sp|O65271|FOLD4_ARATH ----> Bifunctional protein FolD 4, chloroplastic

Intron 1 GTAAATATTC ... TCTGGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.81	23.8	40	61
A2	61	19.8	33.7	27
A3	61.34	24.6	41	33.6
A4	61.52	21.2	43.2	23
A5	54.67	25	36	22
A6	66.44	189.8	379.4	354.1
A7	65.86	163.8	342	274
A8	66.51	238.4	498.2	428.6
A9	69.13	150	344.1	309.6
A10	65.59	93.4	187.4	157.6

>TRINITY_DN124742_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GCAGAGGCACAATGCGACTGTTACTGTTGTGCATTCTTACACGAAAAATGCTGAAGATATCACTCGGGAAGCAGATATTGTTATTTCTGCTGTAGGTGTGGCAAATTTGGTTCGTGGTGACTGGTTGAAGCCTGGTGCCGTTGTAATCGATGTTGGCATAAATCCAGTCGAGGATCCCAGTAGTAAAAGAGGTTACCGAT
TAGTTGGTGATGTTTGCTATGAAGAGGCTTCAAGAATAGTCTCGGCAATTACTCCTGTGCCTGGTGGCGTTGGTCCAATGACCATTGCAATGCTTCTATCCAATACTCTAGAGTCAGCCAAACGAGCATATGGTCTCACTTAAAAGATTTGGGCTTTTGATCTAGCCCTGTAATAAGGGAGTTTGGATTTCATTTTTCCC
AAAATTATCTCACCAATCAAGAATGATGTAGAGAGAGCTACAGTTCAATAAAATTACAGGACACTTGCAATATGTTTCTTTCATCCCTTGTATCAAGTGGAAGAAGTTCAAAGCACTTTTCTTTCCTTGCTCTTTTGCATGCGTGCTCGTGGGGTTTTCACAAGTTTCTTATGGTGTAGATATGATTCACTCGTAAATAT
ATTTTTCTTAGTGGAGATATCAGGCAGATAATGTTTAAGATGCCTGCTTGAGAGTCTGCATTTGACTCGAATGTGAAGAAAACGGTTTCGTTGCAATTTATAAATTTTTTGAGTGTTGACTACTAAGAAAAAGTATTAGCCTATTATAGTTCGTCAATGTTATGGTGGCAAATTCCATCCGAAAATGGGGGGCCCTTGCA
ACATTTTCTGGGAGCAGCAGCTCTCATTGAGTGGCTCCCTCTGCTTCTCCACCATGTGACTCTGTTTTAATCAGAAACTGCCATGGATGGCTGGGGTGGAGCTCTTATGAGGGTTTTAACAACAGTCGAACTATTGGCCATCACGGTAGCATCCAGTGACATCCCTTCCATTGCTGTTCTCCACAGATTGGATCACATTC
AACCATAAACCTAATATTTGAAAATCATTTAGTGATATTTCTAATTGGGATTATTCCCTCCTGAAAGACAAAATCCATGCACTCGTCCC

>TRINITY_DN124742_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TAGCCGTGGAGCCCATAGCAGCGGTTATTGATGGGAAAGCAATTGCACAGGAAATAAGAAGTGAAATTGCAGGTGAAGTGTCCAGGATGAGGGATGCCGTGGGCAAGGTTCCTGGTTTAGCTGTGGTGCTTGTTGGAGCCAGAAAGGATTCCGAGACTTATGTTCGCAGCAAGAAGAAAGCTTGTGAAGAAGTTGGTATT
AAGTCCCTTGGGATTGACTTGCCTGAAGATTCTAGTGAAGATGAAGTTTTAAAGGCTGTTATGATGTTTAACGTTGATCCCTCTGTCCATGGTGTTCTTGTACAACTTCCTCTTCCACAGCATATCTGTGAGGAAAAGATTTTAAATGCTGTTAGCATAGAGAAGGATGTTGATGGCTTCCATCCTTTGAACATAGGGCG
ACTTGCCATGCAAGGGAGAGAACCTTTATTTGTCCCTTGTACACCAAAAGGATGCATAGAGTTGCTAATTCGATCCGGGATAGATATGATGGGAAAAAAGGCTGTAGTGATAGGCCGTAGCAATATTGTTGGAACACCTGCTGCTATGCTTTTGCAGAGGCACAATGCGACTGTTACTGTTGTGCATTCTTACACGAAAA
ATGCTGAAGATATCACTCGGGAAGCAGATATTGTTATTTCTGCTGTAGGTGTGGCAAATTTGGTTCGTGGTGACTGGTTGAAGCCTGGTGCCGTTGTAATCGATGTTGGCATAAATCCAGTCGAGGATCCCAGTAGTAAAAGAGGTTACCGATTAGTTGGTGATGTTTGCTATGAAGAGGCTTCAAGAATAGTCTCGGCA
ATTACTCCTGTGCCTGGTGGCGTTGGTCCAATGACCATTGCAATGCTTCTATCCAATACTCTAGAGTCAGCCAAACGAGCATATGGTCTCACTTAAAAGATTTGGGCTTTTGATCTAGCCCTGTAATAAGGGAGTTTGGATTTCATTTTTCCCAAAATTATCTCACCAATCAAGAATGATGTAGAGAGAGCTACAGTTCA
ATAAAATTACAGgtaaatattcggcggagatattttttgcagcttgaggtcaacttctgtatgaaagcacttcagcttaatgtttcatatgtctggagcagGACACTTGCAATATGTTTCTTTCATCCCTTGTATCAAGTGGAAGAAGTTCAAAGCACTTTTCTTTCCTTGCTCTTTTGCATGCGTGCTCGTGGGGTTTT
CACAAGTTTCTTATGGTGTAGATATGATTCACTCGTAAATATATTTTTCTTAGTGGAGATATCAGGCAGATAATGTTTAAGATGCCTGCTTGAGAGTCTGCATTTGACTCGAATGTGAAGAAAACGGTTTCGTTGCAATTTATAAATTTTTTGAGTGTTGACTACTAAAA

Intron 2 GTAAGTTCTT ... GGTTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.67	110	22	6.3
A2	18.35	97.9	22	6.3
A3	17.27	100.6	21	10
A4	19.51	78.4	19	9
A5	14.78	56	9.7	2.6
A6	15.8	351.9	66	27.7
A7	17.05	392.7	80.7	28
A8	16.38	280.9	55	19.3
A9	12.74	376.6	55	28.6
A10	9.43	326.7	34	19.7

>TRINITY_DN116263_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoform

ACAAGACCAAATGTATAACAGGATGATACGGGAGTATGAACCACATCCGCCATTAAGGGAAAATGATTCTCCAGCCTACAATGATAGGCACTGATAATTTTAAATTGAAATACAATATCAGAACCAATGGATTAAGATTCCAATTCGGAAAGCATGCCAACTAGAAAGCATAAAGCAGCAAACATTCTGCAAGGCTTTAG
GGTTATTATTTGAATGCAATCCACACTCTGGAGGGCAGCAATGGAAGGGCTGTCGTGGAATGCTGCTGCCGTGGCAACTGGTTCGATTCCTGTGAAATCCCTCGTACGAGCGCAACCCCAGTTGTCCATGGCGGTTTCTGGTTATAGCGCGGTCACATGGTGGAGCAGCAGAGGAAGCCACTCAATGAGAGCTGCCATTG
CTGCCGAGAAAATGCCACGGGCACCCATTCTGGGTTGGAATTTGCCCGAAGTTTGGAGGCCTCGGTCCAATCTGCCGCCATGCCCAGCTCTCTCGGAGAGAAAGTTAGCCGTGGAGCCCATAGCAGCGGTTATTGATGGGAAAGCAATTGCACAGGAAATAAGAAGTGAAATTGCAGGTGAAGTGTCCAGGATGAGGGAT
GCCGTGGGCAAGGTTCCTGGTTTAGCTGTGGTGCTTGTTGGAGCCAGAAAGGATTCCGAGACTTATGTTCGCAGCAAGAAGAAAGCTTGTGAAGAAGTTGGTATTAAGTCCCTTGGGATTGACTTGCCTGAAGATTCTAGTGAAGATGAAGTTTTAAAGGCTGTTATGATGTTTAACGTTGATCCCTCTGTCCATGGTGT
TCTTGTACAACTTCCTCTTCCACAGGGCGGCTTGCCATGCAAGGGAGAGAACCTTTATTTGTCCCTTGTACACCAAAAGGATGCATAGAGTTGCTAATTCGATCCGGGATAGATATGATGGGAAAAAAGGCTGTAGTGATAGGCCGTAGCAATATTGTTGGAACACCTGCTGCTATGCTTTTGCAGAGGCACAATGCGAC
TGTTACTGTTGTGCATTCTTACACGAAAAATGCTGAAGATATCACTCGGGAAGCAGATATTGTTATTTCTGCTGTAGGTGTGGCAAATTTGGTTCGTGGTGACTGGTTGAAGCCTGGTGCCGTTGTAATCGATGTTGGCATAAATCCAGTCGAGGATCCCAGTAGTAAAAGAGGTTACCGATTAGTTGGTGATGTTTGCT
ATGAAGAGGCTTCAAGAATAGTCTCGGCAATTACTCCTGTGCCTGGTGGCGTTGGTCCAATGACCATTGCAATGCTTCTATCCAATACTCTAGAGTCAGCCAAACGAGCATATGGTCTCACTTAAAAGATTTGGGCTTTTGATCTAGCCCTGTAATAAGGGAGTTTGGATTTCATTTTTCCCAAAATTATCTCACCAATC
AAGAATGATGTAGAGAGAGCTACAGTTCAATAAAATTACAGGTAAATATTCGGCGGAGATATTTTTTGCAGCTTGAGGTCAACTTCTGTATGAAAGCACTTCAGCTTAATGTTTCATATGTCTGGAGCAGGACACTTGCAATATGTTTCTTTCATCCCTTGTATCAAGTGGAAGAAGTTCAAAGCACTTTTCTTTCCTTG
CTCTTTTGCATGCGTGCTCGTGGGGTTTTCACAAGTTTCTTATGGTGTAGATATGATTCACTCGTAAATATATTTTTCTTAGTGGAGATATCAGGCAGATAATGTTTAAGATGCCTGCTTGAGAGTCTGCATTTGACTCGAATGTGAAGAAAACGGTTTCGTTGCAATTTATAAATTTTTTGAGTGTTGACTACTAAGAA
AAAGTATTAGCCTATTATAGTTCGTCAATGTTATGGTGGCAAATTCCATCCGAAAATGGGGGGCCCTTGCAACATTTTCTGGGAGCAGCAGCTCTCATTGAGTGGCTCCCTCTGCTTCTGCACCATGTGACTCTGTTTTAATCAGAAACTGCCATGGATGGCTGGGGTGGAGCTCTTATGAGGGTTTTAACAACAGTCGA
ACTATTGGCCATCACGGTAGCATCCAGTGACATCCCTTCCATTGCTGTTCTCCACAGATTGGATCGCATTCAACCATAAACCTAATATTTGAAAATCATTTAGTGATATTTCTAATTGGGATTATTCCCTCCTGAAAGACAAAATCCATGCACTCGTTCCAATCTTGTACGAAGTCTAGGAAACTTTGGTGAAGGGTTTG
CCGAATTTTGTAATATAGAGTGAATGGTTAGTGCCCTTTAATTAGGAGGCATTAACAAGGAATAATTTTAATATCTTATTGTGCACAGGACCGTTTAATTACCAAGAGAGTAATCCTGGTATGGACAAGCAGAATATGGATAAACATTTACTTCTATC

>TRINITY_DN116263_c0_g1_i10 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ACAAGACCAAATGTATAACAGGATGATACGGGAGTATGAACCACATCCGCCATTAAGGGAAAATGATTCTCCAGCCTACAATGATAGGCACTGATAATTTTAAATTGAAATACAATATCAGAACCAATGGATTAAGATTCCAATTCGGAAAGCATGCCAACTAGAAAGCATAAAGCAGCAAACATTCTGCAAGGCTTTAG
GGTTATTATTTGAATGCAATCCACACTCTGGAGGGCAGCAATGGAAGGGCTGTCGTGGAATGCTGCTGCCGTGGCAACTGGTTCGATTCCTGTGAAATCCCTCGTACGAGCGCAACCCCAGTTGTCCATGGCGGTTTCTGGTTATAGCGCGGTCACATGGTGGAGCAGCAGAGGAAGCCACTCAATGAGAGCTGCCATTG
CTGCCGAGAAAATGCCACGGGCACCCATTCTGGGTTGGAATTTGCCCGAAGTTTGGAGGCCTCGGTCCAATCTGCCGCCATGCCCAGCTCTCTCGGAGAGAAAGTTAGCCGTGGAGCCCATAGCAGCGGTTATTGATGGGAAAGCAATTGCACAGGAAATAAGAAGTGAAATTGCAGGTGAAGTGTCCAGGATGAGGGAT
GCCGTGGGCAAGGTTCCTGGTTTAGCTGTGGTGCTTGTTGGAGCCAGAAAGGATTCCGAGACTTATGTTCGCAGCAAGAAGAAAGCTTGTGAAGAAGTTGGTATTAAGTCCCTTGGGATTGACTTGCCTGAAGATTCTAGTGAAGATGAAGTTTTAAAGGCTGTTATGATGTTTAACGTTGATCCCTCTGTCCATGGTGT
TCTTGTACAACTTCCTCTTCCACAGCATATCTGTGAGGAAAAGATTTTAAATGCTGTTAGCATAGAGAAGGATGTTGATGGCTTCCATCCTTTGAACATAGGGCGGCTTGCCATGCAAGGGAGAGAACCTTTATTTGTCCCTTGTACACCAAAAGGATGCATAGAGTTGCTAATTCGATCCGGGATAGATATGATGGGAA
AAAAGGCTGTAGTGATAGGCCGTAGCAATATTGTTGGAACACCTGCTGCTATGCTTTTGCAGgtaagttctttttgtgaatgtaacctatcattgttttatcagaagaactgtttcttacaacagaaataaatgttttttgtttgattcacacatggctaccgtggctaactgtggctatgagtcttctctttgtatgaa
tgtccacttttagatatcttattctaaatgtttttggtttggcagAGGCACAATGCGACTGTTACTGTTGTGCATTCTTACACGAAAAATGCTGAAGATATCACTCGGGAAGCAGATATTGTTATTTCTGCTGTAGGTGTGGCAAATTTGGTTCGTGGTGACTGGTTGAAGCCTGGTGCCGTTGTAATCGATGTTGGCAT
AAATCCAGTCGAGGATCCCAGTAGTAAAAGAGGTTACCGATTAGTTGGTGATGTTTGCTATGAAGAGGCTTCAAGAATAGTCTCGGCAATTACTCCTGTGCCTGGTGGCGTTGGTCCAATGACCATTGCAATGCTTCTATCCAATACTCTAGAGTCAGCCAAACGAGCATATGGTCTCACTTAAAAGATTTGGGCTTTTG
ATCTAGCCCTGTAATAAGGGAGTTTGGATTTCATTTTTCCCAAAATTATCTCACCAATCAAGAATGATGTAGAGAGAGCTACAGTTCAATAAAATTACAGGTAAATATTCGGCGGAGATATTTTTTGCAGCTTGAGGTGAACTTCTCTATGAAAGCACTTCAGCTTAATGTTTCATATGTCTGGAGCAGGACACTTGCAA
TATGTTTCTTTCATCCCTTGTATCAAGTGGAAGAAGTTCAAAGCACTTTTCTTTCCTTGCTCTTTTGCATGCGTGCTCGTGGGGTTTTCACAAGTTTCTTATGGTGTAGATATGATTCACTCGTAAATATATTTTTCTTAGTGGAGATATCAGGCAGATAATGTTTAAGATGCCTGCTTGAGAGTCTGCATTTGACTCGA
ATGTGAAGAAAACGGTTTCGTTGCAATTTATAAATTTTTTGAGTGTTGACTACTAAGAAAAAGTATTAGCCTATTATAGTTCGTCAATGTTATGGTGGCAAATTCCATCCGAAAATGGGGGGCCCTTGCAACATTTTCTGGGAGCAGCAGCTCTCATTGAGTGGCTCCCTCTGCTTCTGCACCATGTGACTCTGTTTTAA
TCAGAAACTGCCATGGATGGCTGGGGTGGAGCTCTTATGAGGGTTTTAACAACAGTCGAACTATTGGCCATCACGGTAGCATCCAGTGACATCCCTTCCATTGCTGTTCTCCACAGATTGGATCGCATTCAACCATAAACCTAATATTTGAAAATCATTTAGTGATATTTCTAATTGGGATTATTCCCTCCTGAAAGACA
AAATCCATGCACTCGTTCCAATCTTGTACGAAGTCTAGGAAACTTTGGTGAAGGGTTTGCCGAATTTTGTAATATAGAGTGAATGGTTAGTGCCCTTTAATTAGGAGGCATTAACAAGGAATAATTTTAATATCTTATTGTGCACAGGACCGTTTAATTACCAAGAGAGTAATCCTGGTATGGACAAGCAGAATATGGAT
AAACATTTACTTCTATC

Intron 3 GTGTGGCAAG ... CTCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.95	74	12	6
A2	22.52	86	25	6.3
A3	20.23	92	23.3	11
A4	16.95	65.3	13.3	5.7
A5	6.82	41	3	7
A6	16.65	372	74.3	40
A7	19.58	341	83	36
A8	15.78	347	65	42
A9	18.38	333	75	36
A10	20.61	250.3	65	24

>TRINITY_DN46739_c0_g3_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

TGGAGAGACTCCCAAATTTTGCTTTCATACGTTTTACACATTGGATATATATATATATAATAAATACATATAATGTATGGTGTGCAAGACCAAATGTATAACAGGATGATACGGGAGTATGAACCACATCCGCCATTAAGGGAAAATGATTCTCCAGCCTACAATGATAGGCACTGATAATTTTAAATTGAAATACAATA
TCAGAACCAATGGATTAAGATTCCAATTCGGAAAGCATGCCAACTAGAAAGCATAAAGCAGCAAACATTCTGCAAGGCTTTAGGGTTATTATTTGAATGCAATCCACACTCTGGAGGGCAGCAATGGAAGGGCTGTCGTGGAATGCTGCTGCCGTGGCAACTGGTTCGATTCCTGTGAAATCCCTCGTACGAGCGCAACC
CCAGTTGTCCATGGCGGTTTCTGGTTATAGCGCGGTCACATGGTGGAGCAGCAGAGGAAGCCACTCAATGAGAGCTGCCATTGCTGCCGAGAAAATGCCACGGGCACCCATTCTGGGTTGGAATTTGCCCGAAGTTTGGAGGCCTCGGTCCAATCTGCCGCCATGCCCAGCTCTCTCGGAGAGAAAGTTAGCCGTGGAGC
CCATAGCAGCGGTTATTGATGGGAAAGCAATTGCACAGGAAATAAGAAGTGAAATTGCAGGTGAAGTGTCCAGGATGAGGGATGCCGTGGGCAAGGTTCCTGGTTTAGCTGTGGTGCTTGTTGGAGCCAGAAAGGATTCCGAGACTTATGTTCGCAGCAAGAAGAAAGCTTGTGAAGAAGTTGGTATTAAGTCCCTTGGG
ATTGACTTGCCTGAAGATTCTAGTGAAGATGAAGTTTTAAAGGCTGTTATGATGTTTAACGTTGATCCCTCTGTCCATGGTGTTCTTGTACAACTTCCTCTTCCACAGCATATCTGTGAGGAAAAGATTTTAAATGCTGTTAGCATAGAGAAGGATGTTGATGGCTTCCATCCTTTGAACATAGGGCGACTTGCCATGCA
AGGGAGAGAACCTTTATTTGTCCCTTGTACACCAAAAGGATGCATAGAGTTGCTAATTCGATCCGGGATAGATATGATGGGAAAAAAGGCTGTAGTGATAGGCCGTAGCAATATTGTTGGAACACCTGCTGCTATGCTTTTGCAGAGGCACAATGCGACTGTTACTGTTGTGCATTCTTACACGAAAAATGCTGAAGATA
TCACTCGGGAAGCAGATATTGTTATTTCTGCTGTAGGTGTGGCAAATTTGGTTCGTGGTGACTGGTTGAAGCCTGGTGCCGTTGTAATCGATGTTGGCATAAATCCAGTCGAGGATCCCAGTAGTAAAAGAGGTTACCGATTAGTTGGTGATGTTTGCTATGAAGAGGCTTCAAGAATAGTCTCGGCAATTACTCCTGTG
CCTGGTGGCGTTGGTCCAATGACCATTGCAATGCTTCTATCCAATACTCTAGAGTCAGCCAAACGAGCATATGGTCTCACTTAAAAGATTTGGGCTTTGATCTAGCCCTGTAATAAGGGAGTTTGGATTTCAATTTTCCCAAAATTATCTCACCAATCAAGAATGATGTAGAGAGAGCTACAGTTCAATAAAATTACAGG
TAAATATTCGGCGGAGATATTTTTTGCAGCTTGAGGTGAACTTCTCTATGAAAGCACTTCAGCTTAATGTTTCATATGTCTGGAGCAGGACACTTGCAATATGTTTCTTTCATCCCTTGTATCAAGTGGAAGAATTTCAAAGCACTTTTCTTTCCTTGCTCTTTTGCATGCGTGCTCGTGGGGTTTTCACAAGTTTCTTA
TGGTGTAGATATGATTCACTCGTAAATATATTTTTCTTAGTGGAGATATCAGGCAGATAATGTTTAAGATGCCTGCTTGAGAGTCTGCATTTGACTCGAATGTGAAGAAAACGGTTTCGTTGCAATTTATAAATTTTTTGAGTGTTGACTACTAAGAAAAAGTATTAGCCTATTATAGTTCGTCAATGTTATGGTGGCAA
ATTCCATCCGAAAATGGGGGGCCCTTGCAACATTTTCTGGGAGCAGCAGCTCTCATTGAGTGGCTCCCTCTGCTTCTGCACCATGTGACTCTGTTTTAATCAGAAACTGCCATGGATGGCTGGGGTGGAGCTCTTATGAGGGTTTTAACAACAGTCGAACTATTGGCCATCACGGTAGCATCCAGTGACATCCCTTCCAT
TGCTGTTCTCCACAGATTGGATCACATTCAACCATAAACCTAATATTTGAAAATCATTTAGTGATATTTCTAATTGGGATTATTCCCTCCTGAAAGACAAAATCCATGCACTCGTTCCAATCTTGTACGAAGTCTAGGAAACTTTGGTGAAGGGTTTGCCGAATTTTGTAATATAGAGTGAATGGTTAGTGCCCTTTAAT
TAGGAGGCATTAACAAGGAATAATTTTAATATCTTATTGTGCACAGGACCGTTTAATTACCAAGAGAGTAATCCTGGTATGGACAAGCAGAATATGGATAAACATTTACTTCTATATTAATTTTTTGTCCATCATTTAACATAATTTATTGGACCATTGGAG

>TRINITY_DN46739_c0_g3_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGAGAGACTCCCAAATTTTGCTTTCATACGTTTTACACATTGGATATATATATATATAATAAATACATATAATGTATGGTGTGCAAGACCAAATGTATAACAGGATGATACGGGAGTATGAACCACATCCGCCATTAAGGGAAAATGATTCTCCAGCCTACAATGATAGGCACTGATAATTTTAAATTGAAATACAATA
TCAGAACCAATGGATTAAGATTCCAATTCGGAAAGCATGCCAACTAGAAAGCATAAAGCAGCAAACATTCTGCAAGGCTTTAGGGTTATTATTTGAATGCAATCCACACTCTGGAGGGCAGCAATGGAAGGGCTGTCGTGGAATGCTGCTGCCGTGGCAACTGGTTCGATTCCTGTGAAATCCCTCGTACGAGCGCAACC
CCAGTTGTCCATGGCGGTTTCTGGTTATAGCGCGGTCACATGGTGGAGCAGCAGAGGAAGCCACTCAATGAGAGCTGCCATTGCTGCCGAGAAAATGCCACGGGCACCCATTCTGGGTTGGAATTTGCCCGAAGTTTGGAGGCCTCGGTCCAATCTGCCGCCATGCCCAGCTCTCTCGGAGAGAAAGTTAGCCGTGGAGC
CCATAGCAGCGGTTATTGATGGGAAAGCAATTGCACAGGAAATAAGAAGTGAAATTGCAGGTGAAGTGTCCAGGATGAGGGATGCCGTGGGCAAGGTTCCTGGTTTAGCTGTGGTGCTTGTTGGAGCCAGAAAGGATTCCGAGACTTATGTTCGCAGCAAGAAGAAAGCTTGTGAAGAAGTTGGTATTAAGTCCCTTGGG
ATTGACTTGCCTGAAGATTCTAGTGAAGATGAAGTTTTAAAGGCTGTTATGATGTTTAACGTTGATCCCTCTGTCCATGGTGTTCTTGTACAACTTCCTCTTCCACAGCATATCTGTGAGGAAAAGATTTTAAATGCTGTTAGCATAGAGAAGGATGTTGATGGCTTCCATCCTTTGAACATAGGGCGACTTGCCATGCA
AGGGAGAGAACCTTTATTTGTCCCTTGTACACCAAAAGGATGCATAGAGTTGCTAATTCGATCCGGGATAGATATGATGGGAAAAAAGGCTGTAGTGATAGGCCGTAGCAATATTGTTGGAACACCTGCTGCTATGCTTTTGCAGAGGCACAATGCGACTGTTACTGTTGTGCATTCTTACACGAAAAATGCTGAAGATA
TCACTCGGGAAGCAGATATTGTTATTTCTGCTGTAGGTGTGGCAAATTTGGTTCGTGGTGACTGGTTGAAGCCTGGTGCCGTTGTAATCGATGTTGGCATAAATCCAGTCGAGgtgtggcaagtttttgatcatctcttcttaaccatgtttttgtaggatggtttttattgaagaattcaaactatagataactgtctc
tttgcagGATCCCAGTAGTAAAAGAGGTTACCGATTAGTTGGTGATGTTTGCTATGAAGAGGCTTCAAGAATAGTCTCGGCAATTACTCCTGTGCCTGGTGGCGTTGGTCCAATGACCATTGCAATGCTTCTATCCAATACTCTAGAGTCAGCCAAACGAGCATATGGTCTCACTTAAAAGATTTGGGCTTTGATCTAGC
CCTGTAATAAGGGAGTTTGGATTTCAATTTTCCCAAAATTATCTCACCAATCAAGAATGATGTAGAGAGAGCTACAGTTCAATAAAATTACAGGTAAATATTCGGCGGAGATATTTTTTGCAGCTTGAGGTGAACTTCTCTATGAAAGCACTTCAGCTTAATGTTTCATATGTCTGGAGCAGGACACTTGCAATATGTTT
CTTTCATCCCTTGTATCAAGTGGAAGAATTTCAAAGCACTTTTCTTTCCTTGCTCTTTTGCATGCGTGCTCGTGGGGTTTTCACAAGTTTCTTATGGTGTAGATATGATTCACTCGTAAATATATTTTTCTTAGTGGAGATATCAGGCAGATAATGTTTAAGATGCCTGCTTGAGAGTCTGCATTTGACTCGAATGTGAA
GAAAACGGTTTCGTTGCAATTTATAAATTTTTTGAGTGTTGACTACTAAGAAAAAGTATTAGCCTATTATAGTTCGTCAATGTTATGGTGGCAAATTCCATCCGAAAATGGGGGGCCCTTGCAACATTTTCTGGGAGCAGCAGCTCTCATTGAGTGGCTCCCTCTGCTTCTGCACCATGTGACTCTGTTTTAATCAGAAA
CTGCCATGGATGGCTGGGGTGGAGCTCTTATGAGGGTTTTAACAACAGTCGAACTATTGGCCATCACGGTAGCATCCAGTGACATCCCTTCCATTGCTGTTCTCCACAGATTGGATCACATTCAACCATAAACCTAATATTTGAAAATCATTTAGTGATATTTCTAATTGGGATTATTCCCTCCTGAAAGACAAAATCCA
TGCACTCGTTCCAATCTTGTACGAAGTCTAGGAAACTTTGGTGAAGGGTTTGCCGAATTTTGTAATATAGAGTGAATGGTTAGTGCCCTTTAATTAGGAGGCATTAACAAGGAATAATTTTAATATCTTATTGTGCACAGGACCGTTTAATTACCAAGAGAGTAATCCTGGTATGGACAAGCAGAATATGGATAAACATT
TACTTCTATATTAATTTTTTGTCCATCATTTAACATAATTTATTGGACCATTGGAG

Intron 4 GTTAAGTCCT ... TGTTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	2.41	81	2	2
A2	2.47	79	2	2
A3	2.38	82	2	2
A4	2.78	70	0	4
A5	4.44	43	2	2
A6	2.82	258	5	10
A7	1	297	2	4
A8	2.25	217	4	6
A9	2.59	263	5	9
A10	1.65	268	3	6

>TRINITY_DN42697_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

ACGGCATGTAGTTAGAAAACAGTAAATTTTTTACGAAATACTAGGATTATAGCTTGAATGTGATCGAAACTGTGGGCAGAAATGGAATTGCTGTCATGGAATGCTGCCGTGGCCACTGGTTCGATTCCCGTTAAAACCCTCAAACGGGCTCCACCGCGACCATCTGAGGCGGTTTCTGGTTACAGCGCGGTTACATGGGG
AAGTAGCAGAGGAAGCCACTCAATGAGAGCAGCTGCTGCCGAGAAAATATTGCGGCTACCCCTTCTCGGATGGAATTTACCGGACGTTTGGAAGCTGCCGCCCAATCTGCCGCCATGTCCAGCCCTCTCGGACGGAAACTTGGCTGTGGAGTCCATAGCAAAAGTTATTGATGGAAAAGCAATTGCACAGGAAATAAGAC
GTGAAGTTTCAGGTGAAATATCCAGAATGAGGGATGCTGTGGGCAAGGTTCCTGGTTTAGCTGTGGTGCTTGTTGGAGCAAGAAAGGATTCTGAGACCTATGTTCGTAGCAAGAAAAAAGCTTGTGAAGAAGTGGGAATTCTGTCTGTTGGAAGTGACTTGCCTGAAGAAGCAAGTGAAGATGAGGTTTTAAGGGCTGTT
ATGACTTTTAACAATGATCCCTCCGTTCATGGTGTTCTTGTACAACTTCCTCTTCCACAGCATATTTGTGAGGAGAAGATTTTGAATGCTGTTAGCATAGAGAAGGATGTTGATGGCTTCCATCCTTTGAACATAGGACGTCTTGCTATGCGAGGGAGAGAGCCTTTATTTGTCCCTTGTACACCCAAAGGATGTATAGA
GTTGTTGCTTCGATCTGGTGTAGATATGATGGGAAAAAGAGCAGTTGTGATAGGCCGTAGCAATATTGTTGGAAGACCTGTTGCTATGCTTTTGCAGAGGCACAATGCAACTGTTACTATTGTGCATTCTTACACCAAAAATGCTGCAGATATTACTCGGGAGGCAGATATTGTTATTTCTGCTGCAGGTGTGGCAAATT
TGGTTCGTAGTGAGTGGCTGAAGCCTGGAGCTGTGGTGATTGATGTTGGCATAAACCCAGTGGAGGATCACAATAGTAAAAGAGGTTACCGATTAGTTGGTGATGTTTGCTATAAGGAGGCCTCAAGAATAGTCTCAGCAATAACTCCTGTACCTGGCGGTGTTGGTCCGATGACGATTGCAATGCTTCTGTCCAATACT
CTAGATTCAGCGAAACGAGTGTTTGGCCTCCCTTAAGTTTTGGGGTCTGATCTAATTCTTTAATAAGGAAGTGTGGATTTCAACTAACTTAACCTCTTACAAGGTTCAGGAATGATGTAGAGCTGAAGTTCAGTAGAATTACAGGGTAAATATTTGCTGGGAGATGTTTTTGCAGCTTGAGGTCCGCTTCCTCAAGAGAG
CACTTCAGTTTACCTCTCCTATGGAGTGGAAGCACGTGTATTATGTTTCTTGCATCTATTATTTCAATCGAAAAAAGTTTAATCACATTCTTTTCTTGCTCTTTTGTATGGTTGCTTATGGGTATTTAACAAGCTTCTTTTGGTGAAGATGTGACTTTCTACCATTAATATGGTTGACCTATATATGTGTTATAGTTAGT
GATGTTTATTAGAACCATTGCATTGTTGCACTGTACTTAATACTTAATAGTGCTAGCAGGCAGTTTATATTAAGA

>TRINITY_DN42697_c0_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ACGTCTTGCTATGCGAGGGAGAGAGCCTTTATTTGTCCCTTGTACACCCAAAGGATGTATAGAGTTGTTGCTTCGATCTGGTGTAGATATGATGGGAAAAAGAGCAGTTGTGATAGGCCGTAGCAATATTGTTGGAAGACCTGTTGCTATGCTTTTGCAGgttaagtcctttttcttgtgagaatgatcgccattttttt
tatcacaatagttactgtatttttacagaccactgtggcaatgaatcttctctatgaataaatccacttttagatttcttattctaattgtcttttgtttggcagAGGCACAATGCAACTGTTACTATTGTGCATTCTTACACCAAAAATGCTGCAGATATTACTCGGGAGGCAGATATTGTTATTTCTGCTGCAGGTGT
GGCAAATTTGGTTCGTAGTGAGTGGCTGAAGCCTGGAGCTGTGGTGATTGATGTTGGCATAAACCCAGTGGAGGATCACAATAGTAAAAGAGGTTACCGATTAGTTGGTGATGTTTGCTATAAGGAGGCCTCAAGAATAGTCTCAGCAATAACTCCTGTACCTGGCGGTGTTGGTCCGATGACGATTGCAATGCTTCTGT
CCAATACTCTAGATTCAGCGAAACGAGTGTTTGGCCTCCCTTAAGTTTTGGGGTCTGATCTAATTCTTTAATAAGGAAGTGTGGATTTCAACTAACTTAACCTCTTACAAGGTTCAGGAATGATGTAGAGCTGAAGTTCAGTAGAATTACAGGGTAAATATTTGCTGGGAGATGTTTTTGCAGCTTGAGGTCCGCTTCCT
CAAGAGAGCACTTCAGTTTACCTCTCCTATGGAGTGGAAGCACGTGTATTATGTTTCTTGCATCTATTATTTCAATCGAAAAAAGTTTAATCACATTCTTTTCTTGCTCTTTTGTATGGTTGCTTATGGGTATTTAACAAGCTTCTTTTGGTGAAGATGTGACTTTCTACCATTAATATGGTTGACCTATATATGTGTTA
TAGTTAGTGATGTTTATTAGAACCATTGCATTGTTGCACTGTACTTAATACTTAATAGTGCTAGCAGGCAGTTTATATTAAGA