sp|P51567|AFC2_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase AFC2

Intron 1 GTGTGTAGAC ... TCTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.54	25	45	46
A2	54.78	26	32	31
A3	58.76	20	31	26
A4	55.56	28	40	30
A5	53.57	13	18	12
A6	44.26	17	20	7
A7	39.05	32	24	17
A8	52.94	8	12	6
A9	55.56	12	11	19
A10	59.18	10	16	13

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTCCGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTT
CCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGG
GTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGTATTTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTGCTGTGCTA
TTTTCACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGTAT
TCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTCCGGGAG
GTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATgtgtgtagacgatacttgcacttatctttacatttgatgtgggagggcttaaacatataatttaattttttaaggattgcttgcccactgccataactagattgcttcgttggtcatgttagctcacattttatgaggctagattgggcctttataagggtgttcataa
catctgtctaggattttcttctcctaatattgccaatgatctgtggcagATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGGTTGGCATATTAT
ATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAATGAATGAACTCTG
ATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATTGTTCTATGGTTT
AGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTTACATAGATACCT
GCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

Intron 2 GTAACTTAAC ... AAACACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.94	45	61	63
A2	65.43	28	49	57
A3	68.5	20	41	46
A4	44	35	31	24
A5	70.49	9	15	28
A6	48.8	32	27	34
A7	42.59	93	59	79
A8	45.95	60	52	50
A9	47.64	50	42	49
A10	38.1	78	49	47

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

AAGCTTTCCAATGTACAAATGTTAGTGCCTTTAAATTGGACCTATATCCAATCGCATTGTAATTTTTGACAGGACTGGGATGGAGCTATCCCTGTGATATTTGGAGTGTAGGATGCATCCTTGTGGAGCTTTGCTTGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTG
GGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAGCTTTCCAATGTACAAATGTTAGTGCCTTTAAATTGGACCTATATCCAATCGCATTGTAATTTTTGACAGGACTGGGATGGAGCTATCCCTGTGATATTTGGAGTGTAGGATGCATCCTTGTGGAGCTTTGCTTGgtaacttaacaaccataatcctttgtgtcaatgatattttacctgttataacttggaaataat
tttatcctgcttacgtataaaacacgcagGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

Intron 3 GTAAACTTTT ... AAATTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.2	55	33	35
A2	37.5	30	14	22
A3	34.29	23	12	12
A4	19.4	27	9	4
A5	38.46	12	7	8
A6	26.88	34	6	19
A7	20.78	101	14	39
A8	22.76	56	14	19
A9	31.34	46	15	27
A10	17.04	56	6	17

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTCCGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTT
CCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGG
GTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCAGTATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGAT
CTTGTCCGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGCTTGCCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAA
GGGTGTTCATAACATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGG
TTGGCATATTATATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAAT
GAATGAACTCTGATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATT
GTTCTATGGTTTAGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGgtaaactttttagactagtttatcttatgttaaaatttt
acatagatacctgcaggaatgatatttatgctacctgcattttaaattttcagGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

Intron 4 GTATGAGAGT ... CCCAATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.83	31.6	42	35
A2	43.48	30.6	33	14
A3	38.13	24.8	22	8
A4	66.97	10	32	8
A5	54.81	16.8	26	14
A6	37.63	15.4	8	10
A7	54.13	11.4	13	13
A8	44.62	13.2	8	13
A9	37.95	13.2	8	8
A10	43.83	26.6	35	6

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCAGTATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGAT
CTTGTCCGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGCTTGCCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAA
GGGTGTTCATAACATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGG
TTGGCATATTATATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAAT
GAATGAACTCTGATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATT
GTTCTATGGTTTAGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTT
ACATAGATACCTGCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGgtatgagagtattttcttttctgatgctgtactttgctgtgcta
ttttcacatgcacaatttaataaatggacatgttgggtaatatgctataaggatttcttgatttaaacatatattcttagaactttcaaatgatctttattttctttattcaaacctgagatgtatggcctttcccaatacagCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGTAT
TCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTCCGGGAG
GTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGCTTGCCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAAGGGTGTTCATAA
CATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGGTTGGCATATTAT
ATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAATGAATGAACTCTG
ATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATTGTTCTATGGTTT
AGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTTACATAGATACCT
GCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

Intron 5 GTTAGTTTTG ... GTAGGTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.09	32	17	8
A2	29.17	34	20	8
A3	23.26	33	15	5
A4	17.65	28	10	2
A5	10.45	30	6	1
A6	21.21	13	5	2
A7	17.95	16	6	1
A8	15.79	8	0	3
A9	0	4	0	0
A10	20.93	17	4	5

>TRINITY_DN133985_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTTCTGATAAGGTCACTTGAGAGCGTTTGTTTCGGCAATCTGATAACGCTATTTTCTTATTCTTCTATCTACAAACCCTTGAAACCCTAGGCCCCAGCGATTAAATTTCTTCCGCAGGTGTTGCGACTCAAGGTTTCAGATCGAGTGCGGCAGCACGTTAGAGCGTTTATTTCGGCCCTCTGAAGCTCCATCTTATTAT
TCTACCTACAAACCCTTGAAACCCTAACCCCAGCGACTCAATATTCCCTGTGGGTGTTGCGACTGAAGGGTTCAGATTGCGAGCGGCGGCCATGGCTTGTGTTGCAAAATATCATCGTCCTCCTCACATGCTTGATGAAAATCCCAGGAAACGCCGCAAGTTAACTTCGTCGTGGGATGTGCTTCCTTCTCAACTCCAGC
CAACACTGGTATTTACGGGCAAGGATTTTTGTATCGGAAAGATAAATGGAGAAGTGGAGGACACCCCTTTGTTAACAGGGGCGCAACCCTCCATATCCTCCTCAGACTGTAGTCGGTCTACGTCTTCAAATGTAAAATCCAAAGAAGAGGGCTCTCGCACTGGCTCCCCACCATGGCGCAGTGATGACAAGGATGGGCAT
TACATGTTTCAACTGGGAGAGAATTTGACGCCTCGATGTAAGAACATATATTTCACCGCTCTCTTTTTTATTTTGATTTTGAGGGTTTTTGCCCTTTTTGGAGTCTTAGATCTAAACGAGGGTTTTACTGATGATATCAAAACGTTCTTTACAAATTATCCTTTAACCTGATCTATTCTTCTAATCTGGTGAAAATATTT
TCTGCTGTCGTTTCGCAGATAAAATACTCAGTAAAATGGGCGAAGGTAAGCATCTATTTGTCCGGATTTGTTGGCTTTTTGTTGGTTTTTCATTATTATCGAACATGTCACAGTGGTTTCATCTGTCGGTGAAGGAGGGGGTTTTATTATTGCCCTCCCAGGGTTTCAAGTCTCAAAGTAGTGACACGATATCGCCTCAT
TTGTCAGCACCCTGACAAACGGTTTTTATGGCTGTTAAGCTAGGCCGTGTGGTCACACCCAAAACGTGTGACAAGAAATCTCACCTCTTTAATAGGTGATGGATAGCTGGCACACTAGAGTCTCAAGTGGCAACATGTAGAGATATGACTGAGAGCCTTTTTGTTGGTTTTTTCTTATTATCGAACATGCCACAGGGTTT
TCCTCTGGGTGAATGAGGGGTTTTGTTATTACCCTCCCAGGGTTTCAAGTCTCTAAAGAAGTGGCACGTTATCGCCTCATTGGTCAGCACCCTGATACAAAGGTTTTTTATGGCTGTTAAGTTAGGCCGGGTGGTCACATCCATAAAGCGTGACAAGAAATCTCACCTCTTTAGTAGGTGAATGAATGGCTGGCACACTA
AAGACTCAAGAGGCAAGATTCAGAGATATGTTTTAATTTTTAAAATTGAGAGCCTTTTTTTGGCTTTATATTATTATCGAATATGTCACAGGGGTTTCCTGTCTTTTTATTATTATCGAACATGTCACAGGGGTTTCCTCTGTCGGTGAAAGAGGCGTTTTGTTGTTGCCCTCCCAGGGTTTCAAGTCTCTAAATAAGTG
ACACGTTATTGCTTCATTGCTCAGCTCCCTGATAGAAAGGGTTTTTATGATAGAAAGGGTTTTTATGCCTGTTAAGTTAGGCCGGGTGGTCACACCCATAAAGTGTGACAAGAAATCTCACCTCTGTAATAGGTGATGGATGGCTGGCACACTAGAGTCTCAAGGGGAAACATGTAGACATGTTTTAATTTTTGAAACTG
GGAGCCTTATTTTGGCTTTTAATTATTAGCGAACATGTCGCAGGGGTTTTCTCTGTCGGTGAAGGAGGGGTTTTGTTATTGGCCTCCCAGGAAAGTAGTGACACAATATCGCCTCATTCATCAGCACCCTGGTTTGAAGTCTCTAAAGAAGTGACACACGTTATCGCCTCATTGGTCATCACACTGATACAAAGGGTTTT
TATGGCTGTTAAGCTAGGATGTGTGGTCACATCCAAAACGTGTGACAAGAAATCTCACCTCTTTAATAGGTGATGGATAGCTGGCACACTAGAGTCTCAAGTGGCAACATGTAGAGATATGACTGAGAGCCT

>TRINITY_DN133985_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTCTGATAAGGTCACTTGAGAGCGTTTGTTTCGGCAATCTGATAACGCTATTTTCTTATTCTTCTACCTACAAACCCTTGAAACCCTAGCCCCAGCGATTAAATTTCTTCCGCAGGTGTTCCGACTCAAGGGTTCAGATCGAGTGCGTTCAAATCGAGTGCGGCAGCACATGGTTCAGATCGAGTGCGGCAGCACATT
AGAGCGTTTATTTCGGCCCTCTGAAGCTCCATCTTATTATTCTACCTACAAACCCTTGAAACCCTAACCCCAGCGACTCAATATTCCCTGTGGGTGTTGCGACTGAAGGGTTCAGATTGCGAGCGGCGGCCATGGCTTGTGTTGCAAAATATCATCGTCCTCCTCACATGCTTGATGAAAATCCCAGGAAACGCCGCAAG
TTAACTTCGTCGTGGGATGTGCTTCCTTCTCAACTCCAGgttagttttgtatttgtgcctgtaattgttttccttgtagatctgattgtcagtgtttagatcacagggttttcattgtatggtcaagagggttttgcaaagttttaggaaaaatgataagcggctgtgtgtaggtccagCCAACACTGGTATTTACGGGC
AAGGATTTTTGTATCGGAAAGATAAATGGAGAAGTGGAGGACACCCCTTTGTTAACAGGGGCGCAACCCTCCATATCCTCCTCAGACTGTAGTCGGTCTACGTCTTCAAATGTAAAATCCAAAGAAGAGGGCTCTCGCACTGGCTCCCCACCATGGCGCAGTGATGACAAGGATGGGCATTACATGTTTCAACTGGGAGA
GAATTTGACGCCTCGATGTAAGAACATATATTTCACCGCTCTCTTTTTTATTTTGATTTTGAGGGTTTTTGCCCTTTTTGGAGTCTTAGATCTAAACGAGGGTTTTACTGATGATATCAAAACGTTCTTTACAAATTATCCTTTAACCTGATCTATTCTTCTAATCTGGTGAAAATATTTTCTGCTGTCGTTTCGCAGAT
AAAATACTCAGTAAAATGGGCGAAGGTAAGCATCTATTTGTCCGGATTTGTTGGCTTTTTGTTGGTTTTTCATTATTATCGAACATGTCACAGTGGTTTCATCTGTCGGTGAAGGAGGGGGTTTTATTATTGCCCTCCCAGGGTTTCAAGTCTCAAAGTAGTGACACGATATCGCCTCATTTGTCAGCACCCTGACAAAC
GGTTTTTATGGCTGTTAAGCTAGGCCGTGTGGTCACACCCAAAACGTGTGACAAGAAATCTCACCTCTTTAATAGGTGATGGATAGCTGGCACACTAGAGTCTCAAGTGGCAACATGTAGAGATATGACTGAGAGCCTTTTTGTTGGTTTTTTCTTATTATCGAACATGCCACAGGGTTTTCCTCTGGGTGAATGAGGGG
TTTTGTTATTACCCTCCCAGGGTTTCAAGTCTCTAAAGAAGTGGCACGTTATCGCCTCATTGGTCAGCACCCTGATACAAAGGTTTTTTATGGCTGTTAAGTTAGGCCGGGTGGTCACATCCATAAAGCGTGACAAGAAATCTCACCTCTTTAGTAGGTGAATGAATGGCTGGCACACTAAAGACTCAAGAGGCAAGATT
CAGAGATATGTTTTAATTTTTAAAATTGAGAGCCTTTTTTTGGCTTTATATTATTATCGAATATGTCACAGGGGTTTCCTGTCTTTTTATTATTATCGAACATGTCACAGGGGTTTCCTCTGTCGGTGAAAGAGGCGTTTTGTTGTTGCCCTCCCAGGGTTTCAAGTCTCTAAATAAGTGACACGTTATTGCTTCATTGC
TCAGCTCCCTGATAGAAAGGGTTTTTATGATAGAAAGGGTTTTTATGCCTGTTAAGTTAGGCCGGGTGGTCACACCCATAAAGTGTGACAAGAAATCTCACCTCTGTAATAGGTGATGGATGGCTGGCACACTAGAGTCTCAAGGGGAAACATGTAGACATGTTTTAATTTTTGAAACTGGGAGCCTTATTTTGGCTTTT
AATTATTAGCGAACATGTCGCAGGGGTTTTCTCTGTCGGTGAAGGAGGGGTTTTGTTATTGGCCTCCCAGGAAAGTAGTGACACAATATCGCCTCATTCATCAGCACCCTGTTTTGAAGTCTCTGAAGAAGTGACACACGTTATCGCCTCATTGGTCATCACACTGATACAAAGGGTTTTTATGGCTGTTAAGCTAGGAT
GTGTGGTCACATCCAAAACGTGTGACAAGAAATCTCACCTCTTTAATAGGTGATGGATAGCTGGCACACTAGAGTCTCAAGTGGCAACATGTAGAGATATGACTGAGAGCCTTTAGGTCGTGCGGTCACACCCATAAATCTCATCTCTTTAATAGGTGATGGAGGGTTGGCACACTAGAGTCTCAAGAGGCAAACATGTA
GAGACGTGTTTTAATTTCTGAAACTGAGCCTTTTTTTGTTTCTCGAATACGTAGATAAAATTTTGGGTGCTTGAACATTGGATAAATTTTATATGACGGAAGCATGTCCAATGTTTACAGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAA
AAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACG

Intron 6 GTCAGTATTC ... GTAAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.74	23	37	69
A2	66.07	19	23	51
A3	62.5	21	22	48
A4	56.9	25	16	50
A5	53.85	12	10	18
A6	51.02	24	12	38
A7	57.14	18	10	38
A8	66.04	9	13	22
A9	50	14	10	18
A10	45.83	13	3	19

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTCCGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTT
CCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGG
GTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAgtcagtattctgtagcaattcataccttaattcttttttctttacaaacgcctaagagtagtctgcattatgtatatggttgttagagtgtgtgtttaaggttgtggatggatgtaaaaacagGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGAT
CTTGTCCGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGCTTGCCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAA
GGGTGTTCATAACATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGG
TTGGCATATTATATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAAT
GAATGAACTCTGATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATT
GTTCTATGGTTTAGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTT
ACATAGATACCTGCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

Intron 7 GTATGAGAGT ... TCTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.69	21	42	46
A2	59.26	22	33	31
A3	51.06	23	22	26
A4	68.89	14	32	30
A5	57.58	14	26	12
A6	33.33	15	8	7
A7	51.72	14	13	17
A8	33.33	14	8	6
A9	69.23	6	8	19
A10	52.17	22	35	13

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAA
AATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCT
TGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGG

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGgtatgagagtattttcttttctgatgctgtactttgctgtgcta
ttttcacatgcacaatttaataaatggacatgttgggtaatatgctataaggatttcttgatttaaacatatattcttagaactttcaaatgatctttattttctttattcaaacctgagatgtatggcctttcccaatacagctgtgtgcagatgcgcgaatggtttgactatcggaatcacacttgcatagtcagtat
tctgtagcaattcataccttaattctttttttctttacaaacgcctaagagtagtctgcattatgtatatggttgttagagtgtgtgtttaaggttgtggatggatgtaaaaacaggtctttgagaagcttggcccaagcttatatgatttcctacggaaaaacaattacagcccatttcccattgatcttgtccgggag
gttggaaggcaactgttggaatctgtagcatgtgtgtagacgatacttgcacttatctttacatttgatgtgggagggcttaaacatataatttaattttttaaggattgcttgcccactgccataactagattgcttcgttggtcatgttagctcacattttatgaggctagattgggcctttataagggtgttcataa
catctgtctaggattttcttctcctaatattgccaatgatctgtggcagATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGGTTGGCATATTAT
ATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAATGAATGAACTCTG
ATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATTGTTCTATGGTTT
AGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTTACATAGATACCT
GCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

Intron 8 GTCAGTATTC ... GTAAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.91	11	38.3	45.7
A2	60.4	14.3	21.7	24.3
A3	56.35	17.7	20.7	26.7
A4	68.19	11.7	18	23.3
A5	54.04	8.7	11.3	9.3
A6	65.11	10	10.7	16
A7	70.46	7.3	9.7	15.3
A8	69.17	5.7	15.3	10
A9	50.27	9.3	9.3	9.3
A10	51.3	7.7	5.7	10.3

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTCCGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTT
CCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGG
GTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGTATTTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTGCTGTGCTA
TTTTCACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAgtcagtat
tctgtagcaattcataccttaattctttttttctttacaaacgcctaagagtagtctgcattatgtatatggttgttagagtgtgtgtttaaggttgtggatggatgtaaaaacagGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTCCGGGAG
GTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGCTTGCCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAAGGGTGTTCATAA
CATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGGTTGGCATATTAT
ATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAATGAATGAACTCTG
ATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATTGTTCTATGGTTT
AGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTTACATAGATACCT
GCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

Intron 9 GTAGATTGCT ... TGTTCAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.33	28.3	31	22
A2	41.63	37.3	37	16
A3	39.58	23.7	20	11
A4	41.75	30	22	21
A5	43.62	21.3	15	18
A6	41.65	12	7	10
A7	44.02	23	15	21
A8	42.17	11.7	6	11
A9	43.35	17.7	16	11
A10	42.13	16.7	11	13

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAA
AATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCT
TGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGG

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCAGTATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGAT
CTTGTCCGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGCTTGCCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAA
GGGTGTTCATAACATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGgtagattgctcgcgtgttgttactgaatataattgaatttgtcatgg
ttggcatattatatgttgccgacatggctcaactcagttgataatattgtttattattatagtagctccagcaaaaagctggtgtatgaaataacatattgtttctttgtatttttatgccttctactgttaacaatcgttacgatcaaacattttaacatattgctaagatcaacattctaacatgcatttatctcaat
gaatgaactctgataacattattgttgttcaaaagGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATT
GTTCTATGGTTTAGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTT
ACATAGATACCTGCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

Intron 10 GTCAGTATTC ... TCTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.16	8	39	46
A2	65	14	21	31
A3	60.53	15	20	26
A4	63.64	14	19	30
A5	75	4	12	12
A6	48.57	9	10	7
A7	62.79	8	10	17
A8	69.7	5	17	6
A9	66.67	7	9	19
A10	100	0	7	13

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCT
CAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAG
AAAGCAGAGTGAGTTTCGT

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGTATTTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTGCTGTGCTA
TTTTCACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAgtcagtat
tctgtagcaattcataccttaattctttttttctttacaaacgcctaagagtagtctgcattatgtatatggttgttagagtgtgtgtttaaggttgtggatggatgtaaaaacaggtctttgagaagcttggcccaagcttatatgatttcctacggaaaaacaattacagcccatttcccattgatcttgtccgggag
gttggaaggcaactgttggaatctgtagcatgtgtgtagacgatacttgcacttatctttacatttgatgtgggagggcttaaacatataatttaattttttaaggattgcttgcccactgccataactagattgcttcgttggtcatgttagctcacattttatgaggctagattgggcctttataagggtgttcataa
catctgtctaggattttcttctcctaatattgccaatgatctgtggcagATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGGTTGGCATATTAT
ATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAATGAATGAACTCTG
ATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATTGTTCTATGGTTT
AGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTTACATAGATACCT
GCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

Intron 11 GTCAGTATTC ... TCTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.84	8	37	46
A2	65.85	14	23	31
A3	61.54	15	22	26
A4	62.16	14	16	30
A5	73.33	4	10	12
A6	51.35	9	12	7
A7	62.79	8	10	17
A8	65.52	5	13	6
A9	67.44	7	10	19
A10	100	0	3	13

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCT
CAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAG
AAAGCAGAGTGAGTTTCGT

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAgtcagtattctgtagcaattcataccttaattcttttttctttacaaacgcctaagagtagtctgcattatgtatatggttgttagagtgtgtgtttaaggttgtggatggatgtaaaaacaggtctttgagaagcttggcccaagcttatatgatttcctacggaaaaacaattacagcccatttcccattgat
cttgtccgggaggttggaaggcaactgttggaatctgtagcatgtgtgtagacgatacttgcacttatctttacatttgatgtgggagggcttaaacatataatttaattttttaaggattgcttgcccactgccataactagattgcttcgttggtcatgttagctcacattttatgaggctagattgggcctttataa
gggtgttcataacatctgtctaggattttcttctcctaatattgccaatgatctgtggcagATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGG
TTGGCATATTATATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAAT
GAATGAACTCTGATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATT
GTTCTATGGTTTAGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTT
ACATAGATACCTGCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT

Intron 12 GTTAGTTTTG ... CTGTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.91	31	17	7
A2	29.17	34	20	8
A3	22.89	32	15	4
A4	17.65	28	10	2
A5	10.45	30	6	1
A6	21.21	13	5	2
A7	16.67	15	6	0
A8	15.79	8	0	3
A9	0	4	0	0
A10	18.92	15	4	3

>TRINITY_DN133985_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTTCTGATAAGGTCACTTGAGAGCGTTTGTTTCGGCAATCTGATAACGCTATTTTCTTATTCTTCTACCTACAAACCCTTGAAACCCTAGCCCCAGCGATTAAATTTCTTCCGCAGGTGTTCCGACTCAAGGGTTCAGATCGAGTGCGTTCAAATCGAGTGCGGCAGCACATGGTTCAGATCGAGTGCGGCAGCACATT
AGAGCGTTTATTTCGGCCCTCTGAAGCTCCATCTTATTATTCTACCTACAAACCCTTGAAACCCTAACCCCAGCGACTCAATATTCCCTGTGGGTGTTGCGACTGAAGGGTTCAGATTGCGAGCGGCGGCCATGGCTTGTGTTGCAAAATATCATCGTCCTCCTCACATGCTTGATGAAAATCCCAGGAAACGCCGCAAG
TTAACTTCGTCGTGGGATGTGCTTCCTTCTCAACTCCAGGTCCAGCCAACACTGGTATTTACGGGCAAGGATTTTTGTATCGGAAAGATAAATGGAGAAGTGGAGGACACCCCTTTGTTAACAGGGGCGCAACCCTCCATATCCTCCTCAGACTGTAGTCGGTCTACGTCTTCAAATGTAAAATCCAAAGAAGAGGGCTC
TCGCACTGGCTCCCCACCATGGCGCAGTGATGACAAGGATGGGCATTACATGTTTCAACTGGGAGAGAATTTGACGCCTCGATGTAAGAACATATATTTCACCGCTCTCTTTTTTATTTTGATTTTGAGGGTTTTTGCCCTTTTTGGAGTCTTAGATCTAAACGAGGGTTTTACTGATGATATCAAAACGTTCTTTACAA
ATTATCCTTTAACCTGATCTATTCTTCTAATCTGGTGAAAATATTTTCTGCTGTCGTTTCGCAGATAAAATACTCAGTAAAATGGGCGAAGGTAAGCATCTATTTGTCCGGATTTGTTGGCTTTTTGTTGGTTTTTCATTATTATCGAACATGTCACAGTGGTTTCATCTGTCGGTGAAGGAGGGGGTTTTATTATTGCC
CTCCCAGGGTTTCAAGTCTCAAAGTAGTGACACGATATCGCCTCATTTGTCAGCACCCTGACAAACGGTTTTTATGGCTGTTAAGCTAGGCCGTGTGGTCACACCCAAAACGTGTGACAAGAAATCTCACCTCTTTAATAGGTGATGGATAGCTGGCACACTAGAGTCTCAAGTGGCAACATGTAGAGATATGACTGAGA
GCCTTTTTGTTGGTTTTTTCTTATTATCGAACATGCCACAGGGTTTTCCTCTGGGTGAATGAGGGGTTTTGTTATTACCCTCCCAGGGTTTCAAGTCTCTAAAGAAGTGGCACGTTATCGCCTCATTGGTCAGCACCCTGATACAAAGGTTTTTTATGGCTGTTAAGTTAGGCCGGGTGGTCACATCCATAAAGCGTGAC
AAGAAATCTCACCTCTTTAGTAGGTGAATGAATGGCTGGCACACTAAAGACTCAAGAGGCAAGATTCAGAGATATGTTTTAATTTTTAAAATTGAGAGCCTTTTTTTGGCTTTATATTATTATCGAATATGTCACAGGGGTTTCCTGTCATGACTGAGAGCCTTTTTTTGGCTTTTTATTATTATCGAACATGTCACAGG
GGTTTCATCCGTCGGTGAAGGAGGGGGTTTTATTGTTGCCCTCCCAGGGTTTCAAGTCTCAAAGTAGTGACACAATATCGCCTCATTCATCAGCACCCTGACAAAGGGTTTTTATGGCTGTTAAGCTAGGATGTGTGGTCACATCCAAAACGTGTGACAAGAAATCTCACCTCTTTAATAGGTGATGGATAGCTGGCACA
CTAGAGTCTCAAGTGGCAACATGTAGAGATATGACTGAGAGCCT

>TRINITY_DN133985_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTCTGATAAGGTCACTTGAGAGCGTTTGTTTCGGCAATCTGATAACGCTATTTTCTTATTCTTCTACCTACAAACCCTTGAAACCCTAGCCCCAGCGATTAAATTTCTTCCGCAGGTGTTCCGACTCAAGGGTTCAGATCGAGTGCGTTCAAATCGAGTGCGGCAGCACATGGTTCAGATCGAGTGCGGCAGCACATT
AGAGCGTTTATTTCGGCCCTCTGAAGCTCCATCTTATTATTCTACCTACAAACCCTTGAAACCCTAACCCCAGCGACTCAATATTCCCTGTGGGTGTTGCGACTGAAGGGTTCAGATTGCGAGCGGCGGCCATGGCTTGTGTTGCAAAATATCATCGTCCTCCTCACATGCTTGATGAAAATCCCAGGAAACGCCGCAAG
TTAACTTCGTCGTGGGATGTGCTTCCTTCTCAACTCCAGgttagttttgtatttgtgcctgtaattgttttccttgtagatctgattgtcagtgtttagatcacagggttttcattgtatggtcaagagggttttgcaaagttttaggaaaaatgataagcggctgtgtgtagGTCCAGCCAACACTGGTATTTACGGGC
AAGGATTTTTGTATCGGAAAGATAAATGGAGAAGTGGAGGACACCCCTTTGTTAACAGGGGCGCAACCCTCCATATCCTCCTCAGACTGTAGTCGGTCTACGTCTTCAAATGTAAAATCCAAAGAAGAGGGCTCTCGCACTGGCTCCCCACCATGGCGCAGTGATGACAAGGATGGGCATTACATGTTTCAACTGGGAGA
GAATTTGACGCCTCGATGTAAGAACATATATTTCACCGCTCTCTTTTTTATTTTGATTTTGAGGGTTTTTGCCCTTTTTGGAGTCTTAGATCTAAACGAGGGTTTTACTGATGATATCAAAACGTTCTTTACAAATTATCCTTTAACCTGATCTATTCTTCTAATCTGGTGAAAATATTTTCTGCTGTCGTTTCGCAGAT
AAAATACTCAGTAAAATGGGCGAAGGTAAGCATCTATTTGTCCGGATTTGTTGGCTTTTTGTTGGTTTTTCATTATTATCGAACATGTCACAGTGGTTTCATCTGTCGGTGAAGGAGGGGGTTTTATTATTGCCCTCCCAGGGTTTCAAGTCTCAAAGTAGTGACACGATATCGCCTCATTTGTCAGCACCCTGACAAAC
GGTTTTTATGGCTGTTAAGCTAGGCCGTGTGGTCACACCCAAAACGTGTGACAAGAAATCTCACCTCTTTAATAGGTGATGGATAGCTGGCACACTAGAGTCTCAAGTGGCAACATGTAGAGATATGACTGAGAGCCTTTTTGTTGGTTTTTTCTTATTATCGAACATGCCACAGGGTTTTCCTCTGGGTGAATGAGGGG
TTTTGTTATTACCCTCCCAGGGTTTCAAGTCTCTAAAGAAGTGGCACGTTATCGCCTCATTGGTCAGCACCCTGATACAAAGGTTTTTTATGGCTGTTAAGTTAGGCCGGGTGGTCACATCCATAAAGCGTGACAAGAAATCTCACCTCTTTAGTAGGTGAATGAATGGCTGGCACACTAAAGACTCAAGAGGCAAGATT
CAGAGATATGTTTTAATTTTTAAAATTGAGAGCCTTTTTTTGGCTTTATATTATTATCGAATATGTCACAGGGGTTTCCTGTCTTTTTATTATTATCGAACATGTCACAGGGGTTTCCTCTGTCGGTGAAAGAGGCGTTTTGTTGTTGCCCTCCCAGGGTTTCAAGTCTCTAAATAAGTGACACGTTATTGCTTCATTGC
TCAGCTCCCTGATAGAAAGGGTTTTTATGATAGAAAGGGTTTTTATGCCTGTTAAGTTAGGCCGGGTGGTCACACCCATAAAGTGTGACAAGAAATCTCACCTCTGTAATAGGTGATGGATGGCTGGCACACTAGAGTCTCAAGGGGAAACATGTAGACATGTTTTAATTTTTGAAACTGGGAGCCTTATTTTGGCTTTT
AATTATTAGCGAACATGTCGCAGGGGTTTTCTCTGTCGGTGAAGGAGGGGTTTTGTTATTGGCCTCCCAGGAAAGTAGTGACACAATATCGCCTCATTCATCAGCACCCTGTTTTGAAGTCTCTGAAGAAGTGACACACGTTATCGCCTCATTGGTCATCACACTGATACAAAGGGTTTTTATGGCTGTTAAGCTAGGAT
GTGTGGTCACATCCAAAACGTGTGACAAGAAATCTCACCTCTTTAATAGGTGATGGATAGCTGGCACACTAGAGTCTCAAGTGGCAACATGTAGAGATATGACTGAGAGCCTTTAGGTCGTGCGGTCACACCCATAAATCTCATCTCTTTAATAGGTGATGGAGGGTTGGCACACTAGAGTCTCAAGAGGCAAACATGTA
GAGACGTGTTTTAATTTCTGAAACTGAGCCTTTTTTTGTTTCTCGAATACGTAGATAAAATTTTGGGTGCTTGAACATTGGATAAATTTTATATGACGGAAGCATGTCCAATGTTTACAGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAA
AAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACG

Intron 13 GTGAGCTTAG ... TTTACAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.83	36.7	33	31
A2	32.08	24.7	13	10
A3	31.74	28.3	16	10
A4	56.63	12.7	18	14
A5	66.28	11	26	17
A6	28.74	29	15	8
A7	34.93	42	30	11
A8	39.21	32.7	22	16
A9	40.32	17	15	7
A10	39.23	20.7	13	12

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAA
AATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCT
TGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGG

>TRINITY_DN123762_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCAGTATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGAT
CTTGTCCGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGCTTGCCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAA
GGGTGTTCATAACATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGG
TTGGCATATTATATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAAT
GAATGAACTCTGATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGgtgagcttagaaagatt
gttctatggtttagccagcagtttgaaaggaccaatgtcaattcaatcatgttgaatccaaacccctttgtatttacaatttatgttttacaacagGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTT
ACATAGATACCTGCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGGGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAATTTAGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTGGGGCCATTGCCTCAACGTATGATAAAGAAAGCAGAGTGAGTTTCGT