sp|Q9MAC5|PTBP1_ARATH ----> Polypyrimidine tract-binding protein homolog 1
Intron 1 GTAAGTCTTT ... TGAATTTCAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 71.43 | 2 | 5 | 5 |
| A2 | 50 | 1 | 2 | 0 |
| A3 | 69.23 | 2 | 2 | 7 |
| A4 | 100 | 0 | 1 | 0 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 40 | 3 | 4 | 0 |
| A7 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A8 | 60 | 1 | 0 | 3 |
| A9 | 0 | 1.5 | 0 | 0 |
| A10 | 45.45 | 3 | 2 | 3 |
>TRINITY_DN112400_c7_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoformCCGAGCCGTCTGCGCTTAGCCCTTTAATCCCCCTCTCTGGGTTATCAAACTCGTTTAACACTATATCATTACACTCATTCAGATGCAAAAGTTGATGAATGATGCGTATAATACGCCGAGCATACGTGGAATAAATGATTGTATGCTGATTTGCACGGGGAAAGAGGGCATTCGGATCTAATATTAAACAAAAATTCGTG
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CATATTATGCTTCATCATCTGAGCCAGCTCAGGTACGGGGTAAAACTGTCTACCTTCAATACTCCAACAGACAAGAAATTGTCAACAGCAAGAACACTGGGGATGTTGCCAGCAATGTTCTGCTGGTGACTATTGAGGGTGTAGAGGCTGGTGATGTCAGCATTGATGTTCTGCATTTGTTACAAACAAAGGGTTATACT
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>TRINITY_DN112400_c7_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:CCGAGCCGTCTGCGCTTAGCCCTTTAATCCCCCTCTCTGGGTTATCAAACTCGTTTAACACTATATCATTACACTCATTCAGATGCAAAAGTTGATGAATGATGCGTATAATACGCCGAGCATACGTGGAATAAATGATTGTATGCTGATTTGCACGGGGAAAGAGGGCATTCGGATCTAATATTAAACAAAAATTCGTG
GGCAGAGCGTTAAATTTCCAAGGTTTCAGTCGGGGGACGAAGCTTTTATTAGGTTAAATTTCTATAGCTGTTCAACTTTACTGGTTTCAGTGGTCGAACCACCCATCAGAGCTTCGTCGTTTTATGTACGCGGCTCAAACGTGGTTCTACTTTTCTCGAAAGATTGCCAGGTCTTGATGAATTTTGTCTCTTCGCACTGA
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CATATTATGCTTCATCATCTGAGCCAGCTCAGGTACGGGGTAAAACTGTCTACCTTCAATACTCCAACAGACAAGAAATTGTCAACAGCAAGAACACTGGGGATGTTGCCAGCAATGTTCTGCTGGTGACTATTGAGGGTGTAGAGGCTGGTGATGGAAACATTGATGTTCTGCATTTGgtaagtctttaaaactctaat
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CATTTTCTGCTCACAATGACTTGAATGTGAAGTTTCA
Intron 2 GTAAGTGTAT ... TGCCTTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.16 | 7 | 16 | 7 |
| A2 | 70.37 | 4 | 10 | 9 |
| A3 | 58.33 | 5 | 5 | 9 |
| A4 | 58.82 | 7 | 6 | 14 |
| A5 | 77.78 | 2 | 4 | 10 |
| A6 | 27.27 | 4 | 0 | 3 |
| A7 | 33.33 | 4 | 3 | 1 |
| A8 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A9 | 25 | 9 | 4 | 2 |
| A10 | 38.46 | 4 | 3 | 2 |
>TRINITY_DN112400_c7_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoformCCGAGCCGTCTGCGCTTAGCCCTTTAATCCCCCTCTCTGGGTTATCAAACTCGTTTAACACTATATCATTACACTCATTCAGATGCAAAAGTTGATGAATGATGCGTATAATACGCCGAGCATACGTGGAATAAATGATTGTATGCTGATTTGCACGGGGAAAGAGGGCATTCGGATCTAATATTAAACAAAAATTCGTG
GGCAGAGCGTTAAATTTCCAAGGTTTCAGTCGGGGGACGAAGCTTTTATTAGGTTAAATTTCTATAGCTGTTCAACTTTACTGGTTTCAGTGGTCGAACCACCCATCAGAGCTTCGTCGTTTTATGTACGCGGCTCAAACGTGGTTCTACTTTTCTCGAAAGATTGCCAGGTCTTGATGAATTTTGTCTCTTCGCACTGA
GAGGAAGAAGCAATTTTTTGACTGTGTTCTTACAGGCTCTTGCGGGCAGTTAAATTTACTACAGTGTAATATAATTGAATGCTTTTGACCTTCTCGATAGAACTTAGAAATTGTTCCTCTCTTAGTCTAAACCAAGAGGTAGAGTGAGATTTTGAACTGTGGTAGGAGTAATTGCATGAACAAATGGCTTCCATAGCTGG
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CATATTATGCTTCATCATCTGAGCCAGCTCAGGTACGGGGTAAAACTGTCTACCTTCAATACTCCAACAGACAAGAAATTGTCAACAGCAAGAACACTGGGGATGTTGCCAGCAATGTTCTGCTGGTGACTATTGAGGGTGTAGAGGCTGGTGATGTCAGCATTGATGTTCTGCATTTGTTACAAACAAAGGGTTATACT
TGATGTATGGCTTGTGTTTGACATAACTGTACATGGATCAGCAGGTCCATGTCACGGACACATCTTCGGTGGCCGCCTACTGCATTGGGAGATAGCGCACGTTTTCTCAGCCTTTGGTTTTGTGCACAAGATTGCAACCTTTGAGAAAAGTGCTGGATTTCAGGCTCTGGTGCAATTTAGTGACCCAAATACAGCCACCT
CTGCAAAAAATGCACTGGATGGAAGAAGCATTCCAAGATATCTTCTGCCAGAGCATGTGGGATTGTGCAGCTTGAGGATCACATTTTCTGCTCACAATGACTTGAATGTGAAGTTTCA
>TRINITY_DN112400_c7_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:CCGAGCCGTCTGCGCTTAGCCCTTTAATCCCCCTCTCTGGGTTATCAAACTCGTTTAACACTATATCATTACACTCATTCAGATGCAAAAGTTGATGAATGATGCGTATAATACGCCGAGCATACGTGGAATAAATGATTGTATGCTGATTTGCACGGGGAAAGAGGGCATTCGGATCTAATATTAAACAAAAATTCGTG
GGCAGAGCGTTAAATTTCCAAGGTTTCAGTCGGGGGACGAAGCTTTTATTAGGTTAAATTTCTATAGCTGTTCAACTTTACTGGTTTCAGTGGTCGAACCACCCATCAGAGCTTCGTCGTTTTATGTACGCGGCTCAAACGTGGTTCTACTTTTCTCGAAAGATTGCCAGGTCTTGATGAATTTTGTCTCTTCGCACTGA
GAGGAAGAAGCAATTTTTTGACTGTGTTCTTACAGGCTCTTGCGGGCAGTTAAATTTACTACAGTGTAATATAATTGAATGCTTTTGACCTTCTCGATAGAACTTAGAAATTGTTCCTCTCTTAGTCTAAACCAAGAGGTAGAGTGAGATTTTGAACTGTGGTAGGAGTAATTGCATGAACAAATGGCTTCCATAGCTGG
ACAACCACAGTTCCGTTACACTCAGCCACCTTCCAAGGTTCTACACCTCAGGAATTTGCCCTGGGAGTGTACTGAAGAGGAACTTATTGAAATTGGCAAGCCATTTGGTAAAATTGTCAACACAAAAGTGAATGTTGGAGCTAATCGTAACCAGGCCTTTGTTGAATTTgtaagtgtatcttgccgcgagattctctttc
tgttcttctaattgtctttttaccttgggtttgaggcattcattaactttgtcgagaatgatggctcccagaagatttggaaaccatgccttaaacattttagacggaaaataggtgcaatatctgaccttgatatttttgcttagaaattgcatttcctcatgacatgtgagaatattttcctgaactgtaatcaattt
tcttagtttgattattgttgtgatgccttatagGCGGATTTGAATCAAGCCATTTCAATGGTTTCATATTATGCTTCATCATCTGAGCCAGCTCAGGTACGGGGTAAAACTGTCTACCTTCAATACTCCAACAGACAAGAAATTGTCAACAGCAAGAACACTGGGGATGTTGCCAGCAATGTTCTGCTGGTGACTATTGA
GGGTGTAGAGGCTGGTGATGTCAGCATTGATGTTCTGCATTTGTTACAAACAAAGGGTTATACTTGATGTATGGCTTGTGTTTGACATAACTGTACATGGATCAGCAGGTCCATGTCACGGACACATCTTCGGTGGCCGCCTACTGCATTGGGAGATAGCGCACGTTTTCTCAGCCTTTGGTTTTGTGCACAAGATTGCA
ACCTTTGAGAAAAGTGCTGGATTTCAGGCTCTGGTGCAATTTAGTGACCCAAATACAGCCACCTCTGCAAAAAATGCACTGGATGGAAGAAGCATTCCAAGATATCTTCTGCCAGAGCATGTGGGATTGTGCAGCTTGAGGATCACATTTTCTGCTCACAATGACTTGAATGTGAAGTTTCA
Intron 3 GTAAGTGTAT ... TGCCTTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.16 | 7 | 16 | 7 |
| A2 | 70.37 | 4 | 10 | 9 |
| A3 | 58.33 | 5 | 5 | 9 |
| A4 | 61.11 | 7 | 8 | 14 |
| A5 | 80 | 2 | 6 | 10 |
| A6 | 27.27 | 4 | 0 | 3 |
| A7 | 33.33 | 4 | 3 | 1 |
| A8 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A9 | 25 | 9 | 4 | 2 |
| A10 | 38.46 | 4 | 3 | 2 |
>TRINITY_DN105638_c0_g2_i1 from sample A4 / Example spliced isoformGAAAGGAGTGTGCAAGAAGAACGATAATTTACGAGACACCGACCGAGCCGTCTGCGCTTAGCCCTTTAATCCCCCTCTCTGGGTTATCAAACTCGTTTAACACTATATCATTACACTCATTCAGATGCAAAAGTTGATGAATGATGCGTATAATACGCCGAGCATACGTGGAATAAATGATTGTATGCTGATTTGCACGG
GGAAAGAGGGCATTCGGATCTAATATTAAACAAAAATTCGTGGGCAGAGCGTTAAATTTCCAAGGTTTCAGTCGGGGGACGAAGCTTTTATTAGGTTAAATTTCTATAGCTGTTCAACTTTACTGGTTTCAGTGGTCGAACCACCCATCAGAGCTTCGTCGTTTTATGTACGCGGCTCAAACGTGGTTCTACTTTTCTCG
AAAGATTGCCAGGTCTTGATGAATTTTGTCTCTTCGCACTGAGAGGAAGAAGCAATTTTTTGACTGTGTTCTTACAGGCTCTTGCGGGCAGTTAAATTTACTACAGTGTAATATAATTGAATGCTTTTGACCTTCTCGATAGAACTTAGAAATTGTTCCTCTCTTAGTCTAAACCAAGAGGTAGAGTGAGATTTTGAACT
GTGGTAGGAGTAATTGCATGAACAAATGGCTTCCATAGCTGGACAACCACAGTTCCGTTACACTCAGCCACCTTCCAAGGTTCTACACCTCAGGAATTTGCCCTGGGAGTGTACTGAAGAGGAACTTATTGAAATTGGCAAGCCATTTGGTAAAATTGTCAACACAAAAGTGAATGTTGGAGCTAATCGTAACCAGGCCT
TTGTTGAATTTGCGGATTTGAATCAAGCCATTTCAATGGTTTCATATTATGCTTCATCATCTGAGCCAGCTCAGGTACGGGGTAAAACTGTCTACCTTCAATACTCCAACAGACAAGAAATTGTCAACAGCAAGAACACTGGGGATGTTGCCAGCAATGTTCTGCTGGTGACTATTGAGGGTGTAGAGGCTGGTGATGTC
AGCATTGATGTTCTGCATTTGGTAAGTCTTTAAAACTCTACATTGAAAATATCAGGGCTTGGAGCAGAACAAGGTATTTTAGCCTCTTTAAGTCAATGCTATTTCTGTGTTTTTGTAGTAAATACTTTATTATATTGATCTATTTACAAAGGAGTGTCATGATGATGAAAATATTTTTGATGTGCCTCTTGTGAATTTCA
GTTACAAACAAAG
>TRINITY_DN105638_c0_g2_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:GAAAGGAGTGTGCAAGAAGAACGATAATTTACGAGACACCGACCGAGCCGTCTGCGCTTAGCCCTTTAATCCCCCTCTCTGGGTTATCAAACTCGTTTAACACTATATCATTACACTCATTCAGATGCAAAAGTTGATGAATGATGCGTATAATACGCCGAGCATACGTGGAATAAATGATTGTATGCTGATTTGCACGG
GGAAAGAGGGCATTCGGATCTAATATTAAACAAAAATTCGTGGGCAGAGCGTTAAATTTCCAAGGTTTCAGTCGGGGGACGAAGCTTTTATTAGGTTAAATTTCTATAGCTGTTCAACTTTACTGGTTTCAGTGGTCGAACCACCCATCAGAGCTTCGTCGTTTTATGTACGCGGCTCAAACGTGGTTCTACTTTTCTCG
AAAGATTGCCAGGTCTTGATGAATTTTGTCTCTTCGCACTGAGAGGAAGAAGCAATTTTTTGACTGTGTTCTTACAGGCTCTTGCGGGCAGTTAAATTTACTACAGTGTAATATAATTGAATGCTTTTGACCTTCTCGATAGAACTTAGAAATTGTTCCTCTCTTAGTCTAAACCAAGAGGTAGAGTGAGATTTTGAACT
GTGGTAGGAGTAATTGCATGAACAAATGGCTTCCATAGCTGGACAACCACAGTTCCGTTACACTCAGCCACCTTCCAAGGTTCTACACCTCAGGAATTTGCCCTGGGAGTGTACTGAAGAGGAACTTATTGAAATTGGCAAGCCATTTGGTAAAATTGTCAACACAAAAGTGAATGTTGGAGCTAATCGTAACCAGGCCT
TTGTTGAATTTgtaagtgtatcttgctactagattctctttctattattataattgtcttttgaccataggttggaggaattcattaattttgttgagaatgatagctcccggaatatttggaaaccatgccttgaacattttagacggaaaataggtgcaatatctgaccttgatatttttgcttagaaattgcatttc
ctcatgacatgtgagaatattttcctgaactgtaatcaattttcttagtttgattattgttgtgatgccttatagGCGGATTTGAATCAAGCCATTTCAATGGTTTCATATTATGCTTCATCATCTGAGCCAGCTCAGGTACGGGGTAAAACTGTCTACCTTCAATACTCCAACAGACAAGAAATTGTCAACAGCAAGAA
CACTGGGGATGTTGCCAGCAATGTTCTGCTGGTGACTATTGAGGGTGTAGAGGCTGGTGATGTCAGCATTGATGTTCTGCATTTGGTAAGTCTTTAAAACTCTACATTGAAAATATCAGGGCTTGGAGCAGAACAAGGTATTTTAGCCTCTTTAAGTCAATGCTATTTCTGTGTTTTTGTAGTAAATACTTTATTATATT
GATCTATTTACAAAGGAGTGTCATGATGATGAAAATATTTTTGATGTGCCTCTTGTGAATTTCAGTTACAAACAAAG