sp|Q8W034|RNP1_ARATH ----> Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1
Intron 1 GTTAGTCAGA ... GCATGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45 | 11 | 12 | 6 |
| A2 | 41.38 | 17 | 10 | 14 |
| A3 | 52 | 6 | 2 | 11 |
| A4 | 35.14 | 12 | 9 | 4 |
| A5 | 60 | 2 | 4 | 2 |
| A6 | 46.67 | 8 | 5 | 9 |
| A7 | 32.2 | 20 | 11 | 8 |
| A8 | 11.11 | 12 | 1 | 2 |
| A9 | 13.51 | 16 | 4 | 1 |
| A10 | 28 | 18 | 11 | 3 |
>TRINITY_DN113275_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTCGGCGATCTGCCTCATAAGTTTTTCAAGAACGACGACGTGATATTGACCCTCCATTGCGAAATTTGCACAAAACTATTTTGTACTTTTGAAAAAATGCCTCGAGCTCCAGGGGAATGGAGCGGAGAGAGGGCTAAGTTCTGATTTACAGAATATATAAACGAAAGCAAGCAGATGGACTGATCAAGAACAGGACATTGA
TTTCTCGAATAATTCTCATGGATTTTATCTGATTTGGGAAGAGGAGAACCAGAGAGTGAGAAAGAGAGAGAGATAGGGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAGGAATGAGAGGAGAGACAGGCTCAAACACAACTCGGACACTTATATTATTGCAACATTTTCCACAATGACTGGCAATAGAAAGCTTGTGGTTTTAGGCATTCC
CTGGGATGTGGATACTGAAGGCTTGAGACAATACATGTGCCAATTTGGTGACTTGGAGGATGTAATTGTAATGAAGGATCGTTTATCGGGACGATCTCGTGGATTTGGATATGTTACCTTCTCCTCTTATGAAGGTGCAGAGAAAGCAGTGGCGAGTCAACATGTTTTACAAGGGAGGATTCTTGAGGTCAAAATAGCAA
CCCCAAAGGATGAGATGAGGCCCACAAGTAGGAAAATCACTCGCATATTTGTTGCGCGAATCTCTCCAACTGTTACAGATGAAATATTTCGAAGCTACTTCGAGAAATATGGCTCCATTCTAGATGCTTATTTGCCAAAGGACCAAACAACAAAGCAACATCGTGGAATTGGATTTGTTACATATGAAAATGCAGAGTCT
GTTGACAAAGTTATGTCAGAGAGTCATGAGCTCGCGGGATCAACTATTGCTGTAGATCGAGCAAATCCAAAGTGTGATACCCTGAAGGAGGAGACTGGAAAAGTTTGGGAAAGGACCTTTCCTGGAGCCAGTGGTGTTTTTAACAGTCATGTAAACACAACAGACTTTGGACCTTTTTATGTGTCAGCTTTTGGAGGTTG
TGACTTCCCAGGATCAGATAGAGCGGCTATAGGAAATACATATGAAAGCAACTGTGGAAGAACCAACCCATGGTCAGCAGGTCTACCTGCACCACAAGTTGGAGGACCTTTGCCAGGAATACCGGGTATTCATCCATCAGCCATGAATTATGGCTCAACTGATCCTAATTTTGCTCCGTCCAGAGTGGGGAGAAAAATAT
TTGTAGGGCGTATTCCAGTTGAAGCAACAGCTGAAGACTTGCAATTATATTTCAGTCAATTTGGTCAGATTTTGGATGTGTATCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATATCCCATAGAGGTTTTGGTTTTGTGACTTTTGCGGAAGAGTCTACTGCTGAGCATGTTTCTCAGAGGAGACATGAGATCCTTGGGCACTTGATT
GCAGTTGATCGTGCTTCACCATTGGATGAAACGCCAAGTGTAGGAGTCTATGCTCCTTCTGGAATGGGAAAAAAGATTTTCATTGGTCGCATTCCAGTTGAAGCAACGACTGAAGACTTGAGACTGTATTTTAGCCAGTATGGGTGCATTTTAGATGTGTACCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATCTCCCACAGAGGATT
TGGCTTTGTCACCTTTGCAGAAGAGTCTACAGCTGAGCATGTTGCTCAAAAGACACATGACATTCTTGGGCATCGGATTGCAGTTGATCGTGCAGCACCTTTGGACGAGACACGGAGTGGATTAAAGCCATCGAATGCTTTATTTGGAGGTGCTGGTGGTCCACTAAGAGGATCTAGCTCTACCATCTCTGGAAGTGCTT
ATGGAAACACACCTGCTAACCTTGGTTTTAATAGTAGTTGGACTCCATATGGTGGGTTGGGACAAATGGCTGCTTCTGATGGAGGTCCAAGTGGTCATCGGACTTCCAGGATGGAACCCCGTTACAGGCCGTACTAGGATAGAATTGTTGTGTAAAGTGATGTTAAATTGCCATCATTTTCTTGGGGCTTTTGGAAGATG
CTTTTGAAGTTAGATCATTGACATACCTGTCATCATTAAAGAAATTATTTCTGATGCTTTGGTTTATTAATGATGTGCTTTGATTGGAGTGTTAATAACTGTTAGATAGGAAGTTTGGGCTCATATAATTTGCTTGTTTTGCCTATATTTTGATTTTTTCTATTCATATGGCAATTGACTCAATAATCTGGACTCATCAT
TCAGACGGTAGCAAGTTTGCTAACCATTGCCACTAATTGATGGTGAAGTTAGTTATTCTAGTTAGTTTGATCAGCACTCCAATTTTGATTGTTCTGAAATACATCATTTTCTTACATTCACTGAGTGACTAGTAACTTCAGC
>TRINITY_DN113275_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCGGCGATCTGCCTCATAAGTTTTTCAAGAACGACGACGTGATATTGACCCTCCATTGCGAAATTTGCACAAAACTATTTTGTACTTTTGAAAAAATGCCTCGAGCTCCAGGGGAATGGAGCGGAGAGAGGGCTAAGTTCTGATTTACAGAATATATAAACGAAAGCAAGCAGATGGACTGATCAAGAACAGGACATTGA
TTTCTCGAATAATTCTCATGGATTTTATCTGATTTGgttagtcagattatagataatacatatgaatgtctcttcacatctgcatctcatgctaatactctgcctctgctacagaccgtagtgggcaatttctttgtgcggcaaacctcaaccaaggaggatttttagtccgttagattgcttaagcctcccaagttgtg
taattttttccccccgtattttttttggttgttttgaaggttgtaaattatgaatcccttgcattgccaagatactagacatgtggggggcaagtccctgggtgatgtgattacatcctcctcctcaggcctcacgcctgtactaatatctctgatgtaatgtcatgctttgtgagccatctttagcttctgattatttt
gcgattattatctattagatgtttgaaagtttatccatatgttggaatttcattccacacgaatacttgatttgatgtttaaaagtctatccctatgttggaatttcattccacatgaatacttcatgtgtttctgggcagagtttggtatttttgacataggagtaaatatgacaaccataggagtccgagttcagcag
cttcttagtcacccatctggcggttttgggtttttaagctacccagttggctgttctggtacttccaagcttctacttgtgcaagctgtaggtgctcttttgaatagtgaaaagaagtcattcttctgactagttgttatatactggtgtggaaatacattgtattccgtgcccttgagcttagccttgatctgttaaat
gaaaggttagcctcagcaaggagtgaatttagtatgtgcatgtgcagGGAAGAGGAGAACCAGAGAGTGAGAAAGAGAGAGAGATAGGGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAGGAATGAGAGGAGAGACAGGCTCAAACACAACTCGGACACTTATATTATTGCAACATTTTCCACAATGACTGGCAATAGAAAGCTTGTGGTT
TTAGGCATTCCCTGGGATGTGGATACTGAAGGCTTGAGACAATACATGTGCCAATTTGGTGACTTGGAGGATGTAATTGTAATGAAGGATCGTTTATCGGGACGATCTCGTGGATTTGGATATGTTACCTTCTCCTCTTATGAAGGTGCAGAGAAAGCAGTGGCGAGTCAACATGTTTTACAAGGGAGGATTCTTGAGGT
CAAAATAGCAACCCCAAAGGATGAGATGAGGCCCACAAGTAGGAAAATCACTCGCATATTTGTTGCGCGAATCTCTCCAACTGTTACAGATGAAATATTTCGAAGCTACTTCGAGAAATATGGCTCCATTCTAGATGCTTATTTGCCAAAGGACCAAACAACAAAGCAACATCGTGGAATTGGATTTGTTACATATGAAA
ATGCAGAGTCTGTTGACAAAGTTATGTCAGAGAGTCATGAGCTCGCGGGATCAACTATTGCTGTAGATCGAGCAAATCCAAAGTGTGATACCCTGAAGGAGGAGACTGGAAAAGTTTGGGAAAGGACCTTTCCTGGAGCCAGTGGTGTTTTTAACAGTCATGTAAACACAACAGACTTTGGACCTTTTTATGTGTCAGCT
TTTGGAGGTTGTGACTTCCCAGGATCAGATAGAGCGGCTATAGGAAATACATATGAAAGCAACTGTGGAAGAACCAACCCATGGTCAGCAGGTCTACCTGCACCACAAGTTGGAGGACCTTTGCCAGGAATACCGGGTATTCATCCATCAGCCATGAATTATGGCTCAACTGATCCTAATTTTGCTCCGTCCAGAGTGGG
GAGAAAAATATTTGTAGGGCGTATTCCAGTTGAAGCAACAGCTGAAGACTTGCAATTATATTTCAGTCAATTTGGTCAGATTTTGGATGTGTATCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATATCCCATAGAGGTTTTGGTTTTGTGACTTTTGCGGAAGAGTCTACTGCTGAGCATGTTTCTCAGAGGAGACATGAGATCCTTG
GGCACTTGATTGCAGTTGATCGTGCTTCACCATTGGATGAAACGCCAAGTGTAGGAGTCTATGCTCCTTCTGGAATGGGAAAAAAGATTTTCATTGGTCGCATTCCAGTTGAAGCAACGACTGAAGACTTGAGACTGTATTTTAGCCAGTATGGGTGCATTTTAGATGTGTACCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATCTCC
CACAGAGGATTTGGCTTTGTCACCTTTGCAGAAGAGTCTACAGCTGAGCATGTTGCTCAAAAGACACATGACATTCTTGGGCATCGGATTGCAGTTGATCGTGCAGCACCTTTGGACGAGACACGGAGTGGATTAAAGCCATCGAATGCTTTATTTGGAGGTGCTGGTGGTCCACTAAGAGGATCTAGCTCTACCATCTC
TGGAAGTGCTTATGGAAACACACCTGCTAACCTTGGTTTTAATAGTAGTTGGACTCCATATGGTGGGTTGGGACAAATGGCTGCTTCTGATGGAGGTCCAAGTGGTCATCGGACTTCCAGGATGGAACCCCGTTACAGGCCGTACTAGGATAGAATTGTTGTGTAAAGTGATGTTAAATTGCCATCATTTTCTTGGGGCT
TTTGGAAGATGCTTTTGAAGTTAGATCATTGACATACCTGTCATCATTAAAGAAATTATTTCTGATGCTTTGGTTTATTAATGATGTGCTTTGATTGGAGTGTTAATAACTGTTAGATAGGAAGTTTGGGCTCATATAATTTGCTTGTTTTGCCTATATTTTGATTTTTTCTATTCATATGGCAATTGACTCAATAATCT
GGACTCATCATTCAGACGGTAGCAAGTTTGCTAACCATTGCCACTAATTGATGGTGAAGTTAGTTATTCTAGTTAGTTTGATCAGCACTCCAATTTTGATTGTTCTGAAATACATCATTTTCTTACATTCACTGAGTGACTAGTAACTTCAGC
Intron 2 GTATATTATT ... TATCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.81 | 8 | 3 | 2 |
| A2 | 18.52 | 11 | 2 | 3 |
| A3 | 47.06 | 9 | 4 | 12 |
| A4 | 28.57 | 5 | 2 | 2 |
| A5 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A6 | 20 | 28 | 2 | 12 |
| A7 | 22.39 | 26 | 7 | 8 |
| A8 | 25.81 | 23 | 10 | 6 |
| A9 | 19.23 | 21 | 5 | 5 |
| A10 | 17.39 | 19 | 2 | 6 |
>TRINITY_DN40888_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformCAAAACTCTAAGATGCTCGCTTCGGATGTGATGAATGGTCTACCTCATGTCCCTTAGTTAAGGGCTTACTTCCAATGTGGTCGGCGATCTGCCTCATAAGTTTTTCAAGAACGACGACGTGATATTGACCCTCCATTGCGAAATTTGCACAAAACTATTTTGTACTTTTGAAAAAATGCCTCGAGCTCCAGGGGAATGGA
GCGGAGAGAGGGCTAAGTTCTGATTTACAGAATATATAAACGAAAGCAAGCAGATGGACTGATCAAGAACAGGACATTGATTTCTCGAATAATTCTCATGGATTTTATCTGATTTGGGAAGAGGAGAACCAGAGAGTGAGAAAGAGAGAGAGATAGGGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAGGAATGAGAGGAGAGACAGGCTC
AAACACAACTCGGACACTTATATTATTGCAACATTTTCCACAATGACTGGCAATAGAAAGCTTGTGGTTTTAGGCATTCCCTGGGATGTGGATACTGAAGGCTTGAGACAATACATGTGCCAATTTGGTGACTTGGAGGATGTAATTGTAATGAAGGATCGTTTATCGGGACGATCTCGTGGATTTGGATATGTTACCTT
CTCCTCTTATGAAGGTGCAGAGAAAGCAGTGGCGAGTCAACATGTTTTACAAGGGAGGATTCTTGAGGTCAAAATAGCAACCCCAAAGGATGAGATGAGGCCCACAAGTAGGAAAATCACTCGCATATTTGTTGCGCGAATCTCTCCAACTGTTACAGATGAAATATTTCGAAGCTACTTCGAGAAATATGGCTCCATTC
TAGATGCTTATTTGCCAAAGGACCAAACAACAAAGCAACATCGTGGAATTGGATTTGTTACATATGAAAATGCAGAGTCTGTTGACAAAGTTATGTCAGAGAGTCATGAGCTCGCGGGATCAACTATTGCTGTAGATCGAGCAAATCCAAAGTGTGATACCCTGAAGGAGGAGACTGGAAAAGTTTGGGAAAGAAACTTT
CCTGGAGCCAGTGGTGTTTTTAACAGTCATGTAAACACAACAGACTTTGGACCTTTTTATGTGTCAGCTTTTGGAGGTTGTGACTTCCCAGGATCAGATAGAGCGGCTATAGGAAATACATATGAAAGCAACTGTGGAAGAACCAACCCATGGTCAGCAGGTCTACCTGCACCACAAGTTGGAGGACCTTTGCCAGGAAT
ACCGGGTATTCATCCATCAGCCATGAATTATGGCTCAACTGATCCTAATTTTGCTCCGTCCAGAGTGGGGAGAAAAATATTTGTAGGGCGTATTCCAGTTGAAGCAACAGCTGAAGACTTGCAATTATATTTCAGTCAATTTGGTCAGATTTTGGATGTGTATCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATATCCCATAGAGGTT
TTGGTTTTGTGACTTTTGCGGAAGAGTCTACTGCTGAGCATGTTTCTCAGAGGAGACATGAGATCCTTGGGCACTTGATTGCAGTTGATCGTGCTTCACCATTGGATGAAACGCCAAGTGTAGGAGTCTATGCTCCTTCTGGAATGGGAAAAAAGATTTTCATTGGTCGCATTCCAGTTGAAGCAACGACTGAAGACTTG
AGACTGTATTTTAGCCAGTATGGGTGCATTTTAGATGTGTACCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATCTCCCACAGAGGATTTGGCTTTGTCACCTTTGCAGAAGAGTCTACAGCTGAGCATGTTGCTCAAAAGACACATGACATTCTTGGGCATCGGATTGCAGTTGATCGTGCAGCACCTTTGGACGAGACACGGAGTGG
ATTAAAGCCATCGAATGCTTTATTTGGAGGTGCTGGTGGTCCACTAAGAGGATCTAGCTCTACCATCTCTGGAAGTGCTTATGGAAACACACCTGCTAACCTTGGTTTTAATAGTAGTTGGACTCCATATGGTGGGTTGGGACAAATGGCTGCTTCTGATGGAGGTCCAAGTGGTCATCGGACTTCCAGGATGGAACCCC
GTTACAGGCCGTACTAGGATAGAATTGTTGTGTAAAGTGATGTTAAATTGCCATCATTTTCTTGGGGCTTTTGGAAGATGCTTTTGAAGTTAGATCATTGACATACCTGTCATCATTAAAGAAATTATTTCTGATGCTTTGGTTTATTAATGATGTGCTTTGATTGGAGTGTTAATAACTGTTAGATAGGAAGTTTGGGC
TCATATAATTTGCTTGTTTTGCCTATATTTTGATTTTTTCTATTCATATGGCGATTGACTCAATAATCTGGACTCATCATTCAGACGGTAGCAAGTTTGCTAACCATTGCCACTAATTGATGGTGAAGTTAGTTATTCTAGTTAGTTTGATCAGCACTCCAATTTTGATTGTTCTGAAATACATCATTTTCTTACATTCA
CTGAGTGACTAGTAACTTCAGCCTTTTTGTCTTGCTGCTCGAAAGTAAGCTGTTTGATGCCTTTTCCTTGTCTTTATATTTTTCTTTTTCATTATGAGCTGAAGGTTCCTATGTCGGAGGATACTGTACAACAAATGTGTTTGAGAAAAAATGAAGCAAATGCTCAGATGAGCATGGGAACCAACTTCATTACATGATTG
TGATTAGTCTTTTCCAATGGATGATATTTTGGATTTTATCCTTGAGGGGAGACGTATCAATTCATTTAGCTTGGTTCACAGAAAATCTAATAGGATGCATCTAAAACATATTTTTAAGATTGATTTTGTACAACATACAGGAAATGCATCTCATCGTGATGTCCTTGAATTTTTCCAAATGTTCTACAAATCAAGATCTG
AAAAACCTATATGGTGGCATCCTAAGCTGCCCACCAAGGTTCAATTCCCTGAATAAGCAGATGGGTAAGGTCCAAGTCCTGTTTGATTTCGAGAGAACAGTACCTTTTGTCACAATAGTTTAGCTGAACGAAAGTGTTTGTGATGAATGGGTTGCTCCTCGAGTGCTGTTTCGCCCAGCAAGTGGGCCGCTTTTGGTGCC
TGACCTCTTCATGATAGTTGTAATGCTTCTCGTAAGTTTAAAGAAGTGCTTAAATAAAACACTGAAAACCATAGGTGGATTTAATTTGGAGCTGAGTATGTGATGATTTATTTGGACAATTTTCACACTTGTACATTTCCAGCAATGGAGTTCAAGTGCTCGTCTTCTACAGGCCATTGCTTTAAAGAGGAAGTTATAGT
GACTCCATGGAGATAAAGTGATTAATTGTTATTTTTCCTATGCATACACTAATTTTATAATTGACTAGCTCTGGTCACAGCTAGTTTTGTTGATTGCATAAGATGCTTACTTGTCTTTGTTAAACATTAAAACATAATGTCCAAGTTCTTCAGCAA
>TRINITY_DN40888_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:ATTTCTTTGTGCGGCAAACCTCAACCAAGGAGGATTTTTAGTCCGTTAGATTGCTTAAGCCTCCCAAGGAAGAGGAGAACCAGAGAGTGAGAAAGAGAGAGAGATAGGGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAGGAATGAGAGGAGAGACAGGCTCAAACACAACTCGGACACTTATATTATTGCAACATTTTCCACAATGACTG
GCAATAGAAAGCTTGTGGTTTTAGGCATTCCCTGGGATGTGGATACTGAAGGCTTGAGACAATACATGTGCCAATTTGGTGACTTGGAGGATGTAATTGTAATGAAGGATCGTTTATCGGGACGATCTCGTGGATTTGGATATGTTACCTTCTCCTCTTATGAAGGTGCAGAGAAAGCAGTGGCGAGTCAACATGTTTTA
CAAGGGAGGATTCTTGAGGTCAAAATAGCAACCCCAAAGGATGAGATGAGGCCCACAAGTAGGAAAATCACTCGCATATTTGTTGCGCGAATCTCTCCAACTGTTACAGATGAAATATTTCGAAGCTACTTCGAGAAATATGGCTCCATTCTAGATGCTTATTTGCCAAAGGACCAAACAACAAAGCAACATCGTGGAAT
TGGATTTGTTACATATGAAAATGCAGAGTCTGTTGACAAAGTTATGTCAGAGAGTCATGAGCTCGCGGGATCAACTATTGCTGTAGATCGAGCAAATCCAAAGTGTGATACCCTGAAGGAGGAGACTGGAAAAGTTTGGGAAAGAAACTTTCCTGGAGCCAGTGGTGTTTTTAACAGTCATGTAAACACAACAGACTTTG
GACCTTTTTATGTGTCAGCTTTTGGAGGTTGTGACTTCCCAGGATCAGATAGAGCGGCTATAGGAAATACATATGAAAGCAACTGTGGAAGAACCAACCCATGGTCAGCAGGTCTACCTGCACCACAAGTTGGAGGACCTTTGCCAGGAATACCGGGTATTCATCCATCAGCCATGAATTATGGCTCAACTGATCCTAAT
TTTGCTCCGTCCAGAGTGGGGAGAAAAATATTTGTAGGGCGTATTCCAGTTGAAGCAACAGCTGAAGACTTGCAATTATATTTCAGTCAATTTGGTCAGATTTTGGATGTGTATCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATATCCCATAGAGGTTTTGGTTTTGTGACTTTTGCGGAAGAGTCTACTGCTGAGCATGTTTCTCA
GAGGAGACATGAGATCCTTGGGCACTTGgtatattattgtttacatgattcagtcttcagagcataactcagatcttttatatgcacttctcattttaccctgtaaataaatcatttctatttgttcaagcattcaggaagcacagacaagagctcttttgtttgctactatttgttgggggtcttatagatcagtaacg
atacatgattcttgagtggttgagatctattggtatatgatatctttgagttggatggtttccttgagagcaataaaaagttggtgtgaagtaaaatactatgcctgtttgatatctttcagATTGCAGTTGATCGTGCTTCACCATTGGATGAAACGCCAAGTGTAGGAGTCTATGCTCCTTCTGGAATGGGAAAAAAG
ATTTTCATTGGTCGCATTCCAGTTGAAGCAACGACTGAAGACTTGAGACTGTATTTTAGCCAGTATGGGTGCATTTTAGATGTGTACCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATCTCCCACAGAGGATTTGGCTTTGTCACCTTTGCAGAAGAGTCTACAGCTGAGCATGTTGCTCAAAAGACACATGACATTCTTGGGCATCG
GATTGCAGTTGATCGTGCAGCACCTTTGGACGAGACACGGAGTGGATTAAAGCCATCGAATGCTTTATTTGGAGGTGCTGGTGGTCCACTAAGAGGATCTAGCTCTACCATCTCTGGAAGTGCTTATGGAAACACACCTGCTAACCTTGGTTTTAATAGTAGTTGGACTCCATATGGTGGGTTGGGACAAATGGCTGCTT
CTGATGGAGGTCCAAGTGGTCATCGGACTTCCAGGATGGAACCCCGTTACAGGCCGTACTAGGATAGAATTGTTGTGTAAAGTGATGTTAAATTGCCATCATTTTCTTGGGGCTTTTGGAAGATGCTTTTGAAGTTAGATCATTGACATACCTGTCATCATTAAAGAAATTATTTCTGATGCTTTGGTTTATTAATGATG
TGCTTTGATTGGAGTGTTAATAACTGTTAGATAGGAAGTTTGGGCTCATATAATTTGCTTGTTTTGCCTATATTTTGATTTTTTCTATTCATATGGCGATTGACTCAATAATCTGGACTCATCATTCAGACGGTAGCAAGTTTGCTAACCATTGCCACTAATTGATGGTGAAGTTAGTTATTCTAGTTAGTTTGATCAGC
ACTCCAATTTTGATTGTTCTGAAATACATCATTTTCTTACATTCACTGAGTGACTAGTAACTTCAGCCTTTTTGTCTTGCTGCTCGAAAGTAAGCTGTTTGATGCCTTTTCCTTGTCTTTATATTTTTCTTTTTCATTATGAGCTGAAGGTTCCTATGTCGGAGGATACTGTACAACAAATGTGTTTGAGAAAAAATGAA
GCAAATGCTCAGATGAGCATGGGAACCAACTTCATTACATGATTGTGATTAGTCTTTTCCAATGGATGATATTTTGGATTTTATCCTTGAGGGGAGACGTATCAATTCATTTAGCTTGGTTCACAGAAAATCTAATAGGATGCATCTAAAACATATTTTTAAGATTGATTTTGTACAACATACAGGAAATGCATCTCATC
GTGATGTCCTTGAATTTTTCCAAATGTTCTACAAATCAAGATCTGAAAAACCTATATGGTGGCATCCTAAGCTGCCCACCAAGGTTCAATTCCCTGAATAAGCAGATGGGTAAGGTCCAAGTCCTGTTTGATTTCGAGAGAACAGTACCTTTTGTCACAATAGTTTAGCTGAACGAAAGTGTTTGTGATGAATGGGTTGC
TCCTCGAGTGCTGTTTCGCCCAGCAAGTGGGCCGCTTTTGGTGCCTGACCTCTTCATGATAGTTGTAATGCTTCTCGTAAGTTTAAAGAAGTGCTTAAATAAAACACTGAAAACCATAGGTGGATTTAATTTGGAGCTGAGTATGTGATGATTTATTTGGACAATTTTCACACTTGTACATTTCCAGCAATGGAGTTCAA
GTGCTCGTCTTCTACAGGCCATTGCTTTAAAGAGGAAGTTATAGTGACTCCATGGAGATAAAGTGATTAATTGTTATTTTTCCTATGCATACACTAATTTTATAATTGACTAGCTCTGGTCACAGCTAGTTTTGTTGATTGCATAAGATGCTTACTTGTCTTTGTTAAACATTAAAACATAATGTCCAAGTTCTTCAGCA
A
Intron 3 GTAATTTTTT ... GCATGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.71 | 6 | 16 | 6 |
| A2 | 84 | 2 | 7 | 14 |
| A3 | 90.91 | 1 | 9 | 11 |
| A4 | 60 | 4 | 8 | 4 |
| A5 | 50 | 1 | 0 | 2 |
| A6 | 50 | 5 | 1 | 9 |
| A7 | 52.94 | 4 | 1 | 8 |
| A8 | 25 | 3 | 0 | 2 |
| A9 | 57.14 | 3 | 7 | 1 |
| A10 | 55.56 | 2 | 2 | 3 |
>TRINITY_DN40873_c11_g1_i9 from sample A9 / Example spliced isoformCTCTAAGATGCTCGCTTCGGATGTGATGAATGGTCTACCTCATGTCCCTTAGTTAAGGGCTTACTTCCAATGTGGTCGGCGATCTGCCTCATAAGTTTTTCAAGAACGACGACGTGATATTGACCCTCCATTGCGAAATTTGCACAAAACTATTTTGTACTTTTGAAAAAATGCCTCGAGCTCCAGGGGAATGGAGCGGA
GAGAGGGCTAAGTTCTGATTTACAGAATATATAAACGAAAGCAAGCAGATGGACTGATCAAGAACAGGACATTGATTTCTCGAATAATTCTCATGGATTTTATCTGATTTGACCGTAGTGGGCAATTTCTTTGTGCGGCAAACCTCAACCAAGGAGGATTTTTAGTCCGTTAGATTGCTTAAGCCTCCCAAGTTGTGGAA
GAGGAGAACCAGAGAGTGAGAAAGAGAGAGAGATAGGGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAGGAATGAGAGGAGAGACAGGCTCAAACACAACTCGGACACTTATATTATTGCAACATTTTCCACAATGACTGGCAATAGAAAGCTTGTGGTTTTAGGCATTCCCTGGGATGTGGATACTGAAGGCTTGAGACAATACATGTGC
CAATTTGGTGACTTGGAGGATGTAATTGTAATGAAGGATCGTTTATCGGGACGATCTCGTGGATTTGGATATGTTACCTTCTCCTCTTATGAAGGTGCAGAGAAAGCAGTGGCGAGTCAACATGTTTTACAAGGGAGGATTCTTGAGGTCAAAATAGCAACCCCAAAGGATGAGATGAGGCCCACAAGTAGGAAAATCAC
TCGCATATTTGTTGCGCGAATCTCTCCAACTGTTACAGATGAAATATTTCGAAGCTACTTCGAGAAATATGGCTCCATTCTAGATGCTTATTTGCCAAAGGACCAAACAACAAAGCAACATCGTGGAATTGGATTTGTTACATATGAAAATGCAGAGTCTGTTGACAAAGTTATGTCAGAGAGTCATGAGCTCGCGGGAT
CAACTATTGCTGTAGATCGAGCAAATCCAAAGTGTGATACCCTGAAGGAGGAGACTGGAAAAGTTTGGGAAAGGACCTTTCCTGGAGCCAGTGGTGTTTTTAACAGTCATGTAAACACAACAGACTTTGGACCTTTTTATGTGTCAGCTTTTGGAGGTTGTGACTTCCCAGGATCAGATAGAGCGGCTATAGGAAATACA
TATGAAAGCAACTGTGGAAGAACCAACCCATGGTCAGCAGGTCTACCTGCACCACAAGTTGGAGGACCTTTGCCAGGAATACCGGGTATTCATCCATCAGCCATGAATTATGGCTCAACTGATCCTAATTTTGCTCCGTCCAGAGTGGGGAGAAAAATATTTGTAGGGCGTATTCCAGTTGAAGCAACAGCTGAAGACTT
GCAATTATATTTCAGTCAATTTGGTCAGATTTTGGATGTGTATCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATATCCCATAGAGGTTTTGGTTTTGTGACTTTTGCGGAAGAGTCTACTGCTGAGCATGTTTCTCAGAGGAGACATGAGATCCTTGGGCACTTGATTGCAGTTGATCGTGCTTCACCATTGGATGAAACGCCAAGTG
TAGGAGTCTATGCTCCTTCTGGAATGGGAAAAAAGATTTTCATTGGTCGCATTCCAGTTGAAGCAACGACTGAAGACTTGAGACTGTATTTTAGCCAGTATGGGTGCATTTTAGATGTGTACCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATCTCCCACAGAGGATTTGGCTTTGTCACCTTTGCAGAAGAGTCTACAGCTGAGCAT
GTTGCTCAAAAGACACATGACATTCTTGGGCATCGGATTGCAGTTGATCGTGCAGCACCTTTGGACGAGACACGGAGTGGATTAAAGCCATCGAATGCTTTATTTGGAGGTGCTGGTGGTCCACTAAGAGGATCTAGCTCTACCATCTCTGGAAGTGCTTATGGAAACACACCTGCTAACCTTGGTTTTAATAGTAGTTG
GACTCCATATGGTGGGTTGGGACAAATGGCTGCTTCTGATGGAGGTCCAAGTGGTCATCGGACTTCCAGGATGGAACCCCGTTACAGGCCGTACTAGGATAGAATTGTTGTGTAAAGTGATGTTAAATTGCCATCATTTTCTTGGGGCTTTTGGAAGATGCTTTTGAAGTTAGATCATTGACATACCTGTCATCATTAAA
GAAATTATTTCTGATGCTTTGGTTTATTAATGATGTGCTTTGATTGGAGTGTTAATAACTGTTAGATAGGAAGTTTGGGCTCATATAATTTGCTTGTTTTGCCTATATTTTGATTTTTTCTATTCATATGGCAATTGACTCAATAATCTGGACTCATCATTCAGACGGTAGCAAGTTTGCTAACCATTGCCACTAATTGA
TGGTGAAGTTAGTTATTCTAGTTAGTTTGATCAGCACTCCAATTTTGATTGTTCTGAAATACATCATTTTCTTACATTCACTGAGTGACTAGTAACTTCAGCCTTTTTGTCTTGCTGCTCGAAAGTAAGCTGTTTGATGCCTTTTCCTTGTCTTTATATTTTTCTTTTTCATTATGAGCTGAAGGTTCCTATGTCGGAGG
ATACTGTACAACAAATGTGTTTGAGAAAAAATGAAGCAAATGCTCAGATGAGCATGGGAACCAACTTCATTACATGATTGTGATTAGTCTTTTCCAATGGATGATATTTTGGATTTTATCCTTGAGGGGAGACGTATCAATTCATTTAGCTTGGTTCACAGAAAATCTAATAGGATGCATCTAAAACATATTTTTAAGAT
TGATTTTGTACAACATACAGGAAATGCATCTCATCGTGATGTCCTTGAATTTTTCCAAATGTTCTACAAATCAAGATCTGAAAAACCTATATGGTGGCATCCTAAGCTGCCCACCAAGGTTCAATTCCCTGAATAAGCAGATGGGTAAGGTCCAAGTCCTGTTTGATTTCGAGAGAACAGTACCTTTTGTCACAATAGTT
TAGCTGAACGAAAGTGTTTGTGATGAATGGGTTGCTCCTCGAGTGCTGTTTCGCCCAGCAAGTGGGCCGCTTTTGGTGCCTGACCTCTTCATGATAGTTGTAATGCTTCTCGTAAGTTTAAAGAAGTGCTTAAATAAAACACTGAAAACCATAGGTGGATTTAATTTGGAGCTGAGTATGTGATGATTTATTTGGACAAT
TTTCACACTTGTACATTTCCAGCAATGGAGTTCAAGTGCTCGTCTTCTACAGGCCATTGCTTTAAAGAGGAAGTTATAGTGACTCCATGGAGATAAAGTGATTAATTGTTATTTTTCCTATGCATACACTAATTTTATAATTGACTAGCTCTGGTCACAGCTAG
>TRINITY_DN40873_c11_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:CTCTAAGATGCTCGCTTCGGATGTGATGAATGGTCTACCTCATGTCCCTTAGTTAAGGGCTTACTTCCAATGTGGTCGGCGATCTGCCTCATAAGTTTTTCAAGAACGACGACGTGATATTGACCCTCCATTGCGAAATTTGCACAAAACTATTTTGTACTTTTGAAAAAATGCCTCGAGCTCCAGGGGAATGGAGCGGA
GAGAGGGCTAAGTTCTGATTTACAGAATATATAAACGAAAGCAAGCAGATGGACTGATCAAGAACAGGACATTGATTTCTCGAATAATTCTCATGGATTTTATCTGATTTGGTTAGTCAGATTATAGATAATACATATGAATGTCTCTTCACATCTGCATCTCATGCTAATACTCTGCCTCTGCTACAGACCGTAGTGGG
CAATTTCTTTGTGCGGCAAACCTCAACCAAGGAGGATTTTTAGTCCGTTAGATTGCTTAAGCCTCCCAAGTTGTgtaattttttccccccgtattttttttggttgttttgaaggttgtaaattatgaatcccttgcattgccaagatactagacatgtggggggcaagtccctgggtgatgtgattacatcctcctcct
caggcctcacgcctgtactaatatctctgatgtaatgtcatgctttgtgagccatctttagcttctgattattttgcgatcattatctattagatgtttgaaagtttatccatatgttggaatttcattccacacgaatacttgatttgatgtttaaaagtctatccctatgttggaatttcattccacatgaatacttc
atgtgtttctgggcagagtttggtatttttgacataggagtaaatatgacaaccataggagtccgagttcagcagcttcttagtcacccatctggctgttttgggtttttaagctacccagttggctgttctggtacttccaagcttctacttgtgcaagctgtaggtgctcttttgaatagtgaaaagaagtcattctt
ctgactagttgttatatactggtgtggaaatacattgtattccgtgcccttgagcttagccttgatctgttaaatgaaaggttagcctcagcaaggagtgaatttagtatgtgcatgtgcagGGAAGAGGAGAACCAGAGAGTGAGAAAGAGAGAGAGATAGGGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAGGAATGAGAGGAGAGAC
AGGCTCAAACACAACTCGGACACTTATATTATTGCAACATTTTCCACAATGACTGGCAATAGAAAGCTTGTGGTTTTAGGCATTCCCTGGGATGTGGATACTGAAGGCTTGAGACAATACATGTGCCAATTTGGTGACTTGGAGGATGTAATTGTAATGAAGGATCGTTTATCGGGACGATCTCGTGGATTTGGATATGT
TACCTTCTCCTCTTATGAAGGTGCAGAGAAAGCAGTGGCGAGTCAACATGTTTTACAAGGGAGGATTCTTGAGGTCAAAATAGCAACCCCAAAGGATGAGATGAGGCCCACAAGTAGGAAAATCACTCGCATATTTGTTGCGCGAATCTCTCCAACTGTTACAGATGAAATATTTCGAAGCTACTTCGAGAAATATGGCT
CCATTCTAGATGCTTATTTGCCAAAGGACCAAACAACAAAGCAACATCGTGGAATTGGATTTGTTACATATGAAAATGCAGAGTCTGTTGACAAAGTTATGTCAGAGAGTCATGAGCTCGCGGGATCAACTATTGCTGTAGATCGAGCAAATCCAAAGTGTGATACCCTGAAGGAGGAGACTGGAAAAGTTTGGGAAAGG
ACCTTTCCTGGAGCCAGTGGTGTTTTTAACAGTCATGTAAACACAACAGACTTTGGACCTTTTTATGTGTCAGCTTTTGGAGGTTGTGACTTCCCAGGATCAGATAGAGCGGCTATAGGAAATACATATGAAAGCAACTGTGGAAGAACCAACCCATGGTCAGCAGGTCTACCTGCACCACAAGTTGGAGGACCTTTGCC
AGGAATACCGGGTATTCATCCATCAGCCATGAATTATGGCTCAACTGATCCTAATTTTGCTCCGTCCAGAGTGGGGAGAAAAATATTTGTAGGGCGTATTCCAGTTGAAGCAACAGCTGAAGACTTGCAATTATATTTCAGTCAATTTGGTCAGATTTTGGATGTGTATCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATATCCCATA
GAGGTTTTGGTTTTGTGACTTTTGCGGAAGAGTCTACTGCTGAGCATGTTTCTCAGAGGAGACATGAGATCCTTGGGCACTTGATTGCAGTTGATCGTGCTTCACCATTGGATGAAACGCCAAGTGTAGGAGTCTATGCTCCTTCTGGAATGGGAAAAAAGATTTTCATTGGTCGCATTCCAGTTGAAGCAACGACTGAA
GACTTGAGACTGTATTTTAGCCAGTATGGGTGCATTTTAGATGTGTACCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATCTCCCACAGAGGATTTGGCTTTGTCACCTTTGCAGAAGAGTCTACAGCTGAGCATGTTGCTCAAAAGACACATGACATTCTTGGGCATCGGATTGCAGTTGATCGTGCAGCACCTTTGGACGAGACACG
GAGTGGATTAAAGCCATCGAATGCTTTATTTGGAGGTGCTGGTGGTCCACTAAGAGGATCTAGCTCTACCATCTCTGGAAGTGCTTATGGAAACACACCTGCTAACCTTGGTTTTAATAGTAGTTGGACTCCATATGGTGGGTTGGGACAAATGGCTGCTTCTGATGGAGGTCCAAGTGGTCATCGGACTTCCAGGATGG
AACCCCGTTACAGGCCGTACTAGGATAGAATTGTTGTGTAAAGTGATGTTAAATTGCCATCATTTTCTTGGGGCTTTTGGAAGATGCTTTTGAAGTTAGATCATTGACATACCTGTCATCATTAAAGAAATTATTTCTGATGCTTTGGTTTATTAATGATGTGCTTTGATTGGAGTGTTAATAACTGTTAGATAGGAAGT
TTGGGCTCATATAATTTGCTTGTTTTGCCTATATTTTGATTTTTTCTATTCATATGGCAATTGACTCAATAATCTGGACTCATCATTCAGACGGTAGCAAGTTTGCTAACCATTGCCACTAATTGATGGTGAAGTTAGTTATTCTAGTTAGTTTGATCAGCACTCCAATTTTGATTGTTCTGAAATACATCATTTTCTTA
CATTCACTGAGTGACTAGTAACTTCAGCCTTTTTGTCTTGCTGCTCGAAAGTAAGCTGTTTGATGCCTTTTCCTTGTCTTTATATTTTTCTTTTTCATTATGAGCTGAAGGTTCCTATGTCGGAGGATACTGTACAACAAATGTGTTTGAGAAAAAATGAAGCAAATGCTCAGATGAGCATGGGAACCAACTTCATTACA
TGATTGTGATTAGTCTTTTCCAATGGATGATATTTTGGATTTTATCCTTGAGGGGAGACGTATCAATTCATTTAGCTTGGTTCACAGAAAATCTAATAGGATGCATCTAAAACATATTTTTAAGATTGATTTTGTACAACATACAGGAAATGCATCTCATCGTGATGTCCTTGAATTTTTCCAAATGTTCTACAAATCAA
GATCTGAAAAACCTATATGGTGGCATCCTAAGCTGCCCACCAAGGTTCAATTCCCTGAATAAGCAGATGGGTAAGGTCCAAGTCCTGTTTGATTTCGAGAGAACAGTACCTTTTGTCACAATAGTTTAGCTGAACGAAAGTGTTTGTGATGAATGGGTTGCTCCTCGAGTGCTGTTTCGCCCAGCAAGTGGGCCGCTTTT
GGTGCCTGACCTCTTCATGATAGTTGTAATGCTTCTCGTAAGTTTAAAGAAGTGCTTAAATAAAACACTGAAAACCATAGGTGGATTTAATTTGGAGCTGAGTATGTGATGATTTATTTGGACAATTTTCACACTTGTACATTTCCAGCAATGGAGTTCAAGTGCTCGTCTTCTACAGGCCATTGCTTTAAAGAGGAAGT
TATAGTGACTCCATGGAGATAAAGTGATTAATTGTTATTTTTCCTATGCATACACTAATTTTATAATTGACTAGCTCTGGTCACAGCTAG
Intron 4 GTTAGTCAGA ... TCTGCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 74.18 | 3.5 | 12 | 8 |
| A2 | 57.14 | 6 | 10 | 6 |
| A3 | 73.34 | 1.5 | 2 | 6 |
| A4 | 56.09 | 5.5 | 9 | 5 |
| A5 | 100 | 0 | 4 | 2 |
| A6 | 37.5 | 5 | 5 | 1 |
| A7 | 46.67 | 8 | 11 | 3 |
| A8 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A9 | 23.81 | 8 | 4 | 1 |
| A10 | 55.56 | 6 | 11 | 4 |
>TRINITY_DN39717_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformCAAAACTCTAAGATGCTCGCTTCGGATGTGATGAATGGTCTACCTCATGTCCCTTAGTTAAGGGCTTACTTCCAATGTGGTCGGCGATCTGCCTCATAAGTTTTTCAAGAACGACGACGTGATATTGACCCTCCATTGCGAAATTTGCACAAAACTATTTTGTACTTTTGAAAAAATGCCTCGAGCTCCAGGGGAATGGA
GCGGAGAGAGGGCTAAGTTCTGATTTACAGAATATATAAACGAAAGCAAGCAGATGGACTGATCAAGAACAGGACATTGATTTCTCGAATAATTCTCATGGATTTTATCTGATTTGACCGTAGTGGGCAATTTCTTTGTGCGGCAAACCTCAACCAAGGAGGATTTTTAGTCCGTTAGATTGCTTAAGCCTCCCAAGTTG
TGTAATTTTTTCCCCCCGTATTTTTTTTGGTTGTTTTGAAGGTTGTAAATTATGAATCCCTTGCATTGCCAAGATACTAGACATGTGGGGGGCAAGTCCCTGGGTGATGTGATTACATCCTCCTCCTCAGGCCTCACGCCTGTACTAATATCTCTGATGTAATGTCATGCTTTGTGAGCCATCTTTAGCTTCTGATTATT
TTGCGATCATTATCTATTAGATGTTTGAAAGTTTATCCATATGTTGGAATTTCATTCCACACGAATACTTGATTTGATGTTTAAAAGTCTATCCCTATGTTGGAATTTCATTCCACATGAATACTTCATGTGTTTCTGGGCAGAGTTTGGTATTTTTGACATAGGAGTAAATATGACAACCATAGGAGTCCGAGTTCAGC
AGCTTCTTAGTCACCCATCTGGCTGTTTTGGGTTTTTAAGCTACCCAGTTGGCTGTTCTGGTACTTCCAAGCTTCTACTTGTGCAAGCTGTAGGTGCTCTTTTGAATAGTGAAAAGAAGTCATTCTTCTGACTAGTTGTTATATACTGGTGTGGAAATACATTGTATTCCGTGCCCTTGAGCTTAGCCTTGATCTGTTAA
ATGAAAGGTTAGCCTCAGCAAGGAGTGAATTTAGTATGTGCATGTGCAGGGAAGAGGAGAACCAGAGAGTGAGAAAGAGAGAGAGATAGGGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAGGAATGAGAGGAGAGACAGGCTCAAACACAACTCGGACACTTATATTATTGCAACATTTTCCACAATGACTGGCAATAGAAAGCTTGTGG
TTTTAGGCATTCCCTGGGATGTGGATACTGAAGGCTTGAGACAATACATGTGCCAATTTGGTGACTTGGAGGATGTAATTGTAATGAAGGATCGTTTATCGGGACGATCTCGTGGATTTGGATATGTTACCTTCTCCTCTTATGAAGGTGCAGAGAAAGCAGTGGCGAGTCAACATGTTTTACAAGGGAGGATTCTTGAG
GTCAAAATAGCAACCCCAAAGGATGAGATGAGGCCCACAAGTAGGAAAATCACTCGCATATTTGTTGCGCGAATCTCTCCAACTGTTACAGATGAAATATTTCGAAGCTACTTCGAGAAATATGGCTCCATTCTAGATGCTTATTTGCCAAAGGACCAAACAACAAAGCAACATCGTGGAATTGGATTTGTTACATATGA
AAATGCAGAGTCTGTTGACAAAGTTATGTCAGAGAGTCATGAGCTCGCGGGATCAACTATTGCTGTAGATCGAGCAAATCCAAAGTGTGATACCCTGAAGGAGGAGACTGGAAAAGTTTGGGAAAGGACCTTTCCTGGAGCCAGTGGTGTTTTTAACAGTCATGTAAACACAACAGACTTTGGACCTTTTTATGTGTCAG
CTTTTGGAGGTTGTGACTTCCCAGGATCAGATAGAGCGGCTATAGGAAATACATATGAAAGCAACTGTGGAAGAACCAACCCATGGTCAGCAGGTCTACCTGCACCACAAGTTGGAGGACCTTTGCCAGGAATACCGGGTATTCATCCATCAGCCATGAATTATGGCTCAACTGATCCTAATTTTGCTCCGTCCAGAGTG
GGGAGAAAAATATTTGTAGGGCGTATTCCAGTTGAAGCAACAGCTGAAGACTTGCAATTATATTTCAGTCAATTTGGTCAGATTTTGGATGTGTATCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATATCCCATAGAGGTTTTGGTTTTGTGACTTTTGCGGAAGAGTCTACTGCTGAGCATGTTTCTCAGAGGAGACATGAGATCCT
TGGGCACTTGATTGCAGTTGATCGTGCTTCACCATTGGATGAAACGCCAAGTGTAGGAGTCTATGCTCCTTCTGGAATGGGAAAAAAGATTTTCATTGGTCGCATTCCAGTTGAAGCAACGACTGAAGACTTGAGACTGTATTTTAGCCAGTATGGGTGCATTTTAGATGTGTACCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATCT
CCCACAGAGGATTTGGCTTTGTCACCTTTGCAGAAGAGTCTACAGCTGAGCATGTTGCTCAAAAGACACATGACATTCTTGGGCATCGGATTGCAGTTGATCGTGCAGCACCTTTGGACGAGACACGGAGTGGATTAAAGCCATCGAATGCTTTATTTGGAGGTGCTGGTGGTCCACTAAGAGGATCTAGCTCTACCATC
TCTGGAAGTGCTTATGGAAACACACCTGCTAACCTTGGTTTTAATAGTAGTTGGACTCCATATGGTGGGTTGGGACAAATGGCTGCTTCTGATGGAGGTCCAAGTGGTCATCGGACTTCCAGGATGGAACCCCGTTACAGGCCGTACTAGGATAGAATTGTTGTGTAAAGTGATGTTAAATTGCCATCATTTTCTTGGGG
CTTTTGGAAGATGCTTTTGAAGTTAGATCATTGACATACCTGTCATCATTAAAGAAATTATTTCTGATGCTTTGGTTTATTAATGATGTGCTTTGATTGGAGTGTTAATAACTGTTAGATAGGAAGTTTGGGCTCATATAATTTGCTTGTTTTGCCTATATTTTGATTTTTTCTATTCATATGGCGATTGACTCAATAAT
CTGGACTCATCATTCAGACGGTAGCAAGTTTGCTAACCATTGCCACTAATTGATGGTGAAGTTAGTTATTCTAGTTAGTTTGATCAGCACTCCAATTTTGATTGTTCTGAAATACATCATTTTCTTACATTCACTGAGTGACTAGTAACTTCAGCCTTTTTGTCTTGCTGCTCGAAAGTAAGCTGTTTGATGCCTTTTCC
TTGTCTTTATATTTTTCTTTTTCATTATGAGCTGAAGGTTCCTATGTCGGAGGATACTGTACAACAAATGTGTTTGAGAAAAAATGAAGCAAATGCTCAGATGAGCATGGGAACCAACTTCATTACATGATTGTGATTAGTCTTTTCCAATGGATGATATTTTGGATTTTATCCTTGAGGGGAGACGTATCAATTCATTT
AGCTTGGTTCACAGAAAATCTAATAGGATGCATCTAAAACATATTTTTAAGATTGATTTTGTACAACATACAGGAAATGCATCTCATCGTGATGTCCTTGAATTTTTCCAAATGTTCTACAAATCAAGATCTGAAAAACCTATATGGTGGCATCCTAAGCTGCCCACCAAGGTTCAATTCCCTGAATAAGCAGATGGGTA
AGGTCCAAGTCCTGTTTGATTTCGAGAGAACAGTACCTTTTGTCACAATAGTTTAGCTGAACGAAAGTGTTTGTGATGAATGGGTTGCTCCTCGAGTGCTGTTTCGCCCAGCAAGTGGGCCGCTTTTGGTGCCTGACCTCTTCATGATAGTTGTAATGCTTCTCGTAAGTTTAAAGAAGTGCTTAAATAAAACACTGAAA
ACCATAGGTGGATTTAATTTGGAGCTGAGTATGTGATGATTTATTTGGACAATTTTCACACTTGTACATTTCCAGCAATGGAGTTCAAGTGCTCGTCTTCTACAGGCCATTGCTTTAAAGAGGAAGTTATAGTGACTCCATGGAGATAAAGTGATTAATTGTTATTTTTCCTATGCATACACTAATTTTATAATTGACTA
GCTCTGGTCACAGCTAGTTTTGTTGATTGCATAAGATGCTTACTTGTCTTTGTTAAACATTAAAACATAATGTCCAAGTTCTTCA
>TRINITY_DN39717_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:CAAAACTCTAAGATGCTCGCTTCGGATGTGATGAATGGTCTACCTCATGTCCCTTAGTTAAGGGCTTACTTCCAATGTGGTCGGCGATCTGCCTCATAAGTTTTTCAAGAACGACGACGTGATATTGACCCTCCATTGCGAAATTTGCACAAAACTATTTTGTACTTTTGAAAAAATGCCTCGAGCTCCAGGGGAATGGA
GCGGAGAGAGGGCTAAGTTCTGATTTACAGAATATATAAACGAAAGCAAGCAGATGGACTGATCAAGAACAGGACATTGATTTCTCGAATAATTCTCATGGATTTTATCTGATTTGgttagtcagattatagataatacatatgaatgtctcttcacatctgcatctcatgctaatactctgcctctgctacagACCGTA
GTGGGCAATTTCTTTGTGCGGCAAACCTCAACCAAGGAGGATTTTTAGTCCGTTAGATTGCTTAAGCCTCCCAAGTTGTGTAATTTTTTCCCCCCGTATTTTTTTTGGTTGTTTTGAAGGTTGTAAATTATGAATCCCTTGCATTGCCAAGATACTAGACATGTGGGGGGCAAGTCCCTGGGTGATGTGATTACATCCTC
CTCCTCAGGCCTCACGCCTGTACTAATATCTCTGATGTAATGTCATGCTTTGTGAGCCATCTTTAGCTTCTGATTATTTTGCGATCATTATCTATTAGATGTTTGAAAGTTTATCCATATGTTGGAATTTCATTCCACACGAATACTTGATTTGATGTTTAAAAGTCTATCCCTATGTTGGAATTTCATTCCACATGAAT
ACTTCATGTGTTTCTGGGCAGAGTTTGGTATTTTTGACATAGGAGTAAATATGACAACCATAGGAGTCCGAGTTCAGCAGCTTCTTAGTCACCCATCTGGCTGTTTTGGGTTTTTAAGCTACCCAGTTGGCTGTTCTGGTACTTCCAAGCTTCTACTTGTGCAAGCTGTAGGTGCTCTTTTGAATAGTGAAAAGAAGTCA
TTCTTCTGACTAGTTGTTATATACTGGTGTGGAAATACATTGTATTCCGTGCCCTTGAGCTTAGCCTTGATCTGTTAAATGAAAGGTTAGCCTCAGCAAGGAGTGAATTTAGTATGTGCATGTGCAGGGAAGAGGAGAACCAGAGAGTGAGAAAGAGAGAGAGATAGGGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAGGAATGAGAGGA
GAGACAGGCTCAAACACAACTCGGACACTTATATTATTGCAACATTTTCCACAATGACTGGCAATAGAAAGCTTGTGGTTTTAGGCATTCCCTGGGATGTGGATACTGAAGGCTTGAGACAATACATGTGCCAATTTGGTGACTTGGAGGATGTAATTGTAATGAAGGATCGTTTATCGGGACGATCTCGTGGATTTGGA
TATGTTACCTTCTCCTCTTATGAAGGTGCAGAGAAAGCAGTGGCGAGTCAACATGTTTTACAAGGGAGGATTCTTGAGGTCAAAATAGCAACCCCAAAGGATGAGATGAGGCCCACAAGTAGGAAAATCACTCGCATATTTGTTGCGCGAATCTCTCCAACTGTTACAGATGAAATATTTCGAAGCTACTTCGAGAAATA
TGGCTCCATTCTAGATGCTTATTTGCCAAAGGACCAAACAACAAAGCAACATCGTGGAATTGGATTTGTTACATATGAAAATGCAGAGTCTGTTGACAAAGTTATGTCAGAGAGTCATGAGCTCGCGGGATCAACTATTGCTGTAGATCGAGCAAATCCAAAGTGTGATACCCTGAAGGAGGAGACTGGAAAAGTTTGGG
AAAGGACCTTTCCTGGAGCCAGTGGTGTTTTTAACAGTCATGTAAACACAACAGACTTTGGACCTTTTTATGTGTCAGCTTTTGGAGGTTGTGACTTCCCAGGATCAGATAGAGCGGCTATAGGAAATACATATGAAAGCAACTGTGGAAGAACCAACCCATGGTCAGCAGGTCTACCTGCACCACAAGTTGGAGGACCT
TTGCCAGGAATACCGGGTATTCATCCATCAGCCATGAATTATGGCTCAACTGATCCTAATTTTGCTCCGTCCAGAGTGGGGAGAAAAATATTTGTAGGGCGTATTCCAGTTGAAGCAACAGCTGAAGACTTGCAATTATATTTCAGTCAATTTGGTCAGATTTTGGATGTGTATCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATATC
CCATAGAGGTTTTGGTTTTGTGACTTTTGCGGAAGAGTCTACTGCTGAGCATGTTTCTCAGAGGAGACATGAGATCCTTGGGCACTTGATTGCAGTTGATCGTGCTTCACCATTGGATGAAACGCCAAGTGTAGGAGTCTATGCTCCTTCTGGAATGGGAAAAAAGATTTTCATTGGTCGCATTCCAGTTGAAGCAACGA
CTGAAGACTTGAGACTGTATTTTAGCCAGTATGGGTGCATTTTAGATGTGTACCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATCTCCCACAGAGGATTTGGCTTTGTCACCTTTGCAGAAGAGTCTACAGCTGAGCATGTTGCTCAAAAGACACATGACATTCTTGGGCATCGGATTGCAGTTGATCGTGCAGCACCTTTGGACGAG
ACACGGAGTGGATTAAAGCCATCGAATGCTTTATTTGGAGGTGCTGGTGGTCCACTAAGAGGATCTAGCTCTACCATCTCTGGAAGTGCTTATGGAAACACACCTGCTAACCTTGGTTTTAATAGTAGTTGGACTCCATATGGTGGGTTGGGACAAATGGCTGCTTCTGATGGAGGTCCAAGTGGTCATCGGACTTCCAG
GATGGAACCCCGTTACAGGCCGTACTAGGATAGAATTGTTGTGTAAAGTGATGTTAAATTGCCATCATTTTCTTGGGGCTTTTGGAAGATGCTTTTGAAGTTAGATCATTGACATACCTGTCATCATTAAAGAAATTATTTCTGATGCTTTGGTTTATTAATGATGTGCTTTGATTGGAGTGTTAATAACTGTTAGATAG
GAAGTTTGGGCTCATATAATTTGCTTGTTTTGCCTATATTTTGATTTTTTCTATTCATATGGCGATTGACTCAATAATCTGGACTCATCATTCAGACGGTAGCAAGTTTGCTAACCATTGCCACTAATTGATGGTGAAGTTAGTTATTCTAGTTAGTTTGATCAGCACTCCAATTTTGATTGTTCTGAAATACATCATTT
TCTTACATTCACTGAGTGACTAGTAACTTCAGCCTTTTTGTCTTGCTGCTCGAAAGTAAGCTGTTTGATGCCTTTTCCTTGTCTTTATATTTTTCTTTTTCATTATGAGCTGAAGGTTCCTATGTCGGAGGATACTGTACAACAAATGTGTTTGAGAAAAAATGAAGCAAATGCTCAGATGAGCATGGGAACCAACTTCA
TTACATGATTGTGATTAGTCTTTTCCAATGGATGATATTTTGGATTTTATCCTTGAGGGGAGACGTATCAATTCATTTAGCTTGGTTCACAGAAAATCTAATAGGATGCATCTAAAACATATTTTTAAGATTGATTTTGTACAACATACAGGAAATGCATCTCATCGTGATGTCCTTGAATTTTTCCAAATGTTCTACAA
ATCAAGATCTGAAAAACCTATATGGTGGCATCCTAAGCTGCCCACCAAGGTTCAATTCCCTGAATAAGCAGATGGGTAAGGTCCAAGTCCTGTTTGATTTCGAGAGAACAGTACCTTTTGTCACAATAGTTTAGCTGAACGAAAGTGTTTGTGATGAATGGGTTGCTCCTCGAGTGCTGTTTCGCCCAGCAAGTGGGCCG
CTTTTGGTGCCTGACCTCTTCATGATAGTTGTAATGCTTCTCGTAAGTTTAAAGAAGTGCTTAAATAAAACACTGAAAACCATAGGTGGATTTAATTTGGAGCTGAGTATGTGATGATTTATTTGGACAATTTTCACACTTGTACATTTCCAGCAATGGAGTTCAAGTGCTCGTCTTCTACAGGCCATTGCTTTAAAGAG
GAAGTTATAGTGACTCCATGGAGATAAAGTGATTAATTGTTATTTTTCCTATGCATACACTAATTTTATAATTGACTAGCTCTGGTCACAGCTAGTTTTGTTGATTGCATAAGATGCTTACTTGTCTTTGTTAAACATTAAAACATAATGTCCAAGTTCTTCA
Intron 5 GTTAGTCAGA ... GCCTCCCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.11 | 11 | 12 | 11 |
| A2 | 30.61 | 17 | 10 | 5 |
| A3 | 36.84 | 6 | 2 | 5 |
| A4 | 36.84 | 12 | 9 | 5 |
| A5 | 55.56 | 2 | 4 | 1 |
| A6 | 33.33 | 8 | 5 | 3 |
| A7 | 27.27 | 20 | 11 | 4 |
| A8 | 14.29 | 12 | 1 | 3 |
| A9 | 15.79 | 16 | 4 | 2 |
| A10 | 26.53 | 18 | 11 | 2 |
>TRINITY_DN113275_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTCGGCGATCTGCCTCATAAGTTTTTCAAGAACGACGACGTGATATTGACCCTCCATTGCGAAATTTGCACAAAACTATTTTGTACTTTTGAAAAAATGCCTCGAGCTCCAGGGGAATGGAGCGGAGAGAGGGCTAAGTTCTGATTTACAGAATATATAAACGAAAGCAAGCAGATGGACTGATCAAGAACAGGACATTGA
TTTCTCGAATAATTCTCATGGATTTTATCTGATTTGGGAAGAGGAGAACCAGAGAGTGAGAAAGAGAGAGAGATAGGGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAGGAATGAGAGGAGAGACAGGCTCAAACACAACTCGGACACTTATATTATTGCAACATTTTCCACAATGACTGGCAATAGAAAGCTTGTGGTTTTAGGCATTCC
CTGGGATGTGGATACTGAAGGCTTGAGACAATACATGTGCCAATTTGGTGACTTGGAGGATGTAATTGTAATGAAGGATCGTTTATCGGGACGATCTCGTGGATTTGGATATGTTACCTTCTCCTCTTATGAAGGTGCAGAGAAAGCAGTGGCGAGTCAACATGTTTTACAAGGGAGGATTCTTGAGGTCAAAATAGCAA
CCCCAAAGGATGAGATGAGGCCCACAAGTAGGAAAATCACTCGCATATTTGTTGCGCGAATCTCTCCAACTGTTACAGATGAAATATTTCGAAGCTACTTCGAGAAATATGGCTCCATTCTAGATGCTTATTTGCCAAAGGACCAAACAACAAAGCAACATCGTGGAATTGGATTTGTTACATATGAAAATGCAGAGTCT
GTTGACAAAGTTATGTCAGAGAGTCATGAGCTCGCGGGATCAACTATTGCTGTAGATCGAGCAAATCCAAAGTGTGATACCCTGAAGGAGGAGACTGGAAAAGTTTGGGAAAGGACCTTTCCTGGAGCCAGTGGTGTTTTTAACAGTCATGTAAACACAACAGACTTTGGACCTTTTTATGTGTCAGCTTTTGGAGGTTG
TGACTTCCCAGGATCAGATAGAGCGGCTATAGGAAATACATATGAAAGCAACTGTGGAAGAACCAACCCATGGTCAGCAGGTCTACCTGCACCACAAGTTGGAGGACCTTTGCCAGGAATACCGGGTATTCATCCATCAGCCATGAATTATGGCTCAACTGATCCTAATTTTGCTCCGTCCAGAGTGGGGAGAAAAATAT
TTGTAGGGCGTATTCCAGTTGAAGCAACAGCTGAAGACTTGCAATTATATTTCAGTCAATTTGGTCAGATTTTGGATGTGTATCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATATCCCATAGAGGTTTTGGTTTTGTGACTTTTGCGGAAGAGTCTACTGCTGAGCATGTTTCTCAGAGGAGACATGAGATCCTTGGGCACTTGATT
GCAGTTGATCGTGCTTCACCATTGGATGAAACGCCAAGTGTAGGAGTCTATGCTCCTTCTGGAATGGGAAAAAAGATTTTCATTGGTCGCATTCCAGTTGAAGCAACGACTGAAGACTTGAGACTGTATTTTAGCCAGTATGGGTGCATTTTAGATGTGTACCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATCTCCCACAGAGGATT
TGGCTTTGTCACCTTTGCAGAAGAGTCTACAGCTGAGCATGTTGCTCAAAAGACACATGACATTCTTGGGCATCGGATTGCAGTTGATCGTGCAGCACCTTTGGACGAGACACGGAGTGGATTAAAGCCATCGAATGCTTTATTTGGAGGTGCTGGTGGTCCACTAAGAGGATCTAGCTCTACCATCTCTGGAAGTGCTT
ATGGAAACACACCTGCTAACCTTGGTTTTAATAGTAGTTGGACTCCATATGGTGGGTTGGGACAAATGGCTGCTTCTGATGGAGGTCCAAGTGGTCATCGGACTTCCAGGATGGAACCCCGTTACAGGCCGTACTAGGATAGAATTGTTGTGTAAAGTGATGTTAAATTGCCATCATTTTCTTGGGGCTTTTGGAAGATG
CTTTTGAAGTTAGATCATTGACATACCTGTCATCATTAAAGAAATTATTTCTGATGCTTTGGTTTATTAATGATGTGCTTTGATTGGAGTGTTAATAACTGTTAGATAGGAAGTTTGGGCTCATATAATTTGCTTGTTTTGCCTATATTTTGATTTTTTCTATTCATATGGCAATTGACTCAATAATCTGGACTCATCAT
TCAGACGGTAGCAAGTTTGCTAACCATTGCCACTAATTGATGGTGAAGTTAGTTATTCTAGTTAGTTTGATCAGCACTCCAATTTTGATTGTTCTGAAATACATCATTTTCTTACATTCACTGAGTGACTAGTAACTTCAGC
>TRINITY_DN113275_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCGGCGATCTGCCTCATAAGTTTTTCAAGAACGACGACGTGATATTGACCCTCCATTGCGAAATTTGCACAAAACTATTTTGTACTTTTGAAAAAATGCCTCGAGCTCCAGGGGAATGGAGCGGAGAGAGGGCTAAGTTCTGATTTACAGAATATATAAACGAAAGCAAGCAGATGGACTGATCAAGAACAGGACATTGA
TTTCTCGAATAATTCTCATGGATTTTATCTGATTTGgttagtcagattatagataatacatatgaatgtctcttcacatctgcatctcatgctaatactctgcctctgctacagaccgtagtgggcaatttctttgtgcggcaaacctcaaccaaggaggatttttagtccgttagattgcttaagcctcccaagGGAAG
AGGAGAACCAGAGAGTGAGAAAGAGAGAGAGATAGGGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAGGAATGAGAGGAGAGACAGGCTCAAACACAACTCGGACACTTATATTATTGCAACATTTTCCACAATGACTGGCAATAGAAAGCTTGTGGTTTTAGGCATTCCCTGGGATGTGGATACTGAAGGCTTGAGACAATACATGTGCC
AATTTGGTGACTTGGAGGATGTAATTGTAATGAAGGATCGTTTATCGGGACGATCTCGTGGATTTGGATATGTTACCTTCTCCTCTTATGAAGGTGCAGAGAAAGCAGTGGCGAGTCAACATGTTTTACAAGGGAGGATTCTTGAGGTCAAAATAGCAACCCCAAAGGATGAGATGAGGCCCACAAGTAGGAAAATCACT
CGCATATTTGTTGCGCGAATCTCTCCAACTGTTACAGATGAAATATTTCGAAGCTACTTCGAGAAATATGGCTCCATTCTAGATGCTTATTTGCCAAAGGACCAAACAACAAAGCAACATCGTGGAATTGGATTTGTTACATATGAAAATGCAGAGTCTGTTGACAAAGTTATGTCAGAGAGTCATGAGCTCGCGGGATC
AACTATTGCTGTAGATCGAGCAAATCCAAAGTGTGATACCCTGAAGGAGGAGACTGGAAAAGTTTGGGAAAGGACCTTTCCTGGAGCCAGTGGTGTTTTTAACAGTCATGTAAACACAACAGACTTTGGACCTTTTTATGTGTCAGCTTTTGGAGGTTGTGACTTCCCAGGATCAGATAGAGCGGCTATAGGAAATACAT
ATGAAAGCAACTGTGGAAGAACCAACCCATGGTCAGCAGGTCTACCTGCACCACAAGTTGGAGGACCTTTGCCAGGAATACCGGGTATTCATCCATCAGCCATGAATTATGGCTCAACTGATCCTAATTTTGCTCCGTCCAGAGTGGGGAGAAAAATATTTGTAGGGCGTATTCCAGTTGAAGCAACAGCTGAAGACTTG
CAATTATATTTCAGTCAATTTGGTCAGATTTTGGATGTGTATCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATATCCCATAGAGGTTTTGGTTTTGTGACTTTTGCGGAAGAGTCTACTGCTGAGCATGTTTCTCAGAGGAGACATGAGATCCTTGGGCACTTGATTGCAGTTGATCGTGCTTCACCATTGGATGAAACGCCAAGTGT
AGGAGTCTATGCTCCTTCTGGAATGGGAAAAAAGATTTTCATTGGTCGCATTCCAGTTGAAGCAACGACTGAAGACTTGAGACTGTATTTTAGCCAGTATGGGTGCATTTTAGATGTGTACCTTCCAAAGGATGCAAAGAAAATCTCCCACAGAGGATTTGGCTTTGTCACCTTTGCAGAAGAGTCTACAGCTGAGCATG
TTGCTCAAAAGACACATGACATTCTTGGGCATCGGATTGCAGTTGATCGTGCAGCACCTTTGGACGAGACACGGAGTGGATTAAAGCCATCGAATGCTTTATTTGGAGGTGCTGGTGGTCCACTAAGAGGATCTAGCTCTACCATCTCTGGAAGTGCTTATGGAAACACACCTGCTAACCTTGGTTTTAATAGTAGTTGG
ACTCCATATGGTGGGTTGGGACAAATGGCTGCTTCTGATGGAGGTCCAAGTGGTCATCGGACTTCCAGGATGGAACCCCGTTACAGGCCGTACTAGGATAGAATTGTTGTGTAAAGTGATGTTAAATTGCCATCATTTTCTTGGGGCTTTTGGAAGATGCTTTTGAAGTTAGATCATTGACATACCTGTCATCATTAAAG
AAATTATTTCTGATGCTTTGGTTTATTAATGATGTGCTTTGATTGGAGTGTTAATAACTGTTAGATAGGAAGTTTGGGCTCATATAATTTGCTTGTTTTGCCTATATTTTGATTTTTTCTATTCATATGGCAATTGACTCAATAATCTGGACTCATCATTCAGACGGTAGCAAGTTTGCTAACCATTGCCACTAATTGAT
GGTGAAGTTAGTTATTCTAGTTAGTTTGATCAGCACTCCAATTTTGATTGTTCTGAAATACATCATTTTCTTACATTCACTGAGTGACTAGTAACTTCAGC