sp|Q9ZUZ6|WTF9_ARATH ----> Protein WHAT'S THIS FACTOR 9, mitochondrial

Intron 1 GTATGGATAG ... TCTGGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.53	70	66	29
A2	59.38	39	57	13
A3	49.59	62	61	25
A4	45.28	29	24	13
A5	57.73	41	56	7
A6	43.04	131	99	25
A7	50.71	104	107	5
A8	46.91	86	76	22
A9	52.97	103	116	5
A10	50.78	127	131	8

>TRINITY_DN123539_c0_g4_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTGGGCGATCATTCTTAGGAGCATTGCAGGGGAATGACAGCCGGAATGGAAATTCGATCCAGGGTTGCGTTGGAAAATCCTGTACATAAATTTGGATTTCGTGGGGAACCTTGCAATACTTGGTGAGACGCAGCCGTAAGAGAAAGATCCGATCCAGGAGTAGGCGCTCAACATAAGCAATCTAGGATCATCGCAGGTT
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TGGAGAAGATCTAATATGTGTATGGTCCGTCC

>TRINITY_DN123539_c0_g4_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

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Intron 2 GTATGGATAG ... ATCATCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.77	64	66	29
A2	61.29	36	57	13
A3	52.59	55	61	26
A4	44.44	30	24	15
A5	57.14	42	56	8
A6	41.6	139	99	31
A7	51.2	102	107	4
A8	46.06	89	76	25
A9	51.79	108	116	7
A10	50.38	129	131	12

>TRINITY_DN123539_c0_g4_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTGGGCGATCATTCTTAGGAGCATTGCAGGGGAATGACAGCCGGAATGGAAATTCGATCCAGGGTTGCGTTGGAAAATCCTGTACATAAATTTGGATTTCGTGGGGAACCTTGCAATACTTGGTGAGACGCAGCCGTAAGAGAAAGATCCGATCCAGGAGTAGGCGCTCAACATAAGCAATCTAGGTTATTTTGCTTCC
ATGATTACGATATTCATTGATGATATTCTTCAGCTATAAATTACCGTGTATGTTATAGATCGTTGCCTTCAGGATATATATATATCCACCTCGGTTAAGTGTTCATAGATTTCCTGTCATCGTGATTGAGAGCGATCTTACCTACATGTGAAGTGATCGGAATCTATCACATAAGTGATGACTTTAATTAATGTTTAAAT
ATTATGATGAAATCATATTATAAATGTGTTGGTATCATCTTTAAATTTTATGACAAGATCTTAGATCTCTTCGAGATAAGCATTGTTAGGATGAAATGGTATCTCTTCCAGAAGATCTTGGTCATGTTTTCTCTTCGATGAGTATGCTGATGCTATTGGATAAAGATCTAGGTGAATTAGATTCGCTGAGATTTGTTTAA
TTTCAGTTAGCAATTTTGAATTGCTGGATGTAACCGAGATTTTGGAGGAATATATGATGCGACAATTTGGTGGACGTAGCCCAAAGATTTTTGGGTGAACCACGTTTATATTTGGTGTATGATGGTTAGTGTATTATTGTCATGTGACTTATTGTTAGAATGTATGGAATGGTTATTAGGTTGCCCAAGTGGAGAAGATC
TAATATGTGTATGGTCCGTCC

>TRINITY_DN123539_c0_g4_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTGGGCGATCATTCTTAGGAGCATTGCAGGGGAATGACAGCCGGAATGGAAATTCGATCCAGGGTTGCGTTGGAAAATCCTGTACATAAATTTGGATTTCGTGGGGAACCTTGCAATACTTGGTGAGACGCAGCCGTAAGAGAAAGATCCGATCCAGGAGTAGGCGCTCAACATAAGCAATCTAGgtatggatagagtt
accctggtaattgttttggattctgctattcgtgaagttacaaataatttgaaggagaaaagattagagacaagatcctgtgcagtttcttgtttaatacattgccaggattttaaatgttagatttctgggtttttatattgaagaaatctgagtgaagtatagacgagatcatagctccttacttatgttttagcatt
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ttaggttatactgtcattgatatgttaaatctttggtaaatatcggttgaggatctccgtaggctgttctgctaccttgttttttgttgtattgatattctctggtgtaggatcatcgcagGTTATTTTGCTTCCATGATTACGATATTCATTGATGATATTCTTCAGCTATAAATTACCGTGTATGTTATAGATCGTTG
CCTTCAGGATATATATATATCCACCTCGGTTAAGTGTTCATAGATTTCCTGTCATCGTGATTGAGAGCGATCTTACCTACATGTGAAGTGATCGGAATCTATCACATAAGTGATGACTTTAATTAATGTTTAAATATTATGATGAAATCATATTATAAATGTGTTGGTATCATCTTTAAATTTTATGACAAGATCTTAGA
TCTCTTCGAGATAAGCATTGTTAGGATGAAATGGTATCTCTTCCAGAAGATCTTGGTCATGTTTTCTCTTCGATGAGTATGCTGATGCTATTGGATAAAGATCTAGGTGAATTAGATTCGCTGAGATTTGTTTAATTTCAGTTAGCAATTTTGAATTGCTGGATGTAACCGAGATTTTGGAGGAATATATGATGCGACAA
TTTGGTGGACGTAGCCCAAAGATTTTTGGGTGAACCACGTTTATATTTGGTGTATGATGGTTAGTGTATTATTGTCATGTGACTTATTGTTAGAATGTATGGAATGGTTATTAGGTTGCCCAAGTGGAGAAGATCTAATATGTGTATGGTCCGTCC