NA ----> NA

Intron 1 GTAAAGGAAG ... TGGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.86	3	17	12
A2	75.51	6	24	13
A3	67.16	11	27	18
A4	54.55	5	4	8
A5	29.41	12	4	6
A6	-1	0	0	0
A7	20	4	0	2
A8	42.86	2	1	2
A9	0	2	0	0
A10	0	1	0	0

>TRINITY_DN128215_c6_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

AGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTCAGAATCAAAGCTAGAGGATGTCCTTATATGGCCACGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTTTTTGCCTATTGGTTGTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTCCTATTGTTTTTTGTGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGT
TTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTTGTAGTTGTGAGCATGGCCATGCTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCCTTATCTCTTCTTTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTTTGGGGGGTCCAACGAGTGGGGAAATTGAGGGAGGCCCATATTGTGGGTTTACGATTGATGCAAATTTG
ACAGGTATAGTGAAAAAAAGTAAAGGAGGTATGGATGAGAAATTTACTCATTTGGTTCCATGCTTGTTTTAATTTAACTATTTTTTTGCTTCATAATTATATCATGCGTGTTTGTTTAAACTTTAGATGCAGTGTAGGTTAATGAAGGTGGTGGAGCATTTATAAAATCAGTGAATATCTTTGTGTGAGAGAGACATGGG
GCATTATAGCAAAGCGAGAGGCAAAGGCAAAGGGTGATTTATCT

>TRINITY_DN128215_c6_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAGAAGCACTAAGGAAGCTAGTGGAATATATTTGTGAGGGACTATAGAAATCCACATGAGGTGGGTAAATAAAGGTAGGACCTAAGGTTGGTGTAGATTTCAAAGGTGCATTCGGTGAAGGCAAAGTGTGAGGAGGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTAT
GTAGAGTCAAAGTCAGAATCAAAGCTAGAGgtaaaggaagatgtgagttatcttttggttgaaaatgcatgtatgatttctcctaagatattttgatatttgtttcatatttttcacaatattttgtgtacatttactatttctcataatattttatgatctttatttaatacttatatattttggtgtgcagGATGTCC
TTATATGGCCACGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTTTTTGCCTATTGGTTGTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTCCTATTGTTTTTTGTGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTTGTAGTTGTGAGCATGGCCATGCTAATTTGTGTATTGTT
ATTTTGTTTTTCTTGCGTTCCTTATCTCTTCTTTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTTTGGGGGGTCCAACGAGTGGGGAAATTGAGGGAGGCCCATATTGTGGGTTTACGATTGATGCAAATTTGACAGGTATAGTGAAAAAAAGTAAAGGAGGTATGGATGAGAAATTTACTCATTTGGTTCCATGCTTGTTTTAATT
TAACTATTTTTTTGCTTCATAATTATATCATGCGTGTTTGTTTAAACTTTAGATGCAGTGTAGGTTAATGAAGGTGGTGGAGCATTTATGAAATCAATGAATATCTTTGTGTGAGAGAGACATGGGGCATTATAGCAAAGCGAGAGGCAAAGGCAAAGGGTGATTTATCT

Intron 2 GTATGGATGA ... TAAACTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.22	8	45	29
A2	74.6	8	31	16
A3	89.47	4	40	28
A4	96.43	1	31	23
A5	83.56	6	39	22
A6	100	0	3	1
A7	100	0	2	2
A8	100	0	8	5
A9	60	1	2	1
A10	100	0	3	1

>TRINITY_DN46015_c6_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAAGTCAGAATCAAAGCTAGAGGATGTCCTTATATGGCCACGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTTTTTGCCTATTGGTTGTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTCCTATTGTTTTTTGTGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTAGTTGTGAG
CATGGCCATGTTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCCTTATCTTTTTTGTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTTGGGGGGGTTCAACGAGTGGGGAAATTGAGGGAGGCCCATATTGTGGGTTTACGATTGATGCAAATTTGACAGGTATAGTGAAAAAAAGTAAAGGAGATGCAGTGTAGGTTAATGA
AGGTGGTGGAGCATTTATGAAATTAATGAATATCTTTGTGAGAGAGACATGGGGCATTATAGCAAAGCGAGAGGCAAAGGCAAAGGGTGATTTATCTTTTGGCCTTTGGTGCAAGACCTGTGTATGTTCTAACGATAAAATCCTCCTTGTTTGAATAAAATGATTTTAGTGCCTCCCTTACAATTTTTA

>TRINITY_DN46015_c6_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAAAGTCAGAATCAAAGCTAGAGGATGTCCTTATATGGCCACGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTTTTTGCCTATTGGTTGTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTCCTATTGTTTTTTGTGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTAGTTGTGAG
CATGGCCATGTTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCCTTATCTTTTTTGTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTTGGGGGGGTTCAACGAGTGGGGAAATTGAGGGAGGCCCATATTGTGGGTTTACGATTGATGCAAATTTGACAGGTATAGTGAAAAAAAGTAAAGGAGgtatggatgagaaatttac
tcatttggttccatgcttgttttaatttaactctttttttcgcttcataattatatcatgcgtgtttgtttaaactttagATGCAGTGTAGGTTAATGAAGGTGGTGGAGCATTTATGAAAT