NA ----> NA


Intron 1 GTTTAGAAGA ... TATTTTGCAG

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>TRINITY_DN47000_c0_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoform
AAAAAAACGAGTTTTACCAATAATCCTTGGCCGACAAGAAACATGATGATGAGAGGTTAATTATCGAAGGAGCCTCTTTTCGCTACCCAGCCCAAATTTCTTTTGTTAACTTCATGACTTTCAACCATCAGGCTGCTCGGGAAAAGGTTTTTTCTAGCAATTTCCTTCAGTTTGCTGCACTGGATTGATTGCTGTCCAAA
TTAATTACACATCACATTGCATATCTGCTGCAAAATGTCGAAGTCCCAATAATGGTGGGATGTTGACCCATCATCACAGTTTCGATCTATTGGCCTCTTGGCTTCCAGATCGACAGAGAATGAGATTTGACCTCAGATTGGTTCCGTGCAAAAACAGAATTGGTGGCCGACTGTTCGATCCCGTTCATATCTAAGGTCGG
GAGCAAGATTTTAAAACCGTTTCAGACCAAGAAGCAACTCGCAACAAGGACACAAGTTGGCTCATTCAGTCAAGTCTGAGAATGGTTCCTTTTAAAGAAATACCTAATAGATACAGCATACATACTCAGTCTTAGACAGAACCTTTCAAGTTTGAACGAAGCTGTTATTTAGGAGTCAGTTGCATTATGGCATGTTTAGC
ACTTGCTTTACAGCCTACAAGGGGGTCTGATATTCTTCTTCAAACCCGAGAATGGTTTCCTCCTGCAAGAGCATTGGTAGCTCTCTCCGGATTTAGAACCACTCGTCTTGCCTTTGCAAGTGGAAAAAGTAATACATCTGATGATGTTGATCAAGGACTTGGCGATGATCCTTTGGCAGCTTCAAGTGGACAAGTAATAG
TTGGAAAGGAAAGCAAATATCGGATAGTATACCGTTTGGTGAATAGCATTTATGTCCTTGGCATTACAAGTGCAGATCAGGATGTTAATGTAAACAATGTTTTTGAATGTACTGGAATTGTAAATCAAGCAGTAAGTGTAGTTGTAGCAGCTTGTAGAGGGGTTGATGTTACTTCTGACAAGCTTCATCGCAAGTATACA
GAAATTTACATGGCTTTAGATATAGTTTTGCGTGGGGTAAGCAGCACAAGGCTTGCCACTATTTTGACATCTATACATGGGGAAGGTATTGCTAAGATGGTTCTTTCTGCTATTGATGCAGAGAATCGTGCACGTGGTGCAGATAACTGGAATCAGGTAGAAGGGCAGTCCGTTGAGCATCAGGCAAATGTACAAGTTCT
CTCACAGGCTTCTTTTGAGTTGCCAGAAGAGACCTTATCTGCTGGGGATGAGGTGGCGGCAACTTTTGCTCCTGCCCAACAGAACACTGCAGCTCAGGCTTCTCAACAGCAGTCGGTGGATAAACCAGAAAATGAAGACCCATTTGCTGTTAGTGATACTGTGAATAAGCAAGATGAACTTGCCGGTGGTTTTAAGAAGA
ACAAGGAGGCATCCTCTGATGTCACAGCTGTCCTTGCTGAGTTGGAAGTTACGAAACTGACAACAAATGCGACAGCAGAGTCCATGTTTATTGGAGTGGAGGGGTTTGAAGGAGACTATGGAGGAATTGAGTTTGGGAATGAGGAGGCAACGCTATCTGAGGCATTTGAAGGGCTAGATGATGCCTTTGGTGGAGGTTTA
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TAAAGGGTCAGTACTTAAAAAGATTGGACTTCAGGGTATATTGTACTTGAAAACTACTTCCCCAAAAGACTCTGGTGGTAAGGATATTGAATTTTCATTTAGGCTTGATGGTACAGCTGGCATCAAGAGTGCTATCATGAAGGATGCAATTGTTAGCACCCTAGGAAAGGGTTTGTTTCATGTTCGAACTCCAGCATCAG
ATAATCCTATTACAGTTTTGAAATATCGTCTTCAACCCCGTTTTACTCCATTGCCTTTGAGGGTTCGTTTGGTCACACGTCAAAGTGGGACCTTGCTTTCAGTAATGATACAGTATGTAGCCAATCCATTTTTACCTTCACCCCTTAAAGATGTGGCTTTTATTTTGAAATTGCCAGAGGATCCTACTTTATTGAAAGTG
TCTCCAAAGGCTACTTTGAACCGGCATAGTCAAGAATTAAGATGGCATATTCCGGAGATCCAATTACATGGTCGTCCAGGACGTTTAAGAGTTCAGATGCCAGTCAGCTCTCAGGATTCCACAGATGAGGCTTCTCACAGGAAAGAACCAAATGTAAAAGGTCGCATAGAGTTCTCTGTTCAGGGACACACACTTTCTGG
AATCTCAGTCTGTCCTGTTTCTGAAGGGAATTCTGAGTTTAATATCGGTGAAAATAGCTGCAAAACAGGTCATTATCTCTGTAAAGCATAAGAGAGTGTTGAAAAAGGGATAATGTTATTTTATTTGTAAATCATTCTGAGTTAAAGGTCGTGGGATCTTGTAGAATTAAAGTCACATGTCAATAGTCTGGGTTTGAATG
AATTTCCTGGATTTTTCTCGCATTTGTGTTTGTCAAAATATCAGGAGTTGTCAATTACATCATTCTGCATATCCTATTTGTTTGGGCACCTCGCTACTATATATTGTAAGGTTTGGTTTTCAGACCTTTTTTGTTATGTTTTGAAACCCTATATAAGTAGGACTTTACAAACTTTATACATTTTACAATGAATTTTGACT
TTAAATGTCATTATATTATGATGCATTTGTATTATTTTCA


>TRINITY_DN47000_c0_g2_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GTGGGATATTGAGCTTGAGACAACTTGGTTTACTGCATGGATTTTAAATGTGGAAGACACATGTTCCATACTTCTTTGTTTGGATTATCACATTTAGTTGTTGATTTTAATTGAATGATGGATAGTAGGACAAGTCACAAGATGTAAGGTTGGATTAGCTGTTTCAGAGTTCTGCAGATCTTTGACATGATTCATATAGC
TTTCATCACTTTTGAGATTTGTACCCATTTTCACTTTTTTTTTCTTTGTCCTTTCAGAAGCAACTTGCAGCAAGGACACAAGTTGGCTCATTCAGTCAAGTCTGAGAATGGTTCCTTTTAAAGAAATACCTAATAGATACAGgtttagaagaaaatattggaaaagatgattatgaaagtcagacaactgtttgcgatgc
agaaccagagaagacagtggaagacttgaaataataaaccgagtgttgcggaaaccagggaagatgttgcaggtcacctttcagatttttcaaggtccaacattaaggtgaaggcaaacatgctttcctctggaggtaatgcttgctcatttgcttcatgaatagatcccacacttggttatgcaacaatgcattttgaa
tattcctagcatgaatatggaataaggaacaattttgcagttgaacaatttatgtgttctattgtctaacctaacttgacaccatactttccaacatctgttagaaaacattgccaattgaatcaacattgtaacatttatcagctgactacccctctatttaaagaatcccatgttagctgataagattaacccaacaa
caataattgccatcacaatttttgaggtcctctttcatagtagggaaggaatagtgcaagctccacaaatctgaaagaacattgcattcatttgaaaatgtcctctgacttcacttttgtgacagacatatatgcatgtcgttgggttaattgaatcacatgtctttgacaaataagaatgcaattctgaaacaagtttt
aacatttaactcgtagttaaataggaactatagagggacatactacctatatatcagtacatctaattataagaaatggatattttattttgcag
CATACATACTCAGTCTTAGATAGAACCTTTCAAGTTTGAATGAAACTGTTATTTAGGAGTCAGTTGCAATATGGCATGTTTAGCACTTGCTTTACAGCCTACAAG
GGGGTCTGATATTCTTCTTCAAACCCGAGAATGGTTTCCTCCTGCAAGAGCATTGGTAGCTCTCTCCGGATTTAGAACCACTCGTCTTGCCTTTGCAAGTGGAAAAAGTAATACATCTGATGATGTTGATCAAGGACTTGGCGATGATCCTTTGGCAGCTTCAAGTGGACAAGTAATAGTTGGAAAGGAAAGCAAATATC
GGATAGTATACCGTTTGGTGAATAGCATTTATGTCCTTGGCATTACAAGTGCAGATCAGGATGTTAATGTAAACAATGTTTTTGAATGTACTGGAATTGTAAATCAAGCAGTAAGTGTAGTTGTAGCAGCTTGTAGAGGGGTTGATGTTACTTCTGACAAGCTTCATCGCAAGTATACAGAAATTTACATGGCTTTAGAT
ATAGTTTTGCGTGGGGTAAGCAGCACAAGGCTTGCCACTATTTTGACATCTATACATGGGGAAGGTATTGCTAAGATGGTTCTTTCTGCTATTGATGCAGAGAATCGTGCACGTGGTGCAGATAACTGGAATCAGGTAGAAGGGCAGTCCGTTGAGCATCAGGCAAATGTACAAGTTCTCTCACAGGCTTCTTTTGAGTT
GCCAGAAGAGACCTTATCTGCTGGGGATGAGGTGGCGGCAACTTTTGCTCCTGCCCAACAGAACACTGCAGCTCAGGCTTCTCAACAGCAGTCGGTGGATAAACCAGAAAATGAAGACCCATTTGCTGTTAGTGATACTGTGAATAAGCAAGATGAACTTGCCGGTGGTTTTAAGAAGAACAAGGAGGCATCCTCTGATG
TCACAGCTGTCCTTGCTGAGTTGGAAGTTACGAAACTGACAACAAATGCGACAGCAGAGTCCATGTTTATTGGAGTGGAGGGGTTTGAAGGAGACTATGGAGGAATTGAGTTTGGGAATGAGGAGGCAACGCTATCTGAGGCATTTGAAGGGCTAGATGATGCCTTTGGTGGAGGTTTAGATGCATCTGAATTTGGAGCA
ACTATTGAGCAAGCTAAACCCAAAGGGCTTGGAGGCCTTGAAGAGCTGGAGACTGGACAGACATCATCAAAACCATCACTGCCAGGGGCAACTCCACCTGGTGTAACTCTGGCCACAGGGAAGGCTTCTGAAAACAAGGGTCCCTTATTATACATGTCTGAGGAGATCCATGCTGAGTTTAAAGGGTCAGTACTTAAAAA
GATTGGACTTCAGGGTATATTGTACTTGAAAACTACTTCCCCAAAAGACTCTGGTGGTAAGGATATTGAATTTTCATTTAGGCTTGATGGTACAGCTGGCATCAAGAGTGCTATCATGAAGGATGCAATTGTTAGCACCCTAGGAAAGGGTTTGTTTCATGTTCGAACTCCAGCATCAGATAATCCTATTACAGTTTTGA
AATATCGTCTTCAACCCCGTTTTACTCCATTGCCTTTGAGGGTTCGTTTGGTCACACGTCAAAGTGGGACCTTGCTTTCAGTAATGATACAGTATGTAGCCAATCCATTTTTACCTTCACCCCTTAAAGA




Intron 2 GTAATCTGAA ... TATTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A615.84159.72535
A718.97215.75744
A815.1109.71326
A916.812654562
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>TRINITY_DN44273_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform
CTGGGGTTTTCTACCTATTGTTTGGTCCTTCTGTGGTATCAGCAATAAGGGAAGGGGAAACCGTCCATATTTTTTCTGGATCTGCGTGTTTCTCTTTAGTTTTAGGTTAGTAATTCGCATTTTGGGAAACTGAGTTCATCCTTCACGGAGCTTACCTTATGTCTGCGTTTGGGCGGCCTCCATCATTGAACCAAGATCGC
GGGACATCTCTGCAGCGACCTCCATTGCTGGACGGGATTCATAGAGCTGTGATCTCGCGGGAAATCTCTGCAGCGACCTCCATTGTTGGACGGGGTTCATAGAAGCAACTTGCAGCAAGGACACAAGTTGGCTCATTCAGTCAAGTCTGAGAATGGTTCCTTTTAAAGAAATACCTAATAGATACAGCATACATACTCAG
TCTTAGATAGAACCTTTCAAGTTTGAATGAAACTGTTATTTAGGAGTCAGTTGCAATATGGCATGTTTAGCACTTGCTTTACAGCCTACAAGGGGGTCTGATATTCTTCTTCAAACCCGAGAATGGTTTCCTCCTGCAAGAGCATTGGTAGCTCTCTCCGGATTTAGAACCACTCGTCTTGCCTTTGCAAGTGGAAAAAG
TAATACATCTGATGATGTTGATCAAGGACTTGGCGATGATCCTTTGGCAGCTTCAAGTGGACAAGTAATAGTTGGAAAGGAAAGCAAATATCGGATAGTATACCGTTTGGTGAATAGCATTTATGTCCTTGGCATTACAAGTGCAGATCAGGATGTTAATGTAAACAATGTTTTTGAATGTACTGGAATTGTAAATCAAG
CAGTAAGTGTAGTTGTAGCAGCTTGTAGAGGGGTTGATGTTACTTCTGACAAGCTTCATCGCAAGTATACAGAAATTTACATGGCTTTAGATATAGTTTTGCGTGGGGTAAGCAGCACAAGGCTTGCCACTATTTTGACATCTATACATGGGGAAGGTATTGCTAAGATGGTTCTTTCTGCTATTGATGCAGAGAATCGT
GCACGTGGTGCAGATAACTGGAATCAGGTAGAAGGGCAGTCCGTTGAGCATCAGGCAAATGTACAAGTTCTCTCACAGGCTTCTTTTGAGTTGCCAGAAGAGACCTTATCTGCTGGGGATGAGGTGGCGGCAACTTTTGCTCCTGCCCAACAGAACACTGCAGCTCAGGCTTCTCAACAGCAGTCGGTGGATAAACCAGA
AAATGAAGACCCATTTGCTGTTAGTGATACTGTGAATAAGCAAGATGAACTTGCCGGTGGTTTTAAGAAGAACAAGGAGGCATCCTCTGATGTCACAGCTGTCCTTGCTGAGTTGGAAGTTACAAAACTGACAACAAATGCGACAGCAGAGTCCATGTTTATTGGAGTGGAGGGGTTTGAAGGAGACTATGGAGGAATTG
AGTTTGGGAATGAGGAGGCAACGCTATCTGAGGCATTTGAAGGGCTAGATGATGCCTTTGGTGGAGGTTTAGATGCATCTGAATTTGGAGCAACTATTGAGCAAGCTAAACCCAAAGGGCTTGGAGGCCTTGAAGAGCTGGAGACTGGACAGACATCATCAAAACCATCACTGCCAGGGGCAACTCCACCTGGTGTAACT
CTGGCCACAGGGAAGGCTTCTGAAAACAAGGGTCCCTTATTATACATGTCTGAGGAGATCCATGCTGAGTTTAAAGGGTCAGTACTTAAAAAGATTGGACTTCAGGGTATATTGTACTTGAAAACTACTTCCCCAAAAGACTCTGGTGGTAAGGATATTGAATTTTCATTTAGGCTTGATGGTACAGCTGGCATCAAGAG
TGCTATCATGAAGGATGCAATTGTTAGCACCCTAGGAAAGGGTTTGTTTCATGTTCGAACTCCAGCATCAGATAATCCTATTACAGTTTTGAAATATCGTCTTCAACCCCGTTTTACTCCATTGCCTTTGAGGGTTCGTTTGGTCACACGTCAAAGTGGGACCTTGCTTTCAGTAATGATACAGTATGTAGCCAATCCAT
TTTTACCTTCACCCCTTAAAGACATGGTTTTTATTTTGAAATTACCAGAGGATCCTACTTTATTGAAAGTCTCTCCAAAGGCTACCTTGAACCGGCATAGTCAAGAATTAAGATGGCATATTCCGGAGATCCAATTGCATGGTCGTCCAGGACGTTTAAGAGTTCAGATGCCAGTCAGCTCTCAGGATTCCACAGATGAG
GCTTCTCACAGGAAAAAACCAAATGTAAAAGGTCGCATAGAGTTCTCTGTTCAGGGACACACACTTTCTGGAATCTCAGTCTGTCCTGTTTCTGAAGGGAATTCTGAGTTTAATGTGGGTGAAAATAGCTGCAAAACAGGTCATTATCTCTGTAAAGCATAAGAGAGTGTTGAAAAAGGGATAATGTTATTTTATTTGTA
AATCATTCTGAGTTAAAGGTCGTGGGATCTTGTAGAATTAAAGTCACATGTCAATAGTCTGGGTTTGAATGAATTTCCTGGATTTTTCTCGCATTTGTGTTTGTCAAAATATCAGGAGTTGTCAATTACATCATATCCTATTTGTTTGGGCACCTCGCTACTATATATTGTAAGGTTTGGTTTTCAGACCTTTTTTGTTA
TGTTTTGAAACCCTATATAAGTAGGACTTTACAAACTTTATACATTTTACAATGAATTTTGACTTTAAATGTCATTATATTATGATGCATTTGTATTATTTTCACTGGTAATTCCTTCTCCAGATTGCCTAGTCTTTTCAATAATATCATGC


>TRINITY_DN44273_c0_g1_i10 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CGGCCGACAAGAAACATGATGATGAGAGGTTAATTATCGAAGGAGCCTCTTTTCGCTACCCAGCCCAAATTTCTTTTGTTAACTTCATGACTTTCAACCATCAGGCTGCTCGGGAAAAGGTTTTTTCTAGCAATTTCCTTCAGTTTGCTGCACTGGATTGATTGCTGTCCAAATTAATTACACATCACATTGCATATCTG
CTGCAAAATGTCGAAGTCCCAATAATGGTGGGATGTTGACCCATCATCACAGTTTCGATCTATTGGCCTCTTGGCTTCCAGATCGACAGAGAATGAGATTTGACCTCAGATTGGTTCCGTGCAAAAACAGAATTGGTGGCCGACTGTTCGATCCCGTTCATATCTAAGGTCGGGAGCAAGATTTTAAAACCGTTTCAGAC
CAAGAAGCAACTCGCAACAAGGACACAAGTTGGCTCATTCAGTCAAGTCTGAGAATGGTTCCTTTTAAAGAAATACCTAATAGATACAGgtaatctgaaagaacattgcattcatttgaaaatgtcctctgacttcacttttgtgacagacatatatgcatgtcgttgggttaattgaatcacatgtctttgacaaataa
gaatgcaattctgaaacaagttttaacatttcactcgtagttaaataggaactatagagggacatactacctatatatcagtacatctaattataagaaatggatattttattttgcag
CATACATACTCAGTCTTAGATAGAACCTTTCAAGTTTGAATGAAACTGTTATTTAGGAGTCAGTTGCAATATGGCATGTTT
AGCACTTGCTTTACAGCCTACAAGGGGGTCTGATATTCTTCTTCAAACCCGAGAATGGTTTCCTCCTGCAAGAGCATTGGTAGCTCTCTCCGGATTTAGAACCACTCGTCTTGCCTTTGCAAGTGGAAAAAGTAATACATCTGATGATGTTGATCAAGGACTTGGCGATGATCCTTTGGCAGCTTCAAGTGGACAAGTAA
TAGTTGGAAAGGAAAGCAAATATCGGATAGTATACCGTTTGGTGAATAGCATTTATGTCCTTGGCATTACAAGTGCAGATCAGGATGTTAATGTAAACAATGTTTTTGAATGTACTGGAATTGTAAATCAAGCAGTAAGTGTAGTTGTAGCAGCTTGTAGAGGGGTTGATGTTACTTCTGACAAGCTTCATCGCAAGTAT
ACAGAAATTTACATGGCTTTAGATATAGTTTTGCGTGGGGTAAGCAGCACAAGGCTTGCCACTATTTTGACATCTATACATGGGGAAGGTATTGCTAAGATGGTTCTTTCTGCTATTGATGCAGAGAATCGTGCACGTGGTGCAGATAACTGGAATCAGGTAGAAGGGCAGTCCGTTGAGCATCAGGCAAATGTACAAGT
TCTCTCACAGGCTTCTTTTGAGTTGCCAGAAGAGACCTTATCTGCTGGGGATGAGGTGGCGGCAACTTTTGCTCCTGCCCAACAGGGCACTGCAGCTCAGGCTTCTCAACAGCAGTCGGTGGATAAACCAGAAAATGAAGACCCATTTGCTGTTAGTGATACTGTGAATAAGCAAGATGAACTTGCCGGTGGTTTTAAGA
AGAACAAGGAGGCATCCTCTGATGTCACAGCTGTCCTTGCTGAGTTGGAAGTTACAAAACTGACAACAAATGCGACAGCAGAGTCCATGTTTATTGGAGTGGAGGGGTTTGAAGGAGACTATGGAGGAATTGAGTTTGGGAATGAGGAGGCAACGCTATCTGAGGCATTTGAAGGGCTAGATGATGCCTTTGGTGGAGGT
TTAGATGCATCTGAATTTGGAGCAACTATTGAGCAAGCTAAACCCAAAGGGCTTGGAGGCCTTGAAGAGCTGGAGACTGGACAGACATCATCAAAACCATCACTGCCAGGGGCAACTCCACCTGGTGTAACTCTGGCCACAGGGAAGGCTTCTGAAAACAAGGGTCCCTTATTATACATGTCTGAGGAGATCCATGCTGA
GTTTAAAGGGTCAGTACTTAAAAAGATTGGACTTCAGGGTATATTGTACTTGAAAACTACTTCCCCAAAAGACTCTGGTGGTAAGGATATTGAATTTTCATTTAGGCTTGATGGTACAGCTGGCATCAAGAGTGCTATCATGAAGGATGCAATTGTTAGCACCCTAGGAAAGGGTTTGTTTCATGTTCGAACTCCAGCAT
CAGATAATCCTATTACAGTTTTGAAATATCGTCTTCAACCCCGTTTTACTCCATTGCCTTTGAGGGTTCGTTTGGTCACACGTCAAAGTGGGACCTTGCTTTCAGTAATGATACAGTATGTAGCCAATCCATTTTTACCTTCACCCCTTAAAGACATGGTTTTTATTTTGAAATTACCAGAGGATCCTACTTTATTGAAA
GTCTCTCCAAAGGCTACCTTGAACCGGCATAGTCAAGAATTAAGATGGCATATTCCGGAGATCCAATTGCATGGTCGTCCAGGACGTTTAAGAGTTCAGATGCCAGTCAGCTCTCAGGATTCCACAGATGAGGCTTCTCACAGGAAAAAACCAAATGTAAAAGGTCGCATAGAGTTCTCTGTTCAGGGACACACACTTTC
TGGAATCTCAGTCTGTCCTGTTTCTGAAGGGAATTCTGAGTTTAATGTGGGTGAAAATAGCTGCAAAACAGGTCATTATCTCTGTAAAGCATAAGAGAGTGTTGAAAAAGGGATAATGTTATTTTATTTGTAAATCATTCTGAGTTAAAGGTCGTGGGATCTTGTAGAATTAAAGTCACATGTCAATAGTCTGGGTTTGA
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ATGTCATTATATTATGATGCATTTGTATTATTTTCACTGGTAATTCCTTCTCCAGATTGCCTAGTCTTTTCAATAATATCATGC