sp|Q8LGG8|USPAL_ARATH ----> Universal stress protein A-like protein

Intron 1 GTATTGTTTA ... AATTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	2.15	479	14	7
A2	1.03	383	6	2
A3	3.32	379	24	2
A4	4.23	362	25	7
A5	0.95	157	2	1
A6	3.02	2380	67	81
A7	2.11	2917	71	55
A8	2.33	3902	104	82
A9	3.02	3351	102	107
A10	2.77	2438	83	56

>TRINITY_DN44283_c2_g5_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

CCTGTAGGACAGTTAGTTTGTGTGGAGTTAAGTCTCCATCATGTCACTGGTTCAAACCTTATAGTGAGGTTGACGATGCTGCTGCCATTTACCCATAAGATAATCTATCCAAATTTAGACTGACCTGAACCCAAGTTATATACCCATCTTCCAGCGTGAAGAAATTCCTAGATTTAAAAAAAGAAAATCCTTCCAGCGTG
AAGAAATTCCTAGATTTAAAAAAAGAAAAGAAACAAACCAACGCTCAGAATCAAAACGCCAATAAAAACGCGCGGAAGACAAGAAACCCACGGAAACGAAAGGCCGCAAACATACTGGTTTTCCCATTTATGTGTACCTACAACTTCCGACCTTCACCATAATTATTTTCTTGATTGCAAAGAACAACAGAATTTAGTGG
GTGTGAAGTTAGGTGTAAGCAGAGGGAATCTACTGCATTAATGGAGTCCATGGAGGAGCAGAGGATATCAAACAGGCTCATATTGGTGGCCATAGACGAGAGCAAGGAGAGCATCAACGCTCTCCAATGGGCTCTTAACAACCTCGTTACATCGCATGATAGGGTCATTCTCATTCATGCTCAGCGCGATCCAATTTCCC
TTCTCGTTATCGGAAACCCAGGTTTGATGTTGCCAGTAAATGTGCTTAAGACGTTGGAAAACGATATCAAGAAGGCTACTGACAAGATTTTTGCCAAAGCAACGGAAATATGTAAAGCCAAAAATGTGACTCCGGAGACCGACGCTCACACTGGAGATGCCAGGGAGGTCATATGCGATGCTGCCAAAAAGTACAATCCT
AACATGTTGGTGCTAGGTAGTCATGGATACGGAGCTCTTAAGAGGGTGGTTCTTGGCAGTGTGAGTGACTATTGTGTCCACCATGTACGGTGCCCTGTTGTTGTCGTGAAGCCCAGGGATTTTCGTTAGCCTCATCCCATCTATGTGCTCTGAATCATCTTATACTTGTTGGCCTTTATGCAGATACTACATAATACTAC
ATCCAATTGTAATATTTGAAAACATGGACCAGAGAATTTCAGCAGTCATTTATAATATTTATTGGTAATTTCCATTATTGTGTAATTTGAAGAATGGAATCAGTGTGATTTGATATTTCATTTGAATCATGCCTTGTTTGCATCTTATTATGTTGGGTCATATTAAAATCTCATGGACATTCTACCAACTGGGATTATCT
GATTATTCACAAGTAGTGATATTAAGGAATATTTATAATAGTACAGACACTTAATTTGTGGTCAACGAATATTGATAGGCTACAAGTTAAGTGCTATCTATAAGCTATCCGTTACATGTTCTTGCC

>TRINITY_DN44283_c2_g5_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTACTTTACAGTTTAGTCTGGGGATGTAGTAATCTCAAAAAATTGGATCCCTCTCAATACTTGATAAATCATGGTTTAAGATGGATCTATACTGGTAATATGACAGTGCACTCAATCTAGATAGTTGCTTAAGTTTATATGATATAAACATTCAGCAAAACTTATTAAATCTGGGTTTGATATGCTTTTTAGAGTGACAA
GCTTGAGGATGTATCTCTTAATTTTACATGAAGTTTAAATGTAAACTTTGATCCTTTCTACCTCGCAATGAAGACCCATATTAGAGTAAGATACTGTTTCAAATTGGATTTAAGGTTTAAGTGGCTTTATGATTATTTCAGAATTTACTGATACATTAAGGTCTTGGCTCCTTTTAGTTAGGATTGCAATTTTTAAGAGA
AGGTCCTTCAATAGATCAGCTCCATGTTATTAGCCATGTTATTAGGATTGCAAAATTTAATTGAAAGGCCCATTGATATCACTAGATCGATCATGGTATTCATCCTATCATGTAAGTTCTGAGATATTAGTACACTCTTGTTTTGAAAATATCAAAAAACAAATTCCAACATCAGAGCACAATATTGCATTGATCACATC
AATACCATTTCCAAATTTCCAACATCACAGCACACTCTTGCACTGATCACACCAATGGCATTCTGCGGCTTTTCCGTCTGTTTTTCCTCTGTAGTTTCATAATGGAAAACCTTATAGATTTTTTCTGCCATTGTTCCAGGTGACTCCGGAGACCGACGCTCACACTGGAGATGCCAGGGAGGTCATATGCGATGCTGCCA
AAAAGTACAATCCTAACATGTTGGTGCTAGGTAGTCATGGATACGGAGCTCTTAAGAGgtattgtttaacgaaatttcgccctatttgcagcttgaagaagtgcaattgtaaaacaagcaatgttattcatatgcttgatttggaatgattcatgtcattgttgtttcagaaaactggcatttctcttctcttatttatt
tgtcttgtaataccacacttgttttaagcagagaatattgaattctgcagGGTGGTTCTTGGCAGTGTGAGTGACTATTGTGTCCACCATGTACGGTGCCCTGTTGTTGTCGTGAAGCCCAGGGATTTTCGTTAGCCTCATCCCATCTATGTGCTCTGAATCATCTTATACTTGTTGGCCTTTATGCAGATACTACATAA
TACTACATCCAATTGTAATATTTGAAAACATGGACCAGAGAATTTCAGCAGTCATTTATAATATTTATTGGTAATTTCCATTATTGTGTAATTTGAAGAATGGAATCAGTGTGATTTGATATTTCATTTGAATCATGCCTTGTTTGCATCTTATTATGTTGGGTCATATTAAAATCTCATGGACATTCTACCAACTGGGA
TTATCTGATTATTCACAAGTAGTGATATTAAGGAATATTTATAATAGTACAGACACTTAATTTGTGGTCAACGAATATTGATAGGCTACAAGTTAAGTGCTATCTATAAGCTATCCGTTACATGTTCTTGCC