sp|O22769|NDUV2_ARATH ----> NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

Intron 1 GTAATGTTGT ... CTTTGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.48	33	12	5
A2	8.82	31	3	3
A3	18.37	20	6	3
A4	22.03	23	9	4
A5	21.74	9	1	4
A6	19.15	57	15	12
A7	31.37	93	42	43
A8	24.68	116	45	31
A9	16.81	99	22	18
A10	25.27	68	17	29

>TRINITY_DN39229_c1_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

TGATTTATCAGATGTCCCCTCCGAAATTGCCAAAACTGCAACAGAGAGCTGGTGTGAAAATAGTGGGCTAATGGGAGATGAAGAATTATTTATACTTTAAAAAAAGATTGGTTATTTTGGTGTGAAGATTATATGTGCAGGTGTTGTTGGGGTACTTGCTATTGCAGGACTGAGATGTTTACCTACCCAATACAGTTCCA
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ATACAACTACTATGAGAATGCTACACAAAGCGTGTTGTTGAGATGGTTGAGATGCTGAGGCGGGGTGAAACTCCTCCAGCGAAAGCTTAAATAATATTCCCTACTCTTTTTCATCATGTTTTCCAAGAGAAATAGCCAGCTTTTAAGTCAATCATGCCTTTTCTTTTACAGGTTGGGACACAAAATCCAGATCG

>TRINITY_DN39229_c1_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGATTTATCAGATGTCCCCTCCGAAATTGCCAAAACTGCAACAGAGAGCTGGTGTGAAAATAGTGGGCTAATGGGAGATGAAGAATTATTTATACTTTAAAAAAAGATTGGTTATTTTGGTGTGAAGATTATATGTGCAGGTGTTGTTGGGGTACTTGCTATTGCAGGACTGAGATGTTTACCTACCCAATACAGTTCCA
CAAGACCGAAGGAATTCCGTCCTCAACTACAATAGTTGAAGATTATTCGGGCCTGAGGCATTTCCTGGTTGCACACCTTTGATTTCAGAGGTAACCAAGGATGGCATGTTTTCCATAGGTGAAATGGAGTGTATGGTAAGATGGAGTTTGTTAGTTTAATTCTTTCCACTCTTATGAGAAAGTTGGCATTTAGTTTAATA
GGTTGTTTTGATGTTCCAGCTTCATTGCATAGTACTTTGTTGTTTGGTTGTTTCCCAGGGGTGATGTGTCAATACTCCAATGATTGTTGTAGCTGACCACACAAAAGGTTCAAAAGGATTTACATACAACTACTATgtaatgttgtaattttgtgtattatatagatgttcttatcattatgtctatatagcatcctcaa
agttaggattatgtaatttcgataatgttttgatgtttattgcaacgaacttttccatggttggtgttattgtttttaatgtaatagtacactttgtacagGAGAATGCTACACAAAGCGTGTTGTTGAGATGGTTGAGATGCTGAGGCGGGGTGAAACTCCTCCAGCGAAAGCTTAAATAATATTCCCTACTCTTTTTC
ATCATGTTTTCCAAGAGAAATAGCCAGCTTTTAAGTCAATCATGCCTTTTCTTTTACAGGTTGGGACACAAAATCCAGATCG

Intron 2 GTAAGATGGA ... TGTTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.26	41	32	21
A2	43.59	22	22	12
A3	48.65	19	20	16
A4	55.56	12	18	12
A5	52.63	9	14	6
A6	48.47	42	51	28
A7	44.57	74	67	52
A8	42.59	91	82	53
A9	31.5	87	46	34
A10	50.52	48	61	37

>TRINITY_DN39229_c1_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

TGATTTATCAGATGTCCCCTCCGAAATTGCCAAAACTGCAACAGAGAGCTGGTGTGAAAATAGTGGGCTAATGGGAGATGAAGAATTATTTATACTTTAAAAAAAGATTGGTTATTTTGGTGTGAAGATTATATGTGCAGGTGTTGTTGGGGTACTTGCTATTGCAGGACTGAGATGTTTACCTACCCAATACAGTTCCA
CAAGACCGAAGGAATTCCGTCCTCAACTACAATAGTTGAAGATTATTCGGGCCTGAGGCATTTCCTGGTTGCACACCTTTGATTTCAGAGGTAACCAAGGATGGCATGTTTTCCATAGGTGAAATGGAGTGTATGGGGTGATGTGTCAATACTCCAATGATTGTTGTAGCTGACCACACAAAAGGTTCAAAAGGATTTAC
ATACAACTACTATGAGAATGCTACACAAAGCGTGTTGTTGAGATGGTTGAGATGCTGAGGCGGGGTGAAACTCCTCCAGCGAAAGCTTAAATAATATTCCCTACTCTTTTTCATCATGTTTTCCAAGAGAAATAGCCAGCTTTTAAGTCAATCATGCCTTTTCTTTTACAGGTTGGGACACAAAATCCAGATCG

>TRINITY_DN39229_c1_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGATTTATCAGATGTCCCCTCCGAAATTGCCAAAACTGCAACAGAGAGCTGGTGTGAAAATAGTGGGCTAATGGGAGATGAAGAATTATTTATACTTTAAAAAAAGATTGGTTATTTTGGTGTGAAGATTATATGTGCAGGTGTTGTTGGGGTACTTGCTATTGCAGGACTGAGATGTTTACCTACCCAATACAGTTCCA
CAAGACCGAAGGAATTCCGTCCTCAACTACAATAGTTGAAGATTATTCGGGCCTGAGGCATTTCCTGGTTGCACACCTTTGATTTCAGAGGTAACCAAGGATGGCATGTTTTCCATAGGTGAAATGGAGTGTATGgtaagatggagtttgttagtttaattctttccactcttatgagaaagttggcatttagtttaata
ggttgttttgatgttccagcttcattgcatagtactttgttgtttggttgtttcccagGGGTGATGTGTCAATACTCCAATGATTGTTGTAGCTGACCACACAAAAGGTTCAAAAGGATTTACATACAACTACTATGTAATGTTGTAATTTTGTGTATTATATAGATGTTCTTATCATTATGTCTATATAGCATCCTCAA
AGTTAGGATTATGTAATTTCGATAATGTTTTGATGTTTATTGCAACGAACTTTTCCATGGTTGGTGTTATTGTTTTTAATGTAATAGTACACTTTGTACAGGAGAATGCTACACAAAGCGTGTTGTTGAGATGGTTGAGATGCTGAGGCGGGGTGAAACTCCTCCAGCGAAAGCTTAAATAATATTCCCTACTCTTTTTC
ATCATGTTTTCCAAGAGAAATAGCCAGCTTTTAAGTCAATCATGCCTTTTCTTTTACAGGTTGGGACACAAAATCCAGATCG

Intron 3 GTAAGATGGA ... TGTTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	97.06	1	28	38
A2	88.24	3	24	21
A3	95.35	1	24	17
A4	100	0	27	24
A5	89.74	2	24	11
A6	96.67	2	64	52
A7	96.77	3	90	90
A8	90.95	9	103	78
A9	89.55	7	53	67
A10	97.01	2	70	60

>TRINITY_DN109648_c1_g2_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

GATTTATCAGATGTCCCCTCCGAAATTGCCAAAACTGCAACAGAGAGCTGGTGTGAAAATAGTGGGCTAATGGGAGATGAAGAATTATTTCTACTTTAAAAAAAGATTGGTTATTTTGGTGTGAAGATTATATGTGCAGGTGTTGTTGGGGTACTTGCTATTGCAGGACTGAGATGTTTACCTACCCAATACAGTTCCAC
AAGACCGAAGGAATTCCGTCCTCAACTACAATAGTTGAAGATTATTCGGGCCTGAGGCATTTCCTGGTTGCACACCTTTGATTTCAGAGGTAACCAAGGATGGCATGTATTCCGTAGGCGAAATGGAGTGTATGGGATGCTGTGTCAATGCTCCAA

>TRINITY_DN109648_c1_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AACATGCAGACTCTTTGCTTATGCATAGATGGTTGAATGCTTAGTTGTTTTCCTTTTTTCTTACGGATTTTAATTGCTTCTGACCTCCTGTCATAATTTTACTTGATGTCTTTAAAGTTGAAGATTATTCGGGCCTGAGGCATTTCCTGGTTGCACACCTTTGATTTCAGAGGTAACCAAGGATGGCATGTATTCCGTAG
GCGAAATGGAGTGTATGgtaagatggagtgtgctagttttactttccacccttgtgagaaaaagttggcatttattttaataggttggtttgatgttccagcttcattgcatggtactttattgtttggttgtttcccagGGATGCTGTGTCAATGCTCCAATGATTGCTGTAGCCGACTACACAAAGGGTTCAGAAGGA
TTTACATACAACTACTATGTTGGGAC