sp|P51566|AFC1_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase AFC1
Intron 1 GTAGGTACAC ... CCTGTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.59 | 47 | 55 | 27 |
| A2 | 44.76 | 29 | 27 | 20 |
| A3 | 34.62 | 17 | 11 | 7 |
| A4 | 41.67 | 21 | 23 | 7 |
| A5 | 51.72 | 21 | 23 | 22 |
| A6 | 34.81 | 59 | 30 | 33 |
| A7 | 26.93 | 118 | 54 | 33 |
| A8 | 31.1 | 103 | 60 | 33 |
| A9 | 29.6 | 113 | 59 | 36 |
| A10 | 34.07 | 60 | 46 | 16 |
>TRINITY_DN42469_c4_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoformGTGGATATGTAATTAATACGGCCGGTTGCAATATATGCTGGTAACCCTACATGACTCCATGGGAATGGATTCCATGACCTTTATGAATATTACACTTTAGCAAAAAAAAAAAGGTCGAACCAACTGAGCTATCCTTTAAGACTGACCCAACCTCGAATAAACATACTTACACATTTTCAGTGGATATGTAATTAATACGG
CCATTCTATTATTTCTAACTGAGGAGAGGTTGCTGTTATCAAGTTGGCATGCTTTTACATCCCTTTGAGGGACACAGCAGTATTTGGTTCAAGTCCCAAGAAGGAGGCACTAAGAAGGCACTAGTAGGCACAAGCCCAAGAAAGGTGGCTAGGAAGCAAGAGCCACGTCTGGTGCCCCCTGCAAGTGAGGGACCATGCCA
GCCAGGATTTGAACCTAGAGCATCATCGCAATAACTGCTTCAGGTTGATATTCGGTCATAGCCTGGCCGACACACACACCCACATGCTTTGGATTAACTTGCCAAAAGCTCTACGAAAGGCAGCTAGGCCAGAAGAGCCAATCTGGAAGACCCCAATCAGGGGATGACCATGCCAACCAGGATTTGAGCATGGGGTCATT
GTCACAATAATTTCCCCTTGTTGCTGCTAGATCACAGCCTGATGGACACGCAATTTTGCAAACATTATTTCGGGTATATATCGCAGAGGGTCTGCAAAGAAATTTATTGGGAATATCGGGAAAATATCAGAAATTATTGACTAGAAGAAATGTAGTCTTGAAGAATTATGAAAATATCGGAAAAATTGGCAATTTGAGAG
AGAAATCGGAAGTAATGGAAGAAATTGAAGATATTTGCAACATGTGACACGTGACACACTCATGCTTCAGATTAATTTGGCCACGAGCATTTCCCATCATGGTAATATTACAATGCAATGTAGCTAGCTTGCAGCCCTCAAAAGACACTCTTCGCTGAGAAGTCACGACTAGGAATTTACTGTGCCTGATACACTAAATT
CTCGTACCTAAGACAATCTGCATGAAATCCTGCTTGTGCAGGTGAGACGGGTTGCTTGCATTAGACCATCTGCATGAAGTTCTGTTTGTGCAGGTGAGAGACGGGTTGCTTGCATGGGCAAGGTGGCCCATGAGGTGTGAAACATGTTTCTTGGGGATTTGAATCTTGTTGGGGATTATGAAAAATCACTGCTTTACCAT
CAAAACCAAGACCCTGTTAATGAATATCTATGTTTGGATTCAGGATAATATCGAAATATTCCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAGATTCCTGTGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATTTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTTTC
TATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTT
TCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATTGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGAT
TTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTACTTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATTATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATG
GCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGGGATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCATACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTT
GGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAGTAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTGCAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATCGTTAT
AAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATTTTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCTTCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTAT
CAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTATGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTGAGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTCGAT
GATGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCACTGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCACCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATT
CCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTGGTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTTGTTTTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTA
GAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTCTGTGAGAAGCTTGG
ACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGAAACATCCCC
AGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCTTTGC
TCTGTAAGATTTGATTAGCATCGTTCTAGATTTTTATGACATGTTGGTGTGACTACATATATATCCCTCAATATTCGTTGTACAATGGGATTAGGGTCTTAGTTATTGTCTGTCTGATTTATTCAGGGAGAAGCTTTATTTCAGACACATGAAAATTTGGAACATTTGGCTATGATGGAAAGGGTCCTGGGGACATTCCC
TCAACATATGATTAAGAAGGCAGA
>TRINITY_DN42469_c4_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTGGATATGTAATTAATACGGCCGGTTGCAATATATGCTGGTAACCCTACATGACTCCATGGGAATGGATTCCATGACCTTTATGAATATTACACTTTAGCAAAAAAAAAAAGGTCGAACCAACTGAGCTATCCTTTAAGACTGACCCAACCTCGAATAAACATACTTACACATTTTCAGTGGATATGTAATTAATACGG
CCATTCTATTATTTCTAACTGAGGAGAGGTTGCTGTTATCAAGTTGGCATGCTTTTACATCCCTTTGAGGGACACAGCAGTATTTGGTTCAAGTCCCAAGAAGGAGGCACTAAGAAGGCACTAGTAGGCACAAGCCCAAGAAAGGTGGCTAGGAAGCAAGAGCCACGTCTGGTGCCCCCTGCAAGTGAGGGACCATGCCA
GCCAGGATTTGAACCTAGAGCATCATCGCAATAACTGCTTCAGGTTGATATTCGGTCATAGCCTGGCCGACACACACACCCACATGCTTTGGATTAACTTGCCAAAAGCTCTACGAAAGGCAGCTAGGCCAGAAGAGCCAATCTGGAAGACCCCAATCAGGGGATGACCATGCCAACCAGGATTTGAGCATGGGGTCATT
GTCACAATAATTTCCCCTTGTTGCTGCTAGATCACAGCCTGATGGACACGCAATTTTGCAAACATTATTTCGGGTATATATCGCAGAGGGTCTGCAAAGAAATTTATTGGGAATATCGGGAAAATATCAGAAATTATTGACTAGAAGAAATGTAGTCTTGAAGAATTATGAAAATATCGGAAAAATTGGCAATTTGAGAG
AGAAATCGGAAGTAATGGAAGAAATTGAAGATATTTGCAACATGTGACACGTGACACACTCATGCTTCAGATTAATTTGGCCACGAGCATTTCCCATCATGGTAATATTACAATGCAATGTAGCTAGCTTGCAGCCCTCAAAAGACACTCTTCGCTGAGAAGTCACGACTAGGAATTTACTGTGCCTGATACACTAAATT
CTCGTACCTAAGACAATCTGCATGAAATCCTGCTTGTGCAGGTGAGACGGGTTGCTTGCATTAGACCATCTGCATGAAGTTCTGTTTGTGCAGGTGAGAGACGGGTTGCTTGCATGGGCAAGGTGGCCCATGAGGTGTGAAACATGTTTCTTGGGGATTTGAATCTTGTTGGGGATTATGAAAAATCACTGCTTTACCAT
CAAAACCAAGACCCTGTTAATGAATATCTATGTTTGGATTCAGGATAATATCGAAATATTCCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAGATTCCTGTGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATTTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTTTC
TATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTT
TCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATTGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGAT
TTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTACTTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATTATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATG
GCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGGGATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCATACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTT
GGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAGTAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTGCAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATCGTTAT
AAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATTTTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCTTCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTAT
CAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTATGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTGAGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTGGAT
GACGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCACTGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCACCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATT
CCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTGGTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTGTTTTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGTATGCTACTTTTTTCCGGAT
TTTTGTTTGCACAGCATTATTACTGAAGTTCTTCTAGATATTTTAGGATTAGTAAGTCAAATGAGAGTTAAATCCATTAGTACTATTACGCTTGTTGTTTTGTCTAATTTATCATATACTTGTGTTTGCAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTC
GCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGGTATGTGTATGAATGGTGAAACTATCTCACCCTATCTGATTTCATTTTGTTTATGGGATATGGTAATGCTGTTGCAAAGATCTTCTCTTCCCTGCCTGTTTTTGACCTTAGTGTT
TTAGAGAAAATGGATGTTTGGTTGACTATCACGGTTCTCTGTCACAGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTGAGTATTATGGACTAACTCCATCAATGTTAAGAGTCAAGACAGTTGATTAGAGATGAATTACATTTAGTCATTGTATTCTTTCCATAAATGTATGATTTGGT
TGCATGTCCTATAAGCTTCGCTGAGTAATAGTGGGTTGAGTGTTGAAACTTTTCTTTGGATGAACTTAAATGCTGTTAACAGGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATGTG
TGTAGACAAGACTTGCACTCGTAGTTTTCATTTTGCATCCTTGTGGAGAACTCTACTTTGCGGTTGATTTGGGTTTTATGCATTGCGAGATATTCATATGCATTAGTTTTGTATCGATTCCTCTATTTATATTGATTGGCCTCAAGATTAAGATGCTGTCAATCCATCAGATGCACTCATTCAGAGTGGGGATGCTTCTT
GTGTTTCATGTTGGTTTATGCTAAAGTTTATGGAGTGGTGCAAGTCCACATATCTAAGATGTTTAGTTGAAACTCAGTTCCTTATTTTTGTGGTTCTTCTATGGCAGATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGA
AACATCCCCAGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGgtaggtacactaagatcaacaaataagtatggcggctgactatggtgttgtgt
caaatgaatggaattctagtgtatggttagaaacttagatgtttgtagcacactcaatatttttagcctgtctcagGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCTTTGCTCTGTAAGATTTGATTAGCATCGTTCTAGATTTTTATGACATGTTGGTGTGACTACATATAT
ATCCCTCAATATTCGTTGTACAATGGGATTAGGGTCTTAGTTATTGTCTGTCTGATTTATTCAGGGAGAAGCTTTATTTCAGACACATGAAAATTTGGAACATTTGGCTATGATGGAAAGGGTCCTGGGGACATTCCCTCAACATATGATTAAGAAGGCAGA
Intron 2 GTGAGTATTA ... CTGTTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.71 | 63 | 20 | 35 |
| A2 | 40.38 | 31 | 6 | 21 |
| A3 | 36.76 | 43 | 2 | 25 |
| A4 | 40.79 | 45 | 15 | 31 |
| A5 | 30 | 14 | 1 | 6 |
| A6 | 3.33 | 87 | 0 | 3 |
| A7 | 15.48 | 131 | 5 | 24 |
| A8 | 9.57 | 104 | 6 | 11 |
| A9 | 3.68 | 131 | 0 | 5 |
| A10 | 12.5 | 105 | 3 | 15 |
>TRINITY_DN42469_c4_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoformGTGGATATGTAATTAATACGGCCGGTTGCAATATATGCTGGTAACCCTACATGACTCCATGGGAATGGATTCCATGACCTTTATGAATATTACACTTTAGCAAAAAAAAAAAGGTCGAACCAACTGAGCTATCCTTTAAGACTGACCCAACCTCGAATAAACATACTTACACATTTTCAGTGGATATGTAATTAATACGG
CCATTCTATTATTTCTAACTGAGGAGAGGTTGCTGTTATCAAGTTGGCATGCTTTTACATCCCTTTGAGGGACACAGCAGTATTTGGTTCAAGTCCCAAGAAGGAGGCACTAAGAAGGCACTAGTAGGCACAAGCCCAAGAAAGGTGGCTAGGAAGCAAGAGCCACGTCTGGTGCCCCCTGCAAGTGAGGGACCATGCCA
GCCAGGATTTGAACCTAGAGCATCATCGCAATAACTGCTTCAGGTTGATATTCGGTCATAGCCTGGCCGACACACACACCCACATGCTTTGGATTAACTTGCCAAAAGCTCTACGAAAGGCAGCTAGGCCAGAAGAGCCAATCTGGAAGACCCCAATCAGGGGATGACCATGCCAACCAGGATTTGAGCATGGGGTCATT
GTCACAATAATTTCCCCTTGTTGCTGCTAGATCACAGCCTGATGGACACGCAATTTTGCAAACATTATTTCGGGTATATATCGCAGAGGGTCTGCAAAGAAATTTATTGGGAATATCGGGAAAATATCAGAAATTATTGACTAGAAGAAATGTAGTCTTGAAGAATTATGAAAATATCGGAAAAATTGGCAATTTGAGAG
AGAAATCGGAAGTAATGGAAGAAATTGAAGATATTTGCAACATGTGACACGTGACACACTCATGCTTCAGATTAATTTGGCCACGAGCATTTCCCATCATGGTAATATTACAATGCAATGTAGCTAGCTTGCAGCCCTCAAAAGACACTCTTCGCTGAGAAGTCACGACTAGGAATTTACTGTGCCTGATACACTAAATT
CTCGTACCTAAGACAATCTGCATGAAATCCTGCTTGTGCAGGTGAGACGGGTTGCTTGCATTAGACCATCTGCATGAAGTTCTGTTTGTGCAGGTGAGAGACGGGTTGCTTGCATGGGCAAGGTGGCCCATGAGGTGTGAAACATGTTTCTTGGGGATTTGAATCTTGTTGGGGATTATGAAAAATCACTGCTTTACCAT
CAAAACCAAGACCCTGTTAATGAATATCTATGTTTGGATTCAGGATAATATCGAAATATTCCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAGATTCCTGTGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATTTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTTTC
TATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTT
TCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATTGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGAT
TTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTACTTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATTATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATG
GCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGGGATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCATACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTT
GGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAGTAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTGCAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATCGTTAT
AAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATTTTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCTTCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTAT
CAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTATGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTGAGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTCGAT
GATGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCACTGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCACCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATT
CCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTGGTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTTGTTTTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTA
GAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTCTGTGAGAAGCTTGG
ACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGAAACATCCCC
AGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCTTTGC
TCTGTAAGATTTGATTAGCATCGTTCTAGATTTTTATGACATGTTGGTGTGACTACATATATATCCCTCAATATTCGTTGTACAATGGGATTAGGGTCTTAGTTATTGTCTGTCTGATTTATTCAGGGAGAAGCTTTATTTCAGACACATGAAAATTTGGAACATTTGGCTATGATGGAAAGGGTCCTGGGGACATTCCC
TCAACATATGATTAAGAAGGCAGA
>TRINITY_DN42469_c4_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTGGATATGTAATTAATACGGCCGGTTGCAATATATGCTGGTAACCCTACATGACTCCATGGGAATGGATTCCATGACCTTTATGAATATTACACTTTAGCAAAAAAAAAAAGGTCGAACCAACTGAGCTATCCTTTAAGACTGACCCAACCTCGAATAAACATACTTACACATTTTCAGTGGATATGTAATTAATACGG
CCATTCTATTATTTCTAACTGAGGAGAGGTTGCTGTTATCAAGTTGGCATGCTTTTACATCCCTTTGAGGGACACAGCAGTATTTGGTTCAAGTCCCAAGAAGGAGGCACTAAGAAGGCACTAGTAGGCACAAGCCCAAGAAAGGTGGCTAGGAAGCAAGAGCCACGTCTGGTGCCCCCTGCAAGTGAGGGACCATGCCA
GCCAGGATTTGAACCTAGAGCATCATCGCAATAACTGCTTCAGGTTGATATTCGGTCATAGCCTGGCCGACACACACACCCACATGCTTTGGATTAACTTGCCAAAAGCTCTACGAAAGGCAGCTAGGCCAGAAGAGCCAATCTGGAAGACCCCAATCAGGGGATGACCATGCCAACCAGGATTTGAGCATGGGGTCATT
GTCACAATAATTTCCCCTTGTTGCTGCTAGATCACAGCCTGATGGACACGCAATTTTGCAAACATTATTTCGGGTATATATCGCAGAGGGTCTGCAAAGAAATTTATTGGGAATATCGGGAAAATATCAGAAATTATTGACTAGAAGAAATGTAGTCTTGAAGAATTATGAAAATATCGGAAAAATTGGCAATTTGAGAG
AGAAATCGGAAGTAATGGAAGAAATTGAAGATATTTGCAACATGTGACACGTGACACACTCATGCTTCAGATTAATTTGGCCACGAGCATTTCCCATCATGGTAATATTACAATGCAATGTAGCTAGCTTGCAGCCCTCAAAAGACACTCTTCGCTGAGAAGTCACGACTAGGAATTTACTGTGCCTGATACACTAAATT
CTCGTACCTAAGACAATCTGCATGAAATCCTGCTTGTGCAGGTGAGACGGGTTGCTTGCATTAGACCATCTGCATGAAGTTCTGTTTGTGCAGGTGAGAGACGGGTTGCTTGCATGGGCAAGGTGGCCCATGAGGTGTGAAACATGTTTCTTGGGGATTTGAATCTTGTTGGGGATTATGAAAAATCACTGCTTTACCAT
CAAAACCAAGACCCTGTTAATGAATATCTATGTTTGGATTCAGGATAATATCGAAATATTCCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAGATTCCTGTGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATTTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTTTC
TATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTT
TCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATTGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGAT
TTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTACTTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATTATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATG
GCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGGGATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCATACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTT
GGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAGTAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTGCAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATCGTTAT
AAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATTTTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCTTCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTAT
CAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTATGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTGAGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTGGAT
GACGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCACTGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCACCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATT
CCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTGGTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTGTTTTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGTATGCTACTTTTTTCCGGAT
TTTTGTTTGCACAGCATTATTACTGAAGTTCTTCTAGATATTTTAGGATTAGTAAGTCAAATGAGAGTTAAATCCATTAGTACTATTACGCTTGTTGTTTTGTCTAATTTATCATATACTTGTGTTTGCAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTC
GCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGGTATGTGTATGAATGGTGAAACTATCTCACCCTATCTGATTTCATTTTGTTTATGGGATATGGTAATGCTGTTGCAAAGATCTTCTCTTCCCTGCCTGTTTTTGACCTTAGTGTT
TTAGAGAAAATGGATGTTTGGTTGACTATCACGGTTCTCTGTCACAGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTgtgagtattatggactaactccatcaatgttaagagtcaagacagttgattagagatgaattacatttagtcattgtattctttccataaatgtatgatttggt
tgcatgtcctataagcttcgctgagtaatagtgggttgagtgttgaaacttttctttggatgaacttaaatgctgttaacagGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATGTG
TGTAGACAAGACTTGCACTCGTAGTTTTCATTTTGCATCCTTGTGGAGAACTCTACTTTGCGGTTGATTTGGGTTTTATGCATTGCGAGATATTCATATGCATTAGTTTTGTATCGATTCCTCTATTTATATTGATTGGCCTCAAGATTAAGATGCTGTCAATCCATCAGATGCACTCATTCAGAGTGGGGATGCTTCTT
GTGTTTCATGTTGGTTTATGCTAAAGTTTATGGAGTGGTGCAAGTCCACATATCTAAGATGTTTAGTTGAAACTCAGTTCCTTATTTTTGTGGTTCTTCTATGGCAGATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGA
AACATCCCCAGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGGTAGGTACACTAAGATCAACAAATAAGTATGGCGGCTGACTATGGTGTTGTGT
CAAATGAATGGAATTCTAGTGTATGGTTAGAAACTTAGATGTTTGTAGCACACTCAATATTTTTAGCCTGTCTCAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCTTTGCTCTGTAAGATTTGATTAGCATCGTTCTAGATTTTTATGACATGTTGGTGTGACTACATATAT
ATCCCTCAATATTCGTTGTACAATGGGATTAGGGTCTTAGTTATTGTCTGTCTGATTTATTCAGGGAGAAGCTTTATTTCAGACACATGAAAATTTGGAACATTTGGCTATGATGGAAAGGGTCCTGGGGACATTCCCTCAACATATGATTAAGAAGGCAGA
Intron 3 GTGTGTAGAC ... TCTATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.93 | 57 | 36 | 43 |
| A2 | 47.73 | 23 | 19 | 23 |
| A3 | 23.71 | 37 | 6 | 17 |
| A4 | 43.82 | 25 | 17 | 22 |
| A5 | 49.09 | 14 | 6 | 21 |
| A6 | 15.64 | 89 | 1 | 32 |
| A7 | 20 | 108 | 17 | 37 |
| A8 | 25.35 | 106 | 8 | 64 |
| A9 | 18.49 | 97 | 5 | 39 |
| A10 | 27.54 | 75 | 8 | 49 |
>TRINITY_DN42469_c4_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoformGTGGATATGTAATTAATACGGCCGGTTGCAATATATGCTGGTAACCCTACATGACTCCATGGGAATGGATTCCATGACCTTTATGAATATTACACTTTAGCAAAAAAAAAAAGGTCGAACCAACTGAGCTATCCTTTAAGACTGACCCAACCTCGAATAAACATACTTACACATTTTCAGTGGATATGTAATTAATACGG
CCATTCTATTATTTCTAACTGAGGAGAGGTTGCTGTTATCAAGTTGGCATGCTTTTACATCCCTTTGAGGGACACAGCAGTATTTGGTTCAAGTCCCAAGAAGGAGGCACTAAGAAGGCACTAGTAGGCACAAGCCCAAGAAAGGTGGCTAGGAAGCAAGAGCCACGTCTGGTGCCCCCTGCAAGTGAGGGACCATGCCA
GCCAGGATTTGAACCTAGAGCATCATCGCAATAACTGCTTCAGGTTGATATTCGGTCATAGCCTGGCCGACACACACACCCACATGCTTTGGATTAACTTGCCAAAAGCTCTACGAAAGGCAGCTAGGCCAGAAGAGCCAATCTGGAAGACCCCAATCAGGGGATGACCATGCCAACCAGGATTTGAGCATGGGGTCATT
GTCACAATAATTTCCCCTTGTTGCTGCTAGATCACAGCCTGATGGACACGCAATTTTGCAAACATTATTTCGGGTATATATCGCAGAGGGTCTGCAAAGAAATTTATTGGGAATATCGGGAAAATATCAGAAATTATTGACTAGAAGAAATGTAGTCTTGAAGAATTATGAAAATATCGGAAAAATTGGCAATTTGAGAG
AGAAATCGGAAGTAATGGAAGAAATTGAAGATATTTGCAACATGTGACACGTGACACACTCATGCTTCAGATTAATTTGGCCACGAGCATTTCCCATCATGGTAATATTACAATGCAATGTAGCTAGCTTGCAGCCCTCAAAAGACACTCTTCGCTGAGAAGTCACGACTAGGAATTTACTGTGCCTGATACACTAAATT
CTCGTACCTAAGACAATCTGCATGAAATCCTGCTTGTGCAGGTGAGACGGGTTGCTTGCATTAGACCATCTGCATGAAGTTCTGTTTGTGCAGGTGAGAGACGGGTTGCTTGCATGGGCAAGGTGGCCCATGAGGTGTGAAACATGTTTCTTGGGGATTTGAATCTTGTTGGGGATTATGAAAAATCACTGCTTTACCAT
CAAAACCAAGACCCTGTTAATGAATATCTATGTTTGGATTCAGGATAATATCGAAATATTCCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAGATTCCTGTGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATTTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTTTC
TATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTT
TCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATTGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGAT
TTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTACTTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATTATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATG
GCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGGGATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCATACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTT
GGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAGTAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTGCAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATCGTTAT
AAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATTTTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCTTCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTAT
CAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTATGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTGAGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTCGAT
GATGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCACTGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCACCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATT
CCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTGGTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTTGTTTTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTA
GAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTCTGTGAGAAGCTTGG
ACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGAAACATCCCC
AGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCTTTGC
TCTGTAAGATTTGATTAGCATCGTTCTAGATTTTTATGACATGTTGGTGTGACTACATATATATCCCTCAATATTCGTTGTACAATGGGATTAGGGTCTTAGTTATTGTCTGTCTGATTTATTCAGGGAGAAGCTTTATTTCAGACACATGAAAATTTGGAACATTTGGCTATGATGGAAAGGGTCCTGGGGACATTCCC
TCAACATATGATTAAGAAGGCAGA
>TRINITY_DN42469_c4_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTGGATATGTAATTAATACGGCCGGTTGCAATATATGCTGGTAACCCTACATGACTCCATGGGAATGGATTCCATGACCTTTATGAATATTACACTTTAGCAAAAAAAAAAAGGTCGAACCAACTGAGCTATCCTTTAAGACTGACCCAACCTCGAATAAACATACTTACACATTTTCAGTGGATATGTAATTAATACGG
CCATTCTATTATTTCTAACTGAGGAGAGGTTGCTGTTATCAAGTTGGCATGCTTTTACATCCCTTTGAGGGACACAGCAGTATTTGGTTCAAGTCCCAAGAAGGAGGCACTAAGAAGGCACTAGTAGGCACAAGCCCAAGAAAGGTGGCTAGGAAGCAAGAGCCACGTCTGGTGCCCCCTGCAAGTGAGGGACCATGCCA
GCCAGGATTTGAACCTAGAGCATCATCGCAATAACTGCTTCAGGTTGATATTCGGTCATAGCCTGGCCGACACACACACCCACATGCTTTGGATTAACTTGCCAAAAGCTCTACGAAAGGCAGCTAGGCCAGAAGAGCCAATCTGGAAGACCCCAATCAGGGGATGACCATGCCAACCAGGATTTGAGCATGGGGTCATT
GTCACAATAATTTCCCCTTGTTGCTGCTAGATCACAGCCTGATGGACACGCAATTTTGCAAACATTATTTCGGGTATATATCGCAGAGGGTCTGCAAAGAAATTTATTGGGAATATCGGGAAAATATCAGAAATTATTGACTAGAAGAAATGTAGTCTTGAAGAATTATGAAAATATCGGAAAAATTGGCAATTTGAGAG
AGAAATCGGAAGTAATGGAAGAAATTGAAGATATTTGCAACATGTGACACGTGACACACTCATGCTTCAGATTAATTTGGCCACGAGCATTTCCCATCATGGTAATATTACAATGCAATGTAGCTAGCTTGCAGCCCTCAAAAGACACTCTTCGCTGAGAAGTCACGACTAGGAATTTACTGTGCCTGATACACTAAATT
CTCGTACCTAAGACAATCTGCATGAAATCCTGCTTGTGCAGGTGAGACGGGTTGCTTGCATTAGACCATCTGCATGAAGTTCTGTTTGTGCAGGTGAGAGACGGGTTGCTTGCATGGGCAAGGTGGCCCATGAGGTGTGAAACATGTTTCTTGGGGATTTGAATCTTGTTGGGGATTATGAAAAATCACTGCTTTACCAT
CAAAACCAAGACCCTGTTAATGAATATCTATGTTTGGATTCAGGATAATATCGAAATATTCCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAGATTCCTGTGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATTTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTTTC
TATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTT
TCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATTGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGAT
TTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTACTTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATTATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATG
GCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGGGATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCATACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTT
GGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAGTAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTGCAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATCGTTAT
AAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATTTTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCTTCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTAT
CAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTATGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTGAGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTCGAT
GATGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCACTGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCACCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATT
CCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTGGTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTTGTTTTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTA
GAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGGTATGTGTATGAATGGTGAAACTATCTCACCCTATCTGATTTCATTTTGTTTATGGGATATGGTAA
TGCTGTTGCAAAGATCTTCTCTTCCCTGCCTGTTTTTGACCTTAGTGTTTTAGAGAAAATGGATGTTTGGTTGACTATCACGGTTCTCTGTCACAGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTGAGTATTATGGACTAACTCCATCAATGTTAAGAGTCAAGACAGTTGATTAGAG
ATGAATTACATTTAGTCATTGTATTCTTTCCATAAATGTATGATTTGGTTGCATGTCCTATAAGCTTCGCTGAGTAATAGTGGGTTGAGTGTTGAAACTTTTCTTTGGATGAACTTAAATGCTGTTAACAGGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTT
GATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATgtgtgtagacaagacttgcactcgtagttttcattttgcatccttgtggagaactctactttgcggttgatttgggttttatgcattgcgagatattcatatgcattagttttgtatcgattcctctatttatattgattggcctcaagattaa
gatgctgtcaatccatcagatgcactcattcagagtggggatgcttcttgtgtttcatgttggtttatgctaaagtttatggagtggtgcaagtccacatatctaagatgtttagttgaaactcagttccttatttttgtggttcttctatggcagATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAG
AATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGAAACATCCCCAGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGGTAG
GTACACTAAGATCAACAAATAAGTATGGCGGCTGACTATGGTGTTGTGTCAAATGAATGGAATTCTAGTGTATGGTTAGAAACTTAGATGTTTGTAGCACACTCAATATTTTTAGCCTGTCTCAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCTTTGCTCTGTAAGATTTG
ATTAGCATCGTTCTAGATTTTTATGACATGTTGGTGTGACTACATATATATCCCTCAATATTCGTTGTACAATGGGATTAGGGTCTTAGTTATTGTCTGTCTGATTTATTCAGGGAGAAGCTTTATTTCAGACACATGAAAATTTGGAACATTTGGCTATGATGGAAAGGGTCCTGGGGACATTCCCTCAACATATGATT
AAGAAGGCAGA
Intron 4 GTATGTGTAT ... TCTGTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.38 | 71 | 34 | 16 |
| A2 | 25.64 | 29 | 10 | 8 |
| A3 | 32.79 | 41 | 20 | 3 |
| A4 | 31.91 | 64 | 30 | 16 |
| A5 | 43.9 | 23 | 18 | 1 |
| A6 | 21.43 | 66 | 18 | 0 |
| A7 | 20.71 | 134 | 35 | 3 |
| A8 | 30.77 | 126 | 56 | 4 |
| A9 | 25.96 | 154 | 54 | 2 |
| A10 | 29.52 | 117 | 49 | 7 |
>TRINITY_DN42469_c4_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoformGTGGATATGTAATTAATACGGCCGGTTGCAATATATGCTGGTAACCCTACATGACTCCATGGGAATGGATTCCATGACCTTTATGAATATTACACTTTAGCAAAAAAAAAAAGGTCGAACCAACTGAGCTATCCTTTAAGACTGACCCAACCTCGAATAAACATACTTACACATTTTCAGTGGATATGTAATTAATACGG
CCATTCTATTATTTCTAACTGAGGAGAGGTTGCTGTTATCAAGTTGGCATGCTTTTACATCCCTTTGAGGGACACAGCAGTATTTGGTTCAAGTCCCAAGAAGGAGGCACTAAGAAGGCACTAGTAGGCACAAGCCCAAGAAAGGTGGCTAGGAAGCAAGAGCCACGTCTGGTGCCCCCTGCAAGTGAGGGACCATGCCA
GCCAGGATTTGAACCTAGAGCATCATCGCAATAACTGCTTCAGGTTGATATTCGGTCATAGCCTGGCCGACACACACACCCACATGCTTTGGATTAACTTGCCAAAAGCTCTACGAAAGGCAGCTAGGCCAGAAGAGCCAATCTGGAAGACCCCAATCAGGGGATGACCATGCCAACCAGGATTTGAGCATGGGGTCATT
GTCACAATAATTTCCCCTTGTTGCTGCTAGATCACAGCCTGATGGACACGCAATTTTGCAAACATTATTTCGGGTATATATCGCAGAGGGTCTGCAAAGAAATTTATTGGGAATATCGGGAAAATATCAGAAATTATTGACTAGAAGAAATGTAGTCTTGAAGAATTATGAAAATATCGGAAAAATTGGCAATTTGAGAG
AGAAATCGGAAGTAATGGAAGAAATTGAAGATATTTGCAACATGTGACACGTGACACACTCATGCTTCAGATTAATTTGGCCACGAGCATTTCCCATCATGGTAATATTACAATGCAATGTAGCTAGCTTGCAGCCCTCAAAAGACACTCTTCGCTGAGAAGTCACGACTAGGAATTTACTGTGCCTGATACACTAAATT
CTCGTACCTAAGACAATCTGCATGAAATCCTGCTTGTGCAGGTGAGACGGGTTGCTTGCATTAGACCATCTGCATGAAGTTCTGTTTGTGCAGGTGAGAGACGGGTTGCTTGCATGGGCAAGGTGGCCCATGAGGTGTGAAACATGTTTCTTGGGGATTTGAATCTTGTTGGGGATTATGAAAAATCACTGCTTTACCAT
CAAAACCAAGACCCTGTTAATGAATATCTATGTTTGGATTCAGGATAATATCGAAATATTCCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAGATTCCTGTGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATTTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTTTC
TATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTT
TCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATTGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGAT
TTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTACTTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATTATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATG
GCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGGGATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCATACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTT
GGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAGTAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTGCAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATCGTTAT
AAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATTTTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCTTCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTAT
CAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTATGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTGAGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTCGAT
GATGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCACTGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCACCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATT
CCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTGGTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTTGTTTTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTA
GAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTCTGTGAGAAGCTTGG
ACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGAAACATCCCC
AGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCTTTGC
TCTGTAAGATTTGATTAGCATCGTTCTAGATTTTTATGACATGTTGGTGTGACTACATATATATCCCTCAATATTCGTTGTACAATGGGATTAGGGTCTTAGTTATTGTCTGTCTGATTTATTCAGGGAGAAGCTTTATTTCAGACACATGAAAATTTGGAACATTTGGCTATGATGGAAAGGGTCCTGGGGACATTCCC
TCAACATATGATTAAGAAGGCAGA
>TRINITY_DN42469_c4_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTGGATATGTAATTAATACGGCCGGTTGCAATATATGCTGGTAACCCTACATGACTCCATGGGAATGGATTCCATGACCTTTATGAATATTACACTTTAGCAAAAAAAAAAAGGTCGAACCAACTGAGCTATCCTTTAAGACTGACCCAACCTCGAATAAACATACTTACACATTTTCAGTGGATATGTAATTAATACGG
CCATTCTATTATTTCTAACTGAGGAGAGGTTGCTGTTATCAAGTTGGCATGCTTTTACATCCCTTTGAGGGACACAGCAGTATTTGGTTCAAGTCCCAAGAAGGAGGCACTAAGAAGGCACTAGTAGGCACAAGCCCAAGAAAGGTGGCTAGGAAGCAAGAGCCACGTCTGGTGCCCCCTGCAAGTGAGGGACCATGCCA
GCCAGGATTTGAACCTAGAGCATCATCGCAATAACTGCTTCAGGTTGATATTCGGTCATAGCCTGGCCGACACACACACCCACATGCTTTGGATTAACTTGCCAAAAGCTCTACGAAAGGCAGCTAGGCCAGAAGAGCCAATCTGGAAGACCCCAATCAGGGGATGACCATGCCAACCAGGATTTGAGCATGGGGTCATT
GTCACAATAATTTCCCCTTGTTGCTGCTAGATCACAGCCTGATGGACACGCAATTTTGCAAACATTATTTCGGGTATATATCGCAGAGGGTCTGCAAAGAAATTTATTGGGAATATCGGGAAAATATCAGAAATTATTGACTAGAAGAAATGTAGTCTTGAAGAATTATGAAAATATCGGAAAAATTGGCAATTTGAGAG
AGAAATCGGAAGTAATGGAAGAAATTGAAGATATTTGCAACATGTGACACGTGACACACTCATGCTTCAGATTAATTTGGCCACGAGCATTTCCCATCATGGTAATATTACAATGCAATGTAGCTAGCTTGCAGCCCTCAAAAGACACTCTTCGCTGAGAAGTCACGACTAGGAATTTACTGTGCCTGATACACTAAATT
CTCGTACCTAAGACAATCTGCATGAAATCCTGCTTGTGCAGGTGAGACGGGTTGCTTGCATTAGACCATCTGCATGAAGTTCTGTTTGTGCAGGTGAGAGACGGGTTGCTTGCATGGGCAAGGTGGCCCATGAGGTGTGAAACATGTTTCTTGGGGATTTGAATCTTGTTGGGGATTATGAAAAATCACTGCTTTACCAT
CAAAACCAAGACCCTGTTAATGAATATCTATGTTTGGATTCAGGATAATATCGAAATATTCCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAGATTCCTGTGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATTTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTTTC
TATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTT
TCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATTGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGAT
TTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTACTTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATTATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATG
GCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGGGATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCATACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTT
GGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAGTAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTGCAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATCGTTAT
AAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATTTTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCTTCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTAT
CAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTATGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTGAGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTGGAT
GACGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCACTGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCACCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATT
CCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTGGTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTGTTTTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGTATGCTACTTTTTTCCGGAT
TTTTGTTTGCACAGCATTATTACTGAAGTTCTTCTAGATATTTTAGGATTAGTAAGTCAAATGAGAGTTAAATCCATTAGTACTATTACGCTTGTTGTTTTGTCTAATTTATCATATACTTGTGTTTGCAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTC
GCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGgtatgtgtatgaatggtgaaactatctcaccctatctgatttcattttgtttatgggatatggtaatgctgttgcaaagatcttctcttccctgcctgtttttgaccttagtgtt
ttagagaaaatggatgtttggttgactatcacggttctctgtcacagGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTGAGTATTATGGACTAACTCCATCAATGTTAAGAGTCAAGACAGTTGATTAGAGATGAATTACATTTAGTCATTGTATTCTTTCCATAAATGTATGATTTGGT
TGCATGTCCTATAAGCTTCGCTGAGTAATAGTGGGTTGAGTGTTGAAACTTTTCTTTGGATGAACTTAAATGCTGTTAACAGGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATGTG
TGTAGACAAGACTTGCACTCGTAGTTTTCATTTTGCATCCTTGTGGAGAACTCTACTTTGCGGTTGATTTGGGTTTTATGCATTGCGAGATATTCATATGCATTAGTTTTGTATCGATTCCTCTATTTATATTGATTGGCCTCAAGATTAAGATGCTGTCAATCCATCAGATGCACTCATTCAGAGTGGGGATGCTTCTT
GTGTTTCATGTTGGTTTATGCTAAAGTTTATGGAGTGGTGCAAGTCCACATATCTAAGATGTTTAGTTGAAACTCAGTTCCTTATTTTTGTGGTTCTTCTATGGCAGATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGA
AACATCCCCAGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGGTAGGTACACTAAGATCAACAAATAAGTATGGCGGCTGACTATGGTGTTGTGT
CAAATGAATGGAATTCTAGTGTATGGTTAGAAACTTAGATGTTTGTAGCACACTCAATATTTTTAGCCTGTCTCAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCTTTGCTCTGTAAGATTTGATTAGCATCGTTCTAGATTTTTATGACATGTTGGTGTGACTACATATAT
ATCCCTCAATATTCGTTGTACAATGGGATTAGGGTCTTAGTTATTGTCTGTCTGATTTATTCAGGGAGAAGCTTTATTTCAGACACATGAAAATTTGGAACATTTGGCTATGATGGAAAGGGTCCTGGGGACATTCCCTCAACATATGATTAAGAAGGCAGA
Intron 5 GTATGCTACT ... GTGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45 | 22 | 13 | 18 |
| A2 | 62.79 | 16 | 6 | 27 |
| A3 | 56.25 | 21 | 13 | 27 |
| A4 | 39.02 | 25 | 12 | 16 |
| A5 | 50 | 7 | 6 | 7 |
| A6 | 39.47 | 23 | 3 | 15 |
| A7 | 43.01 | 53 | 4 | 40 |
| A8 | 43.02 | 49 | 4 | 37 |
| A9 | 43.86 | 32 | 4 | 25 |
| A10 | 40.22 | 55 | 2 | 37 |
>TRINITY_DN42469_c4_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoformGTGGATATGTAATTAATACGGCCGGTTGCAATATATGCTGGTAACCCTACATGACTCCATGGGAATGGATTCCATGACCTTTATGAATATTACACTTTAGCAAAAAAAAAAAGGTCGAACCAACTGAGCTATCCTTTAAGACTGACCCAACCTCGAATAAACATACTTACACATTTTCAGTGGATATGTAATTAATACGG
CCATTCTATTATTTCTAACTGAGGAGAGGTTGCTGTTATCAAGTTGGCATGCTTTTACATCCCTTTGAGGGACACAGCAGTATTTGGTTCAAGTCCCAAGAAGGAGGCACTAAGAAGGCACTAGTAGGCACAAGCCCAAGAAAGGTGGCTAGGAAGCAAGAGCCACGTCTGGTGCCCCCTGCAAGTGAGGGACCATGCCA
GCCAGGATTTGAACCTAGAGCATCATCGCAATAACTGCTTCAGGTTGATATTCGGTCATAGCCTGGCCGACACACACACCCACATGCTTTGGATTAACTTGCCAAAAGCTCTACGAAAGGCAGCTAGGCCAGAAGAGCCAATCTGGAAGACCCCAATCAGGGGATGACCATGCCAACCAGGATTTGAGCATGGGGTCATT
GTCACAATAATTTCCCCTTGTTGCTGCTAGATCACAGCCTGATGGACACGCAATTTTGCAAACATTATTTCGGGTATATATCGCAGAGGGTCTGCAAAGAAATTTATTGGGAATATCGGGAAAATATCAGAAATTATTGACTAGAAGAAATGTAGTCTTGAAGAATTATGAAAATATCGGAAAAATTGGCAATTTGAGAG
AGAAATCGGAAGTAATGGAAGAAATTGAAGATATTTGCAACATGTGACACGTGACACACTCATGCTTCAGATTAATTTGGCCACGAGCATTTCCCATCATGGTAATATTACAATGCAATGTAGCTAGCTTGCAGCCCTCAAAAGACACTCTTCGCTGAGAAGTCACGACTAGGAATTTACTGTGCCTGATACACTAAATT
CTCGTACCTAAGACAATCTGCATGAAATCCTGCTTGTGCAGGTGAGACGGGTTGCTTGCATTAGACCATCTGCATGAAGTTCTGTTTGTGCAGGTGAGAGACGGGTTGCTTGCATGGGCAAGGTGGCCCATGAGGTGTGAAACATGTTTCTTGGGGATTTGAATCTTGTTGGGGATTATGAAAAATCACTGCTTTACCAT
CAAAACCAAGACCCTGTTAATGAATATCTATGTTTGGATTCAGGATAATATCGAAATATTCCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAGATTCCTGTGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATTTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTTTC
TATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTT
TCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATTGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGAT
TTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTACTTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATTATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATG
GCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGGGATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCATACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTT
GGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAGTAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTGCAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATCGTTAT
AAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATTTTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCTTCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTAT
CAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTATGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTGAGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTCGAT
GATGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCACTGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCACCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATT
CCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTGGTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTTGTTTTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTA
GAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTCTGTGAGAAGCTTGG
ACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGAAACATCCCC
AGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCTTTGC
TCTGTAAGATTTGATTAGCATCGTTCTAGATTTTTATGACATGTTGGTGTGACTACATATATATCCCTCAATATTCGTTGTACAATGGGATTAGGGTCTTAGTTATTGTCTGTCTGATTTATTCAGGGAGAAGCTTTATTTCAGACACATGAAAATTTGGAACATTTGGCTATGATGGAAAGGGTCCTGGGGACATTCCC
TCAACATATGATTAAGAAGGCAGA
>TRINITY_DN42469_c4_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTGGATATGTAATTAATACGGCCGGTTGCAATATATGCTGGTAACCCTACATGACTCCATGGGAATGGATTCCATGACCTTTATGAATATTACACTTTAGCAAAAAAAAAAAGGTCGAACCAACTGAGCTATCCTTTAAGACTGACCCAACCTCGAATAAACATACTTACACATTTTCAGTGGATATGTAATTAATACGG
CCATTCTATTATTTCTAACTGAGGAGAGGTTGCTGTTATCAAGTTGGCATGCTTTTACATCCCTTTGAGGGACACAGCAGTATTTGGTTCAAGTCCCAAGAAGGAGGCACTAAGAAGGCACTAGTAGGCACAAGCCCAAGAAAGGTGGCTAGGAAGCAAGAGCCACGTCTGGTGCCCCCTGCAAGTGAGGGACCATGCCA
GCCAGGATTTGAACCTAGAGCATCATCGCAATAACTGCTTCAGGTTGATATTCGGTCATAGCCTGGCCGACACACACACCCACATGCTTTGGATTAACTTGCCAAAAGCTCTACGAAAGGCAGCTAGGCCAGAAGAGCCAATCTGGAAGACCCCAATCAGGGGATGACCATGCCAACCAGGATTTGAGCATGGGGTCATT
GTCACAATAATTTCCCCTTGTTGCTGCTAGATCACAGCCTGATGGACACGCAATTTTGCAAACATTATTTCGGGTATATATCGCAGAGGGTCTGCAAAGAAATTTATTGGGAATATCGGGAAAATATCAGAAATTATTGACTAGAAGAAATGTAGTCTTGAAGAATTATGAAAATATCGGAAAAATTGGCAATTTGAGAG
AGAAATCGGAAGTAATGGAAGAAATTGAAGATATTTGCAACATGTGACACGTGACACACTCATGCTTCAGATTAATTTGGCCACGAGCATTTCCCATCATGGTAATATTACAATGCAATGTAGCTAGCTTGCAGCCCTCAAAAGACACTCTTCGCTGAGAAGTCACGACTAGGAATTTACTGTGCCTGATACACTAAATT
CTCGTACCTAAGACAATCTGCATGAAATCCTGCTTGTGCAGGTGAGACGGGTTGCTTGCATTAGACCATCTGCATGAAGTTCTGTTTGTGCAGGTGAGAGACGGGTTGCTTGCATGGGCAAGGTGGCCCATGAGGTGTGAAACATGTTTCTTGGGGATTTGAATCTTGTTGGGGATTATGAAAAATCACTGCTTTACCAT
CAAAACCAAGACCCTGTTAATGAATATCTATGTTTGGATTCAGGATAATATCGAAATATTCCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAGATTCCTGTGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATTTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTTTC
TATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGATTT
TCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGAATATTTAGATTCAGGATAATATTGAAATATTTCTGTTTTTATTGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATATGTTGGAT
TTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTACTTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATTATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATG
GCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGGGATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCATACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTT
GGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAGTAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTGCAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATCGTTAT
AAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATTTTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCTTCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTAT
CAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTATGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTGAGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTGGAT
GACGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCACTGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCACCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATT
CCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTGGTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTGTTTTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGgtatgctacttttttccggat
ttttgtttgcacagcattattactgaagttcttctagatattttaggattagtaagtcaaatgagagttaaatccattagtactattacgcttgttgttttgtctaatttatcatatacttgtgtttgcagGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTC
GCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGGTATGTGTATGAATGGTGAAACTATCTCACCCTATCTGATTTCATTTTGTTTATGGGATATGGTAATGCTGTTGCAAAGATCTTCTCTTCCCTGCCTGTTTTTGACCTTAGTGTT
TTAGAGAAAATGGATGTTTGGTTGACTATCACGGTTCTCTGTCACAGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTGAGTATTATGGACTAACTCCATCAATGTTAAGAGTCAAGACAGTTGATTAGAGATGAATTACATTTAGTCATTGTATTCTTTCCATAAATGTATGATTTGGT
TGCATGTCCTATAAGCTTCGCTGAGTAATAGTGGGTTGAGTGTTGAAACTTTTCTTTGGATGAACTTAAATGCTGTTAACAGGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATGTG
TGTAGACAAGACTTGCACTCGTAGTTTTCATTTTGCATCCTTGTGGAGAACTCTACTTTGCGGTTGATTTGGGTTTTATGCATTGCGAGATATTCATATGCATTAGTTTTGTATCGATTCCTCTATTTATATTGATTGGCCTCAAGATTAAGATGCTGTCAATCCATCAGATGCACTCATTCAGAGTGGGGATGCTTCTT
GTGTTTCATGTTGGTTTATGCTAAAGTTTATGGAGTGGTGCAAGTCCACATATCTAAGATGTTTAGTTGAAACTCAGTTCCTTATTTTTGTGGTTCTTCTATGGCAGATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGA
AACATCCCCAGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGGTAGGTACACTAAGATCAACAAATAAGTATGGCGGCTGACTATGGTGTTGTGT
CAAATGAATGGAATTCTAGTGTATGGTTAGAAACTTAGATGTTTGTAGCACACTCAATATTTTTAGCCTGTCTCAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCTTTGCTCTGTAAGATTTGATTAGCATCGTTCTAGATTTTTATGACATGTTGGTGTGACTACATATAT
ATCCCTCAATATTCGTTGTACAATGGGATTAGGGTCTTAGTTATTGTCTGTCTGATTTATTCAGGGAGAAGCTTTATTTCAGACACATGAAAATTTGGAACATTTGGCTATGATGGAAAGGGTCCTGGGGACATTCCCTCAACATATGATTAAGAAGGCAGA