sp|P49730|RIR2_TOBAC ----> Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain
Intron 1 GTAAGTGCTT ... TGTTATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.23 | 76 | 19.4 | 23 |
| A2 | 20.69 | 46 | 11.9 | 12 |
| A3 | 21.35 | 70 | 5.7 | 19 |
| A4 | 16.67 | 60 | 14.7 | 12 |
| A5 | 18.92 | 30 | 8 | 7 |
| A6 | 23.11 | 396 | 70.9 | 119 |
| A7 | 19.03 | 383 | 73.9 | 90 |
| A8 | 19.29 | 481.1 | 95.6 | 115 |
| A9 | 18.16 | 356 | 75.4 | 79 |
| A10 | 24.39 | 279 | 49.6 | 90 |
>TRINITY_DN44106_c0_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoformGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGGTATGATATGAATGTGTGGCATTTATCTATTATCAATATGGTTTGGATTTAAATGGCAGGCAAAATCTGAACATTAGAAGATGGGTTTTGTAGCTTGTTGAACAACAGATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAGATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGA
TGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATATATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTATTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTT
CTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATGAAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATTACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGTTTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAG
AATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATCATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTATTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGCACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATAGTATTCATAATCCA
>TRINITY_DN44106_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:GACTTTGCATGCTTGCTCTACAGGTATGATATGAATGTGTGGCATTTATCTATTATCAATATGGTTTGGATTTAAATGGCAGGCAAAATCTGAACATTAGAAGATGGGTTTTGTAGCTTGTTGAACAACAAATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAGATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGA
TGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATATATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTGAGCATGCTCTCAAGTTTTACATTTTGCATTAATCAAAATCATTGCATTCTTATGATTGATCTTTTGATTCAGTAGTACTACTATGGGGTTGGTTAAGGCTTGATTTGTAAATTATTTT
TGTGATGCATTCAGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTATTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAgtaagtgcttataccagtgataatattttatgtttgttttaattcagtttgaaagatttggtattgactggaaagtttggtgttattcagGGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAA
AGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTTCTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATGAAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATTACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGTTTTAATGATG
AAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAGAATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATCATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTATTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGCACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATAGTATTCATAA
TCCA
Intron 2 GTAGTCTACT ... TCTGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29 | 71 | 4 | 29 |
| A2 | 17.02 | 78 | 4 | 16 |
| A3 | 16.98 | 44 | 0 | 9 |
| A4 | 13.33 | 65 | 0 | 10 |
| A5 | 16.67 | 35 | 0 | 7 |
| A6 | 18.25 | 309 | 1 | 69 |
| A7 | 22.55 | 316 | 2 | 92 |
| A8 | 23.08 | 210 | 1 | 63 |
| A9 | 19.68 | 298 | 1 | 73 |
| A10 | 20.86 | 258 | 5 | 68 |
>TRINITY_DN47207_c2_g3_i2 from sample A7 / Example spliced isoformCAATTATTTTTTGGCCGGAGACTTTGCGTTCCCTCCAAATTTAAGCTATTTCAAATTTCACTTTTTTGAGAACCATAGATTTGAAATCCGAGCAAGGCGCGAAGGAGACCCGGGAAAGCTTATTTGAAAATTGAAACGAGTTGAAAGAATTTAATGTAGGTATAGAGGATCCATGGACCCTTATGTTATATAATCCTCGC
ATATGCAAGCAAAGCAATGGTGTGGTGAAGCCTGATGAGCTAATCAGTTCAAGCTCGCTAGATTGTGCTTTTTTCAGCTTACGCTTTTGGAGATTTCTTCGCCTATTTAGCGGATTTTCTATTTCAATCAAGCAGAGGTCCATATTGGTTTCAAACAGGGTTTTTCTGCAGAGCATCCCCTGCACTATCGGGCGTATTGA
TATTTCTGTTTGCAGACAGACCAGTCAAACAATAAATCAATCATGGGTGTGATTGCCGAGGAGCCCTTGTTGGAGGAGAACCCCCAGAGGTTTTGCATGTTTCCTATCAAGTTCCCTGAAATCTGGGAAATGTACAAAAAGGCAGAAGCTAGCTTCTGGACTGCGGAGGAGGTTGATCTCTCTGAAGATAACCAGCACTG
GGAGGCATTAACTGATGATGAGAGGCATTTCATCACTCATGTCCTCGCATTCTTTGCTGCTTCCGACGGCATTGTTCTTGAAAACTTGGCCGGTCGTTTTATGAAAGACGTTCAAGTTCCAGAGGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTGAGAATATTCACTCAGAGATGTATAGTTTACTGTTAGAAACAT
ATATTAAAGATCACAAAGAGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAATTGGATTGATAGCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTTTCTGGCAGTTTTTGTGCAATCTTCTGGCTGAAGAAAAGGGGA
TTGATGCCTGGTCTAACATTCTCAAATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGCTTGTTGAACAACAAATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAGATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGATGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTC
CAAGCTTATGAGTCAATATATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTGAGCATGCTCTCAAGTTTTACATTTTGCATTAATCAAAATCATTGCATTCTTATGATTGATCTTTTGATTCAGTAGTACTACTATGGGGTTGGTTAAG
>TRINITY_DN47207_c2_g3_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTGGCTTTACCTTTCTTTTTTGGGTTGCGATTTTGTTGTTACTACAAGCCCTTAATTATTGTTTTAACAATAATTTGTCTGTCCTTTTTGCAGCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTTTCTGGCAGgtagtctactattattttctttattcttttctttggtcatg
cttttaactttttattttctatttttatttgttcttgactacatgtatcacatggggttgcaagttgcactgagaagcaaggtgcttgtgcagccagggtttaagttggtttttaatttgttttagttaattactgcaatgttgaaaaatctatgaattataatagattcattttaagcctgtattcttttcagtaagat
attattattattattattattataaaaatggtcattttaattttttggtggtagggtgcaaccatgttgattaatgatgaatgttgggcagtgacatttttattttatattttgctcctaaaagtttccaatttaatgcatctgctgcagTTTTTGTGCAATCTTCTGGCTGAAGAAAAGGGGATTGATGCCTGGTCTAA
CATTCTCAAATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGGTATGATATGAATGTGTGGCATTTATCTATTATCAATATGGTTTGGATTTAAATGGCAGGCAAAATCTGAACATTAGAAGATGGGTTTTGTAGCTTGTTGAACAACAAATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAG
ATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGATGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATATATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTATTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAA
AACAAATTTCTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGG
Intron 3 GTAGTCTACT ... TCTGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.83 | 71 | 12 | 30 |
| A2 | 17.89 | 78 | 16 | 18 |
| A3 | 16.98 | 44 | 8 | 10 |
| A4 | 15.58 | 65 | 14 | 10 |
| A5 | 16.67 | 35 | 7 | 7 |
| A6 | 20.57 | 309 | 87 | 73 |
| A7 | 21.88 | 316 | 78 | 99 |
| A8 | 21.64 | 210 | 51 | 65 |
| A9 | 19.57 | 298 | 63 | 82 |
| A10 | 20.37 | 258 | 60 | 72 |
>TRINITY_DN46895_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoformGGTAAATATGGGTGTGAAACTCCTGCAACCTGTTGCTTTGGGGACTCCTGCGTAGCCATTGGGTTGAGAATTGAATGTGGGGTAATTGTGAAGGACTCTCAATGGCCAGTTGCAAGATTACAGATGAACTGACTTTCATGTATTCTTGTCTGTTCGTTAACGTTTCACAGTGATTGTAATGTATGTTTCGTGTTATTGAT
GTGTATTGGTTGTGGTTTCTTGCAGGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTGAGAATATTCACTCAGAGATGTATAGTTTACTGTTAGAAACATATATTAAAGATCACAAAGAGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAATTGGATTGATA
GCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTTTCTGGCAGTTTTTGTGCAATCTTCTGGCTGAAGAAAAGGGGATTGATGCCTGGTCTAACATTCTCAAATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGCTTGTTGAACAACAAA
TTGAGCGAAGACAAAGTAAGGGAGATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGATGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATATATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTATTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGAT
GGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTTCTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATGAAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATTA
CATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGTTTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAGAATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATCATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTATTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGCA
CCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATAGTATTCATAATCCCTTGTTATAATTATTTGGTTGCTC
>TRINITY_DN46895_c0_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:CGAGCAAGGCGCGAAGGAGACCCGGGAAAGCTTATTTGAAAATTGAAACGAGTTGAAAGAATTTAATGTAGGTATAGAGGATCCATGGACCCTAATGTTATATAATCCTCGCATATGCAAGCAAAGCAATGGTGTGGTGAAGCCTGAAGAGCTAATCAGTTCAAGCTCGCTAGATTGTGCTTTTTTCAGCTTACGCTTTT
GGAGATTTCTTCGCCTATTTAGCGGATTTTCTATTTCAATCAAGCAGAGGTCCATATTGGTTTCAAACAGGGTTTTTCTGCAGAGCATCCCCTGCACTATCGGGCGTATTGATATTTCTGTTTGCAGACAGACCAGTCAAACAATAAATCAATCATGGGTGTGATTGCCGAGGAGCCCTTGTTGGAGGAGAACCCCCAGA
GGTTTTGCATGTTTCCTATCAAGTTCCCTGAAATCTGGGAAATGTACAAAAAGGCAGAAGCTAGCTTCTGGACTGCGGAGGAGGTTGATCTCTCTGAAGATAACCAGCACTGGGAGGCATTAACTGATGATGAGAGGCATTTCATCACTCATGTCCTCGCATTCTTTGCTGCTTCCGACGGCATTGTTCTTGAAAACTTG
GCCGGTCGTTTTATGAAAGACGTTCAAGTTCCAGAGGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTGAGAATATTCACTCAGAGATGTATAGTTTACTGTTAGAAACATATATTAAAGATCACAAAGAGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAA
TTGGATTGATAGCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTTTCTGGCAGgtagtctactattattttctttattcttttctttggtcatcttttaactttttattttctatttctatttgttcttgactacatgtatcacatggggttgcaagttgcactgagaagcaagg
tgcttgtgcagccagggtttaagttggtttttaatttgttttagttaattactgcaatgttgaaaaatctatgaattataatagattcattttaagcctgtattcttttcagtaagatattattattattattattattataaaaatggtcattttaattttttggtggtagggtgcaaccatgttgattaatgatgaat
gttgggcagtgacatttttattttatattttgctcctaaaagtttccaatttaatgcatctgctgcagTTTTTGTGCAATCTTCTGGCTGAAGAAAAGGGGATTGATGCCTGGTCTAACATTCTCAAATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGCTTGTTGAACAACAA
ATTGAGCGAAGACAAAGTAAGGGAGATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGATGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATATATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTATTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGA
TGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTTCTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATGAAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATT
ACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGTTTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAGAATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATCATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTATTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGC
ACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATAGTATTCATAATCCCTTGTTATAATTATTTGGTTGCTC
Intron 4 GTATGATATG ... GGTTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.48 | 75 | 13.4 | 17 |
| A2 | 4.26 | 45 | 6 | 2 |
| A3 | 16.22 | 62 | 3.8 | 12 |
| A4 | 7.02 | 53 | 4.4 | 4 |
| A5 | 22.73 | 51 | 3.5 | 15 |
| A6 | 11.32 | 321.2 | 35.5 | 41 |
| A7 | 13.13 | 344 | 40.1 | 52 |
| A8 | 11.79 | 285 | 36 | 38.1 |
| A9 | 10.33 | 295 | 26.1 | 34 |
| A10 | 9.9 | 282 | 31.8 | 31 |
>TRINITY_DN122891_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAGACTTTGCGTTCCCTCCAAATTTAAGCTATTTCAAATTTCACTTTTTTGAGAACCATAGATTTGAAATCCGAGCAAGGCGCGAAGGAGACCCGGGAAAGCTTATTTGAAAATTGAAACGAGTTGAAAGAATTTAATGTAGGTATAGAGGATCCATGGACCCTAATGTTATATAATCCTCGCATATGCAAGCAAAGCAAT
GGTGTGGTGAAGCCTGAAGAGCTAATCAGTTCAAGCTCGCTAGATTGTGCTGTTTTCAGCTTACGCTTTTGGAGATTTCTTCGCCTATTTAGCGGATTTTCTATTTCAATCAAGCAGAGGTCCATATTGGTTTCAAACAGGGTTTTTCTGCAGAGCATCCCCTGCACTATCGGGCGTATTGATATTTCTGTTTGCAGACA
GACCAGTCAAACAATAAATCAATCATGGGTGTGATTGCCGAGGAGCCCTTGTTGGAGGAGAACCCCCAGAGGTTTTGCATGTTTCCCATCAAGTTCCCTGAAATCTGGGAAATGTACAAAAAGGCAGAAGCTAGCTTCTGGACTGCGGAGGAGGTTGATCTCTCTGAAGATAACCAGCACTGGGAGGCATTAACTGATGA
TGAGAGGCATTTCATCACTCATGTCCTCGCATTCTTTGCTGCTTCCGACGGCATTGTTCTTGAAAACTTGGCCGGTCGTTTTATGAAAGACGTTCAAGTTCCAGAGGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTGAGAATATTCACTCAGAGATGTATAGTTTACTGTTAGAAACATATATTAAAGATCACAAAG
AGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAATTGGATTGATAGCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTTTCTGGCAGTTTTTGTGCAATCTTCTGGCTGAAGAAAAGGGGATTGATGCCTGGTCTAACA
TTCTCAAATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGCTTGTTGAACAACAAATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAGATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGATGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATA
TATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTGTTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTTCTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATG
AAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATTACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGTTTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAGAATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATC
ATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTATTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGCACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATAGTATTCATAAAA
>TRINITY_DN122891_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGACTTTGCGTTCCCTCCAAATTTAAGCTATTTCAAATTTCACTTTTTTGAGAACCATAGATTTGAAATCCGAGCAAGGCGCGAAGGAGACCCGGGAAAGCTTATTTGAAAATTGAAACGAGTTGAAAGAATTTAATGTAGGTATAGAGGATCCATGGACCCTAATGTTATATAATCCTCGCATATGCAAGCAAAGCAAT
GGTGTGGTGAAGCCTGAAGAGCTAATCAGTTCAAGCTCGCTAGATTGTGCTGTTTTCAGCTTACGCTTTTGGAGATTTCTTCGCCTATTTAGCGGATTTTCTATTTCAATCAAGCAGAGGTCCATATTGGTTTCAAACAGGGTTTTTCTGCAGAGCATCCCCTGCACTATCGGGCGTATTGATATTTCTGTTTGCAGACA
GACCAGTCAAACAATAAATCAATCATGGGTGTGATTGCCGAGGAGCCCTTGTTGGAGGAGAACCCCCAGAGGTTTTGCATGTTTCCCATCAAGTTCCCTGAAATCTGGGAAATGTACAAAAAGGCAGAAGCTAGCTTCTGGACTGCGGAGGAGGTTGATCTCTCTGAAGATAACCAGCACTGGGAGGCATTAACTGATGA
TGAGAGGCATTTCATCACTCATGTCCTCGCATTCTTTGCTGCTTCCGACGGCATTGTTCTTGAAAACTTGGCCGGTCGTTTTATGAAAGACGTTCAAGTTCCAGAGGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTGAGAATATTCACTCAGAGATGTATAGTTTACTGTTAGAAACATATATTAAAGATCACAAAG
AGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAATTGGATTGATAGCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTTTCTGGCAGGTAGTCTACTATTATTTTCTTTATTCTTTTCTTTGGTCATCTTTTAACTTTT
TATTTTCTATTTCTATTTGTTCTTGACTACATGTATCACATGGGGTTGCAAGTTGCACTGAGAAGCAAGGTGCTTGTGCAGCCAGGGTTTAAGTTGGTTTTTAATTTGTTTTAGTTAATTACTGCAATGTTGAAAAATCTATGAATTATAATAGATTCATTTTAAGCCTGTATTCTTTTCAGTAAGATATTATTATTATT
ATTATTATTATTATAAAAATGGTCATTTTAATTTTTTGGTGGTAGGGTGCAACCATGTTGATTAATGATGAATGTTGGGCAGTGACATTTTTATTTTATATTTTGCTCCTAAAAGTTTCCAATTTAATGCATCTGCTGCAGTTTTTGTGCAATCTTCTGGCTGAAGAAAAGGGGATTGATGCCTGGTCTAACATTCTCAA
ATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGgtatgatatgaatgtgtggcatttatctattatcaatatggtttggatttaaatggcaggcaaaatctgaacattagaagatgggttttgtagCTTGTTGAACAACAAATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAGATAGTTTGT
GATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGATGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATATATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTGTTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTT
CTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTTCTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATGAAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATTACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGT
TTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAGAATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATCATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTATTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGCACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATA
GTATTCATAAAA
Intron 5 GTGAGCATGC ... ATGCATTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.97 | 71 | 16.8 | 8.6 |
| A2 | 20.23 | 59 | 18 | 3 |
| A3 | 18.82 | 70.8 | 19.2 | 7.6 |
| A4 | 12.29 | 70 | 10.6 | 9.6 |
| A5 | 18.91 | 50 | 13.8 | 2.8 |
| A6 | 16.28 | 420.2 | 93.2 | 34.4 |
| A7 | 15.03 | 417 | 83 | 34.8 |
| A8 | 14.59 | 486 | 93.4 | 54 |
| A9 | 13.86 | 369.6 | 66.6 | 31.8 |
| A10 | 15.04 | 290 | 58.2 | 26.4 |
>TRINITY_DN122891_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAGACTTTGCGTTCCCTCCAAATTTAAGCTATTTCAAATTTCACTTTTTTGAGAACCATAGATTTGAAATCCGAGCAAGGCGCGAAGGAGACCCGGGAAAGCTTATTTGAAAATTGAAACGAGTTGAAAGAATTTAATGTAGGTATAGAGGATCCATGGACCCTAATGTTATATAATCCTCGCATATGCAAGCAAAGCAAT
GGTGTGGTGAAGCCTGAAGAGCTAATCAGTTCAAGCTCGCTAGATTGTGCTGTTTTCAGCTTACGCTTTTGGAGATTTCTTCGCCTATTTAGCGGATTTTCTATTTCAATCAAGCAGAGGTCCATATTGGTTTCAAACAGGGTTTTTCTGCAGAGCATCCCCTGCACTATCGGGCGTATTGATATTTCTGTTTGCAGACA
GACCAGTCAAACAATAAATCAATCATGGGTGTGATTGCCGAGGAGCCCTTGTTGGAGGAGAACCCCCAGAGGTTTTGCATGTTTCCCATCAAGTTCCCTGAAATCTGGGAAATGTACAAAAAGGCAGAAGCTAGCTTCTGGACTGCGGAGGAGGTTGATCTCTCTGAAGATAACCAGCACTGGGAGGCATTAACTGATGA
TGAGAGGCATTTCATCACTCATGTCCTCGCATTCTTTGCTGCTTCCGACGGCATTGTTCTTGAAAACTTGGCCGGTCGTTTTATGAAAGACGTTCAAGTTCCAGAGGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTGAGAATATTCACTCAGAGATGTATAGTTTACTGTTAGAAACATATATTAAAGATCACAAAG
AGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAATTGGATTGATAGCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTTTCTGGCAGTTTTTGTGCAATCTTCTGGCTGAAGAAAAGGGGATTGATGCCTGGTCTAACA
TTCTCAAATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGCTTGTTGAACAACAAATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAGATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGATGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATA
TATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTGTTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTTCTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATG
AAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATTACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGTTTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAGAATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATC
ATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTATTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGCACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATAGTATTCATAAAA
>TRINITY_DN122891_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTGTTGCTGATAGATTACTGgtgagcatgctctcaagttttacattttgcattaatcaaaatcattgcattcttatgattgatcttttgattcagtagtactactatggggttggttaaggcttgatttgtaaattatttttgtgatgcatttagGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTGTTTAATGCACAAAATCCATT
TGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTTCTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATGAAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAA
TTTGAATTACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGTTTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAGAATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATCATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTATTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTG
CTATTTGCACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATAGTATTCATAAAA
Intron 6 GTAGTCTACT ... TCTGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.4 | 71 | 12 | 29 |
| A2 | 17.02 | 78 | 16 | 16 |
| A3 | 16.19 | 44 | 8 | 9 |
| A4 | 15.58 | 65 | 14 | 10 |
| A5 | 16.67 | 35 | 7 | 7 |
| A6 | 20.16 | 309 | 87 | 69 |
| A7 | 21.2 | 316 | 78 | 92 |
| A8 | 21.35 | 210 | 51 | 63 |
| A9 | 18.58 | 298 | 63 | 73 |
| A10 | 19.88 | 258 | 60 | 68 |
>TRINITY_DN122891_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAGACTTTGCGTTCCCTCCAAATTTAAGCTATTTCAAATTTCACTTTTTTGAGAACCATAGATTTGAAATCCGAGCAAGGCGCGAAGGAGACCCGGGAAAGCTTATTTGAAAATTGAAACGAGTTGAAAGAATTTAATGTAGGTATAGAGGATCCATGGACCCTAATGTTATATAATCCTCGCATATGCAAGCAAAGCAAT
GGTGTGGTGAAGCCTGAAGAGCTAATCAGTTCAAGCTCGCTAGATTGTGCTGTTTTCAGCTTACGCTTTTGGAGATTTCTTCGCCTATTTAGCGGATTTTCTATTTCAATCAAGCAGAGGTCCATATTGGTTTCAAACAGGGTTTTTCTGCAGAGCATCCCCTGCACTATCGGGCGTATTGATATTTCTGTTTGCAGACA
GACCAGTCAAACAATAAATCAATCATGGGTGTGATTGCCGAGGAGCCCTTGTTGGAGGAGAACCCCCAGAGGTTTTGCATGTTTCCCATCAAGTTCCCTGAAATCTGGGAAATGTACAAAAAGGCAGAAGCTAGCTTCTGGACTGCGGAGGAGGTTGATCTCTCTGAAGATAACCAGCACTGGGAGGCATTAACTGATGA
TGAGAGGCATTTCATCACTCATGTCCTCGCATTCTTTGCTGCTTCCGACGGCATTGTTCTTGAAAACTTGGCCGGTCGTTTTATGAAAGACGTTCAAGTTCCAGAGGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTGAGAATATTCACTCAGAGATGTATAGTTTACTGTTAGAAACATATATTAAAGATCACAAAG
AGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAATTGGATTGATAGCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTTTCTGGCAGTTTTTGTGCAATCTTCTGGCTGAAGAAAAGGGGATTGATGCCTGGTCTAACA
TTCTCAAATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGCTTGTTGAACAACAAATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAGATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGATGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATA
TATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTGTTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTTCTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATG
AAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATTACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGTTTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAGAATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATC
ATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTATTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGCACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATAGTATTCATAAAA
>TRINITY_DN122891_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGACTTTGCGTTCCCTCCAAATTTAAGCTATTTCAAATTTCACTTTTTTGAGAACCATAGATTTGAAATCCGAGCAAGGCGCGAAGGAGACCCGGGAAAGCTTATTTGAAAATTGAAACGAGTTGAAAGAATTTAATGTAGGTATAGAGGATCCATGGACCCTAATGTTATATAATCCTCGCATATGCAAGCAAAGCAAT
GGTGTGGTGAAGCCTGAAGAGCTAATCAGTTCAAGCTCGCTAGATTGTGCTGTTTTCAGCTTACGCTTTTGGAGATTTCTTCGCCTATTTAGCGGATTTTCTATTTCAATCAAGCAGAGGTCCATATTGGTTTCAAACAGGGTTTTTCTGCAGAGCATCCCCTGCACTATCGGGCGTATTGATATTTCTGTTTGCAGACA
GACCAGTCAAACAATAAATCAATCATGGGTGTGATTGCCGAGGAGCCCTTGTTGGAGGAGAACCCCCAGAGGTTTTGCATGTTTCCCATCAAGTTCCCTGAAATCTGGGAAATGTACAAAAAGGCAGAAGCTAGCTTCTGGACTGCGGAGGAGGTTGATCTCTCTGAAGATAACCAGCACTGGGAGGCATTAACTGATGA
TGAGAGGCATTTCATCACTCATGTCCTCGCATTCTTTGCTGCTTCCGACGGCATTGTTCTTGAAAACTTGGCCGGTCGTTTTATGAAAGACGTTCAAGTTCCAGAGGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTGAGAATATTCACTCAGAGATGTATAGTTTACTGTTAGAAACATATATTAAAGATCACAAAG
AGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAATTGGATTGATAGCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTTTCTGGCAGgtagtctactattattttctttattcttttctttggtcatcttttaactttt
tattttctatttctatttgttcttgactacatgtatcacatggggttgcaagttgcactgagaagcaaggtgcttgtgcagccagggtttaagttggtttttaatttgttttagttaattactgcaatgttgaaaaatctatgaattataatagattcattttaagcctgtattcttttcagtaagatattattattatt
attattattattataaaaatggtcattttaattttttggtggtagggtgcaaccatgttgattaatgatgaatgttgggcagtgacatttttattttatattttgctcctaaaagtttccaatttaatgcatctgctgcagTTTTTGTGCAATCTTCTGGCTGAAGAAAAGGGGATTGATGCCTGGTCTAACATTCTCAA
ATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGGTATGATATGAATGTGTGGCATTTATCTATTATCAATATGGTTTGGATTTAAATGGCAGGCAAAATCTGAACATTAGAAGATGGGTTTTGTAGCTTGTTGAACAACAAATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAGATAGTTTGT
GATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGATGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATATATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTGTTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTT
CTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTTCTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATGAAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATTACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGT
TTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAGAATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATCATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTATTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGCACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATA
GTATTCATAAAA
Intron 7 GTAAATATGG ... TTTCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 2 | 2 | 0 |
| A2 | 55.56 | 2 | 4 | 1 |
| A3 | 75 | 1 | 6 | 0 |
| A4 | 100 | 0 | 1 | 5 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 73.33 | 4 | 10 | 12 |
| A7 | 52 | 12 | 18 | 8 |
| A8 | 47.37 | 10 | 7 | 11 |
| A9 | 78.95 | 2 | 7 | 8 |
| A10 | 77.78 | 1 | 4 | 3 |
>TRINITY_DN45711_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoformCGGCAATGGAAACAGTAGGAGACCAGAACAGGAAGGCGATGTGGGGTGGAGATGACAACCCCAAAGCCTTAACCAGCATAATCTAGAGCTTCTCCAAAAATTGTCCCACCTGAAATCTCGGAGACTCTCAACACTTTCAAATCCTCATTCACATTAAAAAGGTTCTGCCTTCGAATTGGCGGAGAAGCAACCTCGACCCA
AATTGAAAACCAAATCCATGGAACATCCCCAAAACAATGGGTTTTGGGGAGGTTTGGTACCAGAGAATGCTTTCAACATTACTTCTCTGAATGAACTTCTACGACGGGAAAGTGTACTTGGATTAAAGGTCCCTGAGGAGACACAGTTGGTCTTCAGAGGGCATGCAACATCTTTAGAATGTTATTGTTTCATCATGAAT
GAAGACTTCCTATATGGATCCGATTATGCGGTAAATACCTTGGTTGGGTGATTTATGAAAGAAGTTCAAGTTTCAGAGGCTCACACACTTTATGGGTTTCAGATTGCCATTGAGAATATTCAATCATGTATTATTTGAAATAAGACATGGTTTCCTTTTCCTTTTCCCTTTTCTCACTTCACCATTGAAGTTACATCATG
TTTGATGGTACTATCTCCTGTCTGTTCTGTATAGTTTACTGTTAGAGGTATGTTAATAAAGATCCCATAGAAAATAATCATTTGTTCAATGCATTTGAGACTGTTCCCTATGTGGCAAAGAAAGCATACTGGGCTCTTAATTGGATTGAGAGGTGTGTGGATTTACCTATTGTATTTTGGGGTTGTGATTTTTTTGTTAC
TACAATATCTTAATTTTGTTTTAAGAATAATTTGTCTATGCTTTTTGCAGTGCTGAATGCTTTGCAAAAAGGCTTATTGCATTTGCTCGTGTTGAGGCATTTTATTTTCTAATAGAAAGGGGACTGATGCCTGGTCTAACATTCTCCAATGAGCTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTCCATTGTGACTTTGCATGCTTGCT
ATATAGTTATTTAGGGTCGAGTCTCCATCCTCCAGGTGGGAGGACATTGGTTCCTTCGACCTAGACCGAGCCATGGGAGCAGCAGAGGAG
>TRINITY_DN45711_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:CGGCAATGGAAACAGTAGGAGACCAGAACAGGAAGGCGATGTGGGGTGGAGATGACAACCCCAAAGCCTTAACCAGCATAATCTAGAGCTTCTCCAAAAATTGTCCCACCTGAAATCTCGGAGACTCTCAACACTTTCAAATCCTCATTCACATTAAAAAGGTTCTGCCTTCGAATTGGCGGAGAAGCAACCTCGACCCA
AATTGAAAACCAAATCCATGGAACATCCCCAAAACAATGGGTTTTGGGGAGGTTTGGTACCAGAGAATGCTTTCAACATTACTTCTCTGAATGAACTTCTACGACGGGAAAGTGTACTTGGATTAAAGGTCCCTGAGGAGACACAGTTGGTCTTCAGAGGGCATGCAACATCTTTAGAATGTTATTGTTTCATCATGAAT
GAAGACTTCCTATATGGATCCGATTATGCGGTAAATACCTTGGTTGGGTGATTTATGAAAGAAGTTCAAGTTTCAGAGgtaaatatgggtgtgaaactcctgcaacctgttgctttggggactcttgcattaccaatgggtagggaattaaatatggggtagttgtcatggactctcaatggccagttgccagattgcag
ccgaactgactttcatatattcctatatgttctttaacttttcatggtgattattatgagtattgtgttattgatgtgtataaatcatggtttctttcagGCTCACACACTTTATGGGTTTCAGATTGCCATTGAGAATATTCAATCATGTATTATTTGAAATAAGACATGGTTTCCTTTTCCTTTTCCCTTTTCTCACT
TCACCATTGAAGTTACATCATGTTTGATGGTACTATCTCCTGTCTGTTCTGTATAGTTTACTGTTAGAGGTATGTTAATAAAGATCCCATAGAAAATAATCATTTGTTCAATGCATTTGAGACTGTTCCCTATGTGGCAAAGAAAGCATACTGGGCTCTTAATTGGATTGAGAGGTGTGTGGATTTACCTATTGTATTTT
GGGGTTGTGATTTTTTTGTTACTACAATATCTTAATTTTGTTTTAAGAATAATTTGTCTATGCTTTTTGCAGTGCTGAATGCTTTGCAAAAAGGCTTATTGCATTTGCTCGTGTTGAGGCATTTTATTTTCTAATAGAAAGGGGACTGATGCCTGGTCTAACATTCTCCAATGAGCTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTCC
ATTGTGACTTTGCATGCTTGCTATATAGTTATTTAGGGTCGAGTCTCCATCCTCCAGGTGGGAGGACATTGGTTCCTTCGACCTAGACCGAGCCATGGGAGCAGCAGAGGAG
Intron 8 GTAAATATGG ... TTTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.29 | 56 | 26 | 8 |
| A2 | 23.71 | 37 | 16 | 7 |
| A3 | 29.29 | 35 | 20 | 9 |
| A4 | 17.65 | 28 | 8 | 4 |
| A5 | 27.91 | 31 | 19 | 5 |
| A6 | 21.67 | 150 | 46 | 37 |
| A7 | 23.68 | 166 | 73 | 30 |
| A8 | 23.65 | 113 | 34 | 36 |
| A9 | 24.39 | 124 | 46 | 34 |
| A10 | 22.27 | 171 | 65 | 33 |
>TRINITY_DN44379_c1_g4_i1 from sample A9 / Example spliced isoformATTTTTTGGCCGGAGACTTTGCGTTCCCTCCAAATTTAAGCTATTTCAAATTTCACTTTTTTGAGAACCATAGATTTGAAATCCGAGCAAGGCGCGAAGGAGACCCGGGAAAGCTTATTTGAAAATTGAAACGAGTTGAAAGAATTTAATGTAGGTATAGAGGATCCATGGACCCTTATGTTATATAATCCTCGCATATG
CAAGCAAAGCAATGGTGTGGTGAAGCCTGAAGAGCTAATCAGTTCAAGCTCGCTAGATTGTGCTGTTTTCAGCTTACGCTTTTGGAGATTTCTTCGCCTATTTAGCGGATTTTCTATTTCAATCAAGCAGAGGTCCATATTGGTTTCAAACAGGGTTTTTCTGCAGAGCATCCCCTGCACTATCGGGCGTATTGATATTT
CTGTTTGCAGACAGACCAGTCAAACAATAAATCAATCATGGGTGTGATTGCCGAGGAGCCCTTGTTGGAGGAGAACCCCCAGAGGTTTTGCATGTTTCCTATCAAGTTCCCTGAAATCTGGGAAATGTACAAAAAGGCAGAAGCTAGCTTCTGGACTGCGGAGGAGGTTGATCTCTCTGAAGATAACCAGCACTGGGAGG
CATTAACTGATGATGAGAGGCATTTCATCACTCATGTCCTCGCATTCTTTGCTGCTTCCGACGGCATTGTTCTTGAAAACTTGGCCGGGCGTTTTATGAAAGACGTTCAAGTTCCAGAGGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTGAGAATATTCACTCAGAGATGTATAGTTTACTGTTAGAAACATATATT
AAAGATCACAAAGAGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAATTGGATTGATAGCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTTTCTGGCAGTTTTTGTGCAATCTTCTGGCTGAAGAAAAGGGGATTGAT
GCCTGGTCTAACATTCTCAAATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGCTTGTTGAACAACAAATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAGATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGATGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGC
TTATGAGTCAATATATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTGTTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTTCTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTA
TTTACTTTAGATGAAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATTACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGTTTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAGAATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTT
GAGGGTTGGAATCATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTACTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGCACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATAGTATTCATAATCCCTTGTTATAATTATTTGGTTGCTCTCAATATGGTTAGTACATATTGTTGAATATGTTCCT
TCCGAATGTTTCTCTTTCATAGTTTTTCTTTTTAAACATTCATAAGATTGC
>TRINITY_DN44379_c1_g4_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATTTTTTGGCCGGAGACTTTGCGTTCCCTCCAAATTTAAGCTATTTCAAATTTCACTTTTTTGAGAACCATAGATTTGAAATCCGAGCAAGGCGCGAAGGAGACCCGGGAAAGCTTATTTGAAAATTGAAACGAGTTGAAAGAATTTAATGTAGGTATAGAGGATCCATGGACCCTTATGTTATATAATCCTCGCATATG
CAAGCAAAGCAATGGTGTGGTGAAGCCTGAAGAGCTAATCAGTTCAAGCTCGCTAGATTGTGCTGTTTTCAGCTTACGCTTTTGGAGATTTCTTCGCCTATTTAGCGGATTTTCTATTTCAATCAAGCAGAGGTCCATATTGGTTTCAAACAGGGTTTTTCTGCAGAGCATCCCCTGCACTATCGGGCGTATTGATATTT
CTGTTTGCAGACAGACCAGTCAAACAATAAATCAATCATGGGTGTGATTGCCGAGGAGCCCTTGTTGGAGGAGAACCCCCAGAGGTTTTGCATGTTTCCTATCAAGTTCCCTGAAATCTGGGAAATGTACAAAAAGGCAGAAGCTAGCTTCTGGACTGCGGAGGAGGTTGATCTCTCTGAAGATAACCAGCACTGGGAGG
CATTAACTGATGATGAGAGGCATTTCATCACTCATGTCCTCGCATTCTTTGCTGCTTCCGACGGCATTGTTCTTGAAAACTTGGCCGGGCGTTTTATGAAAGACGTTCAAGTTCCAGAGgtaaatatgggtgtgaaactcctgcaacctgttgctttggggactcctgcgtagccattgggttgagaattgaatgtgggg
taattgtgaaggactctcaatggccagttgcaagattacagatgaactgactttcatgcattcctgtctgttcgttaacgtttcacagtgattgtaatgtatgtttcgtgttattgatgtgtattggttgtggtttcttgcagGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTGAGAATATTCACTCAGAGATGTAT
AGTTTACTGTTAGAAACATATATTAAAGATCACAAAGAGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAATTGGATTGATAGCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTTTCTGGCAGTTTTTGTGCAATCTT
CTGGCTGAAGAAAAGGGGATTGATGCCTGGTCTAACATTCTCAAATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGCTTGTTGAACAACAAATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAGATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTTTATATGTGATGCTCTCCCATGTG
ATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATATATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTGTTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATCAAAAGGCTTCTGTTATGTCCAAC
TTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATGAAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATTACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGTTTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCATTGGTTGAGAATGTATTAGGTAT
TTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATCATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTACTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGCACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATAGTATTCATAATCCCTTGTTATAATTATTTGGTTGCTCTCAATATGGTTA
GTACATATTGTTGAATATGTTCCTTCCGAATGTTTCTCTTTCATAGTTTTTCTTTTTAAACATTCATAAGATTGC
Intron 9 GTATTATTTG ... TGTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.51 | 43 | 2 | 18 |
| A2 | 32.26 | 63 | 2 | 30 |
| A3 | 41.33 | 44 | 3 | 31 |
| A4 | 36.84 | 48 | 0 | 28 |
| A5 | 38.78 | 30 | 1 | 19 |
| A6 | 32.16 | 232 | 0 | 110 |
| A7 | 31.56 | 232 | 1 | 107 |
| A8 | 28.7 | 164 | 3 | 66 |
| A9 | 29.67 | 192 | 2 | 81 |
| A10 | 30.67 | 217 | 0 | 96 |
>TRINITY_DN45711_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoformGGTATAGAGGATCCATGGACCCTTATGTTATATAATCCTCGCATATGCAAGCAAAGCAATGGTGTGGTGAAGCCTGATGAGCTAATCAGTTCAAGCTCGCTAGATTGTGCTGTTTTCAGCTTACGCTTTTGGAGATTTCTTCGCCTATTTAGCGGATTTTCTATTTCAATCAAGCAGAGGTCCATATTGGTTTCAAACAG
GGTTTTTCTGCAGAGCATCCCCTGCACTATCGGGCGTATTGATATTTCTGTTTGCAGACAGACCAGTCAAACAATAAATCAATCATGGGTGTGATTGCCGAGGAGCCCTTGTTGGAGGAGAACCCCCAGAGGTTTTGCATGTTTCCCATCAAGTTCCCTGAAATCTGGGAAATGTACAAAAAGGCAGAAGCTAGCTTCTG
GACTGCGGAGGAGGTTGATCTCTCTGAAGATAACCAGCACTGGGAGGCATTAACTGATGATGAGAGGCATTTCATCACTCATGTCCTCGCATTCTTTGCTGCTTCCGACGGCATTGTTCTTGAAAACTTGGCCGGTCGTTTTATGAAAGACGTTCAAGTTCCAGAGGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTG
AGAATATTCACTCAGAGATGTATAGTTTACTGTTAGAAACATATATTAAAGATCACAAAGAGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAATTGGATTGATAGCGCTGAAAGCTTTGCAGAAAGGATTATTGCATTTGCTTGTGTTGAGGGCATTTTCTTT
TCTGGCAGTTTTTGTGCAATCTTCTGGCTGAAGAAAAGGGGATTGATGCCTGGTCTAACATTCTCAAATGAACTCATTTCAAGAGATGAAGGCCTTCACTGTGACTTTGCATGCTTGCTCTACAGCTTGTTGAACAACAAATTGAGTGAAGACAAAGTAAGGAAGATAGTTTGTGATGCTGTAGAAATTGAAAGAGAGTT
TATATGTGATGCTCTCCCATGTGATCTTGTGGGGATGAATTCCAAGCTTATGAGTCAATATATTGACTTTGTTGCTGATAGATTACTGGTTGCCTTGGGCTGTGCTAAGGTGTTTAATGCACAAAATCCATTTGATTGGATGGAATTGATCTCTCTCCAGGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAAAGGGTGGGAGAGTATC
AAAAGGCTTCTGTTATGTCCAACTTGAGTGGCAACCAGACTCATGTATTTACTTTAGATGAAGAATTTTGAAGGCACACTTCCAAGTTGAAGAAGTGGGATATCCATCCAATCCCATTTAAGTACTTGGAAATTTGAATTACATGTGATCTTGTCTCCAAGATAACATTAATGTTTTAATGATGAAGGGGCCTTCATCCA
TTGGTTGAGAATGTATTAGGTATTTGTATGTTAAATTGGTTGTCTTTGAGGGTTGGAATCATTTCTATCTCAATTCAAATCTCCTTAGTTCCATTTGTTACTTTCTATGACAAGGAGTTGTATTGCAGAGTGCTATTTGCACCATTTTTTAAAGCCTTCAATAAAGCAATTATAGTATTCATA
>TRINITY_DN45711_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:CGGCAATGGAAACAGTAGGAGACCAGAACAGGAAGGCGATGTGGGGTGGAGATGACAACCCCAAAGCCTTAACCAGCATAATCTAGAGCTTCTCCAAAAATTGTCCCACCTGAAATCTCGGAGACTCTCAACACTTTCAAATCCTCATTCACATTAAAAAGGTTCTGCCTTCGAATTGGCGGAGAAGCAACCTCGACCCA
AATTGAAAACCAAATCCATGGAACATCCCCAAAACAATGGGTTTTGGGGAGGTTTGGTACCAGAGAATGCTTTCAACATTACTTCTCTGAATGAACTTCTACGACGGGAAAGTGTACTTGGATTAAAGGTCCCTGAGGAGACACAGTTGGTCTTCAGAGGGCATGCAACATCTTTAGAATGTTATTGTTTCATCATGAAT
GAAGACTTCCTATATGGATCCGATTATGCGGTAAATACCTTGGTTGGGTGATTTATGAAAGAAGTTCAAGTTTCAGAGGTAAATATGGGTGTGAAACTCCTGCAACCTGTTGCTTTGGGGGCTCCTGCGTAGCCAATGGGTTGAGAATTGAATGTGGGGTAATTGTGAAGGACTCTCAATGGCCAGTTGCAAGATTACAG
ATGAACTGACTTTCATGTATTCTTGTCTGTTCGTTAACGTTTCACAGTGATTGTAATGTATGTTTCGTGTTATTGATGTGTATTGGTTGTGGTTTCTTGCAGGCTCGCGCGTTTTATGGGTTTCAGATTGCTATTGAGAATATTCACTCAGgtattatttggaagaagagaggatttccttttcctttccccttttccca
ttccatcattgaagttgcatcatgttcgatggtaacgtctcttgtctgttttgcagAGATGTATAGTTTACTGTTAGAAACATATATTAAAGATCACAAAGAGAAGAATAATTTGTTCAATGCAATTGAGACTATTCCCTGTGTGGGAAAGAAAGCAGACTGGGCTCTTAATTGGATTGATAGGTGTGTGGCTTTACCTT
TCTTTTTTGGGTTGCGATTTTGTTGTTACTACAAGCCCTTAATTATTGTTTTAACAATAATTTGTCTGTGCTTTTTGCAGCG