NA ----> NA

Intron 1 GTTAAGATAT ... TTACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	100	0	1	0
A3	50	1	0	2
A4	100	0	4	3
A5	-1	0	0	0
A6	100	0	18	7
A7	93.1	1	19	8
A8	57.14	3	4	4
A9	73.33	2	7	4
A10	100	0	5	4

>TRINITY_DN17000_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

AGGTTTTCTAGGGTTTTGTTAATTAGAGGTTCCCAAGCTCAAACTCGTGACCTGTGAGCGCCTTCATCTGCAAATGAAAGTGATTGGTAGTTTATTGACTGCGGTGGGACTCTCTTTCAAATGTTGGTTCGATACCTTTGTCCATCATCTTTGCACCAGTGTCTCTTGGAAACGCAGGTTGGCTCCTGAAGATAGAATGT
TTACTTGGGACTTTGATGGAGGAGTTTCGACTTAACCACTGGTAAGCATCGCTGGTAGCCTACCTCGTCGGTTCTCTTGGATTCGATTGTGGTCGACGGTTGAAAGTTTTAACAGGGTTTTGGATGTCTGTTTTCCTGGCATGGTTTTCGTCCAGAATGTAACTTTTGGGAACACTATGGAATTCCTACTGCCAAGTTTC
TTAGCTAGTGTGGTTGTTGCAACGTCTTCCTGCAAATTTTGGTTGTCAATACCATGTTGAGGGTGTACTCTGTTAGGGATAAACCCTTGTCAATTTTGAATGAAATCTTAAAGTGTTAAAAGTTAAATGTTCAAAGTGTAATGTTTAAAATATATTGTTCAAACCCTAAATTGTCGATGAAGAATGAACAAATGTCTTGA
ATAGAGGGTAATGTTGTTATGGGTTTGTCTCTGTGCAAAGAATGGATGTGTTGTGCGATTTCGTTTTTGAATGGAAAACCATAAAAGCC

>TRINITY_DN17000_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AGGTTTTCTAGGGTTTTGTTAATTAGAGGTTCCCAAGCTCAAACTCGTGACCTGTGAGCGCCTTCATCTGCAAATGAAAGTGATgttaagatatgaaccttctgcagaatttttacagtagatgagaagttgaaggatgcaaattttaggtggtttctctgagtaattcctgaagaggtattatcccagggttattatta
atagagccggttttcgatttacatgcagTGGTAGTTTATTGACTGCGGTGGGACTCTCTTTCAAATGTTGGTTCGATACCTTTGTCCATCATCTTTGCACCAGTGTCTCTTGGAAACGCAGGTTGGCTCCTGAAGATAGAATGTTTACTTGGGACTTTGATGGAGGAGTTTCGACTTAACCACTGGTAAGCATCGCTGGT
AGCCTACCTCGTCGGTTCTCTTGGATTCGATTGTGGTCGACGGTTGAAAGTTTTAACAGGGTTTTGGATGTCTGTTTTCCTGGCATGGTTTTCGTCCAGAATGTAACTTTTGGGAACACTATGGAATTCCTACTGCCAAGTTTCTTAGCTAGTGTGGTTGTTGCAACGTCTTCCTGCAAATTTTGGTTGTCAATACCATG
TTGAGGGTGTACTCTGTTAGGGATAAACCCTTGTCAATTTTGAATGAAATCTTAAAGTGTTAAAAGTTAAATGTTCAAAGTGTAATGTTTAAAATATATTGTTCAAACCCTAAATTGTCGATGAAGAATGAACAAATGTCTTGAATAGAGGGTAATGTTGTTATGGGTTTGTCTCTGTGCAAAGAATGGATGTGTTGTGC
GATTTCGTTTTTGAATGGAAAACCATAAAAGCC

Intron 2 GTAAGCATCG ... TTTCGTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	-1	0	0	0
A3	-1	0	0	0
A4	60	1	1	2
A5	-1	0	0	0
A6	67.57	6	13	12
A7	70	3	6	8
A8	61.9	4	5	8
A9	100	0	3	3
A10	83.33	2	10	10

>TRINITY_DN2667_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CGGCGAGAGGCCGACAGGTTGAGGTTTTCTAGGGTTTTGTTAATTAGAGGTTCCCAAGCTCAAACTCGTGACCTGTGAGCGCCTTCATCTGCAAATGAAAGTGATGTTAAGATATGAACCTTCTGCAGAATTTTTACAGTAGATGAGAAGTTGAAGGATGCAAATTTTAGGTGGTTTCTCTGAGTAATTCCTGAAGAGGT
ATTATCCCAGGGTTATTATTAATAGAGCCGGTTTTCGATTTACATGCAGTGGTAGTTTATTGACTGCGGTGGGACTCTCTTTCAAATGTTGGTTCGATACCTTTGTCCATCATCTTTGCACCAGTGTCTCTTGGAAACGCAGGTTGGCTCCTGAAGATAGAATGTTTACTTGGGACTTTGATGGAGGAGTTTCGACTTAA

CCACTGAATGTAACTTTTGGGAACACTATGGAATTCCTACTGCCAAGTTTCTTAGCTAGTGTGGTTGTTGCAACGTCTTCCTGCAAATTTTGGTTGTCAATACCATGTTGAGGGTGTACTCTGTTAGGGATAAACCCTTGTCAATTTTGAATGAAATCTTAAAGTGTTAAAAGTTAAATGTTCAAAGTGTAATGTTTAAA
ATATATTGTTCAAACCCTAAATTGTCGATGAAGAATGAACAAATGTCTTGAATAGAG

>TRINITY_DN2667_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGGCGAGAGGCCGACAGGTTGAGGTTTTCTAGGGTTTTGTTAATTAGAGGTTCCCAAGCTCAAACTCGTGACCTGTGAGCGCCTTCATCTGCAAATGAAAGTGATGTTAAGATATGAACCTTCTGCAGAATTTTTACAGTAGATGAGAAGTTGAAGGATGCAAATTTTAGGTGGTTTCTCTGAGTAATTCCTGAAGAGGT
ATTATCCCAGGGTTATTATTAATAGAGCCGGTTTTCGATTTACATGCAGTGGTAGTTTATTGACTGCGGTGGGACTCTCTTTCAAATGTTGGTTCGATACCTTTGTCCATCATCTTTGCACCAGTGTCTCTTGGAAACGCAGGTTGGCTCCTGAAGATAGAATGTTTACTTGGGACTTTGATGGAGGAGTTTCGACTTAA

CCACTGgtaagcatcgctggtagcctacctcgtcggttctcttggattcgattgtggtcgacggttgaaagttttaacagggttttggatgtctgttttcctggcatggttttcgtccagAATGTAACTTTTGGGAACACTATGGAATTCCTACTGCCAAGTTTCTTAGCTAGTGTGGTTGTTGCAACGTCTTCCTGCAA
ATTTTGGTTGTCAATACCATGTTGAGGGTGTACTCTGTTAGGGATAAACCCTTGTCAATTTTGAATGAAATCTTAAAGTGTTAAAAGTTAAATGTTCAAAGTGTAATGTTTAAAATATATTGTTCAAACCCTAAATTGTCGATGAAGAATGAACAAATGTCTTGAATAGAG