NA ----> NA

Intron 1 GCTTATAGAC ... AAAAACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.43	3	7	8
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A4	43.75	9	2	12
A5	56.76	8	16	5
A6	62.73	30	70	31
A7	59.52	34	72	28
A8	58.78	54	95	59
A9	56.46	32	49	34
A10	63.76	27	69	26

>TRINITY_DN43650_c1_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

TTCCCATTCTCTGATTTTTCAAATGAATGCACCCTTGCTATAAATGCAAGCCTGTGCAAGCCAAGATGTTTTGCATGGGAGTGATGTGAGGCCAACAATGTTTGCATGGAAGCTATATAAAATGACTCGATGGTAGTGGGAGGCGGGAGCGATGGAGGTTTGGCGGTGCAGAGTAGTGGTTTATGGCTTATGTGCGTTAT
AGGTTAAGTCTGGTTTTGGGGCGCTCACAGAAAACCTGGGGACGACCAGCTTCCCCCTCCATCGATCAGGCGGTGTCGGTATTTTCCTCTGTCTGTTTTTTTGGGCATTTCTTTGTTGTCGTTGTTGTGGTTTTATCACGCTAGGGACAGCGACGTGAACCCTCCGTTTGGGTTTTATTCACACGAATTGTTATTTTGGG
TGCCGTCCACTTTGCTGTGGTGAGGGTCCCCGGGTTTACTCCCTGGCGCTTCACCTTCCGTTTTTGTCAAAGACTGGGTTTAGCCGACCGGGGGTTGCGGGTTTTTCCGGGAAACATGTATATCATCATTATCTGGGTTTAAGCGACAGGGCCGGTTTGTTGTCTGTTGTTTTTTGGGTCCGGCCACAACTTTACGGCCT
CCTTTCGCCGGTCTCTGTCGGGGTTTGAACTGGACGTGGATCGAAGTTCCGGGCATCTTTATCTTCTTGCATCAGCCGGGGTTAAACACAGTTTCTGCTTCTCACTTGGGGTTTGTTACTACTTGAGTTGAGGTGCACGGGAGCTCGGATCTTTTGGCACCTGGATTTGTGTGGGTTTAAACTGCTCTATCTGTCAGATG
GGGGAACAGGTGGCGACTCCACATGCCTTGGTTGATAACCCCATGACTGCCTCGGATTACAGAATAGAGGAGGCGGGCTTATTCAAACCTGACTCCTATTTTCATGGTATGCTACATGGCAAACGTCCTCTTGCCTCGGGTAGTCGGCAAAGAGATCCACATGCCAAACATGTGCCTAAAAAAGGTCACCTGCCTTTGTT
GGGGATTCCTGGGGTGACATCAGGCTCTGACCCTTCGGTCAATAGCGCTCGGGCTTGTCCGTCTCGTGTGCAGGGTAAGAAACCGCAGCATGTCTCTCGTGCTGCTCATCGTCTAAGTGAGAAGTTCTGCTGCCGCCCTGGAGAGGTCCGGCTTACTATGGGCCGGGATCTGGGCTTAGAAGAGCTGGTTGATTTCAATG
TGACCGTTTTGGTGGGGAAATTCTCCTATTTTGCAATGGATCGAAAGGACATTGTGGGGTGGGTTACTGAAAAATGGAAGCCCATTGTGGGTTACACTCCCCAGGTTTTTGCTTTGGCGCGTGGTTGGTATGGTTTCAAGTTTGAGCAGGAAATTCACTGTACGACAATCTTAAACCGGTTGTGGCTCCATGGTGCTGGC
AGCCTCATGTTACAGAAGTGGCATACTGATTTTGACCCAGATTCGGCTACTGTTCGCTTGCGACATTTATGGGTTCTCATTCCAGGCCTTCCGCTTGCACTCTGGAATCGTGGGGCATTTGAAGCTATTGGTAATAGCTTGGGTCGTTTTCTACATGTGGAGGATGAGCACCTTACAGGTTTTGACCGTCGTATGGGGCG
GCTCTTGGTCGAGGTTGACATCTCTTTGGGGCTCATTGGTGTTCTCCACATCAACTGGAGGGGCCGTCGGCTGGACTTGGTTATCGACTATTGGGGTATCCCCTTTCGTTGTTCTAATTGTAAACAGGTGGGTCACCTTTGGAGGCAATGCACTCAGCGTTTCTCATCTGGTCGTCCGGTGGGGGCGGGCCCATTTTGGT
CTTCGGACGATGGCAGCGACAAGGAGGTGGATACAAACGGCGGTCTTGACGGTTTCTCCAACAGGGTTTCATTTCTGGTTAACTCGGCTGCGGGACTATTGGGTAAAAAATGCATGGCAGAAGATGGTCTGATGTGCTTGATCTTACTGTCGATCCAGAACTTGCTGGAGGGCCTTTTCCCACGAACTTTTATACAGACT
TAATATGCTGCCACTAGAAGATATCTACCTCTCCATAATTTGTACTGTTGTGAAAGACATTTTCTGTCTTCTTTGTCTTTTACATAGCATATAATACTTGTACAACAATTTTCATAGTGCTTGTATCTATATGAACTACTGTTGCACAATTTTGCCCCTTTATCGGGAAGCTGATGAAATGTAAAAATCACCTAGAATTT
TTGCAGTGACTATGTTTATTTCAGTCTAGATGAAAAGAAGGATACAAGTGATCAATATATCAGTTACATTTTCTATTTTTTTGAACCTATTACATATAGACTCAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAA
TGTTTG

>TRINITY_DN43650_c1_g1_i13 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTCCCATTCTCTGATTTTTCAAATGAATGCACCCTTGCTATAAATGCAAGCCTGTGCAAGCCAAGATGTTTTGCATGGGAGTGATGTGAGGCCAACAATGTTTGCATGGAAGCTATATAAAATGACTCGATGGTAGTGGGAGGCGGGAGCGATGGAGGTTTGGCGGTGCAGAGTAGTGGTTTATGGCTTATGTGCGTTAT
AGGTTAAGTCTGGTTTTGGGGCGCTCACAGAAAACCTGGGGACGACCAGCTTCCCCCTCCATCGATCAGGCGGTGTCGGTATTTTCCTCTGTCTGTTTTTTTGGGCATTTCTTTGTTGTCGTTGTTGTGGTTTTATCACGCTAGGGACAGCGACGTGAACCCTCCGTTTGGGTTTTATTCACACGAATTGTTATTTTGGG
TGCCGTCCACTTTGCTGTGGTGAGGGTCCCCGGGTTTACTCCCTGGCGCTTCACCTTCCGTTTTTGTCAAAGACTGGGTTTAGCCGACCGGGGGTTGCGGGTTTTTCCGGGAAACATGTATATCATCATTATCTGGGTTTAAGCGACAGGGCCGGTTTGTTGTCTGTTGTTTTTTGGGTCCGGCCACAACTTTACGGCCT
CCTTTCGCCGGTCTCTGTCGGGGTTTGAACTGGACGTGGATCGAAGTTCCGGGCATCTTTATCTTCTTGCATCAGCCGGGGTTAAACACAGTTTCTGCTTCTCACTTGGGGTTTGTTACTACTTGAGTTGAGGTGCACGGGAGCTCGGATCTTTTGGCACCTGGATTTGTGTGGGTTTAAACTGCTCTATCTGTCAGATG
GGGGAACAGGTGGCGACTCCACATGCCTTGGTTGATAACCCCATGACTGCCTCGGATTACAGAATAGAGGAGGCGGGCTTATTCAAACCTGACTCCTATTTTCATGGTATGCTACATGGCAAACGTCCTCTTGCCTCGGGTAGTCGGCAAAGAGATCCACATGCCAAACATGTGCCTAAAAAAGGTCACCTGCCTTTGTT
GGGGATTCCTGGGGTGACATCAGGCTCTGACCCTTCGGTCAATAGCGCTCGGGCTTGTCCGTCTCGTGTGCAGGGTAAGAAACCGCAGCATGTCTCTCGTGCTGCTCATCGTCTAAGTGAGAAGTTCTGCTGCCGCCCTGGAGAGGTCCGGCTTACTATGGGCCGGGATCTGGGCTTAGAAGAGCTGGTTGATTTCAATG
TGACCGTTTTGGTGGGGAAATTCTCCTATTTTGCAATGGATCGAAAGGACATTGTGGGGTGGGTTACTGAAAAATGGAAGCCCATTGTGGGTTACACTCCCCAGGTTTTTGCTTTGGCGCGTGGTTGGTATGGTTTCAAGTTTGAGCAGGAAATTCACTGTACGACAATCTTAAACCGGTTGTGGCTCCATGGTGCTGGC
AGCCTCATGTTACAGAAGTGGCATACTGATTTTGACCCAGATTCGGCTACTGTTCGCTTGCGACATTTATGGGTTCTCATTCCAGGCCTTCCGCTTGCACTCTGGAATCGTGGGGCATTTGAAGCTATTGGTAATAGCTTGGGTCGTTTTCTACATGTGGAGGATGAGCACCTTACAGGTTTTGACCGTCGTATGGGGCG
GCTCTTGGTCGAGGTTGACATCTCTTTGGGGCTCATTGGTGTTCTCCACATCAACTGGAGGGGCCGTCGGCTGGACTTGGTTATCGACTATTGGGGTATCCCCTTTCGTTGTTCTAATTGTAAACAGGTGGGTCACCTTTGGAGGCAATGCACTCAGCGTTTCTCATCTGGTCGTCCGGTGGGGGCGGGCCCATTTTGGT
CTTCGGACGATGGCAGCGACAAGGAGGTGGATACAAACGGCGGTCTTGACGGTTTCTCCAACAGGGTTTCATTTCTGGTTAACTCGGCTGCGGGACTATTGGgcttatagactctttctccaactgcttgttggatttttgatccggttggatattcagcactatactttttgctcattgtcatttctgctatatttgtc
atatgtgtccaggccttgggctgttttggacctatatatctgtatatgtctttagttttgtcattgttgatacttctgacactttgcacttggagatggtttattattcggtcttacttgctgttggggatatgatgctcgtatttttggacatccattaatgtttatgtgatgggtcatgacatagatcctggttagtg
atgatgacttgggggcccatgaggtgatatgactcacatgcctgcatgtattgttggcatgatgtactggttttatttactatttcgcggtattaatagtaagctatattttcatttggaaaaaaaaaaacctacaactaattatggtgcaatgcttgatcatttttggacaaatttgcatgcaactagtctgcacttta
atgtctcagatgcatactggactgatcatttcaacaactttctatcaatccctcttaacaacaatttaactattttcattctcatattcgaataccaggtgctatgatgctctgtactttttttgaatctgttcccgattcaatactgccaaaatattgcaactttaaatggatctgaaaatcgaggaaaaatccccttt
tccttcacacaagcatgtgccattgctctttcctctctttttacttagaaaaaaaaacagctacaaattttaggcatccttgccttctctgccacaagcttttcccttgtattaaaattgtgctttttgacaaacattctttcatcgtcgtcaaatatgtgtagaaatccatgttgcattgtgtatatgcttccctcctt
gatctattttaaagaacaatgaatagatgctgccatctttggaaaggagcaaaggaatctgttgatgcaggggacacatacttcagttatatcatttggcactacaaacaactatgaactcttcttcctatgtgattgcagagacatagggtattcatggtttcatccttggcattgttaattgtagctaggcaggaatt
tttcatttgcattttcccatcaactttgtaccattgctttttgaaaattgtctttcgcttgttctcttgtccttatggatttttccatttgtgttgtttgcaatcctcaaaaagatggtttcagttagcatgcaatagcattgaacaacctttgtcatctccttacacaccaaacttgcattgttccctcaacttgaaga
ttgtcaaacctcaatgctatcttaaacggtcttcatcctttcctttctgctactatcaaatctgccattgaaaatagctaaagaaattagcaatgtattcaataaatagattggaaggtttttccccctctcctttaggaacatttaatccgctagtgtcaacctaatccgatttttgaaacctttttcagtccctttgg
atgcatatttgtcaatgtacactgaatttattccagttatatgaacttcgttatacctttgttgcatacagctgggaaaagaaaaagaaaaaatgcttctagcctattgtctgttcgcatttccattggtatgttaatgttttttccttcttccgattttcataaaaatcaaattcgtacttcaattttgtttcttcttc
aatctttgattgcaaatgtagttcgtgggaaaaaaattcagaagcacaaagaaaaaatttaaagaaaattgcccgtctcatatgcaaaaaaacactgcatactatgtcgacacctgccaatatgcaaaaaacactgcatactatgttgacacctgccaatatgcaaaaaacactgcatactatgtcgacacctgccaata
tgcaaaaaacactgcatactatgtcgacacctgcaaattcgtctcttgaaagaagtatttctcattcacaagatgtccctgaaacaatgacagtggcagcatcttcaatgacaacggtagtgccaacagccaacggcccaaaaaggttggtttctatcacattgccaatttctttttttttttcttgtcaatcaaattgc
attgaaccgacatttcttcttttcatcatccttccttggttccacagtttacttttaaaaaatttcatttgaacgtttcctcattttataaatttattgcttctttcttttgattcatttgcaattgcaggttaaatcgaatagcattagagccttccaatattatacagttatgcacagaggcccataacaatgttttt
gaaggggatatcttagtggtctatggacctgctcagaatcgaagtcaaaattaccctgtaaaaaaaaaattctccatgcagatttggtggatagaaatggattgatgacgataatagctaccataaatgatagcttaatcaatcgttttggcacttatgtatttccaggtagaagcataaaaatcagtggattcgaacta
aaaaaagggacagtatgatcgtggagatgcaatcttctctatgacaatattgcctgaatcatagcataacagagccaattgaacaagtatgcaaagtgcgccctttgccaccagacatgacaatcaatgagtttgtgacttccaacaagtcatatgtcgttggatatgttgcaaccattgtcatcggctgtcaatacaac
aacaagcagttggatttcttcatcagatatggacaaacaacaaatgatttttcaactgtgaatgaagcatataaaagcttcttcttccgagtgcaagaatagcttgcaattaatgaaccaccattttatctattcaagaacattgtaaggaatggtggtaaaggaagtcacatgatcacaacatcacaatccacattcat
tgaccctttcaatgacgagtcctcaattcagaatttgtttccagtggttgaagcaaaaacacagGTAAAAAATGCATGGCAGAAGATGGTCTGATGTGCTTGATCTTACTGTCGATCCAGAACTTGCTGGAGGGCCTTTTCCCACGAACTTTTATACAGACTTAATATGCTGCCACTAGAAGATATCTACCTCTCCATAA
TTTGTACTGTTGTGAAAGACATTTTCTGTCTTCTTTGTCTTTTACATAGCATATAATACTTGTACAACAATTTTCATAGTGCTTGTATCTATATGAACTACTGTTGCACAATTTTGCCCCTTTATCGGGAAGCTGATGAAATGTAAAAATCACCTAGAATTTTTGCAGTGACTATGTTTATTTCAGTCTAGATGAAAAGA
AGGATACAAGTGATCAATATATCAGTTACATTTTCTATTTTTTTGAACCTATTACATATAGACTCAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTG

Intron 2 GTAGAAGCAT ... AAAAACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	3	4	8
A2	100	0	2	6
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A5	33.33	8	3	5
A6	41.18	30	11	31
A7	42.86	34	23	28
A8	46.27	54	34	59
A9	44.35	32	17	34
A10	43.75	27	16	26

>TRINITY_DN47903_c0_g1_i10 from sample A10 / Example spliced isoform

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TGAAAAATGGAAGCCCATTGTGGGTTACACTCCCCAGGTTTTTGCTTTGGCGCGTGGTTGGTATGGTTTCAAGTTTGAGCAGGAAATTCACTGTACGACAATCTTAAACCGGTTGTGGCTCCATGGTGCTGGCAGCCTCATGTTACAGAAGTGGCATACTGATTTTGACCCAGATTCGGCTACTGTTCGCTTGCGACATT
TATGGGTTCTCATTCCAGGCCTTCCGCTTGCACTCTGGAATCGTGGGGCATTTGAAGCTATTGGTAATAGCTTGGGTCATTTTCTACATGTGGAGGATGAGCACCTTACAGGTTTTGACCGTCGTATGGGGCGGCTCTTGGTCGAGGTTGACATCTCTTTGGGGCTCATTGGTGTTCTCCACATCAACTGGAGGGGCCGT
CGGCTGGACTTGGTTATCGACTATTGGGGTATCCCCTTTCGTTGTTCTAATTGTAAACAGGTGGGTCACCTTTGGAGGCAATGCACTCAGCGTTTCTCATCTGGTCGTCCGGTGGGGGCGGGCCCATTTTGGTCTTCGGACGATGGCAGCGACAAGGAGGTGGATACAAACGGCGGTCTTGACGGTTTCTCCAACAGGGT
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CTTCTTTGTCTTTTACATAGCATATAATACTTGTACAACAATTTTCATAGTGCTTGTATCTATATGAACTACTGTTGCACAATTTTGCCCCTTTATCGGGAAGCTGATGAAATGTAAAAATCACCTAGAATTTTTGCAGTGACTATGTTTATTTCAGTCTAGATGAAAAGAAGGATACAAGTGATCAATATATCAGTTAC
ATTTTCTATTTTTTTGAACCTATTACATATAGACTCAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTG

>TRINITY_DN47903_c0_g1_i8 from sample A10 / Example unspliced isoform:

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AGGCGGTGTCGGTATTTTCCTCTGTCTGTTTTTTTGGGCATTTCTTTGTTGTCGTTGTTGTGGTTTTATCACGCTAGGGACAGCGACGTGAACCCTCCGTTTGGGTTTTATTCACACGAATTGTTATTTTGGGTGCCGTCCACTTTGCTGTGGTGAGGGTCCCCGGGTTTACTCCCTGGCGCTTCACCTTCCGTTTTTGT
CAAAGACTGGGTTTAGCCGACCGGGGGTTGCGGGTTTTTCCGGGAAACATGTATATCATCATTATCTGGGTTTAAGCGACAGGGCCGGTTTGTTGTCTGTTGTTTTTTGGGTCCGGCCACAACTTTACGGCCTCCTTTCGCCGGTCTCTGTCGGGGTTTGAACTGGACGTGGATCGAAGTTCCGGGCATCTTTATCTTCT
TGCATCAGCCGGGGTTAAACACAGTTTCTGCTTCTCACTTGGGGTTTGTTACTACTTGAGTTGAGGTGCACGGGAGCTCGGATCTTTTGGCACCTGGATTTGTGTGGGTTTAAACTGCTCTATCTGTCAGATGGGGGAACAGGTGGCGACTCCACATGCCTTGGTTGATAACCCCATGACTGCCTCGGATTACAGAATAG
AGGAGGCGGGCTTATTCAAACCTGACTCCTATTTTCATGGTATGCTACATGGCAAACGTCCTCTTGCCTCGGGTAGTCGGCAAAGAGATCCACATGCCAAACATGTGCCTAAAAAAGGTCACCTGCCTTTGTTGGGGATTCCTGGGGTGACATCAGGCTCTGACCCTTCGGTCAATAGCGCTCGGGCTTGTCCGTCTCGT
GTGCAGGGTAAGAAACCGCAGCATGTCTCTCGTGCTGCTCATCGTCTAAGTGAGAAGTTCTGCTGCCGCCCTGGAGAGGTCCGGCTTACTATGGGCCGGGATCTGGGCTTAGAAGAGCTGGTTGATTTCAATGTGACCGTTTTGGTGGGGAAATTCTCCTATTTTGCAATGGATCGAAAGGACATTGTGGGGTGGGTTAC
TGAAAAATGGAAGCCCATTGTGGGTTACACTCCCCAGGTTTTTGCTTTGGCGCGTGGTTGGTATGGTTTCAAGTTTGAGCAGGAAATTCACTGTACGACAATCTTAAACCGGTTGTGGCTCCATGGTGCTGGCAGCCTCATGTTACAGAAGTGGCATACTGATTTTGACCCAGATTCGGCTACTGTTCGCTTGCGACATT
TATGGGTTCTCATTCCAGGCCTTCCGCTTGCACTCTGGAATCGTGGGGCATTTGAAGCTATTGGTAATAGCTTGGGTCATTTTCTACATGTGGAGGATGAGCACCTTACAGGTTTTGACCGTCGTATGGGGCGGCTCTTGGTCGAGGTTGACATCTCTTTGGGGCTCATTGGTGTTCTCCACATCAACTGGAGGGGCCGT
CGGCTGGACTTGGTTATCGACTATTGGGGTATCCCCTTTCGTTGTTCTAATTGTAAACAGGTGGGTCACCTTTGGAGGCAATGCACTCAGCGTTTCTCATCTGGTCGTCCGGTGGGGGCGGGCCCATTTTGGTCTTCGGACGATGGCAGCGACAAGGAGGTGGATACAAACGGCGGTCTTGACGGTTTCTCCAACAGGGT
TTCATTTCTGGTTAACTCGGCTGCGGGACTATTGGgtagaagcataaaaatcagtggattcgaactaaaaaaagggacagtatgatcgtggagatgcaatcttctctatgacaatattgcctgaatcatagcataacagagccaattgaacaagtatgcaaagtgcgctctttgccaccagacatgacaatcaatgagtt
tgtgacttccaacaagtcatatgtcgttggatatgttgcaaccattgtcatcggctgtcaatacaacaacaagcagttggatttcttcatcagatatggacaaacaacaaatgatttttcaactttgcaggtgaatgaagcatataaaagcttcttcttccgagtgcaagaatagcttgcaattaatgaaccaccatttt
atctattcaagaacattgtaaggaatggtggtaaaggaagtcacatgatcacaacatcacaatccacattcattgaccctttcaatgacgagtcctcaattcagaatttgtttccagtggttgaagcaaaaacacagGTAAAAAATGCATGGCAGAAGATGGTCTGATGTGCTTGATCTTACTGTCGATCCAGAACTTGC
TGGAGGGCCTTTTCCCACGAACTTTTATACAGACTTAATATGCTGCCACTAGAAGATATCTACCTCTCCATAATTTGTACTGTTGTGAAAGACATTTTCTGTCTTCTTTGTCTTTTACATAGCATATAATACTTGTACAACAATTTTCATAGTGCTTGTATCTATATGAACTACTGTTGCACAATTTTGCCCCTTTATCG
GGAAGCTGATGAAATGTAAAAATCACCTAGAATTTTTGCAGTGACTATGTTTATTTCAGTCTAGATGAAAAGAAGGATACAAGTGATCAATATATCAGTTACATTTTCTATTTTTTTGAACCTATTACATATAGACTCAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTT
GTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTG

Intron 3 GCTTATAGAC ... AAAAACACAG

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>TRINITY_DN43650_c1_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

TTCCCATTCTCTGATTTTTCAAATGAATGCACCCTTGCTATAAATGCAAGCCTGTGCAAGCCAAGATGTTTTGCATGGGAGTGATGTGAGGCCAACAATGTTTGCATGGAAGCTATATAAAATGACTCGATGGTAGTGGGAGGCGGGAGCGATGGAGGTTTGGCGGTGCAGAGTAGTGGTTTATGGCTTATGTGCGTTAT
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TGCCGTCCACTTTGCTGTGGTGAGGGTCCCCGGGTTTACTCCCTGGCGCTTCACCTTCCGTTTTTGTCAAAGACTGGGTTTAGCCGACCGGGGGTTGCGGGTTTTTCCGGGAAACATGTATATCATCATTATCTGGGTTTAAGCGACAGGGCCGGTTTGTTGTCTGTTGTTTTTTGGGTCCGGCCACAACTTTACGGCCT
CCTTTCGCCGGTCTCTGTCGGGGTTTGAACTGGACGTGGATCGAAGTTCCGGGCATCTTTATCTTCTTGCATCAGCCGGGGTTAAACACAGTTTCTGCTTCTCACTTGGGGTTTGTTACTACTTGAGTTGAGGTGCACGGGAGCTCGGATCTTTTGGCACCTGGATTTGTGTGGGTTTAAACTGCTCTATCTGTCAGATG
GGGGAACAGGTGGCGACTCCACATGCCTTGGTTGATAACCCCATGACTGCCTCGGATTACAGAATAGAGGAGGCGGGCTTATTCAAACCTGACTCCTATTTTCATGGTATGCTACATGGCAAACGTCCTCTTGCCTCGGGTAGTCGGCAAAGAGATCCACATGCCAAACATGTGCCTAAAAAAGGTCACCTGCCTTTGTT
GGGGATTCCTGGGGTGACATCAGGCTCTGACCCTTCGGTCAATAGCGCTCGGGCTTGTCCGTCTCGTGTGCAGGGTAAGAAACCGCAGCATGTCTCTCGTGCTGCTCATCGTCTAAGTGAGAAGTTCTGCTGCCGCCCTGGAGAGGTCCGGCTTACTATGGGCCGGGATCTGGGCTTAGAAGAGCTGGTTGATTTCAATG
TGACCGTTTTGGTGGGGAAATTCTCCTATTTTGCAATGGATCGAAAGGACATTGTGGGGTGGGTTACTGAAAAATGGAAGCCCATTGTGGGTTACACTCCCCAGGTTTTTGCTTTGGCGCGTGGTTGGTATGGTTTCAAGTTTGAGCAGGAAATTCACTGTACGACAATCTTAAACCGGTTGTGGCTCCATGGTGCTGGC
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GCTCTTGGTCGAGGTTGACATCTCTTTGGGGCTCATTGGTGTTCTCCACATCAACTGGAGGGGCCGTCGGCTGGACTTGGTTATCGACTATTGGGGTATCCCCTTTCGTTGTTCTAATTGTAAACAGGTGGGTCACCTTTGGAGGCAATGCACTCAGCGTTTCTCATCTGGTCGTCCGGTGGGGGCGGGCCCATTTTGGT
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TAATATGCTGCCACTAGAAGATATCTACCTCTCCATAATTTGTACTGTTGTGAAAGACATTTTCTGTCTTCTTTGTCTTTTACATAGCATATAATACTTGTACAACAATTTTCATAGTGCTTGTATCTATATGAACTACTGTTGCACAATTTTGCCCCTTTATCGGGAAGCTGATGAAATGTAAAAATCACCTAGAATTT
TTGCAGTGACTATGTTTATTTCAGTCTAGATGAAAAGAAGGATACAAGTGATCAATATATCAGTTACATTTTCTATTTTTTTGAACCTATTACATATAGACTCAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAA
TGTTTG

>TRINITY_DN43650_c1_g1_i17 from sample A8 / Example unspliced isoform:

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TGCCGTCCACTTTGCTGTGGTGAGGGTCCCCGGGTTTACTCCCTGGCGCTTCACCTTCCGTTTTTGTCAAAGACTGGGTTTAGCCGACCGGGGGTTGCGGGTTTTTCCGGGAAACATGTATATCATCATTATCTGGGTTTAAGCGACAGGGCCGGTTTGTTGTCTGTTGTTTTTTGGGTCCGGCCACAACTTTACGGCCT
CCTTTCGCCGGTCTCTGTCGGGGTTTGAACTGGACGTGGATCGAAGTTCCGGGCATCTTTATCTTCTTGCATCAGCCGGGGTTAAACACAGTTTCTGCTTCTCACTTGGGGTTTGTTACTACTTGAGTTGAGGTGCACGGGAGCTCGGATCTTTTGGCACCTGGATTTGTGTGGGTTTAAACTGCTCTATCTGTCAGATG
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AGCCTCATGTTACAGAAGTGGCATACTGATTTTGACCCAGATTCGGCTACTGTTCGCTTGCGACATTTATGGGTTCTCATTCCAGGCCTTCCGCTTGCACTCTGGAATCGTGGGGCATTTGAAGCTATTGGTAATAGCTTGGGTCGTTTTCTACATGTGGAGGATGAGCACCTTACAGGTTTTGACCGTCGTATGGGGCG
GCTCTTGGTCGAGGTTGACATCTCTTTGGGGCTCATTGGTGTTCTCCACATCAACTGGAGGGGCCGTCGGCTGGACTTGGTTATCGACTATTGGGGTATCCCCTTTCGTTGTTCTAATTGTAAACAGGTGGGTCACCTTTGGAGGCAATGCACTCAGCGTTTCTCATCTGGTCGTCCGGTGGGGGCGGGCCCATTTTGGT
CTTCGGACGATGGCAGCGACAAGGAGGTGGATACAAACGGCGGTCTTGACGGTTTCTCCAACAGGGTTTCATTTCTGGTTAACTCGGCTGCGGGACTATTGGgcttatagactctttctccaactgcttgttggatttttgatccggttggatattcagcactatactttttgctcattgtcatttctgctatatttgtc
atatgtgtccaggccttgggctgttttggacctatatatctgtatatgtctttagttttgtcattgttgatacttctgacactttgcacttggagatggtttattattcggtcttacttgctgttggggatatgatgctcgtatttttggacatccattaatgtttatgtgatgggtcatgacatagatcctggttagtg
atgatgacttgggggcccatgaggtgatatgactcacatgcctgcatgtattgttggcatgatgtactggttttatttactatttcgcggtattaatagtaagctatattttcatttggaaaaaaaaaaacctacaactaattatggtgcaatgcttgatcatttttggacaaatttgcatgcaactagtctgcacttta
atgtctcagatgcatactggactgatcatttcaacaactttctatcaatccctcttaacaacaatttaactattttcattctcatattcgaataccaggtgctatgatgctctgtactttttttgaatctgttcccgattcaatactgccaaaatattgcaactttaaatggatctgaaaatcgaggaaaaatccccttt
tccttcacacaagcatgtgccattgctctttcctctctttttacttagaaaaaaaaacagctacaaattttaggcatccttgccttctctgccacaagcttttcccttgtattaaaattgtgctttttgacaaacattctttcatcgtcgtcaaatatgtgtagaaatccatgttgcattgtgtatatgcttccctcctt
gatctattttaaagaacaatgaatagatgctgccatctttggaaaggagcaaaggaatctgttgatgcaggggacacatacttcagttatatcatttggcactacaaacaactatgaactcttcttcctatgtgattgcagagacatagggtattcatggtttcatccttggcattgttaattgtagctaggcaggaatt
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tcttcaatctttgattgcaaatgtagttcgtgggaaaaaaattcagaagcacaaagaaaaaatttaaagaaaattgcccgtctcatatgcaaaaaaacactgcatactatgtcgacacctgccaatatgcaaaaaacactgcatactatgttgacacctgccaatatgcaaaaaacactgcatactatgtcgacacctgc
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CATAATTTGTACTGTTGTGAAAGACATTTTCTGTCTTCTTTGTCTTTTACATAGCATATAATACTTGTACAACAATTTTCATAGTGCTTGTATCTATATGAACTACTGTTGCACAATTTTGCCCCTTTATCGGGAAGCTGATGAAATGTAAAAATCACCTAGAATTTTTGCAGTGACTATGTTTATTTCAGTCTAGATGA
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Intron 4 GCTTATAGAC ... GTATTTCCAG

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>TRINITY_DN43650_c1_g1_i15 from sample A8 / Example spliced isoform

TTCCCATTCTCTGATTTTTCAAATGAATGCACCCTTGCTATAAATGCAAGCCTGTGCAAGCCAAGATGTTTTGCATGGGAGTGATGTGAGGCCAACAATGTTTGCATGGAAGCTATATAAAATGACTCGATGGTAGTGGGAGGCGGGAGCGATGGAGGTTTGGCGGTGCAGAGTAGTGGTTTATGGCTTATGTGCGTTAT
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CCTTTCGCCGGTCTCTGTCGGGGTTTGAACTGGACGTGGATCGAAGTTCCGGGCATCTTTATCTTCTTGCATCAGCCGGGGTTAAACACAGTTTCTGCTTCTCACTTGGGGTTTGTTACTACTTGAGTTGAGGTGCACGGGAGCTCGGATCTTTTGGCACCTGGATTTGTGTGGGTTTAAACTGCTCTATCTGTCAGATG
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GGGGATTCCTGGGGTGACATCAGGCTCTGACCCTTCGGTCAATAGCGCTCGGGCTTGTCCGTCTCGTGTGCAGGGTAAGAAACCGCAGCATGTCTCTCGTGCTGCTCATCGTCTAAGTGAGAAGTTCTGCTGCCGCCCTGGAGAGGTCCGGCTTACTATGGGCCGGGATCTGGGCTTAGAAGAGCTGGTTGATTTCAATG
TGACCGTTTTGGTGGGGAAATTCTCCTATTTTGCAATGGATCGAAAGGACATTGTGGGGTGGGTTACTGAAAAATGGAAGCCCATTGTGGGTTACACTCCCCAGGTTTTTGCTTTGGCGCGTGGTTGGTATGGTTTCAAGTTTGAGCAGGAAATTCACTGTACGACAATCTTAAACCGGTTGTGGCTCCATGGTGCTGGC
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GCTCTTGGTCGAGGTTGACATCTCTTTGGGGCTCATTGGTGTTCTCCACATCAACTGGAGGGGCCGTCGGCTGGACTTGGTTATCGACTATTGGGGTATCCCCTTTCGTTGTTCTAATTGTAAACAGGTGGGTCACCTTTGGAGGCAATGCACTCAGCGTTTCTCATCTGGTCGTCCGGTGGGGGCGGGCCCATTTTGGT
CTTCGGACGATGGCAGCGACAAGGAGGTGGATACAAACGGCGGTCTTGACGGTTTCTCCAACAGGGTTTCATTTCTGGTTAACTCGGCTGCGGGACTATTGGGTAGAAGCATAAAAATCAGTGGATTCGAACTAAAAAAAGGGACAGTATGATCGTGGAGATGCAATCTTCTCTATGACAATATTGCCTGAATCATAGCA
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>TRINITY_DN43650_c1_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTCCCATTCTCTGATTTTTCAAATGAATGCACCCTTGCTATAAATGCAAGCCTGTGCAAGCCAAGATGTTTTGCATGGGAGTGATGTGAGGCCAACAATGTTTGCATGGAAGCTATATAAAATGACTCGATGGTAGTGGGAGGCGGGAGCGATGGAGGTTTGGCGGTGCAGAGTAGTGGTTTATGGCTTATGTGCGTTAT
AGGTTAAGTCTGGTTTTGGGGCGCTCACAGAAAACCTGGGGACGACCAGCTTCCCCCTCCATCGATCAGGCGGTGTCGGTATTTTCCTCTGTCTGTTTTTTTGGGCATTTCTTTGTTGTCGTTGTTGTGGTTTTATCACGCTAGGGACAGCGACGTGAACCCTCCGTTTGGGTTTTATTCACACGAATTGTTATTTTGGG
TGCCGTCCACTTTGCTGTGGTGAGGGTCCCCGGGTTTACTCCCTGGCGCTTCACCTTCCGTTTTTGTCAAAGACTGGGTTTAGCCGACCGGGGGTTGCGGGTTTTTCCGGGAAACATGTATATCATCATTATCTGGGTTTAAGCGACAGGGCCGGTTTGTTGTCTGTTGTTTTTTGGGTCCGGCCACAACTTTACGGCCT
CCTTTCGCCGGTCTCTGTCGGGGTTTGAACTGGACGTGGATCGAAGTTCCGGGCATCTTTATCTTCTTGCATCAGCCGGGGTTAAACACAGTTTCTGCTTCTCACTTGGGGTTTGTTACTACTTGAGTTGAGGTGCACGGGAGCTCGGATCTTTTGGCACCTGGATTTGTGTGGGTTTAAACTGCTCTATCTGTCAGATG
GGGGAACAGGTGGCGACTCCACATGCCTTGGTTGATAACCCCATGACTGCCTCGGATTACAGAATAGAGGAGGCGGGCTTATTCAAACCTGACTCCTATTTTCATGGTATGCTACATGGCAAACGTCCTCTTGCCTCGGGTAGTCGGCAAAGAGATCCACATGCCAAACATGTGCCTAAAAAAGGTCACCTGCCTTTGTT
GGGGATTCCTGGGGTGACATCAGGCTCTGACCCTTCGGTCAATAGCGCTCGGGCTTGTCCGTCTCGTGTGCAGGGTAAGAAACCGCAGCATGTCTCTCGTGCTGCTCATCGTCTAAGTGAGAAGTTCTGCTGCCGCCCTGGAGAGGTCCGGCTTACTATGGGCCGGGATCTGGGCTTAGAAGAGCTGGTTGATTTCAATG
TGACCGTTTTGGTGGGGAAATTCTCCTATTTTGCAATGGATCGAAAGGACATTGTGGGGTGGGTTACTGAAAAATGGAAGCCCATTGTGGGTTACACTCCCCAGGTTTTTGCTTTGGCGCGTGGTTGGTATGGTTTCAAGTTTGAGCAGGAAATTCACTGTACGACAATCTTAAACCGGTTGTGGCTCCATGGTGCTGGC
AGCCTCATGTTACAGAAGTGGCATACTGATTTTGACCCAGATTCGGCTACTGTTCGCTTGCGACATTTATGGGTTCTCATTCCAGGCCTTCCGCTTGCACTCTGGAATCGTGGGGCATTTGAAGCTATTGGTAATAGCTTGGGTCGTTTTCTACATGTGGAGGATGAGCACCTTACAGGTTTTGACCGTCGTATGGGGCG
GCTCTTGGTCGAGGTTGACATCTCTTTGGGGCTCATTGGTGTTCTCCACATCAACTGGAGGGGCCGTCGGCTGGACTTGGTTATCGACTATTGGGGTATCCCCTTTCGTTGTTCTAATTGTAAACAGGTGGGTCACCTTTGGAGGCAATGCACTCAGCGTTTCTCATCTGGTCGTCCGGTGGGGGCGGGCCCATTTTGGT
CTTCGGACGATGGCAGCGACAAGGAGGTGGATACAAACGGCGGTCTTGACGGTTTCTCCAACAGGGTTTCATTTCTGGTTAACTCGGCTGCGGGACTATTGGgcttatagactctttctccaactgcttgttggatttttgatccggttggatattcagcactatactttttgctcattgtcatttctgctatatttgtc
atatgtgtccaggccttgggctgttttggacctatatatctgtatatgtctttagttttgtcattgttgatacttctgacactttgcacttggagatggtttattattcggtcttacttgctgttggggatatgatgctcgtatttttggacatccattaatgtttatgtgatgggtcatgacatagatcctggttagtg
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tccttcacacaagcatgtgccattgctctttcctctctttttacttagaaaaaaaaacagctacaaattttaggcatccttgccttctctgccacaagcttttcccttgtattaaaattgtgctttttgacaaacattctttcatcgtcgtcaaatatgtgtagaaatccatgttgcattgtgtatatgcttccctcctt
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tttcatttgcattttcccatcaactttgtaccattgctttttgaaaattgtctttcgcttgttctcttgtccttatggatttttccatttgtgttgtttgcaatcctcaaaaagatggtttcagttagcatgcaatagcattgaacaacctttgtcatctccttacacaccaaacttgcattgttccctcaacttgaaga
ttgtcaaacctcaatgctatcttaaacggtcttcatcctttcctttctgctactatcaaatctgccattgaaaatagctaaagaaattagcaatgtattcaataaatagattggaaggtttttccccctctcctttaggaacatttaatccgctagtgtcaacctaatccgatttttgaaacctttttcagtccctttgg
atgcatatttgtcaatgtacactgaatttattccagttatatgaacttcgttatacctttgttgcatacagctgggaaaagaaaaagaaaaaatgcttctagcctattgtctgttcgcatttccattggtatgttaatgttttttccttcttccgattttcataaaaatcaaattcgtacttcaattttgtttcttcttc
aatctttgattgcaaatgtagttcgtgggaaaaaaattcagaagcacaaagaaaaaatttaaagaaaattgcccgtctcatatgcaaaaaaacactgcatactatgtcgacacctgccaatatgcaaaaaacactgcatactatgttgacacctgccaatatgcaaaaaacactgcatactatgtcgacacctgccaata
tgcaaaaaacactgcatactatgtcgacacctgcaaattcgtctcttgaaagaagtatttctcattcacaagatgtccctgaaacaatgacagtggcagcatcttcaatgacaacggtagtgccaacagccaacggcccaaaaaggttggtttctatcacattgccaatttctttttttttttcttgtcaatcaaattgc
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gaaggggatatcttagtggtctatggacctgctcagaatcgaagtcaaaattaccctgtaaaaaaaaaattctccatgcagatttggtggatagaaatggattgatgacgataatagctaccataaatgatagcttaatcaatcgttttggcacttatgtatttccagGTAGAAGCATAAAAATCAGTGGATTCGAACTA
AAAAAAGGGACAGTATGATCGTGGAGATGCAATCTTCTCTATGACAATATTGCCTGAATCATAGCATAACAGAGCCAATTGAACAAGTATGCAAAGTGCGCCCTTTGCCACCAGACATGACAATCAATGAGTTTGTGACTTCCAACAAGTCATATGTCGTTGGATATGTTGCAACCATTGTCATCGGCTGTCAATACAAC
AACAAGCAGTTGGATTTCTTCATCAGATATGGACAAACAACAAATGATTTTTCAACTTTGCAGGTGAATGAAGCATATAAAAGCTTCTTCTTCCGAGTGCAAGAATAGCTTGCAATTAATGAACCACCATTTTATCTATTCAAGAACATTGTAAGGAATGGTGGTAAAGGAAGTCACATGATCACAACATCACAATCCAC
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CCATAATTTGTACTGTTGTGAAAGACATTTTCTGTCTTCTTTGTCTTTTACATAGCATATAATACTTGTACAACAATTTTCATAGTGCTTGTATCTATATGAACTACTGTTGCACAATTTTGCCCCTTTATCGGGAAGCTGATGAAATGTAAAAATCACCTAGAATTTTTGCAGTGACTATGTTTATTTCAGTCTAGATG
AAAAGAAGGATACAAGTGATCAATATATCAGTTACATTTTCTATTTTTTTGAACCTATTACATATAGACTCAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTG

Intron 5 GCTTATAGAC ... AAAAACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.43	3	7	8
A2	100	0	6	6
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A7	59.52	34	72	28
A8	58.78	54	95	59
A9	56.46	32	49	34
A10	63.76	27	69	26

>TRINITY_DN43650_c1_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

TTCCCATTCTCTGATTTTTCAAATGAATGCACCCTTGCTATAAATGCAAGCCTGTGCAAGCCAAGATGTTTTGCATGGGAGTGATGTGAGGCCAACAATGTTTGCATGGAAGCTATATAAAATGACTCGATGGTAGTGGGAGGCGGGAGCGATGGAGGTTTGGCGGTGCAGAGTAGTGGTTTATGGCTTATGTGCGTTAT
AGGTTAAGTCTGGTTTTGGGGCGCTCACAGAAAACCTGGGGACGACCAGCTTCCCCCTCCATCGATCAGGCGGTGTCGGTATTTTCCTCTGTCTGTTTTTTTGGGCATTTCTTTGTTGTCGTTGTTGTGGTTTTATCACGCTAGGGACAGCGACGTGAACCCTCCGTTTGGGTTTTATTCACACGAATTGTTATTTTGGG
TGCCGTCCACTTTGCTGTGGTGAGGGTCCCCGGGTTTACTCCCTGGCGCTTCACCTTCCGTTTTTGTCAAAGACTGGGTTTAGCCGACCGGGGGTTGCGGGTTTTTCCGGGAAACATGTATATCATCATTATCTGGGTTTAAGCGACAGGGCCGGTTTGTTGTCTGTTGTTTTTTGGGTCCGGCCACAACTTTACGGCCT
CCTTTCGCCGGTCTCTGTCGGGGTTTGAACTGGACGTGGATCGAAGTTCCGGGCATCTTTATCTTCTTGCATCAGCCGGGGTTAAACACAGTTTCTGCTTCTCACTTGGGGTTTGTTACTACTTGAGTTGAGGTGCACGGGAGCTCGGATCTTTTGGCACCTGGATTTGTGTGGGTTTAAACTGCTCTATCTGTCAGATG
GGGGAACAGGTGGCGACTCCACATGCCTTGGTTGATAACCCCATGACTGCCTCGGATTACAGAATAGAGGAGGCGGGCTTATTCAAACCTGACTCCTATTTTCATGGTATGCTACATGGCAAACGTCCTCTTGCCTCGGGTAGTCGGCAAAGAGATCCACATGCCAAACATGTGCCTAAAAAAGGTCACCTGCCTTTGTT
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TGTTTG

>TRINITY_DN43650_c1_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTCCCATTCTCTGATTTTTCAAATGAATGCACCCTTGCTATAAATGCAAGCCTGTGCAAGCCAAGATGTTTTGCATGGGAGTGATGTGAGGCCAACAATGTTTGCATGGAAGCTATATAAAATGACTCGATGGTAGTGGGAGGCGGGAGCGATGGAGGTTTGGCGGTGCAGAGTAGTGGTTTATGGCTTATGTGCGTTAT
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TGACCGTTTTGGTGGGGAAATTCTCCTATTTTGCAATGGATCGAAAGGACATTGTGGGGTGGGTTACTGAAAAATGGAAGCCCATTGTGGGTTACACTCCCCAGGTTTTTGCTTTGGCGCGTGGTTGGTATGGTTTCAAGTTTGAGCAGGAAATTCACTGTACGACAATCTTAAACCGGTTGTGGCTCCATGGTGCTGGC
AGCCTCATGTTACAGAAGTGGCATACTGATTTTGACCCAGATTCGGCTACTGTTCGCTTGCGACATTTATGGGTTCTCATTCCAGGCCTTCCGCTTGCACTCTGGAATCGTGGGGCATTTGAAGCTATTGGTAATAGCTTGGGTCGTTTTCTACATGTGGAGGATGAGCACCTTACAGGTTTTGACCGTCGTATGGGGCG
GCTCTTGGTCGAGGTTGACATCTCTTTGGGGCTCATTGGTGTTCTCCACATCAACTGGAGGGGCCGTCGGCTGGACTTGGTTATCGACTATTGGGGTATCCCCTTTCGTTGTTCTAATTGTAAACAGGTGGGTCACCTTTGGAGGCAATGCACTCAGCGTTTCTCATCTGGTCGTCCGGTGGGGGCGGGCCCATTTTGGT
CTTCGGACGATGGCAGCGACAAGGAGGTGGATACAAACGGCGGTCTTGACGGTTTCTCCAACAGGGTTTCATTTCTGGTTAACTCGGCTGCGGGACTATTGGgcttatagactctttctccaactgcttgttggatttttgatccggttggatattcagcactatactttttgctcattgtcatttctgctatatttgtc
atatgtgtccaggccttgggctgttttggacctatatatctgtatatgtctttagttttgtcattgttgatacttctgacactttgcacttggagatggtttattattcggtcttacttgctgttggggatatgatgctcgtatttttggacatccattaatgtttatgtgatgggtcatgacatagatcctggttagtg
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ttgtcaaacctcaatgctatcttaaacggtcttcatcctttcctttctgctactatcaaatctgccattgaaaatagctaaagaaattagcaatgtattcaataaatagattggaaggtttttccccctctcctttaggaacatttaatccgctagtgtcaacctaatccgatttttgaaacctttttcagtccctttgg
atgcatatttgtcaatgtacactgaatttattccagttatatgaacttcgttatacctttgttgcatacagctgggaaaagaaaaagaaaaaatgcttctagcctattgtctgttcgcatttccattggtatgttaatgttttttccttcttccgattttcataaaaatcaaattcgtacttcaattttgtttcttcttc
aatctttgattgcaaatgtagttcgtgggaaaaaaattcagaagcacaaagaaaaaatttaaagaaaattgcccgtctcatatgcaaaaaaacactgcatactatgtcgacacctgccaatatgcaaaaaacactgcatactatgttgacacctgccaatatgcaaaaaacactgcatactatgtcgacacctgccaata
tgcaaaaaacactgcatactatgtcgacacctgcaaattcgtctcttgaaagaagtatttctcattcacaagatgtccctgaaacaatgacagtggcagcatcttcaatgacaacggtagtgccaacagccaacggcccaaaaaggttggtttctatcacattgccaatttctttttttttttcttgtcaatcaaattgc
attgaaccgacatttcttcttttcatcatccttccttggttccacagtttacttttaaaaaatttcatttgaacgtttcctcattttataaatttattgcttctttcttttgattcatttgcaattgcaggttaaatcgaatagcattagagccttccaatattatacagttatgcacagaggcccataacaatgttttt
gaaggggatatcttagtggtctatggacctgctcagaatcgaagtcaaaattaccctgtaaaaaaaaaattctccatgcagatttggtggatagaaatggattgatgacgataatagctaccataaatgatagcttaatcaatcgttttggcacttatgtatttccaggtagaagcataaaaatcagtggattcgaacta
aaaaaagggacagtatgatcgtggagatgcaatcttctctatgacaatattgcctgaatcatagcataacagagccaattgaacaagtatgcaaagtgcgccctttgccaccagacatgacaatcaatgagtttgtgacttccaacaagtcatatgtcgttggatatgttgcaaccattgtcatcggctgtcaatacaac
aacaagcagttggatttcttcatcagatatggacaaacaacaaatgatttttcaactttgcaggtgaatgaagcatataaaagcttcttcttccgagtgcaagaatagcttgcaattaatgaaccaccattttatctattcaagaacattgtaaggaatggtggtaaaggaagtcacatgatcacaacatcacaatccac
attcattgaccctttcaatgacgagtcctcaattcagaatttgtttccagtggttgaagcaaaaacacagGTAAAAAATGCATGGCAGAAGATGGTCTGATGTGCTTGATCTTACTGTCGATCCAGAACTTGCTGGAGGGCCTTTTCCCACGAACTTTTATACAGACTTAATATGCTGCCACTAGAAGATATCTACCTCT
CCATAATTTGTACTGTTGTGAAAGACATTTTCTGTCTTCTTTGTCTTTTACATAGCATATAATACTTGTACAACAATTTTCATAGTGCTTGTATCTATATGAACTACTGTTGCACAATTTTGCCCCTTTATCGGGAAGCTGATGAAATGTAAAAATCACCTAGAATTTTTGCAGTGACTATGTTTATTTCAGTCTAGATG
AAAAGAAGGATACAAGTGATCAATATATCAGTTACATTTTCTATTTTTTTGAACCTATTACATATAGACTCAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTG

Intron 6 GTAGAAGCAT ... AAAAACACAG

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A6	41.18	30	11	31
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A9	44.35	32	17	34
A10	43.75	27	16	26

>TRINITY_DN43493_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

TCTACGTGAAGGTTTTCCCATTCTCTGATTTTTCAAATGAATGCACCCTTGCTATAAATGCAAGCCTGTGCAAGCCAAGATGTTTTGCATGGGAGTGATGTGAGGCCAACAATGTTTGCATGGAAGCTATATAAAATGACTCGATGGTAGTGGGAGGCGGGAGCGATGGAGGTTTGGCGGTGCAGAGTAGTGGTTTATGG
CTTATGTGCGTTATAGGTTAAGTCTGGTTTTGGGGCGCTCACAGAAAACCTGGGGACGACCAGCTTCCCCCTCCATCGATCAGGCGGTGTCGGTATTTTCCTCTGTCTGTTTTTTTGGGCATTTCTTTGTTGTCGTTGTTGTGGTTTTATCACGCTAGGGACAGCGACGTGAACCCTCCGTTTGGGTTTTATTCACACGA
ATTGTTATTTTGGGTGCCGTCCACTTTGCTGTGGTGAGGGTCCCCGGGTTTACTCCCTGGCGCTTCACCTTCCGTTTTTGTCAAAGACTGGGTTTAGCCGACCGGGGGTTGCGGGTTTTTCCGGGAAACATGTATATCATCATTATCTGGGTTTAAGCGACAGGGCCGGTTTGTTGTCTGTTGTTTTTTGGGTCCGGCCA
CAACTTTACGGCCTCCTTTCGCCGGTCTCTGTCGGGGTTTGAACTGGACGTGGATCGAAGTTCCGGGCATCTTTATCTTCTTGCATCAGCCGGGGTTAAACACAGTTTCTGCTTCTCACTTGGGGTTTGTTACTACTTGAGTTGAGGTGCACGGGAGCTCGGATCTTTTGGCACCTGGATTTGTGTGGGTTTAAACTGCT
CTATCTGTCAGATGGGGGAACAGGTGGCGACTCCACATGCCTTGGTTGATAACCCCATGACTGCCTCGGATTACAGAATAGAGGAGGCGGGCTTATTCAAACCTGACTCCTATTTTCATGGTATGCTACATGGCAAACGTCCTCTTGCCTCGGGTAGTCGGCAAAGAGATCCACATGCCAAACATGTGCCTAAAAAAGGT
CACCTGCCTTTGTTGGGGATTCCTGGGGTGACATCAGGCTCTGACCCTTCGGTCAATAGCGCTCGGGCTTGTCCGTCTCGTGTGCAGGGTAAGAAACCGCAGCATGTCTCTCGTGCTGCTCATCGTCTAAGTGAGAAGTTCTGCTGCCGCCCTGGAGAGGTCCGGCTTACTATGGGCCGGGATCTGGGCTTAGAAGAGCT
GGTTGATTTCAATGTGACCGTTTTGGTGGGGAAATTCTCCTATTTTGCAATGGATCGAAAGGACATTGTGGGGTGGGTTACTGAAAAATGGAAGCCCATTGTGGGTTACACTCCCCAGGTTTTTGCTTTGGCGCGTGGTTGGTATGGTTTCAAGTTTGAGCAGGAAATTCACTGTACGACAATCTTAAACCGGTTGTGGC
TCCATGGTGCTGGCAGCCTCATGTTACAGAAGTGGCATACTGATTTTGACCCAGATTCGGCTACTGTTCGCTTGCGACATTTATGGGTTCTCATTCCAGGCCTTCCGCTTGCACTCTGGAATCGTGGGGCATTTGAAGCTATTGGTAATAGCTTGGGTCATTTTCTACATGTGGAGGATGAGCACCTTACAGGTTTTGAC
CGTCGTATGGGGCGGCTCTTGGTCGAGGTTGACATCTCTTTGGGGCTCATTGGTGTTCTCCACATCAACTGGAGGGGCCGTCGGCTGGACTTGGTTATCGACTATTGGGGTATCCCCTTTCGTTGTTCTAATTGTAAACAGGTGGGTCACCTTTGGAGGCAATGCACTCAGCGTTTCTCATCTGGTCGTCCGGTGGGGGC
GGGCCCATTTTGGTCTTCGGACGATGGCAGCGACAAGGAGGTGGATACAAACGGCGGTCTTGACGGTTTCTCCAACAGGGTTTCATTTCTGGTTAACTCGGCTGCGGGACTATTGGGTAAAAAATGCATGGCAGAAGATGGTCTGATGTGCTTGATCTTACTGTCGATCCAGAACTTGCTGGAGGGCCTTTTCCCACGAA
CTTTTATACAGACTTAATATGCTGCCACTAGAAGATATCTACCTCTCCATAATTTGTACTGTTGTGAAAGACATTTTCTGTCTTCTTTGTCTTTTACATAGCATATAATACTTGTACAACAATTTTCATAGTGCTTGTATCTATATGAACTACTGTTGCACAATTTTGCCCCTTTATCGGGAAGCTGATGAAATGTAAAA
ATCACCTAGAATTTTTGCAGTGACTATGTTTATTTCAGTCTAGATGAAAAGAAGGATACAAGTGATCAATATATCAGTTACATTTTCTATTTTTTTGAACCTATTACATATAGACTCAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAAT
GCAAACCTATGCAATGTTTG

>TRINITY_DN43493_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TCTACGTGAAGGTTTTCCCATTCTCTGATTTTTCAAATGAATGCACCCTTGCTATAAATGCAAGCCTGTGCAAGCCAAGATGTTTTGCATGGGAGTGATGTGAGGCCAACAATGTTTGCATGGAAGCTATATAAAATGACTCGATGGTAGTGGGAGGCGGGAGCGATGGAGGTTTGGCGGTGCAGAGTAGTGGTTTATGG
CTTATGTGCGTTATAGGTTAAGTCTGGTTTTGGGGCGCTCACAGAAAACCTGGGGACGACCAGCTTCCCCCTCCATCGATCAGGCGGTGTCGGTATTTTCCTCTGTCTGTTTTTTTGGGCATTTCTTTGTTGTCGTTGTTGTGGTTTTATCACGCTAGGGACAGCGACGTGAACCCTCCGTTTGGGTTTTATTCACACGA
ATTGTTATTTTGGGTGCCGTCCACTTTGCTGTGGTGAGGGTCCCCGGGTTTACTCCCTGGCGCTTCACCTTCCGTTTTTGTCAAAGACTGGGTTTAGCCGACCGGGGGTTGCGGGTTTTTCCGGGAAACATGTATATCATCATTATCTGGGTTTAAGCGACAGGGCCGGTTTGTTGTCTGTTGTTTTTTGGGTCCGGCCA
CAACTTTACGGCCTCCTTTCGCCGGTCTCTGTCGGGGTTTGAACTGGACGTGGATCGAAGTTCCGGGCATCTTTATCTTCTTGCATCAGCCGGGGTTAAACACAGTTTCTGCTTCTCACTTGGGGTTTGTTACTACTTGAGTTGAGGTGCACGGGAGCTCGGATCTTTTGGCACCTGGATTTGTGTGGGTTTAAACTGCT
CTATCTGTCAGATGGGGGAACAGGTGGCGACTCCACATGCCTTGGTTGATAACCCCATGACTGCCTCGGATTACAGAATAGAGGAGGCGGGCTTATTCAAACCTGACTCCTATTTTCATGGTATGCTACATGGCAAACGTCCTCTTGCCTCGGGTAGTCGGCAAAGAGATCCACATGCCAAACATGTGCCTAAAAAAGGT
CACCTGCCTTTGTTGGGGATTCCTGGGGTGACATCAGGCTCTGACCCTTCGGTCAATAGCGCTCGGGCTTGTCCGTCTCGTGTGCAGGGTAAGAAACCGCAGCATGTCTCTCGTGCTGCTCATCGTCTAAGTGAGAAGTTCTGCTGCCGCCCTGGAGAGGTCCGGCTTACTATGGGCCGGGATCTGGGCTTAGAAGAGCT
GGTTGATTTCAATGTGACCGTTTTGGTGGGGAAATTCTCCTATTTTGCAATGGATCGAAAGGACATTGTGGGGTGGGTTACTGAAAAATGGAAGCCCATTGTGGGTTACACTCCCCAGGTTTTTGCTTTGGCGCGTGGTTGGTATGGTTTCAAGTTTGAGCAGGAAATTCACTGTACGACAATCTTAAACCGGTTGTGGC
TCCATGGTGCTGGCAGCCTCATGTTACAGAAGTGGCATACTGATTTTGACCCAGATTCGGCTACTGTTCGCTTGCGACATTTATGGGTTCTCATTCCAGGCCTTCCGCTTGCACTCTGGAATCGTGGGGCATTTGAAGCTATTGGTAATAGCTTGGGTCATTTTCTACATGTGGAGGATGAGCACCTTACAGGTTTTGAC
CGTCGTATGGGGCGGCTCTTGGTCGAGGTTGACATCTCTTTGGGGCTCATTGGTGTTCTCCACATCAACTGGAGGGGCCGTCGGCTGGACTTGGTTATCGACTATTGGGGTATCCCCTTTCGTTGTTCTAATTGTAAACAGGTGGGTCACCTTTGGAGGCAATGCACTCAGCGTTTCTCATCTGGTCGTCCGGTGGGGGC
GGGCCCATTTTGGTCTTCGGACGATGGCAGCGACAAGGAGGTGGATACAAACGGCGGTCTTGACGGTTTCTCCAACAGGGTTTCATTTCTGGTTAACTCGGCTGCGGGACTATTGGgtagaagcataaaaatcagtggattcgaactaaaaaaagggacagtatgatcgtggagatgcaatcttctctatgacaatattg
cctgaatcatagcataacagagccaattgaacaagtatgcaaagtgcgctctttgccaccagacatgacaatcaatgagtttgtgacttccaacaagtcatatgtcgttggatatgttgcaaccattgtcatcggctgtcaatacaacaacaagcagttggatttcttcatcagatatggacaaacaacaaatgattttt
caactgtgaatgaagcatataaaagcttcttcttccgagtgcaagaatagcttgcaattaatgaaccaccattttatctattcaagaacattgtaaggaatggtggtaaaggaagtcacatgatcacaacattacaatccacattcattgaccctttcaatgacgagtcctcaattcagaatttgtttccagtggttgaa
gcaaaaacacagGTAAAAAATGCATGGCAGAAGATGGTCTGATGTGCTTGATCTTACTGTCGATCCAGAACTTGCTGGAGGGCCTTTTCCCACGAACTTTTATACAGACTTAATATGCTGCCACTAGAAGATATCTACCTCTCCATAATTTGTACTGTTGTGAAAGACATTTTCTGTCTTCTTTGTCTTTTACATAGCAT
ATAATACTTGTACAACAATTTTCATAGTGCTTGTATCTATATGAACTACTGTTGCACAATTTTGCCCCTTTATCGGGAAGCTGATGAAATGTAAAAATCACCTAGAATTTTTGCAGTGACTATGTTTATTTCAGTCTAGATGAAAAGAAGGATACAAGTGATCAATATATCAGTTACATTTTCTATTTTTTTGAACCTAT
TACATATAGACTCAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTG

Intron 7 GTTGAATCTC ... CGATCTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A2	25	6	2	0
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A4	0	12	0	0
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>TRINITY_DN47903_c0_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoform

TGTGATTGCAGAGAAATAGGGTATTCATGGTTTCATCCTTGGCATTGTTAATTGTAGCTAGGCAGGAATTTTTCATTTGCATTTTCCCATCAACTTTGTACCATTGCTTTTTGAAAATTGTCTTTCGCTTGTTCTCTTGTCCTTATGGATTTTTCCATTTGTGTTGTTTGCAATCCTCAAAAAGATGGTTTCAGTTAGCA
TGCAATAGCATTGAACAACCTTTGTCATCTCCTTACACACCAAACTTGCATTGTTCCCTCAACTTGAAGATTGTCAAACCTCAATGCTATCTTAAACGGTCTTCATCCTTTCCTTTCTGCTACTATCAAATCTGCCATTGAAAATAGCTAAAGAAATTAGCAATGTATTCAATAAATAGATTGGAAGGTTTTTCCCCCTC
TCCTTTAGGAACATTTAATCCGCTAGTGTCAACCTAATCCGATTTTTGAAACCTTTTTCAGTCCCTGTGGATGCATATTTGTCAATGTACACTGAATTTATTCCAGTTATATGAACTTCGTTATACCTTTGTTGCATACAGCTGGGAAAAGAAAAAGAAAAAATGCTTCTAGCCTATTGTCTGTTCGCATTTCCATTGGT
ATGTTAATGTTTTTTCCTTCTTCCAATTTTCATAAAAATCAAATTCGTACTTCAATTTTGTTTCTTCTTCAATCTTTGATTGCAAATGTAGTTCGTGGGAAAAAAATTCAGAAGCACAAAGAAAAAATTTAAAGAAAATTGCCCGTCTCATATGCAAAAAAACACTGCATACTATGTCGACACCTGCCAATATGCAAAAA
ACACTGCATACTATGTTGACACCTGCCAATATGCAAAAAACACTGCATACTATGTCGACACCTGCCAATATGCAAAAAACACTGCATACTATGTCGACACCTGCAAATTCGTCTCTTGAAAGAAGTATTTCTCATTCACAAGATGTCCCTGAAACAATGACAGTGGCAGCATCTTCAATGACAACGGTAGTGCCAACAGC
CAACGGCCCAAAAAGGTTGGTTTCTATCACATTGCCAATTTCTTTTTTTTTTTCTTGTCAATCAAATTGCATTGAACCAACATTTCTTCTTTTCATCATCCTTCCTTGGTTCCACAGTTTACTTTTAAAAAATTTCATTTGAACGTTTCCTCATTTTATAAATTTATTGCTTCTTTCTTTTGATTCATTTGCAATTGCAG
GTTAAATCGAATAGCATTAGAGCCTTCCAATATTACACAGTTATGCACAGAGGCCCATAACAATGTTTTTGAAGGGGATATCTTAGTGGTCTATGGACCTGCTCAGAATCGAAGTCAAAATTACCCTGTAAAAAAAAAATTCTCCATGCAGATTTGGTGGATAGAAATGGATTGATGACGATAATAGCTACCATAAATGA
TAGCTTAATCAATCGTTTTGGCACTTATGTATTTCCAGGTAGAAGCATAAAAATCAGTGGATTCGAACTAAAAAAAGGGACAGTATGATCGTGGAGATGCAATCTTCTCTATGACAATATTGCCTGAATCATAGCATAACAGAGCCAATTGAACAAGTATGCAAAGTGCGCTCTTTGCCACCAGACATGACAATCAATGA
GTTTGTGACTTCCAACAAGTCATATGTCGTTGGATATGTTGCAACCATTGTCATCGGCTGTCAATACAACAACAAGCAGTTGGATTTCTTCATCAGATATGGACAAACAACAAATGATTTTTCAACTGTGAATGAAGCATATAAAAGCTTCTTCTTCCGAGTGCAAGAATAGCTTGCAATTAATGAACCACCATTTTATC
TATTCAAGAACATTGTAAGGAATGGTGGTAAAGGAAGTCACATGATCACAACATCACAATCCACATTCATTGACCCTTTCAATGACGAGTCCTCAATTCAGAATTTGTTTCCAGTGGTTGAAGCAAAAACACAGGTAAAAAATGCATGGCAGAAGATGGTCTGATGTGCTTGATCTTACTGTCGATCCAGAACTTGCTGG
AGGGCCTTTTCCCACGAACTTTTATACAGACTTAATATGCTGCCACTAGAAGATATCTACCTCTCCATAATTTGTACTGTTGTGAAAGACATTTTCTGTCTTCTTTGTCTTTTACATAGCATATAATACTTGTACAACAATTTTCATAGTGCTTGTATCTATATGAACTACTGTTGCACAATTTTGCCCCTTTATCGGGA
AGCTGATGAAATGTAAAAATCACCTAGAATTTTTGCAGTGACTATGTTTATTTCAGTCTAGATGAAAAGAAGGATACAAGTGATCAATATATCAGTTACATTTTCTATTTTTTTGAACCTATTACATATAGACTCAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTATCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTGTA
TCTATATGCACTGATAATGCAAACCTATGCAATGTTTG

>TRINITY_DN47903_c0_g1_i7 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TGTGATTGCAGAGAAATAGGGTATTCATGGTTTCATCCTTGGCATTGTTAATTGTAGCTAGGCAGGAATTTTTCATTTGCATTTTCCCATCAACTTTGTACCATTGCTTTTTGAAAATTGTCTTTCGCTTGTTCTCTTGTCCTTATGGATTTTTCCATTTGTGTTGTTTGCAATCCTCAAAAAGATGGTTTCAGTTAGCA
TGCAATAGCATTGAACAACCTTTGTCATCTCCTTACACACCAAACTTGCATTGTTCCCTCAACTTGAAGATTGTCAAACCTCAATGCTATCTTAAACGGTCTTCATCCTTTCCTTTCTGCTACTATCAAATCTGCCATTGAAAATAGCTAAAGAAATTAGCAATGTATTCAATAAATAGATTGGAAGGTTTTTCCCCCTC
TCCTTTAGGAACATTTAATCCGCTAGTGTCAACCTAATCCGATTTTTGAAACCTTTTTCAGTCCCTGTGGATGCATATTTGTCAATGTACACTGAATTTATTCCAGTTATATGAACTTCGTTATACCTTTGTTGCATACAGCTGGGAAAAGAAAAAGAAAAAATGCTTCTAGCCTATTGTCTGTTCGCATTTCCATTGGT
ATGTTAATGTTTTTTCCTTCTTCCAATTTTCATAAAAATCAAATTCGTACTTCAATTTTGTTTCTTCTTCAATCTTTGATTGCAAATGTAGTTCGTGGGAAAAAAATTCAGAAGCACAAAGAAAAAATTTAAAGAAAATTGCCCGTCTCATATGCAAAAAAACACTGCATACTATGTCGACACCTGCCAATATGCAAAAA
ACACTGCATACTATGTTGACACCTGCCAATATGCAAAAAACACTGCATACTATGTCGACACCTGCCAATATGCAAAAAACACTGCATACTATGTCGACACCTGCAAATTCGTCTCTTGAAAGAAGTATTTCTCATTCACAAGATGTCCCTGAAACAATGACAGTGGCAGCATCTTCAATGACAACGGTAGTGCCAACAGC
CAACGGCCCAAAAAGGTTGGTTTCTATCACATTGCCAATTTCTTTTTTTTTTCTTGTCAATCAAATTGCATTGAACCAACATTTCTTCTTTTCATCATCCTTCCTTGGTTCCACAGTTTACTTTTAAAAAATTTCATTTGAACGTTTCCTCATTTTATAAATTTATTGCTTCTTTCTTTTGATTCATTTGCAATTGCAGG
TTAAATCGAATAGCATTAGAGCCTTCCAATATTACACAGTTATGCACAGAGGCCCATAACAATGTTTTTGAAGGGGATATCTTAGTGGTCTATGGACCTGCTCAGAATCGAAGTCAAAATTACCCTGTAAAAAAAAAATTCTCCATGCAGATTTGGTGGATAGAAATGGATTGATGACGATAATAGCTACCATAAATGAT
AGCTTAATCAATCGTTTTGGCACTTATGTATTTCCAGGTAGAAGTATAAAAATCAGTGGATTCGAACTAAAAAAAGGGACAGTATGATCGTGGAGATGCAATCTTCTCTATGACAATATTGCCTGAATCATAGCATAACAGAGCCAATTGAACAAATATGCAAAGTGTGCTCTTTGCCACCAGACATGACAATCAATGAG
TTTGTGACTTCCAACAAGTCATATGTCGTTGGATATGTTGCAACCATTGTCATCGGCTGTCAATACAACAACAAGCAGTTGGATTTCTTCATCAGATATGGACAAACAACAAATGATTTTTCAACTTTGCAGGTGAATGAAGCATATAAAAGCTTCTTCTTCCGAGTGCAAGAATAGCTTGCAATTAATGAACCACCATT
TTATCTATTCAAGAACATTGTAAGGAATGGTGGTAAAGGAAGTCACATGATCACAACATCACAATCCACATTCATTGACCCTTTCAATGACGAGTCCTCAATTCAGAATTTGTTTCCAGTGGTTGAAGCAAAAACACAGgttgaatctcttttgtctctttttggcgatctatagGTAAAAAATGCATGGCAG