sp|Q9FR53|TOR_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase TOR

Intron 1 GTAAATTACC ... ATATCTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	2	2	10
A2	100	0	0	11
A3	57.89	4	2	9
A4	63.64	2	3	4
A5	100	0	2	5
A6	45.45	3	4	1
A7	42.86	4	3	3
A8	63.64	2	1	6
A9	41.18	5	3	4
A10	75	1	2	4

>TRINITY_DN44599_c2_g9_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

ATATGGTGTTTTGTGTAATTTCATATTCTATGCATTGAGGTGGCTCTTCTGATTGATAATTTGATAGTGGCAGTTACAATGGTTTTATGCATTCATTCCATTGGATATCTGCAGAGTGCATAGTTATTGGGGAAAGTTGTGTACCGATGCAGCATGTTTAGAAGTTAGGTTTGCTACTTTGAGGGTGTGACACTATCGAT
AAGAAACAAAAATACAAGATCACTCCAAGCAGGGACAACCTTCTATGGAAGCGCCCGAATGTGTAGAGAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTACTATGAAAATTCATGTACAGAGCTTCTTATTGAATGCCATGTTTTCTGCTGGTCTATCAGCTACCTTGGTGGAAGCCCTTGGTGAGATGGCTTCTAGTGTTGTCCAA
GACACCATATAGGATGACAAAGCCTGGTGGATCAGTAGTACGTGCTAACACTGCCTTCAATCCTTATCAAGTCTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTAGTACAGCTTGCAATGAAAACACGAACAAACTTTAACTTCAAGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCAGTAGTTTTATACATGGAAGATGAAGATGA
TGAAGCACAAAGAGATACCACAAATATGTAGTTGTAAGCTCGTGGAGAGTTGGATCTATATCTCCACAGTTTACTACAAGTCGAACCAGCCACCTCTTGTGGAGGAAGGTGGCGCCTTCTGAACTAAGTTTTAAAAATAAAATTCGTTCAAATTTCTATGCATCATCTGCAACCATGGGTTTACTAGATATCTGCAGTAT
TTTCTG

>TRINITY_DN44599_c2_g9_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATATGGTGTTTTGTGTAATTTCATATTCTATGCATTGAGGTGGCTCTTCTGATTGATAATTTGATAGTGGCAGTTACAATGGTTTTATGCATTCATTCCATTGGATATCTGCAGAGTGCATAGTTATTGGGGAAAGTTGTGTACCGATGCAGCATGTTTAGAAGTTAGGTTTGCTACTTTGAGGGTGTGACACTATCGAT
AAGAAACAAAAATACAAGATCACTCCAAGCAGGGACAACCTTCTATGGAAGCGCCCGAATGTGTAGAGAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTACTATGAAAATTCATGTACAGAGCTTCTTATTGAATGCCATGTTTTCTGCTGGTCTATCAGCTACCTTGGTGGAAGCCCTTGGTGAGATGGCTTCTAGgtaaattacc
tagattactcaaatgtatcattttaagtaagtaaaattattttggttttgtcagcatggcatatgtatcatttgattaggtaaagttattttggttttgtgagcatggcatattatttgattaaagatgttagtcacaataacatggttaatttccaggctccactacatttggttatttccaagctccactcaatcttt
gtggaacttttgtatttatgcatttttttttaatgtagaattttcattttcccaacctatcttctttacagacaacaatacaagagcggttgcttgactgcatatctatagTGTTGTCCAAGACACCATATAGGATGACAAAGCCTGGTGGATCAGTAGTACGTGCTAACACTGCCTTCAATCCTTATCAAGTCTTGGAT
GTTAGTGGTCCTGCTCTAGTACAGCTTGCAATGAAAACACGAACAAACTTTAACTTCAAGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCAGTAGTTTTATACATGGAAGATGAAGATGATGAAGCACAAAGAGATACCACAAATATGTAGTTGTAAGCTCGTGGAGAGTTGGATCTATATCTCCACAGTTTACTACAA
GTCGAACCAGCCACCTCTTGTGGAGGAAGGTGGCGCCTTCTGAAATTATAGTGAAGCTCCTTCACAGATGCTGATGTTGGTGTGAGGGAGTCGACTTTTCTTTTGTCCCATGCTAAATGGAGGTTGTGATGATTTTTTGGCACAATCTGACAGTTTATATGCAATATTTTTTACCCTCAAGGATGAGGTATGCTCTTTGT
AATACTTGATTTACTAGACCCTAAATCTATTTAAATTTGTATCAAAACAAGAGCATACCAGCTTATGATGGTTTGCACAATTGCAAGCAAGTTCTTTGGACATTTTCCA

Intron 2 GTAAATTACC ... TTTAATGTAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	1	2	2
A2	100	0	0	6
A3	75	1	2	4
A4	55.56	2	3	2
A5	100	0	2	1
A6	60	2	4	2
A7	25	6	3	1
A8	33.33	5	1	4
A9	66.67	1	3	1
A10	66.67	1	2	2

>TRINITY_DN48372_c1_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GCAAACTACACAGAAAATGTACATAGCTGAATGAATGCCTGGAACTTCAAGACAGAGTTACAGCCTAAACACATAGAGCTATTGAGGTCACCTTGGTTAATTGAATTGCTTGCCTTTCAGATCAACACAAGAGATTCAGAGCATGGACATATTAGTGAAGTTTTTCTTGAATGCTCATGTGACTTTACTGGCAGTGATGC
TGTTATTACATGCACATTACCTGATTCTGTGAAATTGGAGTTTAGATTGACATGCCCTATCTGTCTGATCACTCCAAGCAGGGACAACCTTCTATGGAAGCGCCCGAATGTGTAGAGAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCTATGAAAATTCATGTACAGAGCTTCTTATTGAATGCCATGTTTTCTGCTGGTCTATC
AGCTACCTTGGTGGAAGCCCTTGGTGAGATGGCTTCTAGAATTTTCATTTTCCCAACCTATCTTCTTTACTGACAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTATAGTGTTGTCCAAGACACCATATAGGATGACAAAGCCTGGTGGATCAGTAGTACGTGCTAACACTGCCTTCAATCCTTATCAAGTCTTGGA
TGTTAGTGGTCCTGCTCTAGTACAGCTTGCATTGAAAACACGAACAAACTTCAACTTCAAGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCAGTAGTTTTATACATGGAAGATGAAGAAGCACAAAGAGATACCACAAATATGTAGTTGTAAGCTCGTGGAGAGTTGGATCTATATCTCCACAGTTTACTACAAGTCGA
ACCAGCCACCTCTTGTGGAGGAAGGTGGCGCCTTCTGAAATTATAGTGAAGCTCCTTCACAGATGCTGATGTTGGTGTGAGGGAGTCGACTTTTCTTTTGTCCCATGCTAAATGGAGGTTGTGATGATTTTTTGGCACAATCTGACAGTTTATATGCAATATTTTTTACCCTCAAGGATGAGGTATGCTCTTTGTAATAC
TTGATTTACTAGACCCTAAATCTATTTAAATTTGTATCAAAACAAGAGCATACCAGCTTATGATGGTTTGCACAATTGCAAGCAAGTTCTTTGGACATTTTCC

>TRINITY_DN48372_c1_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GCAAACTACACAGAAAATGTACATAGCTGAATGAATGCCTGGAACTTCAAGACAGAGTTACAGCCTAAACACATAGAGCTATTGAGGTCACCTTGGTTAATTGAATTGCTTGCCTTTCAGATCAACACAAGAGATTCAGAGCATGGACATATTAGTGAAGTTTTTCTTGAATGCTCATGTGACTTTACTGGCAGTGATGC
TGTTATTACATGCACATTACCTGATTCTGTGAAATTGGAGTTTAGATTGACATGCCCTATCTGTCTGATCACTCCAAGCAGGGACAACCTTCTATGGAAGCGCCCGAATGTGTAGAGAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTACTATGAAAATTCATGTACAGAGCTTCTTATTGAATGCCATGTTTTCTGCTGGTCTATC
AGCTACCTTGGTGGAAGCCCTTGGTGAGATGGCTTCTAGgtaaattacctagattactcaaatgtatcattttaagtaagtaaaattattttggttttgtcagcatggcatatgtatcatttgattaagtaaagttattttggttttgtgagcatggcatattattggattaaagatgttagtcacaataacatggttaa
tttccaggctccactacatttggttatttccaagctccactcaatctttgtggaacttttgtatttatgcatttttttttaatgtagAATTTTCATTTTCCCAACCTATCTTCTTTACTGACAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTATAGTGTTGTCCAAGACACCATATAGGATGACAAAGCCTGGTGG
ATCAGTAGTACGTGCTAACACTGCCTTCAATCCTTATCAAGTCTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTAGTACAGCTTGCATTGAAAACACGAACAAACTTCAACTTCAAGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCAGTAGTTTTATACATGGAAGATGAAGAAGCACAAAGAGATACCACAAATATGTAGTTGTA
AGCTCGTGGAGAGTTGGATCTATATCTCCACAGTTTACTACAAGTCGAACCAGCCACCTCTTGTGGAGGAAGGTGGCGCCTTCTGAAATTATAGTGAAGCTCCTTCACAGATGCTGATGTTGGTGTGAGGGAGTCGACTTTTCTTTTGTCCCATGCTAAATGGAGGTTGTGATGATTTTTTGGCACAATCTGACAGTTTA
TATGCAATATTTTTTACCCTCAAGGATGAGGTATGCTCTTTGTAATACTTGATTTACTAGACCCTAAATCTATTTAAATTTGTATCAAAACAAGAGCATACCAGCTTATGATGGTTTGCACAATTGCAAGCAAGTTCTTTGGACATTTTCC

Intron 3 GTTCGTCCTG ... TTCTTTGCAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	4	3.6	8
A2	85	1	2.2	5.8
A3	33.33	2	0	1
A4	88.57	0.8	0.4	4.4
A5	100	0	0.8	1.4
A6	50	1	0	1
A7	0	0.8	0	0
A8	60	4	2	6
A9	50	2	0	2
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN36538_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

TGAATAGATATTGGGGAAAGTTGTTTACCGATGCAGCATGTTTAGAAGTTAGGTTTGCTACTTTGAGGGTGTGACACTATCGATAAGAAACAAAAATACAAGATCACTCCAAGCAGGGACAACCTTCTATGGAAGCGCCCGAATGTGTAGAGAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCTATGAAAATTCATGTACAGAGC
TTCTTATTGAATGCCATGTTTTCTGCTGGTCTATCAGCTACCTTGGTGGAAGCCCTTGGTGAGATGGCTTCTAGAATTTTCATTTTCCCAACCTATCTTCTTTACTGACAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTATAGTGTTGTCCAAGACACCATATAGGATGACAAAGCCTGGTGGATCAGTAGTACGT
GCTAACACTGCCTTCAATCCTTATCAAGTCTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTAGTACAGCTTGCAATGAAAACACGAACAAACTTTAACTTCAAGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCAGTAGTTTTATACATGGAAGATGAAGATGATGAAGCACAAAGAGATACCACAAATATGTAGTTGTAAGCTCGT
GGAGAGTTGGATCTATATCTCCACAGTTTACTACAAGTCGAACCAGCCACCTCTTGTGGAGGAAGGTGGCGCCTTCTGAAATTATAGTGAAGCTCCTTCACAGATGCTGATGTTGGTGTGAGGGAGTCGACTTTTCTTTTGTCCCATGCTAAATGGAGGTTGTGATGATTTTTTGGCACAATCTGACAGTTTATATGCAA
TATTTTTTACCCTCAAGGATGAGGTATGCTCTTTGTAATACTTGATTTACTAGACCCTAAATCTATTTAAATTTGTATCAAAACAAGAGCATACCAGCTTATGATGGTTTGCACAATTGCAAGCAAGTTCTTTGGACATTTTCCA

>TRINITY_DN36538_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATAAGAAACAAAAATACAAGgttcgtcctgcctcgcatttggattctgggcatcaaccctctcgcttaatttattttttaaatttgacttctttgcagATCACTCCAAGCAGGGACAACCTTCTATGGAAGCGCCCGAATGTGTAGAGAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCTATGAAAATTCATGTACAGAGCTTCT
TATTGAATGCCATGTTTTCTGCTGGTCTATCAGCTACCTTGGTGGAAGCCCTTGGTGAGATGGCTTCTAGGTAAATTACCTAGATTACTCAAATGTATCATTTTAAGTAAGTAAAATTATTTTGGTTTTGTCAGCATGGC