sp|Q0WPK4|PAT1H_ARATH ----> Protein PAT1 homolog
Intron 1 GTAAAGTCAC ... TTTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.34 | 171 | 0 | 55 |
| A2 | 27.37 | 138 | 2 | 52 |
| A3 | 31.56 | 180 | 1 | 83 |
| A4 | 32.59 | 151 | 0 | 73 |
| A5 | 30.09 | 79 | 0 | 34 |
| A6 | 27.27 | 272 | 2 | 102 |
| A7 | 27.26 | 523 | 2 | 196 |
| A8 | 26.87 | 449 | 5 | 165 |
| A9 | 24.87 | 450 | 5 | 149 |
| A10 | 25.04 | 461 | 1 | 154 |
>TRINITY_DN40251_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformTCCGTTATGGAATGTTTGAAAATGAAGATGGCGAGGAGGTTCATGGGGCCATTGATAGAGATGATGAGGATGTCTTCTTTGATGACGAGTCAGCAGAAGTGGTGGTCTCCTCTCTCAGAATGGGGGAAGAGCAGGATGGTGGGATGCTGAGAGAAACAATGTTCACAAGTACAAATTGGTTTGCTTTTCAAGAAGATAGG
CCTGCAGAACAGTCAATGCCCGCATCTCTTGTTTTGCCAAGTCCAGGGGTAGAGGATAGTCAGGCAAACAACACGATAACAGCAGCAAATAGTGGTGGTAGCAGCAGCAGCGATGATGAGGTTGTGGTAGGGGATGATGAGGAGTTGGTAGATACTGCCACTTCTCCTAATGGTACTTCAAATGGTGTAGATATAGAAGC
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GTGGAATTTGTTGGTGTAGAGATAGAGGGAACAAAGAAAGCTATGGAACATGCATTAAAGGAAGGGATTGTGGGAGAGGCTGGACCAATTAAACGGGATGTTGTTGGGTTGCAATCTGAAGAACCAAAAACGATTGATGAAAATGGTGATTCTAAATACAATGACATGAACTATTGGCGCAGTGATTACAACTCCACAAT
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CCCTTTTATTGTTTCTTCCCTTAACAGGTCCTCGGCAGATGATGATCATTGCACGAGTCACTTGTTTGTGATATTTCACTCTTGGTTAAAAATAGATATTGATAGGACGAACATTGATTAATTTCTGGATTTGATACTAAGCTTCAGAATATTCGATGCCCAAATGAAATAACATCTTCTCAATTATAGTTGTGTTAACA
GTATGTAACAGTTGGTCTGCCGATGACCTTATCTTTGATCATTGCATGAGTCACTCTTAAATAATTATTGATAGGACGAACATTGATTTATTTTTAGATTGGGGACTTAAGTTTCAGAATATTCAATGCCCAAATGAATAACCTCTTCTCAATTATGGTTGCGTTACAGCAAAACTTGGCTAAGATTTCCCACGATATTC
TATGTCTCTATTTTGTTGCACTTCTCGGGATATACAAATTGAATTGTGAGCTTCTTGGCTGGTTCAATTCATGTTGTTTCACACTAATGTTTTCAATCATTTGTGAATGGTATGCAATTATTAGGGGTTTCTATCAACAACCAGAG
>TRINITY_DN40251_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:GGCCATTGATAGAGATGATGAGGTATGCAGTACACTCTACTAGTAACTTGCAATAAGGACACTTCTATTGTTCACCTCTGTTTTCATCTTGAACACCTGAAAAGGGCACAGAAGTGTATTTATTCTTTAATGAAGGAATGTAATTAAAATTTGTAATATCGGTGTCTAGAGTGTCATTTACTGATTAATCATAAGTTATA
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GTAGAGGATAGTCAGGCAAACAACACGATAACAGCAGCAAATAGTGGTGGTAGCAGCAGCAGCGATGATGAGGTTGTGGTAGGGGATGATGAGGAGTTGGTAGATACTGCCACTTCTCCTAATGGTACTTCAAATGGTGTAGATATAGAAGCCAAGGAAAAGACCTTAAATTCAGTTGATGATTTGTCTTCGGAGCTGGA
GAAAGTTGACATATCTGATAATTTGTCATTCCTTCAATGCGTTGAACGAAGTATTGATATATTTTCTGTAAAGCCTCCAGATTGGGAGGGATGGAGAGATACTGCAGATTTTGAGGGCACTTCTGGTAGAAATCCATTCAGTGCAAACAATCCTTTTGAAATAGATATCGGAAATTCATCAGAGGCAGGTGACATTTTAA
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AGCTTCTTGGCTGGTTCAATTCATGTTGTTTCACACTAATGTTTTCAATCATTTGTGAATGGTATGCAATTATTAGGGGTTTCTATCAACAACCAGAG
Intron 2 GTATGCAGTA ... GGATTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 0.56 | 88 | 1 | 0 |
| A2 | 1.69 | 58 | 0 | 2 |
| A3 | 4.35 | 77 | 6 | 1 |
| A4 | 0 | 55 | 0 | 0 |
| A5 | 5.88 | 40 | 4 | 1 |
| A6 | 1.15 | 129 | 0 | 3 |
| A7 | 2.07 | 237 | 9 | 1 |
| A8 | 2.22 | 220 | 6 | 4 |
| A9 | 1.51 | 228 | 3 | 4 |
| A10 | 0.22 | 222 | 0 | 1 |
>TRINITY_DN40251_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformTCCGTTATGGAATGTTTGAAAATGAAGATGGCGAGGAGGTTCATGGGGCCATTGATAGAGATGATGAGGATGTCTTCTTTGATGACGAGTCAGCAGAAGTGGTGGTCTCCTCTCTCAGAATGGGGGAAGAGCAGGATGGTGGGATGCTGAGAGAAACAATGTTCACAAGTACAAATTGGTTTGCTTTTCAAGAAGATAGG
CCTGCAGAACAGTCAATGCCCGCATCTCTTGTTTTGCCAAGTCCAGGGGTAGAGGATAGTCAGGCAAACAACACGATAACAGCAGCAAATAGTGGTGGTAGCAGCAGCAGCGATGATGAGGTTGTGGTAGGGGATGATGAGGAGTTGGTAGATACTGCCACTTCTCCTAATGGTACTTCAAATGGTGTAGATATAGAAGC
CAAGGAAAAGACCTTAAATTCAGTTGATGATTTGTCTTCGGAGCTGGAGAAAGTTGACATATCTGATAATTTGTCATTCCTTCAATGCGTTGAACGAAGTATTGATATATTTTCTGTAAAGCCTCCAGATTGGGAGGGATGGAGAGATACTGCAGATTTTGAGGGCACTTCTGGTAGAAATCCATTCAGTGCAAACAATC
CTTTTGAAATAGATATCGGAAATTCATCAGAGGCAGGTGACATTTTAAAATCGGCTTGTACGGACCAAGACTCGAGTATGAAAATGGACCATGTAACTAGCAAAGAGACAATTCTTGATGGTTCTGTTCCTGAACTACAAGGGGAGGCAGAAGCTGATGGACTAGGGAACAATACATCATTGTCCTTATTTGAAGAAAAT
GTGGAATTTGTTGGTGTAGAGATAGAGGGAACAAAGAAAGCTATGGAACATGCATTAAAGGAAGGGATTGTGGGAGAGGCTGGACCAATTAAACGGGATGTTGTTGGGTTGCAATCTGAAGAACCAAAAACGATTGATGAAAATGGTGATTCTAAATACAATGACATGAACTATTGGCGCAGTGATTACAACTCCACAAT
AGCTCAGGATGAATCTTTGTGACTTAAAGAATCTGTCTTTATTGTTGTACATCTCAGCAGAGAATGAAGGCAGATTGTGTAAAGAGCATGTATTCTGTATGAAACTTGTCTCTAATGTTCAGCCATATTTGGCTGTACAAAGTGGGGTACAACGCTGCTCTTGTACCAATCAGCACGAATTTGTATGTTCTAGTTCATAG
CCCTTTTATTGTTTCTTCCCTTAACAGGTCCTCGGCAGATGATGATCATTGCACGAGTCACTTGTTTGTGATATTTCACTCTTGGTTAAAAATAGATATTGATAGGACGAACATTGATTAATTTCTGGATTTGATACTAAGCTTCAGAATATTCGATGCCCAAATGAAATAACATCTTCTCAATTATAGTTGTGTTAACA
GTATGTAACAGTTGGTCTGCCGATGACCTTATCTTTGATCATTGCATGAGTCACTCTTAAATAATTATTGATAGGACGAACATTGATTTATTTTTAGATTGGGGACTTAAGTTTCAGAATATTCAATGCCCAAATGAATAACCTCTTCTCAATTATGGTTGCGTTACAGCAAAACTTGGCTAAGATTTCCCACGATATTC
TATGTCTCTATTTTGTTGCACTTCTCGGGATATACAAATTGAATTGTGAGCTTCTTGGCTGGTTCAATTCATGTTGTTTCACACTAATGTTTTCAATCATTTGTGAATGGTATGCAATTATTAGGGGTTTCTATCAACAACCAGAG
>TRINITY_DN40251_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:GGCCATTGATAGAGATGATGAGgtatgcagtacactctactagtaacttgcaataaggacacttctattgttcacctctgttttcatcttgaacacctgaaaagggcacagaagtgtatttattctttaatgaaggaatgtaattaaaatttgtaatatcggtgtctagagtgtcatttactgattaatcataagttata
tttcaattttcactaatgtttctcgagattatgtccctgcttttagaatgaaattattttgtaacaaaaacactttttgatgtttgggtttacaatgtttcttatgtgctataagaatataaatattagtgtatatgctggatttccagGATGTCTTCTTTGATGACGAGTCAGCAGAAGTGGTGGTCTCCTCTCTCAGA
ATGGGGGAAGAGCAGGATGGGTAAAGTCACAAGTCTTATACTTACAAGTAAAATTAGAAATTGTGGAAAAGGAATGGAGAAATATATCGATAGGTTTCTGTTCGGAAATTATAAGAGGAAATTAAAACCATAGCAATGAGTGGATTAACACTTATTTGTATCTTATATATATGGTAACATGGCTATGTATTTTGATGGGG
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GTAGAGGATAGTCAGGCAAACAACACGATAACAGCAGCAAATAGTGGTGGTAGCAGCAGCAGCGATGATGAGGTTGTGGTAGGGGATGATGAGGAGTTGGTAGATACTGCCACTTCTCCTAATGGTACTTCAAATGGTGTAGATATAGAAGCCAAGGAAAAGACCTTAAATTCAGTTGATGATTTGTCTTCGGAGCTGGA
GAAAGTTGACATATCTGATAATTTGTCATTCCTTCAATGCGTTGAACGAAGTATTGATATATTTTCTGTAAAGCCTCCAGATTGGGAGGGATGGAGAGATACTGCAGATTTTGAGGGCACTTCTGGTAGAAATCCATTCAGTGCAAACAATCCTTTTGAAATAGATATCGGAAATTCATCAGAGGCAGGTGACATTTTAA
AATCGGCTTGTACGGACCAAGACTCGAGTATGAAAATGGACCATGTAACTAGCAAAGAGACAATTCTTGATGGTTCTGTTCCTGAACTACAAGGGGAGGCAGAAGCTGATGGACTAGGGAACAATACATCATTGTCCTTATTTGAAGAAAATGTGGAATTTGTTGGTGTAGAGATAGAGGGAACAAAGAAAGCTATGGAA
CATGCATTAAAGGAAGGGATTGTGGGAGAGGCTGGACCAATTAAACGGGATGTTGTTGGGTTGCAATCTGAAGAACCAAAAACGATTGATGAAAATGGTGATTCTAAATACAATGACATGAACTATTGGCGCAGTGATTACAACTCCACAATAGCTCAGGATGAATCTTTGTGACTTAAAGAATCTGTCTTTATTGTTGT
ACATCTCAGCAGAGAATGAAGGCAGATTGTGTAAAGAGCATGTATTCTGTATGAAACTTGTCTCTAATGTTCAGCCATATTTGGCTGTACAAAGTGGGGTACAACGCTGCTCTTGTACCAATCAGCACGAATTTGTATGTTCTAGTTCATAGCCCTTTTATTGTTTCTTCCCTTAACAGGTCCTCGGCAGATGATGATCA
TTGCACGAGTCACTTGTTTGTGATATTTCACTCTTGGTTAAAAATAGATATTGATAGGACGAACATTGATTAATTTCTGGATTTGATACTAAGCTTCAGAATATTCGATGCCCAAATGAAATAACATCTTCTCAATTATAGTTGTGTTAACAGTATGTAACAGTTGGTCTGCCGATGACCTTATCTTTGATCATTGCATG
AGTCACTCTTAAATAATTATTGATAGGACGAACATTGATTTATTTTTAGATTGGGGACTTAAGTTTCAGAATATTCAATGCCCAAATGAATAACCTCTTCTCAATTATGGTTGCGTTACAGCAAAACTTGGCTAAGATTTCCCACGATATTCTATGTCTCTATTTTGTTGCACTTCTCGGGATATACAAATTGAATTGTG
AGCTTCTTGGCTGGTTCAATTCATGTTGTTTCACACTAATGTTTTCAATCATTTGTGAATGGTATGCAATTATTAGGGGTTTCTATCAACAACCAGAG