sp|Q4G2J4|DER21_MAIZE ----> Derlin-2.1

Intron 1 GTTTGTTCAA ... TGAATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.08	110	31	35
A2	21.3	85	27	19
A3	22.39	78	22	23
A4	20.4	80	19	22
A5	24.53	40	18	8
A6	21.71	613	162	178
A7	19.64	354	95	78
A8	22.03	400	102	124
A9	22	344	77	117
A10	23.2	293	100	77

>TRINITY_DN111657_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

AAGAAGGTACAAGCTTCTTTTGTATTTTTCTCTATTGGAGGTTTGTCTATATTATGTTTACTAAATTGAATTTGTTGAAGCAATCACTTGAAAGCCACATATACTACAAAAGAGTGTTGGAATTACTTCCCACTGTCCCATCTGGTGAAAATCTTTAGAAATGGGTATATTTACATTTTGGTAACTGTGAAAGGTTAACT
TTCTGTCAATATTCAGGGAATTGCATAGATTAATTTCAATGTCTGGAAACATAGATGATTCGTAATGCTATATTTGTAGTTTTTGCTTATTATATACTTACCTTACCAAGATGATCAGATAAAGCTCAATCTTTTTTTTGCCACAGATTTGGACTTTCTATTCCATATGTTTTTTCTGGCTCGGTACTGCAAACTCCTTG
AAGAGAACTCTTTCAGGGGAAGGACTGCAGACTTCTTCTACATGCTCTTCTTTGGAGGCACTGTGTTAACTGCAGTCGTTCTAGCAGGCGGCATGATCCCATATCTTTCAGAGTCTTTTGCGAGAATCCTATTTCTTAGCAACTCTTTGACGTTTATGATGGTTTATGTGTGGAGCAAACGCAATCCTTTTGTCCATATG
AGTTTCCTTGGTCTTTTTACATTTACTGCACCCTACTTACCATGGGTGCTTCTTGGATTCTCTGTGCTTGTTGGGAGCAGCCCGTGGGTTGATCTATTGGGAATGGTTGCTGGTCATGCATACTATTTTCTGGAAGATGTTTATCCTATAATGACTGGTCGTCGGCTTTTAAAAACGCCTTCATTCATCAAGTCAATGTT
CCCTGATGAAAATGTTGTTGTTCCACCCACGGCTGCAAGAATCCCTGCCCATGGGCTTCACAGGGATTAATTCTTCATTGGAGAGCCAAATGTTACATATGTTGGTCAGGATTAATGGATACATTGTTTAATGCAGCTGGGTGAATGCCCTCTCTTCCTAGCCTTCAGATTTTGAATTCCTCTTGGAGTGGAATTGGAGG
GAGACTACCGTACATGTTTTTGCAAGGAAATTATTTTGTGGTTAATTTTTAAGCCTTTCAAAGTGCACGTTTTGAAATGGTATATATAGTTTGGTAGGAATTTTTAGTCAATATTACTTTGTACATTGAATATCATGGGTTTTAGATCAAAGCTAGTTTCTAAACAATTAAGACAGTTTATTGATGATGTAGCATTTGTC
ATTCATTAATCTATGTTGAGAAAACTCCCGTCAACATGTTGTGTGTTTGTTTGTAATATCTGTTCTAGGAATGGGTTATAAAATGTAAAATTGGATCCGGG

>TRINITY_DN111657_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTGGAACATCACGCACAGATTGCTTTGCCAGCTGAAAAGAAATATCAAAGTTATCCCTGTGAATGGGTGCACACAAATCGAAAAACAACCAGATAAACTTAGTATAATGTTGCGCAGAGAGGTGCATGGACTGTTTGTCCGAAGAATTAATTTGTTCTCAGTTCTGTTGCAACCATAATCCCTAGCAACCGCGGGAATTC
GATGGTGGAGCTCTCTGCAACGAGAATTTGATGAGCATTGAAAGACCTGATCTGGGCTCTGCGAATTTTGCGTTTAAAGAGGGTCCTGGTGATTCATTTTCGACATAAACTTCAAAAACCTTTCAGGGTTTGAATGAGACGTTTCAATGGCTCAAGTAGTAGAAGACTGGTACAAGCAAATGCCCGTAATTACTCGCTCC
TATCTCACAGCTTCTATACTCACCACTGTCGGATGCTCCCTCGAGATAATATCTCCCTACAACCTTTACTTGAATCCCACTCGTGTGGTCAAGCAATACGAATTCTGGCGTTTGATTACAAATTTCTTCTTCTTCGGGAAAATGGATTTGGACTTTCTATTCCATATGTTTTTTCTGGCTCGGTACTGCAAACTCCTTGA
AGAGAACTCTTTCAGGGGAAGGACTGCAGACTTCTTCTACATGCTCTTCTTTGGAGGCACTGTGTTAACTGCAGTCGTTCTAGCAGGCGGCATGATCCCATATCTTTCAGAGTCTTTTGCGAGAATCCTATTTCTTAGCAACTCTTTGACGTTTATGATGgtttgttcaattttttgctggcattattttcttttgtaca
tatttttggtttagattgagttcttgcttcaagttctatcaaaagtgaaatttggtgagtaaacatggaatttctgtctggtcttgattattttaacataccaaaccacagctgacaaagagaatttgttcccctttaattcaggtgtctccaatggatgtgtttttctgttgtatgtagttcaagcatgtcacagaact
tcattttgaattgcagGTTTATGTGTGGAGCAAACGCAATCCTTTTGTCCATATGAGTTTCCTTGGTCTTTTTACATTTACTGCACCCTACTTACCATGGGTGCTTCTTGGATTCTCTGTGCTTGTTGGGAGCAGCCCGTGGGTTGATCTATTGGGAATGGTTGCTGGTCATGCATACTATTTTCTGGAAGATGTTTATC
CTATAATGACTGGTCGTCGGCTTTTAAAAACGCCTTCATTCATCAAGTCAATGTTCCCTGATGAAAATGTTGTTGTTCCACCCACGGCTGCAAGAATCCCTGCCCATGGGCTTCACAGGGATTAATTCTTCATTGGAGAGCCAAATGTTACATATGTTGGTCAGGATTAATGGATACATTGTTTAATGCAGCTGGGTGAA
TGCCCTCTCTTCCTAGCCTTCAGATTTTGAATTCCTCTTGGAGTGGAATTGGAGGGAGACTACCGTACATGTTTTTGCAAGGAAATTATTTTGTGGTTAATTTTTAAGCCTTTCAAAGTGCACGTTTTGAAATGGTATATATAGTTTGGTAGGAATTTTTAGTCAATATTACTTTGTACATTGAATATCATGGGTTTTAG
ATCAAAGCTAGTTTCTAAACAATTAAGACAGTTTATTGATGATGTAGCATTTGTCATTCATTAATCTATGTTGAGAAAACTCCCGTCAACATGTTGTGTGTTTGTTTGTAATATCTGTTCTAGGAATGGGTTATAAAATGTAAAATTGGATCCGGG

Intron 2 GTATAATTCG ... GTGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.38	94.9	18.4	37
A2	28.44	105	11.4	41
A3	36.12	88	17.3	49
A4	32.73	81.4	10.9	39
A5	24.04	48.3	5.7	15
A6	31.72	825.6	115.8	377.6
A7	33.01	532.6	77.4	259.2
A8	29.5	576.1	66.3	238
A9	32.6	526.4	77.5	250.3
A10	33.58	378	58.4	189.3

>TRINITY_DN111657_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

AAGAAGGTACAAGCTTCTTTTGTATTTTTCTCTATTGGAGGTTTGTCTATATTATGTTTACTAAATTGAATTTGTTGAAGCAATCACTTGAAAGCCACATATACTACAAAAGAGTGTTGGAATTACTTCCCACTGTCCCATCTGGTGAAAATCTTTAGAAATGGGTATATTTACATTTTGGTAACTGTGAAAGGTTAACT
TTCTGTCAATATTCAGGGAATTGCATAGATTAATTTCAATGTCTGGAAACATAGATGATTCGTAATGCTATATTTGTAGTTTTTGCTTATTATATACTTACCTTACCAAGATGATCAGATAAAGCTCAATCTTTTTTTTGCCACAGATTTGGACTTTCTATTCCATATGTTTTTTCTGGCTCGGTACTGCAAACTCCTTG
AAGAGAACTCTTTCAGGGGAAGGACTGCAGACTTCTTCTACATGCTCTTCTTTGGAGGCACTGTGTTAACTGCAGTCGTTCTAGCAGGCGGCATGATCCCATATCTTTCAGAGTCTTTTGCGAGAATCCTATTTCTTAGCAACTCTTTGACGTTTATGATGGTTTATGTGTGGAGCAAACGCAATCCTTTTGTCCATATG
AGTTTCCTTGGTCTTTTTACATTTACTGCACCCTACTTACCATGGGTGCTTCTTGGATTCTCTGTGCTTGTTGGGAGCAGCCCGTGGGTTGATCTATTGGGAATGGTTGCTGGTCATGCATACTATTTTCTGGAAGATGTTTATCCTATAATGACTGGTCGTCGGCTTTTAAAAACGCCTTCATTCATCAAGTCAATGTT
CCCTGATGAAAATGTTGTTGTTCCACCCACGGCTGCAAGAATCCCTGCCCATGGGCTTCACAGGGATTAATTCTTCATTGGAGAGCCAAATGTTACATATGTTGGTCAGGATTAATGGATACATTGTTTAATGCAGCTGGGTGAATGCCCTCTCTTCCTAGCCTTCAGATTTTGAATTCCTCTTGGAGTGGAATTGGAGG
GAGACTACCGTACATGTTTTTGCAAGGAAATTATTTTGTGGTTAATTTTTAAGCCTTTCAAAGTGCACGTTTTGAAATGGTATATATAGTTTGGTAGGAATTTTTAGTCAATATTACTTTGTACATTGAATATCATGGGTTTTAGATCAAAGCTAGTTTCTAAACAATTAAGACAGTTTATTGATGATGTAGCATTTGTC
ATTCATTAATCTATGTTGAGAAAACTCCCGTCAACATGTTGTGTGTTTGTTTGTAATATCTGTTCTAGGAATGGGTTATAAAATGTAAAATTGGATCCGGG

>TRINITY_DN111657_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAGCCCGTGGGTTGATCTATTGgtataattcgactgctaaaggttttttcaaggtgtcctacatttgcattgagattgtctattttaacttctacctgtgtgtgcagGGAATGGTTGCTGGTCATGCATACTATTTTCTGGAAGATGTTTATCCTATAATGACTGGTCGTCGGCTTTTAAAAACGCCTTCATTCATCAAG
TCAATGTTCCCTGATGAAAATGTTGTTGTTCCACCCACGGCTGCAAGAATCCCTGCCCATGGGCTTCACAGGGATTAATTCTTCATTGGAGAGCCAAATGTTACATATGTTGGTCAGGATTAATGGATACATTGTTTAATGCAGCTGGGTGAATGCCCTCTCTTCCTAGCCTTCAGATTTTGAATTCCTCTTGGAGTGGA
ATTGGAGGGAGACTACCGTACATGTTTTTGCAAGGAAATTATTTTGTGGTTAATTTTTAAGCCTTTCAAAGTGCACGTTTTGAAATGGTATATATAGTTTGGTAGGAATTTTTAGTCAATATTACTTTGTACATTGAATATCATGGGTTTTAGATCAAAGCTAGTTTCTAAACAATTAAGACAGTTTATTGATGATGTAG
CATTTGTCATTCATTAATCTATGTTGAGAAAACTCCCGTCAACATGTTGTGTGTTTGTTTGTAATATCTGTTCTAGGAATGGGTTATAAAATGTAAAATTGGATCCGGG

Intron 3 GTATGACATT ... TTGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.6	5	7	12.5
A2	100	0	1	8.5
A3	100	0	1	9
A4	-1	0	0	5.5
A5	45.45	1	1	5
A6	100	0	1	57
A7	100	0	1	43.5
A8	79.9	4	2	53.5
A9	100	0	2	35
A10	100	0	0	36.5

>TRINITY_DN38943_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

CTTGCAAATATTACATATGGTGGTAAGAATTTTAATGGAATTCTACTTCAATAATCAACAAAGCTTTCTAGCAACCATAAGTAGGATTAAATGACTATTGTTCTGCCTACTCAAATGTCCTGGTTTATAACAACAATATGATGGAGATTCCGAAGGACTATGATCATAGATTACTTATGAAAGAAGGCACACGGAAATTG
TGTTAGCCTCTCTAGAATACTATTGAGGTTGTTACTTATAACTACCTCAGTGACTTACCAAGTTATGTGATTAGGTGCTTCTTGGATTCTCTGTGCTTGTTGGGAGCAGCCCGTGGGTTGATCTATTGG

>TRINITY_DN38943_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTGCAAATATTACATATGGTGGTAAGAATTTTAATGGAATTCTACTTCAATAATCAACAAAGCTTTCTAGCAACCATAAGTAGGATTAAATGACTATTGTTCTGCCTACTCAAATGTCCTGGTTTATAACAACAATATGATGGAGATTCCGAAGGACTATGATCATAGATTACTTATGAAAGAAGGCACACGGAAATTG
TGTTAGCCTCTCTAGAATACTATTGAGGTTGTTACTTATAACTACCTCAGTGACTTACCAAGTTATGTGATTAGgtatgacattggccagttcatcttgtatttgagttatattcaggcttcatttcccttacgatgtttttgtataggaggaagcagaaagttcacaatcttaagttaccatcaaatttctattctttg
cttgcagGTGCTTCTTGGATTCTCTGTGCTTGTTGGGAGCAGCCCGTGGGTTGATCTATTGGGAATGGTTGCTGGTCATGCATACTATTTTCTGGAAGATGTTTATCCTATAATGACTGGTCGTCGGCTTTTAAAAACGCCTTCATTCATCAAGTCAATGTTCCCTGATGAAAATGTTGTTGTTCCACCCACGGCTGCAA
GAATCCCTGCCCATGGGCTTCACAGGGATTAATTCTTCATTGGAGAGCCAAATGTTACATATGTTGGTCAGGATTAATGGATACATTGTTTAATGCAGCTGGGTGAATGCCCTCTCTTCCTAGCCTTCAGATTTTGAATTCCTCTTGGAGTGGAATTGGAGGGAGACTACCGTACATGTTTTTGCAAGGAAATTATTTTG
TGGTTAATTTTTAAGCCTTTCAAAGTGCACGTTTTGAAATGGTATATATAGTTTGGTAGGAATTTTTAGTCAATATTACTTTGTACATTGAATATCATGGGTTTTAGATCAAAGCTAGTTTCTAAACAATTAAGACAGTTTATTGATGATGTAGCATTTGTCATTCATTAATCTATGTTGAGAAAACTCCCATCAACATG
TTGTGTGTTTGTTTGTAATATCTGTTCTAGGAATGGGTTATAAAATGTAAAATTGGATCCGGGCCATATATAGTCTGAAGTTTCTTGTAATTGACATCCAGATGTCTTTATGTATTGCATAATAATCTTTACTGTTTACTGTTGGATCCTGTC