sp|Q8VZJ9|CRCK2_ARATH ----> Calmodulin-binding receptor-like cytoplasmic kinase 2

Intron 1 GTATGACTTT ... TGTATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.23	92	31	45
A2	22.91	138	49	33
A3	19.16	154	47	26
A4	19.08	70	15	18
A5	36.36	42	20	28
A6	8.14	1163	115	91
A7	5.07	1499	92	68
A8	6.28	2170	160	131
A9	5.91	1544	104	90
A10	4.8	1021	74	29

>TRINITY_DN115579_c1_g4_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

TAGATGATTTACCATCTCTTGTGAGCTAATTATTTTAATTTTTTTGTTTTGGTTTTAAGTTAATTGCTTAATTTATTATATGTATTCAAGTTATGTTTTATTCATTAACAAAATTTAAATTTTAGGGGAGAGACAATTTGGAAATTGGGGGTGAAGATGTGGGTTCTTTAATGATCTTTGATATAAGTTTAATGTTTTAA
TTTTTTTGGATTTATTTGAAGATTGTTTGCATGCTTTAGGATTCATAAATTACTTTTGTACATGTTGCAGCTTGGCTCTTTGAGATCCTTTGGAGCCAAAGGGAAGGCTCTAGTGGAAAAAAGTGGTGGACATGCATTCAAATAATTTGATGTTGAGTTGAGTCCGAGGGAAGGTCCTAGTGGAAAATAGTGGAAAGATA
TTGGTCCAGATGGACAGTGGTTCA

>TRINITY_DN115579_c1_g4_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TAGATGATTTACCATCTCTTGTGAGCTAATTATTTTAATTTTTTTGTTTTGGTTTTAAGTTAATTGCTTAATTTATTATATGTATTCAAGTTATGTTTTATTCATTAACAAAATTTAAATTTTAGGGGAGAGACAATTTGGAAATTGGGGGTGAAGATGTGGGTTCTTTAATGATCTTTGATATAAGTTTAATGTTTTAA
TTTTTTTGGATTTATTTGAAGATTGTTTGCATGCTTTAGGATTCATAAATTACTTTTGTACATGTTGCAGCTTGGCTCTTTGAGATCCTTTGGAGCCAAAGGGAAGGCTCTAGTGGAAAAAAGTGGTGGACATGCATTCAAATAATTTGATgtatgacttttttaataattgaattgtatttttagtataagtttaatat
tttaatatcttgaatttagttaaaaattgtttaaataatttatgatctagatttataatttgtttttctgtgtattgtagGTTGAGTTGAGTCCGAGGGAAGGTCCTAGTGGAAAATAGTGGAAAGATATTGGTCCAGATGGACAGTGGTTCA

Intron 2 GTGAGCTAAT ... TAAATTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.9	38	29	53
A2	51.35	27	25	32
A3	21.6	49	8	19
A4	41.3	27	13	25
A5	48	13	10	14
A6	24.51	251	54	109
A7	26.55	278	71	130
A8	31.73	426	125	271
A9	23.53	312	60	132
A10	23.99	255	57	104

>TRINITY_DN115579_c1_g4_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

TGTGTTTCCGCTTAATTATGTGATTCCAGTTTTGCCTCAGTTTTCTAGAATGTTAAATGCACATAATTTTCGAGTCTCGAGTAGTCAAAATGAAGAGCAACCTAGTCAAAATGAAGAGCGTTTTGGAGAGGTTTCTTTAGATTCCAACTTTTTAGATGATTTACCATCTCTTGGGAGAGACAATTTGGAAATTGGGGGTG
AAGATGTGGGTTCTTTAATGAATGCGGATATTGGCACCGAGCTTGGCTCTCTTAGATCCT

>TRINITY_DN115579_c1_g4_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TAGATGATTTACCATCTCTTgtgagctaattattttaatttttttgttttggttttaagttaattgcttaatttattatatgtattcaagttatgttttattcattaacaaaatttaaattttagGGGAGAGACAATTTGGAAATTGGGGGTGAAGATGTGGGTTCTTTAATGATCTTTGATATAAGTTTAATGTTTTAA
TTTTTTTGGATTTATTTGAAGATTGTTTGCATGCTTTAGGATTCATAAATTACTTTTGTACATGTTGCAGCTTGGCTCTTTGAGATCCTTTGGAGCCAAAGGGAAGGCTCTAGTGGAAAAAAGTGGTGGACATGCATTCAAATAATTTGATGTTGAGTTGAGTCCGAGGGAAGGTCCTAGTGGAAAATAGTGGAAAGATA
TTGGTCCAGATGGACAGTGGTTCA