NA ----> NA

Intron 1 GTGGGTGCTT ... TATTTTCCAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	33.33	2	2	0
A3	50	1	2	0
A4	-1	0	0	0
A5	33.33	1	0	1
A6	66.67	1	1	3
A7	40	3	3	1
A8	53.85	3	4	3
A9	46.67	4	4	3
A10	57.89	4	9	2

>TRINITY_DN32169_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GGCGGACGGAGGGAATGTAGAGCAGAGGTGGTCTCATGAAGTGGTGAAGCCGAACATGGCAGATGGTGATAATCCCAACGACCTCTGTTGAGCAGGTGAGAGTTAAGTGGTGAAGCGGATCGCAAGCAGCAGAGATGACGGCACCATATCCCAGTCCGACAATGGAAGCGGGTTCTGCTTCAATGGCCTTCGTTCCCTCT
TATTCGCTAGCATAATCACCTCCTTTGTCCGCTTCTTGGACTCTCAATTATACCGAGATGTATGGAGTGACTGCATATTGTATTTCACCGCGCGAGAGATGTTCGAAAGGTGAATGGTATGTACTGTGTTTTATAGTTTACAAATAAAATTAACTAACATTTGACTTGATCATGATCACTGTCCAGCCCAATCTTCACAT
CGACGTATCTGGAATGTTCTGTAATTCTGTATTTGCTGGGCTTATTATTTGGTTGTGGCTTATAGTGAAATGTCGGCCCGAGTCACTAGATGGGAATTATCTGAAGCGTCGAGCCTCTCATGAAGTGAAGAAGGAAATGACGGATGTTTATGGCCGGTGGGTAGATGGTCATGAAGTGGAAGGACATAGTGAGATATGCA
GGGTAGATGGAGTGGAAGGACATGGCGGATGGTGAAGGTCATGCAGGGTAGATGGCGGATGGTGAAAACATGTCAAAACAGAGGGAATTCTCTGATGGTGGGAGGGTAGAGCAGAGGTGGTCTCGTTCATGGAAGTCTAGCCGAAGCCAGTAGTGGATACGGATACGGATGTGGATGGTGAAAATTCGAGTGGAAAGGAA
GTGCCCTTTTCTTGAAACAGTATTTCTGCAAATACCCTTTTCCTCCTGCACATCGAAAAAGGTATCCATCCACCTCTGTTCCTTGAACTACTTTTGTGCATCTGTTCTTCCCTGTTGTATACGGATATTTTTCTCTGCATTCAAACTTAGCAGAATGGACGATATAATTTTTCAACTTATTACATACATCAAATTGCTTC
GTAATATTCGTTGTATAATCACAACATATATTATTTGTTAGGACGTCTCCTTCTTGAGTCGTTTTTTATATTAATGTGATTTGTAAAGTTACAATGTTCTATGTTATATATCATGTAATCCATTGTAGTTATTGTAACTCAGTCCTTC

>TRINITY_DN32169_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGCGGACGGAGGGAATGTAGAGCAGAGGTGGTCTCATGAAGTGGTGAAGCCGAACATGGCAGATGGTGATAATCCCAACGACCTCTGTTGAGCAGGTGAGAGTTAAGTGGTGAAGCGGATCGCAAGCAGCAGAGATGACGGCACCATATCCCAGTCCGACAATGGAAGCGGGTTCTGCTTCAATGGCCTTCGTTCCCTCT
TATTCGCTAGCATAATCACCTCCTTTGTCCGCTTCTTGGACTCTCAATTATACCGAGATGTATGgtgggtgctttctggtccttatgatatgttgggagaggcggctattattttctttctgatatgttttgtgatcctgtcgcttctggtgtctacttcacatgtggatgaatgcatacaatctgtttctattgaaata
ttttgagcaggatgtttggtttcataattttattttccagGAGTGACTGCATATTGTATTTCACCGCGCGAGAGATGTTCGAAAGGTGAATGGTATGTACTGTGTTTTATAGTTTACAAATAAAATTAACTAACATTTGACTTGATCATGATCACTGTCCAGCCCAATCTTCACATCGACGTATCTGGAATGTTCTGTAA
TTCTGTATTTGCTGGGCTTATTATTTGGTTGTGGCTTATAGTGAAATGTCGGCCCGAGTCACTAGATGGGAATTATCTGAAGCGTCGAGCCTCTCATGAAGTGAAGAAGGAAATGACGGATGTTTATGGCCGGTGGGTAGATGGTCATGAAGTGGAAGGACATAGTGAGATATGCAGGGTAGATGGAGTGGAAGGACATG
GCGGATGGTGAAGGTCATGCAGGGTAGATGGCGGATGGTGAAAACATGTCAAAACAGAGGGAATTCTCTGATGGTGGGAGGGTAGAGCAGAGGTGGTCTCGTTCATGGAAGTCTAGCCGAAGCCAGTAGTGGATACGGATACGGATGTGGATGGTGAAAATTCGAGTGGAAAGGAAGTGCCCTTTTCTTGAAACAGTATT
TCTGCAAATACCCTTTTCCTCCTGCACATCGAAAAAGGTATCCATCCACCTCTGTTCCTTGAACTACTTTTGTGCATCTGTTCTTCCCTGTTGTATACGGATATTTTTCTCTGCATTCAAACTTAGCAGAATGGACGATATAATTTTTCAACTTATTACATACATCAAATTGCTTCGTAATATTCGTTGTATAATCACAA
CATATATTATTTGTTAGGACGTCTCCTTCTTGAGTCGTTTTTTATATTAATGTGATTTGTAAAGTTACAATGTTCTATGTTATATATCATGTAATCCATTGTAGTTATTGTAACTCAGTCCTTC

Intron 2 GTATGGTGGG ... TATTTTCCAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	33.33	2	2	0
A3	50	1	2	0
A4	-1	0	0	0
A5	33.33	1	0	1
A6	66.67	1	1	3
A7	38.46	4	4	1
A8	63.64	2	4	3
A9	53.85	3	4	3
A10	64.71	3	9	2

>TRINITY_DN30625_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTAACGGCATGAAGAAGACCATAAACAAGGGTAAAGTTCATTGCATGATTGAAAATTTGAATGTGATGGCGGACGGAGGGAATGTAGAGCAGAGGTGGTCTCATGAAGTGGTGAAGCCGAACATGGCAGATGGTGATAATCCCAACGACCTCTGTTGAGCAGGTGAGAGTTAAGTGGTGAAGCGGATCGCAAGCAGCAG
AGATGACGGCACCATATCCCAGTCCGACAATGGAAGCGGGTTCTGCTTCAATGGCCTTCGTTCCCTCTTATTCGCTAGCATAATCACCTCCTTTGTCCGCTTCTTGGACTCTCAATTATACCGAGATGAGTGACTGCATATTGTATTTCACCGCGCGAGAGATGTTCGAAAGGTGAATGGTATGTACTGTGTTTTATAGT
TTACAAATAAAATTAACTAACATTTGACTTGATCATGATCACTGTCCAGCCCAATCTTCACATCGACGTATCTGGAATGTTCTGTAATTCTGTATTTGCTGGGCTTATTATTTGGTTGTGGCTTATAGTGAAATGTCGGCCCGAGTCACTAGATGGGAATTATCTGAAGCGTCGAGCCTCTCATGAAGTGAAGAAGGAAA
TGACGGATGTTTATGGCCGGTGGGTAGATGGTCATGAAGTGGAAGGACATAGTGAGATATGCAGGGTAGATGGAGTGGAAGGACATGGCGGATGGTGAAGGTCATGCAGGGTAGATGGCGGATGGTGAAAACATGTCAAAACAGAGGGAATTCTCTGATGGTGGGAGGGTAGAGCAGAGGTGGTCTCGTTCATGGAAGTC
TAGCCGAAGCCAGTAGTGGATACGGATACGGATGTGGATGGTGAAAATTCGAGTGGAAAGGAAGTGCCCTTTTCTTGAAACAGTATTTCTGCAAATACCCTTTTCCTCCTGCACATCGAAAAAGGTATCCATCCACCTCTGTTCCTTGAACTACTTTTGTGCATCTGTTCTTCCCTGTTGTATACGGATATTTTTCTCTG
CAT

>TRINITY_DN30625_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTAACGGCATGAAGAAGACCATAAACAAGGGTAAAGTTCATTGCATGATTGAAAATTTGAATGTGATGGCGGACGGAGGGAATGTAGAGCAGAGGTGGTCTCATGAAGTGGTGAAGCCGAACATGGCAGATGGTGATAATCCCAACGACCTCTGTTGAGCAGGTGAGAGTTAAGTGGTGAAGCGGATCGCAAGCAGCAG
AGATGACGGCACCATATCCCAGTCCGACAATGGAAGCGGGTTCTGCTTCAATGGCCTTCGTTCCCTCTTATTCGCTAGCATAATCACCTCCTTTGTCCGCTTCTTGGACTCTCAATTATACCGAGATgtatggtgggtgctttctggtccttatgatatgttgggagaggcggctattattttctttctgatatgttttg
tgatcctgtcgcttctggtgtctacttcacatgtggatgaatgcatacaatctgtttctattgaaatattttgagcaggatgtttggtttcataattttattttccagGAGTGACTGCATATTGTATTTCACCGCGCGAGAGATGTTCGAAAGGTGAATGGTATGTACTGTGTTTTATAGTTTACAAATAAAATTAACTA
ACATTTGACTTGATCATGATCACTGTCCAGCCCAATCTTCACATCGACGTATCTGGAATGTTCTGTAATTCTGTATTTGCTGGGCTTATTATTTGGTTGTGGCTTATAGTGAAATGTCGGCCCGAGTCACTAGATGGGAATTATCTGAAGCGTCGAGCCTCTCATGAAGTGAAGAAGGAAATGACGGATGTTTATGGCCG
GTGGGTAGATGGTCATGAAGTGGAAGGACATAGTGAGATATGCAGGGTAGATGGAGTGGAAGGACATGGCGGATGGTGAAGGTCATGCAGGGTAGATGGCGGATGGTGAAAACATGTCAAAACAGAGGGAATTCTCTGATGGTGGGAGGGTAGAGCAGAGGTGGTCTCGTTCATGGAAGTCTAGCCGAAGCCAGTAGTGG
ATACGGATACGGATGTGGATGGTGAAAATTCGAGTGGAAAGGAAGTGCCCTTTTCTTGAAACAGTATTTCTGCAAATACCCTTTTCCTCCTGCACATCGAAAAAGGTATCCATCCACCTCTGTTCCTTGAACTACTTTTGTGCATCTGTTCTTCCCTGTTGTATACGGATATTTTTCTCTGCAT