sp|Q10BX9|RIBF_ORYSJ ----> FAD synthetase, chloroplastic

Intron 1 GTATATGGTG ... TTCATGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.05	56	0	39
A2	48.65	38	4	36
A3	51.16	42	0	44
A4	44.59	46	0	37
A5	57.14	15	0	20
A6	47.62	44	0	40
A7	43.01	106	0	80
A8	41.67	56	0	40
A9	38.71	114	0	72
A10	43.36	81	0	62

>TRINITY_DN112567_c2_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

ATGAAAGGAAGAAATCATATCCGCAAATCGAGATTGAAACCTCGGAAAGTCCATTGTCTTACCGTGAGGCGTATCCACTGGAGGTCCTGTTTAGCCAGTGCCCATGATTGCCATCTGGAGGTGATTTTGGAGGGAGCCAAGCAATGGGGATCGCATTTCAATCATTGACAGCACTGACAGAACTGCTTGGCTGGGAAAAG
CAGGCGCACTACAATTTACATTGGCAAAGATCTGTTCGAGTCTCGAAAACCATGAAAGGATCGTGCAATGTCACAAAAGTATGGAATTCATCTGGAGCACAGGAAGCAAATATGGAGGCAAAAGTTGGTAAAGAAAAACTTCTCATTGATTGTGGACCTGATCAGCAATGTGTGCTTGGGGGTATTGTTGCACTTGGAAA
ATTTGATGCTCTGCATGTTGGCCATCGTGAACTGGCAATACAGGCTGCAAAAATAGGGGTGCCCTTTATGTTGTCCTTTGTAGGAATCGCTGAAGTGCTTGGCTGGGAGAAAAGGCTGCCTCTTGTTGCCAAATGTGATAGAAAGCGTGTACTTTCTCTGTGGGCACCTTTATGTGGCGGTGTGGTTCCTCTCGAATACC
ATGTTCAATTTGCTCAAGTGCGTTATTTGAGCCCTCGCCAATTTGTAGAGAGACTGTCAAAGGAATTGGGAGTAACGGGAGTGGTGGCAGGTGCAAATTACAGATTTGGGTATAAGGCTTCAGGTGATGCATCCGATTTGGTCCAGTTGTGTGGGGAATATGGCCTTAAGGCTTATATTGTAGATCCTGTTATGGATAAG
TTTGATAGATCAAGTTTGGAACAAGGAAATACAGGAGCAGATTTGCGAGAGAAAGGGCAGATCTCTTCAACTCTTGTCCGTAAAGCTCTAGCTGCTGGCAATATCAAACGTGTCGAACAATTACTCGGTAGGAAGCATCGACTGATGTTAACAACAGATAGTTGCACTGTTACAAAAAACACATTGGTTTCATGCAGGTC
AAGTGTGCTCAATCAACCACCCAGGGAGGGACAATATGGGTGCATGATAATGACCAGAGGAAATGATGATGTGGACATAAACGGTAATGGTAATGAAAATATTATAGGCTATGGTGATTTAAAAATAAATTCTACGCAAATAGAAGTCACATTACATGAAGGTAGCTTTCAGGCACATTTAAATGGAAAGTCATTTATTG
ACCTTGAATTTGAAGGCTCAAGAGAATGATGAGTTAGATGGTTTTGAAAATTATGTTTATTGTGTTATCTCTTTATGAGCCAATGATATGGGTGCCTAATAAGCATGGAGTTATGCTTGAGCCTTGAGTTTTGCCAGCTCAAAAATTAAATAAATAAATGCCTTAGTAGTCAGCTTCGTTTAGGGTCTATACCTGGAGAA
AATGTTGCAATATATGGGAGTCTGATGTGGGAAAATTTATATTTTCCATGGGTACATTTAACAAATGAGCAAGTGCATGGATGTCAGGATTATGTATTGCCTGCATTCAGGCCAAGTAATTGAAGTTTAGGATTTAACAACATATTGTGGCTTTCTATAGAACACACATTTACTTGTACCATTAGTTGTATTAAGATAAT
AAGTAATAACCCATAGTTCCCTAAGTTCTACTGGAGAATCTTCTGCCACTATAGCTATATAAATTTTAAATAGGGTTTTCTGATTATTTTCTCATTGAGTAAAAGGAGCATGTCGAGGATGAAAAAAAA

>TRINITY_DN112567_c2_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATGAAAGGAAGAAATCATATCCGCAAATCGAGATTGAAACCTCGGAAAGTCCATTGTCTTACCGTGAGGCGTATCCACTGgtatatggtgttttctctcatacaataacgtgtctcttagaaagccatcacttttggttctgttttgacaccggacgaactcctacaccccgggagcttatttttaataatgaatttaag
tgctggttgatttcatgacagGAGGTCCTGTTTAGCCAGTGCCCATGATTGCCATCTGGAGGTGATTTTGGAGGGAGCCAAGCAATGGGGATCGCATTTCAATCATTGACAGCACTGACAGAACTGCTTGGCTGGGAAAAGCAGTAAGTCACAATTTCATTGGGCGCACTACAATTTACATTGGCAAAGATCTGTTCGAG
TCTCGAAAACCATGAAAGGATCGTGCAATGTCACAAAAGTATGGAATTCATCTGGAGCACAGGAAGCAAATATGGAGGCAAAAGTTGGTAAAGAAAAACTTCTCATTGATTGTGGACCTGATCAGCAATGTGTGCTTGGGGGTATTGTTGCACTTGGAAAATTTGATGCTCTGCATGTTGGCCATCGTGAACTGGCAATA
CAGGCTGCAAAAATAGGGGTGCCCTTTATGTTGTCCTTTGTAGGAATCGCTGAAGTGCTTGGCTGGGAGAAAAGGCTGCCTCTTGTTGCCAAATGTGATAGAAAGCGTGTACTTTCTCTGTGGGCACCTTTATGTGGCGGTGTGGTTCCTCTCGAATACCATGTTCAATTTGCTCAAGTGCGTTATTTGAGCCCTCGCCA
ATTTGTAGAGAGACTGTCAAAGGAATTGGGAGTAACGGGAGTGGTGGCAGGTGCAAATTACAGATTTGGGTATAAGGCTTCAGGTGATGCATCCGATTTGGTCCAGTTGTGTGGGGAATATGGCCTTAAGGCTTATATTGTAGATCCTGTTATGGATAAGTTTGATAGATCAAGTTTGGAACAAGGAAATACAGGAGCAG
ATTTGCGAGAGAAAGGGCAGATCTCTTCAACTCTTGTCCGTAAAGCTCTAGCTGCTGGCAATATCAAACGTGTCGAACAATTACTCGGTAGGAAGCATCGACTGATGTTAACAACAGATAGTTGCACTGTTACAAAAAACACATTGGTTTCATGCAGGTCAAGTGTGCTCAATCAACCACCCAGGGAGGGACAATATGGG
TGCATGATAATGACCAGAGGAAATGATGATGTGGACATAAACGGTAATGGTAATGAAAATATTATAGGCTATGGTGATTTAAAAATAAATTCTACGCAAATAGAAGTCACATTACATGAAGGTAGCTTTCAGGCACATTTAAATGGAAAGTCATTTATTGACCTTGAATTTGAAGGCTCAAGAGAATGATGAGTTAGATG
GTTTTGAAAATTATGTTTATTGTGTTATCTCTTTATGAGCCAATGATATGGGTGCCTAATAAGCATGGAGTTATGCTTGAGCCTTGAGTTTTGCCAGCTCAAAAATTAAATAAATAAATGCCTTAGTAGTCAGCTTCGTTTAGGGTCTATACCTGGAGAAAATGTTGCAATATATGGGAGTCTGATGTGGGAAAATTTAT
ATTTTCCATGGGTACATTTAACAAATGAGCAAGTGCATGGATGTCAGGATTATGTATTGCCTGCATTCAGGCCAAGTAATTGAAGTTTAGGATTTAACAACATATTGTGGCTTTCTATAGAACACACATTTACTTGTACCATTAGTTGTATTAAGATAATAAGTAATAACCCATAGTTCCCTAAGTTCTACTGGAGAATC
TTCTGCCACTATAGCTATATAAATTTTAAATAGGGTTTTCTGATTATTTTCTCATTGAGTAAAAGGAGCATGTCGAGGATGAAAAAAAA