NA ----> NA

Intron 1 GTGAGTGATA ... TTTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.09	154	0	34
A2	15	85	0	15
A3	14.95	91	1	16
A4	17.11	63	0	13
A5	8.33	44	0	4
A6	19.8	628	6	155
A7	16.96	656	0	134
A8	16.67	860	8	172
A9	16.38	623	11	122
A10	17.26	398	0	83

>TRINITY_DN119753_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TCGGGGTATGCTAGTTAATTCTTCTTAATTTGCAGATAAAGATGACATACTTCCGTTTCCCTCTTAAGCCTTCTGGTTAATCAATAGGTCCTGTGAAAGGCGGGTAAACCGGAAGCGGGAAAAAATGGTGAGGGGGAACCTGCTACTTTATTGAACTACAAGGGTAGCTCACACATCTGTCTAGGTCATCGAAAGACGTA
AAAATGATTTAACGGCAAGAGTATATATATGCTAGTAATCGTAACAACCTCTGTTCAATTTTATATCGTTCATCTTCCGCTGTCATATATTTTAGCTGATCAAAGTCCGACACATTTCTCTTGGCCACTATGGGATATACCAAGGAACAGCTGCTAGCTCGTTTACAGGAGCTTGGAATTGCCTTTGACAGCTATGAACA
CCCAGTTGTTCTGACAGTTGAAGAACAGGCAAAACACATCGGACACCTCGAAGGTGGACACAGCAAAAACTTATTTCTAAAGGATAAAAAACACAGGCTTTATATTGTTTCTGCTATGACAACGACAAATGTGGACTTGAAAGTTCTGTCTCAGCGGCTGGGTTTAGGCAAGGGTGGTTTACGCATGGCTCCAGAAGAAA
CATTAAAAGAAGTGCTTCAGGTACCTTTGGGATGTGTAACACCCTTTGCCTTGTTCAACGAGTCTGCACGGTCAGTTGCGCTGCTTCTGGACCATGGTTTCAAAAAACAAAAGAGTGTTTTCTTCCATCCATTATCAAATGATATGACTATTTCACTTACAACCATTGAACTAGACAAGTTTTTGATGTCGATTGGGAAA
GAACCTGTTTATGTGGATTTAGAGGCTGTAGTGTCTGTTGGAAAGGATCAACTGCCTGATCTTGCTGTTCATGTTCCAATGGAAGTGGTTATAGTCTCTAATCTGCAAGCTGAACAAGGACTGGATAATGAGACAGGACCTCGGAGTATTATTCATAGAGAGAATGAAACTAGCAAACATAAAGAGAAGGTTAATCCAGA
TTCCACTCCTACAAAAAAAATGAGCATTGACAAGAGAGAGACAGAAAAGTTCAATCCAGAGTCCAAATCTACAAAGAAAATGAGTAGTGACAAGAAAGGGACGGGTACTGCTGGTTCAACAGCTGCAGTTACTGATGTCGGGAAACTTGTGAGCTGCATCTTAGATAAAACAACTGCTGCAGTTCTTTCAGAGGTTACAG
CTGATGCTATTGAGAAGCATGGGAAAGACCTGGGACCCATTGTAGCTGGAGCAGTCAGGCAACGCTTGGTTCCTGACATGGAGAGTCTCATAATGCTTTTCAAGAATGCAGCATATACACAAGGATTCACTTCAGCCTCTGGAAGCCGATCTCTGCCATAGTGATATTTTTTCTTTGTTTGAAGTATCTATATCATATAC
CATTGTCATTGAGCAGATTGTAGATGTTAATAGCATATACTTTCAGCTTACGTTATTAGTGGGCAAAATTTTCCTATCGTGGAAGTATATTTTTGGTTGTGGCCTTTTGGCATTTTTTGGGTAGCTTTGTGGACAAATTATCTTTTTACGGGTAGTATGCTTGGAAGTAATTAGAATATCTTTCAGATAACTTAAAATCT
GATTTTGTCTGTCCTTCATGATTTTATATTTCTCCATTTCCGTTGTGGATGATGTTAAAGTGTTTGTCTACGTTGCTTCATATTTTTGGTTTGCAGTTGATCTTATCTTCTTTATGCTTGTGGCCATTTCTGAAGGTGAGATTAGTTCTGGATGTTCCATGAGATAAATTGATATGGATGCGATTATTTGCATGGATTGA
ATCCTATAAATGTGAATTTGTTAGAGAATATATTGACTAGAGGCTCGTCAGAGTTGAGAATCTGCAAACGGTTTTTGTCATGTCACTTTATCTTTCTAAAGACAATGTGTAGCAAAAACCAGAGTTGAAGGAATTCAGATTTGAGAAAACAATTGAAAAGCATACTACTGGTTTCTGATAATGAATCCATGGGTTGACTA
CGTAAGTGCAGAATGAGTTTGATCTTTTAGTTGGATTGAGAATCAGGCCTGATTTGACATATGCAAGCACAGATGATTTTTTGCAGACACCATATAGATACCATGCTTAGCTATGAAGTAGATTAAAATGATTATAATTACTACAGCTATGCCTCTAAGACTTGGTCAATGAGAAGTAAGCCACAAACCCAAGGCTAGCA
TATATACTATGATAACACCTCAAAAGATGGCTGTTTTGTACAGCACAATTTTTGTCATCATTTCTTATTGTTTTTTTTGTCTCA

>TRINITY_DN119753_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTCCTGACATGGAGAGTCTCATAgtgagtgatatccaggctcatgatgtcatgggaatgttcatattttgaaaggcttcctttatttaattatcttttctattaagtgtgtttgatgttcacagtttaccgatacaacattcacctaagattgtcaacatcattgtttcttctccattttattgtagttttccaataaca
ttacttcttgtttaagtccctttattctccctcatactaaagttagaatctgttaattcccgagttgttaattctttgttcaggacttgaatactcctgcaacagcataaaattaatctagtaaaatattatgcttttgttgcagATGCTTTTCAAGAATGCAGCATATACACAAGGATTCACTTCAGCCTCTGGAAGCC
GATCTCTGCCATAGTGATATTTTTTCTTTGTTTGAAGTATCTATATCATATACCATTGTCATTGAGCAGATTGTAGATGTTAATAGCATATACTTTCAGCTTACGTTATTAGTGGGCAAAATTTTCCTATCGTGGAAGTATATTTTTGGTTGTGGCCTTTTGGCATTTTTTGGGTAGCTTTGTGGACAAATTATCTTTTT
ACGGGTAGTATGCTTGGAAGTAATTAGAATATCTTTCAGATAACTTAAAATCTGATTTTGTCTGTCCTTCATGATTTTATATTTCTCCATTTCCGTTGTGGATGATGTTAAAGTGTTTGTCTACGTTGCTTCATATTTTTGGTTTGCAGTTGATCTTATCTTCTTTATGCTTGTGGCCATTTCTGAAGGTGAGATTAGTT
CTGGATGTTCCATGAGATAAATTGATATGGATGCGATTATTTGCATGGATTGAATCCTATAAATGTGAATTTGTTAGAGAATATATTGACTAGAGGCTCGTCAGAGTTGAGAATCTGCAAACGGTTTTTGTCATGTCACTTTATCTTTCTAAAGACAATGTGTAGCAAAAACCAGAGTTGAAGGAATTCAGATTTGAGAA
AACAATTGAAAAGCATACTACTGGTTTCTGATAATGAATCCATGGGTTGACTACGTAAGTGCAGAATGAGTTTGATCTTTTAGTTGGATTGAGAATCAGGCCTGATTTGACATATGCAAGCACAGATGATTTTTTGCAGACACCATATAGATACCATGCTTAGCTATGAAGTAGATTAAAATGATTATAATTACTACAGC
TATGCCTCTAAGACTTGGTCAATGAGAAGTAAGCCACAAACCCAAGGCTAGCATATATACTATGATAACACCTCAAAAGATGGCTGTTTTGTACAGCACAATTTTTGTCATCATTTCTTATTGTTTTTTTTGTCTCA

Intron 2 GTGAGTGATA ... TTTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.44	154	26	0
A2	23.42	85	26	0
A3	28.35	91	36	0
A4	7.35	63	5	0
A5	27.87	44	17	0
A6	21.4	628	171	0
A7	21.81	656	183	0
A8	21.46	860	235	1
A9	23.18	623	188	0
A10	22.57	398	116	1

>TRINITY_DN41002_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

TTTACAACATATACTCTTTTAGACGTTTCATTTCCCAGCTTTCGGGGTATGCTAGTTAATTCTTCTTAATTTGCAGATAAAGATGACATACTTCCGTTTCCCTCTTAAGCCTTCTGGTTAATCAATAGGTCCTGTGAAAGGCGGGTAAACCGGAAGCGGGAAAAAATGGTGAGGGGGAACCTGCTACTTTATTGAACTAC
AAGGGTAGCTCACACATCTGTCTAGGTCATCGAAAGACGTAAAAATGATTTAACGGCAAGAGTATATATATGCTAGTAATCGTAACAACCTCTGTTCAATTTTATATCGTTCATCTTCCGCTGTCATATATTTTAGCTGATCAAAGTCCGACACATTTCTCCTGGCCACTATGGGATATACCAAGGAACAGCTGCTAGCT
CGTTTACAGGAGCTTGGAATTGCCTTTGACAGCTATGAACACCCAGTTGTTCTGACAGTTGAAGAACAGGCAAAACACATCGGACACCTCGAAGGTGGACACAGCAAAAACTTATTTCTAAAGGATAAAAAACACAGGCTTTATATTGTTTCTGCTATGACAACGACAAATGTGGACTTGAAAGTTCTGTCTCAGCGGCT
GGGTTTAGGCAAGGGTGGTTTACGCATGGCTCCAGAAGAAACATTAAAAGAAGTGCTTCAGGTACCTTTGGGATGTGTAACACCCTTTGCCTTGTTCAACGAGTCTGCACGGTCAGTTGCGCTGCTTCTGGACCATGGTTTCAAAAAACAAAAGAGTGTTTTCTTCCATCCATTATCAAATGATATGACTATTTCACTTA
CAACCATTGAACTAGACAAGTTTTTGATGTCGATTGGGAAAGAACCTGTTTATGTGGATTTAGAGGCTGTAGTGTCTGTTGGAAAGGATCAACTGCCTGATCTTGCTGTTCATGTTCCAATGGAAGTGGTTATAGTCTCTAATCTGCAAGCTGAACAAGGACTGGATAATGAGACAGGACCTCGGAGTATTATTCATAGA
GAGAATGAAACTAGCAAACATAAAGAGAAGGTTAATCCAGATTCCACTCCTACAAAAAAAATGAGCATTGACAAGAGAGAGACAGAAAAGTTCAATCCAGAGTCCAAATCTACAAAGAAAATGAGTAGTGACAAGAAAGGGACGGGTACTGCTGGTTCAACAGCTGCAGTTACTGATGTCGGGAAACTTGTGAGCTGCAT
CTTAGATAAAACAACTGCTGCAGTTCTTTCAGAGGTTACAGCTGATGCTATTGAGAAGCATGGGAAAGACCTGGGACCCATTGTAGCTGGAGCAGTCAGGCAACGCTTGGTTCCTGACATGGAGAGTCTCATAATGCTTTTCAAGAATGCAGCATATACACAAGGATTCACTTCAGCCTCTGGAAGCCGATCTCTGCCAT
AGTGATATTTTTTCTTTGTTTGAAGTATCTATATCATATACCATTGTCATTGAGCAGATTGTAGATGTTAATAGCATATACTTTCAGCTTACGTTATTAGTGGGCAAAATTTTCCTATCGTGGAACTATATTTTTGGTTGTGGCCTTTTGGCATTTTTTGGGTAGCTTTGTGGACAAATTATCTTTTTACGGGTAGTATG
CTTGGAAGTAATTAGAATATCTTTCAGATAACTTAAAATCTGATTTTGTCTGTCCTTCATGATTTTATATTTCTCCATTTCCGTTGTGGATGATGTTAAAGTGTTTGTCTACGTTGCTTCATATTTTTGGTTTGCAGTTGATCTTATCTTCTTTATGCTTGTGGCCATTTCTGAAGGTGAGATTAGTTCTGGATGTTCCA
TGAGATAAATTGATATGGATGCGATTATTTGCATGGATTGAATCCTATAAATGTGAATTTGTTAGAGAATATATTGACTAGAGGCTCGTCAGAGTTGAGAATCTGCAAACGGTTTTTGTCATGTCACTTTATCTTTCTAAAGACGATGTGTAGCAAAAACCAGAGTTGAAGGAATTCAGATTTGAGAAAACAATTGAAAA
GCATACTACTGGTTTCTGATAATGAATCCATGGGTTGACTACGTAAGTGCAGAATGAGTTTGATCTTTTAGTTGGATTGAGAATCAGGTCTGATTTGACATATGCAAGCACAGATGATTTTTTGCAGACACCATATAGGTACCATGCTTAGCTATGAAGTAGATTAAAATGATTATAATTACTACAGCTATGCCTCTAAG
ACTTGGTCAATGAGAAGTAAGCCACAAACCCAAGGCTAGCATATATACTATGATAACACCTCAAAAGATGGCTGTTTTGTACAGCACAATTTTTGTCATCATTTCTTATTGTTTTTTTTGTCTCAGTGGTTATTAATTGTCACCATGTCTTAAAACTAGATCACTATTTTTCATTGTTTCAAATGTGGCCACAAGTGAAG
TCACTTTGAATGCATGATATCATGCTGAGCTCATCGTCTTTGTATGTATAAATTCGTTTTCCATTTCATCTCTCGCAATAACTCAAAGGCTTCTTCTTGTCAATTGATTCTTGTAATGGGAAATCAAGCATTGTGGAGTTAGAACCCTCTTGTCTGCCATTAATTCATGCAACCTATTTTTGCTTCATAACGTTTGATAG
TCGAAATGCATCAAATAATGCCATCCATTTGAATGCTAAGGAGATTGACATTGTTTCTGGAATGTTGAAAGCCATATTTAGGAGCTTATGGTTTGTTTATGTGGTCTCATTACAATTTTG

>TRINITY_DN41002_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TTTACAACATATACTCTTTTAGACGTTTCATTTCCCAGCTTTCGGGGTATGCTAGTTAATTCTTCTTAATTTGCAGATAAAGATGACATACTTCCGTTTCCCTCTTAAGCCTTCTGGTTAATCAATAGGTCCTGTGAAAGGCGGGTAAACCGGAAGCGGGAAAAAATGGTGAGGGGGAACCTGCTACTTTATTGAACTAC
AAGGGTAGCTCACACATCTGTCTAGGTCATCGAAAGACGTAAAAATGATTTAACGGCAAGAGTATATATATGCTAGTAATCGTAACAACCTCTGTTCAATTTTATATCGTTCATCTTCCGCTGTCATATATTTTAGCTGATCAAAGTCCGACACATTTCTCCTGGCCACTATGGGATATACCAAGGAACAGCTGCTAGCT
CGTTTACAGGAGCTTGGAATTGCCTTTGACAGCTATGAACACCCAGTTGTTCTGACAGTTGAAGAACAGGCAAAACACATCGGACACCTCGAAGGTGGACACAGCAAAAACTTATTTCTAAAGGATAAAAAACACAGGCTTTATATTGTTTCTGCTATGACAACGACAAATGTGGACTTGAAAGTTCTGTCTCAGCGGCT
GGGTTTAGGCAAGGGTGGTTTACGCATGGCTCCAGAAGAAACATTAAAAGAAGTGCTTCAGGTACCTTTGGGATGTGTAACACCCTTTGCCTTGTTCAACGAGTCTGCACGGTCAGTTGCGCTGCTTCTGGACCATGGTTTCAAAAAACAAAAGAGTGTTTTCTTCCATCCATTATCAAATGATATGACTATTTCACTTA
CAACCATTGAACTAGACAAGTTTTTGATGTCGATTGGGAAAGAACCTGTTTATGTGGATTTAGAGGCTGTAGTGTCTGTTGGAAAGGATCAACTGCCTGATCTTGCTGTTCATGTTCCAATGGAAGTGGTTATAGTCTCTAATCTGCAAGCTGAACAAGGACTGGATAATGAGACAGGACCTCGGAGTATTATTCATAGA
GAGAATGAAACTAGCAAACATAAAGAGAAGGTTAATCCAGATTCCACTCCTACAAAAAAAATGAGCATTGACAAGAGAGAGACAGAAAAGTTCAATCCAGAGTCCAAATCTACAAAGAAAATGAGTAGTGACAAGAAAGGGACGGGTACTGCTGGTTCAACAGCTGCAGTTACTGATGTCGGGAAACTTGTGAGCTGCAT
CTTAGATAAAACAACTGCTGCAGTTCTTTCAGAGGTTACAGCTGATGCTATTGAGAAGCATGGGAAAGACCTGGGACCCATTGTAGCTGGAGCAGTCAGGCAACGCTTGGTTCCTGACATGGAGAGTCTCATAgtgagtgatatccaggctcatgatgtcatgagaatgttcatatattgaaaggcttcctttatttaat
catcttttctattaagtgttttgcatgttcacagttcctgacatggagagtctcatagtgagtgatatccaggctcatgatgtcatgggaatgttcatattttgaaaggcttcctttatttaattatcttttctattaagtgtgtttgatgttcacagtttaccgatacaacattcacctaagattgtcaacatcattgt
ttcttctccattttattgtagttttccaataacattacttcttgtttaagtccctttattctccctcatactaaagttagaatctgttaattcccgagttgttaattctttgttcaggacttgaatactcctgcaacagcataaaattaatctagtaaaatattatgcttttgttgcagATGCTTTTCAAGAATGCAGCA
TA