NA ----> NA

Intron 1 GTATGTTGTT ... TCCCCGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.91	1	7	13
A2	84.62	1	3	8
A3	76.47	2	4	9
A4	84.62	1	0	11
A5	100	0	0	3
A6	64.29	5	4	14
A7	71.93	8	13	28
A8	76	6	16	22
A9	64.29	5	4	14
A10	83.33	2	5	15

>TRINITY_DN40988_c2_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

GCCCTTTAATTTCAAGATTTCAGCTTCTTTAGTTTTCAGGTTAGATCAGGCTTTGGCAATGATCACGGTAGCTTCACGGCAGCTTCCCGGCTATCTTTCACGGCAGCTTCCCCACCAATACCGGTGCTGGCTTCCCTGCTAGCTTCTCCGCCATTACCAGTGCTGGCTTCCTGCTAGTTTTCACGGCAGCTTCTCCGCCA
TTACCAGTGCTGGCTTCCCTGCTAGCTTCCCCGCCATTACCCTTTTCTTTATATCGGCGGATCTTGCGATCCCTTATGACTTTAGGTTGGGATTCAGAATTGTGTGTACCATTTTGTTGAGTTTATAATTGTGTGTCCATTTTGTTGAGTTTATAATATGGTTTTTAAGATTTTAGGTTGGGATTTACATTTTGGATTTG
CGTGGGTTATTTTTTTCTTTGAATTTGTAAGATTTAATAATTTCATATTTAATACTTTTGATAGATTTTTCATTTATGTTATTTTAGTTTTTTTTCAATTTTATTATTATATATTTTTGAGTTTATAGTTTTAATAATAAGGTATTAAGATTTTAGGTTTGGATATACATTTTGGAATTGTCATGTCATTTATTTGGGGT
TTATAATATTTAATAAGAATGCTAG

>TRINITY_DN40988_c2_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TTTGTTTTTACAGTGCAGAGGCAAAGCTGCTTCAGATGCCCTTTAATTTCAAGATTTCAGgtatgttgttggagttctgttggtgtaatcttacaggatgttcagatttattaagttttcactggattgttgagatggctgcagtttggtaattctttaatgatatttagtgattgttttagcgatgttaggttagatta
ggctttagcaatgatctttagtgatggatttagggatgatcttattttattcgtattcttccccgctagCTTCTTTAGTTTTCAGGTTAGATCAGGCTTTGGCAATGATCACGGTAGCTTCACGGCAGCTTCCCGGCTATCTTTCACGGCAGCTTCCCCACCAATACCGGTGCTGGCTTCCCTGCTAGCTTCTCCGCCAT
TACCAGTGCTGGCTTCCTGCTAGTTTTCACGGCAGCTTCTCCGCCATTACCAGTGCTGGCTTCCCTGCTAGCTTCCCCGCCATTACCCTTTTCTTTATATCGGCGGATCTTGCGATCCCTTATGACTTTAGGTTGGGATTCAGAATTGTGTGTACCATTTTGTTGAGTTTATAATTGTGTGTCCATTTTGTTGAGTTTAT
AATATGGTTTTTAAGATTTTAGGTTGGGATTTACATTTTGGATTTGCGTGGGTTATTTTTTTCTTTGAATTTGTAAGATTTAATAATTTCATATTTAATACTTTTGATAGATTTTTCATTTATGTTATTTTAGTTTTTTTTCAATTTTATTATTATATATTTTTGAGTTTATAGTTTTAATAATAAGGTATTAAGATTTT
AGGTTTGGATATACATTTTGGAATTGTCATGTCATTTATTTGGGGTTTATAATATTTAATAAGAATGCTAG

Intron 2 GTATGTTGTT ... GCTTCTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.65	9.7	18.7	13
A2	67.57	17	21	8
A3	63.26	11	13.3	8
A4	84.44	7	10	11
A5	16.09	5.7	4.7	3
A6	38.23	68	61.3	15
A7	48.46	100.3	101	28
A8	60.62	107.7	119.3	22
A9	44.37	72.3	71.7	14
A10	39.15	77	70	15

>TRINITY_DN44076_c3_g4_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CCAAATACGGTAATGCATTTGTTTTTACAGTGCAGAGGCAAAGCTGCTTCAGATGCCCTTTAATTTCAAGATTTCAGTTTTCAGGTTAGATCAGGCTTTGGCAATGATCACGGTAGCTTCACGGCAGCTTCCCGGCTATCTTTCACGGCAGCTTCCCCACCAATACCGGTGCTGGCTTCCCTGCTAGCTTCTCCGCCATT
ACCAGTGCTGGCTTCCTGCTAGTTTTCACGGCAGCTTCTCCGCCATTACCAGTGCTGGCTTCCTGCTAGTTTTCACGGCAGCTTCTCCGCCATTACCAGTGC

>TRINITY_DN44076_c3_g4_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCAAATACGGTAATGCATTTGTTTTTACAGTGCAGAGGCAAAGCTGCTTCAGATGCCCTTTAATTTCAAGATTTCAGgtatgttgttggagttctgttggtgtaatcttacaggatgttcagatttattaagttttcactggattgttgagatggctgcagtttggtaattctttaatgatatttagtgattgttttagc
gatgttaggttagattaggctttagcaatgatctttagtgatggatttagggatgatcttattttattcgtattcttccccgctagcttctttagTTTTCAGGTTAGATCAGGCTTTGGCAATGATCACGGTAGCTTCACGGCAGCTTCCCGGCTATCTTTCACGGCAGCTTCCCCACCAATACCGGTGCTGGCTTCCCT
GCTAGCTTCTCCGCCATTACCAGTGCTGGCTTCCTGCTAGTTTTCACGGCAGCTTCTCCGCCATTACCAGTGCTGGCTTCCTGCTAGTTTTCACGGCAGCTTCTCCGCCATTACCAGTGC