sp|P82413|RK19_SPIOL ----> Large ribosomal subunit protein bL19c
Intron 1 GTGCTATCTC ... CTCTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12 | 88 | 6 | 12 |
| A2 | 18.63 | 83 | 1 | 19 |
| A3 | 16.16 | 83 | 1 | 16 |
| A4 | 15.09 | 45 | 5 | 8 |
| A5 | 24 | 38 | 4 | 12 |
| A6 | 14.29 | 36 | 0 | 6 |
| A7 | 19.79 | 77 | 0 | 19 |
| A8 | 6.25 | 30 | 0 | 2 |
| A9 | 20.51 | 62 | 0 | 16 |
| A10 | 14.06 | 55 | 0 | 9 |
>TRINITY_DN125563_c1_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformGTTTACTTGAACTTCATGCCAAGTTATGGTTTGTAATTGGATCATTGGTCAGAATTTCCATGTCAAGTTCTGGTCTATAATTGGATATATTGACCAGTAACCTTAAATCCAAAATATTATGTCAAGTTTTGGTGATAGTAGCAAGATTTGGTAGTATTGACCTTTAAAGTGCAGAAATCAGCAGTTGTATGAAATTCGGC
TAATTTTCTGTACAATATGGATATGATACAGTCAAACCCATTTTTTACTGCTTTGAGGGTGAAATTCATCTAAAATACGAAACAAAACTCATAATTTTGTATATATGAGATGTATATTTCTTTATTGGATCCATATTGGATTTTTTCCGTTCCGTAATCAGATACAATGATTTGAACTTGAGTGCTGGACTATATTTAGA
TGTATTTACGGGAGTTTGGGCATAATGACAACCGATATTTAGATCAAATAAAGTCATTTGAATGGGACTATCCTAACTACTGTTCTAAAATTTCTCTGCCAGTAATGCTAGTGATGCACTGGATAAGTTGCGCTTCTTAAGCGTGACAGACTCAAGTCTTCTTGGTAATGGAGGGGAATTAGAGATTCGTATCAAGGCAG
ACAAGGAGAATGGAACAATCACCTTGATCGATACTGGTATTGGGATGACAAAGGAAGAACTTGTGGATTGCTTGGGAACCATAGCTCAGAGTGGAACCGCTAAGTTTTTGAAAGCATTGAGGGATAGTAAGGAAGCCGGTTCTGACAGCAATTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCT
GATCGGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGT
TAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGA
TGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTA
TACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACT
TAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATA
TTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTCTTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAA
GAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCA
TGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCAC
TTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAAATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAAT
TTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATGAGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTT
TGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGATCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTGGAGTTTGTATACAACTGATTGGGCTTAAATTGAAAACTGA
>TRINITY_DN125563_c1_g1_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCTGATCGGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGA
CTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTGAGATTAATGCCTTGGCACATATACACAGTCTTTTTGAAATTTTGTAACCAATGGGTGTCTTTGAGTTGCCAGTGGCAGTCA
TTATGAAAACAATTCATTAGATGTTGTTATCATGCACATTATAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGgtgctatctcagaaattgtcttcattagacttttttaatgatattgttaacgctgtagcttgggatcctcaaatctgacagtagctgctgctttctcttttcagG
GCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTC
AGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTG
Intron 2 GTAAATTTAC ... TGCAATGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 48 | 0 | 12 |
| A2 | 11.67 | 53 | 0 | 7 |
| A3 | 22.64 | 41 | 0 | 12 |
| A4 | 26.56 | 47 | 0 | 17 |
| A5 | 23.64 | 42 | 1 | 13 |
| A6 | 28.57 | 25 | 0 | 10 |
| A7 | 16.92 | 54 | 0 | 11 |
| A8 | 33.33 | 26 | 0 | 13 |
| A9 | 21.57 | 40 | 0 | 11 |
| A10 | 15.25 | 50 | 0 | 9 |
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i14 from sample A4 / Example spliced isoformAATTATGAGTGTGTTTGTTTAGGGTTGATTTAGGCCTCGTGTAAGATATGTAGATGTGAGGAAGTAACGGGAGATTATTAGTTTGATTTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCTGATCGGGTAGGTGACCTGACACCTCTCCAATTATGAGTGTGTTTGTTTAGGGTTGATTTAGGCC
TCGTGTAAGATATGTAGATGTGAGGAAGTAACGGGAGATTATTAGTTTGATCTGTTGGTACTTGCACATTTCTAATAATGCTCGCATAAACGGCAATTCCACGACAGATTATCCATAGCTATTGAACATTTGCCTGAGGCATGTGTTACATGTTCTGTGGTGCAGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAA
GCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTAT
GGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAA
TTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGA
GCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACTTAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACT
TTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATATTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTC
TTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAA
GAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTA
TAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAA
ATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATG
AGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGA
TCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTG
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATGTTCTCACTTCAATACAGAGgtaaatttacctgagagtattagtggttatttggatgagaaaggcatcgtcttggttgaatttctaatggatagttattttaatgcaatgtagGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGA
ATATTCGTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTGGTAAGTAAAAATTAATGTGTTGATTTCTAGTTATTTTTAAATGCAAAAACATTTAAGGGCCCATTCATCATTTTGTGATTCTTATCAACATCACAGC
Intron 3 GTAAGACGTC ... TATCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.91 | 35 | 15 | 7 |
| A2 | 20.75 | 42 | 8 | 14 |
| A3 | 15.79 | 24 | 7 | 2 |
| A4 | 32.14 | 19 | 11 | 7 |
| A5 | 17.39 | 19 | 5 | 3 |
| A6 | 7.41 | 25 | 3 | 1 |
| A7 | 21.25 | 63 | 23 | 11 |
| A8 | 21.74 | 45 | 17 | 8 |
| A9 | 20.72 | 44 | 14 | 9 |
| A10 | 18.75 | 65 | 23 | 7 |
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i14 from sample A4 / Example spliced isoformAATTATGAGTGTGTTTGTTTAGGGTTGATTTAGGCCTCGTGTAAGATATGTAGATGTGAGGAAGTAACGGGAGATTATTAGTTTGATTTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCTGATCGGGTAGGTGACCTGACACCTCTCCAATTATGAGTGTGTTTGTTTAGGGTTGATTTAGGCC
TCGTGTAAGATATGTAGATGTGAGGAAGTAACGGGAGATTATTAGTTTGATCTGTTGGTACTTGCACATTTCTAATAATGCTCGCATAAACGGCAATTCCACGACAGATTATCCATAGCTATTGAACATTTGCCTGAGGCATGTGTTACATGTTCTGTGGTGCAGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAA
GCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTAT
GGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAA
TTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGA
GCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACTTAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACT
TTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATATTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTC
TTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAA
GAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTA
TAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAA
ATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATG
AGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGA
TCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTG
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCGGGACGTTAAAATGATTCAGTGGATATTATAAAACCCTAACGTCTTGAAAGTTCTGGAGATCTTTTCATAAACCCCTTAAACCCTACCGAGGGTTTATGTTCTAATATAGTCTTCGTGCCAGGCTGAAGTAGCTATGTTTATCTGATAATTGACGGGACTTTGGCCCTCATATATATTCCATTAGTCCCAACTCATTC
TTTCCGAGAGTCCGAAGAGGCAGCAGAGTTTCCAGGTTCCATTCATTCCGCAGAGCTAAAAGGGTATTTTTTTTTCTTTGGTTGAGAATCGAAAATGTATCAGGCTTCGAGGCGATCAGTCTCAGCGGCAGTTCGATCACCGGCACTGGTTCGAGCCCTCGCAGCGCCGACGCCGCCTTGCTACCCCTCGGCTCCGGCCA
CCACTGAGGGAGGGGCCAATACATACAACTGCCCTCCACGGCCGTTTACTTCCTCGGGGTTAGTTGGAACTGCGAAATCAGGGTTATCAAATCGTGGAAAGACAGCTGGTTTTTCTGCTGCGTCAAATCTGAAGATAAAGCAGACAATACCTGGCATTGTTAGGTATGAAACCACAGTAGCACAGCAGGAAACAACAGAC
GATTCAGTTGAAAAACACGAGTACCAAGCAGAGGTTAGTCGTCTTTTGGATTTGATAGTACACAGCTTGTACAGCCACAAGGAAGTATTCCTCCGTGAGTTAGTCAGTAATGCTAGTGATGCACTGGATAAGTTGCGCTTCTTAAGCGTGACAGACTCAAGTCTTCTTGGTAATGGAGGGGAATTAGAGATTCGTATCAA
GGCAGACAAGGAGAATGGAACAATCACCTTGATCGATACTGGTATTGGGATGACAAAGGAAGAACTTGTGGATTGCTTGGGAACCATAGCTCAGAGTGGAACCGCTAAGTTTTTGAAAGCATTGAGGGATAGTAAGGAAGCCGGTTCTGACAGCAATTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTG
TCGCTGATCGGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAAT
CTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTAT
TTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTC
GTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATC
TCACTTAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTA
TTATATTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTCTTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGgtaagacgtcagtggataattacgaccttttgttatgggtacccccgaggttgtcttactggatatcacattttatctttcagGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCA
AAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTG
TCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTA
TATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAAATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGC
GGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATGAGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCT
AGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGATCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTC
GATATGAATGTGATTGATATTTG
Intron 4 GTGCTATCTC ... CTCTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.11 | 88 | 11 | 1 |
| A2 | 12.63 | 83 | 12 | 0 |
| A3 | 10.75 | 83 | 10 | 0 |
| A4 | 18.18 | 45 | 10 | 3 |
| A5 | 24 | 38 | 12 | 1 |
| A6 | 18.18 | 36 | 8 | 0 |
| A7 | 15.38 | 77 | 14 | 0 |
| A8 | 14.29 | 30 | 5 | 0 |
| A9 | 18.42 | 62 | 14 | 0 |
| A10 | 21.43 | 55 | 15 | 0 |
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i14 from sample A4 / Example spliced isoformAATTATGAGTGTGTTTGTTTAGGGTTGATTTAGGCCTCGTGTAAGATATGTAGATGTGAGGAAGTAACGGGAGATTATTAGTTTGATTTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCTGATCGGGTAGGTGACCTGACACCTCTCCAATTATGAGTGTGTTTGTTTAGGGTTGATTTAGGCC
TCGTGTAAGATATGTAGATGTGAGGAAGTAACGGGAGATTATTAGTTTGATCTGTTGGTACTTGCACATTTCTAATAATGCTCGCATAAACGGCAATTCCACGACAGATTATCCATAGCTATTGAACATTTGCCTGAGGCATGTGTTACATGTTCTGTGGTGCAGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAA
GCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTAT
GGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAA
TTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGA
GCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACTTAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACT
TTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATATTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTC
TTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAA
GAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTA
TAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAA
ATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATG
AGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGA
TCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTG
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTTAGATTGATAATGTCCTGAAAGGCACGAAAGATTGGGTATGAGAGTATCTTGGTTGATTGTATATTTTCTAATGGATTTTGTTTTTCCTTGTGATCAGGATAGTAAGGAAGCCGGTTCTGACAGCAATTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCTGATCGGGTAGGTGACCTGACAC
CTCTCCAATTATGAGTGTGTTTGTTTAGGGTTGATTTAGGCCTCGTGTAAGATATGTAGATGTGAGGAAGTAACGGGAGATTATTAGTTTGATCTGTTGGTACTTGCACATTTCTAATAATGCTCGCATAAACGGCAATTCCACGACAGATTATCCATAGCTATTGAACATTTGCCTGAGGCATGTGTTACATGTTCTGT
GGTGCAGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTG
TTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGgtgctatctcagaaattgtcttcattagactttttttaatgatattgttaacgctgtagcttgggatcctcaaatctgaca
gtagctgctgctttctcttttcagGGCCAGAAGAATAAAAAAACC
Intron 5 GTAGGTGACC ... TGTGGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.83 | 60 | 2.8 | 2 |
| A2 | 9.61 | 77 | 5.4 | 11 |
| A3 | 13.22 | 84 | 7.6 | 18 |
| A4 | 24.01 | 45 | 15.6 | 13 |
| A5 | 9.89 | 41 | 3 | 6 |
| A6 | 18.56 | 25 | 6.4 | 5 |
| A7 | 8.55 | 77 | 3.4 | 11 |
| A8 | 4.58 | 27 | 1.6 | 1 |
| A9 | 11.91 | 51 | 6.8 | 7 |
| A10 | 9.16 | 43 | 3.8 | 5 |
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoformCCGGGACGTTAAAATGATTCAGTGGATATTATAAAACCCTAACGTCTTGAAAGTTCTGGAGATCTTTTCATAAACCCCTTAAACCCTACCGAGGGTTTATGTTCTAATATAGTCTTCGTGCCAGGCTGAAGTAGCTATGTTTATCTGATAATTGACGGGACTTTGGCCCTCATATATATTCCATTAGTCCCAACTCATTC
TTTCCGAGAGTCCGAAGAGGCAGCAGAGTTTCCAGGTTCCATTCATTCCGCAGAGCTAAAAGGGTATTTTTTTTTCTTTGGTTGAGAATCGAAAATGTATCAGGCTTCGAGGCGATCAGTCTCAGCGGCAGTTCGATCACCGGCACTGGTTCGAGCCCTCGCAGCGCCGACGCCGCCTTGCTACCCCTCGGCTCCGGCCA
CCACTGAGGGAGGGGCCAATACATACAACTGCCCTCCACGGCCGTTTACTTCCTCGGGGTTAGTTGGAACTGCGAAATCAGGGTTATCAAATCGTGGAAAGACAGCTGGTTTTTCTGCTGCGTCAAATCTGAAGATAAAGCAGACAATACCTGGCATTGTTAGGTATGAAACCACAGTAGCACAGCAGGAAACAACAGAC
GATTCAGTTGAAAAACACGAGTACCAAGCAGAGGTTAGTCGTCTTTTGGATTTGATAGTACACAGCTTGTACAGCCACAAGGAAGTATTCCTCCGTGAGTTAGTCAGTAATGCTAGTGATGCACTGGATAAGTTGCGCTTCTTAAGCGTGACAGACTCAAGTCTTCTTGGTAATGGAGGGGAATTAGAGATTCGTATCAA
GGCAGACAAGGAGAATGGAACAATCACCTTGATGTAAGCTGCATAATATAGTATAGTAGTGCTTCCTGGACTATATACATATGTATTGTGTTAAAGTGTGGTTCCAATTTTTATTATTTTGCTTCTGTATATGCGTGACAAGTGTCTGTCCTTAATATCTGCAGCGATACTGGTATTGGGATGACAAAGGAAGAACTTGT
GGATTGCTTGGGAACCATAGCTCAGAGTGGAACCGCTAAGTTTTTGAAAGCATTGAGGGATAGTAAGGAAGCCGGTTCTGACAGCAATTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCTGATCGGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGG
CAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTC
GAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGA
ATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCT
TCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACTTAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGT
GTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATATTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTCTTAGAAAAACTTATAGAGAAAGA
CTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCATTTGGGAGACCAAGTGG
CAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAAATTTGAATGCCGCTTGC
AAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAAATAGATGCTCCGCAACCATCTGC
TGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATGAGTTCACTCTTGATCGAGCACTC
AACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGATCCTTAATTCTAATCTGATATGA
ATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTG
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i14 from sample A4 / Example unspliced isoform:AATTATGAGTGTGTTTGTTTAGGGTTGATTTAGGCCTCGTGTAAGATATGTAGATGTGAGGAAGTAACGGGAGATTATTAGTTTGATTTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCTGATCGGgtaggtgacctgacacctctccaattatgagtgtgtttgtttagggttgatttaggcc
tcgtgtaagatatgtagatgtgaggaagtaacgggagattattagtttgatctgttggtacttgcacatttctaataatgctcgcataaacggcaattccacgacagattatccatagctattgaacatttgcctgaggcatgtgttacatgttctgtggtgcagATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAA
GCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTAT
GGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAA
TTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGA
GCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACTTAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACT
TTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATATTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTC
TTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAA
GAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTA
TAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAA
ATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATG
AGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGA
TCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTG
Intron 6 GTAAGACGTC ... TATCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.91 | 35 | 15 | 7 |
| A2 | 20.75 | 42 | 8 | 14 |
| A3 | 15.79 | 24 | 7 | 2 |
| A4 | 32.14 | 19 | 11 | 7 |
| A5 | 17.39 | 19 | 5 | 3 |
| A6 | 7.41 | 25 | 3 | 1 |
| A7 | 21.25 | 63 | 23 | 11 |
| A8 | 21.74 | 45 | 17 | 8 |
| A9 | 20.72 | 44 | 14 | 9 |
| A10 | 18.75 | 65 | 23 | 7 |
>TRINITY_DN125563_c1_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformGTTTACTTGAACTTCATGCCAAGTTATGGTTTGTAATTGGATCATTGGTCAGAATTTCCATGTCAAGTTCTGGTCTATAATTGGATATATTGACCAGTAACCTTAAATCCAAAATATTATGTCAAGTTTTGGTGATAGTAGCAAGATTTGGTAGTATTGACCTTTAAAGTGCAGAAATCAGCAGTTGTATGAAATTCGGC
TAATTTTCTGTACAATATGGATATGATACAGTCAAACCCATTTTTTACTGCTTTGAGGGTGAAATTCATCTAAAATACGAAACAAAACTCATAATTTTGTATATATGAGATGTATATTTCTTTATTGGATCCATATTGGATTTTTTCCGTTCCGTAATCAGATACAATGATTTGAACTTGAGTGCTGGACTATATTTAGA
TGTATTTACGGGAGTTTGGGCATAATGACAACCGATATTTAGATCAAATAAAGTCATTTGAATGGGACTATCCTAACTACTGTTCTAAAATTTCTCTGCCAGTAATGCTAGTGATGCACTGGATAAGTTGCGCTTCTTAAGCGTGACAGACTCAAGTCTTCTTGGTAATGGAGGGGAATTAGAGATTCGTATCAAGGCAG
ACAAGGAGAATGGAACAATCACCTTGATCGATACTGGTATTGGGATGACAAAGGAAGAACTTGTGGATTGCTTGGGAACCATAGCTCAGAGTGGAACCGCTAAGTTTTTGAAAGCATTGAGGGATAGTAAGGAAGCCGGTTCTGACAGCAATTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCT
GATCGGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGT
TAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGA
TGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTA
TACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACT
TAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATA
TTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTCTTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAA
GAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCA
TGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCAC
TTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAAATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAAT
TTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATGAGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTT
TGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGATCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTGGAGTTTGTATACAACTGATTGGGCTTAAATTGAAAACTGA
>TRINITY_DN125563_c1_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTGCAAGTTCACTTCAGATTAGGCAGAACATTGCACAATTTTAAAGTAATGATTTATTATACTATAATAATATGCAATTTCAGTTGAAATTGTTTGCCCATGAGAGTCTTTGGTTAAGTATTTAGTTGGCTATTTTTGTTTAATCATGCATATAATTTGCTTTCAAGGGTGATTTTCAAGTATTTTGAAGGGGTTAATTA
GTTGTTTGATGCTGGAATTCAGTTTATGGGGGTTCTAATTTCCGAATCCTTTCTGACAGGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACTTAGTGAAAATAAAGAGGTATGGCTGCTTTGCAGGCATCACATGTTAGTGGTTGGCATTTTATTGGTAGTTCTTACTAAA
TGGTTCTTACTATAATGCATTTTATCTTGGTGATTTTACAAGGATAGGGTAATTTGGCTTCCAATATTATTATGGGGAATAATAGAATAATTTGGTAATCACTAAAAAATATTCCAATTAAGTGTGGTTGAGTCCATTTTTGCTAAGTTTTTGTTCCAATCAAGCCTTGGAAGTTTGCATATTGACTCAATAAAGTAAGA
TAAACAGAATAATATATAACTTTGAAGTTTGCAGTGGTATATAATATGCATATCTTCTGATGGAGACCCCATTGGGACAACGGACACAGTGTCATGCCGCTCTGTATTTTAAGCCCCGTGGAATTTGTGATTGATTGTCAAAAAGGGTGTTTCAGTGTTCTGTACGGGTCAGTTCCATGATGGTCTATGTACGGTTATTA
ACTAAACATTTTATTGAAAGGGCTGTCATCCTTTGAAGCACAGGATAGTATTGATCTCCTTTTTTAATCCATCAGTGTGAATTCTTCTTTGTATTATTAGCTCCATGAAATTAATGAATGATTGTTAAGAAGGGTGTTTCGGTATTCTGCAGAGGTCAGTTTTGTATGGACTGTTAGTGATCAGTGTTTTTAATTGAAGT
GGTTATCTCCCGCTGAAGTTCAAAGATATTAGGGATCTTTTTTTTAATTCAGTATGTACATATTGGTTTTTCTGTGTATTGTTTAGAGAATGGATGGAGAACAATGTGTGCCATATTTTTATTTTTATTGCTCAGCCTCAGACATTGCACATTTTTGACATGGTGTATCTCTTGTGTATTTAATCCCTGTGAATTATTTG
AACCGTTTTTTTTTTTATACTTCTTAGATGCTCTAGATGTTGGTTGTGGTATATTACTAATTAAAGATTTCTTTTCAATCACTCGCGCAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATT
TAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATATTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTCTTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGgtaagacgtcagtggataattacgaccttttgttatgggtacccccgaggttgtc
tggatatcacattttatctttcagGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCA
TTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAA
ATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAAATAGAT
GCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATGAGTTCA
CTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGATCCTTA
ATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTGGAGTTTGTATACAACTGATTGGGCTTAAATTGAAAACTGA
Intron 7 GTATAATTAT ... TGGACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 43.38 | 77 | 59 | 9 |
| A2 | 40.54 | 66 | 45 | 8 |
| A3 | 37.93 | 108 | 66 | 13 |
| A4 | 34.44 | 59 | 31 | 3 |
| A5 | 31.91 | 32 | 15 | 10 |
| A6 | 52.63 | 72 | 80 | 2 |
| A7 | 48.02 | 171 | 158 | 0 |
| A8 | 52.67 | 71 | 79 | 1 |
| A9 | 48.6 | 110 | 104 | 0 |
| A10 | 43.93 | 134 | 105 | 0 |
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i5 from sample A4 / Example spliced isoformCCGGGACGTTAAAATGATTCAGTGGATATTATAAAACCCTAACGTCTTGAAAGTTCTGGAGATCTTTTCATAAACCCCTTAAACCCTACCGAGGGTTTATGTTCTAATATAGTCTTCGTGCCAGGCTGAAGTAGCTATGTTTATCTGATAATTGACGGGACTTTGGCCCTCATATATATTCCATTAGTCCCAACTCATTC
TTTCCGAGAGTCCGAAGAGGCAGCAGAGTTTCCAGGTTCCATTCATTCCGCAGAGCTAAAAGGGTATTTTTTTTTCTTTGGTTGAGAATCGAAAATGTATCAGGCTTCGAGGCGATCAGTCTCAGCGGCAGTTCGATCACCGGCACTGGTTCGAGCCCTCGCAGCGCCGACGCCGCCTTGCTACCCCTCGGCTCCGGCCA
CCACTGAGGGAGGGGCCAATACATACAACTGCCCTCCACGGCCGTTTACTTCCTCGGGGTTAGTTGGAACTGCGAAATCAGGGTTATCAAATCGTGGAAAGACAGCTGGTTTTTCTGCTGCGTCAAATCTGAAGATAAAGCAGACAATACCTGGCATTGTTAGGTATGAAACCACAGTAGCACAGCAGGAAACAACAGAC
GATTCAGTTGAAAAACACGAGTACCAAGCAGAGGTTAGTCGTCTTTTGGATTTGATAGTACACAGCTTGTACAGCCACAAGGAAGTATTCCTCCGTGAGTTAGTCAGTAATGCTAGTGATGCACTGGATAAGTTGCGCTTCTTAAGCGTGACAGACTCAAGTCTTCTTGGTAATGGAGGGGAATTAGAGATTCGTATCAA
GGCAGACAAGGAGAATGGAACAATCACCTTGATCGATACTGGTATTGGGATGACAAAGGAAGAACTTGTGGATTGCTTGGGAACCATAGCTCAGAGTGGAACCGCTAAGTTTTTGAAAGCATTGAGGGATAGTAAGGAAGCCGGTTCTGACAGCAATTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTG
TCGCTGATCGGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAAT
CTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTAT
TTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTC
GTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATC
TCACTTAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTA
TTATATTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTCTTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTAAGACGTCAGTGGATAATTACGACCTTTTGTTATGGGTACCCCCGAGGTTGTCTTACTGGATATCACATTTTATCTTTCAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCA
AAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTG
TCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTA
TATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAAATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGC
GGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATGAGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCT
AGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGATCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTC
GATATGAATGTGATTGATATTTG
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i11 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCGGGACGTTAAAATGATTCAGTGGATATTATAAAACCCTAACGTCTTGAAAGTTCTGGAGATCTTTTCATAAACCCCTTAAACCCTACCGAGGGTTTATGTTCTAATATAGTCTTCGTGCCAGGCTGAAGTAGCTATGTTTATCTGATAATTGACGGGACTTTGGCCCTCATATATATTCCATTAGTCCCAACTCATTC
TTTCCGAGAGTCCGAAGAGGCAGCAGAGTTTCCAGGTTCCATTCATTCCGCAGAGCTAAAAGGGTATTTTTTTTTCTTTGGTTGAGAATCGAAAATGTATCAGGCTTCGAGGCGATCAGTCTCAGCGGCAGTTCGATCACCGGCACTGGTTCGAGCCCTCGCAGCGCCGACGCCGCCTTGCTACCCCTCGGCTCCGGCCA
CCACTGAGGGAGGGGCCAATACATACAACTGCCCTCCACGGCCGTTTACTTCCTCGGGGTTAGTTGGAACTGCGAAATCAGGGTTATCAAATCGTGGAAAGACAGCTGGTTTTTCTGCTGCGTCAAATCTGAAGATAAAGCAGACAATACCTGGCATTGTTAGGTATGAAACCACAGTAGCACAGCAGGAAACAACAGAC
GATTCAGTTGAAAAACACGAGTACCAAGCAGAGgtataattataatttattattattgccatcatcttaattgcctcaattgcctcgtctaggcatcaatgtttctgggtttgcatcatattgttggctgagtggatttgagatttgttttcattgtctttgtttgctttatactgttggttaagtggctttcagatttg
ttttcgttctctgggtttaattatactgttggttgagggcctttcagatgtgttttattattattcgcttcatctaggtaaattcattctgggggctgtggactgcagGTTAGTCGTCTTTTGGATTTGATAGTACACAGCTTGTACAGCCACAAGGAAGTATTCCTCCGTGAGTTAGTCAGGTGAGAAAATTATGATGA
TTTGAGCTCAGAGTTAAAATGACCAGAAAATGTCAAGCCCTGTGATGTAATTGGATATGTTTATTAGAACTTCATGCCAAATTCTGGTCTGTAATTGGATAATTGGTCAGAACTGGATATGTTTACTTGAACTTCATGCCAAGTTATGGTTTGTAATTGGATCATTGGTCAGAATTTCCATGTCAAGTTCTGGTCTATAA
TTGGATATATTGACCAGTAACCCTGAATCCAAAATATTATGTCAAGTTTTGGTAGTAATAGCAAGATTTGGTAGTAGTAGCAAGATTTGGTAGTATTGACCTTACAGAAATTCAGCAATTCTATGAAATTCGGCTATTTTTCTGTACAATATGGATATGATACAGTCAACCCCATTTTTTACTGCTTTGAGGGTGAAAAT
TCATCTAAAATACGAAACAAAACGCATAATTTTGTATATATGAGATGTATATTTCTTTATTGGATCCATATCGGATTTTTTCCGTTCCG
Intron 8 GTGTGCTGAA ... AGACATTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.01 | 109 | 29 | 4 |
| A2 | 12.21 | 115 | 16 | 7 |
| A3 | 13.39 | 97 | 15 | 2 |
| A4 | 6.33 | 74 | 5 | 1 |
| A5 | 17.24 | 24 | 5 | 2 |
| A6 | 20 | 220 | 55 | 11 |
| A7 | 16.05 | 408 | 78 | 10 |
| A8 | 16.14 | 317 | 61 | 6 |
| A9 | 13.92 | 365 | 59 | 7 |
| A10 | 18.48 | 344 | 78 | 12 |
>TRINITY_DN115059_c0_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoformAGGCTGTAGTGCATTTTCATAAACCCCTTAAATCCTACCGGGCGTTTATGCTATACTCTGCGTGCCAGACTGAAGCAGCTATGTTTATCTGATAAGTGACGGGACTTTGGCTCTCAGATATAATCCATTAGTTCCCAACTCGTTCTTTCTGCATAGTCAGAAGAGGCAGCAGAGGTAGAAGGGTAATTTTATTTTCTTTG
GCTGAGAAACTAAAATGTATCAGGCTTCGAGGCGTTCAGTCTCAGCAGCAGTTCGATCCCCGGCACTGGTTCGAGCCCTCGCAGCGCCGACGCCGCCTTGCTCTCCCTCGGCTCTGGACACCACTGAGGGAGGGGCCAATAAATACAACTGCCCTCCACGGCCGTTTACTTCCTCGGGGGTAGTCGGCACTGCGAAATCA
GGGTTATCAAATCGTGGAAAGACAGCTGGTTTTTCTGCTGCTTCAAATCTGAAGATAAAGCAGACAATACCTGGCATTGATAGGTATGAAACCACAGTGGCACAGCATGAAACAACAGACGATTCGGTTGGAAAAAACGAGTATCGAGCAGAGACTGCTATACCACATATCACTTGTGAACCATCTTCTGGAGTAAGGAT
GGAACGTAATATTATTCAGTCACCAGCATTAGTTCAGTTGAAGCAGCGCTTTTTCCCAGCTACATTATATGAAACTTCTATGGCCACATCTTATCTTTCTGGTGGAGGTCACTTTAGTAAACAGTCACGAGCAATAGCAACTACATCAACCACGAAAGACGGCCAGGATGAAAGCAATTCCTCTAATGGTGATGATCCTG
TTCAGGAAGTAGCCCCTCGAATCAAATTTAAAAGGCTCTCCAAAACTGCAAAGCACATAATGCAGATTCTGGATGTAGAGGCAGTGCACGCTGTAAAAAAAGAAAGGGAGATTCCAGATATCAAGCCAGGTCATATTGTACAGCTCAAAGTGGAAGTGCCTGAGAATAAGCGTAGAGTTTCAATCCTTAAAGGAATAGTC
ATGGCAAGACGAAATGCTGGTTTGAATTCAACTTTTAGAATCCGGAGACAAGTTGCTGGTGTTGGAGTGGAGTCTGTTTTTCCTCTACTGCTATACCACATATCACTTGTGAACCATCTTCTGGAGTAAGGATGGAACGTAATATTATTCAGTCACCAGCATTAGTTCAGTTGAAGCAGCGCTTTTTCCCAGCTACATTA
TATGAAACTTCTATGGCCACATCTTATCTTTCTGGTGGAGGTCACTTTAGTAAACAGTCACGAGCAATAGCAACTACATCAACCACGAAAGACGGCCAGGATGAAAGCAATTCCTCTAATGGTGATGATCCTGTTCAGGAAGTAGCCCCTCGAATCAAATTTAAAAGGCTCTCCAAAACTGCAAAGCACATAATGCAGCT
TTTTCCATTGTAGATTCTGGATGTAGAGGCAGTGCACGCTGTAAAAAAAGAAAGGGAGATTCCAGATATCAAGCCAGGTCATATTGTACAGCTCAAAGTGGAAGTGCCTGAGAATAAGCGTAGAGTTTCAATCCTTAAAGGAATAGTCATGGCAAGACGAAATGCTGGTTTGAATTCAACTTTTAGAATCCGGAGACAAG
TTGCTGGTGTTGGAGTGGAGTCCGTTTTTCCTCT
>TRINITY_DN115059_c0_g2_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:AGGCTGTAGTGCATTTTCATAAACCCCTTAAATCCTACCGGGCGTTTATGCTATACTCTGCGTGCCAGACTGAAGCAGCTATGTTTATCTGATAAGTGACGGGACTTTGGCTCTCAGATATAATCCATTAGTTCCCAACTCGTTCTTTCTGCATAGTCAGAAGAGGCAGCAGAGGTAGAAGGGTAATTTTATTTTCTTTG
GCTGAGAAACTAAAATGTATCAGGCTTCGAGGCGTTCAGTCTCAGCAGCAGTTCGATCCCCGGCACTGGTTCGAGCCCTCGCAGCGCCGACGCCGCCTTGCTCTCCCTCGGCTCTGGACACCACTGAGGGAGGGGCCAATAAATACAACTGCCCTCCACGGCCGTTTACTTCCTCGGGGGTAGTCGGCACTGCGAAATCA
GGGTTATCAAATCGTGGAAAGACAGCTGGTTTTTCTGCTGCTTCAAATCTGAAGATAAAGCAGACAATACCTGGCATTGATAGGTATGAAACCACAGTGGCACAGCATGAAACAACAGACGATTCGGTTGGAAAAAACGAGTATCGAGCAGAGACTGCTATACCACATATCACTTGTGAACCATCTTCTGGAGTAAGGAT
GGAACGTAATATTATTCAGTCACCAGCATTAGTTCAGTTGAAGCAGCGCTTTTTCCCAGCTACATTATATGAAACTTCTATGGCCACATCTTATCTTTCTGGTGGAGGTCACTTTAGTAAACAGTCACGAGCAATAGCAACTACATCAACCACGAAAGACGGCCAGGATGAAAGCAATTCCTCTAATGGTGATGATCCTG
TTCAGGAAGTAGCCCCTCGAATCAAATTTAAAAGGCTCTCCAAAACTGCAAAGCACATAATGCAGATTCTGGATGTAGAGGCAGTGCACGCTGTAAAAAAAGAAAGGGAGATTCCAGATATCAAGCCAGGTCATATTGTACAGCTCAAAGTGGAAGTGCCTGAGAATAAGCGTAGAGTTTCAATCCTTAAAGGAATAGTC
ATGGCAAGACGAAATGCTGGTTTGAATTCAACTTTTAGAATCCGGAGACAAGTTGCTGGTGTTGGAGTGGAGTCTGTTTTTCCTCTACTGCTATACCACATATCACTTGTGAACCATCTTCTGGAGTAAGGATGGAACGTAATATTATTCAGTCACCAGCATTAGTTCAGTTGAAGCAGCGCTTTTTCCCAGCTACATTA
TATGAAACTTCTATGGCCACATCTTATCTTTCTGGTGGAGGTCACTTTAGTAAACAGTCACGAGCAATAGCAACTACATCAACCACGAAAGACGGCCAGGATGAAAGCAATTCCTCTAATGGTGATGATCCTGTTCAGGAAGTAGCCCCTCGAATCAAATTTAAAAGGCTCTCCAAAACTGCAAAGCACATAATGCAGgt
gtgctgaatatattctctgtgtatgtttgcataagttttttcagctgttctgtgctgttctttgtccgtctcagcattaattgtcattaaatatcattcttacaccttgctgtgatgagacatttagCTTTTTCCATTGTAGATTCTGGATGTAGAGGCAGTGCACGCTGTAAAAAAAGAAAGGGAGATTCCAGATATCA
AGCCAGGTCATATTGTACAGCTCAAAGTGGAAGTGCCTGAGAATAAGCGTAGAGTTTCAATCCTTAAAGGAATAGTCATGGCAAGACGAAATGCTGGTTTGAATTCAACTTTTAGAATCCGGAGACAAGTTGCTGGTGTTGGAGTGGAGTCCGTTTTTCCTCTTTATTCGCCAAATATCAAGGAAATTAAAGTGTTGGAC
CAGAAAAAGGTGCGCAGAGCAAAACTTTACTATCTCCGAGATAAGATGGGCTCTGGTAAGTAAAATACAGGTTCATTTGAATTGTCAACTGCAGTAGTTGCAACTGTGTTGACCAACAATCATGTCCTGTTCTTTGGCATAAGTCAGTTGAAATTGCCGGCTTTTGCTGTGGGGAAATTTAATCATGTTGATGAGCTATT
ACTTGGATTCAAGGAATGCTTACTTGAAGTTATGGTGTAAACTATATGAGCAATTACTTGGATTCAAGGAACGCTTACTTGAAGTTATGGTGTAAACTATATGATCTGTTGACATTAGTGGATAAGGTATCTGATCCACTCAAATGCAATGATAGCATTGGTTTCAGTAGTCTCAGTGTTTTTCTTTATATTCTTAATAA
GTTTGTGTCCTTCTTTATGATAAATAGCAGTTTAGTGGAGGATAAAACACATGAGAAATATACATTCTACTGTCTAGCATTAAAAAATGCGATTGGGAAACTGTTTGTTTTTCTTCAGTCAAGTAATTTTCAGCATTGACAAGCAAGCTTTTAAGTTTCAGGTATTTAAAAACTATAATTAGAAAAGGACAGAACAGTCT
CCTGCACATCTTGGGAGAGGCAGTAATAGCCTAGAGTGTGAAATTGATATGCATGATCAAGCACAGGTGTTACTAGCTGAAGTGTACACAGCTAATATCGATAGGCATATCATATCTGTTTCTCTACACTTCTTGTGTACATTGGTGGCTTATGG
Intron 9 GTGAGATTAA ... CACATTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.77 | 75 | 13 | 5 |
| A2 | 3.03 | 64 | 2 | 1 |
| A3 | 15.71 | 59 | 11 | 1 |
| A4 | 16.98 | 44 | 9 | 2 |
| A5 | 9.3 | 39 | 4 | 3 |
| A6 | 9.38 | 29 | 3 | 0 |
| A7 | 15.38 | 66 | 12 | 0 |
| A8 | 14.81 | 23 | 4 | 0 |
| A9 | 9.09 | 50 | 5 | 0 |
| A10 | 13.85 | 56 | 9 | 0 |
>TRINITY_DN125563_c1_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformGTTTACTTGAACTTCATGCCAAGTTATGGTTTGTAATTGGATCATTGGTCAGAATTTCCATGTCAAGTTCTGGTCTATAATTGGATATATTGACCAGTAACCTTAAATCCAAAATATTATGTCAAGTTTTGGTGATAGTAGCAAGATTTGGTAGTATTGACCTTTAAAGTGCAGAAATCAGCAGTTGTATGAAATTCGGC
TAATTTTCTGTACAATATGGATATGATACAGTCAAACCCATTTTTTACTGCTTTGAGGGTGAAATTCATCTAAAATACGAAACAAAACTCATAATTTTGTATATATGAGATGTATATTTCTTTATTGGATCCATATTGGATTTTTTCCGTTCCGTAATCAGATACAATGATTTGAACTTGAGTGCTGGACTATATTTAGA
TGTATTTACGGGAGTTTGGGCATAATGACAACCGATATTTAGATCAAATAAAGTCATTTGAATGGGACTATCCTAACTACTGTTCTAAAATTTCTCTGCCAGTAATGCTAGTGATGCACTGGATAAGTTGCGCTTCTTAAGCGTGACAGACTCAAGTCTTCTTGGTAATGGAGGGGAATTAGAGATTCGTATCAAGGCAG
ACAAGGAGAATGGAACAATCACCTTGATCGATACTGGTATTGGGATGACAAAGGAAGAACTTGTGGATTGCTTGGGAACCATAGCTCAGAGTGGAACCGCTAAGTTTTTGAAAGCATTGAGGGATAGTAAGGAAGCCGGTTCTGACAGCAATTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCT
GATCGGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGT
TAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGA
TGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTA
TACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACT
TAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATA
TTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTCTTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAA
GAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCA
TGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCAC
TTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAAATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAAT
TTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATGAGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTT
TGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGATCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTGGAGTTTGTATACAACTGATTGGGCTTAAATTGAAAACTGA
>TRINITY_DN125563_c1_g1_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCTGATCGGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGA
CTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGgtgagattaatgccttggcacatatacacagtctttttgaaattttgtaaccaatgggtgtctttgagttgccagtggcagtca
ttatgaaaacaattcattagatgttgttatcatgcacattatagGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGTGCTATCTCAGAAATTGTCTTCATTAGACTTTTTTAATGATATTGTTAACGCTGTAGCTTGGGATCCTCAAATCTGACAGTAGCTGCTGCTTTCTCTTTTCAGG
GCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTC
AGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTG
Intron 10 GTAAAGCATT ... TTGTGATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 1.67 | 117.8 | 2 | 0 |
| A2 | 4.55 | 84 | 4 | 1 |
| A3 | 0 | 131.6 | 0 | 0 |
| A4 | 4.63 | 41.2 | 2 | 0 |
| A5 | 14.89 | 40 | 7 | 2 |
| A6 | 5.13 | 37 | 2 | 0 |
| A7 | 0 | 86 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 36 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 80 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 63 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN107369_c0_g1_i14 from sample A5 / Example spliced isoformCGGGAGTTTGGGCATAATGACAACCGATATTTAGATCAAATAAAGTCATTAGAATGGTACTATCTAACTACTGTTCTAAAATTTCTCTACCAGTAATGCTAGTGATGCACTGGATAAGTTGCGCTTCTTAAGCGTGACAGACTCAAGTCTTCTTGGTAATGGAGGGGAATTAGAGATTCGTATCAAGGCAGACAAGGAGA
ATGGAACAATCACCTTGATCGATACTGGTATTGGGATGACAAAGGAAGAACTTGTGGATTGCTTGGGAACCATAGCTCAGAGTGGAACCGCTAAGTTTTTGAAAGCATTGAGGGATAGTAAGGAAGCCGGTTCTGACAGCAATTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCTGATCGGATA
ATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGTTAAGAACTA
TTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGATGCGCAACT
CAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTATACGTAAAA
CGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACTTAGTGAAAA
TAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATATTGCTGCAG
ACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTCTTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAA
AAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAG
AATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTGTAAGTTTTGATTTTTGCTGTGTAGCGTTTCCATCTGGTCCTTGCATAAGCTAATATTTTGTAG
CATTGAGTGGAGAA
>TRINITY_DN107369_c0_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:TAATATCTGCAGCGATACTGGTATTGGGATGACAAAGGAAGAACTTGTGGATTGCTTGGGAACCATAGCTCAGAGTGGAACCGCTAAGTTTTTGAAAGCATTGAGGgtaaagcattgttaagggttgattatttggtttagattgataatgtcctgaaaggcacgaaagattgggtatgagagtatcttggttgattgta
tattttctaatggattttgtttttccttgtgatcagGATAGTAAGGAAGCCGGC
Intron 11 GTGTGCTGAA ... TCCATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.48 | 127 | 29 | 14 |
| A2 | 13.01 | 127 | 16 | 22 |
| A3 | 11.48 | 108 | 15 | 13 |
| A4 | 6.74 | 83 | 5 | 7 |
| A5 | 13.33 | 26 | 5 | 3 |
| A6 | 15.92 | 243 | 55 | 37 |
| A7 | 11.82 | 444 | 78 | 41 |
| A8 | 13.79 | 372 | 61 | 58 |
| A9 | 11.97 | 412 | 59 | 53 |
| A10 | 13.94 | 386 | 78 | 47 |
>TRINITY_DN115059_c0_g2_i7 from sample A2 / Example spliced isoformAGGCTGTAGTGCATTTTCATAAACCCCTTAAATCCTACCGGGCGTTTATGCTATACTCTGCGTGCCAGACTGAAGCAGCTATGTTTATCTGATAAGTGACGGGACTTTGGCTCTCAGATATAATCCATTAGTTCCCAACTCGTTCTTTCTGCATAGTCAGAAGAGGCAGCAGAGGTAGAAGGGTAATTTTATTTTCTTTG
GCTGAGAAACTAAAATGTATCAGGCTTCGAGGCGTTCAGTCTCAGCAGCAGTTCGATCCCCGGCACTGGTTCGAGCCCTCGCAGCGCCGACGCCGCCTTGCTCTCCCTCGGCTCTGGACACCACTGAGGGAGGGGCCAATAAATACAACTGCCCTCCACGGCCGTTTACTTCCTCGGGGGTAGTCGGCACTGCGAAATCA
GGGTTATCAAATCGTGGAAAGACAGCTGGTTTTTCTGCTGCTTCAAATCTGAAGATAAAGCAGACAATACCTGGCATTGATAGGTATGAAACCACAGTGGCACAGCATGAAACAACAGACGATTCGGTTGGAAAAAACGAGTATCGAGCAGAGACTGCTATACCACATATCACTTGTGAACCATCTTCTGGAGTAAGGAT
GGAACGTAATATTATTCAGTCACCAGCATTAGTTCAGTTGAAGCAGCGCTTTTTCCCAGCTACATTATATGAAACTTCTATGGCCACATCTTATCTTTCTGGTGGAGGTCACTTTAGTAAACAGTCACGAGCAATAGCAACTACATCAACCACGAAAGACGGCCAGGATGAAAGCAATTCCTCTAATGGTGATGATCCTG
TTCAGGAAGTAGCCCCTCGAATCAAATTTAAAAGGCTCTCCAAAACTGCAAAGCACATAATGCAGATTCTGGATGTAGAGGCAGTGCACGCTGTAAAAAAAGAAAGGGAGATTCCAGATATCAAGCCAGGTCATATTGTACAGCTCAAAGTGGAAGTGCCTGAGAATAAGCGTAGAGTTTCAATCCTTAAAGGAATAGTC
ATGGCAAGACGAAATGCTGGTTTGAATTCAACTTTTAGAATCCGGAGACAAGTTGCTGGTGTTGGAGTGGAGTCTGTTTTTCCTCTACTGCTATACCACATATCACTTGTGAACCATCTTCTGGAGTAAGGATGGAACGTAATATTATTCAGTCACCAGCATTAGTTCAGTTGAAGCAGCGCTTTTTCCCAGCTACATTA
TATGAAACTTCTATGGCCACATCTTATCTTTCTGGTGGAGGTCACTTTAGTAAACAGTCACGAGCAATAGCAACTACATCAACCACGAAAGACGGCCAGGATGAAAGCAATTCCTCTAATGGTGATGATCCTGTTCAGGAAGTAGCCCCTCGAATCAAATTTAAAAGGCTCTCCAAAACTGCAAAGCACATAATGCAGGT
GTGCTGAATATATTCTCTGTGTATGTTTGCATAAGTTTTTTCAGCTGTTCTGTGCTGTTCTTTGTCCGTCTCAGCATTAATTGTCATTAAATATCATTCTTACACCTTGCTGTGATGAGACATTTAGCTTTTTCCATTGTAGATTCTGGATGTAGAGGCAGTGCACGCTGTAAAAAAAGAAAGGGAGATTCCAGATATCA
AGCCAGGTCATATTGTACAGCTCAAAGTGGAAGTGCCTGAGAATAAGCGTAGAGTTTCAATCCTTAAAGGAATAGTCATGGCAAGACGAAATGCTGGTTTGAATTCAACTTTTAGAATCCGGAGACAAGTTGCTGGTGTTGGAGTGGAGTCCGTTTTTCCTCTTTATTCGCCAAATATCAAGGAAATTAAAGTGTTGGAC
CAGAAAAAGGTGCGCAGAGCAAAACTTTACTATCTCCGAGATAAGATGGGCTCTGGTAAGTAAAATACAGGTTCATTTGAATTGTCAACTGCAGTAGTTGCAACTGTGTTGACCAACAATCATGTCCTGTTCTTTGGCATAAGTCAGTTGAAATTGCCGGCTTTTGCTGTGGGGAAATTTAATCATGTTGATGAGCTATT
ACTTGGATTCAAGGAATGCTTACTTGAAGTTATGGTGTAAACTATATGAGCAATTACTTGGATTCAAGGAACGCTTACTTGAAGTTATGGTGTAAACTATATGATCTGTTGACATTAGTGGATAAGGTATCTGATCCACTCAAATGCAATGATAGCATTGGTTTCAGTAGTCTCAGTGTTTTTCTTTATATTCTTAATAA
GTTTGTGTCCTTCTTTATGATAAATAGCAGTTTAGTGGAGGATAAAACACATGAGAAATATACATTCTACTGTCTAGCATTAAAAAATGCGATTGGGAAACTGTTTGTTTTTCTTCAGTCAAGTAATTTTCAGCATTGACAAGCAAGCTTTTAAGTTTCAGGTATTTAAAAACTATAATTAGAAAAGGACAGAACAGTCT
CCTGCACATCTTGGGAGAGGCAGTAATAGCCTAGAGTGTGAAATTGATATGCATGATCAAGCACAGGTGTTACTAGCTGAAGTGTACACAGCTAATATCGATAGGCATATCATATCTGTTTCTCTACACTTCTTGTGTACATTGGTGGCTTATGG
>TRINITY_DN115059_c0_g2_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:AGGCTGTAGTGCATTTTCATAAACCCCTTAAATCCTACCGGGCGTTTATGCTATACTCTGCGTGCCAGACTGAAGCAGCTATGTTTATCTGATAAGTGACGGGACTTTGGCTCTCAGATATAATCCATTAGTTCCCAACTCGTTCTTTCTGCATAGTCAGAAGAGGCAGCAGAGGTAGAAGGGTAATTTTATTTTCTTTG
GCTGAGAAACTAAAATGTATCAGGCTTCGAGGCGTTCAGTCTCAGCAGCAGTTCGATCCCCGGCACTGGTTCGAGCCCTCGCAGCGCCGACGCCGCCTTGCTCTCCCTCGGCTCTGGACACCACTGAGGGAGGGGCCAATAAATACAACTGCCCTCCACGGCCGTTTACTTCCTCGGGGGTAGTCGGCACTGCGAAATCA
GGGTTATCAAATCGTGGAAAGACAGCTGGTTTTTCTGCTGCTTCAAATCTGAAGATAAAGCAGACAATACCTGGCATTGATAGGTATGAAACCACAGTGGCACAGCATGAAACAACAGACGATTCGGTTGGAAAAAACGAGTATCGAGCAGAGACTGCTATACCACATATCACTTGTGAACCATCTTCTGGAGTAAGGAT
GGAACGTAATATTATTCAGTCACCAGCATTAGTTCAGTTGAAGCAGCGCTTTTTCCCAGCTACATTATATGAAACTTCTATGGCCACATCTTATCTTTCTGGTGGAGGTCACTTTAGTAAACAGTCACGAGCAATAGCAACTACATCAACCACGAAAGACGGCCAGGATGAAAGCAATTCCTCTAATGGTGATGATCCTG
TTCAGGAAGTAGCCCCTCGAATCAAATTTAAAAGGCTCTCCAAAACTGCAAAGCACATAATGCAGATTCTGGATGTAGAGGCAGTGCACGCTGTAAAAAAAGAAAGGGAGATTCCAGATATCAAGCCAGGTCATATTGTACAGCTCAAAGTGGAAGTGCCTGAGAATAAGCGTAGAGTTTCAATCCTTAAAGGAATAGTC
ATGGCAAGACGAAATGCTGGTTTGAATTCAACTTTTAGAATCCGGAGACAAGTTGCTGGTGTTGGAGTGGAGTCTGTTTTTCCTCTACTGCTATACCACATATCACTTGTGAACCATCTTCTGGAGTAAGGATGGAACGTAATATTATTCAGTCACCAGCATTAGTTCAGTTGAAGCAGCGCTTTTTCCCAGCTACATTA
TATGAAACTTCTATGGCCACATCTTATCTTTCTGGTGGAGGTCACTTTAGTAAACAGTCACGAGCAATAGCAACTACATCAACCACGAAAGACGGCCAGGATGAAAGCAATTCCTCTAATGGTGATGATCCTGTTCAGGAAGTAGCCCCTCGAATCAAATTTAAAAGGCTCTCCAAAACTGCAAAGCACATAATGCAGgt
gtgctgaatatattctctgtgtatgtttgcataagttttttcagctgttctgtgctgttctttgtccgtctcagcattaattgtcattaaatatcattcttacaccttgctgtgatgagacatttagctttttccattgtagATTCTGGATGTAGAGGCAGTGCACGCTGTAAAAAAAGAAAGGGAGATTCCAGATATCA
AGCCAGGTCATATTGTACAGCTCAAAGTGGAAGTGCCTGAGAATAAGCGTAGAGTTTCAATCCTTAAAGGAATAGTCATGGCAAGACGAAATGCTGGTTTGAATTCAACTTTTAGAATCCGGAGACAAGTTGCTGGTGTTGGAGTGGAGTCCGTTTTTCCTCTTTATTCGCCAAATATCAAGGAAATTAAAGTGTTGGAC
CAGAAAAAGGTGCGCAGAGCAAAACTTTACTATCTCCGAGATAAGATGGGCTCTGGTAAGTAAAATACAGGTTCATTTGAATTGTCAACTGCAGTAGTTGCAACTGTGTTGACCAACAATCATGTCCTGTTCTTTGGCATAAGTCAGTTGAAATTGCCGGCTTTTGCTGTGGGGAAATTTAATCATGTTGATGAGCTATT
ACTTGGATTCAAGGAATGCTTACTTGAAGTTATGGTGTAAACTATATGAGCAATTACTTGGATTCAAGGAACGCTTACTTGAAGTTATGGTGTAAACTATATGATCTGTTGACATTAGTGGATAAGGTATCTGATCCACTCAAATGCAATGATAGCATTGGTTTCAGTAGTCTCAGTGTTTTTCTTTATATTCTTAATAA
GTTTGTGTCCTTCTTTATGATAAATAGCAGTTTAGTGGAGGATAAAACACATGAGAAATATACATTCTACTGTCTAGCATTAAAAAATGCGATTGGGAAACTGTTTGTTTTTCTTCAGTCAAGTAATTTTCAGCATTGACAAGCAAGCTTTTAAGTTTCAGGTATTTAAAAACTATAATTAGAAAAGGACAGAACAGTCT
CCTGCACATCTTGGGAGAGGCAGTAATAGCCTAGAGTGTGAAATTGATATGCATGATCAAGCACAGGTGTTACTAGCTGAAGTGTACACAGCTAATATCGATAGGCATATCATATCTGTTTCTCTACACTTCTTGTGTACATTGGTGGCTTATGG
Intron 12 GTAAGTCAAT ... TTTCTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.96 | 52 | 3 | 6 |
| A2 | 4.17 | 46 | 2 | 2 |
| A3 | 8.24 | 39 | 3 | 4 |
| A4 | 20.63 | 25 | 6 | 7 |
| A5 | 8.86 | 36 | 4 | 3 |
| A6 | 1.49 | 33 | 0 | 1 |
| A7 | 0.47 | 105 | 0 | 1 |
| A8 | 0 | 48 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 65 | 0 | 0 |
| A10 | 7.69 | 36 | 0 | 6 |
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i14 from sample A4 / Example spliced isoformAATTATGAGTGTGTTTGTTTAGGGTTGATTTAGGCCTCGTGTAAGATATGTAGATGTGAGGAAGTAACGGGAGATTATTAGTTTGATTTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCTGATCGGGTAGGTGACCTGACACCTCTCCAATTATGAGTGTGTTTGTTTAGGGTTGATTTAGGCC
TCGTGTAAGATATGTAGATGTGAGGAAGTAACGGGAGATTATTAGTTTGATCTGTTGGTACTTGCACATTTCTAATAATGCTCGCATAAACGGCAATTCCACGACAGATTATCCATAGCTATTGAACATTTGCCTGAGGCATGTGTTACATGTTCTGTGGTGCAGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAA
GCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTAT
GGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAA
TTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGA
GCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACTTAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACT
TTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATATTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTC
TTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAA
GAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTA
TAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAA
ATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATG
AGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGA
TCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTG
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i16 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTGGTTTAGAGCCTGAACTGGCTGGTTCAGTTGCATGACTTGTCTCTGGCTGGTTTTACTTTCAACATTCCATTATAGAAAGTAAGAAATTAAAAATAAAACAAGTCACAAATTTGAACCAGCTGGTTCACTGGTTTTCAATTTGTGCTGGCAAGTTTAGAGCCTGAGTGGGTTGGTTCAGCTGCAGAACCTGTCTCTCG
CTCTGGTTCAAAGACTGGCTTGGTCTTTTTTAATTCCAAATTTGGATGGAAATAGGAATTAGGTTTGAACTGGCTGGCTTTGGCTGCCTTGGTATAAATAGATACATTTTACCCTAAAATATATAACTTCAATGCCCATTTGAAATGAAAAAAGAATTACATAATTGCTAACCATATTTTCAACATTTTATTATAGAAGT
CGAAAAATTGAAAATGAAATAAATCACAAGTCTGTACGAAGAGTACACTGAAGATAAAGAAATATACTTGAATGAACAGAGTCATTATAAATGCAACAAAATTCCTGGCGTCAATTCCGGTAACTCCTCTGCATGTAATCTAGGATCACTATGAAATCTATATGTAGCATTTATCTTAAAGAACTAATAACCCAGAACCT
CAACTGGTGTATAGATCTGAATGGCCTTTGTTGCAGCCGAAAAATGTTGTGGGACAATGCCCTGGCACTATGTAGAATCAGTGATTTATTTGAAAGTCGTTTTCCACTTGGATTGTAGGCTTCAAAGGTCAAACTGGAACAACTTATAGAAGTGTTACTGGAAAAAGATTGGTACACTGTCAGAATTTTCTTTGAAAATT
GATATTGACACCTTGTTTGATGTGCTTGTTAAGACATGTTCTAAGGTGTCATATGATTCAGCTTGTTATTTTTGAAGTTCCTTAGATTTATGTCAACAAGGTTAAATTTTATCTATGCATCATCTCATTTTGTTAAACTCCAGAATTGTATTATGATATAGCTCTCCTAACCTTGTGTGTTGTGCTTGTGTAGTTCCCGC
GCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTgtaagtcaatcagtcattttcagtggttctgaaactattacgagttcactaccaataatagatgtgcctgcaccctatcctattttgccttgctttgaaggcagcataaacgaa
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gggtgattttcaagtattttgaaggggttaattagttgtttgatgctggaattcagtttatgggggttctaatttccgaatcctttctgacagGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACTTAGTGAAAATAAAGAGGTATGGCTGCTTTGCAGGCATCACATGTT
AGTGGTTGGCATTTTATTGGTAGTTCTTACTAAATGGTTCTTACTATAATGCATTTTATCTTGGTGATTTTACAAGGATAGGGTAATTTGGCTTCCAATATTATTATGGGGAATAATAGAATAATTTGGTAATCACTAAAAAATATTCCAATTAAGTGTGGTTGAGTCCATTTTTGCTAAGTTTTTGTTCCAATCAAGCC
TTGGAAGTTTGCATATTGACTCAATAAAGTAAGATAAACAGAATAATATATAACTTTGAAGTTTGCAGTGGTATATAATATGCATATCTTCTGATGGAGACCCCATTGGGACAACGGACACAGTGTCATGCCGCTCTGTATTTTAAGCCCCGTGGAATTTGTGATTGATTGTCAAAAAGGGTGTTTCAGTGTTCTGTACG
GGTCAGTTCCATGATGGTCTATGTACGGTTATTAACTAAACATTTTATTGAAAGGGCTGTCATCCTTTGAAGCACAGGATAGTATTGATCTCCTGT
Intron 13 GTATGGCTGC ... ACTCGCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.16 | 59 | 5 | 22 |
| A2 | 16.67 | 50 | 2 | 10 |
| A3 | 14.63 | 35 | 1 | 6 |
| A4 | 27.03 | 27 | 5 | 10 |
| A5 | 7.14 | 26 | 0 | 2 |
| A6 | 30.61 | 34 | 2 | 15 |
| A7 | 10.58 | 93 | 1 | 11 |
| A8 | 17.14 | 58 | 0 | 12 |
| A9 | 9.21 | 69 | 0 | 7 |
| A10 | 25.45 | 41 | 6 | 14 |
>TRINITY_DN125563_c1_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformGTTTACTTGAACTTCATGCCAAGTTATGGTTTGTAATTGGATCATTGGTCAGAATTTCCATGTCAAGTTCTGGTCTATAATTGGATATATTGACCAGTAACCTTAAATCCAAAATATTATGTCAAGTTTTGGTGATAGTAGCAAGATTTGGTAGTATTGACCTTTAAAGTGCAGAAATCAGCAGTTGTATGAAATTCGGC
TAATTTTCTGTACAATATGGATATGATACAGTCAAACCCATTTTTTACTGCTTTGAGGGTGAAATTCATCTAAAATACGAAACAAAACTCATAATTTTGTATATATGAGATGTATATTTCTTTATTGGATCCATATTGGATTTTTTCCGTTCCGTAATCAGATACAATGATTTGAACTTGAGTGCTGGACTATATTTAGA
TGTATTTACGGGAGTTTGGGCATAATGACAACCGATATTTAGATCAAATAAAGTCATTTGAATGGGACTATCCTAACTACTGTTCTAAAATTTCTCTGCCAGTAATGCTAGTGATGCACTGGATAAGTTGCGCTTCTTAAGCGTGACAGACTCAAGTCTTCTTGGTAATGGAGGGGAATTAGAGATTCGTATCAAGGCAG
ACAAGGAGAATGGAACAATCACCTTGATCGATACTGGTATTGGGATGACAAAGGAAGAACTTGTGGATTGCTTGGGAACCATAGCTCAGAGTGGAACCGCTAAGTTTTTGAAAGCATTGAGGGATAGTAAGGAAGCCGGTTCTGACAGCAATTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCT
GATCGGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGT
TAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGA
TGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTA
TACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACT
TAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATA
TTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTCTTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAA
GAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCA
TGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCAC
TTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAAATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAAT
TTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATGAGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTT
TGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGATCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTGGAGTTTGTATACAACTGATTGGGCTTAAATTGAAAACTGA
>TRINITY_DN125563_c1_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTGCAAGTTCACTTCAGATTAGGCAGAACATTGCACAATTTTAAAGTAATGATTTATTATACTATAATAATATGCAATTTCAGTTGAAATTGTTTGCCCATGAGAGTCTTTGGTTAAGTATTTAGTTGGCTATTTTTGTTTAATCATGCATATAATTTGCTTTCAAGGGTGATTTTCAAGTATTTTGAAGGGGTTAATTA
GTTGTTTGATGCTGGAATTCAGTTTATGGGGGTTCTAATTTCCGAATCCTTTCTGACAGGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACTTAGTGAAAATAAAGAGgtatggctgctttgcaggcatcacatgttagtggttggcattttattggtagttcttactaaa
tggttcttactataatgcattttatcttggtgattttacaaggatagggtaatttggcttccaatattattatggggaataatagaataatttggtaatcactaaaaaatattccaattaagtgtggttgagtccatttttgctaagtttttgttccaatcaagccttggaagtttgcatattgactcaataaagtaaga
taaacagaataatatataactttgaagtttgcagtggtatataatatgcatatcttctgatggagaccccattgggacaacggacacagtgtcatgccgctctgtattttaagccccgtggaatttgtgattgattgtcaaaaagggtgtttcagtgttctgtacgggtcagttccatgatggtctatgtacggttatta
actaaacattttattgaaagggctgtcatcctttgaagcacaggatagtattgatctccttttttaatccatcagtgtgaattcttctttgtattattagctccatgaaattaatgaatgattgttaagaagggtgtttcggtattctgcagaggtcagttttgtatggactgttagtgatcagtgtttttaattgaagt
ggttatctcccgctgaagttcaaagatattagggatcttttttttaattcagtatgtacatattggtttttctgtgtattgtttagagaatggatggagaacaatgtgtgccatatttttatttttattgctcagcctcagacattgcacatttttgacatggtgtatctcttgtgtatttaatccctgtgaattatttg
aaccgtttttttttttatacttcttagatgctctagatgttggttgtggtatattactaattaaagatttcttttcaatcactcgcgcagGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATT
TAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATATTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTCTTAGAAAAACTTATAGAGAAAGACTATGAGGTAAGACGTCAGTGGATAATTACGACCTTTTGTTATGGGTACCCCCGAGGTTGTC
TGGATATCACATTTTATCTTTCAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCA
TTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAA
ATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAAATAGAT
GCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATGAGTTCA
CTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGATCCTTA
ATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTGGAGTTTGTATACAACTGATTGGGCTTAAATTGAAAACTGA
Intron 14 GTAAGCTGCA ... ATATCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.24 | 118 | 10 | 26 |
| A2 | 16.38 | 74 | 13 | 16 |
| A3 | 13.93 | 105 | 11 | 23 |
| A4 | 16.39 | 51 | 14 | 6 |
| A5 | 14.67 | 32 | 2 | 9 |
| A6 | 6.45 | 29 | 1 | 3 |
| A7 | 13.16 | 66 | 7 | 13 |
| A8 | 14.29 | 21 | 0 | 7 |
| A9 | 9.68 | 70 | 2 | 13 |
| A10 | 8.77 | 52 | 2 | 8 |
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i4 from sample A4 / Example spliced isoformCCGGGACGTTAAAATGATTCAGTGGATATTATAAAACCCTAACGTCTTGAAAGTTCTGGAGATCTTTTCATAAACCCCTTAAACCCTACCGAGGGTTTATGTTCTAATATAGTCTTCGTGCCAGGCTGAAGTAGCTATGTTTATCTGATAATTGACGGGACTTTGGCCCTCATATATATTCCATTAGTCCCAACTCATTC
TTTCCGAGAGTCCGAAGAGGCAGCAGAGTTTCCAGGTTCCATTCATTCCGCAGAGCTAAAAGGGTATTTTTTTTTCTTTGGTTGAGAATCGAAAATGTATCAGGCTTCGAGGCGATCAGTCTCAGCGGCAGTTCGATCACCGGCACTGGTTCGAGCCCTCGCAGCGCCGACGCCGCCTTGCTACCCCTCGGCTCCGGCCA
CCACTGAGGGAGGGGCCAATACATACAACTGCCCTCCACGGCCGTTTACTTCCTCGGGGTTAGTTGGAACTGCGAAATCAGGGTTATCAAATCGTGGAAAGACAGCTGGTTTTTCTGCTGCGTCAAATCTGAAGATAAAGCAGACAATACCTGGCATTGTTAGGTATGAAACCACAGTAGCACAGCAGGAAACAACAGAC
GATTCAGTTGAAAAACACGAGTACCAAGCAGAGGTTAGTCGTCTTTTGGATTTGATAGTACACAGCTTGTACAGCCACAAGGAAGTATTCCTCCGTGAGTTAGTCAGTAATGCTAGTGATGCACTGGATAAGTTGCGCTTCTTAAGCGTGACAGACTCAAGTCTTCTTGGTAATGGAGGGGAATTAGAGATTCGTATCAA
GGCAGACAAGGAGAATGGAACAATCACCTTGATCGATACTGGTATTGGGATGACAAAGGAAGAACTTGTGGATTGCTTGGGAACCATAGCTCAGAGTGGAACCGCTAAGTTTTTGAAAGCATTGAGGGATAGTAAGGAAGCCGGTTCTGACAGCAATTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTG
TCGCTGATCGGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGGCAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAAT
CTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTCGAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTAT
TTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGAATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTC
GTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCTTCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATC
TCACTTAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGTGTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTA
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AAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCATTTGGGAGACCAAGTGGCAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTC
ATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAAATTTGAATGCCGCTTGCAAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGT
AGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAAATAGATGCTCCGCAACCATCTGCTGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGG
GTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATGAGTTCACTCTTGATCGAGCACTCAACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATG
CCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGATCCTTAATTCTAATCTGATATGAATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTG
>TRINITY_DN108764_c1_g2_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCGGGACGTTAAAATGATTCAGTGGATATTATAAAACCCTAACGTCTTGAAAGTTCTGGAGATCTTTTCATAAACCCCTTAAACCCTACCGAGGGTTTATGTTCTAATATAGTCTTCGTGCCAGGCTGAAGTAGCTATGTTTATCTGATAATTGACGGGACTTTGGCCCTCATATATATTCCATTAGTCCCAACTCATTC
TTTCCGAGAGTCCGAAGAGGCAGCAGAGTTTCCAGGTTCCATTCATTCCGCAGAGCTAAAAGGGTATTTTTTTTTCTTTGGTTGAGAATCGAAAATGTATCAGGCTTCGAGGCGATCAGTCTCAGCGGCAGTTCGATCACCGGCACTGGTTCGAGCCCTCGCAGCGCCGACGCCGCCTTGCTACCCCTCGGCTCCGGCCA
CCACTGAGGGAGGGGCCAATACATACAACTGCCCTCCACGGCCGTTTACTTCCTCGGGGTTAGTTGGAACTGCGAAATCAGGGTTATCAAATCGTGGAAAGACAGCTGGTTTTTCTGCTGCGTCAAATCTGAAGATAAAGCAGACAATACCTGGCATTGTTAGGTATGAAACCACAGTAGCACAGCAGGAAACAACAGAC
GATTCAGTTGAAAAACACGAGTACCAAGCAGAGGTTAGTCGTCTTTTGGATTTGATAGTACACAGCTTGTACAGCCACAAGGAAGTATTCCTCCGTGAGTTAGTCAGTAATGCTAGTGATGCACTGGATAAGTTGCGCTTCTTAAGCGTGACAGACTCAAGTCTTCTTGGTAATGGAGGGGAATTAGAGATTCGTATCAA
GGCAGACAAGGAGAATGGAACAATCACCTTGATgtaagctgcataatatagtatagtagtgcttcctggactatatacatatgtattgtgttaaagtgtggttccaatttttattattttgcttctgtatatgcgtgacaagtgtctgtccttaatatctgcagCGATACTGGTATTGGGATGACAAAGGAAGAACTTGT
GGATTGCTTGGGAACCATAGCTCAGAGTGGAACCGCTAAGTTTTTGAAAGCATTGAGGGATAGTAAGGAAGCCGGTTCTGACAGCAATTTGATTGGTCAATTTGGCGTTGGGTTTTATTCTGCTTTTCTTGTCGCTGATCGGATAATTGTCTCAACAAAGAGCCCAAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAGG
CAGACAACAACTCTTATGTCACAAGGGAGGAGACAAATCCTGATAATTTGATTCCAAGAGGAACCAGCATTACTCTACATTTAAAGACTGAAGACAAACTCGAGTATGCCGACCCAGAAAGAATTACGAATCTTGTTAAGAACTATTCGCAATTTGTTTCGTTTCCGATATATGTATGGCAGGAGAAGTCTCAAACTGTC
GAGGTTGAGGATGACTCAGCTGAAGCAAAAGAGGGTGAAGCTGCAAAGCCAGAGGGCCAGAAGAATAAAAAAACCAAGACAATTACAGAGAAATACTGGGACTGGGAGTTGGCCAATGAGACTCAACCTATTTGGATGCGCAACTCAAAAGAAGTATCTGTGGAGGAATACAATGAATTTTACAAGAAAACATTCAATGA
ATTTATGGATCCACTGGCATGTTCTCACTTCAATACAGAGGGTGAAGTTGAGTTCAGAAGTGTTCTCTATGTACCTGCGATAACTCCCATGGGCAGGGAAGACATTGTGAATCCCAAGACTAAGAATATTCGTCTATACGTAAAACGTGTGTTTATTTCAGATGATTTTGATGGGGAGCTGTTCCCGCGCTATTTGAGCT
TCATCAAGGGTGTTGTGGATTCAAATGACTTGCCTCTTAATGTTTCTAGGGAGATTCTTCAGGAAAGCCGCATTGTTCGAGTTATGAAGAAGCGACTTCTTAAAAAGTCATTTGAAATGATCATGGGTATCTCACTTAGTGAAAATAAAGAGGATTATCAGAAGTTTTGGGATAACTTTGGAAAGAATATCAAATTGGGT
GTCATTGAGGACCACGCAAATCACAAGAAATTGGCTCCTTTGCTTCGCTTCTTTTCATCATTTAATGAGGATGAGTTAGTTAGCTTGGACAATTACGTTGATAGCATGAAAGAAGGCCAGAAGGCTATTTATTATATTGCTGCAGACAGCATTACCAGTGCGAGAAATGCACCTTTCTTAGAAAAACTTATAGAGAAAGA
CTATGAGGTATTGTTTCTTATTGATCCAATTGACGAGGTCGCCATTCAAAACCTTAAGTCTTATAAGGAAAAGCAGTTTGTGGATATCACCAAAGAAGATTTAGACTTAGGTGATCAAGATGAAGCAAAGGAAAAAGAAGTCAAAAAGGAATATACGCCTGTTTGTGAGTGGATGAAGAATCATTTGGGAGACCAAGTGG
CAAAGGTTCAAATATCCAATAGATTAAGTTCTTCGCCATGTGTGCTTGTCTCGGGGAAGTTTGGATGGTCAGCAAACATGGAAAGGATCATGAAAGCCCAATCTCTGGGTGATACATCTAACATGGCGTTCATGCATGGAAGAAGAATATTGGAGATCAACCCAGATCATCCTATTATAAAAAATTTGAATGCCGCTTGC
AAAGAGGCTCCTCAGAATCCTGATGCCCTAAGAGCAGTTGATCTCTTATATAATACAGCTCTAATTTCCAGTGGTTATACTCCTGATAATCCTGCTGAAGTCGGTGGAAAGATTTACAATATGATGGATGTAGCACTTGCTGGAAAATGGGGAGCTCCAAGCTCAGAATCTGCTAAAATAGATGCTCCGCAACCATCTGC
TGAAATTGTTGAGCCTGCTGAGGTGGAAAGTGTCGAGCCTGTTGAGGCGGAAATTGTTGAGCCTGCTGAAGTGAAAATAGAGGGCAGCTCTTCAAACAACTAGTTTATTTGTAGCTATATTTTGTATCAGGGTAATTTGTGAAATTTGATCGTATACAAAATGTCATAGGTCAAATGAGTTCACTCTTGATCGAGCACTC
AACTGTATAGTGCAGACATTTTTGAAATCATCTCTACATGCCATCTCTAGGCAGGTCAGAACTTAGAAGCACAGGAGTAGTTTTGATGAGTAAAGTCGGTGAATTAGCTAGGTTTTTGTGATGGGAGAATGCCCTTTGTTTTTCAAGTATAATTTGAAAACTGTCCTTGTGTCTCGATCCTTAATTCTAATCTGATATGA
ATGTAGCTGTTATGAGCCTAACTTGAATACCGATCTTATTGAAAATTCGATATGAATGTGATTGATATTTG