sp|F4IF99|LPXB_ARATH ----> Probable lipid-A-disaccharide synthase, mitochondrial
Intron 1 GTAAGAAGTC ... GTGGGCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 71.43 | 2 | 7 | 5 |
| A2 | 50 | 13 | 1 | 13 |
| A3 | 43.48 | 13 | 2 | 10 |
| A4 | 50 | 3 | 0 | 3 |
| A5 | 50 | 2 | 2 | 2 |
| A6 | 47.62 | 33 | 4 | 30 |
| A7 | 47.3 | 39 | 7 | 35 |
| A8 | 48.21 | 58 | 5 | 54 |
| A9 | 55.81 | 19 | 7 | 24 |
| A10 | 46.67 | 40 | 0 | 35 |
>TRINITY_DN41201_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoformCTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCATTCAATCTCAATCC
CGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCGTCCTAATAGATTACC
CAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTACTGTAAGTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGTTGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCA
CGAGAACAAGAAGTAAGGTCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCA
CAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAGGTTTACAGTCTCCCACCCTAACATCTACATTACAGATGGTAGACTTGAATGCTTTGCATGCGTACAACACATAGTTTGGTCT
CTTGATGTGGACTTGTACTTACAATTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAGCGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGC
AGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCAT
AAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCCACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACATATTAAATCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACAGGTTGTT
TGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCTCATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTGTTTCATCCTCGTGCAATCTGGGAT
>TRINITY_DN41201_c0_g1_i11 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCATTCAATCTCAATCC
CGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCATCAGCACAGGTGATG
TTATGGGAGACATGCATGGGGCATATTTAACTGAAGAGATTTTGAAGCAAGCAAAATCAGATGGAAGTAATATTGTGGTTTATGCTCTTGGTGGTCAAAGAATGAAAGCAGCAGGAGCTGTTTTGATTGGTGGATTGTCTGCCTTTGTTGTTGTTTAACATTTTGATTTTCATTCATCGTTCTTTCAGACTTTGAAATCA
TAGGAGATAACAGCGGGTTGAGCTCCATTGGATTTTTTGAAGCGTTACCATTTGTGTTTCCTTCACTATATCTACAGATGGTTGTGCGGCGTTTCCTTCAGAAGCATCCACCAAATATTGTTGTCCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTACTGTAAGGTAATATAC
TATATCCCACCAAATGAATGGATATGGACAACCGCTCGAACCCATACCATTGTGAGGATAAGCGATCTTATTCTGTCTGTCCACCAAAGTGAGTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGT
TGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGTCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTA
TTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAGGTTTACAGTCTCCCACCCTAACATCTACATTACAGATGGTAG
ACTTGAATGCTTTGCATGCGTACAACACATAGTTTGGTCTCTTGATGTGGACTTGTACTTACAAgtaagaagtcttgagttcaataaagaaacaattgattgtatcatgattaatatttgatgtgaataatatttgtgggcgcagTTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAG
CGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGCAGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGG
TGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCC
ACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACATATTAAATCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACAGGTTGTTTGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCT
CATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTGTTTCATCCTCGTGCAATCTGGGAT
Intron 2 GCAGAGCTGA ... TCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.4 | 22.7 | 0 | 9 |
| A2 | 12.14 | 7.3 | 0 | 1 |
| A3 | 46.25 | 9.4 | 0 | 8 |
| A4 | 32.8 | 16.4 | 0 | 8 |
| A5 | 40.82 | 7.3 | 0 | 5 |
| A6 | 26.9 | 27.6 | 0 | 10 |
| A7 | 31.44 | 56.7 | 0 | 26 |
| A8 | 26.06 | 34.1 | 0 | 12 |
| A9 | 33.8 | 51 | 0 | 26 |
| A10 | 26.27 | 47.9 | 0 | 17 |
>TRINITY_DN41201_c0_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoformCTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCATTCAATCTCAATCC
CGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCATCAGCACAGGTGATG
TTATGGGAGACATGCATGGGGCATATTTAACTGAAGAGATTTTGAAGCAAGCAAAATCAGATGGAAGTAATATTGTGGTTTATGCTCTTGGTGGTCAAAGAATGAAAGCAGCAGGAGCTGTTTTGATTGGAGATAACAGCGGGTTGAGCTCCATTGGATTTTTTGAAGCGTTACCATTTGTGTTTCCTTCACTATATCTA
CAGATGGTTGTGCGGCGTTTCCTTCAGAAGCATCCACCAAATATTGTTGTCCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTACTGTAAGGTAATATACTATATCCCACCAAATGAATGGATATGGACAACCGCTCGAACCCATACCATTGTGAGGATAAGCGATCTTATTCT
GTCTGTCCACCAAAGTGAGTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGTTGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGTCAATTCGATTCTTTG
TTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGAT
GGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAGTTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAGCGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGG
CTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGCAGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATT
CTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCCACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACATATTAAA
TCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACAGGTTGTTTGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCTCATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTGTTTCAT
CCTCGTGCAATCTGGGAT
>TRINITY_DN41201_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:GAAATATATCAAGCAACATTTTTgcagagctgagaggtctacatttcaataaaagtagtaaatagttttgctggtagtttcagacacctaaactataagcacacctcttttgcagACTGTAAGGTAATATACTATATCCCACCAAATGAATGGATATGGACAACCGCTCGAACCCATACCATTGTGAGGATAAGCGATCT
TATTCTGTCTGTCCACCAAAGTGAGTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGTTGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGCATGTATGGC
CCTTGATTGCCTCAGCTGCTAAATATCTGTTTGATATTTGTGAAACTCATAGAAGGTCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATT
ACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAG
Intron 3 GTGGATTGTC ... GAAATCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30 | 14 | 6 | 6 |
| A2 | 38.46 | 8 | 5 | 5 |
| A3 | 34.25 | 24 | 7 | 18 |
| A4 | 46.67 | 8 | 8 | 6 |
| A5 | 17.65 | 7 | 2 | 1 |
| A6 | 45 | 22 | 14 | 22 |
| A7 | 36.84 | 42 | 23 | 26 |
| A8 | 36.36 | 28 | 11 | 21 |
| A9 | 34.85 | 43 | 18 | 28 |
| A10 | 38.33 | 37 | 21 | 25 |
>TRINITY_DN104610_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformTAATCACTTCGCTTTGCTTCCTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCAC
GTTCCATTCAATCTCAATCCCGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGT
ATTCATCAGCACAGGTGATGTTATGGGAGACATGCATGGGGCATATTTAACTGAAGAGATTTTGAAGCAAGCAAAATCAGATGGAAGTAATATTGTGGTTTATGCTCTTGGTGGTCAAAGAATGAAAGCAGCAGGAGCTGTTTTGATTGGAGATAACAGCGGGTTGAGCTCCATTGGATTTTTTGAAGCGTTACCATTTG
TGTTTCCTTCACTATATCTACAGATGGTTGTGCGGCGTTTCCTTCAGAAGCATCCACCAAATATTGTTGTCCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCA
TATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGTTGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGCATGTATGGCCCTTGATTGCCTCAGCTGCTAAATATCTGTTTGATATTTGTGAAACTCATAGAAGGTCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGG
TCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGA
AATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAG
>TRINITY_DN104610_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:TAATCACTTCGCTTTGCTTCCTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCAC
GTTCCATTCAATCTCAATCCCGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGT
ATTCATCAGCACAGGTGATGTTATGGGAGACATGCATGGGGCATATTTAACTGAAGAGATTTTGAAGCAAGCAAAATCAGATGGAAGTAATATTGTGGTTTATGCTCTTGGTGGTCAAAGAATGAAAGCAGCAGGAGCTGTTTTGATTGgtggattgtctgcctttgttgttgtttaacattttgattttcattcatcgt
tctttcagactttgaaatcatagGAGATAACAGCGGGTTGAGCTCCATTGGATTTTTTGAAGCGTTACCATTTGTGTTTCCTTCACTATATCTACAGATGGTTGTGCGGCGTTTCCTTCAGAAGCATCCACCAAATATTGTTGTCCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATT
TTTACTGTAAGGTAATATACTATATCCCACCAAATGAATGGATATGGACAACCGCTCGAACCCATACCATTGTGAGGATAAGCGATCTTATTCTGTCTGTCCACCAAAGTGAGTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAG
GCAAGAGCAAAGCTTGGAGTTGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGCATGTATGGCCCTTGATTGCCTCAGCTGCTAAATATCTGTTTGATATTTGTGAAACTCATAGAAGGTCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGT
GTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCT
CTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAGGTTTACAGTCTCCCACCCTAACATCTACATTACAGATGGTAGACTTGAATGCTTTGCATGCGTACAACACATAGTTTGGTCTCTTGATGTGGACTTGTACTTACAATTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGA
GGAAGCGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGCAGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATA
AATGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTT
Intron 4 GTAATATACT ... CCAAAGTGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.09 | 10 | 22.3 | 32 |
| A2 | 72.3 | 3 | 7.7 | 8 |
| A3 | 76.43 | 4 | 8 | 18 |
| A4 | 83.76 | 3 | 17 | 14 |
| A5 | 64.65 | 4 | 7.7 | 7 |
| A6 | 73.46 | 12 | 27.7 | 39 |
| A7 | 77.83 | 17 | 55.3 | 64 |
| A8 | 77.4 | 12 | 35.3 | 47 |
| A9 | 78.26 | 18 | 51.7 | 78 |
| A10 | 69.61 | 21 | 47.3 | 49 |
>TRINITY_DN41201_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoformCTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCATTCAATCTCAATCC
CGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCGTCCTAATAGATTACC
CAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTACTGTAAGTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGTTGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCA
CGAGAACAAGAAGTAAGGTCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCA
CAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAGGTTTACAGTCTCCCACCCTAACATCTACATTACAGATGGTAGACTTGAATGCTTTGCATGCGTACAACACATAGTTTGGTCT
CTTGATGTGGACTTGTACTTACAATTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAGCGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGC
AGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCAT
AAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCCACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACATATTAAATCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACAGGTTGTT
TGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCTCATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTGTTTCATCCTCGTGCAATCTGGGAT
>TRINITY_DN41201_c0_g1_i11 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCATTCAATCTCAATCC
CGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCATCAGCACAGGTGATG
TTATGGGAGACATGCATGGGGCATATTTAACTGAAGAGATTTTGAAGCAAGCAAAATCAGATGGAAGTAATATTGTGGTTTATGCTCTTGGTGGTCAAAGAATGAAAGCAGCAGGAGCTGTTTTGATTGGTGGATTGTCTGCCTTTGTTGTTGTTTAACATTTTGATTTTCATTCATCGTTCTTTCAGACTTTGAAATCA
TAGGAGATAACAGCGGGTTGAGCTCCATTGGATTTTTTGAAGCGTTACCATTTGTGTTTCCTTCACTATATCTACAGATGGTTGTGCGGCGTTTCCTTCAGAAGCATCCACCAAATATTGTTGTCCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTACTGTAAGgtaatatac
tatatcccaccaaatgaatggatatggacaaccgctcgaacccataccattgtgaggataagcgatcttattctgtctgtccaccaaagtgagTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGT
TGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGTCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTA
TTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAGGTTTACAGTCTCCCACCCTAACATCTACATTACAGATGGTAG
ACTTGAATGCTTTGCATGCGTACAACACATAGTTTGGTCTCTTGATGTGGACTTGTACTTACAAGTAAGAAGTCTTGAGTTCAATAAAGAAACAATTGATTGTATCATGATTAATATTTGATGTGAATAATATTTGTGGGCGCAGTTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAG
CGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGCAGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGG
TGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCC
ACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACATATTAAATCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACAGGTTGTTTGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCT
CATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTGTTTCATCCTCGTGCAATCTGGGAT
Intron 5 GCAGAGCTGA ... CCAAAGTGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 15 | 0 | 30 |
| A2 | 61.54 | 5 | 0 | 8 |
| A3 | 73.08 | 7 | 0 | 19 |
| A4 | 92.86 | 1 | 0 | 13 |
| A5 | 77.78 | 2 | 0 | 7 |
| A6 | 63.79 | 21 | 0 | 37 |
| A7 | 76.71 | 17 | 0 | 56 |
| A8 | 71.67 | 17 | 0 | 43 |
| A9 | 75.25 | 25 | 0 | 76 |
| A10 | 62.82 | 29 | 0 | 49 |
>TRINITY_DN41201_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoformCTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCATTCAATCTCAATCC
CGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCATCAGCACAGGTGATG
TTATGGGAGACATGCATGGGGCATATTTAACTGAAGAGATTTTGAAGCAAGCAAAATCAGATGGAAGTAATATTGTGGTTTATGCTCTTGGTGGTCAAAGAATGAAAGCAGCAGGAGCTGTTTTGATTGGTGGATTGTCTGCCTTTGTTGTTGTTTAACATTTTGATTTTCATTCATCGTTCTTTCAGACTTTGAAATCA
TAGGAGATAACAGCGGGTTGAGCTCCATTGGATTTTTTGAAGCGTTACCATTTGTGTTTCCTTCACTATATCTACAGATGGTTGTGCGGCGTTTCCTTCAGAAGCATCCACCAAATATTGTTGTCCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTTCATTATATTACAAAAA
CGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGTTGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGTCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTA
ATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCA
TTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAGTTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAGCGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGG
AGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGCAGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAAT
CCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCCACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACATATTAAATCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACC
TTTCTTTTAGTTAAACAGGTTGTTTGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCTCATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTGTTTCATCCTCGTGCAATCTGGGAT
>TRINITY_DN41201_c0_g1_i16 from sample A6 / Example unspliced isoform:GAAATATATCAAGCAACATTTTTgcagagctgagaggtctacatttcaataaaagtagtaaatagttttgctggtagtttcagacacctaaactataagcacacctcttttgcagactgtaaggtaatatactatatcccaccaaatgaatggatatggacaaccgctcgaacccataccattgtgaggataagcgatct
tattctgtctgtccaccaaagtgagTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGTTGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGTCAATTCGAT
TCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGA
ATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAGTTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAGCGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTT
AGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGCAGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTC
TAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCCACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACAT
ATTAAATCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACAGGTTGTTTGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCTCATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTG
TTTCATCCTCGTGCAATCTGGGAT
Intron 6 GCAAGAGCAA ... CTCATAGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.22 | 15 | 27.7 | 20 |
| A2 | 53.79 | 16 | 15.3 | 22 |
| A3 | 68.65 | 7 | 9.7 | 21 |
| A4 | 76.82 | 9 | 18.7 | 41 |
| A5 | 87.22 | 1 | 7.7 | 6 |
| A6 | 75.23 | 18 | 41.3 | 68 |
| A7 | 75.53 | 21 | 41.7 | 88 |
| A8 | 79.46 | 19 | 58 | 89 |
| A9 | 71.05 | 33 | 72 | 90 |
| A10 | 75.31 | 26 | 76.7 | 82 |
>TRINITY_DN41756_c2_g2_i15 from sample A9 / Example spliced isoformCTTCGCTTTGCTTCCTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCA
TTCAATCTCAATCCCGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCAT
CAGCACAGGTGATGTTATGGGAGACATGCATGGGGCATATTTAACTGAAGAGATTTTGAAGCAAGCAAAATCAGATGGAAGTAATATTGTGGTTTATGCTCTTGGTGGTCAAAGAATGAAAGCAGCAGGAGCTGTTTTGATTGGTGGATTGTCTGCCTTTGTTGTTGTTTAACATTTTGATTTTCATTCATCGTTCTTTC
AGACTTTGAAATCATAGGAGATAACAGCGGGTTGAGCTCCATTGGATTTTTTGAAGCGTTACCATTTGTGTTTCCTTCACTATATCTACAGATGGTTGTGCGGCGTTTCCTTCAGAAGCATCCACCAAATATTGTTGTCCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTACT
GTAAGGTAATATACTATATCCCACCAAATGAATGGATATGGACAACCGCTCGAACCCATACCATTGTGAGGATAAGCGATCTTATTCTGTCTGTCCACCAAAGTGAGTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGTCAAT
TCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGT
ACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAGTTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAGCGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGG
CTGTTAGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGCAGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAA
ACTTCTAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCCACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACT
AACATATTAAATCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACAGGTTGTTTGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCTCATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATAC
ACTTGTTTCATCCTCGTGCAATCTGGGATCCATGGAGATCTACCTCCATCTCAGATCAAAAGTGGAGAGAATTACACCGATAGGTGTTATTCTAACACCTATTAGTGTAATAATAAGACACTTAAATGCATCATTAT
>TRINITY_DN41756_c2_g2_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:CTTCGCTTTGCTTCCTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCA
TTCAATCTCAATCCCGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCAT
CAGCACAGGTGATGTTATGGGAGACATGCATGGGGCATATTTAACTGAAGAGATTTTGAAGCAAGCAAAATCAGATGGAAGTAATATTGTGGTTTATGCTCTTGGTGGTCAAAGAATGAAAGCAGCAGGAGCTGTTTTGATTGGTGGATTGTCTGCCTTTGTTGTTGTTTAACATTTTGATTTTCATTCATCGTTCTTTC
AGACTTTGAAATCATAGGAGATAACAGCGGGTTGAGCTCCATTGGATTTTTTGAAGCGTTACCATTTGTGTTTCCTTCACTATATCTACAGATGGTTGTGCGGCGTTTCCTTCAGAAGCATCCACCAAATATTGTTGTCCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTTCA
TTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGgcaagagcaaagcttggagttgaggaagatgaatttgttgttgccttgcttccagcttcacgagaacaagaagtaaggcatgtatggcccttgattgcctcagctgctaaatatct
gtttgatatttgtgaaactcatagaagGTCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGTGCAGGAGCGCATTGGTCAACTGGCTACTTCAAAAACGCTAAGGGAAAACGCACTACTGGTTGGTACTT
GGAATCCGGGGTTTGTCTTCAGCTTCAGAACGCCTCATCTTCATCATCCGGGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTC
ATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATTTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAGCGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTG
CAAAAGCAGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGA
AATGCATAAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCCACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACATATTAAATCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACA
GGTTGTTTGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCTCATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTGTTTCATCCTCGTGCAATCTGGGATCCATGGAGATCTACCTCCATCTCAGATCAAAAGTG
GAGAGAATTACACCGATAGGTGTTATTCTAACACCTATTAGTGTAATAATAAGACACTTAAATGCATCATTAT
Intron 7 GTAATCCTTG ... GTGGGCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.49 | 19 | 8 | 5 |
| A2 | 22.11 | 37 | 8 | 13 |
| A3 | 28.57 | 20 | 6 | 10 |
| A4 | 18.37 | 20 | 6 | 3 |
| A5 | 20 | 6 | 1 | 2 |
| A6 | 23.47 | 106 | 35 | 30 |
| A7 | 23.16 | 136 | 47 | 35 |
| A8 | 26.65 | 139 | 47 | 54 |
| A9 | 28.53 | 114 | 67 | 24 |
| A10 | 26.53 | 90 | 30 | 35 |
>TRINITY_DN41756_c2_g2_i9 from sample A9 / Example spliced isoformCTTCGCTTTGCTTCCTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCA
TTCAATCTCAATCCCGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCAT
CAGCACAGGTGATGTTATGGGAGACATGCATGGGGCATATTTAACTGAAGAGATTTTGAAGCAAGCAAAATCAGATGGAAGTAATATTGTGGTTTATGCTCTTGGTGGTCAAAGAATGAAAGCAGCAGGAGCTGTTTTGATTGGTGGATTGTCTGCCTTTGTTGTTGTTTAACATTTTGATTTTCATTCATCGTTCTTTC
AGACTTTGAAATCATAGGAGATAACAGCGGGTTGAGCTCCATTGGATTTTTTGAAGCGTTACCATTTGTGTTTCCTTCACTATATCTACAGATGGTTGTGCGGCGTTTCCTTCAGAAGCATCCACCAAATATTGTTGTCCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTTCA
TTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGTTGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGCATGTATGGCCCTTGATTGCCTCAGCTGCTAAATATCT
GTTTGATATTTGTGAAACTCATAGAAGGTCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGTGCAGGAGCGCATTGGTCAACTGGCTACTTCAAAAACGCTAAGGGAAAACGCACTACTGGTTGGTACTT
GGAATCCGGGGTTTGTCTTCAGCTTCAGAACGCCTCATCTTCATCATCCGGGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTC
ATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATTTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAGCGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTG
CAAAAGCAGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGA
AATGCATAAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCCACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACATATTAAATCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACA
GGTTGTTTGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCTCATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTGTTTCATCCTCGTGCAATCTGGGATCCATGGAGATCTACCTCCATCTCAGATCAAAAGTG
GAGAGAATTACACCGATAGGTGTTATTCTAACACCTATTAGTGTAATAATAAGACACTTAAATGCATCATTAT
>TRINITY_DN41756_c2_g2_i13 from sample A9 / Example unspliced isoform:CTTCGCTTTGCTTCCTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCA
TTCAATCTCAATCCCGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCGT
CCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTACTGTAAGGTAATATACTATATCCCACCAAATGAATGGATATGGACAACCGCTCGAACCCATACCATTGTGAGGATAAGCGATCTTATTCTGTCTGTCCACCAAAGTGAGTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTG
TGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGTTGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGCATGTATGGCCCTTGATTGCCTCAGCTGCTAAATATCTGTTTGATATTTGTGAAACTCATAGAAGG
TCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGTGCAGGAGCGCATTGGTCAACTGGCTACTTCAAAAACGCTAAGGGAAAACGCACTACTGGTTGGTACTTGGAATCCGGGGTTTGTCTTCAGCTTCAG
AACGCCTCATCTTCATCATCCGGGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTG
AATgtaatccttgggtatcaggtttacagtctcccaccctaacatctacattacagatggtagacttgaatgctttgcatgcgtacaacacatagtttggtctcttgatgtggacttgtacttacaagtaagaagtcttgagttcaataaagaaacaattgattgtatcatgattaatatttgatgtgaataatatttgt
gggcgcagTTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAGCGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGCAGTTTTACAAACACTA
TATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTTTACATTCTT
ATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCCACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACATATTAAATCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACAGGTTGTTTGCCATGAACTGTCCA
CTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCTCATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTGTTTCATCCTCGTGCAATCTGGGATCCATGGAGATCTACCTCCATCTCAGATCAAAAGTGGAGAGAATTACACCGATAGGTGT
TATTCTAACACCTATTAGTGTAATAATAAGACACTTAAATGCATCATTAT
Intron 8 GTTTACAGTC ... GTGGGCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.89 | 16 | 8 | 5 |
| A2 | 22.11 | 37 | 8 | 13 |
| A3 | 28.57 | 20 | 6 | 10 |
| A4 | 15 | 17 | 3 | 3 |
| A5 | 16.67 | 5 | 0 | 2 |
| A6 | 23.37 | 100 | 31 | 30 |
| A7 | 22.8 | 127 | 40 | 35 |
| A8 | 26.07 | 129 | 37 | 54 |
| A9 | 28.48 | 108 | 62 | 24 |
| A10 | 25.64 | 87 | 25 | 35 |
>TRINITY_DN41201_c0_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoformCTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCATTCAATCTCAATCC
CGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCATCAGCACAGGTGATG
TTATGGGAGACATGCATGGGGCATATTTAACTGAAGAGATTTTGAAGCAAGCAAAATCAGATGGAAGTAATATTGTGGTTTATGCTCTTGGTGGTCAAAGAATGAAAGCAGCAGGAGCTGTTTTGATTGGAGATAACAGCGGGTTGAGCTCCATTGGATTTTTTGAAGCGTTACCATTTGTGTTTCCTTCACTATATCTA
CAGATGGTTGTGCGGCGTTTCCTTCAGAAGCATCCACCAAATATTGTTGTCCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTACTGTAAGGTAATATACTATATCCCACCAAATGAATGGATATGGACAACCGCTCGAACCCATACCATTGTGAGGATAAGCGATCTTATTCT
GTCTGTCCACCAAAGTGAGTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGTTGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGTCAATTCGATTCTTTG
TTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTATTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGAT
GGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAGTTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAGCGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGG
CTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGCAGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATT
CTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCCACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACATATTAAA
TCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACAGGTTGTTTGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCTCATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTGTTTCAT
CCTCGTGCAATCTGGGAT
>TRINITY_DN41201_c0_g1_i11 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTCGTCTTTTTTGAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCATTCAATCTCAATCC
CGATAATTTTTGCAGGGGCAAGAACCTCAGGTTCAATTTATCGGCATTTGAGTCAACCAGAAGGGCTTTTTCTCGTACTCGTCTAAGTGTCATCTTTGGTGTCAGGAATGAGTCCTCCACCTCCTCTGCAGCTGCTGCCATGGAGCTTTTGCAACATCCATCACCTCAGCCTCTACGAGTATTCATCAGCACAGGTGATG
TTATGGGAGACATGCATGGGGCATATTTAACTGAAGAGATTTTGAAGCAAGCAAAATCAGATGGAAGTAATATTGTGGTTTATGCTCTTGGTGGTCAAAGAATGAAAGCAGCAGGAGCTGTTTTGATTGGTGGATTGTCTGCCTTTGTTGTTGTTTAACATTTTGATTTTCATTCATCGTTCTTTCAGACTTTGAAATCA
TAGGAGATAACAGCGGGTTGAGCTCCATTGGATTTTTTGAAGCGTTACCATTTGTGTTTCCTTCACTATATCTACAGATGGTTGTGCGGCGTTTCCTTCAGAAGCATCCACCAAATATTGTTGTCCTAATAGATTACCCAGGGGTCAATATACCATTCGGGAAATATATCAAGCAACATTTTTACTGTAAGGTAATATAC
TATATCCCACCAAATGAATGGATATGGACAACCGCTCGAACCCATACCATTGTGAGGATAAGCGATCTTATTCTGTCTGTCCACCAAAGTGAGTCATTATATTACAAAAACGCAGGAGCAACTGTGGTGAACATAGGCCATCCATTGATCGACACATTCTGCCATATGTCTCATAGAGAGGCAAGAGCAAAGCTTGGAGT
TGAGGAAGATGAATTTGTTGTTGCCTTGCTTCCAGCTTCACGAGAACAAGAAGTAAGGTCAATTCGATTCTTTGTTCCAGTGCAGCTACCCGATCAGGTCAAAGCATTTAATGTGTTCCTTGAAAAATATGGGTTGTTAAATCATGTGCAACTATGGCTTGGAGATTCCCATGTAGTCATGGCAGCAGCAGATATTGCTA
TTACGAAATCTGGCAGTGTAAATGTGGAATTGGCGTTGCACAATGTACCTCAAGTTGTTGTGTACAGAATTGATGGAATTTCTGCCTGGATTAGCAGAAATATTTTGTCATTCTCTGCAAAGTTTGTCTCTCTTGTGAATGTAATCCTTGGGTATCAGgtttacagtctcccaccctaacatctacattacagatggtag
acttgaatgctttgcatgcgtacaacacatagtttggtctcttgatgtggacttgtacttacaagtaagaagtcttgagttcaataaagaaacaattgattgtatcatgattaatatttgatgtgaataatatttgtgggcgcagTTGGTCCGAGAGTTTATACAAGAAAAGGTAAGTTCAGAGAAGATAGCAGAGGAAG
CGATGAAGTTATTACCATTACCAGGAAATGACAATTTGGAACGTAAAAGGCTGTTAGATGGCTACGAAGAATTGCGCCAATTGCTGGGAAAACCAGGAGTTGTAACCAGAGCTGCAAAAGCAGTTTTACAAACACTATATAGCTCAAACAAGATCACGTGAATCAGTGTCATGTTCTTGTCCTTTTCTGAATATAAATGG
TGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTCTAGATTCTTATTGTTAGGTGTTTTAACTTGTAGTGCTGTAATCCACCTTTTAGTTTAGAAATGCATAAACTTTTACATTCTTATTCTTAATAACATTTAATAAGGTAAGTTTACCATTGTGGAATGAAATAAAACTATCACATCC
ACTTAACTTGTGGCCAGTGAACACCGATAGGCCACAAGTTAAGTGCCACTAACATATTAAATCTGTTACTTATTCTTTATGTGTAGTTGTAATTACCTTTCTTTTAGTTAAACAGGTTGTTTGCCATGAACTGTCCACTATCCATACATTAATTATTTGGAATGACGACCATAAAATCTATCTGGACAGTACACTTGTCT
CATCCTCGTGCAATCTGGGACGGCGACCATAAAATCAATGTGGACAATACACTTGTTTCATCCTCGTGCAATCTGGGAT
Intron 9 GCATGTATGG ... CTCATAGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 69.77 | 9.6 | 22.1 | 21 |
| A2 | 58.25 | 16.6 | 20.9 | 25 |
| A3 | 74.28 | 7 | 16.6 | 23 |
| A4 | 70.59 | 15.4 | 31.1 | 42 |
| A5 | 68.81 | 4 | 9.7 | 6 |
| A6 | 73.29 | 27.7 | 74.2 | 75 |
| A7 | 73.08 | 33.3 | 87 | 91 |
| A8 | 78.96 | 24.7 | 89.9 | 92 |
| A9 | 71.99 | 39.7 | 102.3 | 97.1 |
| A10 | 66.57 | 48 | 98.7 | 86 |
>TRINITY_DN123398_c5_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoformAATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCATTCAATCTCAATCCCGATAATTTTTGC
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>TRINITY_DN123398_c5_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:AATACACCTCCCGTTATTCTATACCCTTGTTTCGCATTTCAAATGTTTTTGAGTGGGAATGTAATAGTTCTTCACCCATTCCAGCAATGGAAATGGCCTCTTTCAATGTAGCTCATCATCATTCATTCGCAGGATTCCATAGGCTTACCGAGAGCATCGATCATCACGTTCCATTCAATCTCAATCCCGATAATTTTTGC
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