sp|Q2QQS5|CCT14_ORYSJ ----> Cyclin-T1-4

Intron 1 GTTAGAACGT ... CTCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.81	56	14	21
A2	21.21	26	6	8
A3	16.13	52	4	16
A4	22.64	41	7	17
A5	21.95	16	4	5
A6	17.47	392	22	144
A7	21.54	193	41	65
A8	23.29	252	44	109
A9	20.18	174	21	67
A10	23.08	120	16	56

>TRINITY_DN39824_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoform

ATCACCCGTCACACCCTAACTGGAAGATCACCTTTGCGGATATTGAAAGGAAACCCCAATTCCATTCCCAACGCCACTCATACAGGCCGCATGTGAACAGCACAGCACCGCGTTATTCTCTAGCCATTTGCCTATATATTTATCTACACACACATTTGGTTTCCTACGCTGTTGGAGATTGAGTAATCTGTGACATTTGT
GAACAATTTTAATTCGATTGCATTAGTTTTCCTGTGTTTATCTGATCTCATTTCGCTTATTGCTCTGCCGTTTTGGGGTTTTGATCGATATGGCCGACATTTATAAATCCCATCCAGAGGCTTTCAGAAGAGGCCCTTGGACTGCAGGGAACTTTCGTAATATTCACAATAATAACAGTGGGATTTGCCATACCAGGAAG
TATGAGGATATAGGAGGGGATTTCGCCAATGACGGGCCTCCTCCTGCCAAGAGAAGAAGAAACCCCAACTTTGTTGATCCCACGTGGAAAAGACAGGAGGAAAGGCTGGGCAGATTACGTCTAAGGGAGGAGAAAGATAGTAATGGAAATGAGAGAAGGGTGGAGGAAGAAGAACAGCCTAGTTGCAGCGAAGGATCGGA
TGTGGATGTTTATTATACAAGGGAGACCATTGAGAAATTGTCGCCCTCTAGAAGAGATGGAATCAACTGCCAAAATGAGACAATTTTGAGATTTTCCTATGTTTTCTTCCTCCAAAATTTGGGCACGCGCTTGCAGCTGCCACATACGACAATTGCAACTGCAATTGTGCTCTGCCATCGCTTTTTCCTTCGACGATCAC
ATGCTTCACATGACAGATTTTTGATTGCAACCGCTTGCATGTTTTTAGTTGCAAAGTCAGAAGACAATCCACGTCCTCTCAACCGTGTGCTGATAGTGTCTTATGAGATTTGCCATAAGCAAGATTTGGCAAATTTCCATTATTTACTTCCAAATGACTGGTTTGAACAGTACAAGCAACGTGTTCTTGAGGCTGAAAAT
TTGGTCTTGACTACGCTGGATTTTGAGCTCACTGTACAACATCCATATAGACCTCTCCTGTCAGTGCTGAACAAGATTGGATTTTCCCAGACGGCATTAGTACACGTGGCCTGGAATTTGATCACTGAAGGGCTTCGTAGCTCTCTTTGCCTTCAATTTAAACCAGACCACATTGCTGCTGGCGCTGTGTTTCTTGCTGC
AAAATTTTTGAACATTGACCTGTCATCTACGGGAGAGTTGTGGCAGGAATTTCAGACTTCATCAACGATACTTCAAGATGTGGTTCAGCAATTGTCAGAGCTATTCTGATGGCAGCATGGGACAGTTTTCTCTGCTTCTTGGAAAAATATAACATGCTCAGAGCGTGCTTTAACATTTATTGGGACATCCAACATTTTGG
ATCTGTAGTGTTTGTTTGAAAAATATAGCCTTCTGATTGTTTCTTATAAAGTACTTAACCTTGACATACTGTAGTGTTTGTATCAAAAGAATTGTCCCTAAATTAGTGACATTTCTTCATTGTAATTATGTGATGCACAGGCTGCACGAATTAGAGAGGTATTAGTCTGTTATATTTCGGCAATCCTTTTCAGGTTCAAC
TGTGGCTTTGGTCATAATGCTCTCAAATTTGTACCTATTGACTAATTTTTTTTAATTAAACAACCAATTTCTAGGATGTTATGCAGTTGTATTGAGCAATACTACCAG

>TRINITY_DN39824_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TCGAAAGATGGACAAAAGTAAATAGTGACAGCCTGGACCTTGGATAGAGTTTAAAGGTTTTAGCTGCGAAGTTGATAAAAATAAATCCGTATGAGAATGACAGTGATTTTAGGAATTTATTGGTGGTAGTTTGGTAGGGCTAAAGCACCGTCAACCATATCTCAGCATGTCGAATGAGTCTTGACTGTTCATTAAAATTG
TTGGAACATAAAAAAGCAAAGAAGGCACGCATTGAGATTCATGAATGGGGAGGGATCTATGAAAGACAGACGGGTAGCATGGAGAAAAGCAAAGAATCGAGAGGAGATAAAAACAAAAGCAGTATGCAATGAAAATTTAATCTCTTTCAATGATATTTTGCTTGGCGGCCAGCTTTGGCAGCATGTTGATTAGAACTCTA
TCGCCTGATAATGATCCAACTGTTTTACCATATGCCCATAAGTTGAAACTCTCGCTTATGGCTGGTTAAAACTGAAACATAAATAATCAATTAACCTCTATTAAGTTTCCTGTGCAAAATCATATATTTGCCTGATTTATGGTGGTTGTAGGCAAATACGTATCTGTATACAGTAGTCTGTTGGGCTAATATACCTTTGT
AAGCAGTGTCAGTACTATCAGACTTTCATGTGGTCAGTATGCTGATGTCCTTCAAAGTTCACAGAGAGTTAGGAGAAACATAATATTGTACAGCTTGACAGAGAATTTACATTGGCATGCTTATGGCATCATTTATTTTTGTTTTGAACTCTAGTGTGTGGAGGAATCATTATGCAGATTTTCAGCCATTGGTTGTCTCC
CCTCTTGTATTCACCCCCCTACAGCTTGACAGAGAATTTACATTGGCATGCTTATGGCATCATTTATTTTTGTTTTGAACTCTAGTGTGTGGAGGAATCATTATGCAGATTTTCAGCCATTGGTTGTCTCCCCTCTTGTATTCACCCCCCTGCTGCTCACATGTGGTTTTGCTTATAATAACAAAGGCAATGGCAGAATG
GTAGTACAAGTGTATGGTTCGCCTTGTTTTGTCTACAGAGATATGTCGAAAGCAAATATATCACTCTGTAGCAAATATGAGGACTATTAGTAAAAGCAGTTGAAAGGTTGTGCAGGCTTCGTAGCTCTCTTTGCCTTCAATTTAAACCAGACCACATTGCTGCTGGCGCTGTGTTTCTTGCTGCAAAATTTTTGAACATT
GACCTGTCATCTACGGGAGAGTTGTGGCAGGAATTTCAGACTTCATCAACGATACTTCAAGgttagaacgtgtttctttgcacctgagtttggttcttataatcttggaagttcggcttttagatctcttcaaattgtttttgattggcattcaagaatattaactcttgtgttaagcttgtgctaggaagagagtttca
ccttattctgaagaagccaatctttttctttctctttgcagATGTGGTTCAGCAATTGTCAGAGCTATTCTGATGGCAGCATGGGACAGTTTTCTCTGCTTCTTGGAAAAATATAACATGCTCAGAGCGTGCTTTAACATTTATTGGGACATCCAACATTTTGGATCTGTAGTGTTTGTTTGAAAAATATAGCCTTCTGA
TTGTTTCTTATAAAGTACTTAACCTTGACATACTGTAGTGTTTGTATCAAAAGAATTGTCCCTAAATTAGTGACATTTCTTCATTGTAATTATGTGATGCACAGGCTGCACGAATTAGAGAGGTATTAGTCTGTTATATTTCGGCAATCCTTTTCAGGTTCAACTGTGGCTTTGGTCATAATGCTCTCAAATTTGTACCT
ATTGACTAATTTTTTTTAATTAAACAACCAATTTCTAGGATGTTATGCAGTTGTATTGAGCAATACTACCAG