sp|Q9SKX0|AB13C_ARATH ----> ABC transporter C family member 13
Intron 1 GTTTGTAATT ... TATATCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.03 | 10 | 5 | 4 |
| A2 | 33.33 | 20 | 16 | 4 |
| A3 | 42.86 | 10 | 12 | 3 |
| A4 | 31.15 | 21 | 14 | 5 |
| A5 | 46.67 | 8 | 13 | 1 |
| A6 | 28.21 | 14 | 6 | 5 |
| A7 | 26.58 | 29 | 8 | 13 |
| A8 | 23.21 | 43 | 16 | 10 |
| A9 | 28.57 | 15 | 2 | 10 |
| A10 | 21.74 | 27 | 6 | 9 |
>TRINITY_DN117192_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformGATTTCAAAGTTCAGCTCTCATGTTTTAAATGATGGCCTTGGGTTTATGGGTCCCTTGTTATTAAATACTCTCATTCGTATTCTTCAACAAGATATAGGAAATGGGCATCCCTATGGCTACTATTGTGCTTTTGGATTAGGTGTTCTTTCTGTCTCAAGAGCATTTTTAGGTTCACATTATTCATTTCTTCTTTCAAAAC
TTAGGCTGCGATTACGAGCAAGCATTATCACTATTGTCTACCAAAAGTGCTTGTTTATCAGTCTTTCAGAGAGAACAATCTTTTCCACTGGGGAAATTCAGACACTTATGTCTGTAGATGCTGATCGTGCAGTCAATTTATGTGCCAGTTTCCATGATATTTGGAGTCTTCCCTTGCAAATGGTAGTTGCATTGTTTCTT
TTATACACGCAAGTCAAGTTTGCTTTCCTTGCTGGTCTTGCTGTGATTATCCTTCTGATTCCAGTGAACAGGTGGATTGCTGGGAAAATTAGCACTGCTAGTCAGCTCATGATGAAACAGAAGGATGAGAGAGTTAGAAAGATTGGAGAACTTCTAATGTATATACGGACTTTGAAAATGTACACTTGGGAACACATTTT
TGCTGCCCGTTTGATGGAAACAAGAGAACATGAAGTGAAACACCTTGCGACTCGAAAATATCTGGATGCTTGGTGTGTCTACTTCTGGGCCACTACACCTACACTTTTCTCATTGTTTACCTTTGGAGTTTATGCGTTACTGGGCTACTCCTTAGATGCAGCCACGGTGTTCACATCTCTTTCACTGTTTAACATGTTGA
TCTCTCCTTTGAATTCATTTCCATGGGTTATAAATGGTCTTATTGAGGCTTTCATATCCCTTCAACGCTTGGGAAGATTTCTTTCTTGTACTGAACTTAACTCCAATTGGGGAAGCTTTGGTGCTTTACAAGTTAAAAGAGAAGAGATTTATCCTTCAGGCAATCACAATAAGGAAAAAGTTGAAGATGTGGAAGATATG
TCTATCATTATTCAGAATGCTGACTTTGTATGGTCCAGTAGTCAACAAGAATGCCAAAATCCTGTTTTAAAGCAGATATCTGTGGCAATTCCAAAAGGATTTCTCACGGTCATTCTTGGGGAGGTTGGAGCTGGGAAGTCATCAATTTTGAGTGCTATTCTTGGAGAGATGCGCTTGATCAAAGGAGAAATTTCTCAACA
TGGTTCTGTTGCATATGTCCCACAGGCCCCATGGATACAGTCAGGAACAGTCCGTGATAACATTCTTTTTGGAAAGGAGTATGAAGGAGACAGATATACAGAAGTGCTTGCTGCATCTGCTTTAGATCTGGATATCTGTTATATGAGGGGAGGTGATCTAGCAATGATTGGAGAAAAAGGATTCAACTTGTCAGGTGGAC
AGAGAGCTCGAGTGGCTCTTGCAAGGGCTTTATATCAAGATTGTGACATTTATTTGCTGGATGACACATTAAGTGCTGTTGATGCGCATGTTGCTGCTTGGCTTTTACAAAATGCTATACAAGGTTCTCTAATGGCCCACAAGACAAGAATTTTATGCACTCACAATACTCAGGCTGTTCAAATGGCAAACATGGTCATA
ATTATGGAGAAAGGATCTATAAAGTGGGTGGGTTGTTCAACAGAATTTCATTCAGCAATCAACACAAATTCAAGCCAGGAAATGAATAATACATTTGTTAGCTTGGTAAATGCAAATAGCCAGACATGGGAAAACAAATCAGAAAGTGAAATTCTACCTGTCGTGGAAAGACATGGAAATATGAACCTTAATTCTTTAGA
AGGCACTTCAGAAATTTTTGAAGAGGAAGCAAGGAAAGAAGGAACAGTCCAATTTGACATATACCGAAATTATGCAGCATTTTCTGGCTGGACAATCGTTGTAACAATCTTGATTTCCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACTTGATTT
CCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACCTGCATAATCAAGAATCCACTTACTTCTACCTGGTTGTGCTCACTGCCATTGCTACTTGCAATTCTTTGTTCACTCTAGCCAGAGCTTTTTCATTTACTTTTGGAGGTCTGCGTGCTGCTCTC
CACGTACACAATTCTCTATTAAATAAGGTTATTAATGCACCAATATCCTTTTTTGATCGCAACCCAAGAGGACGAATACTGAACAGGTTTTCCTCGGACCAATATGCCATTGATGACTCTCTTCCTTTTATTTTAAATATCGTACTAGCAAATTTCTTCAGCCTTTTTGGCATTACTGTGGTTCTCTGTTTGGTACAGTG
GACATTTCTCCTGCTATTGGTACCGCTCGGGTATATTTACAGCAAATTGCAGGTTTATTACAGAGCCACATCACGGGAGCTGCGGAGATTGGATAGCGTGTCACGCTCACCAATTTACACATCCTTCACAGAAGCACTCGATGGTGCTTCAACTATAAGAGCATTTACAAAACAGTCACTATTTATCTCAAAAAATCATG
AACATGTCACATTGAATCAACGGGCTTCTTACTCAGAACTTGCAGCAAGTGTTTGGCTCTCTATACGCCTCCAGTGGTTGGCAGCATTTGTCATTTCCTTTATCAGCATAATGGCTGTTCTTGGTCGCTACAAAGGATTACCTATTAGTTCTGGCACAACTGGTCTGGTGGGCTTATCTCTTTCATACGCAATACCAATT
ATTTCATTGTTAAATGATCTCTTAACAAGTTTTACAGAAACTGAAAAGGAAATGATTTCAGTTGAGAGAGTGCAGCAGTACATGGATGTTTCTCCGGAAGAACTGGAGGGACAGTCATCTGTTGATCCAAATTGGCCTATGGAAGGACTCATTGAGTTCAACCAAGTTACCTTGAGATACATGCCTTTTTTGCCACCAGC
CCTGCGAGCTGTATCATTCACTATACATGCAGGCGAGCAGGTTGGAATAGCCGGAAGAACAGGTGCTGGAAAGTCTAGTGTCCTTAATGCCATATTTCGCCTCACTCCAATCTCTGATGGAAAAATACTTATTGATAAAGTAGATATATTAAATGTTCCTCTCAAAGAACTCCGCTCCAGACTGACTGTTGTCCCTCAAA
CTCCGTTCTTGTTTGAAGGGACTTTAAGGGAAAATTTAGATCCCTTCAGTAACACTCCTGATTCAACTATATGGGAGGTCCTTCAAAAGTGCCATATTAAGGAGGCAGTGATAACAACTGGTGGCCTTGATACCCATGTAACAGAGGGGGGGGAATGTTTCTCTACTGGACAGCGTCAACTACTTTGCCTTGCACGTGCA
CTTCTCAAGTCTTCCAAGGTTTTGTGCCTAGATGAATGCACTGCAAATGTAGACCCACAAACTACATCATTACTCAAGGAGACTGTGGCCACAGAATGTAAGGGCGTAACAGTAATAACAATAGCACACCGTATCAGTACCATTTCCAATATGGACCGTGTGCTCATCTTCGACCAAGGGACTATTGTGGAAGAGGGAAA
CCCACAAATGCTTTTGGAAGATAGTAGCTCCAGATTTTCCAGCTTTGCCAAAGCTTCTTTTCTATGACTAGTTTCTGCTTATTAATCTTCAGTGTTTGAAAAACTTGGGATGAAATCAGACCATGCGTGATGATTGAAAGCCTAAATTATGGAAGAACTTATCATTATATGTTAAATAGACACATGACACAACCAGAAGC
AACAGTAAAGAGTTACATGTCACCAACC
>TRINITY_DN117192_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:GATTTCAAAGTTCAGCTCTCATGTTTTAAATGATGGCCTTGGGTTTATGGGTCCCTTGTTATTAAATACTCTCATTCGTATTCTTCAACAAGATATAGGAAATGGGCATCCCTATGGCTACTATTGTGCTTTTGGATTAGGTGTTCTTTCTGTCTCAAGAGCATTTTTAGGTTCACATTATTCATTTCTTCTTTCAAAAC
TTAGGCTGCGATTACGAGCAAGCATTATCACTATTGTCTACCAAAAGTGCTTGTTTATCAGTCTTTCAGAGAGAACAATCTTTTCCACTGGGGAAATTCAGACACTTATGTCTGTAGATGCTGATCGTGCAGTCAATTTATGTGCCAGTTTCCATGATATTTGGAGTCTTCCCTTGCAAATGGTAGTTGCATTGTTTCTT
TTATACACGCAAGTCAAGTTTGCTTTCCTTGCTGGTCTTGCTGTGATTATCCTTCTGATTCCAGTGAACAGGTGGATTGCTGGGAAAATTAGCACTGCTAGTCAGCTCATGATGAAACAGAAGGATGAGAGAGTTAGAAAGATTGGAGAACTTCTAATGTATATACGGACTTTGAAAATGTACACTTGGGAACACATTTT
TGCTGCCCGTTTGATGGAAACAAGAGAACATGAAGTGAAACACCTTGCGACTCGAAAATATCTGGATGCTTGGTGTGTCTACTTCTGGGCCACTACACCTACACTTTTCTCATTGTTTACCTTTGGAGTTTATGCGTTACTGGGCTACTCCTTAGATGCAGCCACGGTGTTCACATCTCTTTCACTGTTTAACATGTTGA
TCTCTCCTTTGAATTCATTTCCATGGGTTATAAATGGTCTTATTGAGGCTTTCATATCCCTTCAACGCTTGGGAAGATTTCTTTCTTGTACTGAACTTAACTCCAATTGGGGAAGCTTTGGTGCTTTACAAGTTAAAAGAGAAGAGATTTATCCTTCAGGCAATCACAATAAGGAAAAAGTTGAAGATGTGGAAGATATG
TCTATCATTATTCAGAATGCTGACTTTGTATGGTCCAGTAGTCAACAAGAATGCCAAAATCCTGTTTTAAAGCAGATATCTGTGGCAATTCCAAAAGGATTTCTCACGGTCATTCTTGGGGAGGTTGGAGCTGGGAAGTCATCAATTTTGAGTGCTATTCTTGGAGAGATGCGCTTGATCAAAGGAGAAATTTCTCAACA
TGGTTCTGTTGCATATGTCCCACAGGCCCCATGGATACAGTCAGGAACAGTCCGTGATAACATTCTTTTTGGAAAGGAGTATGAAGGAGACAGATATACAGAAGTGCTTGCTGCATCTGCTTTAGATCTGGATATCTGTTATATGAGGGGAGGTGATCTAGCAATGATTGGAGAAAAAGGATTCAACTTGTCAGGTGGAC
AGAGAGCTCGAGTGGCTCTTGCAAGGGCTTTATATCAAGATTGTGACATTTATTTGCTGGATGACACATTAAGTGCTGTTGATGCGCATGTTGCTGCTTGGCTTTTACAAAATGCTATACAAGGTTCTCTAATGGCCCACAAGACAAGAATTTTATGCACTCACAATACTCAGGCTGTTCAAATGGCAAACATGGTCATA
ATTATGGAGAAAGGATCTATAAAGTGGGTGGGTTGTTCAACAGAATTTCATTCAGCAATCAACACAAATTCAAGCCAGGAAATGAATAATACATTTGTTAGCTTGGTAAATGCAAATAGCCAGACATGGGAAAACAAATCAGAAAGTGAAATTCTACCTGTCGTGGAAAGACATGGAAATATGAACCTTAATTCTTTAGA
AGGCACTTCAGAAATTTTTGAAGAGGAAGCAAGGAAAGAAGGAACAGTCCAATTTGACATATACCGAAATTATGCAGCATTTTCTGGCTGGACAATCGTTGTAACAATCTTGATTTCCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACTTGATTT
CCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACCTGCATAATCAAGAATCCACTTACTTCTACCTGGTTGTGCTCACTGCCATTGCTACTTGCAATTCTTTGTTCACTCTAGCCAGAGCTTTTTCATTTACTTTTGGAGGTCTGCGTGCTGCTCTC
CACGTACACAATTCTCTATTAAATAAGGTTATTAATGCACCAATATCCTTTTTTGATCGCAACCCAAGAGGACGAATACTGAACAGGTTTTCCTCGGACCAATATGCCATTGATGACTCTCTTCCTTTTATTTTAAATATCGTACTAGCAAATTTCTTCAGCCTTTTTGGCATTACTGTGGTTCTCTGTTTGGTACAGTG
GACATTTCTCCTGCTATTGGTACCGCTCGGGTATATTTACAGCAAATTGCAGGTTTATTACAGAGCCACATCACGGGAGCTGCGGAGATTGGATAGCGTGTCACGCTCACCAATTTACACATCCTTCACAGAAGCACTCGATGGTGCTTCAACTATAAGAGCATTTACAAAACAGTCACTATTTATCTCAAAAAATCATG
AACATGTCACATTGAATCAACGGGCTTCTTACTCAGAACTTGCAGCAAGTGTTTGGCTCTCTATACGCCTCCAGTGGTTGGCAGCATTTGTCATTTCCTTTATCAGCATAATGGCTGTTCTTGGTCGCTACAAAGGATTACCTATTAGTTCTGGCACAACTGGTCTGGTGGGCTTATCTCTTTCATACGCAATACCAATT
ATTTCATTGTTAAATGATCTCTTAACAAGTTTTACAGAAACTGAAAAGGAAATGATTTCAGTTGAGAGAGTGCAGCAGTACATGGATGTTTCTCCGGAAGAACTGGAGGGACAGTCATCTGTTGATCCAAATTGGCCTATGGAAGGACTCATTGAGTTCAACCAAGTTACCTTGAGATACATGCCTTTTTTGCCACCAGC
CCTGCGAGCTGTATCATTCACTATACATGCAGGCGAGCAGgtttgtaatttgtattaacttcacaattatttccatgcaacatatcattgaaagtaacagcttatgcttagaggaaagagaaatggtttttaaggagtagatacatgtactctcatctcaattacaaaatttatcctatgacctacttatatatcacagG
TTGGAATAGCCGGAAGAACAGGTGCTGGAAAGTCTAGTGTCCTTAATGCCATATTTCGCCTCACTCCAATCTCTGATGGAAAAATACTTATTGATAAAGTAGATATATTAAATGTTCCTCTCAAAGAACTCCGCTCCAGACTGACTGTTGTCCCTCAAACTCCGTTCTTGTTTGAAGGGACTTTAAGGGAAAATTTAGAT
CCCTTCAGTAACACTCCTGATTCAACTATATGGGAGGTCCTTCAAAAGTGCCATATTAAGGAGGCAGTGATAACAACTGGTGGCCTTGATACCCATGTAACAGAGGGGGGGGAATGTTTCTCTACTGGACAGCGTCAACTACTTTGCCTTGCACGTGCACTTCTCAAGTCTTCCAAGGTTTTGTGCCTAGATGAATGCAC
TGCAAATGTAGACCCACAAACTACATCATTACTCAAGGAGACTGTGGCCACAGAATGTAAGGGCGTAACAGTAATAACAATAGCACACCGTATCAGTACCATTTCCAATATGGACCGTGTGCTCATCTTCGACCAAGGGACTATTGTGGAAGAGGGAAACCCACAAATGCTTTTGGAAGATAGTAGCTCCAGATTTTCCA
GCTTTGCCAAAGCTTCTTTTCTATGACTAGTTTCTGCTTATTAATCTTCAGTGTTTGAAAAACTTGGGATGAAATCAGACCATGCGTGATGATTGAAAGCCTAAATTATGGAAGAACTTATCATTATATGTTAAATAGACACATGACACAACCAGAAGCAACAGTAAAGAGTTACATGTCACCAACC
Intron 2 GTATTTTTCC ... GTTAAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.98 | 18 | 8 | 15 |
| A2 | 33.33 | 8 | 5 | 3 |
| A3 | 27.27 | 12 | 6 | 3 |
| A4 | 24.14 | 22 | 10 | 4 |
| A5 | 12.5 | 7 | 2 | 0 |
| A6 | 0 | 6 | 0 | 0 |
| A7 | 9.09 | 25 | 5 | 0 |
| A8 | 3.23 | 15 | 1 | 0 |
| A9 | 5.88 | 16 | 2 | 0 |
| A10 | 14.29 | 9 | 3 | 0 |
>TRINITY_DN117192_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformGATTTCAAAGTTCAGCTCTCATGTTTTAAATGATGGCCTTGGGTTTATGGGTCCCTTGTTATTAAATACTCTCATTCGTATTCTTCAACAAGATATAGGAAATGGGCATCCCTATGGCTACTATTGTGCTTTTGGATTAGGTGTTCTTTCTGTCTCAAGAGCATTTTTAGGTTCACATTATTCATTTCTTCTTTCAAAAC
TTAGGCTGCGATTACGAGCAAGCATTATCACTATTGTCTACCAAAAGTGCTTGTTTATCAGTCTTTCAGAGAGAACAATCTTTTCCACTGGGGAAATTCAGACACTTATGTCTGTAGATGCTGATCGTGCAGTCAATTTATGTGCCAGTTTCCATGATATTTGGAGTCTTCCCTTGCAAATGGTAGTTGCATTGTTTCTT
TTATACACGCAAGTCAAGTTTGCTTTCCTTGCTGGTCTTGCTGTGATTATCCTTCTGATTCCAGTGAACAGGTGGATTGCTGGGAAAATTAGCACTGCTAGTCAGCTCATGATGAAACAGAAGGATGAGAGAGTTAGAAAGATTGGAGAACTTCTAATGTATATACGGACTTTGAAAATGTACACTTGGGAACACATTTT
TGCTGCCCGTTTGATGGAAACAAGAGAACATGAAGTGAAACACCTTGCGACTCGAAAATATCTGGATGCTTGGTGTGTCTACTTCTGGGCCACTACACCTACACTTTTCTCATTGTTTACCTTTGGAGTTTATGCGTTACTGGGCTACTCCTTAGATGCAGCCACGGTGTTCACATCTCTTTCACTGTTTAACATGTTGA
TCTCTCCTTTGAATTCATTTCCATGGGTTATAAATGGTCTTATTGAGGCTTTCATATCCCTTCAACGCTTGGGAAGATTTCTTTCTTGTACTGAACTTAACTCCAATTGGGGAAGCTTTGGTGCTTTACAAGTTAAAAGAGAAGAGATTTATCCTTCAGGCAATCACAATAAGGAAAAAGTTGAAGATGTGGAAGATATG
TCTATCATTATTCAGAATGCTGACTTTGTATGGTCCAGTAGTCAACAAGAATGCCAAAATCCTGTTTTAAAGCAGATATCTGTGGCAATTCCAAAAGGATTTCTCACGGTCATTCTTGGGGAGGTTGGAGCTGGGAAGTCATCAATTTTGAGTGCTATTCTTGGAGAGATGCGCTTGATCAAAGGAGAAATTTCTCAACA
TGGTTCTGTTGCATATGTCCCACAGGCCCCATGGATACAGTCAGGAACAGTCCGTGATAACATTCTTTTTGGAAAGGAGTATGAAGGAGACAGATATACAGAAGTGCTTGCTGCATCTGCTTTAGATCTGGATATCTGTTATATGAGGGGAGGTGATCTAGCAATGATTGGAGAAAAAGGATTCAACTTGTCAGGTGGAC
AGAGAGCTCGAGTGGCTCTTGCAAGGGCTTTATATCAAGATTGTGACATTTATTTGCTGGATGACACATTAAGTGCTGTTGATGCGCATGTTGCTGCTTGGCTTTTACAAAATGCTATACAAGGTTCTCTAATGGCCCACAAGACAAGAATTTTATGCACTCACAATACTCAGGCTGTTCAAATGGCAAACATGGTCATA
ATTATGGAGAAAGGATCTATAAAGTGGGTGGGTTGTTCAACAGAATTTCATTCAGCAATCAACACAAATTCAAGCCAGGAAATGAATAATACATTTGTTAGCTTGGTAAATGCAAATAGCCAGACATGGGAAAACAAATCAGAAAGTGAAATTCTACCTGTCGTGGAAAGACATGGAAATATGAACCTTAATTCTTTAGA
AGGCACTTCAGAAATTTTTGAAGAGGAAGCAAGGAAAGAAGGAACAGTCCAATTTGACATATACCGAAATTATGCAGCATTTTCTGGCTGGACAATCGTTGTAACAATCTTGATTTCCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACTTGATTT
CCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACCTGCATAATCAAGAATCCACTTACTTCTACCTGGTTGTGCTCACTGCCATTGCTACTTGCAATTCTTTGTTCACTCTAGCCAGAGCTTTTTCATTTACTTTTGGAGGTCTGCGTGCTGCTCTC
CACGTACACAATTCTCTATTAAATAAGGTTATTAATGCACCAATATCCTTTTTTGATCGCAACCCAAGAGGACGAATACTGAACAGGTTTTCCTCGGACCAATATGCCATTGATGACTCTCTTCCTTTTATTTTAAATATCGTACTAGCAAATTTCTTCAGCCTTTTTGGCATTACTGTGGTTCTCTGTTTGGTACAGTG
GACATTTCTCCTGCTATTGGTACCGCTCGGGTATATTTACAGCAAATTGCAGGTTTATTACAGAGCCACATCACGGGAGCTGCGGAGATTGGATAGCGTGTCACGCTCACCAATTTACACATCCTTCACAGAAGCACTCGATGGTGCTTCAACTATAAGAGCATTTACAAAACAGTCACTATTTATCTCAAAAAATCATG
AACATGTCACATTGAATCAACGGGCTTCTTACTCAGAACTTGCAGCAAGTGTTTGGCTCTCTATACGCCTCCAGTGGTTGGCAGCATTTGTCATTTCCTTTATCAGCATAATGGCTGTTCTTGGTCGCTACAAAGGATTACCTATTAGTTCTGGCACAACTGGTCTGGTGGGCTTATCTCTTTCATACGCAATACCAATT
ATTTCATTGTTAAATGATCTCTTAACAAGTTTTACAGAAACTGAAAAGGAAATGATTTCAGTTGAGAGAGTGCAGCAGTACATGGATGTTTCTCCGGAAGAACTGGAGGGACAGTCATCTGTTGATCCAAATTGGCCTATGGAAGGACTCATTGAGTTCAACCAAGTTACCTTGAGATACATGCCTTTTTTGCCACCAGC
CCTGCGAGCTGTATCATTCACTATACATGCAGGCGAGCAGGTTGGAATAGCCGGAAGAACAGGTGCTGGAAAGTCTAGTGTCCTTAATGCCATATTTCGCCTCACTCCAATCTCTGATGGAAAAATACTTATTGATAAAGTAGATATATTAAATGTTCCTCTCAAAGAACTCCGCTCCAGACTGACTGTTGTCCCTCAAA
CTCCGTTCTTGTTTGAAGGGACTTTAAGGGAAAATTTAGATCCCTTCAGTAACACTCCTGATTCAACTATATGGGAGGTCCTTCAAAAGTGCCATATTAAGGAGGCAGTGATAACAACTGGTGGCCTTGATACCCATGTAACAGAGGGGGGGGAATGTTTCTCTACTGGACAGCGTCAACTACTTTGCCTTGCACGTGCA
CTTCTCAAGTCTTCCAAGGTTTTGTGCCTAGATGAATGCACTGCAAATGTAGACCCACAAACTACATCATTACTCAAGGAGACTGTGGCCACAGAATGTAAGGGCGTAACAGTAATAACAATAGCACACCGTATCAGTACCATTTCCAATATGGACCGTGTGCTCATCTTCGACCAAGGGACTATTGTGGAAGAGGGAAA
CCCACAAATGCTTTTGGAAGATAGTAGCTCCAGATTTTCCAGCTTTGCCAAAGCTTCTTTTCTATGACTAGTTTCTGCTTATTAATCTTCAGTGTTTGAAAAACTTGGGATGAAATCAGACCATGCGTGATGATTGAAAGCCTAAATTATGGAAGAACTTATCATTATATGTTAAATAGACACATGACACAACCAGAAGC
AACAGTAAAGAGTTACATGTCACCAACC
>TRINITY_DN117192_c0_g1_i12 from sample A3 / Example unspliced isoform:GATTTCAAAGTTCAGCTCTCATGTTTTAAATGATGGCCTTGGGTTTATGGGTCCCTTGTTATTAAATACTCTCATTCGTATTCTTCAACAAGATATAGGAAATGGGCATCCCTATGGCTACTATTGTGCTTTTGGATTAGGTGTTCTTTCTGTCTCAAGAGCATTTTTAGGTTCACATTATTCATTTCTTCTTTCAAAAC
TTAGGCTGCGATTACGAGCAAGCATTATCACTATTGTCTACCAAAAGTGCTTGTTTATCAGTCTTTCAGAGAGAACAATCTTTTCCACTGGGGAAATTCAGACACTTATGTCTGTAGATGCTGATCGTGCAGTCAATTTATGTGCCAGTTTCCATGATATTTGGAGTCTTCCCTTGCAAATGGTAGTTGCATTGTTTCTT
TTATACACGCAAGTCAAGTTTGCTTTCCTTGCTGGTCTTGCTGTGATTATCCTTCTGATTCCAGTGAACAGGTGGATTGCTGGGAAAATTAGCACTGCTAGTCAGCTCATGATGAAACAGAAGGATGAGAGAGTTAGAAAGATTGGAGAACTTCTAATGTATATACGGACTTTGAAAATGTACACTTGGGAACACATTTT
TGCTGCCCGTTTGATGGAAACAAGAGAACATGAAGTGAAACACCTTGCGACTCGAAAATATCTGGATGCTTGGTGTGTCTACTTCTGGGCCACTACACCTACACTTTTCTCATTGTTTACCTTTGGAGTTTATGCGTTACTGGGCTACTCCTTAGATGCAGCCACGGTGTTCACATCTCTTTCACTGTTTAACATGTTGA
TCTCTCCTTTGAATTCATTTCCATGGGTTATAAATGGTCTTATTGAGGCTTTCATATCCCTTCAACGCTTGGGAAGATTTCTTTCTTGTACTGAACTTAACTCCAATTGGGGAAGCTTTGGTGCTTTACAAGTTAAAAGAGAAGAGATTTATCCTTCAGGCAATCACAATAAGGAAAAAGTTGAAGATGTGGAAGATATG
TCTATCATTATTCAGAATGCTGACTTTGTATGGTCCAGTAGTCAACAAGAATGCCAAAATCCTGTTTTAAAGCAGATATCTGTGGCAATTCCAAAAGGATTTCTCACGGTCATTCTTGGGGAGGTTGGAGCTGGGAAGTCATCAATTTTGAGTGCTATTCTTGGAGAGATGCGCTTGATCAAAGGAGAAATTTCTCAACA
TGGTTCTGTTGCATATGTCCCACAGGCCCCATGGATACAGTCAGGAACAGTCCGTGATAACATTCTTTTTGGAAAGGAGTATGAAGGAGACAGATATACAGAAGTGCTTGCTGCATCTGCTTTAGATCTGGATATCTGTTATATGAGGGGAGGTGATCTAGCAATGATTGGAGAAAAAGGATTCAACTTGTCAGGTGGAC
AGAGAGCTCGAGTGGCTCTTGCAAGGGCTTTATATCAAGATTGTGACATTTATTTGCTGGATGACACATTAAGTGCTGTTGATGCGCATGTTGCTGCTTGGCTTTTACAAAATGCTATACAAGGTTCTCTAATGGCCCACAAGACAAGAATTTTATGCACTCACAATACTCAGGCTGTTCAAATGGCAAACATGGTCATA
ATTATGGAGAAAGGATCTATAAAGTGGGTGGGTTGTTCAACAGAATTTCATTCAGCAATCAACACAAATTCAAGCCAGGAAATGAATAATACATTTGTTAGCTTGGTAAATGCAAATAGCCAGACATGGGAAAACAAATCAGAAAGTGAAATTCTACCTGTCGTGGAAAGACATGGAAATATGAACCTTAATTCTTTAGA
AGGCACTTCAGAAATTTTTGAAGAGGAAGCAAGGAAAGAAGGAACAGTCCAATTTGACATATACCGAAATTATGCAGCATTTTCTGGCTGGACAATCGTTGTAACAATCTTGATTTCCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACTTGATTT
CCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACCTGCATAATCAAGAATCCACTTACTTCTACCTGGTTGTGCTCACTGCCATTGCTACTTGCAATTCTTTGTTCACTCTAGCCAGAGCTTTTTCATTTACTTTTGGAGGTCTGCGTGCTGCTCTC
CACGTACACAATTCTCTATTAAATAAGGTTATTAATGCACCAATATCCTTTTTTGATCGCAACCCAAGAGGACGAATACTGAACAGGTTTTCCTCGGACCAATATGCCATTGATGACTCTCTTCCTTTTATTTTAAATATCGTACTAGCAAATTTCTTCAGCCTTTTTGGCATTACTGTGGTTCTCTGTTTGGTACAGgt
atttttccatcagagaatttgatatactgttaaaaccaagttccttttgatagtaaattgatatcaagttcaattatatgtgaatattgtgttaaaacagTGGACATTTCTCCTGCTATTGGTACCGCTCGGGTATATTTACAGCAAATTGCAGGTGAGTACCGGATAGACATTCAAAAACAATTCCCTTTTTTCTGCTT
TTCCAGTGTTTTCATTTTGTGGTCTTCATAAGTTAAAAAAATAAAAACTATGTATGTGCATTGAATTATTGAGATGTCATTCATAACCATTTTGGCTATTAAAAACACTGAACTATTTGACAAT
Intron 3 GTAATAATAC ... TCTTCTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.69 | 23 | 5 | 7 |
| A2 | 20 | 12 | 1 | 5 |
| A3 | 26.32 | 21 | 4 | 11 |
| A4 | 31.82 | 15 | 7 | 7 |
| A5 | 33.33 | 9 | 3 | 6 |
| A6 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A7 | 6.67 | 7 | 1 | 0 |
| A8 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
| A9 | 18.18 | 9 | 0 | 4 |
| A10 | 7.69 | 6 | 0 | 1 |
>TRINITY_DN117192_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformGATTTCAAAGTTCAGCTCTCATGTTTTAAATGATGGCCTTGGGTTTATGGGTCCCTTGTTATTAAATACTCTCATTCGTATTCTTCAACAAGATATAGGAAATGGGCATCCCTATGGCTACTATTGTGCTTTTGGATTAGGTGTTCTTTCTGTCTCAAGAGCATTTTTAGGTTCACATTATTCATTTCTTCTTTCAAAAC
TTAGGCTGCGATTACGAGCAAGCATTATCACTATTGTCTACCAAAAGTGCTTGTTTATCAGTCTTTCAGAGAGAACAATCTTTTCCACTGGGGAAATTCAGACACTTATGTCTGTAGATGCTGATCGTGCAGTCAATTTATGTGCCAGTTTCCATGATATTTGGAGTCTTCCCTTGCAAATGGTAGTTGCATTGTTTCTT
TTATACACGCAAGTCAAGTTTGCTTTCCTTGCTGGTCTTGCTGTGATTATCCTTCTGATTCCAGTGAACAGGTGGATTGCTGGGAAAATTAGCACTGCTAGTCAGCTCATGATGAAACAGAAGGATGAGAGAGTTAGAAAGATTGGAGAACTTCTAATGTATATACGGACTTTGAAAATGTACACTTGGGAACACATTTT
TGCTGCCCGTTTGATGGAAACAAGAGAACATGAAGTGAAACACCTTGCGACTCGAAAATATCTGGATGCTTGGTGTGTCTACTTCTGGGCCACTACACCTACACTTTTCTCATTGTTTACCTTTGGAGTTTATGCGTTACTGGGCTACTCCTTAGATGCAGCCACGGTGTTCACATCTCTTTCACTGTTTAACATGTTGA
TCTCTCCTTTGAATTCATTTCCATGGGTTATAAATGGTCTTATTGAGGCTTTCATATCCCTTCAACGCTTGGGAAGATTTCTTTCTTGTACTGAACTTAACTCCAATTGGGGAAGCTTTGGTGCTTTACAAGTTAAAAGAGAAGAGATTTATCCTTCAGGCAATCACAATAAGGAAAAAGTTGAAGATGTGGAAGATATG
TCTATCATTATTCAGAATGCTGACTTTGTATGGTCCAGTAGTCAACAAGAATGCCAAAATCCTGTTTTAAAGCAGATATCTGTGGCAATTCCAAAAGGATTTCTCACGGTCATTCTTGGGGAGGTTGGAGCTGGGAAGTCATCAATTTTGAGTGCTATTCTTGGAGAGATGCGCTTGATCAAAGGAGAAATTTCTCAACA
TGGTTCTGTTGCATATGTCCCACAGGCCCCATGGATACAGTCAGGAACAGTCCGTGATAACATTCTTTTTGGAAAGGAGTATGAAGGAGACAGATATACAGAAGTGCTTGCTGCATCTGCTTTAGATCTGGATATCTGTTATATGAGGGGAGGTGATCTAGCAATGATTGGAGAAAAAGGATTCAACTTGTCAGGTGGAC
AGAGAGCTCGAGTGGCTCTTGCAAGGGCTTTATATCAAGATTGTGACATTTATTTGCTGGATGACACATTAAGTGCTGTTGATGCGCATGTTGCTGCTTGGCTTTTACAAAATGCTATACAAGGTTCTCTAATGGCCCACAAGACAAGAATTTTATGCACTCACAATACTCAGGCTGTTCAAATGGCAAACATGGTCATA
ATTATGGAGAAAGGATCTATAAAGTGGGTGGGTTGTTCAACAGAATTTCATTCAGCAATCAACACAAATTCAAGCCAGGAAATGAATAATACATTTGTTAGCTTGGTAAATGCAAATAGCCAGACATGGGAAAACAAATCAGAAAGTGAAATTCTACCTGTCGTGGAAAGACATGGAAATATGAACCTTAATTCTTTAGA
AGGCACTTCAGAAATTTTTGAAGAGGAAGCAAGGAAAGAAGGAACAGTCCAATTTGACATATACCGAAATTATGCAGCATTTTCTGGCTGGACAATCGTTGTAACAATCTTGATTTCCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACTTGATTT
CCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACCTGCATAATCAAGAATCCACTTACTTCTACCTGGTTGTGCTCACTGCCATTGCTACTTGCAATTCTTTGTTCACTCTAGCCAGAGCTTTTTCATTTACTTTTGGAGGTCTGCGTGCTGCTCTC
CACGTACACAATTCTCTATTAAATAAGGTTATTAATGCACCAATATCCTTTTTTGATCGCAACCCAAGAGGACGAATACTGAACAGGTTTTCCTCGGACCAATATGCCATTGATGACTCTCTTCCTTTTATTTTAAATATCGTACTAGCAAATTTCTTCAGCCTTTTTGGCATTACTGTGGTTCTCTGTTTGGTACAGTG
GACATTTCTCCTGCTATTGGTACCGCTCGGGTATATTTACAGCAAATTGCAGGTTTATTACAGAGCCACATCACGGGAGCTGCGGAGATTGGATAGCGTGTCACGCTCACCAATTTACACATCCTTCACAGAAGCACTCGATGGTGCTTCAACTATAAGAGCATTTACAAAACAGTCACTATTTATCTCAAAAAATCATG
AACATGTCACATTGAATCAACGGGCTTCTTACTCAGAACTTGCAGCAAGTGTTTGGCTCTCTATACGCCTCCAGTGGTTGGCAGCATTTGTCATTTCCTTTATCAGCATAATGGCTGTTCTTGGTCGCTACAAAGGATTACCTATTAGTTCTGGCACAACTGGTCTGGTGGGCTTATCTCTTTCATACGCAATACCAATT
ATTTCATTGTTAAATGATCTCTTAACAAGTTTTACAGAAACTGAAAAGGAAATGATTTCAGTTGAGAGAGTGCAGCAGTACATGGATGTTTCTCCGGAAGAACTGGAGGGACAGTCATCTGTTGATCCAAATTGGCCTATGGAAGGACTCATTGAGTTCAACCAAGTTACCTTGAGATACATGCCTTTTTTGCCACCAGC
CCTGCGAGCTGTATCATTCACTATACATGCAGGCGAGCAGGTTGGAATAGCCGGAAGAACAGGTGCTGGAAAGTCTAGTGTCCTTAATGCCATATTTCGCCTCACTCCAATCTCTGATGGAAAAATACTTATTGATAAAGTAGATATATTAAATGTTCCTCTCAAAGAACTCCGCTCCAGACTGACTGTTGTCCCTCAAA
CTCCGTTCTTGTTTGAAGGGACTTTAAGGGAAAATTTAGATCCCTTCAGTAACACTCCTGATTCAACTATATGGGAGGTCCTTCAAAAGTGCCATATTAAGGAGGCAGTGATAACAACTGGTGGCCTTGATACCCATGTAACAGAGGGGGGGGAATGTTTCTCTACTGGACAGCGTCAACTACTTTGCCTTGCACGTGCA
CTTCTCAAGTCTTCCAAGGTTTTGTGCCTAGATGAATGCACTGCAAATGTAGACCCACAAACTACATCATTACTCAAGGAGACTGTGGCCACAGAATGTAAGGGCGTAACAGTAATAACAATAGCACACCGTATCAGTACCATTTCCAATATGGACCGTGTGCTCATCTTCGACCAAGGGACTATTGTGGAAGAGGGAAA
CCCACAAATGCTTTTGGAAGATAGTAGCTCCAGATTTTCCAGCTTTGCCAAAGCTTCTTTTCTATGACTAGTTTCTGCTTATTAATCTTCAGTGTTTGAAAAACTTGGGATGAAATCAGACCATGCGTGATGATTGAAAGCCTAAATTATGGAAGAACTTATCATTATATGTTAAATAGACACATGACACAACCAGAAGC
AACAGTAAAGAGTTACATGTCACCAACC
>TRINITY_DN117192_c0_g1_i22 from sample A3 / Example unspliced isoform:GTGTTGCTTCCATTGATGGTCATTACAAGATCAGACTTCTTGATCAAGATTATTTTTGTGAGAGATTGTCTTGGGCTAGGTTACAATGATATACTGTTCAGTCTTCTATGTGTACTGATTTCTTATGACATGGGTGCAGAGCATTTTTAGGTTCACATTATTCATTTCTTCTTTCAAAACTTAGGCTGCGATTACGAGCA
AGCATTATCACTATTGTCTACCAAAAGgtaataatacatgcattattttaacagtgtttgtgctgaaattcaagcctagcacattttgatgaaggtactaaatgaatgttctctctaatgttgtgaatggctctttttctgatacctcaacatggtttatatttgctgatagaattcgatatttagaatttggaatatat
ctagaattccatgggtggtggaattatattgccttatgtttctgtataaataggagactaaatccagattagtcacccgcttccattaagtatggaagtttattggttagaatgccaattattttatctttgttgaactgaaggaaactatgattcttatttggtgatgtgctatttcttatctttaaaataatctgaaa
tatcttgtgtgcctatgactcttgctcatgggtttctttgttgtatttgaagtatataatttagaagctttcctcattttaaccagaaatatttattgatacttggtatttcttctatagTGCTTGTTTATCAGTCTTTCAGAGAGAACAATCTTTTCCACTGGGGAAATTCAGACACTTATGTCTGTAGATGCTGATCG
TGCAGTCAATTTATGTGCCAGTTTCCATGATATTTGGAGGTATAAACTAGATGGTCAATACATTTATGTTGTTTCTTTCATTGACATAGTTAAGATCACTATGGATTTTGAAGACAATAGGAGTTTTGATTTCCAAAAAATGTGTAATAGAACATTTAAATGCAGCTCTGCTTGACAAACATTTTTGCATCTGATATTAT
TTTGCATCCAAAATTTCTAAATTTGCGGTTAGGAATCATAAATGCAGAATTCACATGAAAATAGCCCATGGCTTGAGTTTTGCAAGTTGTAGAGTCCGGGC
Intron 4 GTATGCGACA ... CTATTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.42 | 31 | 7 | 7 |
| A2 | 22.67 | 29 | 8 | 9 |
| A3 | 29.29 | 35 | 18 | 11 |
| A4 | 18.37 | 20 | 5 | 4 |
| A5 | 20 | 14 | 3 | 4 |
| A6 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A7 | 23.81 | 8 | 5 | 0 |
| A8 | 20 | 4 | 1 | 1 |
| A9 | 9.09 | 10 | 1 | 1 |
| A10 | 7.69 | 6 | 1 | 0 |
>TRINITY_DN117192_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformGATTTCAAAGTTCAGCTCTCATGTTTTAAATGATGGCCTTGGGTTTATGGGTCCCTTGTTATTAAATACTCTCATTCGTATTCTTCAACAAGATATAGGAAATGGGCATCCCTATGGCTACTATTGTGCTTTTGGATTAGGTGTTCTTTCTGTCTCAAGAGCATTTTTAGGTTCACATTATTCATTTCTTCTTTCAAAAC
TTAGGCTGCGATTACGAGCAAGCATTATCACTATTGTCTACCAAAAGTGCTTGTTTATCAGTCTTTCAGAGAGAACAATCTTTTCCACTGGGGAAATTCAGACACTTATGTCTGTAGATGCTGATCGTGCAGTCAATTTATGTGCCAGTTTCCATGATATTTGGAGTCTTCCCTTGCAAATGGTAGTTGCATTGTTTCTT
TTATACACGCAAGTCAAGTTTGCTTTCCTTGCTGGTCTTGCTGTGATTATCCTTCTGATTCCAGTGAACAGGTGGATTGCTGGGAAAATTAGCACTGCTAGTCAGCTCATGATGAAACAGAAGGATGAGAGAGTTAGAAAGATTGGAGAACTTCTAATGTATATACGGACTTTGAAAATGTACACTTGGGAACACATTTT
TGCTGCCCGTTTGATGGAAACAAGAGAACATGAAGTGAAACACCTTGCGACTCGAAAATATCTGGATGCTTGGTGTGTCTACTTCTGGGCCACTACACCTACACTTTTCTCATTGTTTACCTTTGGAGTTTATGCGTTACTGGGCTACTCCTTAGATGCAGCCACGGTGTTCACATCTCTTTCACTGTTTAACATGTTGA
TCTCTCCTTTGAATTCATTTCCATGGGTTATAAATGGTCTTATTGAGGCTTTCATATCCCTTCAACGCTTGGGAAGATTTCTTTCTTGTACTGAACTTAACTCCAATTGGGGAAGCTTTGGTGCTTTACAAGTTAAAAGAGAAGAGATTTATCCTTCAGGCAATCACAATAAGGAAAAAGTTGAAGATGTGGAAGATATG
TCTATCATTATTCAGAATGCTGACTTTGTATGGTCCAGTAGTCAACAAGAATGCCAAAATCCTGTTTTAAAGCAGATATCTGTGGCAATTCCAAAAGGATTTCTCACGGTCATTCTTGGGGAGGTTGGAGCTGGGAAGTCATCAATTTTGAGTGCTATTCTTGGAGAGATGCGCTTGATCAAAGGAGAAATTTCTCAACA
TGGTTCTGTTGCATATGTCCCACAGGCCCCATGGATACAGTCAGGAACAGTCCGTGATAACATTCTTTTTGGAAAGGAGTATGAAGGAGACAGATATACAGAAGTGCTTGCTGCATCTGCTTTAGATCTGGATATCTGTTATATGAGGGGAGGTGATCTAGCAATGATTGGAGAAAAAGGATTCAACTTGTCAGGTGGAC
AGAGAGCTCGAGTGGCTCTTGCAAGGGCTTTATATCAAGATTGTGACATTTATTTGCTGGATGACACATTAAGTGCTGTTGATGCGCATGTTGCTGCTTGGCTTTTACAAAATGCTATACAAGGTTCTCTAATGGCCCACAAGACAAGAATTTTATGCACTCACAATACTCAGGCTGTTCAAATGGCAAACATGGTCATA
ATTATGGAGAAAGGATCTATAAAGTGGGTGGGTTGTTCAACAGAATTTCATTCAGCAATCAACACAAATTCAAGCCAGGAAATGAATAATACATTTGTTAGCTTGGTAAATGCAAATAGCCAGACATGGGAAAACAAATCAGAAAGTGAAATTCTACCTGTCGTGGAAAGACATGGAAATATGAACCTTAATTCTTTAGA
AGGCACTTCAGAAATTTTTGAAGAGGAAGCAAGGAAAGAAGGAACAGTCCAATTTGACATATACCGAAATTATGCAGCATTTTCTGGCTGGACAATCGTTGTAACAATCTTGATTTCCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACTTGATTT
CCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACCTGCATAATCAAGAATCCACTTACTTCTACCTGGTTGTGCTCACTGCCATTGCTACTTGCAATTCTTTGTTCACTCTAGCCAGAGCTTTTTCATTTACTTTTGGAGGTCTGCGTGCTGCTCTC
CACGTACACAATTCTCTATTAAATAAGGTTATTAATGCACCAATATCCTTTTTTGATCGCAACCCAAGAGGACGAATACTGAACAGGTTTTCCTCGGACCAATATGCCATTGATGACTCTCTTCCTTTTATTTTAAATATCGTACTAGCAAATTTCTTCAGCCTTTTTGGCATTACTGTGGTTCTCTGTTTGGTACAGTG
GACATTTCTCCTGCTATTGGTACCGCTCGGGTATATTTACAGCAAATTGCAGGTTTATTACAGAGCCACATCACGGGAGCTGCGGAGATTGGATAGCGTGTCACGCTCACCAATTTACACATCCTTCACAGAAGCACTCGATGGTGCTTCAACTATAAGAGCATTTACAAAACAGTCACTATTTATCTCAAAAAATCATG
AACATGTCACATTGAATCAACGGGCTTCTTACTCAGAACTTGCAGCAAGTGTTTGGCTCTCTATACGCCTCCAGTGGTTGGCAGCATTTGTCATTTCCTTTATCAGCATAATGGCTGTTCTTGGTCGCTACAAAGGATTACCTATTAGTTCTGGCACAACTGGTCTGGTGGGCTTATCTCTTTCATACGCAATACCAATT
ATTTCATTGTTAAATGATCTCTTAACAAGTTTTACAGAAACTGAAAAGGAAATGATTTCAGTTGAGAGAGTGCAGCAGTACATGGATGTTTCTCCGGAAGAACTGGAGGGACAGTCATCTGTTGATCCAAATTGGCCTATGGAAGGACTCATTGAGTTCAACCAAGTTACCTTGAGATACATGCCTTTTTTGCCACCAGC
CCTGCGAGCTGTATCATTCACTATACATGCAGGCGAGCAGGTTGGAATAGCCGGAAGAACAGGTGCTGGAAAGTCTAGTGTCCTTAATGCCATATTTCGCCTCACTCCAATCTCTGATGGAAAAATACTTATTGATAAAGTAGATATATTAAATGTTCCTCTCAAAGAACTCCGCTCCAGACTGACTGTTGTCCCTCAAA
CTCCGTTCTTGTTTGAAGGGACTTTAAGGGAAAATTTAGATCCCTTCAGTAACACTCCTGATTCAACTATATGGGAGGTCCTTCAAAAGTGCCATATTAAGGAGGCAGTGATAACAACTGGTGGCCTTGATACCCATGTAACAGAGGGGGGGGAATGTTTCTCTACTGGACAGCGTCAACTACTTTGCCTTGCACGTGCA
CTTCTCAAGTCTTCCAAGGTTTTGTGCCTAGATGAATGCACTGCAAATGTAGACCCACAAACTACATCATTACTCAAGGAGACTGTGGCCACAGAATGTAAGGGCGTAACAGTAATAACAATAGCACACCGTATCAGTACCATTTCCAATATGGACCGTGTGCTCATCTTCGACCAAGGGACTATTGTGGAAGAGGGAAA
CCCACAAATGCTTTTGGAAGATAGTAGCTCCAGATTTTCCAGCTTTGCCAAAGCTTCTTTTCTATGACTAGTTTCTGCTTATTAATCTTCAGTGTTTGAAAAACTTGGGATGAAATCAGACCATGCGTGATGATTGAAAGCCTAAATTATGGAAGAACTTATCATTATATGTTAAATAGACACATGACACAACCAGAAGC
AACAGTAAAGAGTTACATGTCACCAACC
>TRINITY_DN117192_c0_g1_i15 from sample A3 / Example unspliced isoform:GATTTCAAAGTTCAGCTCTCATGTTTTAAATGATGGCCTTGGGTTTATGGGTCCCTTGTTATTAAATACTCTCATTCGTATTCTTCAACAAGATATAGGAAATGGGCATCCCTATGGCTACTATTGTGCTTTTGGATTAGGTGTTCTTTCTGTCTCAAGAGCATTTTTAGGTTCACATTATTCATTTCTTCTTTCAAAAC
TTAGGCTGCGATTACGAGCAAGCATTATCACTATTGTCTACCAAAAGTGCTTGTTTATCAGTCTTTCAGAGAGAACAATCTTTTCCACTGGGGAAATTCAGACACTTATGTCTGTAGATGCTGATCGTGCAGTCAATTTATGTGCCAGTTTCCATGATATTTGGAGTCTTCCCTTGCAAATGGTAGTTGCATTGTTTCTT
TTATACACGCAAGTCAAGTTTGCTTTCCTTGCTGGTCTTGCTGTGATTATCCTTCTGATTCCAGTGAACAGGTGGATTGCTGGGAAAATTAGCACTGCTAGTCAGCTCATGATGAAACAGAAGGATGAGAGAGTTAGAAAGATTGGAGAACTTCTAATGTATATACGGACTTTGAAAATGTACACTTGGGAACACATTTT
TGCTGCCCGTTTGATGGAAACAAGAGAACATGAAGTGAAACACCTTGCGgtatgcgacacatttgcatattagttttgtctgcaaattagcttctggtcagctttcaaatgcaaaaaggaaaataggactattttaacacatccctccaacttctaactaaagaaagttgtgatgattttccatggtctaataaaatata
tgctgtactattggcagACTCGAAAATATCTGGATGCTTGGTGTGTCTACTTCTGGGCCACTACACCTACACTTTTCTCATTGTTTACCTTTGGAGTTTATGCGTTACTGGGCTACTCCTTAGATGCAGCCACGGTGTTCACATCTCTTTCACTGTTTAACATGTTGATCTCTCCTTTGAATTCATTTCCATGGGTTATA
AATGGTCTTATTGAGGCTTTCATATCCCTTCAACGCTTGGGAAGATTTCTTTCTTGTACTGAACTTAACTCCAATTGGGGAAGCTTTGGTGCTTTACAAGTTAAAAGAGAAGAGATTTATCCTTCAGGCAATCACAATAAGGAAAAAGTTGAAGATGTGGAAGATATGTCTATCATTATTCAGAATGCTGACTTTGTATG
GTCCAGTAGTCAACAAGAATGCCAAAATCCTGTTTTAAAGCAGATATCTGTGGCAATTCCAAAAGGATTTCTCACGGTCATTCTTGGGGAGGTTGGAGCTGGGAAGTCATCAATTTTGAGTGCTATTCTTGGAGAGATGCGCTTGATCAAAGGAGAAATTTCTCAACATGGTTCTGTTGCATATGTCCCACAGGCCCCAT
GGATACAGTCAGGAACAGTCCGTGATAACATTCTTTTTGGAAAGGAGTATGAAGGAGACAGATATACAGAAGTGCTTGCTGCATCTGCTTTAGATCTGGATATCTGTTATATGAGGGGAGGTGATCTAGCAATGATTGGAGAAAAAGGATTCAACTTGTCAGGTGGACAGAGAGCTCGAGTGGCTCTTGCAAGGGCTTTA
TATCAAGATTGTGACATTTATTTGCTGGATGACACATTAAGTGCTGTTGATGCGCATGTTGCTGCTTGGCTTTTACAAAATGCTATACAAGGTTCTCTAATGGCCCACAAGACAAGAATTTTATGCACTCACAATACTCAGGCTGTTCAAATGGCAAACATGGTCATAATTATGGAGAAAGGATCTATAAAGTGGGTGGG
TTGTTCAACAGAATTTCATTCAGCAATCAACACAAATTCAAGCCAGGAAATGAATAATACATTTGTTAGCTTGGTAAATGCAAATAGCCAGACATGGGAAAACAAATCAGAAAGTGAAATTCTACCTGTCGTGGAAAGACATGGAAATATGAACCTTAATTCTTTAGAAGGCACTTCAGAAATTTTTGAAGAGGAAGCAA
GGAAAGAAGGAACAGTCCAATTTGACATATACCGAAATTATGCAGCATTTTCTGGCTGGACAATCGTTGTAACAATCTTGATTTCCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACTTGATTTCCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGA
AATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACCTGCATAATCAAGAATCCACTTACTTCTACCTGGTTGTGCTCACTGCCATTGCTACTTGCAATTCTTTGTTCACTCTAGCCAGAGCTTTTTCATTTACTTTTGGAGGTCTGCGTGCTGCTCTCCACGTACACAATTCTCTATTAAATAAGGTTAT
TAATGCACCAATATCCTTTTTTGATCGCAACCCAAGAGGACGAATACTGAACAGGTTTTCCTCGGACCAATATGCCATTGATGACTCTCTTCCTTTTATTTTAAATATCGTACTAGCAAATTTCTTCAGCCTTTTTGGCATTACTGTGGTTCTCTGTTTGGTACAGTGGACATTTCTCCTGCTATTGGTACCGCTCGGGT
ATATTTACAGCAAATTGCAGGTTTATTACAGAGCCACATCACGGGAGCTGCGGAGATTGGATAGCGTGTCACGCTCACCAATTTACACATCCTTCACAGAAGCACTCGATGGTGCTTCAACTATAAGAGCATTTACAAAACAGTCACTATTTATCTCAAAAAATCATGAACATGTCACATTGAATCAACGGGCTTCTTAC
TCAGAACTTGCAGCAAGTGTTTGGCTCTCTATACGCCTCCAGTGGTTGGCAGCATTTGTCATTTCCTTTATCAGCATAATGGCTGTTCTTGGTCGCTACAAAGGATTACCTATTAGTTCTGGCACAACTGGTCTGGTGGGCTTATCTCTTTCATACGCAATACCAATTATTTCATTGTTAAATGATCTCTTAACAAGTTT
TACAGAAACTGAAAAGGAAATGATTTCAGTTGAGAGAGTGCAGCAGTACATGGATGTTTCTCCGGAAGAACTGGAGGGACAGTCATCTGTTGATCCAAATTGGCCTATGGAAGGACTCATTGAGTTCAACCAAGTTACCTTGAGATACATGCCTTTTTTGCCACCAGCCCTGCGAGCTGTATCATTCACTATACATGCAG
GCGAGCAGGTTGGAATAGCCGGAAGAACAGGTGCTGGAAAGTCTAGTGTCCTTAATGCCATATTTCGCCTCACTCCAATCTCTGATGGAAAAATACTTATTGATAAAGTAGATATATTAAATGTTCCTCTCAAAGAACTCCGCTCCAGACTGACTGTTGTCCCTCAAACTCCGTTCTTGTTTGAAGGGACTTTAAGGGAA
AATTTAGATCCCTTCAGTAACACTCCTGATTCAACTATATGGGAGGTCCTTCAAAAGTGCCATATTAAGGAGGCAGTGATAACAACTGGTGGCCTTGATACCCATGTAACAGAGGGGGGGGAATGTTTCTCTACTGGACAGCGTCAACTACTTTGCCTTGCACGTGCACTTCTCAAGTCTTCCAAGGTTTTGTGCCTAGA
TGAATGCACTGCAAATGTAGACCCACAAACTACATCATTACTCAAGGAGACTGTGGCCACAGAATGTAAGGGCGTAACAGTAATAACAATAGCACACCGTATCAGTACCATTTCCAATATGGACCGTGTGCTCATCTTCGACCAAGGGACTATTGTGGAAGAGGGAAACCCACAAATGCTTTTGGAAGATAGTAGCTCCA
GATTTTCCAGCTTTGCCAAAGCTTCTTTTCTATGACTAGTTTCTGCTTATTAATCTTCAGTGTTTGAAAAACTTGGGATGAAATCAGACCATGCGTGATGATTGAAAGCCTAAATTATGGAAGAACTTATCATTATATGTTAAATAGACACATGACACAACCAGAAGCAACAGTAAAGAGTTACATGTCACCAACC
Intron 5 GTACTATGCA ... GATTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.81 | 46 | 8 | 24 |
| A2 | 30.95 | 29 | 14 | 12 |
| A3 | 27.66 | 51 | 16 | 23 |
| A4 | 29.67 | 32 | 10 | 17 |
| A5 | 31.91 | 16 | 5 | 10 |
| A6 | 15.79 | 16 | 1 | 5 |
| A7 | 22.03 | 23 | 5 | 8 |
| A8 | 12 | 22 | 1 | 5 |
| A9 | 16.36 | 23 | 2 | 7 |
| A10 | 16.54 | 53 | 1 | 20 |
>TRINITY_DN117192_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformGATTTCAAAGTTCAGCTCTCATGTTTTAAATGATGGCCTTGGGTTTATGGGTCCCTTGTTATTAAATACTCTCATTCGTATTCTTCAACAAGATATAGGAAATGGGCATCCCTATGGCTACTATTGTGCTTTTGGATTAGGTGTTCTTTCTGTCTCAAGAGCATTTTTAGGTTCACATTATTCATTTCTTCTTTCAAAAC
TTAGGCTGCGATTACGAGCAAGCATTATCACTATTGTCTACCAAAAGTGCTTGTTTATCAGTCTTTCAGAGAGAACAATCTTTTCCACTGGGGAAATTCAGACACTTATGTCTGTAGATGCTGATCGTGCAGTCAATTTATGTGCCAGTTTCCATGATATTTGGAGTCTTCCCTTGCAAATGGTAGTTGCATTGTTTCTT
TTATACACGCAAGTCAAGTTTGCTTTCCTTGCTGGTCTTGCTGTGATTATCCTTCTGATTCCAGTGAACAGGTGGATTGCTGGGAAAATTAGCACTGCTAGTCAGCTCATGATGAAACAGAAGGATGAGAGAGTTAGAAAGATTGGAGAACTTCTAATGTATATACGGACTTTGAAAATGTACACTTGGGAACACATTTT
TGCTGCCCGTTTGATGGAAACAAGAGAACATGAAGTGAAACACCTTGCGACTCGAAAATATCTGGATGCTTGGTGTGTCTACTTCTGGGCCACTACACCTACACTTTTCTCATTGTTTACCTTTGGAGTTTATGCGTTACTGGGCTACTCCTTAGATGCAGCCACGGTGTTCACATCTCTTTCACTGTTTAACATGTTGA
TCTCTCCTTTGAATTCATTTCCATGGGTTATAAATGGTCTTATTGAGGCTTTCATATCCCTTCAACGCTTGGGAAGATTTCTTTCTTGTACTGAACTTAACTCCAATTGGGGAAGCTTTGGTGCTTTACAAGTTAAAAGAGAAGAGATTTATCCTTCAGGCAATCACAATAAGGAAAAAGTTGAAGATGTGGAAGATATG
TCTATCATTATTCAGAATGCTGACTTTGTATGGTCCAGTAGTCAACAAGAATGCCAAAATCCTGTTTTAAAGCAGATATCTGTGGCAATTCCAAAAGGATTTCTCACGGTCATTCTTGGGGAGGTTGGAGCTGGGAAGTCATCAATTTTGAGTGCTATTCTTGGAGAGATGCGCTTGATCAAAGGAGAAATTTCTCAACA
TGGTTCTGTTGCATATGTCCCACAGGCCCCATGGATACAGTCAGGAACAGTCCGTGATAACATTCTTTTTGGAAAGGAGTATGAAGGAGACAGATATACAGAAGTGCTTGCTGCATCTGCTTTAGATCTGGATATCTGTTATATGAGGGGAGGTGATCTAGCAATGATTGGAGAAAAAGGATTCAACTTGTCAGGTGGAC
AGAGAGCTCGAGTGGCTCTTGCAAGGGCTTTATATCAAGATTGTGACATTTATTTGCTGGATGACACATTAAGTGCTGTTGATGCGCATGTTGCTGCTTGGCTTTTACAAAATGCTATACAAGGTTCTCTAATGGCCCACAAGACAAGAATTTTATGCACTCACAATACTCAGGCTGTTCAAATGGCAAACATGGTCATA
ATTATGGAGAAAGGATCTATAAAGTGGGTGGGTTGTTCAACAGAATTTCATTCAGCAATCAACACAAATTCAAGCCAGGAAATGAATAATACATTTGTTAGCTTGGTAAATGCAAATAGCCAGACATGGGAAAACAAATCAGAAAGTGAAATTCTACCTGTCGTGGAAAGACATGGAAATATGAACCTTAATTCTTTAGA
AGGCACTTCAGAAATTTTTGAAGAGGAAGCAAGGAAAGAAGGAACAGTCCAATTTGACATATACCGAAATTATGCAGCATTTTCTGGCTGGACAATCGTTGTAACAATCTTGATTTCCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACTTGATTT
CCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACCTGCATAATCAAGAATCCACTTACTTCTACCTGGTTGTGCTCACTGCCATTGCTACTTGCAATTCTTTGTTCACTCTAGCCAGAGCTTTTTCATTTACTTTTGGAGGTCTGCGTGCTGCTCTC
CACGTACACAATTCTCTATTAAATAAGGTTATTAATGCACCAATATCCTTTTTTGATCGCAACCCAAGAGGACGAATACTGAACAGGTTTTCCTCGGACCAATATGCCATTGATGACTCTCTTCCTTTTATTTTAAATATCGTACTAGCAAATTTCTTCAGCCTTTTTGGCATTACTGTGGTTCTCTGTTTGGTACAGTG
GACATTTCTCCTGCTATTGGTACCGCTCGGGTATATTTACAGCAAATTGCAGGTTTATTACAGAGCCACATCACGGGAGCTGCGGAGATTGGATAGCGTGTCACGCTCACCAATTTACACATCCTTCACAGAAGCACTCGATGGTGCTTCAACTATAAGAGCATTTACAAAACAGTCACTATTTATCTCAAAAAATCATG
AACATGTCACATTGAATCAACGGGCTTCTTACTCAGAACTTGCAGCAAGTGTTTGGCTCTCTATACGCCTCCAGTGGTTGGCAGCATTTGTCATTTCCTTTATCAGCATAATGGCTGTTCTTGGTCGCTACAAAGGATTACCTATTAGTTCTGGCACAACTGGTCTGGTGGGCTTATCTCTTTCATACGCAATACCAATT
ATTTCATTGTTAAATGATCTCTTAACAAGTTTTACAGAAACTGAAAAGGAAATGATTTCAGTTGAGAGAGTGCAGCAGTACATGGATGTTTCTCCGGAAGAACTGGAGGGACAGTCATCTGTTGATCCAAATTGGCCTATGGAAGGACTCATTGAGTTCAACCAAGTTACCTTGAGATACATGCCTTTTTTGCCACCAGC
CCTGCGAGCTGTATCATTCACTATACATGCAGGCGAGCAGGTTGGAATAGCCGGAAGAACAGGTGCTGGAAAGTCTAGTGTCCTTAATGCCATATTTCGCCTCACTCCAATCTCTGATGGAAAAATACTTATTGATAAAGTAGATATATTAAATGTTCCTCTCAAAGAACTCCGCTCCAGACTGACTGTTGTCCCTCAAA
CTCCGTTCTTGTTTGAAGGGACTTTAAGGGAAAATTTAGATCCCTTCAGTAACACTCCTGATTCAACTATATGGGAGGTCCTTCAAAAGTGCCATATTAAGGAGGCAGTGATAACAACTGGTGGCCTTGATACCCATGTAACAGAGGGGGGGGAATGTTTCTCTACTGGACAGCGTCAACTACTTTGCCTTGCACGTGCA
CTTCTCAAGTCTTCCAAGGTTTTGTGCCTAGATGAATGCACTGCAAATGTAGACCCACAAACTACATCATTACTCAAGGAGACTGTGGCCACAGAATGTAAGGGCGTAACAGTAATAACAATAGCACACCGTATCAGTACCATTTCCAATATGGACCGTGTGCTCATCTTCGACCAAGGGACTATTGTGGAAGAGGGAAA
CCCACAAATGCTTTTGGAAGATAGTAGCTCCAGATTTTCCAGCTTTGCCAAAGCTTCTTTTCTATGACTAGTTTCTGCTTATTAATCTTCAGTGTTTGAAAAACTTGGGATGAAATCAGACCATGCGTGATGATTGAAAGCCTAAATTATGGAAGAACTTATCATTATATGTTAAATAGACACATGACACAACCAGAAGC
AACAGTAAAGAGTTACATGTCACCAACC
>TRINITY_DN117192_c0_g1_i16 from sample A3 / Example unspliced isoform:GATTTCAAAGTTCAGCTCTCATGTTTTAAATGATGGCCTTGGGTTTATGGGTCCCTTGTTATTAAATACTCTCATTCGTATTCTTCAACAAGATATAGGAAATGGGCATCCCTATGGCTACTATTGTGCTTTTGGATTAGGTGTTCTTTCTGTCTCAAGAGCATTTTTAGGTTCACATTATTCATTTCTTCTTTCAAAAC
TTAGGCTGCGATTACGAGCAAGCATTATCACTATTGTCTACCAAAAGTGCTTGTTTATCAGTCTTTCAGAGAGAACAATCTTTTCCACTGGGGAAATTCAGACACTTATGTCTGTAGATGCTGATCGTGCAGTCAATTTATGTGCCAGTTTCCATGATATTTGGAGTCTTCCCTTGCAAATGGTAGTTGCATTGTTTCTT
TTATACACGCAAGTCAAGTTTGCTTTCCTTGCTGGTCTTGCTGTGATTATCCTTCTGATTCCAGTGAACAGGTGGATTGCTGGGAAAATTAGCACTGCTAGTCAGCTCATGATGAAACAGAAGGATGAGAGAGTTAGAAAGATTGGAGAACTTCTAATGTATATACGGACTTTGAAAATGTACACTTGGGAACACATTTT
TGCTGCCCGTTTGATGGAAACAAGAGAACATGAAGTGAAACACCTTGCGACTCGAAAATATCTGGATGCTTGGTGTGTCTACTTCTGGGCCACTACACCTACACTTTTCTCATTGTTTACCTTTGGAGTTTATGCGTTACTGGGCTACTCCTTAGATGCAGCCACGGTGTTCACATCTCTTTCACTGTTTAACATGTTGA
TCTCTCCTTTGAATTCATTTCCATGGGTTATAAATGGTCTTATTGAGGCTTTCATATCCCTTCAACGCTTGGGAAGATTTCTTTCTTGTACTGAACTTAACTCCAATTGGGGAAGCTTTGGTGCTTTACAAGTTAAAAGAGAAGAGATTTATCCTTCAGGCAATCACAATAAGGAAAAAGTTGAAGATGTGGAAGATATG
TCTATCATTATTCAGAATGCTGACTTTGTATGGTCCAGTAGTCAACAAGAATGCCAAAATCCTGTTTTAAAGCAGATATCTGTGGCAATTCCAAAAGGATTTCTCACGGTCATTCTTGGGGAGGTTGGAGCTGGGAAGTCATCAATTTTGAGTGCTATTCTTGGAGAGATGCGCTTGATCAAAGGAGAAATTTCTCAACA
TGGTTCTGTTGCATATGTCCCACAGGCCCCATGGATACAGTCAGGAACAGTCCGTGATAACATTCTTTTTGGAAAGGAGTATGAAGGAGACAGATATACAGAAGTGCTTGCTGCATCTGCTTTAGATCTGGATATCTGTTATATGAGGGGAGGTGATCTAGCAATGATTGGAGAAAAAGGATTCAACTTGTCAGGTGGAC
AGAGAGCTCGAGTGGCTCTTGCAAGgtactatgcatttcatgttagaggttttgatcatgtgcacttttcatttatcactttttattattacatggaagtgatctttctgtcaagcagtggcatcacaggttataagattgtgcagGGCTTTATATCAAGATTGTGACATTTATTTGCTGGATGACACATTAAGTGCTGT
TGATGCGCATGTTGCTGCTTGGCTTTTACAAAATGCTATACAAGGTTCTCTAATGGCCCACAAGACAAGAATTTTATGCACTCACAATACTCAGGCTGTTCAAATGGCAAACATGGTCATAATTATGGAGAAAGGATCTATAAAGTGGGTGGGTTGTTCAACAGAATTTCATTCAGCAATCAACACAAATTCAAGCCAGG
AAATGAATAATACATTTGTTAGCTTGGTAAATGCAAATAGCCAGACATGGGAAAACAAATCAGAAAGTGAAATTCTACCTGTCGTGGAAAGACATGGAAATATGAACCTTAATTCTTTAGAAGGCACTTCAGAAATTTTTGAAGAGGAAGCAAGGAAAGAAGGAACAGTCCAATTTGACATATACCGAAATTATGCAGCA
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