NA ----> NA
Intron 1 GTATGTCTTG ... CTCCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.6 | 70 | 18.3 | 16 |
| A2 | 27.63 | 55 | 4 | 21 |
| A3 | 14.75 | 52 | 8.3 | 9 |
| A4 | 33.33 | 44 | 2 | 22 |
| A5 | 14.71 | 29 | 6.3 | 5 |
| A6 | 28.09 | 128 | 15.3 | 50 |
| A7 | 21.32 | 221.5 | 32.7 | 60 |
| A8 | 24.67 | 171 | 20 | 56 |
| A9 | 22.12 | 264 | 42 | 75 |
| A10 | 26.29 | 207.5 | 29.7 | 74 |
>TRINITY_DN113295_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCCTTTGGGCGGTGGTGCTACACCTGCGACTTCTCTACCAACGCCAACGCCAACGGCAACGCCAACGCATACGCAAGTGTTTAGTTTGATAAATAAATACCTTTTGGTTGTTTTTGTCTGTTGTATATGACCTCCCCACCATTCCCTTCGGACAACATATCTGTGCCGCTACTGGCCTTTTATCAGAAGCTCCCTGTT
TTTCATTAGGGTTTGCGAATCCCGGACATTACCAGAAGCCAAAGACAGGGTTGGAATTCGTGGAAATCACAAGCTTGCAGATCTTGCTCAAATTCGACAATGGAGGACGACTGGGAAGCTGAGGATTTTGTACCAGTACCTCCAGTCATTGCCAAAGAGAAACCGAAAGGCTCATGGGATGATGAAGATGCTTCAGATGA
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CCACAGAATTGTTTGGTAATAGCAATGGTGACAAGTCACTAGACAGCTTCATACCTAAATCAGAAGAGGATTTTATGGAGTATGCTGAACTTGTTGCACATAAATTGAGACCATTTGATAAGAGCTTTCATTATGTTACTCTGTTGAAAGCTGTGATGCGCCATGCCATGACAACATTGAAAGCTGCAGATGCTAAAGAT
GTAGCATCGTCGGTGACAGTCATTGCCAATGAAAAAATTAAAGCTGAAAAAGAAGCTAACGCTGGGAAAAAGAAGTCTGGAACAAAAAAGAAACAGCTCCATGTGGACAGGCCAGATGATGATGCTTTGGTTGGAACCTATGCTGACATAGATGACTATGATTTCATGTGAAATTATGCCATAAATTGCCGGTGACATTA
TATCTCGTTAATTTATGATCCTAAACCTTAATTTCTAAGGCAGGGTCTGCAGCTTCATGAAGAGTGCTTTTACATGAGTTTCCTTCCCCCGTGTTTCTTGTTTGAGTGTTCTTGTCAGTTGAGTATCAAAAGGGGATATTCATATGCGCTTAGTTATTTATTATAATCTACTACCATTGGACATTTAATTCGATCAAATA
TAATTATAGCAGTTTGCATTCAGTCTTCAGTTTATCAATCTCTAATTTGTCGGACAGAGCTGCAAGCAATTATAAATGGTATTGTGAGAATCGGGAGGGTGGGACTGCCAGAAATTGTAAAATGTTCTGGTGATTGAAATTCGAGGGCAGGGTGGGCTAGCCATTGTAATTGATGTCATTAATGTGTAGTGGCAATATGC
TGAGTGGTTGTTCTCTTTAGCAGTATTGTCAAACATTTGCAGCTATGGCTGTGGCATGATTTGATAAAGGCAGGGATGCTAGCATTGTAAATGTCCTAGCTCTTGCATGTAGCCATAAAGCTCGGATTGGCCAAATATGTGCAGCCATAGTTGCACCATGATTGGGGTTCAAGATTTGATATGATTTATGATTGAACTAT
GTTGATGTCATCTCAGTCATAGACGTGTTTAGTGGAGATCCTACAATTGGTCAATCAACTTCATATCTACTTTTCACAACAAATTATTGCTCAATCATAGACATGTCTGCTGAAGATCCTGCCATCCTAGAAACTTGTCCAATCGGCCTCTTGGCATTATTCAATTAATCTATAGCATCGCCGCTGTTTACAATGCCAGC
AATAATTTTCTATTTACTTTGTTCTAGGGTTGGCTTGTGTCGTATAGGTTAGTCCTCATTTTGATA
>TRINITY_DN113295_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTCCTTTGGGCGGTGGTGCTACACCTGCGACTTCTCTACCAACGCCAACGCCAACGGCAACGCCAACGCATACGCAAGTGTTTAGTTTGATAAATAAATACCTTTTGGTTGTTTTTGTCTGTTGTATATGACCTCCCCACCATTCCCTTCGGACAACATATCTGTGCCGCTACTGGCCTTTTATCAGAAGCTCCCTGTT
TTTCATTAGGGTTTGCGAATCCCGGACATTACCAGAAGCCAAAGACAGGGTTGGAATTCGTGGAAATCACAAGCTTGCAGATCTTGCTCAAATTCGACAATGGAGGACGACTGGGAAGCTGAGGATTTTGTACCAGTACCTCCAGTCATTGCCAAAGAGAAACCGAAAGGCTCATGGGATGATGAAGATGCTTCAGATGA
AGATGTTAAAGAGTCTTGGGAGGATGAAGAGGCTACTTTAGAAACAAAGCCTGCATCAAAACCTGAACCAAAGCCTGAGAAAAAGAAAGCTACTGAAAGCAATGTAAAGACTGCAAATGTCCAGGATGGAAAGCTTCCAGATCCAGTAGCAGAAAAACTGCGTCAGCAGAGGCTTGTAGAGGAAGCAGATTACCAGTCAA
CCACAGAATTGTTTGGTAATAGCAATGGTGACAAGTCACTAGACAGCTTCATACCTAAATCAGAAGAGGATTTTATGGAGTATGCTGAACTTGTTGCACATAAATTGAGACCATTTGATgtatgtcttgttcatttttaatatttatgcctttttatgttaaaattttatgaattatgattttagtcattataaagctat
tgcgtattgcaatggattcaagagggtagctttcatctttcttttagattacgtgatctacattttctatttgtttctcaacaattattctttctcaattgtgtatctcctttcagAAGAGCTTTCATTATGTTACTCTGTTGAAAGCTGTGATGCGCCATGCCATGACAACATTGAAAGCTGCAGATGCTAAAGATGTA
GCATCGTCGGTGACAGTCATTGCCAATGAAAAAATTAAAGCTGAAAAAGAAGCTAACGCTGGGAAAAAGAAGTCTGGAACAAAAAAGAAACAGCTCCATGTGGACAGGCCAGATGATGATGCTTTGGTTGGAACCTATGCTGACATAGATGACTATGATTTCATGTGAAATTATGCCATAAATTGCCGGTGACATTATAT
CTCGTTAATTTATGATCCTAAACCTTAATTTCTAAGGCAGGGTCTGCAGCTTCATGAAGAGTGCTTTTACATGAGTTTCCTTCCCCCGTGTTTCTTGTTTGAGTGTTCTTGTCAGTTGAGTATCAAAAGGGGATATTCATATGCGCTTAGTTATTTATTATAATCTACTACCATTGGACATTTAATTCGATCAAATATAA
TTATAGCAGTTTGCATTCAGTCTTCAGTTTATCAATCTCTAATTTGTCGGACAGAGCTGCAAGCAATTATAAATGGTATTGTGAGAATCGGGAGGGTGGGACTGCCAGAAATTGTAAAATGTTCTGGTGATTGAAATTCGAGGGCAGGGTGGGCTAGCCATTGTAATTGATGTCATTAATGTGTAGTGGCAATATGCTGA
GTGGTTGTTCTCTTTAGCAGTATTGTCAAACATTTGCAGCTATGGCTGTGGCATGATTTGATAAAGGCAGGGATGCTAGCATTGTAAATGTCCTAGCTCTTGCATGTAGCCATAAAGCTCGGATTGGCCAAATATGTGCAGCCATAGTTGCACCATGATTGGGGTTCAAGATTTGATATGATTTATGATTGAACTATGTT
GATGTCATCTCAGTCATAGACGTGTTTAGTGGAGATCCTACAATTGGTCAATCAACTTCATATCTACTTTTCACAACAAATTATTGCTCAATCATAGACATGTCTGCTGAAGATCCTGCCATCCTAGAAACTTGTCCAATCGGCCTCTTGGCATTATTCAATTAATCTATAGCATCGCCGCTGTTTACAATGCCAGCAAT
AATTTTCTATTTACTTTGTTCTAGGGTTGGCTTGTGTCGTATAGGTTAGTCCTCATTTTGATA
Intron 2 GTGTGTTTTC ... GTGGCAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.85 | 99 | 25 | 31 |
| A2 | 17.24 | 72 | 23.5 | 15 |
| A3 | 27.78 | 78 | 13.5 | 30 |
| A4 | 34.55 | 72 | 24.8 | 38 |
| A5 | 21.74 | 36 | 6.8 | 10 |
| A6 | 29.49 | 141.1 | 27.9 | 59 |
| A7 | 27.3 | 229 | 62.6 | 86 |
| A8 | 31.4 | 165 | 44.3 | 75.5 |
| A9 | 24.26 | 284.1 | 64.3 | 91 |
| A10 | 23.8 | 265 | 77.5 | 82.8 |
>TRINITY_DN113295_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCCTTTGGGCGGTGGTGCTACACCTGCGACTTCTCTACCAACGCCAACGCCAACGGCAACGCCAACGCATACGCAAGTGTTTAGTTTGATAAATAAATACCTTTTGGTTGTTTTTGTCTGTTGTATATGACCTCCCCACCATTCCCTTCGGACAACATATCTGTGCCGCTACTGGCCTTTTATCAGAAGCTCCCTGTT
TTTCATTAGGGTTTGCGAATCCCGGACATTACCAGAAGCCAAAGACAGGGTTGGAATTCGTGGAAATCACAAGCTTGCAGATCTTGCTCAAATTCGACAATGGAGGACGACTGGGAAGCTGAGGATTTTGTACCAGTACCTCCAGTCATTGCCAAAGAGAAACCGAAAGGCTCATGGGATGATGAAGATGCTTCAGATGA
AGATGTTAAAGAGTCTTGGGAGGATGAAGAGGCTACTTTAGAAACAAAGCCTGCATCAAAACCTGAACCAAAGCCTGAGAAAAAGAAAGCTACTGAAAGCAATGTAAAGACTGCAAATGTCCAGGATGGAAAGCTTCCAGATCCAGTAGCAGAAAAACTGCGTCAGCAGAGGCTTGTAGAGGAAGCAGATTACCAGTCAA
CCACAGAATTGTTTGGTAATAGCAATGGTGACAAGTCACTAGACAGCTTCATACCTAAATCAGAAGAGGATTTTATGGAGTATGCTGAACTTGTTGCACATAAATTGAGACCATTTGATAAGAGCTTTCATTATGTTACTCTGTTGAAAGCTGTGATGCGCCATGCCATGACAACATTGAAAGCTGCAGATGCTAAAGAT
GTAGCATCGTCGGTGACAGTCATTGCCAATGAAAAAATTAAAGCTGAAAAAGAAGCTAACGCTGGGAAAAAGAAGTCTGGAACAAAAAAGAAACAGCTCCATGTGGACAGGCCAGATGATGATGCTTTGGTTGGAACCTATGCTGACATAGATGACTATGATTTCATGTGAAATTATGCCATAAATTGCCGGTGACATTA
TATCTCGTTAATTTATGATCCTAAACCTTAATTTCTAAGGCAGGGTCTGCAGCTTCATGAAGAGTGCTTTTACATGAGTTTCCTTCCCCCGTGTTTCTTGTTTGAGTGTTCTTGTCAGTTGAGTATCAAAAGGGGATATTCATATGCGCTTAGTTATTTATTATAATCTACTACCATTGGACATTTAATTCGATCAAATA
TAATTATAGCAGTTTGCATTCAGTCTTCAGTTTATCAATCTCTAATTTGTCGGACAGAGCTGCAAGCAATTATAAATGGTATTGTGAGAATCGGGAGGGTGGGACTGCCAGAAATTGTAAAATGTTCTGGTGATTGAAATTCGAGGGCAGGGTGGGCTAGCCATTGTAATTGATGTCATTAATGTGTAGTGGCAATATGC
TGAGTGGTTGTTCTCTTTAGCAGTATTGTCAAACATTTGCAGCTATGGCTGTGGCATGATTTGATAAAGGCAGGGATGCTAGCATTGTAAATGTCCTAGCTCTTGCATGTAGCCATAAAGCTCGGATTGGCCAAATATGTGCAGCCATAGTTGCACCATGATTGGGGTTCAAGATTTGATATGATTTATGATTGAACTAT
GTTGATGTCATCTCAGTCATAGACGTGTTTAGTGGAGATCCTACAATTGGTCAATCAACTTCATATCTACTTTTCACAACAAATTATTGCTCAATCATAGACATGTCTGCTGAAGATCCTGCCATCCTAGAAACTTGTCCAATCGGCCTCTTGGCATTATTCAATTAATCTATAGCATCGCCGCTGTTTACAATGCCAGC
AATAATTTTCTATTTACTTTGTTCTAGGGTTGGCTTGTGTCGTATAGGTTAGTCCTCATTTTGATA
>TRINITY_DN113295_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAGAAAAACTGCGTCAGCAGAGgtgtgttttcagtgatttgttctataatatttgtatatctttcacttgacgtgtttcttatgatgcattgaatgagtgatgcatgtggcaatagGCTTGTAGAGGAAGCAGATTACCAGTCAACCACAGAATTGTTTGGTAATAGCAATGGTGACAAGTCACTAGACAGCTTCATACC
TAAATCAGAAGAGGATTTTATGGAGTATGCTGAACTTGTTGCACATAAATTGAGACCATTTGATAAGAGCTTTCATTATGTTACTCTGTTGAAAGCTGTGATGCGCCATGCCATGACAACATTGAAAGCTGCAGATGCTAAAGATGTAGCATCGTCGGTGACAGTCATTGCCAATGAAAAAATTAAAGCTGAAAAAGAAG
CTAACGCTGGGAAAAAGAAGTCTGGAACAAAAAAGAAACAGCTCCATGTGGACAGGCCAGATGATGATGCTTTGGTTGGAACCTATGCTGACATAGATGACTATGATTTCATGTGAAATTATGCCATAAATTGCCGGTGACATTATATCTCGTTAATTTATGATCCTAAACCTTAATTTCTAAGGCAGGGTCTGCAGCTT
CATGAAGAGTGCTTTTACATGAGTTTCCTTCCCCCGTGTTTCTTGTTTGAGTGTTCTTGTCAGTTGAGTATCAAAAGGGGATATTCATATGCGCTTAGTTATTTATTATAATCTACTACCATTGGACATTTAATTCGATCAAATATAATTATAGCAGTTTGCATTCAGTCTTCAGTTTATCAATCTCTAATTTGTCGGAC
AGAGCTGCAAGCAATTATAAATGGTATTGTGAGAATCGGGAGGGTGGGACTGCCAGAAATTGTAAAATGTTCTGGTGATTGAAATTCGAGGGCAGGGTGGGCTAGCCATTGTAATTGATGTCATTAATGTGTAGTGGCAATATGCTGAGTGGTTGTTCTCTTTAGCAGTATTGTCAAACATTTGCAGCTATGGCTGTGGC
ATGATTTGATAAAGGCAGGGATGCTAGCATTGTAAATGTCCTAGCTCTTGCATGTAGCCATAAAGCTCGGATTGGCCAAATATGTGCAGCCATAGTTGCACCATGATTGGGGTTCAAGATTTGATATGATTTATGATTGAACTATGTTGATGTCATCTCAGTCATAGACGTGTTTAGTGGAGATCCTACAATTGGTCAAT
CAACTTCATATCTACTTTTCACAACAAATTATTGCTCAATCATAGACATGTCTGCTGAAGATCCTGCCATCCTAGAAACTTGTCCAATCGGCCTCTTGGCATTATTCAATTAATCTATAGCATCGCCGCTGTTTACAATGCCAGCAATAATTTTCTATTTACTTTGTTCTAGGGTTGGCTTGTGTCGTATAGGTTAGTCC
TCATTTTGATA
Intron 3 GTAAGTTCTA ... GTGTTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.18 | 82 | 8 | 29.7 |
| A2 | 23.04 | 74 | 7 | 28.6 |
| A3 | 20.8 | 76 | 18 | 23.7 |
| A4 | 25.45 | 66 | 5 | 30.3 |
| A5 | 23.81 | 14 | 0 | 5.7 |
| A6 | 21.75 | 345 | 40 | 121.1 |
| A7 | 22.74 | 354 | 34 | 132.3 |
| A8 | 23.29 | 484.1 | 39.3 | 188.9 |
| A9 | 21.6 | 365.1 | 50.3 | 126.9 |
| A10 | 22.16 | 306.1 | 54.3 | 110.9 |
>TRINITY_DN119283_c5_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformTTCAAATATCCAAGTAACTGAATTGTTAAGCTGATATGAGGAACAATATCTTGTGATTTGCATATGTTGTAGTTGTGTCTTTTGTTTACTTGTGCTGATTTTGATTTCAGAACTCGTACTGTATGTAGTTTTCTGGTTGATGTGTGAATGGCCATACCTGTCAGCGCAATACTTATTTTCTATTATGTTAATGATGTAAT
TGTCAGGAAACAAAGCCTGCATCAAAACCTGAACCAAAGCCTGAGAAAAAGAAAGCTACTGAAAGCAATGTAAAGACTGCAAATGTCCAGGATGGAAAGCTTCCAGATCCAGTAGCAGAAAAACTGCGTCAGCAGAGGCTTGTAGAGGAAGCAGATTACCAGTCAACCACAGAATTGTTTGGTAATAGCAATGGTGACAA
GTCACTAGACAGCTTCATACCTAAATCAGAAGAGGATTTTATGGAGTATGCTGAACTTGTTGCACATAAATTGAGACCATTTGATAAGAGCTTTCATTATGTTACTCTGTTGAAAGCTGTGATGCGCCATGCCATGACAACATTGAAAGCTGCAGATGCTAAAGATGTAGCATCGTCGGTGACAGTCATTGCCAATGAAA
AAATTAAAGCTGAAAAAGAAGCTAACGCTGGGAAAAAGAAGTCTGGAACAAAAAAGAAACAGCTCCATGTGGACAGGCCAGATGATGATGCTTTGGTTGGAACCTATGCTGACATAGATGACTATGATTTCATGTGAAATTATGCCATAAATTGCCGGTGACATTATATCTCGTTAATTTATGATCCTAAACCTTAATTT
CTAAGGCAGGGTCTGCAGCTTCATGAAGAGTGCTTTTACATGAGTTTCCTTCCCCCGTGTTTCTTGTTTGAGTGTTCTTGTCAGTTGAGTATCAAAAGGGGATATTCATATGCGCTTAGTTATTTATTATAATCTACTACCATTGGACATTTAATTCGATCAAATATAATTATAGCAGTTTGCATTCAGTCTTCAGTTTA
TCAATCTCTAATTTGTCGGACAGAGCTGCAAGCAATTATAAATGGTATTGTGAGAATCGGGAGGGTGGGACTGCCAGAAATTGTAAAATGTTCTGGTGATTGAAATTCGAGGGCAGGGTGGGCTAGCCATTGTAATTGATGTCATTAATGTGTAGTGGCAATATGCTGAGTGGTTGTTCTCTTTAGCAGTATTGTCAAAC
ATTTGCAGCTATGGCTGTGGCATGATTTGATAAAGGCAGGGATGCTAGCATTGTAAATGTCCTAGCTCTTGCATGTAGCCATAAAGCTCGGATTGGCCAAATATGTGCAGCCATAGTTGCACCATGATTGGGGTTCAAGATTTGATATGATTTATGATTGAACTATGTTGATGTCATCTCAGTCATAGACGTGTTTAGTG
GAGATCCTACAATTGGTCAATCAACTTCATATCTACTTTTCACAACAAATTATTGCTCAATCATAGACATGTCTGCTGAAGATCCTGCCATCCTAGAAACTTGTCCAATCGGCCTCTTGGCATTATTCAATTAATCTATAGCATCGCCGCTGTTTACAATGCCAGCAATAATTTTCTATTTACTTTGTTCTAGGGTTGGC
TTGTGTCGTATAGG
>TRINITY_DN119283_c5_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTTCCTTTGGGCGGTGGTGCTACACCTGCGACTTCTCTACCAACGCCAACGCCAACGGCAACGCCAACGCATACGCAAGTGTTTAGTTTGATAAATAAATACCTTTTGGTTGTTTTTGTCTGTTGTATATGACCTCCCCACCATTCCCTTCGGACAACATATCTGTGCCGCTACTGGCCTTTTATCAGAAGCTCCCTGTT
TTTCATTAGGGTTTGCGAATCCCGGACATTACCAGAAGCCAAAGACAGGGTTGGAATTCGTGGAAATCACAAGCTTGCAGATCTTGCTCAAATTCGACAATGGAGGACGACTGGGAAGCTGAGGATTTTGTACCAGTACCTCCAGTCATTGCCAAAGAGAAACCGAAAGGCTCATGGGATGATGAAGATGCTTCAGATGA
AGATGTTAAAGAGTCTTGGGAGGATGAAGAGGCTACTTTAGAAACAAAGCCTGCATCAAAACCTGAACCAAAGCCTGAGAAAAAGAAAGCTACTGAAAGCAATGTAAAGACTGCAAATGTCCAGGATGGAAAGCTTCCAGATCCAGTAGCAGAAAAACTGCGTCAGCAGAGGCTTGTAGAGGAAGCAGATTACCAGTCAA
CCACAGAATTGTTTGGTAATAGCAATGGTGACAAGTCACTAGACAGCTTCATACCTAAATCAGAAGAGGATTTTATGGAGTATGCTGAACTTGTTGCACATAAATTGAGACCATTTGATAAGAGCTTTCATTATGTTACTCTGTTGAAAGCTGTGATGCGCCATGCCATGACAACATTGAAAGCTGCAGATGCTAAAGAT
GTAGCATCGTCGGTGACAGTCATTGCCAATGAAAAAATTAAAGCTGAAAAAGAAGCTAACGCTGGGAAAAAGAAGTCTGgtaagttctacaattggagatgctttagttccagcaatgaagagaaattactgcctagtattatatttacatgggatattaaaatgtaatttttttttctattgtttgctcttatatagtt
aaaactcacgtctagatcaatattcttgtcgaagttgctaattttgtcatgtcgaacaatcacattgcactgataaaaaagtttgtgttcacagGAACAAAAAAGAAACAGCTCCA