NA ----> NA

Intron 1 GTAACTCGAA ... GGTCTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.14	5	7	39
A2	82.86	3	12	17
A3	66.67	15	7	53
A4	86.52	4.7	18.6	41
A5	83.28	3.9	9	29
A6	93.33	1	17	11
A7	66.33	11.6	11.6	34
A8	82.26	4.4	11	30
A9	75.92	4.6	14.7	14
A10	72.14	8.1	13	29

>TRINITY_DN124249_c2_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GCAGTACCGAATTCTGTCATTTTGATAAAAATTGCTCTACCAGATTACAACTCCTTTAGACAACTCCATACTCGATTCCTTCTGGAAGCGCCGTACCATTGTGTTTTTGTTCGAGGTTATGAGGATTTACAGCGACGGCCAAAGGCCAAAACCCTGAGGCAACATGAACAGAACTGTAATTACCGTAAACACAAAAAAAT
TCTCCAGAATTGCGCCGGAATTATCCTCGGAACAATCAATCATCATAATCCCATATGAAAAGACAAAGGAACCTTCACAACCAAGCTGCTTGGAAGGCTCAAAGCAGCTTTATCTCTATAATAGTACTATGATGGGTTGGCATGCACATCCTTTCCTGAATTATTGGTATGTAGTCAATATTCAATAGAATGTGCTCTGC
AACAAATTCTCATGGCTCCCTTTCCCATTCACATTTGTGCTTTCTTTTTATATGAAGTCAGTCAGTTGAATACTGTGGAGTGTGGACCCTGTATTAACCGTGGTTGTTGTTTATTTGGTGACTACAATGGACTAAATTACAAAATTGTGTATGTCGGCTTAACTGTTTGTGATCGTTCAACAATCCCGCAATCCTCGTGA
GTCGTGACATCACTGATAGTGTCTGCGACGGCAAGAAAAATGCCAAATCATTGTTTACCATTCCTTACGACACGCCAAATGTGTGATAGCCGATAGGCCTATCTAAAGCGTGTTGGACCCGGTATCATTCAAATATATCCAATCGTGTCGGGCCGTCGGCCACTTCCTACCGTAGTTTCACCAGATGTTCTTTCAATACA
CATTCTTTGAAGTTTCGCGGAAATTCCATTGGCATTTGCTATAAAATTACGAAGGAGGGCAGCGTAATGGAGTTTCAGAGCAAAAGCCAATCGCTTGATAAGTTTTTCGAAGCAAAGCAAAAGCCAGAGCTGCCCAGTTGAAAAAATCTTCCACAAATATTCGGAACACGTAGATACTGAAGTCGGGAACAACCAGAGCT
ATTGGAGGGAGAAAAACTAGAAGTATTTCTTCTGGCGACATTGCCTGTAATGTAACAATGTTTTCCTTGCCACTAGCCAGTGAAGGAAACCACATCCTTCACACGTTCGATATATTTAATTGCAAGAAGTCGAGCAGTAGATTGGATGGGCTCCTTGCGGGCCTTATTCAAACAGTTCAGCCGCTCT

>TRINITY_DN124249_c2_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCAGTACCGAATTCTGTCATTTTGATAAAAATTGCTCTACCAGATTACAACTCCTTTAGACAACTCCATACTCGATTCCTTCTGGAAGCGCCGTACCATTGTgtaactcgaatccttctataagctaaaactccatggttctatggatactctggcttttagggtttctaaagggcttgcagagactcaatgacggctat
aatgcctgattttatactttagaactttagtctttgtgatgttctgcgggagtccagcaagataaaatttataattctgatcgattctgtggtcttttagGTTTTTGTTCGAGGTTATGAGGATTTACAGCGACGGCCAAAGGCCAAAACCCTGAGGCAACATGAACAGAACTGTAATTACCGTAAACACAAAAAAATTC
TCCAGAATTGCGCCGGAATTATCCTCGGAACAAGTACGTTTTTAAGGCCTTTTATCTCACGCTCTTAATTTTTTTCTATTCTGTTCATATGACTTATAAATTCCCTGCATAGCGAAGCAGTATATCCTTTCTTTAAAATGGATCAGTTGGATTTGGTGAAATTTAATTTGATATAATTACAGGTTGTTTATGGATTTTTG
AAGGTTCTGAG

Intron 2 GTACGTTTTT ... ATTTTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.29	24	27	30
A2	86.05	3	11	26
A3	57.3	19	35	16
A4	79.59	5	20	19
A5	70.91	8	28	11
A6	34.78	15	3	13
A7	48.67	29	34	21
A8	45.71	19	18	14
A9	47.83	6	6	5
A10	54	23	25	29

>TRINITY_DN44221_c1_g1_i9 from sample A9 / Example spliced isoform

TCTCAAATTATCATTTCTACAAAAATTGCAGTACCGAATTCTGTCATTTTGATAAAAATTGCTCTACCAGATTACAACTCCTTTAGACAACTCCATACTCGATTCCTTCTGGAAGCGCCGTACCATTGTGTAACTCGAATCCTTCTATAAGCTAAAACTCCATGGTTCTATGGATACTCTGGCTTTTAGGGTTTCTAAAG
GGCTTGCAGAGACTCAATGACGGCTATAATGCCTGATTTTATACTTTAGAACTTTAGTCTTTGTGATGTTCTGCGGGAGTCCAGCAAGATAAAATTTATAATTCTGATCGATTCTGTGGTCTTTTAGGTTTTTGTTCGAGGTTATGAGGATTTACAGCGACGGCCAAAGGCCAAAACCCTGAGGCAACATGAACAGAACT
GTAATTACCGTAAACACAAAAAAATTCTCCAGAATTGCGCCGGAATTATCCTCGGAACAAGTTCTGAGTCGATTCAGAAACCCTCGAAACGCTAGGGGCAACACCATTCAGAAACCCTAGGGCAAAATGTTAGGCGTAGACAAACAATGTCCTTGGCACTTATACAGCTATGCATGGGCTGGCACCCAATTTGATTAAAC
CACAATTTCCTAGGATAAAAACAAATTGAAACGCCTTGTTTTATTTTTATTTTTTAATCAATTTCTGTTTAAATCTGGTTTGAAAATTGCAATTTTGGCAATGCTGTGATTAGATTAAATGCGTGATTTTAAAACTATTTAAATCGTGGGAATCGTGATTTGAGCAACACAAATTGAGATTTAGACAATTCTTGATCTGC
CAGATTCCAGCTACTGCGAACGTTTTGGTTGTTCCTTATACTGCTCCCTAAAGGGAGAAATTAGCTCTGTATTTGTCCGATTTCTTTGCCAAAATTAGCGAAGGAGTTTCTGTTGTATTAAAAATAATTTATAGTCCATGTTGTTGCTCTCTGTCATTTCTGGATATGGAGACAGGGTCTGTGTGCTGTAAGGTTTTGGC
CTCGTTAGGATGTATCTATGTTAACATAGTTTTTATTAATACAAAGCATTGTCTGTCTTTTAGTGAAAAAAAAAGATATGGAGACAGGGTCTGTGTG

>TRINITY_DN44221_c1_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TCTCAAATTATCATTTCTACAAAAATTGCAGTACCGAATTCTGTCATTTTGATAAAAATTGCTCTACCAGATTACAACTCCTTTAGACAACTCCATACTCGATTCCTTCTGGAAGCGCCGTACCATTGTGTAACTCGAATCCTTCTATAAGCTAAAACTCCATGGTTCTATGGATACTCTGGCTTTTAGGGTTTCTAAAG
GGCTTGCAGAGACTCAATGACGGCTATAATGCCTGATTTTATACTTTAGAACTTTAGTCTTTGTGATGTTCTGCGGGAGTCCAGCAAGATAAAATTTATAATTCTGATCGATTCTGTGGTCTTTTAGGTTTTTGTTCGAGGTTATGAGGATTTACAGCGACGGCCAAAGGCCAAAACCCTGAGGCAACATGAACAGAACT
GTAATTACCGTAAACACAAAAAAATTCTCCAGAATTGCGCCGGAATTATCCTCGGAACAAgtacgtttttaaggccttttatctcacgctcttaatttttttctattctgttcatatgacttataaattccctgcatagcgaagcagtatatcctttctttaaaatggatcagttggatttggtgaaatttaatttgata
taattacaggttgtttatgggtttttgaaggttctaagtcgattcagaaaccctcgaaaccttcgggcaaaaccattaaaaaaccctagggcaaaaccaggtcggatcagttggatttggtgaaatttaatttgatataattacaggttgtttatggatttttgaagGTTCTGAGTCGATTCAGAAACCCTCGAAACGCT
AGGGGCAACACCATTCAGAAACCCTAGGGCAAAATGTTAGGCGTAGACAAACAATGTCCTTGGCACTTATACAGCTATGCATGGGCTGGCACCCAATTTGATTAAACCACAATTTCCTAGGATAAAAACAAATTGAAACGCCTTGTTTTATTTTTATTTTTTAATCAATTTCTGTTTAAATCTGGTTTGAAAATTGCAAT
TTTGGCAATGCTGTGATTAGATTAAATGCGTGATTTTAAAACTATTTAAATCGTGGGAATCGTGATTTGAGCAACACAAATTGAGATTTAGACAATTCTTGATCTGCCAGATTCCAGCTACTGCGAACGTTTTGGTTGTTCCTTATACTGCTCCCTAAAGGGAGAAATTAGCTCTGTATTTGTCCGATTTCTTTGCCAAA
ATTAGCGAAGGAGTTTCTGTTGTATTAAAAATAATTTATAGTCCATGTTGTTGCTCTCTGTCATTTCTGGATATGGAGACAGGGTCTGTGTGCTGTAAGGTTTTGGCCTCGTTAGGATGTATCTATGTTAACATAGTTTTTATTAATACAAAGCATTGTCTGTCTTTTAGTGAAAAAAAAAGATATGGAGACAGGGTCTG
TGTG

Intron 3 GTACGTTTTT ... ATAATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.54	23	27	26
A2	65.96	8	11	20
A3	52.94	24	35	19
A4	78.95	4	20	10
A5	64.18	12	28	15
A6	33.33	7	3	4
A7	45.13	31	34	17
A8	51.72	14	18	12
A9	48.15	7	6	7
A10	58.44	16	25	20

>TRINITY_DN44977_c3_g3_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CAAAAATTGCAGTACCGAATTCTGTCATTTTGATAAAAATTGCTCTACCAGATTACAACTCCTTTAGACAACTCCATACTCGATTCCTTCTGGAAGCGCCGTACCATTGTGTAACTCGAATCCTTCTATAAGCTAAAACTCCATGGTTCTATGGATACTCTGGCTTTTAGGGTTTCTAAAGGGCTTGCAGAGACTCAATG
ACGGCTATAATGCCTGATTTTATACTTTAGAACTTTAGTCTTTGTGATGTTCTGCGGGAGTCCAGCAAGATAAAATTTATAATTCTGATCGATTCTGTGGTCTTTTAGGTTTTTGTTCGAGGTTATGAGGATTTACAGCGACGGCCAAAGGCCAAAACCCTGAGGCAACATGAACAGAACTGTAATTACCGTAAACACAA
AAAAATTCTCCAGAATTGCGCCGGAATTATCCTCGGAACAAGTTGTTTATGGATTTTTGAAGGTTCTGAGTCGATTCAGAAACCCTCGAAACGCTAGGGGCAACACCATTCAGAAACCCTAGGGCAAAATGTTAGGCGTAGACAAACAATGTCCTTGGCACTTATACAGCTATGCATGGGCTGGCACCCAATTTGATTAA
ACCACAATTTCCTAGGATAAAAACAAATTGAAACGCCTTGTTTTATTTTTATTTTTTAATCAATTTCTGTTTAAATCTGGTTTGAAAATTGCAATTTTGGCAATGCTGTGATTAGATTAAATGCGTGATTTTAAAACTATTTAAATCGTGGGAATCGTGATTTGAGCAACACAAATTGAGATTTAGACAATTCTTGATCT
GCCAGATTCCAGCTACTGCGAACGTTTTGGTTGTTCCTTATACTGCTCCCTAAAGGGAGAAATTAGCTCTGTATTTGTCCGATTTCTTTGCCAAAATTAGCGAAGGAGTTTCTGTTGTATTAAAAATAATTTATAGTCCATGTTGTTGCTCTCTGTCATTTCTGGATATGGAGACAGGGTCTGTGTGCTGTAAGGTTTTG
GCCTCGTTAGGATGTATCTATGTTAACATAGTTTTTATTAATAC

>TRINITY_DN44977_c3_g3_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAAAAATTGCAGTACCGAATTCTGTCATTTTGATAAAAATTGCTCTACCAGATTACAACTCCTTTAGACAACTCCATACTCGATTCCTTCTGGAAGCGCCGTACCATTGTGTAACTCGAATCCTTCTATAAGCTAAAACTCCATGGTTCTATGGATACTCTGGCTTTTAGGGTTTCTAAAGGGCTTGCAGAGACTCAATG
ACGGCTATAATGCCTGATTTTATACTTTAGAACTTTAGTCTTTGTGATGTTCTGCGGGAGTCCAGCAAGATAAAATTTATAATTCTGATCGATTCTGTGGTCTTTTAGGTTTTTGTTCGAGGTTATGAGGATTTACAGCGACGGCCAAAGGCCAAAACCCTGAGGCAACATGAACAGAACTGTAATTACCGTAAACACAA
AAAAATTCTCCAGAATTGCGCCGGAATTATCCTCGGAACAAgtacgtttttaaggccttttatctcacgctcttaatttttttctattctgttcatatgacttataaattccctgcatagcgaagcagtatatcctttctttaaaatggatcagttggatttggtgaaatttaatttgatataattacagGTTGTTTATG
GATTTTTGAAGGTTCTGAGTCGATTCAGAAACCCTCGAAACGCTAGGGGCAACACCATTCAGAAACCCTAGGGCAAAATGTTAGGCGTAGACAAACAATGTCCTTGGCACTTATACAGCTATGCATGGGCTGGCACCCAATTTGATTAAACCACAATTTCCTAGGATAAAAACAAATTGAAACGCCTTGTTTTATTTTTA
TTTTTTAATCAATTTCTGTTTAAATCTGGTTTGAAAATTGCAATTTTGGCAATGCTGTGATTAGATTAAATGCGTGATTTTAAAACTATTTAAATCGTGGGAATCGTGATTTGAGCAACACAAATTGAGATTTAGACAATTCTTGATCTGCCAGATTCCAGCTACTGCGAACGTTTTGGTTGTTCCTTATACTGCTCCCT
AAAGGGAGAAATTAGCTCTGTATTTGTCCGATTTCTTTGCCAAAATTAGCGAAGGAGTTTCTGTTGTATTAAAAATAATTTATAGTCCATGTTGTTGCTCTCTGTCATTTCTGGATATGGAGACAGGGTCTGTGTGCTGTAAGGTTTTGGCCTCGTTAGGATGTATCTATGTTAACATAGTTTTTATTAATAC

Intron 4 GTACGTTTTT ... ATAATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.06	23	27	21
A2	68.63	8	11	24
A3	52.94	24	35	19
A4	81.4	4	20	15
A5	61.9	12	28	11
A6	33.33	7	3	4
A7	45.61	31	34	18
A8	48.15	14	18	8
A9	44	7	6	5
A10	57.89	16	25	19

>TRINITY_DN44221_c1_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

TCTCAAATTATCATTTCTACAAAAATTGCAGTACCGAATTCTGTCATTTTGATAAAAATTGCTCTACCAGATTACAACTCCTTTAGACAACTCCATACTCGATTCCTTCTGGAAGCGCCGTACCATTGTGTAACTCGAATCCTTCTATAAGCTAAAACTCCATGGTTCTATGGATACTCTGGCTTTTAGGGTTTCTAAAG
GGCTTGCAGAGACTCAATGACGGCTATAATGCCTGATTTTATACTTTAGAACTTTAGTCTTTGTGATGTTCTGCGGGAGTCCAGCAAGATAAAATTTATAATTCTGATCGATTCTGTGGTCTTTTAGGTTTTTGTTCGAGGTTATGAGGATTTACAGCGACGGCCAAAGGCCAAAACCCTGAGGCAACATGAACAGAACT
GTAATTACCGTAAACACAAAAAAATTCTCCAGAATTGCGCCGGAATTATCCTCGGAACAAGTTGTTTATGGATTTTTGAAGGTTCTGAGTCGATTCAGAAACCCTCGAAACGCTAGGGGCAACACCATTCAGAAACCCTAGGGCAAAATGTTAGGCGTAGACAAACAATGTCCTTGGCACTTATACAGCTATGCATGGGC
TGGCACCCAATTTGATTAAACCACAATTTCCTAGGATAAAAACAAATTGAAACGCCTTGTTTTATTTTTATTTTTTAATCAATTTCTGTTTAAATCTGGTTTGAAAATTGCAATTTTGGCAATGCTGTGATTAGATTAAATGCGTGATTTTAAAACTATTTAAATCGTGGGAATCGTGATTTGAGCAACACAAATTGAGA
TTTAGACAATTCTTGATCTGCCAGATTCCAGCTACTGCGAACGTTTTGGTTGTTCCTTATACTGCTCCCTAAAGGGAGAAATTAGCTCTGTATTTGTCCGATTTCTTTGCCAAAATTAGCGAAGGAGTTTCTGTTGTATTAAAAATAATTTATAGTCCATGTTGTTGCTCTCTGTCATTTCTGGATATGGAGACAGGGTC
TGTGTGCTGTAAGGTTTTGGCCTCGTTAGGATGTATCTATGTTAACATAGTTTTTATTAATACAAAGCATTGTCTGTCTTTTAGTGAAAAAAAAAGATATGGAGACAGGGTCTGTGTG

>TRINITY_DN44221_c1_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TCTCAAATTATCATTTCTACAAAAATTGCAGTACCGAATTCTGTCATTTTGATAAAAATTGCTCTACCAGATTACAACTCCTTTAGACAACTCCATACTCGATTCCTTCTGGAAGCGCCGTACCATTGTGTAACTCGAATCCTTCTATAAGCTAAAACTCCATGGTTCTATGGATACTCTGGCTTTTAGGGTTTCTAAAG
GGCTTGCAGAGACTCAATGACGGCTATAATGCCTGATTTTATACTTTAGAACTTTAGTCTTTGTGATGTTCTGCGGGAGTCCAGCAAGATAAAATTTATAATTCTGATCGATTCTGTGGTCTTTTAGGTTTTTGTTCGAGGTTATGAGGATTTACAGCGACGGCCAAAGGCCAAAACCCTGAGGCAACATGAACAGAACT
GTAATTACCGTAAACACAAAAAAATTCTCCAGAATTGCGCCGGAATTATCCTCGGAACAAgtacgtttttaaggccttttatctcacgctcttaatttttttctattctgttcatatgacttataaattccctgcatagcgaagcagtatatcctttctttaaaatggatcagttggatttggtgaaatttaatttgata
taattacaggttgtttatgggtttttgaaggttctaagtcgattcagaaaccctcgaaaccttcgggcaaaaccattaaaaaaccctagggcaaaaccaggtcggatcagttggatttggtgaaatttaatttgatataattacagGTTGTTTATGGATTTTTGAAGGTTCTGAGTCGATTCAGAAACCCTCGAAACGCT
AGGGGCAACACCATTCAGAAACCCTAGGGCAAAATGTTAGGCGTAGACAAACAATGTCCTTGGCACTTATACAGCTATGCATGGGCTGGCACCCAATTTGATTAAACCACAATTTCCTAGGATAAAAACAAATTGAAACGCCTTGTTTTATTTTTATTTTTTAATCAATTTCTGTTTAAATCTGGTTTGAAAATTGCAAT
TTTGGCAATGCTGTGATTAGATTAAATGCGTGATTTTAAAACTATTTAAATCGTGGGAATCGTGATTTGAGCAACACAAATTGAGATTTAGACAATTCTTGATCTGCCAGATTCCAGCTACTGCGAACGTTTTGGTTGTTCCTTATACTGCTCCCTAAAGGGAGAAATTAGCTCTGTATTTGTCCGATTTCTTTGCCAAA
ATTAGCGAAGGAGTTTCTGTTGTATTAAAAATAATTTATAGTCCATGTTGTTGCTCTCTGTCATTTCTGGATATGGAGACAGGGTCTGTGTGCTGTAAGGTTTTGGCCTCGTTAGGATGTATCTATGTTAACATAGTTTTTATTAATACAAAGCATTGTCTGTCTTTTAGTGAAAAAAAAAGATATGGAGACAGGGTCTG
TGTG