sp|Q9SZA7|DRL29_ARATH ----> Probable disease resistance protein At4g33300
Intron 1 GTAACTCCCG ... GAATGTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.11 | 107 | 34 | 6 |
| A2 | 17.52 | 113 | 24 | 3 |
| A3 | 17.39 | 95 | 20 | 5 |
| A4 | 17.44 | 71 | 15 | 0 |
| A5 | 16.67 | 60 | 12 | 0 |
| A6 | 15.34 | 99.3 | 18 | 1 |
| A7 | 19.44 | 29 | 7 | 2 |
| A8 | 11.11 | 32 | 4 | 0 |
| A9 | 19.63 | 57.3 | 14 | 0 |
| A10 | 22.58 | 24 | 7 | 1 |
>TRINITY_DN129195_c1_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoformTTTTGATGTATCAGGAGTTTGGCAATCTCATTTGGATGTGCTTGTGAGCTTTCTTTTTCTCAGCATGATGTAATGCGAGATTTAGCCTTGCATCTGGCAAGCCAGGCAAGCCAGGATAGTGCCATTCCTGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGAC
ATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGTTTTGGCCTTATTCTTTTCTGCAAATCAATACTGTCTTCCAACATTTTTACAGACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTCATAATGTACAATCACAGTTCAAAGCGTGCAATACTTCATG
GGCTGCCACGCCTTTCTTCAGCTACCCAGCTTAAGTCTGCACTACTTGAGAAGTTGATTGTGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAGATCCTGGTTGAACTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGAGTCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTATTGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTT
GATCACTGTAGCGACTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCATCTTATCCAAAAGTTACCGGAGGACTTGGGGAGGTTGAGGTCACTTAGGTTGCTGAGATTGTCTGCGTGTCCAAGCTTGTCAATGCTACCTCCTTCCATTTGCAGACTTCAGCAACT
AGAATTTCTTGATATTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAAAACGTGTAATCTGTGATGAGCACACTAAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCT
CCGCTATGCCTAATCTCACAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATACATGATACATCCTCTGGCCCCGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATCTGAATATAAGTGAGGGATTGCTTCTAAGATTG
>TRINITY_DN129195_c1_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTGATGTATCAGGAGTTTGGCAATCTCATTTGGATGTGCTTGTGAGCTTTCTTTTTCTCAGCATGATGTAATGCGAGATTTAGCCTTGCATCTGGCAAGCCAGGCAAGCCAGGATAGTGCCATTCCTGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGAC
ATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGgtaactcccgaaactagttttctttctttcaccgcttaaacgtagaatattagttcaactcactaattttccaattttaataaagtgtttgaaagcatttttatcagcgtagcatactgacttttacatttctggaatgtatagGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGT
GTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAG
Intron 2 GTAAGTTACT ... GATGTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.5 | 74 | 78 | 27 |
| A2 | 33.33 | 92 | 65 | 27 |
| A3 | 22.08 | 90 | 33 | 18 |
| A4 | 31.22 | 76 | 42 | 27 |
| A5 | 31.13 | 52 | 46 | 1 |
| A6 | 21.98 | 71 | 22 | 18 |
| A7 | 37.5 | 10 | 7 | 5 |
| A8 | 45.45 | 6 | 4 | 6 |
| A9 | 29.79 | 33 | 17 | 11 |
| A10 | 28 | 9 | 5 | 2 |
>TRINITY_DN120149_c2_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformCTTCGATTCCGACAACCGATGATGAAGATCTTGTTAAACAGGTTGAAGCAGTGTGTAAGGGTTTACCACTTGCCCTCAAGGTGATTGCAAGTTCTTTGCGCAATGAGCCCAAGCCAATTTGGGAAAATGCAAAGAAGAAACTTTCTAGAGCAGAACCTATTTCACAATATCATAGAGAGGAGCTTCTTAATTGTTTGGAA
ACAAGTATAGATGTCCTCGATGATGAATCAAAGGAATGTTTTTTGGACTTGGGAGCATTTCCCAAGGGTAGAAAGTTCAATGTGGATTCATTATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGGAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTCATAAATCTTACAAGCGATCCAGGGAG
TCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAAT
TTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTT
TCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACTCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGA
TTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATGACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGTCTGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTCAGCAACTAGAATTTCTTGATA
TTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAAAACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCTCTGCTATGCCTAAT
CTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATGCATGATACATCCTCTGGCCCTGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATCTGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACCTTAGAATTTGGGGGAATTATT
TACA
>TRINITY_DN120149_c2_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTTCGATTCCGACAACCGATGATGAAGATCTTGTTAAACAGGTTGAAGCAGTGTGTAAGGGTTTACCACTTGCCCTCAAGGTGATTGCAAGTTCTTTGCGCAATGAGCCCAAGCCAATTTGGGAAAATGCAAAGAAGAAACTTTCTAGAGCAGAACCTATTTCACAATATCATAGAGAGGAGCTTCTTAATTGTTTGGAA
ACAAGTATAGATGTCCTCGATGATGAATCAAAGGAATGTTTTTTGGACTTGGGAGCATTTCCCAAGGGTAGAAAGTTCAATGTGGATTCATTATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGGAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTCATAAATCTTACAAGCGATCCAGGgta
agttacttgtttaaatttgttacatttttataactctatctggaacttgtttaaatttgtttccttttataaatctatctgttcattgtatggttttcttatctgttcattgtatggttttcttcttgattgtatcttgacttaatttgatgtgcttgtgcatcatttgctagagcattaactctgcagaaggtaaaggg
catcaactgttcagaaggttgaggctcaacaagtacacaagcaattagtattgataagttaagataatcaagcaattaaaagtcaagggttttgagttcactatatttggttcataaaggttttgatgtgtcagGAGTCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGA
TTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGG
TGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTTTCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAG
TACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACTCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGATTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAA
TTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATGACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGTCTGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTCAGCAACTAGAATTTCTTGATATTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGA
TGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAAAACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCTCTGCTATGCCTAATCTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATGCA
TGATACATCCTCTGGCCCTGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATCTGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACCTTAGAATTTGGGGGAATTATTTACA
Intron 3 GTAAGTTACT ... GATGTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 37 | 47 | 27 |
| A2 | 32.95 | 58 | 30 | 27 |
| A3 | 17.79 | 67 | 11 | 18 |
| A4 | 30.26 | 53 | 19 | 27 |
| A5 | 28.4 | 29 | 22 | 1 |
| A6 | 17.83 | 53 | 5 | 18 |
| A7 | 44 | 7 | 6 | 5 |
| A8 | 50 | 4 | 2 | 6 |
| A9 | 26.98 | 23 | 6 | 11 |
| A10 | 25 | 6 | 2 | 2 |
>TRINITY_DN43851_c1_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGCAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTAATAAATCTTACAAGCGATCCAGGGAGTCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTA
GTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCA
AGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTTTCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAA
GTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACTCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGACTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATG
ACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGTCTGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTCAGCAACTAGAATTTCTTGATATTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTA
AAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAAAACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCTCTGCTATGCCTAATCTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATACATGATACATCCTCTGGCCCCGTTCGACACC
TTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATCTGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACCTTAGAATTTGGGGGAATTATTTACAGGTTTTAGGACTTTAGAATTTGGGGTTATTTGATTGATGGGTAGTTTATATAGTTTTTAAATAAGAGGTGACCAGAGAATTTGTATGT
GACGCTACAATATCGGTATATATTCCTGTATTTTGTCATGCATTATTGTAATCACTAATCAGTGTTTGAACTATGATATGTCTAAAAGAGTTGTTATAGAAAGCTGTGATTGTATTCTTACAGCTCAATCATATGAAACATTAATGGAGAAGAGTTGGTATATATTCTTATGTTTTGTTATACATTATTGTAATCAGTGA
TTTTGAACTATGATATGTCTAAAAAAGTTGTTATACAAAGCTGTGATTGAATTCTTACAGCT
>TRINITY_DN43851_c1_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGCAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTAATAAATCTTACAAGCGATCCAGGgtaagttacttgtttaaatttgttacatttttataactctatctggaacttgtttaaatttgtttccttttataaatctatctgttcattgtatg
gttttcttcttgattgtatattgacttaatttgatgtgcttgtgcatcatttgctagagcattaactctgcagaaggtaaagggcatcaactgttcagaaggttgaggctcaacaagtacacaagcaattagtattgataagttaagataatcaagcaattaaaagtcaagggttttgagttcactatatttggttcata
aaggttttgatgtgtcagGAGTCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAG
ATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATA
CTTCATGGGCTGCCAGGCCTTTCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACTCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAAT
TAATTTTGATCACTGTAGCGACTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATGACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGTCTGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTC
AGCAACTAGAATTTCTTGATATTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAAAACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATC
AAAGCCTCTGCTATGCCTAATCTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATACATGATACATCCTCTGGCCCCGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATCTGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACC
TTAGAATTTGGGGGAATTATTTACAGGTTTTAGGACTTTAGAATTTGGGGTTATTTGATTGATGGGTAGTTTATATAGTTTTTAAATAAGAGGTGACCAGAGAATTTGTATGTGACGCTACAATATCGGTATATATTCCTGTATTTTGTCATGCATTATTGTAATCACTAATCAGTGTTTGAACTATGATATGTCTAAAA
GAGTTGTTATAGAAAGCTGTGATTGTATTCTTACAGCTCAATCATATGAAACATTAATGGAGAAGAGTTGGTATATATTCTTATGTTTTGTTATACATTATTGTAATCAGTGATTTTGAACTATGATATGTCTAAAAAAGTTGTTATACAAAGCTGTGATTGAATTCTTACAGCT
Intron 4 GTAAGGAACT ... CATTTGCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 79.78 | 9 | 47 | 24 |
| A2 | 83.33 | 6 | 33 | 27 |
| A3 | 80 | 2 | 12 | 4 |
| A4 | 84.91 | 4 | 32 | 13 |
| A5 | 100 | 0 | 21 | 10 |
| A6 | 100 | 0 | 6 | 0 |
| A7 | 60 | 3 | 6 | 3 |
| A8 | 100 | 0 | 4 | 1 |
| A9 | 70.37 | 4 | 6 | 13 |
| A10 | 77.78 | 1 | 3 | 4 |
>TRINITY_DN43851_c1_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoformATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGCAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTAATAAATCTTACAAGCGATCCAGGAGCATTAACTCTGCAGAAGGTAAAGGGCATCAACTGTTCAGAAGGTTGAGGCTCAACAAGTACACAAGCAATTAGTATTGATAAGTTAAGATAAT
CAAGCAATTAAAAGTCAAGGGTTTTGAGTTCACTATATTTGGTTCATAAAGGTTTTGATGTGTCAGGAGTCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGG
ACGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCA
AAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTTTCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGAC
TCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGACTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATGACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGT
CTGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTCAGCAACTAGAATTTCTTGATATTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTA
AAACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCTCTGCTATGCCTAATCTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATACATGATACATCCTCTGGCCCCGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAAT
CTGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACCTTAGAATTTGGGGGAATTATTTACAGGTTTTAGGACTTTAGAATTTGGGGTTATTTGATTGATGGGTAGTTTATATAGTTTTTAAATAAGAGGTGACCAGAGAATTTGTATGTGACGCTACAATATCGGTATATATTCCTGTATTTTGTCAT
GCATTATTGTAATCACTAATCAGTGTTTGAACTATGATATGTCTAAAAGAGTTGTTATAGAAAGCTGTGATTGTATTCTTACAGCTCAATCATATGAAACATTAATGGAGAAGAGTTGGTATATATTCTTATGTTTTGTTATACATTATTGTAATCAGTGATTTTGAACTATGATATGTCTAAAAAAGTTGTTATACAAA
GCTGTGATTGAATTCTTACAGCT
>TRINITY_DN43851_c1_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGCAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAATTCGAAATCTCATAAATCTTACAAGCGATCCAGGgtaaggaacttgtttaaatttgctacctttttataactcttctataaggaacttgtttaaatttgttacctttctataactcttctatctgaaac
ttgtttaaatttattacctttttataaatctatctgttgattgtatggttttcttcttaattgtgccttgacttaatttgatgtgcttgtgcatcatttgctagAGCATTAACTCTGCAGAAGGTAAAGGGCATCAACTGTTCAGAAGGTTGAGGCTCAACAAGTACACAAGCAATTAGTATTGATAAGTTAAGATAATC
AAGCAATTAAAAGTCAAGGGTTTTGAGTTCACTATATTTGGTTCATAAAGGTTTTGATGTGTCAGGAGTCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGA
CGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAA
AGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTTTCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACT
CTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGACTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATGACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGTC
TGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTCAGCAACTAGAATTTCTTGATATTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAA
AACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCTCTGCTATGCCTAATCTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATACATGATACATCCTCTGGCCCCGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATC
TGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACCTTAGAATTTGGGGGAATTATTTACAGGTTTTAGGACTTTAGAATTTGGGGTTATTTGATTGATGGGTAGTTTATATAGTTTTTAAATAAGAGGTGACCAGAGAATTTGTATGTGACGCTACAATATCGGTATATATTCCTGTATTTTGTCATG
CATTATTGTAATCACTAATCAGTGTTTGAACTATGATATGTCTAAAAGAGTTGTTATAGAAAGCTGTGATTGTATTCTTACAGCTCAATCATATGAAACATTAATGGAGAAGAGTTGGTATATATTCTTATGTTTTGTTATACATTATTGTAATCAGTGATTTTGAACTATGATATGTCTAAAAAAGTTGTTATACAAAG
CTGTGATTGAATTCTTACAGCT
Intron 5 GTAAGGAACT ... GATGTATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 44.9 | 81 | 84 | 48 |
| A2 | 37.38 | 98 | 64 | 53 |
| A3 | 29.66 | 83 | 34 | 36 |
| A4 | 35.56 | 87 | 57 | 39 |
| A5 | 37.8 | 51 | 45 | 17 |
| A6 | 21.35 | 70 | 24 | 14 |
| A7 | 44.68 | 13 | 7 | 14 |
| A8 | 40 | 6 | 6 | 2 |
| A9 | 29.79 | 33 | 17 | 11 |
| A10 | 39.39 | 10 | 6 | 7 |
>TRINITY_DN120149_c2_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoformCTTCGATTCCGACAACCGATGATGAAGATCTTGTTAAACAGGTTGAAGCAGTGTGTAAGGGTTTACCACTTGCCCTCAAGGTGATTGCAAGTTCTTTGCGCAATGAGCCCAAGCCAATTTGGGAAAATGCAAAGAAGAAACTTTCTAGAGCAGAACCTATTTCACAATATCATAGAGAGGAGCTTCTTAATTGTTTGGAA
ACAAGTATAGATGTCCTCGATGATGAATCAAAGGAATGTTTTTTGGACTTGGGAGCATTTCCCAAGGGTAGAAAGTTCAATGTGGATTCATTATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGGAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTCATAAATCTTACAAGCGATCCAGGGAG
TTTGGCAATCTCATTTGGATGTGCTTGTGAGCTTTCTTTTTCTCAGCATGATGTAATGCGAGATTTAGCCTTGCATCTGGCAAGCCAGGCAAGCCAGGATAGTGCCATTCCTGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAATTTG
TTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGTTTTGGCCTTATTCTTTTCTGCAAATCAATACTGTCTTCCAACATTTTTACAGACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTCATAATGTACAATCACAGTTCAAAGCGTGCAATACTTCATGGGCTGCCACGCCTTTCT
TCAGCTACCCAGCTTAAGTCTGCACTACTTGAGAAGTTGATTGTGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAGATCCTGGTTGAACTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGAGTCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTATTGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGATTT
GGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCA
>TRINITY_DN120149_c2_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTTCGATTCCGACAACCGATGATGAAGATCTTGTTAAACAGGTTGAAGCAGTGTGTAAGGGTTTACCACTTGCCCTCAAGGTGATTGCAAGTTCTTTGCGCAATGAGCCCAAGCCAATTTGGGAAAATGCAAAGAAGAAACTTTCTAGAGCAGAACCTATTTCACAATATCATAGAGAGGAGCTTCTTAATTGTTTGGAA
ACAAGTATAGATGTCCTCGATGATGAATCAAAGGAATGTTTTTTGGACTTGGGAGCATTTCCCAAGGGTAGAAAGTTCAATGTGGATTCATTATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGGAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTCATAAATCTTACAAGCGATCCAGGgta
aggaacttgtttaaatttgctacctttttataactcttctataaggaacttgtttaaatttgttacctttctataactcttctatctgaaacttgtttaaatttattacctttttataaatctatctgttgattgtatggttttcttcttaattgtgccttgacttaatttgatgtgcttgtggcatcccttgataaagc
atcaactctgcagaagggggctcagcaagtacacgagcaatttaagggtttatattatttatatgatttctaagagatttagaaatgagaaaggtattgataagttaagataaatcaagccattacaggtcaaggattttcgttcataaaagttatgatgtatcaggagtttggcaatctcatttggatgtgcttgtgag
ctttctttttcggctcaacaagtacacgagcaatttaagggtttatatttgtatgatttctaagagatttagaaatgagaaaggtattgataagttatgataaatcaagccattaccggtcaaggattttggttcctaaaagttttgatgtatcagGAGTTTGGCAATCTCATTTGGATGTGCTTGTGAGCTTTCTTTTT
CTCAGCATGATGTAATGCGAGATTTAGCCTTGCATCTGGCAAGCCAGGCAAGCCAGGATAGTGCCATTCCTGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGT
CAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGTTTTGGCCTTATTCTTTTCTGCAAATCAATACTGTCTTCCAACATTTTTACAGACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTCATAATGTACAATCACAGTTCAAAGCGTGCAATACTTCATGGGCTGCCACGCCTTTCTTCAGCTACCCAGCTTAAGTCTGCACTACTTGAGAAGTTGAT
TGTGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAGATCCTGGTTGAACTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGAGTCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTATTGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGATTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGG
AGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCATCTTATCCAAAAGTTACCGGAGGACTTGGGGAGGTTGAGGTCACTTAGGTTGCTGAGATTGTCTGCGTGTCCAAGCTTGTCAATGCTACCTCCTTCCATTTGCAGACTTCAGCAACTAGAATTTCTTGATATTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGT
CAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAAAACGTGTAATCTGTGATGAGCACACTAAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCTCCGCTATGCCTAATATCACAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCT
AGATGATTGAAAAGATGCATGATACATCCTCTGGCCCTGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATCTGAATATAAGTGAGGGATTGCTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACCTTAGAATTTGGGGGAATTATTTACAGGTTTTAGGACTTTAGAATTTGGG
GTTATTTGACTGATGGGTAGTTTATATAGTTTTTAAATAAGAGGTGACCAGAGAATTTTTGTGTGACGGTACAATATTGGTATATATACTTATATTTTGTTATGCATTATTGTAATCAGTGATTTTGAACTATGATATGTCTAAAAAAGTTGTTATACAAAGCTGTGATTGAATTCTTACAGCTTAATCATATGAAATTT
GTGATATGTCTAAAAGAGTTATAATAGAAAGCTGTGATTGAATTTTCACAGCCCAATCATATGAAACATTAATGGAGAAGAGTTGGTGTATATTCTTGAATTTTGTTATACATTATTGTAATCAGTGATTTCGAACTATGATATGAATCATGATATTTTAATTAGTGATTTTGAACTATGATATTTCTGAAAGAGTTATT
ATAGAAAACTGTGATTGAATTCTTACAGCCCAATCATATGAAACATT
Intron 6 GTAAGTTACT ... GATGTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.5 | 74 | 78 | 27 |
| A2 | 33.33 | 92 | 65 | 27 |
| A3 | 22.08 | 90 | 33 | 18 |
| A4 | 31.22 | 76 | 42 | 27 |
| A5 | 31.13 | 52 | 46 | 1 |
| A6 | 21.98 | 71 | 22 | 18 |
| A7 | 37.5 | 10 | 7 | 5 |
| A8 | 45.45 | 6 | 4 | 6 |
| A9 | 29.79 | 33 | 17 | 11 |
| A10 | 28 | 9 | 5 | 2 |
>TRINITY_DN120149_c2_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformCTTCGATTCCGACAACCGATGATGAAGATCTTGTTAAACAGGTTGAAGCAGTGTGTAAGGGTTTACCACTTGCCCTCAAGGTGATTGCAAGTTCTTTGCGCAATGAGCCCAAGCCAATTTGGGAAAATGCAAAGAAGAAACTTTCTAGAGCAGAACCTATTTCACAATATCATAGAGAGGAGCTTCTTAATTGTTTGGAA
ACAAGTATAGATGTCCTCGATGATGAATCAAAGGAATGTTTTTTGGACTTGGGAGCATTTCCCAAGGGTAGAAAGTTCAATGTGGATTCATTATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGGAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTCATAAATCTTACAAGCGATCCAGGGAG
TCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAAT
TTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTT
TCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACTCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGA
TTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATGACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGTCTGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTCAGCAACTAGAATTTCTTGATA
TTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAAAACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCTCTGCTATGCCTAAT
CTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATGCATGATACATCCTCTGGCCCTGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATCTGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACCTTAGAATTTGGGGGAATTATT
TACA
>TRINITY_DN120149_c2_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTTCGATTCCGACAACCGATGATGAAGATCTTGTTAAACAGGTTGAAGCAGTGTGTAAGGGTTTACCACTTGCCCTCAAGGTGATTGCAAGTTCTTTGCGCAATGAGCCCAAGCCAATTTGGGAAAATGCAAAGAAGAAACTTTCTAGAGCAGAACCTATTTCACAATATCATAGAGAGGAGCTTCTTAATTGTTTGGAA
ACAAGTATAGATGTCCTCGATGATGAATCAAAGGAATGTTTTTTGGACTTGGGAGCATTTCCCAAGGGTAGAAAGTTCAATGTGGATTCATTATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGGAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTCATAAATCTTACAAGCGATCCAGGgta
agttacttgtttaaatttgttacatttttataactctatctggaacttgtttaaaattgtttcctttttataaatctatctgttcattgtatggttttcttatctgttcattgtatggttttcttcttgattgtatcttgacttaatttgatgtgcttgtgcatcatttgctagagcattaactctgcagaaggtaaagg
gcatcaactgttcagaaggttgaggctcaacaagtacacaagcaattagtattgataagttaagataatcaagcaattaaaagtcaagggttttgagttcactatatttggttcataaaggttttgatgtgtcagGAGTCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAG
ATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAG
GTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTTTCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGA
GTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACTCTATTTGATAAGCCAACAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGATTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTA
ATTGCCA
Intron 7 GTAAGGAACT ... GATGTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 37 | 47 | 27 |
| A2 | 34.09 | 58 | 33 | 27 |
| A3 | 18.29 | 67 | 12 | 18 |
| A4 | 35.76 | 53 | 32 | 27 |
| A5 | 27.5 | 29 | 21 | 1 |
| A6 | 18.46 | 53 | 6 | 18 |
| A7 | 44 | 7 | 6 | 5 |
| A8 | 55.56 | 4 | 4 | 6 |
| A9 | 26.98 | 23 | 6 | 11 |
| A10 | 29.41 | 6 | 3 | 2 |
>TRINITY_DN43851_c1_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGCAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTAATAAATCTTACAAGCGATCCAGGGAGTCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTA
GTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCA
AGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTTTCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAA
GTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACTCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGACTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATG
ACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGTCTGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTCAGCAACTAGAATTTCTTGATATTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTA
AAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAAAACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCTCTGCTATGCCTAATCTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATACATGATACATCCTCTGGCCCCGTTCGACACC
TTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATCTGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACCTTAGAATTTGGGGGAATTATTTACAGGTTTTAGGACTTTAGAATTTGGGGTTATTTGATTGATGGGTAGTTTATATAGTTTTTAAATAAGAGGTGACCAGAGAATTTGTATGT
GACGCTACAATATCGGTATATATTCCTGTATTTTGTCATGCATTATTGTAATCACTAATCAGTGTTTGAACTATGATATGTCTAAAAGAGTTGTTATAGAAAGCTGTGATTGTATTCTTACAGCTCAATCATATGAAACATTAATGGAGAAGAGTTGGTATATATTCTTATGTTTTGTTATACATTATTGTAATCAGTGA
TTTTGAACTATGATATGTCTAAAAAAGTTGTTATACAAAGCTGTGATTGAATTCTTACAGCT
>TRINITY_DN43851_c1_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGCAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAATTCGAAATCTCATAAATCTTACAAGCGATCCAGGgtaaggaacttgtttaaatttgctacctttttataactcttctataaggaacttgtttaaatttgttacctttctataactcttctatctgaaac
ttgtttaaatttattacctttttataaatctatctgttgattgtatggttttcttcttaattgtgccttgacttaatttgatgtgcttgtgcatcatttgctagagcattaactctgcagaaggtaaagggcatcaactgttcagaaggttgaggctcaacaagtacacaagcaattagtattgataagttaagataatc
aagcaattaaaagtcaagggttttgagttcactatatttggttcataaaggttttgatgtgtcagGAGTCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGA
CGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAA
AGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTTTCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACT
CTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGACTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATGACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGTC
TGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTCAGCAACTAGAATTTCTTGATATTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAA
AACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCTCTGCTATGCCTAATCTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATACATGATACATCCTCTGGCCCCGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATC
TGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACCTTAGAATTTGGGGGAATTATTTACAGGTTTTAGGACTTTAGAATTTGGGGTTATTTGATTGATGGGTAGTTTATATAGTTTTTAAATAAGAGGTGACCAGAGAATTTGTATGTGACGCTACAATATCGGTATATATTCCTGTATTTTGTCATG
CATTATTGTAATCACTAATCAGTGTTTGAACTATGATATGTCTAAAAGAGTTGTTATAGAAAGCTGTGATTGTATTCTTACAGCTCAATCATATGAAACATTAATGGAGAAGAGTTGGTATATATTCTTATGTTTTGTTATACATTATTGTAATCAGTGATTTTGAACTATGATATGTCTAAAAAAGTTGTTATACAAAG
CTGTGATTGAATTCTTACAGCT
Intron 8 GTAAGTTACT ... CATTTGCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 83.93 | 9 | 47 | 11 |
| A2 | 83.33 | 6 | 30 | 12 |
| A3 | 84.62 | 2 | 11 | 4 |
| A4 | 82.61 | 4 | 19 | 5 |
| A5 | 100 | 0 | 22 | 2 |
| A6 | 100 | 0 | 5 | 0 |
| A7 | 66.67 | 3 | 6 | 0 |
| A8 | 100 | 0 | 2 | 1 |
| A9 | 60 | 4 | 6 | 5 |
| A10 | 66.67 | 1 | 2 | 4 |
>TRINITY_DN43851_c1_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoformATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGCAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTAATAAATCTTACAAGCGATCCAGGAGCATTAACTCTGCAGAAGGTAAAGGGCATCAACTGTTCAGAAGGTTGAGGCTCAACAAGTACACAAGCAATTAGTATTGATAAGTTAAGATAAT
CAAGCAATTAAAAGTCAAGGGTTTTGAGTTCACTATATTTGGTTCATAAAGGTTTTGATGTGTCAGGAGTCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGG
ACGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCA
AAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTTTCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGAC
TCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGACTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATGACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGT
CTGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTCAGCAACTAGAATTTCTTGATATTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTA
AAACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCTCTGCTATGCCTAATCTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATACATGATACATCCTCTGGCCCCGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAAT
CTGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACCTTAGAATTTGGGGGAATTATTTACAGGTTTTAGGACTTTAGAATTTGGGGTTATTTGATTGATGGGTAGTTTATATAGTTTTTAAATAAGAGGTGACCAGAGAATTTGTATGTGACGCTACAATATCGGTATATATTCCTGTATTTTGTCAT
GCATTATTGTAATCACTAATCAGTGTTTGAACTATGATATGTCTAAAAGAGTTGTTATAGAAAGCTGTGATTGTATTCTTACAGCTCAATCATATGAAACATTAATGGAGAAGAGTTGGTATATATTCTTATGTTTTGTTATACATTATTGTAATCAGTGATTTTGAACTATGATATGTCTAAAAAAGTTGTTATACAAA
GCTGTGATTGAATTCTTACAGCT
>TRINITY_DN43851_c1_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGCAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTAATAAATCTTACAAGCGATCCAGGgtaagttacttgtttaaatttgttacatttttataactctatctggaacttgtttaaatttgtttccttttataaatctatctgttcattgtatg
gttttcttcttgattgtatattgacttaatttgatgtgcttgtgcatcatttgctagAGCATTAACTCTGCAGAAGGTAAAGGGCATCAACTGTTCAGAAGGTTGAGGCTCAACAAGTACACAAGCAATTAGTATTGATAAGTTAAGATAATCAAGCAATTAAAAGTCAAGGGTTTTGAGTTCACTATATTTGGTTCATA
AAGGTTTTGATGTGTCAGGAGTCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAG
ATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATA
CTTCATGGGCTGCCAGGCCTTTCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACTCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAAT
TAATTTTGATCACTGTAGCGACTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATGACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGTCTGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTC
AGCAACTAGAATTTCTTGATATTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAAAACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATC
AAAGCCTCTGCTATGCCTAATCTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATACATGATACATCCTCTGGCCCCGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATCTGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACC
TTAGAATTTGGGGGAATTATTTACAGGTTTTAGGACTTTAGAATTTGGGGTTATTTGATTGATGGGTAGTTTATATAGTTTTTAAATAAGAGGTGACCAGAGAATTTGTATGTGACGCTACAATATCGGTATATATTCCTGTATTTTGTCATGCATTATTGTAATCACTAATCAGTGTTTGAACTATGATATGTCTAAAA
GAGTTGTTATAGAAAGCTGTGATTGTATTCTTACAGCTCAATCATATGAAACATTAATGGAGAAGAGTTGGTATATATTCTTATGTTTTGTTATACATTATTGTAATCAGTGATTTTGAACTATGATATGTCTAAAAAAGTTGTTATACAAAGCTGTGATTGAATTCTTACAGCT
Intron 9 GTAACTCCTG ... GAATGTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.28 | 111 | 39 | 21 |
| A2 | 18.73 | 115 | 30 | 23 |
| A3 | 22.36 | 92 | 27 | 26 |
| A4 | 13.58 | 70 | 17 | 5 |
| A5 | 12.61 | 52 | 13 | 2 |
| A6 | 15.04 | 96 | 19 | 15 |
| A7 | 15.25 | 25 | 6 | 3 |
| A8 | 15.53 | 32.7 | 7 | 5 |
| A9 | 20.59 | 54 | 16 | 12 |
| A10 | 19.15 | 19 | 6 | 3 |
>TRINITY_DN120149_c2_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformCTTCGATTCCGACAACCGATGATGAAGATCTTGTTAAACAGGTTGAAGCAGTGTGTAAGGGTTTACCACTTGCCCTCAAGGTGATTGCAAGTTCTTTGCGCAATGAGCCCAAGCCAATTTGGGAAAATGCAAAGAAGAAACTTTCTAGAGCAGAACCTATTTCACAATATCATAGAGAGGAGCTTCTTAATTGTTTGGAA
ACAAGTATAGATGTCCTCGATGATGAATCAAAGGAATGTTTTTTGGACTTGGGAGCATTTCCCAAGGGTAGAAAGTTCAATGTGGATTCATTATTGGATATTTGGGTATACGTCCGTGGAATGGAATGGGAAGAAGCTTTTGTGATCTTGTTAGAACTTGCAAGTCGAAATCTCATAAATCTTACAAGCGATCCAGGGAG
TCTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAAT
TTGTTTCAATTCATACAGGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGCTTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTT
TCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTAAATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACTCTATTTGATAAGGCAGCAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGA
TTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCACCTTATCCAAAAGTTACCGGATGACTTGGGGAGGTTGAGATCACTTAGGTTGCTGAGATTGTCTGCGTGTCCAAGTTTGTCAATGCTTCCTCCGTCCATTTGCAGACTTCAGCAACTAGAATTTCTTGATA
TTTCACTGTGCAGGTCTTTGAAGGACATTCCCATGGAATTTGGTCAGCTATCAAAGTTAAAGATGTTGGACATGAGGGAGTGCTCTGGACTAAAGGTGCTGCCTAAAGCATTTGCCAAACTAAGGTCTTTAAAACGTGTAATCTGTGATGACCACACTGAACAACAATGGTTGGCTATCAAAGCCTCTGCTATGCCTAAT
CTCATAGTGGATGTGGTCGAAGAACGCTTTAGTTTGGACTGGCTAGATGATTGAAAAGATGCATGATACATCCTCTGGCCCTGTTCGACACCTTCAATCCAGTACCCCTATGTTGATGAATTATGTACAATCTGAACTTCTAAGATTGTAATTATTTATATGTATTAGGAGTTAGGACCTTAGAATTTGGGGGAATTATT
TACA
>TRINITY_DN120149_c2_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTGGCAATCTCATTTGGATGTTCTTGTGAGCTTTCTTTTTCGCAACATGATGTAATGCGAGATTTAGCTTTGCGTCTGGCAAGTCAAGGTAGTGCCATTCATGGTAAGAGGCTTTTCATGCCTCACAAGGACGATAGTATTCCCACAAACTGGCTAAAACTCAAAGATCAGACATCCAGGGCTCAATTTGTTTCAATTCA
TACAGgtaactcctgaaacttgttttctttctttcacggcttaaacgtagaatattagttcaatccactaattttccaattttaatagtgttttgaaagcatttttatgagcgtagcatactgacttttacatttctggaatgtatagGTCCAATGGAAGAGCAAGATTGGTGTCAAATAGATTTTCCGGAGGTGGAAGC
TTTGACCTTATTCTTTTCTGCAAGTCAATACTCTCTTCCAACATTTTTACATACCATGCCAAAGCTTAAGGTTCTTATCATATACAATCACAGTTCAAAGCGCGCAATACTTCATGGGCTGCCAGGCCTTTCTTCAGTGACCCAGCTTAAGTCTGTACAACTTGAGAAGTTGATTATGCCTCCTCTTTACGAGTACTGTA
AATCCTGGGAGAGCTTTGAAAAGTTGTCTATATGTCTATGTGAGGGCTTGGGAAATATGACTCTATTTGATAAGCCAACAATTGTAAAGTGGCCGAAATTTGTAGAAATTAATTTTGATCACTGTAGCGATTTGGAGGAATTGCCAGGAAGCATATGCAGTTTAACTTCCCTGGAGAGGTGCTCTGTCACTAATTGCCA