTTAGATGGATCTAGATTAGTTTTTTATTAAATTTTAAGTTAATATTTTAGGTGACATGTGTCACTTGATACATCTACCTT
GGCTCTAGAAAATATCTTTTAGGTGACTTCTCTTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGAATGAATATCATTGATCCATCATTAATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATGATAAATATGACGTTAG
CACCCAACGTTCTAATTTGTTTTCTATTTTTCAAATTTTCAAATTTTGAGGTGGTGTGCGAATTGAATTCCTAATAGAGATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACCAAATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACTAGATAATCTCATAAATTGTAATCTATATCACCACTCTTTTCTATAGTGATGAACATTGT
CTCTTCACTTCTACTCTTTGAGTTTTAGTGTGAAAATGAATTCGAGTATCTTCTACTCGATGGGGTATTGTGTCATTATGGTATCTGTATGTTATGAGCAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTCGGTTCATAAGTAGTGTTAGGTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTA
ATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTGGGTTCACAAGTACTGTTAGTTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTGGGATAATTTTTTTTATTAGACCATACATCGTAAATAAAATCAAAATTAAAAAGGTGGCTTTTACACATGTAATATCACT
GTAAAATAATATCACTTTAATTAAATGTGATTTCCAAGGACTCATCTCTTAGCACAGTCTGAATTGAATAGGTTCCAAACATGAAAATTGCAATGGTGGGCATCACTAGTTTATTACGATGCCCAATATTGCAATGATACCTTATAATTTATTATGCATGTATCTACCAAAATACTAGTGAAGAGCATTCATATGCAACA
AATCTTAGTTGTCTTTCAATCTAGCTCTCATTAGATTTTAATGAAGAGAGATAAACAGAACAAACTTAAAGTTGGCATGAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATATGGTCTACTCAAGGTTTTTATGGAGAGGGAGATAAAAAGTGTAAACTTAAAGTTTGCATTAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATCTTGTCTACTCAAG
TGTGGTGGACAAGCTATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCATTCAAGACCAATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGCTATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCA
TTCAAGACCAATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGCTATAATTGTGGAC

Intron 6 GTATGTGCTT ... TTGTATGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.91	46	77	229.5
A2	77.52	40	74	201.9
A3	75.96	45	77	207.4
A4	74.25	54	106	205.4
A5	71.97	30	32	122.1
A6	68.81	69	91	213.5
A7	65.44	98	99	272.3
A8	64.95	89	87	243
A9	68.2	73	89.9	223.4
A10	70.04	98	166	292.4

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTAT
TTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTGATTCCTGAGGAGACGAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGTAATGCGAAATAATACATCTAGAGCACACTGTAGAGAGCACACTGTAGACGTGTGGGAGCTTCCAATCTTGCCGTA
AGTGCTGGGCAGATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGACAACCGGATTATTTACGAACTCGAGAATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTCTAGACGAAACGTTGAAATTGGGGTATAGTAATTGTAC
GGACAGAGTACAATTTTTTTAATGAAAGAAATTTTATAGGAACTTAGCATTTAATGGAGATATACTGATCATATATTTGGGAGGGAACATATTCTGTATTTAGATGGATCTAGATTAGTTTTTTATTAAATTTTAAGTTAATATTTTAGGTGACATGTGTCACTTGATACATCTACCTTGGCTCTAGAAAATATCTTTTA
GGTGACTTCTCTTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGAATGAATATCATTGATCCATCATTAATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATGATAAATATGACGTTAGCACCCAACGTTCTAATTTGTT
TTCTATTTTTCAAATTTTCAAATTTTGAGGTGGTGTGCGAATTGAATTCCTAATAGAGATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACCAAATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACTAGATAATCTCATAAATTGTAATCTATATCACCACTCTTTTCTATAGTGATGAACATTGTCTCTTCACTTCTACTCTTTGA
GTTTTAGTGTGAAAATGAATTCGAGTATCTTCTACTCGATGGGGTATTGTGTCATTATGGTATCTGTATGTTATGAGCAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTCGGTTCATAAGTAGTGTTAGGTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTG
GAGAATAAGGAGTTTGTGGGTTCA

>TRINITY_DN130209_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGgtatgtgctttctgtgtattatgcttgctttggcctgtttctatggtg
gattgctggtttcctttttcattatctttctgtttttgagttttgggttttgtttttctggctgccttcaatgctgtgtgttttgtctggttttgtatgaagCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTG
ATTCCTGAGGAGACGAGGTAAAAGAAACTGTTTCTAAATAATTTTTTTCTTGTTAAAAGCTGCATTAAGTTGATTTCCATGCTTTTATTAGAGATAAGGGTTTATGGAATTGAAGGGCTTCAAATTTGTTTTGAGAGACAGGTATATAACAACTCCTTATATGCCGATGACTATTGTAAATGGGTTGTTTCTGGCAATGA
CTATATAAATGGGTTGTTCCTGGCAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGTAATGCGAAATAATACATCTGTGAGTCATTTTACCAACTTATCACTTATATTCACTATTATTATGAAATTATGGAGCGGCATTCTATGCAGCACAAACATAGAAATAGCTATATTGG
ATGTTTTTAGATTTTGCATTTTAATTAGTTTACAGTTTTAGATGCATTACACGATTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTGTTTTTAGATTTAATTGCATTTTAATTAGTTTTACAGTTTTAGATGCATCATAGTGTGTATTACACGTTTTAAACCCTAAATCATTTGAAAGATTTTATTACCCTAAAT
CATTGTTTTTAGATTTAATTGCATTTAGTATATTAGAAATAAAATAATTTCTATTAGGAGGACACTTAATTTATTCTTATTTTTACTTTTATATCAAGAGCGACGAGATCTGGTTTTAGAGATATCTCTATAATGTATGGCTTCATAGTAATAATAATAACAACGAAATGCAGAAGTAGTTCTCTGGTTCTGTTTTCTAG
GTTTACTCAAAAGGTTCCCAGAGCATCGTAAGTCGAAAAAGAGAACCGTACTTGCAAATTAAACCCAGAGCAAAATTATTTCGTGTATTTAATGACATTGTGTATGTATTTTGACTCTTTTTATTTAAGTGTGCGGTGTTTATTTCTCCAATTCTTTAAAATGCGTGCCTGAGCTATTTATGGCATTTCTGCCGTGTTGT
AACTCTAAGTTTCCAATCGCGACGTAGCTGGAGCTTCCAAACATGAAAATTTCAACTGAATTGAATAGGTTCCAAACATGAAAATTGCAATGGTGGGCATCACTAGTTTATTACGATGCCCAATATTGCAATGATACCTTATAATTTATTATGCATGTATCTACCAAAATACTAGTGAAGAGCATTCATATGCAACAAAT
CTTAGTTGTCTTTCAATCTAGCTCTCATTAGATTTTAATGAAGAGAGATAAACAGAACAAACTTAAAGTTGGCATGAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATATGGTCTACTCAAGGTTTTTATGGAGAGGGAGATAAAAAGTGTAAACTTAAAGTTTGCATTAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATCTTGTCTACTCAAGTGT
GGTGGACAAGCTATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCATTCAAGACCAATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGCTATAATTGTGGACTAACACTTTTAAATGCTATAAATATGTGAATTTGACGTAGTGTCTCTGAGCTTAACGCTAGCATTC
AAGACCAATTTGATAAGTGTTGTGGACAAGCTATAATTGTGGAC

Intron 7 GTGAGTCATT ... TGTTGTAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.18	39	85.7	43
A2	63.87	28	74	25
A3	67.74	27	71.7	42
A4	76.32	17	67.7	42
A5	66.13	16	44	19
A6	24.19	141	49	42
A7	27.71	105	55.3	26
A8	28.22	118	57	36
A9	23.73	145	52.3	38
A10	29.35	114	65.7	30

>TRINITY_DN117035_c0_g3_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

CCGTCTCTCGCCATCGAAGGCTTTTGCTTTCTTGCACAAAGCATCTTCAACGGTTCAAACTCGTCTGTATGCTGCACCTTTTCAACTGTTCTGGAGATTTTTGTCAATAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTT
TGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTGATTCCTGAGGAGACGAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGT
AATGCGAAATAATACATCTAGCACACTGTAGAGAGCACACTGTAGACGTGTGGGAGCTTCCAATCTTGCCGTAAGTGCTGGGCAGATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGACAACCGGATTATTTACGAACTCGAG
AATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTCTAGACGAAACGTTGAAATTGGGGTATAGTAATTGTACGGACAGAGTACAATTTTTTTAATGAAAGAAATTTTATAGGAACTTAGCATTTAATGGAGATATACTGATCATATATTTGGGAGGGAACATATTCTGTATTTAGATGGATCTAGATTAGTTTTTTATT
AAATTTTAAGTTAATATTTTAGGTGACATGTGTCACTTGATACATCTACCTTGGCTCTAGAAAATATCTTTTAGGTGACTTCTCTTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGAATGAATATCATTGATCCATCATTA
ATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATGATAAATATGACGTTAGCACCCAACGTTCTAATTTGTTTTCTATTTTTCAAATTTTCAAATTTTGAGGTGGTGTGCGAATTGAATTCCTAATAGAGATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACCAAATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACTAGATAAT
CTCATAAATTGTAATCTATATCACCACTCTTTTCTATAGTGATGAACATTGTCTCTTCACTTCTACTCTTTGAGTTTTAGTGTGAAAATGAATTCGAGTATCTTCTACTCGATGGGGTATTGTGTCATTATGGTATCTGTATGTTATGAGCAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTCGGTTCATAA
GTAGTGTTAGGTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTGGGTTCACAAGTACTGTTAGTTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGGATAATTTTTTTTATTAGACCATACATCTTAAATAAAATCAAAATTAAAAAGGTGGCTTT
TACACATGTAATATCACTGTAAAATAATATCACTTTAATTAAATGTGATTTCCAAGGACTCATCTCTTAGCACAGTCTGAATTGAATAGGTTCCAAACATGAAAATTTCAATGGTGGGCATCACTAGTTTATTACGATGCCCAATA

>TRINITY_DN117035_c0_g3_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGATGAAGTATGGAGAAAGAAGACAACAATGTCTCTCCACTGCTGTTTTTTTAGCACAAAGCATCTTTTAACGGTTCGAACTCTTTGTCTCTAGCTTCATGTCTCTAGCCGTTGGATGCTTGTTCTCTATTTAAACCCACTTCAATCTGGGCACAATTTCAAAAATGGCTGTCCGAGTAGCTTTTGTGTGTATTATTTTG
TTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGGTATGTGCTTTCTGTGTATTATGCTTGCTTTGGCCTGTTTCTATGGTGGATTGCTGGTTTCCTTTTTCATTATCTTTCTGTTTTTGAGTTTTGGGTTTTGTTTTTCTGGCTGCCTTCAATGCTGTGTGTTTTGTCTGGTTTTGTATGAAGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAA
TGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTGATTCCTGAGGAGACGAGGTAAAAGAAACTGTTTCTAAATAATTTTTTTCTTGTTAAAAGCTGCATTAAGTTGATTTCCATGCTTTTATTAGAGATAAGGGTTTATGGAATTGAAGGGCTTCAAATTT
GTTTTGAGAGACAGGTATATAACAACTCCTTATATGCCGATGACTATTGTAAATGGGTTGTTTCTGGCAATGACTATATAAATGGGTTGTTCCTGGCAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGATTGGTAATGCGAAATAATACATCTgtgagtcattttaccaacttatca
cttatattcactattattatgaaattatggagcggcattctatgcagcacaaacatagaaatagctatattggatgtttttagattttgcattttaattagtttacagttttagatgcattacacgatttaaaccctaaatcatttgaaagattttattaccctaaatcattcgtatattaaaaataaaataatttctgc
taggaggaaacttaatttattcttatttttacttttatattaagagcgaccagatgagatatctctataatgtatcgcttcatagtaataacaacgaaatgcagaagtagttctctggttctgttttctaggtttactcaaaaggttcccagagcatcgtaagtggaaaaagagaatcgtacttgcaaattaaacccgga
gcaaaattattccgtgtatttaatgaaattgtgtatgtattttgactctttttatttaagtgtgcggtgtttatttctccaattctttaaaatgcgtgcctgagctatttatggcatttctgccgtgttgtagagAGCACACTGTAGAGAGCACACTGTAGACGTGTGGGAGCTTCCAATCTTGCCGTAAGTGCTGGGCA
GATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGACAACCGGATTATTTACGAACTCGAGAATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTCTAGACGAAACGTTGAAATTGGGGTATAGTAATTGTACGGACAGAGTAC
AATTTTTTTAATGAAAGAAATTTTATAGGAACTTAGCATTTAATGGAGATATACTGATCATATATTTGGGAGGGAACATATTCTGTATTTAGATGGATCTAGATTAGTTTTTTATTAAATTTTAAGTTAATATTTTAGGTGACATGTGTCACTTGATACATCTACCTTGGCTCTAGAAAATATCTTTTAGGTGACTTCTC
TTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGAATGAATATCATTGATCCATCATTAATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATGATAAATATGACGTTAGCACCCAACGTTCTAATTTGTTTTCTATTTTTC
AAATTTTCAAATTTTGAGGTGGTGTGCGAATTGAATTCCTAATAGAGATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACCAAATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACTAGATAATCTCATAAATTGTAATCTATATCACCACTCTTTTCTATAGTGATGAACATTGTCTCTTCACTTCTACTCTTTGAGTTTTAGTGTG
AAAATGAATTCGAGTATCTTCTACTCGATGGGGTATTGTGTCATTATGGTATCTGTATGTTATGAGCAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTCGGTTCATAAGTAGTGTTAGGTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGA
GTTTGTGGGTTCACAAGTACTGTTAGTTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGGATAATTTTTTTTATTAGACCATACATCTTAAATAAAATCAAAATTAAAAAGGTGGCTTTTACACATGTAATATCACTGTAAAATAATATCACTTTAATTAAATGTGATTTCCAAGGACTCATCTCTTAGCACAGTCTGAATTG
AATAGGTTCCAAACATGAAAATTTCAATGGTGGGCATCACTAGTTTATTACGATGCCCAATATTGCAATGATACCTTATAATTTATTATGCATGTATCTACCAAAATACTAGTGAAGAGCATTCATATGCAACAAATCTTAGTTGTCTTTCAATCTAGCTCTCATTAGATTTTAATGAAGAGAGATAAACAGAACAAACT
TAAAGTTGGCATGAAAGAACAATTTGAGTTAGCAGTATGGTCTACTCAAGGTTTTTATGAAGAGGGAGATAAAAAGAGTAAATTTAAAGTTTGCATGAAAGAACAATTTGAGTTAGCAATCTTGTCTACTCAAGTGTGGTGGACAAGTTGTAATTGTGGACTAGCACTTTTAAATGCTATAAGTATGTGAATTTGAAGTA
GTGCCTTGAGCTTAAAGTTGGCATTCAAGACCAATTTGATTTTCATGCCAAGTTTCAAGGAATTACACATGCAACCTCCTCTACCCTGCCTTATTATAGGGGTCATATTAGTCAATGTAACTAATAATCCCTTTAGACTAGCTAGACACTAGTTTAGTCTGCTGAGCTTTAGTTCCCATGTCTAATGAGCCGAGGCAAGC
TGCTCCAACAAAGCAGCAGTAAGTTCCATACTTGGCAAGTGTGAAAGCGCCTCCTCCTTATATTAATTGAAAATATTGCATTTTATACGTTTCAATTTTCCTGGGGCAACTAACTTTGGTGGATGTGCTTTAATTGTACACTAATTTAATTTGCATTGAAACTTCAAATGCTACAAGTGGATGAACTTGAACTCATG

Intron 8 GTGAGTCATT ... CGTGTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.61	38	85.7	42
A2	63.05	29	74	25
A3	65.97	29	71.7	41
A4	76.48	17	67.7	43
A5	64.77	17	44	19
A6	23.82	143	48.3	42
A7	27.33	107	55.3	26
A8	28.44	118	57	37
A9	23.49	141	52.7	34
A10	28.77	118	66.3	30

>TRINITY_DN115974_c1_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

TATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTGATTCCTGAGGAGACGAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGA
TTGGTAATGCGAAATAATACATCTAGAGCACACTGTAGAGAGCACACTGTAGACGTGTGGGAGCTTCCAATCTTGCCGTAAGTGCTGGGCAGATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGACAACCGGATTATTTACGA
ACTCGAGAATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTCTAGACGAAACGTTGAAATTGGGGTATAGTAATTGTACGGACAGAGTACAATTTTTTTAATGAAAGAAATTTTATAGGAACTTAGCATTTAATGGAGATATACTGATCATATATTTGGGAGGGAACATATTCTGTATTTAGATGGATCTAGATTAGTT
TTTTATTAAATTTTAAGTTAATATTTTAGGTGACATGTGTCACTTGATACATCTACCTTGGCTCTAGAAAATATCTTTTAGGTGACTTCTCTTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGAATGAATATCATTGATCC
ATCATTAATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATGATAAATATGACGTTAGCACCCAACGTTCTAATTTGTTTTCTATTTTTCAAATTTTCAAATTTTGAGGTGGTGTGCGAATTGAATTCCTAATAGAGATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACCAAATAATCTCATAAATTGTAATCTCTATCACT
AGATAATCTCATAAATTGTAATCTATATCACCACTCTTTTCTATAGTGATGAACATTGTCTCTTCACTTCTACTCTTTGAGTTTTAGTGTGAAAATGAATTCGAGTATCTTCTACTCGATGGGGTATTGTGTCATTATGGTATCTGTATGTTATGAGCAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTCGG
TTCATAAGTAGTGTTAGGTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGTGGGTAAGATTAATGACTAATCTTCAATGTGTGGAGAATAAGGAGTTTGTGGGTTCACAAGTACTGTTAGTTATAATATTTAAGTTCCATATGGAATTTGGATAATTTTTTTTATTAGACCATACATCTTAAATAAAATCAAAATTAAAAAGG
TGGCTTTTACACATGTAATATCACTGTAAAATAATATCACTTTAATTAAATGTGATTTCCAAGGACTCATCTCTTAGCACAGTCTGAATTGAATAGGTTCCAAACATGAAAATTTCAATGGTGGGCATCACTAGTTTATTACGATGCCCAATA

>TRINITY_DN115974_c1_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TATTTTGTTTTGGCCTTTCCCTTTTTCACTGGCAAGAGACTATAACCTGTATGCGAATGGATTTCTTTAGTATTTGCTATTTTTATCTGGCTAATTGAAGATCTGCAATCCGGATTGTGAAGTTTGAGTGATTCCTGAGGAGACGAGTTGGAGAGGATTGGTTTTTGATAACAGCCGACTTGAGATGCCGCTCCAGAGGA
TTGGTAATGCGAAATAATACATCTgtgagtcattttaccaacttatcacttatattcactattattatgaaattatggagcggcattctatgcagcacaaacatagaaatagctatattggatgtttttagattttgcattttaattagtttactgttttagatgcattacacgatttaaaccctaaatcatttgaaaga
ttttattaccctaaatcattcgtatattaaaaataaaataatttctgctaggaggaaacttaatttattcttatttttacttttatattaagagcgaccagatgagatatctctataatgtatcgcttcatagtaataacaacgaaatgcagaagtagttctctggttctgttttctaggtttactcaaaaggttcccag
agcatcgtaagtggaaaaagagaatcgtacttgcaaattaaacccggagcaaaattattccgtgtatttaatgaaattgtgtatgtattttgactctttttatttaagtgtgcggtgtttatttctccaattctttaaaatgcgtgcctgagctatttatggcatttctgccgtgttgtagAGAGCACACTGTAGAGAGC
ACACTGTAGACGTGTGGGAGCTTCCAATCTTGCCGTAAGTGCTGGGCAGATGGAGTTTCGCCCGTATTTTTACCTTTTTCCGTGGAGATATTTCCTTCACCACAAAACCAAACCGGATTATTGCTATTTATTCATGTGACAACCGGATTATTTACGAACTCGAGAATTGAGATCACAAATTATGGTTTAAGTTTTGTTTC
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TTGATACATCTACCTTGGCTCTAGAAAATATCTTTTAGGTGACTTCTCTTTTATGTATATGCCGAAATAGATTTAGAACGTAGTGGTAACTTTAAGCTTATACATTGAAGTAACATAGATTAAAATAAGATGGTTGTAGAATGAATATCATTGATCCATCATTAATCCCATTTTTTTTGTTAGAACTTCATTGAGTTATG
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