sp|P42158|CKL1_ARATH ----> Casein kinase 1-like protein 1

Intron 1 GTAAAGTCAA ... TTTTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.77	55	17	8
A2	21.68	22	6	0
A3	21.3	48.5	13	2
A4	19.59	46	11	5
A5	26.24	23	8	0
A6	15.35	96.5	17	0
A7	13.73	59	9	1
A8	13.72	51.5	8	0
A9	6.84	72.5	5	0
A10	11.28	56.5	7	0

>TRINITY_DN116330_c2_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TAAGCCCATGGTTTTTGAACTTGCATGTTACAGGTCCTGTGTAAGTCATACCCCTCAGAGTTTGCGTCATATTTTCATTATTGCCGATCATTACGCTTTGATGACAGACCTGATTACGCATACTTGAAGAGAATATTCCGTGATCTATTTATTCGTGAAGGTTTTCAGTTTGATTATGTGTTTGACTGGACCATTTTGAA
GTATCAGCAGACGCAGATGGCCACTACACCTCGACCTATTGGTCCTCCTGGTGCTGGTGTAGGGACTAGCTCTGGGGCAGCTGCAGGTGCAGATAAGACGTCAGGTATTATAAGGGATGCCCAATTCTACATTTGTTCGTATTTTAGGCATATCATTCATGTTTGTAGGTATATTGACTGTAAAACTTTCTTTTGAACTA
ACTTGTGATCAACAATTCTTTTTTCAATATGTATTTTGTATGAATTCTTGTGATGCAG

>TRINITY_DN116330_c2_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGGGGCAGGTAAGCTTGTTGTTCATCTTTGACTTGCAAAATTTGTGCTAGGTTTTTTTTCTTGAATCATTTGTAGTTGATGTGGGATTAACAGCATTTTGCATCAGTCTTCCATGGCAGGGTCTGAAAGCTGGTACCAAAAAACAGAAGTATGAAAAGATCAGTGAGAAAAAGGTTGCCACCCCCATTGAGGTCCTGTG
TAAGTCATACCCCTCAGAGTTTGCGTCATATTTTCATTATTGCCGATCATTACGCTTTGATGACAGACCTGATTACGCATACTTGAAGAGAATATTCCGTGATCTATTTATTCGTGAAGGTTTTCAGTTTGATTATGTGTTTGACTGGACCATTTTGAAGTATCAGCAGACGCAGATGGCCACTACACCTCGACCTATTg
taaagtcaatttccctgttataaattatttgcaacttttcttttacttgacttggtatgtttttttttaagttagtacccatggatacttgacttggtatgctatgtactgtattgagtctattgacaaccatttttcttcagGGTCCTCCTGGTGCTGGTGTAGGGACTAGCTCTGGGGCAGCTGCAGGTGCAGATAAG
ACGTCAGGTATTATAAGGGATGCCCAATTCTACATTTGTTCGTATTTTAGGCATATCATTCATGTTTGTAGGTATATTGACTGTAAAACTTTCTTTTGAACTAACTTGTGATCAACAATTCTTTTTTCAATATGTATTTTGTATGAATTCTTGTGATGCAG

Intron 2 GTAATCATGG ... CATGTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.62	101	14	10
A2	16.25	67	20	6
A3	16.33	105	30	11
A4	12.17	101	11	17
A5	20.66	48	12	13
A6	14.91	137	35	13
A7	11.32	141	24	12
A8	10.66	100.5	19	5
A9	9.32	121.5	16	9
A10	11.29	110	21	7

>TRINITY_DN117881_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GTGCTATTTAACATGGATGTTCCGTTGGCATTGGTAAGTTCAAAATTATAAGAAGTGCTATTTAACATGGATGTTCCGTTGGCATTGGTAAGTTCAAAATTATAAGAAGTGCTATTTAACATGGATGTTCCATTGCATGCCTGACATGAGTTCTTTGTTACATACGAATCTAAATATTTGTGAATTGATCCAGTGGGAAA
CATCTAGGGTTAGGTGATGATGTTCTCAACTGTGTTATTTTTTGATTGTATGGCATTGAACCTTGTTTAGATATAAGAGCTAGTAGCTTAATCTCTATGAACCTTTGCATACTGATGAGTTGTTGTATTCTCATAACTGTAAATGACTTTTTCATTTTCAGAGCAAAGTCGTAGAGATGATTTAGAATCCCTTGGATATG
TTCTCATGTATTTTTTGAGGGGCAGTCTTCCATGGCAGGGTCTGAAAGCTGGTACCAAAAAACAGAAGTATGAAAAGATCAGTGAGAAAAAGGTTGCCACCCCCATTGAGGTCCTGTGTAAGTCATACCCCTCAGAGTTTGCGTCATATTTTCATTATTGCCGATCATTACGCTTTGATGACAGACCTGATTACGCATAC
TTGAAGAGAATATTCCGTGATCTATTTATTCGTGAAGGTTTTCAGTTTGATTATGTGTTTGACTGGACCATTTTGAAGTATCAGCAGACGCAGATGGCCACTACACCTCGACCTATTGGTCCTCCTGGTGCTGGTGTAGGGACTAGCTCTGGGGCAGCTGCAGGTGCAGATAAGACGTCAGGTGGTCAAGATGGAAGGGA
CAATTCATGGAACAATTCTGGGGTTGATGGTTCTCGAAGAAGAAACACTGGAGTTACTGTGAATGCTGGTAGTCTATCTAAGCATAAAAGTCCAGCACAAAATGAATCTGGAACTGGAAAAGATGTGGTAAATATTGGTCGTCCAGAGAGGCCAGATCGTGTCCATCTATCTGGTTTGCTTGGACAAACTGGCAGTACAT
CAAGACGAGGGGTGCTTTCAAGTAGCAGGCAAGCAATTGTGTCCGATGCCGATTCATCATCACGTCCACGTGCAGCTGACTCGAGTCCCATTACATTGCATACTACGGGAGGTCAGAGGAGCTCTCCAGTAAGTTCTGCAGATCCCAAGCGATCTGGTTCTGGTCGGATTATGCCAAGTTCTAGGAATTATGAAGCTACC
TTGAAAGGCATTGAGGGCCTTTCCTTTGATATGGACAAAAGGCAGTAAATAAAGGGTTGCAAAGACCTGATTTACTGGCCCTAAAGAATCTCGGCATGATGCCTGACAGAGTTTCAAGGACCGCCTTTGTCATGCAAACTAATTTGTCAATATGGGCCAGTTCGAGGAATGTGATATAAATGATTAGAACACCTTGTGCT
GTGTGGTTAATTTTCGTAGATGTCCATAACTGCACAATGGACTCATTTTCGTAGTTCAGAACTTTGGGAGTTTGGGCTTTTGTGCAGTAGCACTGATGACATTATTTGGTCTTGTAAATTCGATATGTACATTATTAAAGTATGCAATTTGTTTGGCAAAACCGGGATATATGCTTTTAAGTAGACATCAAGGTTGAACC
AGGTTTTATTTATATTTGCCACTTACGATACATCTACAATCTGAGTTGAATTGGCTTGGGAAAATTTGGTTTCATAGGAAAATCAAGCTGTGTTGTTTCAATTGAGACACATGACAACTCCCCTTCCTGGTCTGGTGCTGGTTGTTGAAATCGTTTATGAGTCAACTATGGAGGTACGTTCTGTGAGAAAACAAGGATTC
ACAGTCTTCTTATTTGCAAAAGAGATTAGTAATCTTAATTTCATCATTCCTATTTCCTCAAAATGTGCTGTTGTTTTATGAAGGCAATGAATTTGCTAACATTCTCATTCATACTCCAAATGATCGAAGGAATTGTTTAGCTTTGCATAAATCTGGA

>TRINITY_DN117881_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTGGAACTGCCCGATATGCAAGCATGAACACTCACCTTGGCATTGAGCAAAGTCGTAGAGATGATTTAGAATCCCTTGGATATGTTCTCATGTATTTTTTGAGGGGCAGTCTTCCATGGCAGGGTCTGAAAGCTGGTACCAAAAAACAGAAGTATGAAAAGATCAGTGAGAAAAAGGTTGCCACCCCCATTGAGgtaatc
atggttgattttggggcttgggtcgaaagtagtttaatctgttttgagtcttgctaaagcccatggtttttgaacttgcatgttacagGTCCTGTGTAAGTCATACCCCTCAGAGTTTGCGTCATATTTTCATTATTGCCGATCATTACGCTTTGATGACAGACCTGATTACGCATACTTGAAGAGAATATTCCGTGATC
TATTTATTCGTGAAGGTTTTCAGTTTGATTATGTGTTTGACTGGACCATTTTGAAGTATCAGCAGACGCAGATGGCCACTACACCTCGACCTATTGGTCCTCCTGGTGCTGGTGTAGGGACTAGCTCTGGGGCAGCTGCAGGTGCAGATAAGACGTCAGGTGGTCAAGATGGAAGGGACAATTCATGGAACAATTCTGGG
GTTGATGGTTCTCGAAGAAGAAACACTGGAGTTACTGTGAATGCTGGTAGTCTATCTAAGCATAAAAGTCCAGCACAAAATGAATCTGGAACTGGAAAAGATGTGGTAAATATTGGTCGTCCAGAGAGGCCAGATCGTGTCCATCTATCTGGTTTGCTTGGACAAACTGGCAGTACATCAAGACGAGGGGTGCTTTCAAG
TAGCAGGCAAGCAATTGTGTCCGATGCCGATTCATCATCACGTCCACGTGCAGCTGACTCGAGTCCCATTACATTGCATACTACGGGAGGTCAGAGGAGCTCTCCAGTAAGTTCTGCAGATCCCAAGCGATCTGGTTCTGGTCGGATTATGCCAAGTTCTAGGAATTATGAAGCTACCTTGAAAGGCATTGAGGGCCTTT
CCTTTGATATGGACAAAAGGCAGTAAATAAAGGGTTGCAAAGACCTGATTTACTGGCCCTAAAGAATCTCGGCATGATGCCTGACAGAGTTTCAAGGACCGCCTTTGTCATGCAAACTAATTTGTCAATATGGGCCAGTTCGAGGAATGTGATATAAATGATTAGAACACCTTGTGCTGTGTGGTTAATTTTCGTAGATG
TCCATAACTGCACAATGGACTCATTTTCGTAGTTCAGAACTTTGGGAGTTTGGGCTTTTGTGCAGTAGCACTGATGACATTATTTGGTCTTGTAAATTCGATATGTACATTATTAAAGTATGCAATTTGTTTGGCAAAACCGGGATATATGCTTTTAAGTAGACATCAAGGTTGAACCAGGTTTTATTTATATTTGCCAC
TTACGATACATCTACAATCTGAGTTGAATTGGCTTGGGAAAATTTGGTTTCATAGGAAAATCAAGCTGTGTTGTTTCAATTGAGACACATGACAACTCCCCTTCCTGGTCTGGTGCTGGTTGTTGAAATCGTTTATGAGTCAACTATGGAGGTACGTTCTGTGAGAAAACAAGGATTCACAGTCTTCTTATTTGCAAAAG
AGATTAGTAATCTTAATTTCATCATTCCTATTTCCTCAAAATGTGCTGTTGTTTTATGAAGGCAATGAATTTGCTAACATTCTCATTCATACTCCAAATGATCGAAGGAATTGTTTAGCTTTGCATAAATCTGGA