NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTTTTA ... TGGAAGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.3	23	5	6
A2	18.64	24	3	8
A3	33.33	19	8	11
A4	20	24	6	6
A5	24.14	11	1	6
A6	22.14	160	31	60
A7	20.61	156	30	51
A8	20.2	156	30	49
A9	20.56	197	47	55
A10	21.65	114	20	43

>TRINITY_DN117101_c5_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTATTTTCAGATTCATTGAGCTATTCGAGGTAGCAGAGAGTTGTAAGCTTTAAAATTTAGTGGAACCTGGGCTACTGTAAAGCAATGGCAGGGCAGTATTTGGCAGATCTCCCTTCTCGGGGTTTCTTCTCAACCCCTGCAAATCCTCCTTCAAATCTAGATGGGTTGCGAGTATATATCTGTGATCATGATACGGCAC
CCCCAGAGGATCAATTGATCCGAACAGATCCAACCAACATTTTAATCAGATCACTCACTCTTAAGAAGGCAAAGCCAGAACCTAAACTGAGGGACAGTAAAAGGAAGGGTGTAGCTGAGAATGGAAAAGGCAAAAGGCCTGCAGAAAGATTGGTAGATGATAAGTTGCCAGTGAAGAAATCCAACAATGTCACAGTCAGT
TCACAAAAATATGGGAGTTCAAGCTGCTTGCCAGAAAATGATCTTCAATGCTGTACCGTGGATAAACTCAGATCTCTTTTGAAAGAAAGGGGCTTGCCGACAAAAGGAAAAAAGGATGAACTCATTGCACGCTTGAGGCAGTAGGATTTTTCAAGAGTATCACAAAATTATGGGCTCATCAAAATGTTTGTTGTCCTTTC
ATATTGAATTTTGTACCATAAGAAATCATTTGACTTTAGAAAAAGTCCATGGAATTGATATTTTAACTTTCTCATTAGGGAGCGTGTATAATAGTAAAAAGGATCTTAATTTTTTATACTTTTTATCTGGCACCTATTGCTCGCAA

>TRINITY_DN117101_c5_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAGGGGGTAATGTTATCTGTGACAGTAGTTACTCTGTTGCTCTCTTCTAGTTGTTTAAAGGTTTAAACTTGAAGCAAAGATAAATATTGGGTTTCTGCTTGTAATTTAGACATTAATAGGTCCACTTTCAAAATACCACTTTGCAACATCACGAGTGTAATGTATTAGGAAATGAATTTTAGAACTGGGATAGAGAGAT
TTGTCCATTTAGACGAGCAAGGAATTGTGATTATGGAAAGTGTTTTACTGCTTACGTTTTGCAGAGGATCAATTGATCCGAACAGATCCAACCAACATTTTAATCAGATCACTCACTCTTAAGAAGGCAAAGCCAGAACCTAAACTGAGGGACAGTAAAAGGAAGGGTGTAGCTGAGAATGGAAAAGGCAAAAGgtaagt
tttataaattacttgttcacatcttgagttagacatgaaatgattttaatttttccctagaattttgagattgacagccttttcagctctgcaaatgttcttgcagtcttaaattggaaagagaaatttggcaactatactatctttttctcacacgtagaaactataatgcttttctatattggcttaatttggcatgc
tggttgttgctataatatgcccccaactagctttgaagcttttgccaatcacagttttcactattcttgggaaaattggatttggaattttgactttctttctagcagaatttccttaaatttgaataaatctgtttgtttgtttctttgcaatgcgatgtcaggttgctctttagttgatagaagaaactgtgttggtt
ggagtctaaatcaattttttgcgtgcattagttctagtcgatgaataattagattaaagatctagtttttaatcattgacttccttaattcaatccactttttcgtactcgtcttctctgaagtctatgacattcatgtcattcattatggtaccctggctgatatttattccaatgcagcatatagtggatttgtaact
ggcatgattcttgagatttttactctggtgcaattaagaatgtctagtttgaaagcttttaaatttctctggtacttcattgttcaaacttcaaatggttagccattttatcttgactttgtcatgcaaagtcccttttaacaattttctgtctggaagtcagGCCTGCAGAAAGATTGGTAGATGATAAGTTGCCAGTG
AAGAAATCCAACAATGTCACAGTCAGTTCACAAAAATATGGGAGTTCAAGCTGCTTGCCAGAAAATGATCTTCAATGCTGTACCGTGGATAAACTCAGATCTCTTTTGAAAGAAAGGGGCTTGCCGACAAAAGGAAAAAAGGATGAACTCATTGCACGCTTGAGGCAGTAGGATTTTTCAAGAGTATCACAAAATTATGG
GCTCATCAAAATGTTTGTTGTCCTTTCATATTGAATTTTGTACCATAAGAAATCATTTGACTTTAGAAAAAGTCCATGGAATTGATATTTTAACTTTCTCATTAGGGAGCGTGTATAATAGTAAAAAGGATCTTAATTTTTTATACTTTTTATCTGGCACCTATTGCTCGCAA

Intron 2 GTCATCTGAT ... ATTCCTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.86	8	6	0
A2	53.85	6	7	1
A3	50	2	2	0
A4	44.44	5	4	2
A5	40	3	2	0
A6	46.81	25	22	1
A7	51.92	25	27	4
A8	50	29	29	2
A9	48.78	42	40	0
A10	56	22	28	3

>TRINITY_DN42122_c1_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CACTTTTCTAGGGGTGGTTCCCGGGAATGACTTTTTTATTATCACGTGGACACTCGCCTTCATGGCTATTCGCAGCATATTTAAATGATCGGACACTTTATCGTCCTTGTCTTTTTCATTTATTTTCAGATTCATTGAGCTATTCGAGGTAGCAGAGAGTTGTAAGCTTTAAAATTTAGTGGAACCTGGGCTACTGTAAA
GCAATGGCAGGGCAGTATTTGGCAGATCTCCCTTCTCGGGGTTTCTTCTCAACCCCTGCAAATCCTCCTTCAAATCTAGATGGGTTGCGAGTATATATCTGTGATCATGATACGGCACCCCCAGAGGATCAATTGATCCGAACAGATCCAACCAACATTTTAATCAGATCACTCACTCTTAAGAAGGCAAAGCCAGAACC
TAAACTGAGGGACAGTAAAAGGAAGGGTGTAGCTGAGAATGGAAAAGGCAAAAGGCCTGCAGAAAGATTGGTAGATGATAAGTTGCCAGTGAAGAAATCCAACAATGTCACAGTCAGTTCACAAAAATGGTATTAAGGGGGTTATTCCTCTCAGCAATGGATTTCGATTGACTGAATAGTGGAATATTTGTGCTGTAATG
AACCATATGGATCTAAGTCCCCATTTGTTTACATTTACCACTTGTATTGGTATTATCACTGGATTCGTATTGGCTAAAGGGAAGCCATTGTAAGTGCTCAGTTACAAGTTGCTGGGCTTCAATCAGGGCTTGGAGGTATCCATTACAGTCACTAAGAATGTGGCCGCAATTGATTGACTTTCATGGTAGCGATATGGCAC
ATGCATTCCATATTTTCCAGTTGTCAGTTAACATGACTGCTTATTTGTTATTCAGATCTGTTGCATTAGTGAAAGTCGGGATAGATGATAGCCTCTAGGCAATCTAGAATTTGGAAAGGGAATTTGGGCCAGATGAAGAAGATTAATCCCAATTTAAATAAACACCAGCATAGAGTGGATCATGACTAGAACTGTGATTA
GTTCTTGTTTTGTTTCAGATCTTCACTTGAAAGTTGAGATATTGAAACTTTTCATGCAAAATTTTTGTATTTTTGGTTTATCCAGAGATCAACTAATTAATATGAATTAATTGTCTAATTATGCAGCCTTTATA

>TRINITY_DN42122_c1_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CACTTTTCTAGGGGTGGTTCCCGGGAATGACTTTTTTATTATCACGTGGACACTCGCCTTCATGGCTATTCGCAGCATATTTAAATGATCGGACACTTTATCGTCCTTGTCTTTTTCATTTATTTTCAGATTCATTGAGCTATTCGAGGTAGCAGAGAGTTGTAAGCTTTAAAATTTAGTGGAACCTGGGCTACTGTAAA
GCAATGGCAGGGCAGTATTTGGCAGATCTCCCTTCTCGGGGTTTCTTCTCAACCCCTGCAAATCCTCCTTCAAATCTAGATGGGTTGCGAGTATATATCTGTGATCATGATACGGCACCCCCAGAGGATCAATTGATCCGAACAGATCCAACCAACATTTTAATCAGATCACTCACTCTTAAGAAGGCAAAGCCAGAACC
TAAACTGAGGGACAGTAAAAGGAAGGGTGTAGCTGAGAATGGAAAAGGCAAAAGGCCTGCAGAAAGATTGGTAGATGATAAGTTGCCAGTGAAGAAATCCAACAATGTCACAGTCAGTTCACAAAAATgtcatctgattcatttctaatggattctttggctctattggagattcctttagGGTATTAAGGGGGTTATTC
CTCTCAGCAATGGATTTCGATTGACTGAATAGTGGAATATTTGTGCTGTAATGAACCATATGGATCTAAGTCCCCATTTGTTTACATTTACCACTTGTATTGGTATTATCACTGGATTCGTATTGGCTAAAGGGAAGCCATTGTAAGTGCTCAGTTACAAGTTGCTGGGCTTCAATCAGGGCTTGGAGGTATCCATTACA
GTCACTAAGAATGTGGCCGCAATTGATTGACTTTCATGGTAGCGATATGGCACATGCATTCCATATTTTCCAGTTGTCAGTTAACATGACTGCTTATTTGTTATTCAGATCTGTTGCATTAGTGAAAGTCGGGATAGATGATAGCCTCTAGGCAATCTAGAATTTGGAAAGGGAATTTGGGCCAGATGAAGAAGATTAAT
CCCAATTTAAATAAACACCAGCATAGAGTGGATCATGACTAGAACTGTGATTAGTTCTTGTTTTGTTTCAGATCTTCACTTGAAAGTTGAGATATTGAAACTTTTCATGCAAAATTTTTGTATTTTTGGTTTATCCAGAGATCAACTAATTAATATGAATTAATTGTCTAATTATGCAGCCTTTATA