sp|Q8LGG8|USPAL_ARATH ----> Universal stress protein A-like protein

Intron 1 GTAATACATC ... TTATGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.47	6	27	12
A2	53.49	10	14	9
A3	60	10	22	8
A4	54.84	7	9	8
A5	50	6	8	4
A6	62.99	89	161	142
A7	71.72	56	168	116
A8	69.68	72	184	147
A9	71.76	49	125	124
A10	61.04	45	80	61

>TRINITY_DN113283_c0_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

TTTTGGGTGGTAATACTACACTTGTTTTAAGCAGAGGATATTGGATTCTGCAGGATGGTTTTTGGCAGTGTGAGTGACCATTGTGTCCAGCATGCACAGTGCCCTGTAGTGGTGGTGCAGCCCCAGAAGAACAAGCCTCATTGATTTTCATTCGCCTCGTGCTGCCTATGTGCTCTGAATGCCTGATATGAAAAGCCATT
TATATCGAGTGATTAGAAGATGAGATGACTGGAAACAGAAAAATGGAATACCCTTCATGGAATATATACTGCCATTGTATGATTTGATCTTTCATTGAATCACGCCCCTTTGCGTCTTATTGTGTAAGGTCATATAAAATTCCCAGTGACATTCTATGAACTGGGATTATCATGTACTGTCAATTCACAAGTCGGGATAT
TAAGGAACACTGTTATTCAAAACATTTGTCTCTTCTCTTTGTATGATAAGCTGAACTTTGGCGTGAACAATTATCCACTTAGTTCATGCACAATTAGTTCAAGCAGAAGTCACAGGGTATCAAATTTGACAGTAATTCCTACAGTTGAGCTCTACAAAAAAAGGTTCCGGCATTATATTTGCAGCTCAAGTTTCAAGTTT
CATGAGTAAACATCTTTGCTCCGGCATTGCTTGAAAGCTGTAGACATGTACAGGATTTTGGACTTCAGAGCACACATGCTCAGGACAGAACATACACTAAGAAAAGACACTTGCC

>TRINITY_DN113283_c0_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTGAAATTGCAATACCACTGCGTTAAATATGCAATTACAACCATCAATAATTGCATTGAGCTATCTCAATCGACCTGTATCTGCAAATTAAAGAAATCACGGGGCTGTGACCTACCGGATTCCAGTGAATTTGAGGTGTTTTTAGTTGATCGGTACGACGCCAGGGGCAATGACTCATCTTCAAATGGAAGTAAATACCA
CCCATGTAGCTGCCGACTTCACCCAAAGTTCAAAAGCAAAACTACTATGGAAATGCGTGGAATACAAGAAAAGCGCGAAAACGCTAGACCGGAATCTTCTTGAATTCGAAGGCACTCGAGCACACCGGTTTTCCCGTCTCCGTCTGCCTACAACTTGCCATCCTCACCATAACCTCTTTATTAACTGCACAGAGCAAAGA
ATTTAGTGGGTGTGAAGATAGGTGTAAGCAGAGACAAAATCTTGTGCAATGGAATCTATGGAGGAGCAGAAGAAATCAAGCAGGCTCATAGTGGTGGGCATAAACGAGACCGAGGAGAGCATTAACGCTCTCCAATGGGCTATTAACAACCTGTTTACATCGCAGGATAGAATCATTCTCATTCATGCTCAGCGAGCTTC
AATTTCCCCTCTCGCAACTGGAAGCCCAGTTTTCATGGTACCATTAGATGTGCAGAAGATGTTGGAAAACGATATCAAGAAGTCTACGGAGAAGATTTTGGAACAAGCAACGAAAATGTGCCATGCCAAAAATGTGATTCCGGAGACGGTGGTTCGCACTGGAGATGCCAAGGAGGTCATATGTAATGCTACCAAAAAGT
ATAATCCTGACATGTTGGTGCTAGGTAGTCATGGATATGGGGCCCTTAAGAGGATGGTTTTTGGCAGTGTGAGTGACCATTGTGTCCAGCATGCACAGTGCCCTGTAGTGGTGGTGCAGCCCCAGAAGAACAAGCCTCATTGATTTTCATTCGCCTCGTGCTGCCTATGTGCTCTGAATGCCTGATATGAAAAGCCATgt
aatacatctaattgaaatagaaatgaaatatttctatactaaggaatttcagtagtcactcatatggtaacttctataatttttgttaacatccaaaatatactctattttatgtacagTTATATCGAGTGATTAGAAGATGAGATGACTGGAAACAGAAAAATGGAATACCCTTCATGGAATATATACTGCCATTGTAT
GATTTGATCTTTCATTGAATCACGCCCCTTTGCGTCTTATTGTGTAAGGTCATATAAAATTCCCAGTGACATTCTATGAACTGGGATTATCATGTACTGTCAATTCACAAGTCGGGATATTAAGGAACACTGTTATTCAAAACATTTGTCTCTTCTCTTTGTATGATAAGCTGAACTTTGGCGTGAACAATTATCCACTT
AGTTCATGCACAATTAGTTCAAGCAGAAGTCACAGGGTATCAAATTTGACAGTAATTCCTACAGTTGAGCTCTACAAAAAAAGGTTCCGGCATTATATTTGCAGCTCAAGTTTCAAGTTTCATGAGTAAACATCTTTGCTCCGGCATTGCTTGAAAGCTGTAGACATGTACAGGATTTTGGACTTCAGAGCACACATGCT
CAGGACAGAACATACACTAAGAAAAGACACTTGCC

Intron 2 GTATTGTTGA ... GATTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.26	46.3	14	19
A2	18.54	28.7	5	8
A3	15.43	49.3	4	14
A4	20.72	51.7	7	20
A5	14.81	23	6	2
A6	19.16	228	36	72
A7	20.38	281.7	43	101
A8	18.58	285	42	88
A9	16.36	209.7	27	55
A10	15.32	224	23	58

>TRINITY_DN46530_c0_g5_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTCAAGCATTTTTCTCTGGCTGTAATGGAGATTGGTAGGATGTAATTCACTGTGAAATGATATAGGCTTTTGGGTTTTATTGGGTTTTATTGATTGAAAGGATATTAATCTTTTTAGCTTACAGAAAGCAGTAGAATGAGCTTGTTGTGTTGAGTCATCTGACAACTCTCGATGGCATTTCATCTTGAAGTGTTTTATT
CTGTTTGGGGTTTATTATTGAGGCCCAGTTCTGATTGCAGTTCTGTGTGAGCAGTTTTCATGGTACCATTAGATGTGCAGAAGATGTTGGAAAACGATATCAAGAAGTCTACGGAGAAGATTTTGGAACAAGCAACGAAAATGTGCCATGCCAAAAATGTGATTCCGGAGACGGTGGTTCGCACTGGAGATGCCAAGGAG
GTCATATGTAATGCTACCAAAAAGTATAATCCTGACATGTTGGTGCTAGGTAGTCATGGATATGGGGCCCTTAAGAGGATGGTTTTTGGCAGTGTGAGTGACCATTGTGTCCAGCATGCACAGTGCCCTGTAGTGGTGGTGCAGCCCCAGAAGAACAAGCCTCATTGATTTTCATTCGCCTCGTGCTGCCTATGTGCTCT
GAATGCCTGATATGAAAAGCCATGTAATACATCTAATTGAAATAGAAATGAAATATTTCTATACTAAGGAATTTCAGTAGTCACTCATATGGTAACTTCTATAATTTTTGTTAACATCCAAAATATACTCTATTTTATGTACAGTTATATCGAGTGATTAGAAGATGAGATGACTGGAAACAGAAAAATGGAATACCCTT
CATGGAATATATACTGCCATTGTATGATTTGATCTTTCATTGAATCACGCCCCTTTGCGTCTTATTGTGTAAGGTCATATAAAATTCCCAGTGACATTCTATGAACTGGGATTATCATGTACTGTCAATTCACAAGTCGGGATATTAAGGAACACTGTTATTCAAAACATTTGTCTCTTCTCTTTGTATGATAAGCTGAA
CTTTGGCGTGAACAATTATCCACTTAGTTCATGCACAATTAGTTCAAGCAGAAGTCACAGGGTATCAAATTTGACAGTAATTCCTACAGTTGAGCTCTACAAAAAAAGGTTCCGGCATTATATTTGCAGCTCAAGTTTCAAGTTTCATGAGTAAACATCTTTGCTCCGGCATTGCTTGAAAGCTGTAGACATGTACAGGA
TTTTGGACTTCAGAGCACACATGCTCAGGACAGAACATACACTAAGAAAAGACACTTGCACAGCCAAAAAAGATGAAGCTCAGATATCGTTTCCCTATAAAAGGAACTGGAAGGTTGGATATGGTATTCTATTTTCGGACCAGAATCATGTTCACAACAATGAGGGTAGGTAGACAAGGTTTTACTTTACTGTATCATGG
GCTGCAGCTCAGGGATAATTTTAGGGGTGAAATTTAGTTCATGGGCTATTTTTCCATGTTTTTTTCCAAAAAAATATTCGCCTATTTGCATTTGTTGAAGCCCCATTTCGCCCAATTTTGA

>TRINITY_DN46530_c0_g5_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGTAAAATTAGTATTGATTGGTAAACTACTACTTGGATTCATGAAATAGCCTTCTCTTATAAATGCATTTTGAACTAAACACTCTACAAGTGTTTTTCTAACTAAACACCAAAGAGAGAATTCTGTGCTCACTGTCCTTGTTCAGAGAATTTGAATCATTTTGAACTAAACATCAAAGAGTGAATTCTGTGCTCAGAAAT
TTTGAATCATTTTGAAACTTGCCCTAATTCGACAAGGTTGCTATTATCAAATGAAAATTTCAACCAATTTTAACCTACTTCCATACAAATTTATGCACAGACCAAACTGCCAAGAGTTACGATTCATGGTTCCCCAGAAGATATGATTGAATTTTTGTAGAGTGGCCAACTTTGGCCGTGGCAGCACGGAGTGGGTTAAC
GTTTGATTAAAATGTCACATTTTGTCTGTACTTTGAATTTTGTTTTACTTTTTCCCTGAATTTTTTTCACGAAATCTGAAATTGCAATACCACTGCGTTAAATATGCAATTACAACCATCAATAATTGCATTGAGCTATCTCAATCGACCTGTATCTGCAAATTAAAGAAATCACGGGGCTGTGACCTACCGGATTCCAG
TGAATTTGAGGTGTTTTTAGTTGATCGGTACGACGCCAGGGGCAATGACTCATCTTCAAATGGAAGTAAATACCACCCATGTAGCTGCCGACTTCACCCACAGTTCAAAAGCAAAACTACTATGGAAATGCGTGGAATACAAGAAAAGCGCGAAAACGCTAGACCGGAATCTTCTTGAATTCGAAGGCACTCGAGCACAC
CGGTTTTCCCGTCTCCGTCTGCCTACAACTTGCCATCCTCACCATAACCTCTTTATTAACTGCACAGAGCAAAGAATTTAGTGGGTGTGAAGATAGGTGTAAGCAGAGACAAAATCTTGTGCAATGGAATCTATGGAGGAGCAGAAGAAATCAAGCAGGCTCATAGTGGTGGGCATAAACGAGACCGAGGAGAGCATTAA
CGCTCTCCAATGGGCTATTAACAACCTGTTTACATCGCAGGATAGAATCATTCTCATTCATGCTCAGCGAGCTTCAATTTCCCCTCTCGCAACTGGAAGCCCAGTTTTCATGGTACCATTAGATGTGCAGAAGATGTTGGAAAACGATATCAAGAAGTCTACGGAGAAGATTTTGGAACAAGCAACGAAAATGTGCCATG
CCAAAAATGTGATTCCGGAGACGGTGGTTCGCACTGGAGATGCCAAGGAGGTCATATGTAATGCTACCAAAAAGTATAATCCTGACATGTTGGTGCTAGGTAGTCATGGATATGGGGCCCTTAAGAGgtattgttgaacaagattcccccctacttgcagctttgagaagtgcatttgcaaaagaagcaatattattgat
atgcttgatttggaatgattcatgtcattgttgtttcagaaaactggccattctcttttcaggcttctatagttgtatttttttgggtggtaatactacacttgttttaagcagaggatattggattctgcagGATGGTTTTTGGCAGTGTGAGTGACCATTGTGTCCAGCATGCACAGTGCCCTGTAGTGGTGGTGCAG
CCCCAGAAGAACAAGCCTCATTGATTTTCATTCGCCTCGTGCTGCCTATGTGCTCTGAATGCCTGATATGAAAAGCCATGTAATACATCTAATTGAAATAGAAATGAAATATTTCTATACTAAGGAATTTCAGTAGTCACTCATATGGTAACTTCTATAATTTTTGTTAACATCCAAAATATACTCTATTTTATGTACAG
TTATATCGAGTGATTAGAAGATGAGATGACTGGAAACAGAAAAATGGAATACCCTTCATGGAATATATACTGCCATTGTATGATTTGATCTTTCATTGAATCACGCCCCTTTGCGTCTTATTGTGTAAGGTCATATAAAATTCCCAGTGACATTCTATGAACTGGGATTATCATGTACTGTCAATTCACAAGTCGGGATA
TTAAGGAACACTGTTATTCAAAACATTTGTCTCTTCTCTTTGTATGATAAGCTGAACTTTGGCGTGAACAATTATCCACTTAGTTCATGCACAATTAGTTCAAGCAGAAGTCACAGGGTATCAAATTTGACAGTAATTCCTACAGTTGAGCTCTACAAAAAAAGGTTCCGGCATTATATTTGCAGCTCAAGTTTCAAGTT
TCATGAGTAAACATCTTTGCTCCGGCATTGCTTGAAAGCTGTAGACATGTACAGGATTTTGGACTTCAGAGCACACATGCTCAGGACAGAACATACACTAAGAAAAGACACTTGCACAGCCAAAAAAGATGAAGCTCAGATATCGTTTCCCTATAAAAGGAACTGGAAGGTTGGATATGGTATTCTATTTTCGGACCAGA
ATCATGTTCACAACAATGAGGGTAGGTAGACAAGGTTTTACTTTACTGTATCATGGGCTGCAGCTCAGGGATAATTTTAGGGGTGAAATTTAGTTCATGGGCTATTTTTCCATGTTTTTTTCCAAAAAAATATTCGCCTATTTGCATTTGTTGAAGCCCCATTTCGCCCAATTTTGA